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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3821 | 2024-10-16 |
Screening of potential drugs for the treatment of diabetic kidney disease using single-cell transcriptome sequencing and connectivity map data
2024-09-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150263
PMID:38905995
|
研究论文 | 利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物 | 结合单细胞转录组测序和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物 | 需要进一步的临床试验验证筛选出的药物疗效 | 探索利用单细胞转录组测序数据和连接图谱数据库筛选糖尿病肾病潜在治疗药物的可行性 | 糖尿病肾病及其相关药物筛选 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 糖尿病肾病小鼠模型和细胞实验 | NA | NA | NA | NA |
| 3822 | 2024-10-16 |
Visualizing scRNA-Seq Data at Population Scale with GloScope
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542786
PMID:37398321
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研究论文 | 提出了一种名为GloScope的框架,用于在群体规模上可视化和分析scRNA-Seq数据 | 开发了一种新的生物信息学方法GloScope,用于处理样本间变异,并支持样本级别的可视化和质量控制评估 | NA | 开发一种新的方法来处理和可视化群体规模的scRNA-Seq数据 | scRNA-Seq数据及其在不同样本中的变异 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 12到超过300个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3823 | 2024-10-16 |
Efficient and accurate mixed model association tool for single-cell eQTL analysis
2024-May-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.05.15.24307317
PMID:38798318
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研究论文 | 本文提出了一种高效且准确的混合模型关联工具SAIGE-QTL,用于单细胞eQTL分析 | SAIGE-QTL可以直接使用单细胞数据进行eQTL映射,无需聚合到伪批量水平,并且支持通过基于集合的测试来检测稀有遗传变异的影响 | NA | 研究基因表达的遗传基础,以帮助理解人类性状和疾病的分子机制 | 单细胞eQTL映射 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合模型 | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3824 | 2024-10-16 |
Expression of SOX4 Significantly Predicts the Risk of Lymph Node Metastasis for Patients With Early-Stage Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2024-05, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2024.102042
PMID:38431117
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研究论文 | 研究探讨了SOX4基因表达与早期食管鳞状细胞癌患者淋巴结转移风险的关系 | 首次通过单细胞RNA测序发现SOX4基因与侵袭性转移高度相关,并进一步验证了其在预测淋巴结转移中的独立作用 | 样本量相对较小,可能影响结果的普适性 | 研究SOX4基因在早期食管鳞状细胞癌患者淋巴结转移中的预测作用 | SOX4基因表达与食管鳞状细胞癌患者的淋巴结转移风险 | 数字病理学 | 食管癌 | 免疫组化染色 | NA | 组织样本 | 124个组织样本,来自106名患者(106个肿瘤样本和18个淋巴结样本) | NA | NA | NA | NA |
| 3825 | 2024-10-16 |
NSUN2-Mediated m5C Methylation Impairs Endometrial Receptivity
2024-04, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1016/j.labinv.2024.100327
PMID:38237738
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研究论文 | 研究NSUN2介导的m5C甲基化对子宫内膜容受性的影响 | 揭示了NSUN2介导的m5C甲基化与反复植入失败之间的复杂调控机制,并提出了潜在的治疗策略 | NA | 探讨NSUN2介导的m5C甲基化在反复植入失败中的作用机制 | NSUN2在子宫内膜中的表达及其对细胞增殖、自噬和胚胎附着的影响 | NA | NA | mC-BS-seq, dot blot assay, BrdU assay, western blotting, real-time reverse-transcription PCR, Cut&Tag, coimmunoprecipitation | NA | RNA, 蛋白质 | 15个人类子宫内膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3826 | 2024-10-16 |
