单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
361	2026-08-13	Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling 2024-09-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015 PMID:39047740	研究论文	利用单细胞RNA测序技术，在单细胞分辨率下分析小鼠胚胎滞育状态，揭示转录动态变化及整合素-Yap/Taz促生存信号通路的激活	首次在单细胞分辨率下分子定义胚胎滞育状态，揭示胚胎在静止状态下的转录动态变化，并发现休眠多能细胞通过整合素受体感知微环境并依赖Yap/Taz信号维持存活的机制	仅使用小鼠胚胎模型，未涉及其他哺乳动物物种；未深入探讨整合素-Yap/Taz信号通路的具体下游调控机制	阐明胚胎滞育的分子调控机制，特别是休眠状态下胚胎如何维持发育潜能和细胞活力	小鼠胚胎（滞育状态和正常发育状态）	单细胞转录组学	不适用	单细胞RNA测序	不适用	基因表达数据	未明确指出具体数量，但涉及多个小鼠胚胎个体及细胞	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'转录组测序
362	2026-08-13	PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy 2024-09, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01317-2 PMID:38816578	研究论文	本研究揭示了PD-L2通过动态改变肿瘤免疫环境驱动EGFR-TKIs耐药，并发现天然小分子抑制剂十一烯酸锌可逆转耐药	首次揭示PD-L2/PD-1信号通路作为驱动EGFR-TKIs耐药的关键外在因素，并鉴定出天然小分子抑制剂十一烯酸锌，为克服耐药提供新策略	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚需在临床样本中验证PD-L2表达与耐药的相关性及十一烯酸锌的治疗效果	探究EGFR突变肿瘤对EGFR-TKIs耐药的免疫微环境机制，并寻找克服耐药的靶向治疗措施	EGFR突变细胞系、同系荷瘤小鼠、CD8 T细胞	肿瘤免疫学	EGFR突变肿瘤（如非小细胞肺癌）	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	细胞系和小鼠模型，具体数量未提供	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
363	2026-08-13	Single-cell transcriptomic analysis reveals a decrease in the frequency of macrophage-RGS1high subsets in patients with osteoarticular tuberculosis 2024-08-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00886-9 PMID:39123125	研究论文	利用单细胞转录组分析揭示骨关节结核患者中巨噬细胞RGS1高表达亚群频率降低	首次通过单细胞RNA测序描述骨关节结核中免疫细胞亚群的异质性，并发现巨噬细胞RGS1高表达亚群减少及其与铁死亡相关的机制，提出该亚群作为诊断和治疗监测的生物标志物	样本量可能有限，且机制研究主要基于转录组数据，需进一步功能验证	通过单细胞RNA测序理解骨关节结核患者免疫细胞亚群的表型和功能	骨关节结核患者的病理组织和健康邻近组织	单细胞转录组学	骨关节结核	单细胞RNA测序	无监督聚类和UMAP降维	单细胞转录组数据	骨关节结核患者和健康对照者，具体数量未提及	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
364	2026-08-13	Stellate cells are in utero markers of pancreatic disease in cystic fibrosis 2024-08-07, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00871-2 PMID:39112965	研究论文	本研究利用绵羊模型探究囊性纤维化（CF）胰腺疾病在宫内发育过程中的演变，通过转录组和单细胞分析发现早期纤维化标志物及独特的星状细胞群体。	首次在子宫内阶段利用绵羊CF模型结合bulk RNA-seq和scRNA-seq，识别出与CF胰腺疾病早期发展相关的独特细胞群体（星状细胞）及转录组变化。	摘要未提及研究的局限性信息。	探讨囊性纤维化胰腺疾病在妊娠期间的演变过程，寻找早期诊断标志物和潜在治疗靶点。	绵羊胎儿胰腺组织，包括CFTR-/-模型和对照组，涵盖从妊娠50天至足月的多个时间点。	数字病理学、转录组学	囊性纤维化	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组化	NA	转录组数据（RNA-seq）和图像数据（免疫染色）	6个时间点的胎儿胰腺样本（50天至足月），其中80天、120天和足月样本用于单细胞测序。	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	NA
