单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3821	2024-09-30	SpaTopic: A statistical learning framework for exploring tumor spatial architecture from spatially resolved transcriptomic data 2024-Sep-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4942 PMID:39331720	研究论文	介绍了一种名为SpaTopic的统计学习框架，用于整合单细胞转录组学和空间转录组学数据，以探索肿瘤微环境的空间结构	SpaTopic通过主题建模将肿瘤微环境划分为具有一致细胞组织的空间域，提高了空间结构注释的性能，并能准确预测三级淋巴结构和肿瘤边界	NA	开发一种新的分析框架，用于探索、比较和解释肿瘤空间转录组学数据	肿瘤微环境的空间结构	生物信息学	NA	空间转录组学	主题建模	转录组数据	涉及多种肿瘤类型
3822	2024-09-30	Single-cell sequencing suggests a conserved function of Hedgehog-signalling in spider eye development 2024-Sep-26, EvoDevo IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13227-024-00230-6 PMID:39327634	研究论文	本文通过单细胞测序数据重新分析，揭示了Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的保守功能	本文首次发现Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的作用，并展示了其在蜘蛛中的保守性	本文主要基于已发表的单细胞测序数据进行分析，未进行新的实验验证	探讨Hedgehog信号通路在蜘蛛眼睛发育中的作用及其保守性	蜘蛛眼睛发育过程中的基因表达调控网络	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个蜘蛛物种的胚胎样本
3823	2024-09-30	POU4F3 is a Sensitive and Specific Marker of Merkel Cell Carcinoma 2024-Sep-26, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100627 PMID:39341281	研究论文	研究确定了POU4F3作为Merkel细胞癌的敏感和特异性标记物	首次发现POU4F3作为Merkel细胞癌的特异性标记物，并验证了其在区分Merkel细胞癌与其他类似肿瘤中的应用	研究样本主要集中在TCGA数据集和其他公开数据集，可能存在数据偏倚	寻找和验证Merkel细胞癌的敏感和特异性标记物	Merkel细胞癌及其类似肿瘤	数字病理学	皮肤癌	RNA测序	NA	RNA	9264个实体肿瘤和超过600,000个单细胞转录组数据
3824	2024-09-30	Single-cell RNA sequencing revealed the roles of macromolecule epidermal growth factor receptor (EGFR) in the hybrid sterility of hermaphroditic Argopecten scallops 2024-Sep-26, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.136062 PMID:39341320	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了巨分子表皮生长因子受体（EGFR）在雌雄同体扇贝杂交不育中的作用	首次在杂交扇贝的性腺中进行全面的单细胞RNA测序，揭示了EGFR在杂交不育中的关键作用	NA	探讨EGFR在雌雄同体扇贝杂交不育中的遗传机制	雌雄同体扇贝的杂交不育性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	雌雄同体扇贝的杂交不育性腺样本
3825	2024-09-30	nsDCC: dual-level contrastive clustering with nonuniform sampling for scRNA-seq data analysis 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae477 PMID:39327063	研究论文	提出了一种名为nsDCC的双层对比聚类方法，结合非均匀采样技术用于单细胞RNA测序数据分析	引入双层对比聚类方法，结合实例级和聚类级对比，同时优化降维和聚类任务，并通过非均匀采样和注意力机制增强模型性能	NA	开发一种新的方法来优化单细胞RNA测序数据的降维和聚类任务	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	对比学习	对比聚类模型	RNA测序数据	涉及真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
3826	2024-09-30	Identification of Hypoxia-ALCAMhigh Macrophage- Exhausted T Cell Axis in Tumor Microenvironment Remodeling for Immunotherapy Resistance 2024-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202309885 PMID:38956900	研究论文	研究通过整合bulk、单细胞和空间转录组学数据，揭示了肿瘤微环境中缺氧与免疫逃逸的关系，并发现了一个由恶性细胞、ALCAM巨噬细胞和耗竭的CD8 T细胞组成的缺氧相关细胞间通讯枢纽	首次揭示了缺氧通过ALCAM巨噬细胞-耗竭T细胞轴影响免疫治疗抵抗的机制，并提出了通过抑制HIF-1ɑ来增强免疫治疗效果的新策略	研究主要基于预临床数据，需要在临床试验中进一步验证	揭示肿瘤微环境中缺氧与免疫逃逸的关系，并探索克服缺氧引起的免疫治疗抵抗的新策略	肿瘤微环境中的缺氧、ALCAM巨噬细胞和耗竭的CD8 T细胞	数字病理学	癌症	bulk、单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
3827	2024-09-30	Innate immune responses against mRNA vaccine promote cellular immunity through IFN-β at the injection site 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51411-9 PMID:39191748	研究论文	研究了mRNA疫苗注射部位的免疫反应，特别是通过IFN-β促进细胞免疫的过程	首次详细描述了mRNA疫苗注射部位的免疫反应机制，特别是注射部位成纤维细胞对mRNA的响应以及IFN-β信号在增强抗原特异性细胞免疫反应中的作用	研究仅限于BALB/c雌性小鼠模型，可能无法完全代表所有人群的免疫反应	探讨mRNA疫苗注射部位的免疫反应机制，特别是IFN-β在促进细胞免疫中的作用	mRNA疫苗注射部位的免疫反应，特别是成纤维细胞和树突状细胞的响应	免疫学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	BALB/c雌性小鼠