Multi-omics Data Integration Analysis Identified Therapeutic Targets and Potential Reuse Drugs for Osteoporosis
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过多组学数据整合分析,识别了骨质疏松症的治疗靶点和潜在的再利用药物 | 本研究提供了一种新的基于网络的药物再利用框架,并首次识别了针对CD74的骨质疏松症治疗药物 | NA | 促进骨质疏松症治疗药物的发现和开发 | 骨髓间充质干细胞(BM-MSCs)在骨质疏松症和骨关节炎患者中的主要分子及其潜在再利用药物 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | GSE147287数据集中的BM-MSCs样本,GSE35959数据集中的骨质疏松症样本和对照样本,GSE13850数据集中的差异表达基因 | NA | NA | NA | NA |
| 3827 | 2024-10-16 |
A CD8+ T cell related immune score predicts survival and refines the risk assessment in acute myeloid leukemia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1408109
PMID:39346926
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研究论文 | 研究开发了一种与CD8+ T细胞相关的免疫风险评分,用于预测急性髓系白血病患者的生存和细化风险评估 | 构建了一个包含15个基因的预测模型CTCG15,该模型在不同平台的数据集中得到了验证,并能独立于已有的预后标志物,提高预后预测的准确性 | NA | 开发一种新的免疫风险评分,以提高急性髓系白血病患者的预后预测和风险分层 | 急性髓系白血病患者及其骨髓中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 涉及六个不同平台的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3828 | 2024-10-16 |
Construction and validation of immune-associated lncRNA model for predicting immune status and therapeutic reactions of triple-negative breast cancer
2024, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/VIXN9362
PMID:39398616
|
研究论文 | 构建并验证了一个与免疫相关的lncRNA模型,用于预测三阴性乳腺癌的免疫状态和治疗反应 | 首次构建了一个基于lncRNA的模型,用于区分三阴性乳腺癌的免疫沙漠和免疫炎症亚型,并评估其对肿瘤药物的敏感性 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据,缺乏临床试验验证 | 探索与三阴性乳腺癌免疫状态相关的关键lncRNA,并构建预测模型 | 三阴性乳腺癌患者的免疫状态和治疗反应 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序、基因集富集分析、非负矩阵分解、加权基因共表达网络分析 | lncRNA模型 | RNA测序数据、临床信息 | 来自TCGA和GEO数据库的三阴性乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3829 | 2024-10-15 |
Hepatic stellate cells promote hepatocellular carcinoma development by regulating histone lactylation: Novel insights from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics analyses
2024-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217243
PMID:39260669
|
研究论文 | 本研究评估了肝细胞癌(HCC)的细胞异质性和分子机制,通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析揭示了肝星状细胞(HSC)在HCC发展中的关键作用 | 首次揭示了肝星状细胞通过调节组蛋白乳酸化在肝细胞癌发展中的重要作用 | NA | 评估肝细胞癌的细胞异质性和分子机制 | 肝星状细胞和肝细胞癌细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学分析 | NA | RNA测序数据 | 从公共数据库收集的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 3830 | 2024-10-15 |
Identification of SPP1+ macrophages in promoting cancer stemness via vitronectin and CCL15 signals crosstalk in liver cancer
2024-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217199
PMID:39216547
|
研究论文 | 研究分析了肝癌患者的单细胞RNA测序数据,发现SPP1+巨噬细胞通过vitronectin和CCL15信号的交叉对话促进肝癌干细胞特性 | 首次揭示了SPP1+巨噬细胞通过vitronectin依赖的旁分泌机制上调肿瘤干细胞特性,并建立了巨噬细胞与肿瘤干细胞之间的正反馈回路 | 研究样本仅限于12名肝癌患者,可能影响结果的普适性 | 探讨巨噬细胞在肝癌进展中的作用机制,为肝癌治疗提供新思路 | 肝癌患者的单细胞RNA测序数据,SPP1+巨噬细胞及其与肝癌干细胞的关系 | NA | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 12名肝癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3831 | 2024-10-15 |