365	2026-08-13	BAG6 restricts pancreatic cancer progression by suppressing the release of IL33-presenting extracellular vesicles and the activation of mast cells 2024-08, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01195-1 PMID:38942797	研究论文	本研究揭示了BAG6通过抑制携带IL33的细胞外囊泡释放和肥大细胞活化来限制胰腺癌进展的新机制。	首次发现BAG6在胰腺癌中具有肿瘤抑制活性，通过调控EV释放和肥大细胞激活影响肿瘤微环境，并提出了使用伊马替尼治疗低BAG6表达和高肥大细胞浸润患者的潜在策略。	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证相对有限，需要进一步的临床研究来确认BAG6作为生物标志物和治疗靶点的价值。	探讨BAG6在胰腺癌进展中的作用机制，特别是通过EV和肥大细胞调节肿瘤微环境的途径。	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型、小鼠和人类类器官、患者样本。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、Cre/LoxP报告系统	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据、组织样本数据	涉及多个小鼠模型和患者样本，具体数量未在摘要中提供。	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台
366	2026-08-13	scRNMF: An imputation method for single-cell RNA-seq data by robust and non-negative matrix factorization 2024-08, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012339 PMID:39116191	研究论文	提出一种基于鲁棒非负矩阵分解的scRNA-seq数据填补方法scRNMF，通过结合L2损失和C损失函数处理缺失值，提高数据质量	集成L2损失和C损失两种损失函数，其中C损失对大误差惩罚较小，增强了对离群值的鲁棒性，提高了填补的稳定性	未明确提及局限性	开发一种有效的单细胞RNA-seq数据填补方法，以克服技术限制导致的基因检测缺失问题	不同大小和零率的各种scRNA-seq数据集	机器学习	NA	RNA-seq	非负矩阵分解	基因表达数据	多种数据集，具体数量和类型未说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
367	2026-08-13	Identifying cell states in single-cell RNA-seq data at statistically maximal resolution 2024-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012224 PMID:38995959	研究论文	本文提出了一种名为Cellstates的工具，基于单细胞RNA测序数据直接在原始数据上识别统计上最大分辨率的细胞状态，并以零可调参数自动确定最优分区和聚类数	从第一性原理出发，利用已知的测量噪声结构，将细胞分区问题数学上严格定义并推导出唯一解，无需参数调整即可在原始UMI计数上直接操作	未提及明确的局限性	在单细胞RNA测序数据中，以统计上最大分辨率划分细胞子集，使每个子集内的基因表达状态在统计上不可区分，并对应不同的基因表达状态	单细胞RNA测序数据中的细胞群体	机器学习	不适用	单细胞RNA测序	不适用	基因表达计数数据	不适用	不适用	单细胞RNA测序	不适用	不适用
368	2026-08-13	A rule-based multiscale model of hepatic stellate cell plasticity: Critical role of the inactivation loop in fibrosis progression 2024-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011858 PMID:39074160	研究论文	基于规则的肝星状细胞多尺度模型，揭示了在纤维化进展和逆转中失活环的关键作用	首次纳入肝星状细胞表型异质性的纤维化模型，利用Kappa图重写语言和令牌计数器解决时间爆炸问题，并识别失活肝星状细胞为纤维化进展的新型标记物	模型对TGFβ1参数敏感，可能需要适应不同病理生理条件；未详细讨论其他细胞类型或分子通路的影响	研究肝星状细胞在纤维化进展和逆转中的动态变化，为开发新的治疗方法提供见解	肝星状细胞，包括其生理状态及与TGFβ1的相互作用	系统生物学	肝纤维化、非酒精性脂肪性肝炎	NA	规则基模型（基于Kappa语言）	RNA测序数据、实验数据（小鼠模型）	小鼠CCl4诱导的肝纤维化模型及非酒精性脂肪性肝炎患者样本（具体数量未提供）	NA	RNA测序	NA	NA
