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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2025-12-24 |
The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.06.622243
PMID:39574659
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研究论文 | 本文通过单分子下拉技术证实了MC3R与MRAP2的相互作用,并揭示了MRAP2如何增强MC3R信号传导,从而在能量稳态中发挥关键作用 | 首次使用单分子下拉技术确认MC3R与MRAP2的相互作用,并发现它们以1:1化学计量形成异二聚体,同时通过结构模型和突变分析揭示了关键相互作用残基 | 研究主要在HEK293细胞中进行,可能无法完全反映体内复杂环境,且功能分析集中于cAMP信号通路,其他信号途径的影响未全面探讨 | 探究MRAP2对MC3R信号传导的调节机制及其在能量稳态中的作用 | MC3R受体、MRAP2辅助蛋白及其在HEK293细胞和人类下丘脑神经元中的相互作用 | 分子生物学 | 肥胖症 | 单分子下拉技术、荧光光漂白分析、单核转录组学、空间转录组学、结构同源建模、丙氨酸诱变 | NA | 细胞实验数据、转录组数据、结构模型数据 | HEK293细胞系及人类下丘脑神经元样本 | NA | 单核转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 362 | 2025-12-24 |
TrkA + sensory neurons regulate osteosarcoma proliferation and vascularization to promote disease progression
2024-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.20.599869
PMID:38979210
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研究论文 | 本研究揭示了表达TrkA的感觉神经元通过调节肿瘤微环境中的CGRP和VEGF信号通路,促进骨肉瘤的生长、血管化和疾病进展 | 首次发现肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中具有超越痛觉感知的调控功能,并证实通过抑制TrkA或使用局麻药脂质体可破坏肿瘤神经支配,从而抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的多组学分析仍需进一步验证;临床转化潜力有待后续研究确认 | 探究感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能及其分子机制 | 骨肉瘤(OS)小鼠模型、人类骨肉瘤骨样本、人类背根神经节神经元 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、多组学分析、化学遗传学方法 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 转基因小鼠模型及人类样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 363 | 2025-12-24 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596749
PMID:38854073
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研究论文 | 本研究探讨了流体静压和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响,通过体外模型和转录组分析揭示了压力在血管发育和疾病中的协同作用 | 开发了体外模型以研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应,首次系统性地整合了流体静压与剪切应力在内皮细胞机械转导中的作用 | 研究主要基于体外模型,可能无法完全模拟体内复杂的血管环境;压力与剪切应力的相互作用机制仍需进一步探索 | 阐明流体静压和剪切应力在内皮细胞身份和功能中的综合作用,以更好地理解血管发育和疾病机制 | 人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育过程 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 364 | 2025-12-22 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-Dec-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了海胆胚胎中细胞在缺失微球细胞后的重编程过程,并发现信号时序对色素细胞恢复的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术实时追踪胚胎细胞在转命运过程中的基因调控状态转变,并揭示Delta信号在Nodal信号之前表达可克服重编程障碍 | 研究仅针对海胆胚胎模型,未验证其他动物胚胎中的普适性 | 探究胚胎调节性发育中细胞替代能力的分子机制 | 海胆胚胎细胞(特别是微球细胞缺失后的早期内胚层细胞) | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及多个时间点的海胆胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 365 | 2025-12-18 |
Modifications of lipid pathways restrict SARS-CoV-2 propagation in human induced pluripotent stem cell-derived 3D airway organoids
2024-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.08.005
PMID:37557954
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研究论文 | 本研究利用人诱导多能干细胞衍生的3D气道类器官,揭示了脂质代谢途径的修饰如何通过影响ACE2受体的细胞内定位来限制SARS-CoV-2的传播 | 首次在模拟人类呼吸道生理的iPSC-AOs模型中,系统阐明了脂质代谢修饰(如他汀类药物)通过重定位ACE2受体来抑制多种SARS-CoV-2变异株进入和复制的机制 | 研究主要基于体外类器官模型,其在完全模拟体内复杂免疫环境和全身代谢相互作用方面存在局限 | 阐明脂质代谢修饰影响SARS-CoV-2感染的分子机制,探索针对宿主代谢的抗病毒替代策略 | 人诱导多能干细胞衍生的气道类器官(iPSC-AOs)及SARS-CoV-2病毒(包括野生型、Alpha、Delta、Omicron变异株) | 干细胞与类器官研究 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(ScRNAseq)、免疫荧光染色、生物信息学分析、假病毒实验 | 3D类器官模型 | 单细胞转录组数据、显微图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 366 | 2025-12-17 |
The transcriptome of CD14 + CD163 - HLA-DR low monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Sep-11, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.08.07.24311386