Network Medicine Approach Unravels Endophenotype Signature in Alzheimer's Disease through Large-Scale Comparative Proteomics Analysis: Vascular Dysfunction as a Prime Example
2024-Oct-14, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c01344
PMID:39322987
|
研究论文 | 研究通过大规模比较蛋白质组学分析,揭示了阿尔茨海默病中的内表型特征,特别是血管功能障碍 | 提出了基于网络的框架来识别阿尔茨海默病病理内表型的蛋白质特征,并发现了新的生物标志物候选者 | NA | 揭示阿尔茨海默病中的内表型特征 | 阿尔茨海默病患者的蛋白质特征 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质数据 | 23个蛋白质数据集,包括阿尔茨海默病患者和转基因小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 3832 | 2024-10-15 |
Investigating PPT2's role in ovarian cancer prognosis and immunotherapy outcomes
2024-Oct-11, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-024-01527-9
PMID:39394143
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研究论文 | 研究探讨了PPT2基因在卵巢癌预后和免疫治疗结果中的作用 | 首次系统研究了PPT2基因在卵巢癌中的表达与预后、免疫浸润及分子机制的关系 | 需要进一步研究PPT2与免疫治疗效果在卵巢癌患者中的关系 | 确定PPT2表达与卵巢癌预后、免疫浸润及潜在分子机制的关联 | PPT2基因在卵巢癌中的表达及其对预后和免疫治疗结果的影响 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用了来自TCGA、GTEx和GEO数据库的RNA-seq和临床数据,以及内部数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3833 | 2024-10-15 |
Immunometabolic changes and potential biomarkers in CFS peripheral immune cells revealed by single-cell RNA sequencing
2024-Oct-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05710-w
PMID:39394558
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了慢性疲劳综合征患者外周血单核细胞的免疫代谢变化,并发现了潜在的生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性疲劳综合征患者外周血单核细胞的免疫代谢变化,并识别出ESRRA-APP-CD74信号通路作为潜在的生物标志物 | 样本量较小且仅评估了外周血 | 探讨慢性疲劳综合征的病理机制及其潜在的生物标志物 | 慢性疲劳综合征患者和健康对照的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 慢性疲劳综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4名慢性疲劳综合征患者和4名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 3834 | 2024-10-15 |
Single-cell RNA transcriptomic analyses of tumor microenvironment of ovarian metastasis in gastric cancer
2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-024-00974-2
PMID:39162990
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了胃癌卵巢转移的肿瘤微环境 | 首次综合分析了胃癌卵巢转移的免疫微环境,并识别了与转移相关的特定细胞类型和基因特征 | 样本量较小,仅分析了两对临床样本 | 揭示胃癌卵巢转移的免疫微环境,促进新治疗策略的发现 | 胃癌卵巢转移的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两对临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3835 | 2024-10-15 |
Somatic mitochondrial DNA mutations are a source of heterogeneity among primary leukemic cells
2024-Sep-27, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.26.24314381
PMID:39398996
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研究论文 | 本研究探讨了体细胞线粒体DNA(mtDNA)突变在儿童白血病中的异质性来源及其生物学意义 | 通过整合单细胞测序(SCS)与数学建模和网络系统生物学方法,揭示了肿瘤富集的mtDNA突变与细胞状态变化之间的关联 | 研究主要基于两个儿童癌症患者队列的批量全基因组测序数据,样本量有限 | 探讨体细胞线粒体DNA突变在白血病细胞中的异质性及其生物学意义 | 儿童白血病患者的肿瘤和正常样本 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序(SCS) | 数学建模 | 基因组数据 | 两个儿童癌症患者队列的匹配肿瘤和正常样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3836 | 2024-10-15 |