369	2026-08-13	scBoolSeq: Linking scRNA-seq statistics and Boolean dynamics 2024-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011620 PMID:38976751	研究论文	本文介绍了scBoolSeq方法，用于连接单细胞RNA测序数据与布尔网络状态，实现数据的双向转换，包括二值化和合成数据生成。	提出了一种统计方法scBoolSeq，能够根据参考scRNA-seq数据学习基因依赖性丢失模型，实现布尔状态与表达数据的双向链接，并优于现有方法如BoolODE。	摘要中未明确提及局限，但可能依赖于参考数据集的分布假设，且仅针对二元状态建模。	开发一种方法，以桥接scRNA-seq定量数据与布尔网络定性状态，支持数据驱动的模型构建和验证。	基因表达的伪计数分布和布尔激活状态，应用案例基于细胞命运决定过程。	机器学习	NA	单细胞RNA测序	布尔网络	基因表达数据	未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
370	2026-08-13	Stimulator of Interferon Genes Pathway Activation through the Controlled Release of STINGel Mediates Analgesia and Anti-Cancer Effects in Oral Squamous Cell Carcinoma 2024-Apr-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12040920 PMID:38672274	研究论文	本研究探讨了STINGel缓释制剂通过激活STING通路在口腔鳞状细胞癌中发挥镇痛和抗肿瘤作用的机制	首次发现STINGel通过调控免疫细胞群（增加M1型巨噬细胞和N1型中性粒细胞）及TGF-β信号通路，实现镇痛和抗肿瘤双重效果	未明确提及研究的局限性	研究STINGel瘤内注射对口腔鳞状细胞癌所致疼痛的影响及其细胞信号机制	口腔鳞状细胞癌小鼠模型及疼痛行为学测试	癌症免疫治疗与疼痛管理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两种OSCC模型及相应行为学测试样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	单细胞3'转录组测序
371	2026-08-13	nf-core/airrflow: an adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576147 PMID:38293151	研究论文	开发并评估了nf-core/airrflow，一个基于Immcantation框架的适应性免疫受体库分析工作流程，用于处理Bulk和单细胞AIRR-seq数据	提供了端到端的、可扩展且可移植的AIRR-seq处理流程，整合了Immcantation框架，并支持高通量并行处理大规模数据集	未明确提及局限性，可能包括对特定计算基础设施的依赖或对新用户的复杂性	解决现有AIRR-seq工具在跨样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施可移植性方面的不足	B细胞和T细胞受体序列，来自Bulk和单细胞测序的适应性免疫受体库数据	生物信息学	COVID-19	AIRR-seq	NA	测序数据（Bulk和单细胞）	97名COVID-19感染者和99名健康对照	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
372	2026-08-13	The Fibroblast Landscape in Stomach Carcinogenesis 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.001 PMID:38342299	综述	总结并讨论了过去几年中利用单细胞RNA测序和空间转录组学研究胃致癌过程中成纤维细胞异质性和可塑性的最新进展	首次系统阐述了从正常胃到化生、不典型增生和癌症过程中，成纤维细胞群体的异质性及其可塑性的变化，特别是PDGFRA表达的端粒细胞样细胞在化生和异型增生中的作用	本文为综述，未包含原始实验数据，可能受限于所引用研究的范围	总结并讨论胃致癌过程中成纤维细胞群体的异质性、可塑性及其在癌微环境中的作用	人类胃组织中的成纤维细胞群体，从正常胃到化生、不典型增生和癌症各阶段	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、空间转录数据	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