3828	2024-09-30	Maximizing single cell dissociation protocol for individual zebrafish embryo 2024-Dec, MethodsX IF:1.6Q2 DOI:10.1016/j.mex.2024.102958 PMID:39329153	研究论文	本文介绍了一种优化的小鱼胚胎单细胞分离协议	提出了针对小鱼胚胎的高质量单细胞悬液分离方法	NA	优化单细胞分离技术，以研究细胞异质性和细胞状态	小鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	细胞	单个小鱼胚胎
3829	2024-09-30	Natural hydrogen gas and engineered microalgae prevent acute lung injury in sepsis 2024-Oct, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2024.101247 PMID:39328786	研究论文	研究探讨了天然氢气和工程微藻在预防脓毒症引起的急性肺损伤中的作用	提出了DQB@C作为一种新型生物纳米系统，具有治疗脓毒症相关急性肺损伤的巨大潜力	NA	整合氢气和生物纳米微藻，扩展脓毒症的治疗选择	研究氢气和微藻在预防脓毒症引起的急性肺损伤中的作用	生物医学工程	脓毒症	磷酸蛋白质组学、代谢组学和蛋白质组学分析	NA	蛋白质组学数据	小鼠样本
3830	2024-09-30	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis reveal immune-related biomarkers in postmenopausal osteoporosis 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38022 PMID:39328516	研究论文	研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了绝经后骨质疏松症中的免疫相关生物标志物	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出六个免疫相关差异表达基因（IR-DEGs），并构建了绝经后骨质疏松症的分子亚型和诊断模型	研究主要基于公共数据库中的数据，缺乏临床样本的验证	探讨绝经后骨质疏松症的免疫调节机制和早期诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症患者的外周血单核细胞	生物信息学	骨质疏松症	RNA测序	随机森林（RF）、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）和LASSO回归模型	RNA	训练组使用GSE56815数据集，验证组使用GSE2208数据集，涉及单细胞RNA测序数据分析11个不同的细胞簇
3831	2024-09-30	NOX2 mediates NLRP3/ROS facilitating nasal mucosal epithelial inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38029 PMID:39328569	研究论文	本研究探讨了NOX2在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中通过NLRP3/ROS途径促进鼻黏膜上皮炎症的机制	首次利用单细胞RNA测序数据揭示了NOX2在CRSwNP中通过ROS积累和NLRP3炎症小体激活的关键作用	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨氧化应激在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）鼻黏膜上皮细胞中的机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）的鼻黏膜上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	HRA000772数据集中的单细胞RNA测序数据
3832	2024-09-30	Non-thermal atmospheric pressure plasma induces selective cancer cell apoptosis by modulating redox homeostasis 2024-Sep-26, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01810-8 PMID:39327567	研究论文	研究非热等离子体通过调节氧化还原稳态诱导选择性癌细胞凋亡的机制	首次详细探讨了非热等离子体通过调节氧化还原稳态诱导选择性癌细胞凋亡的机制	研究仅限于HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞，未涵盖其他类型的癌细胞	探索非热等离子体诱导选择性细胞死亡的机制及其在癌症治疗中的应用	HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞	NA	NA	非热等离子体处理、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像	HT1080纤维肉瘤细胞和人类正常成纤维细胞
3833	2024-09-30	Beyond the bulk: overview and novel insights into the dynamics of muscle satellite cells during muscle regeneration 2024-Sep-26, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00354-1 PMID:39327631	综述	本文综述了肌肉卫星细胞在肌肉再生过程中的动态变化，并介绍了单细胞技术在研究中的应用	利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，揭示了肌肉再生过程中肌肉卫星细胞的动态异质性	NA	综述肌肉卫星细胞在肌肉再生中的作用，并探讨单细胞技术带来的新见解	肌肉卫星细胞及其在肌肉再生中的动态变化	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