Bioinformatics-based diagnosis and evaluation of several pivotal genes and pathways associated with immune infiltration at different time points in spinal cord injury
2024-Apr, Biotechnology & genetic engineering reviews
DOI:10.1080/02648725.2023.2178970
PMID:36841940
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研究论文 | 本研究利用生物信息学方法分析脊髓损伤后不同时间点的关键基因和信号通路,评估免疫浸润情况 | 首次通过基因表达数据和功能富集分析方法,揭示了脊髓损伤后不同时间点的免疫相关基因和信号通路 | 研究仅基于两个基因表达数据集,样本量有限,可能影响结果的普适性 | 探讨脊髓损伤后不同时间点的免疫相关基因和信号通路,为干预策略提供理论基础 | 脊髓损伤后的关键基因和信号通路 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 两个基因表达数据集(GSE464和GSE45006),分别包含370个和111个共享基因 | NA | NA | NA | NA |
| 3837 | 2024-10-14 |
Prognostic risk model of LIHC T-cells based on scRNA-seq and RNA-seq and the regulation of the tumor immune microenvironment
2024-Oct-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01424-z
PMID:39388011
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序和RNA测序数据,构建了LIHC患者的T细胞标记基因的预后风险模型,并探讨了该模型对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次基于T细胞标记基因构建了LIHC患者的预后风险模型,并验证了其在独立数据集中的有效性 | 研究仅限于TCGA和GEO数据库的数据,未涵盖所有可能的临床样本 | 开发一种基于T细胞标记基因的预后风险模型,用于预测LIHC患者的生存结果和免疫治疗效果 | LIHC患者的T细胞标记基因及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序和RNA测序 | 风险模型 | 基因数据 | 860个T细胞标记基因,TCGA-LIHC数据集和独立GEO数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3838 | 2024-10-14 |
Discovery of prognostic lncRNAs in colorectal cancer using spatial transcriptomics
2024-Oct-10, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00728-1
PMID:39390212
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研究论文 | 研究利用空间转录组学技术在结直肠癌中发现与预后相关的长链非编码RNA(lncRNA) | 首次利用空间转录组学技术研究结直肠癌中的lncRNA,提供更精确的细胞类型特异性表达数据 | 研究仅限于结直肠癌,且样本量较小,需要进一步验证和扩大样本量 | 发现结直肠癌中与转移相关的lncRNA,作为早期风险评估的潜在生物标志物 | 结直肠癌中的lncRNA及其在肿瘤转移中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | RNA | 301个与恶性结直肠癌区域相关的lncRNA | NA | NA | NA | NA |
| 3839 | 2024-10-14 |
Rewriting cellular fate: epigenetic interventions in obesity and cellular programming
2024-Oct-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00944-2
PMID:39390356
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研究论文 | 本文讨论了表观遗传干预在肥胖和细胞编程中的机制 | 本文详细分析了表观遗传调控在肥胖中的作用,并介绍了多种用于揭示这些调控的方法 | NA | 探讨表观遗传干预如何影响肥胖,并分析相关的方法 | 肥胖和细胞编程 | 表观遗传学 | 肥胖 | DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀、体细胞核移植、细胞融合 | NA | 基因表达数据、表观遗传标记数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3840 | 2024-10-14 |
Key platelet genes play important roles in predicting the prognosis of sepsis
2024-10-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74052-w
PMID:39384856
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(RNA-seq)数据,结合多种算法分析,构建了一个稳定的脓毒症预后模型 | 首次通过scRNA-seq技术识别脓毒症患者中的关键细胞,并结合批量RNA-seq数据和多种算法构建预后模型 | 研究样本量较小,且仅基于GEO数据库的数据,可能影响模型的普适性 | 通过scRNA-seq和批量RNA-seq数据,结合多种算法分析,构建一个稳定的脓毒症预后模型 | 脓毒症患者的预后预测 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(RNA-seq),定量实时PCR(qRT-PCR) | Cox回归模型 | RNA测序数据 | 9个样本的scRNA-seq数据,批量RNA-seq数据来自GEO数据库,qRT-PCR在CLP诱导的脓毒症小鼠模型中进行 | NA | NA | NA | NA |