373	2026-08-13	Lysyl Oxidase Regulates Epithelial Differentiation and Barrier Integrity in Eosinophilic Esophagitis 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.025 PMID:38340809	研究论文	本研究探讨赖氨酰氧化酶在嗜酸性食管炎中对上皮分化和屏障完整性的调节作用	首次揭示LOX在食管上皮中的非经典信号分子角色，通过激活BMP通路调节上皮稳态，提出了LOX/BMP轴作为治疗靶点	研究主要基于体外模型，需进一步在体内验证；LOX/BMP轴的详细机制尚待深入探索	阐明LOX在嗜酸性食管炎食管上皮中的功能作用及潜在治疗价值	人食管上皮类器官和气液界面培养模型	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	类器官模型	基因表达数据	患者来源的类器官样本（具体数量未提供）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
374	2026-08-13	Noncanonical TRAIL Signaling Promotes Myeloid-Derived Suppressor Cell Abundance and Tumor Growth in Cholangiocarcinoma 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.006 PMID:38219900	研究论文	本研究揭示了非经典TRAIL信号通过促进髓源性抑制细胞增殖进而支持胆管癌肿瘤生长的机制	首次证明肿瘤细胞上的TRAIL通过非经典信号通路激活MDSC中的核因子-κB，从而增强MDSC增殖并抵抗凋亡，挑战了TRAIL仅作为促凋亡因子的传统观点	研究主要在鼠类模型中进行，人类胆管癌中的相关机制尚需进一步验证	阐明TRAIL+癌细胞通过非经典TRAIL信号在MDSC中促进其丰度并支持肿瘤生长的机制，以探索新的治疗靶点	小鼠胆管癌模型中的癌细胞和髓源性抑制细胞	癌症免疫学	胆管癌	单细胞RNA测序、转录组和表位细胞索引测序	小鼠同基因原位肿瘤模型	单细胞转录组和表位数据	多种免疫活性同基因原位小鼠胆管癌模型，具体样本数量未在摘要中说明	10x Genomics	单细胞RNA测序、单细胞转录组和表位细胞索引测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序和CITE-seq
375	2026-08-13	Telocytes in the Luminal GI Tract 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.002 PMID:38342300	综述	本文综述了腔内胃肠道中端粒细胞的研究现状、争议和未来方向，重点讨论其在干细胞巢中的作用	结合单细胞RNA测序发现，提出端粒细胞作为干细胞巢成分的潜在争议和替代机制	未提供实验数据，仅基于文献综述，可能受限于现有研究的范围和解释	探讨腔内胃肠道中端粒细胞的结构功能、在干细胞巢中的作用，以及其存在的争议和未来研究方向	腔内胃肠道中的端粒细胞及相关基质细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文献数据	不适用（综述）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
376	2026-08-13	Interindividual Variation in Gut Nitrergic Neuron Density Is Regulated By GDNF Levels and ETV1 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101405 PMID:39299667	研究论文	本研究探讨了GDNF水平通过ETV1调控肠道氮能神经元密度的个体间差异及其对肠道功能的影响	首次揭示了GDNF水平在人类结肠中的自然变异（约5倍）与氮能神经元标记物表达的强相关性，并鉴定出miR-9和miR-133作为GDNF表达的进化保守负调控因子，以及ETV1作为介导GDNF调控氮能谱系发育的关键转录因子	研究主要基于小鼠模型和人类样本的关联分析，尚需进一步的因果验证和临床转化研究	探究肠道氮能神经元密度个体间差异的分子机制及其对肠道功能的影响	人类正常成人结肠活检样本（41例）、人类和小鼠发育期肠道、转基因小鼠模型、原代神经元培养	分子生物学	胃肠道疾病	RNA-seq、单细胞RNA-seq、siRNA、原代神经元培养	转基因小鼠模型	转录组数据、单细胞基因表达数据、表型数据	41例人类结肠活检、转基因小鼠及原代神经元培养样本	NA	RNA-seq、单细胞RNA-seq	NA	NA
377	2026-08-13	Deciphering the impact of senescence in kidney transplant rejection: An integrative machine learning and multi-omics analysis via bulk and single-cell RNA sequencing 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0312272 PMID:39602449	研究论文	通过整合机器学习和多组学分析（包括批量及单细胞RNA测序），探讨衰老在肾移植排斥反应中的作用，并开发诊断和预后模型。	首次结合多种机器学习算法与多组学数据识别衰老相关预测基因，并构建高精度的急性排斥诊断模型和移植物存活预后模型。	未在独立外部队列或前瞻性研究中验证模型；单细胞分析可能受样本量限制。	阐明衰老在肾移植排斥中的角色，并开发基于衰老相关基因的生物标志物以改善诊断和预后。	肾移植受者及其移植肾组织样本，包括微阵列和单细胞RNA测序数据。	机器学习	肾移植排斥反应	微阵列、单细胞RNA测序	随机森林、支持向量机、极端梯度提升、广义线性模型和最小绝对收缩和选择算子	基因表达数据（微阵列和单细胞RNA测序数据）	未明确指定，但包含来自基因表达综合库的多个数据集。	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
