单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-12-16	Exploring immune gene expression and potential regulatory mechanisms in anaplastic thyroid carcinoma using a combination of single-cell and bulk RNA sequencing data 2024-Dec-07, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108311 PMID:39674047	研究论文	本文通过结合单细胞和批量RNA测序数据，探索了间变性甲状腺癌中的免疫基因表达及其潜在的调控机制	本文创新性地整合了单细胞和批量RNA测序数据，识别了间变性甲状腺癌中的差异表达免疫基因，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络，为治疗间变性甲状腺癌提供了潜在靶点	本文的局限性在于依赖于已有的公开数据集，未进行实验验证，且样本量较小	本文旨在通过分析单细胞和批量RNA测序数据，识别间变性甲状腺癌中的免疫基因表达及其调控机制，为诊断和治疗提供新靶点	本文的研究对象是间变性甲状腺癌中的免疫基因表达及其调控机制	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的单细胞和批量RNA测序数据
362	2024-12-16	Novel insights into Cntnap4 in Alzheimer's disease: Intestinal flora interaction 2024-Dec-06, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138508 PMID:39647729	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、高通量转录组测序、16s rRNA测序和动物实验，探讨了Cntnap4基因在阿尔茨海默病中的作用及其与肠道菌群的相互作用	首次揭示了Cntnap4基因在阿尔茨海默病中的关键作用，并发现了肠道菌群与疾病进展之间的潜在联系	研究主要基于动物模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨Cntnap4基因在阿尔茨海默病中的作用及其与肠道菌群的相互作用	Cntnap4基因、肠道菌群、阿尔茨海默病小鼠模型	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、高通量转录组测序、16s rRNA测序	NA	RNA序列	阿尔茨海默病小鼠和对照小鼠
363	2024-12-16	PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis 2024-Dec-06, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510 PMID:39647740	研究论文	本研究探讨了PPARα激动剂通过调节肝巨噬细胞稳态减轻胆汁淤积性肝损伤的机制	首次揭示了PPARα激动剂通过抑制炎症反应、减少中性粒细胞浸润和促进M2样巨噬细胞极化来减轻胆汁淤积性肝损伤的免疫调节机制	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	探讨PPARα激动剂减轻胆汁淤积性肝损伤的免疫调节机制	胆汁淤积性肝损伤的小鼠模型	NA	肝病	CyTOF分析、scRNA-seq	NA	细胞数据	小鼠模型
364	2024-12-16	Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03011-9 PMID:39122969	研究论文	研究通过单核分析技术构建了不同遗传背景女性的乳腺组织染色质可及性和基因表达图谱	首次系统性地分析了不同遗传背景女性的乳腺组织中染色质可及性和基因表达的关系，并发现了新的细胞类型标记和基因调控网络	研究样本仅来自92名女性，可能无法全面代表所有遗传背景的多样性	探索不同遗传背景女性的乳腺组织中染色质可及性和基因表达的差异	不同遗传背景女性的乳腺组织	数字病理学	NA	单核RNA测序	NA	基因表达数据	92名女性
365	2024-12-16	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Pivotal Role of DOCK2 in Sjögren Disease 2024-Dec, ACR open rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1002/acr2.11738 PMID:39382155	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了DOCK2在干燥综合征中的关键作用，并验证了DOCK2抑制剂在SjD小鼠模型中的治疗效果	首次揭示了DOCK2在CD8+ T细胞中的高表达与干燥综合征的关联，并验证了DOCK2抑制剂在缓解疾病症状中的有效性	研究仅在SjD小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证DOCK2抑制剂的疗效	解析干燥综合征唾液腺中的致病细胞群体及其免疫通路，并探索DOCK2作为潜在治疗靶点的可能性	干燥综合征小鼠模型的唾液腺免疫细胞	单细胞组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	干燥综合征小鼠模型的唾液腺免疫细胞
366	2024-12-16	Impact of Mitophagy-Related Genes on the Diagnosis and Development of Esophageal Squamous Cell Carcinoma via Single-Cell RNA-seq Analysis and Machine Learning Algorithms 2024-Nov-28, Journal of microbiology and biotechnology IF:2.5Q3 DOI:10.4014/jmb.2407.07052 PMID:39344350	研究论文	研究探讨了自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建预测模型	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建了基于自噬相关基因的食管鳞状细胞癌预测模型，并验证了PYCARD基因在其中的关键作用	研究主要基于基因数据和机器学习模型，未涉及临床试验验证	探讨自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，提供新的治疗策略	食管鳞状细胞癌及其自噬相关基因	机器学习	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因数据	169个自噬相关基因