3834	2024-09-30	Ketamine ameliorates post-traumatic social avoidance by erasing the traumatic memory encoded in VTA-innervated BLA engram cells 2024-Sep-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.06.026 PMID:39032491	研究论文	研究探讨了氯胺酮通过消除中脑腹侧被盖区（VTA）投射到基底外侧杏仁核（BLA）的记忆细胞中的创伤记忆，减轻创伤后社交回避的作用	首次揭示了氯胺酮在记忆再巩固窗口期内通过减少BLA记忆细胞的活性和数量，有效缓解创伤后社交回避，并发现多巴胺D2受体在这一过程中的关键作用	研究仅在急性社会挫败应激（SDS）小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨氯胺酮在创伤后应激障碍（PTSD）治疗中的作用机制	创伤后社交回避及相关的记忆细胞	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
3835	2024-09-30	Single-cell dissection of the human blood-brain barrier and glioma blood-tumor barrier 2024-Sep-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.07.026 PMID:39191260	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术分析了人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征	首次通过单细胞RNA测序构建了人脑血脑屏障的分子图谱，并揭示了胶质母细胞瘤中血脑屏障的异常特征	研究样本仅限于13例手术切除的胶质瘤样本及其邻近的正常脑组织	探究人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征，并研究其在胶质母细胞瘤中的异常变化	人脑血脑屏障和胶质瘤血瘤屏障的细胞组成和分子特征	数字病理学	脑肿瘤	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	13例手术切除的胶质瘤样本及其邻近的正常脑组织，共103,230个细胞
3836	2024-09-30	The cell rejuvenation atlas: leveraging network biology to identify master regulators of rejuvenation strategies 2024-Sep-09, Aging DOI:10.18632/aging.206105 PMID:39264584	研究论文	开发了一个细胞再生图谱，利用网络生物学方法识别再生策略的主调控因子	提出了SINGULAR系统，通过单细胞RNA测序和网络生物学方法，系统分析多种再生策略在多个器官中的效果	目前仅限于分析已知的再生策略，未来需要验证和扩展到更多策略	解决当前再生策略效果有限且机制不明的问题，设计更全面的细胞再生策略	多种器官的细胞再生策略及其分子机制	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	网络生物学	基因表达数据	多个器官的单细胞样本
3837	2024-09-30	Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: A single-cell analysis in rhesus macaques 2024-Sep, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012168 PMID:39283947	研究论文	研究了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的单细胞RNA测序分析	首次在急性SIV感染的恒河猴中枢神经系统中进行了单细胞RNA测序，揭示了微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞的不同亚群及其在感染期间的动态变化	样本量较小，仅包括三只感染SIV的恒河猴和三只未感染的对照组	探讨急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其与神经退行性疾病的潜在关联	急性SIV感染的恒河猴中枢神经系统中的微胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三只感染SIV的恒河猴和三只未感染的对照组
3838	2024-09-30	Single-cell resolution profiling of the immune microenvironment in primary and metastatic nasopharyngeal carcinoma 2024-Aug-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05900-5 PMID:39158776	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对原发性和转移性鼻咽癌的免疫微环境进行了高分辨率分析	首次在单细胞水平上详细描述了鼻咽癌转移的进化动态及其对肿瘤微环境的影响	NA	研究鼻咽癌转移的进化路径及其免疫微环境的动态变化	原发性和转移性鼻咽癌患者的肿瘤样本及外周血单个核细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	24例原发性鼻咽癌、7例外周血单个核细胞鼻咽癌和7例转移性鼻咽癌患者的样本，共292,298个细胞
3839	2024-09-30	Consensus clustering and development of a risk signature based on trajectory differential genes of cancer-associated fibroblast subpopulations in colorectal cancer 2024-Aug-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05906-z PMID:39120743	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的轨迹差异，并通过共识聚类和机器学习构建了风险特征	首次基于癌症相关成纤维细胞亚群的轨迹差异基因进行共识聚类，并开发了高风险特征签名	研究主要基于批量和单细胞测序数据，未涵盖所有可能的成纤维细胞亚群	探讨癌症相关成纤维细胞亚群在结直肠癌中的作用，并开发新的预后标志物	结直肠癌患者的癌症相关成纤维细胞亚群及其轨迹差异基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	机器学习	基因数据	NA
3840	2024-09-30	Microglial heterogeneity in the ischemic stroke mouse brain of both sexes 2024-Aug-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01368-7 PMID:39095897	研究论文	研究探讨了永久性脑卒中对小鼠大脑中微胶质细胞的影响及其异质性	首次通过单细胞RNA测序分析了脑卒中后微胶质细胞的异质性，并发现了与脑卒中相关的七个潜在微胶质细胞簇	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床环境中验证	解析永久性脑卒中对微胶质细胞的影响，探索潜在的治疗靶点	小鼠大脑中的微胶质细胞	数字病理学	脑卒中	单细胞RNA测序	NA	RNA	年轻雄性和雌性小鼠