378	2026-08-12	GeneCompass: deciphering universal gene regulatory mechanisms with a knowledge-informed cross-species foundation model 2024-12, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01034-y PMID:39375485	研究论文	本研究构建了基于知识整合的跨物种基础模型GeneCompass，用于破译人类和小鼠的通用基因调控机制	首次整合多类型先验生物学知识于预训练过程，并实现跨物种的单细胞转录组基础模型，在多种下游任务中优于现有模型，并成功预测细胞命运转换关键因子	摘要未明确提及局限性，但可能包括对特定细胞类型或条件的覆盖不足，以及模型泛化性在更多物种中的验证需求	利用人工智能技术破译不同物种间的通用基因调控机制，并加速关键细胞命运调控因子和候选药物靶点的发现	人类和小鼠的单细胞转录组数据，共120百万细胞，预处理后得到101,768,420个单细胞转录组	机器学习和单细胞转录组学	不适用	单细胞RNA测序	基础模型（自监督预训练与微调）	单细胞转录组数据	120百万个单细胞转录组（预处理后101,768,420个）	不适用	单细胞RNA测序	不适用	不适用
379	2026-08-12	Single-cell Transcriptome Landscape of DNA Methylome Regulators Associated with Orofacial Clefts in the Mouse Dental Pulp 2024-09, The Cleft palate-craniofacial journal : official publication of the American Cleft Palate-Craniofacial Association DOI:10.1177/10556656231172296 PMID:37161276	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，描绘了小鼠切牙牙髓中与DNA甲基化调控因子相关的单细胞转录组图谱，以探索其与口面裂的关联	首次在单细胞分辨率下表征了牙髓间充质干细胞亚群中DNA甲基化和去甲基化调控基因的转录景观，为表观遗传改变与唇腭裂多因素病因之间的潜在联系提供了机制性见解	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类患者样本，且主要聚焦于牙髓间充质干细胞，可能无法完全代表人类口面裂相关组织的复杂性	在单细胞水平上表征牙髓间充质干细胞中DNA甲基化和去甲基化调控基因的转录特征，探讨其与口面裂的潜在关联	小鼠切牙牙髓中的间充质干细胞亚群	单细胞转录组学	唇腭裂	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未提供具体样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
380	2026-08-12	A comparison of scRNA-seq annotation methods based on experimentally labeled immune cell subtype dataset 2024-07-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae392 PMID:39120646	研究论文	本研究基于实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集，系统评估了18种细胞注释方法，并比较了监督与无监督方法的性能	首次使用实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集（而非计算方法标记的数据）来评估注释方法，避免了计算偏差，更真实反映细胞类型结果	未明确说明，但可能包括数据集的特定性（仅免疫细胞）和评估方法的局限性	系统评估细胞注释方法的性能，为研究人员选择合适的方法提供指导，并揭示无监督聚类方法的不足	实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集，包含18种细胞注释方法	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序	SVM, scBERT, scDeepSort, Seurat	单细胞基因表达数据	实验标记的免疫细胞亚型单细胞数据集（具体样本量未在摘要中提及）	NA	单细胞RNA测序	NA	NA