367	2024-12-16	Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response 2024-Nov-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology DOI:10.5152/tjg.2024.24118 PMID:39641225	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其对预后和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入研究肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并探讨其在预后和治疗反应中的作用	对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展、预后和治疗反应中的具体作用理解有限	揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并评估其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌的肿瘤免疫微环境异质性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
368	2024-12-16	Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-25, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae023 PMID:38862197	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14名未经治疗的肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织，揭示了肿瘤内异质性，并发现LGALS1+成纤维细胞在促进肝内胆管癌恶性表型中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了LGALS1+成纤维细胞在肝内胆管癌中的特异性作用，并提出了通过阻断LGALS1作为潜在治疗策略的可能性	研究仅在体外和体内模型中验证了LGALS1的沉默效应，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探讨肝内胆管癌肿瘤内异质性及其潜在治疗策略	肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的单细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14名未经治疗的肝内胆管癌患者
369	2024-12-16	Single-cell RNA-seq Reveals the Inhibitory Effect of Methamphetamine on Liver Immunity with the Involvement of Dopamine Receptor D1 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae060 PMID:39196711	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	首次通过单细胞RNA测序揭示了甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的抑制作用，并发现多巴胺受体D1在其中的调节作用	研究仅限于慢性甲基苯丙胺暴露模型，未探讨急性暴露的影响	探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	肝脏免疫细胞及多巴胺受体D1	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肝脏免疫细胞类型
370	2024-12-16	A specialized population of monocyte-derived tracheal macrophages promote airway epithelial regeneration through a CCR2-dependent mechanism 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110169 PMID:38993668	研究论文	本文研究了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用，并揭示了CCR2依赖的机制	首次揭示了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其CCR2依赖的招募和激活机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其机制	小鼠气管巨噬细胞及其在气道损伤后的再生作用	NA	NA	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型
371	2024-12-16	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weakly linked features 2024-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01935-0 PMID:37679544	研究论文	本文介绍了一种名为MaxFuse的跨模态数据整合方法，通过迭代共嵌入、数据平滑和细胞匹配，能够在特征弱关联的情况下实现高质量的跨模态数据整合	MaxFuse方法在特征弱关联的情况下表现出高鲁棒性和准确性，相较于现有方法在关键评估指标上实现了20~70%的相对改进	NA	开发一种能够在特征弱关联的情况下实现高质量跨模态数据整合的方法	跨模态的单细胞和空间数据	生物信息学	NA	单细胞和空间测序	NA	多模态数据	NA
372	2024-12-16	Integration of Pan-Cancer Cell Line and Single-Cell Transcriptomic Profiles Enables Inference of Therapeutic Vulnerabilities in Heterogeneous Tumors 2024-06-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3005 PMID:38581448	研究论文	本文开发了一种名为scIDUC的计算框架，通过整合单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据，预测个体细胞的药物疗效	提出了scIDUC框架，能够高效地将单细胞转录组数据转化为个体细胞的药物反应预测，为异质性肿瘤的治疗提供了新工具	需要进一步验证该框架在更多疾病类型和更大样本量中的适用性和准确性	开发一种能够预测异质性肿瘤中个体细胞药物反应的计算工具	单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗性前列腺癌三种不同疾病的细胞系
373	2024-12-16	Charting the cellular landscape of pulmonary arterial hypertension through single-cell omics 2024-May-03, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02823-0 PMID:38702687	综述	本文综述了单细胞组学技术，特别是单细胞RNA测序（scRNAseq），如何增强我们对肺动脉高压（PAH）的理解	scRNAseq提供了更精细的视角，详细描述了PAH中的细胞多样性，识别了独特的细胞亚群、基因网络和驱动疾病的分子通路	本文主要讨论了现有研究的结果，未涉及具体的实验数据或方法	探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用及其对疾病理解的影响	肺动脉高压（PAH）的细胞病理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	涉及人类、大鼠和小鼠模型
374	2024-12-16	CXCR6-positive circulating mucosal-associated invariant T cells can identify patients with non-small cell lung cancer responding to anti-PD-1 immunotherapy 2024-May-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03046-3 PMID:38698468	研究论文	研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的免疫特征及其与抗PD-1免疫治疗疗效的相关性	首次揭示了CXCR6阳性CD8+MAIT细胞在预测NSCLC患者对PD-1免疫治疗反应中的潜在作用	研究样本量较小，需要进一步验证结果的普适性	探讨MAIT细胞在NSCLC中的免疫特征及其与免疫检查点抑制剂治疗疗效的相关性	非小细胞肺癌患者及其对PD-1免疫治疗的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫荧光数据	转移性非小细胞肺癌患者的血液和肺组织样本
375	2024-12-16	Molecular mechanisms reconstruction from single-cell multi-omics data with HuMMuS 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae143 PMID:38460192	研究论文	本文介绍了一种名为HuMMuS的新方法，用于从单细胞多组学数据中推断调控机制	HuMMuS能够捕捉生物大分子之间的合作，并可以轻松包含额外的分子调控层，这是与现有技术的主要区别	NA	开发一种新方法来推断单细胞多组学数据中的调控机制	单细胞多组学数据中的调控机制	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	多组学数据	小鼠大脑皮层的snmC-seq、scATAC-seq和scRNA-seq数据
376	2024-12-16	Analyzing scRNA-seq data by CCP-assisted UMAP and tSNE 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311791 PMID:39671349	研究论文	本文研究了如何通过CCP辅助的UMAP和tSNE方法分析scRNA-seq数据，以提高可视化和准确性	本文引入了CCP方法作为UMAP和tSNE的初始化工具，显著提高了这两种降维技术的可视化和准确性	NA	提高scRNA-seq数据分析的准确性和可视化效果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	21个公开数据集
377	2024-12-15	Dynamic changes in serum adenosine and the adenosine metabolism-based signature for prognosis in HER2-positive metastatic breast cancer patients 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39545 PMID:39669152	研究论文	研究探讨了HER2阳性转移性乳腺癌患者中血清腺苷及其代谢相关标志物在预后中的作用	首次动态监测HER2阳性转移性乳腺癌患者的血清腺苷水平，并验证了其在曲妥珠单抗治疗中的预测价值	研究样本量较小，且仅限于HER2阳性转移性乳腺癌患者	探索腺苷在HER2阳性转移性乳腺癌中的预后意义及其在曲妥珠单抗治疗中的预测作用	HER2阳性转移性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	DESeq2	Cox回归模型	基因表达数据	109名HER2阳性转移性乳腺癌患者
378	2024-12-15	Cancer specific up-regulated lactate genes associated with immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39491 PMID:39669156	研究论文	本文通过比较TCGA队列中的恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌上调乳酸评分，并评估了其在非小细胞肺癌、转移性肾癌、膀胱癌和黑色素瘤中的免疫治疗效果	首次识别出癌症内在的乳酸特征，并揭示了其与免疫检查点抑制剂抵抗的相关性	研究主要基于TCGA和CPTAC数据集，可能存在数据偏倚；验证性研究仅限于NSCLC队列	识别与免疫治疗抵抗相关的癌症特异性上调乳酸基因，并探讨其潜在机制	非小细胞肺癌、转移性肾癌、膀胱癌和黑色素瘤患者	数字病理学	肺癌	单细胞测序(scRNA-seq)	NA	转录组学和蛋白质组学数据	涉及TCGA、CPTAC以及内部NSCLC队列的多个样本
379	2024-12-15	O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner 2024-Dec-13, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae268 PMID:39671515	研究论文	本文研究了O-GlcNAcylation稳定WTAP通过N6-甲基腺苷依赖的方式促进胶质母细胞瘤恶性进展的机制	首次揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和去泛素化协同增强其蛋白稳定性，进而通过m6A修饰促进LOXL2 mRNA稳定性和蛋白分泌，从而调控胶质母细胞瘤干细胞和巨噬细胞的相互作用	实验主要在体外和体内模型中进行，缺乏更大规模的人体临床试验验证	探讨WTAP在胶质母细胞瘤恶性进展中的作用及其机制，并评估其作为免疫治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤干细胞、巨噬细胞及其相互作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、质谱、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	RNA	涉及单细胞和bulk RNA测序数据，具体样本数量未明确
380	2024-12-15	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2024-Dec-13, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	研究论文	研究系统性硬化症（SSc）和其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型，揭示其激活、信号通路和治疗反应的机制	首次揭示了FcγR表达的巨噬细胞在SSc中的促吞噬和促炎作用，并提出了尼达尼布可能的治疗潜力	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	揭示驱动系统性硬化症和其他风湿性疾病中巨噬细胞增强吞噬作用的机制	系统性硬化症（SSc）、类风湿性关节炎（RA）、银屑病关节炎（PsA）和轴性脊柱炎（axSpA）患者的巨噬细胞	NA	风湿性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RT-qPCR、Western blot	NA	RNA	健康对照和SSc患者的皮肤和肺巨噬细胞，以及来自健康对照、SSc、RA、PsA和axSpA患者的单核细胞衍生的巨噬细胞