PMID:39211854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,发现CD14+CD163-HLA-DR低单核细胞的转录组特征与特发性肺纤维化(IPF)患者的死亡率增加相关 | 首次揭示了特定单核细胞亚群的转录组特征与IPF死亡率之间的关联,并开发了基于230个基因的评分算法来预测患者预后 | 样本量相对较小(初始队列仅18名参与者),且研究结果需要在更大规模的独立队列中进一步验证 | 确定与特发性肺纤维化(IPF)死亡率相关的免疫细胞特异性转录组特征 | 特发性肺纤维化(IPF)患者的外周血单核细胞(PBMC)、支气管肺泡灌洗液(BAL)和肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Cox回归模型、分子亚型评分算法(SAMS) | 转录组数据 | 初始队列18名参与者(包括IPF、COVID-19、COVID-19后间质性肺病和对照),验证队列416名IPF患者来自六个队列,独立验证数据集38名IPF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 367 | 2025-12-17 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析,构建了人类骨肉瘤的细胞组成和空间组织结构图谱 | 首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨率转录组学综合分析,构建了细胞元图谱来解析空间转录组数据,并识别了与化疗耐药相关的独特空间生态位 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 深入理解骨肉瘤的细胞组成、组织结构、功能状态及其对化疗的反应,为靶向治疗提供基础 | 人类骨肉瘤组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 368 | 2025-12-17 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 本研究利用海鞘Ciona模型,探索了心脏咽部祖细胞在发育过程中通过细胞周期驱动的转录组成熟获得多谱系能力的机制 | 揭示了转录组成熟过程,包括候选“成熟基因”如Rho GAP编码基因在G2晚期达到峰值,以及行为能力概念,通过多谱系启动和定向不对称分裂影响命运决定 | 研究基于海鞘模型,可能不直接适用于所有脊椎动物系统,且功能验证可能有限 | 探究多谱系能力的获得以及命运决定与细胞周期进程之间的耦合机制 | 心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 369 | 2025-12-14 |
Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches
2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385
PMID:39691517
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据与机器学习方法,筛选并验证了针对乳腺癌中EGFR过表达的有效抑制剂 | 结合多组学数据(CCLE、GDSC、scRNA-seq)与机器学习相似性搜索,并通过计算结构生物学方法验证候选化合物的分子相互作用和构象动力学 | 研究主要基于计算和体外数据,缺乏体内实验验证和临床前模型评估 | 识别和验证针对乳腺癌EGFR过表达的有效治疗化合物 | 乳腺癌细胞系数据、ChEMBL数据库中的化合物 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习建模 | 支持向量机(SVM)、人工神经网络(ANN)、随机森林(RF) | 多组学数据(基因表达、药物敏感性)、化学化合物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 370 | 2025-12-13 |
Targeting SHCBP1 Inhibits Tumor Progression by Restoring Ciliogenesis in Ductal Carcinoma
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1095
PMID:39312205
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研究论文 | 本研究揭示了SHCBP1通过调控Rab8 GTPase活性影响中体残余物与中心体的接近,从而抑制导管癌中纤毛发生,并证明靶向SHCBP1可恢复纤毛发生并抑制肿瘤进展 | 首次发现SHCBP1通过调控Rab8 GTPase活性介导中体残余物与中心体接近,从而控制导管癌纤毛发生的新机制 | 研究主要基于动物模型和患者来源异种移植模型,尚未在人体临床试验中验证 | 阐明导管癌中纤毛缺失的机制及其临床意义,开发新的治疗策略 | 导管癌 | 肿瘤生物学 | 导管癌 | 单细胞转录组分析、基因敲除、患者来源异种移植模型 | 转基因小鼠模型、PDX模型 | 转录组数据、临床预后数据 | 大型患者队列及转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 371 | 2025-12-13 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals the Pseudo-temporal Dynamic Evolution Characteristics of ADSCs to Neuronal Differentiation
2024-Dec-11, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-024-01524-y
PMID:39661257
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了脂肪来源基质细胞向神经元分化的伪时间动态演化特征 | 首次在单细胞分辨率下描绘了ADSCs向神经元分化的连续动态基因表达图谱,并识别出两个不同的细胞状态机制 | 研究仅基于体外诱导模型,未验证体内分化潜力;样本时间点覆盖有限,可能遗漏关键过渡状态 | 解析ADSCs向神经元分化的遗传特征与动态演化过程 | 脂肪来源基质细胞及其在不同诱导时间点(0、1、3、5、6、8小时)的衍生细胞 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病(帕金森病相关) | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析(Monocle2) | 单细胞转录组数据 | 38,453个细胞,涵盖8个时间点组别 | BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | BD Rhapsody | BD Rhapsody单细胞分析平台 |
| 372 | 2025-12-13 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2024-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.10.574997
PMID:38260455
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑及单细胞RNA-seq CRISPR筛选,鉴定了一类响应机械微环境的新型基因组增强子——机械增强子 | 首次系统鉴定并命名了响应细胞外基质硬度的“机械增强子”,并通过表观基因组编辑实现在刚性材料上模拟软材料环境的基因表达模式 | 未明确机械增强子在具体疾病模型中的完整调控网络及其临床转化路径 | 探究机械微环境如何通过表观遗传机制精确调控细胞转录与表型 | 基因组增强子、细胞机械响应通路 | 表观遗传学、细胞力学 | NA | 全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选 | CRISPR筛选模型 | 表观基因组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 373 | 2025-12-12 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606553
PMID:39149316
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术,用于在200微米厚的组织块中进行三维空间单细胞转录组和翻译组量化 | 首次实现了在厚组织块(200微米)中进行三维空间单细胞转录组和翻译组分析,突破了现有技术仅限于薄切片(5-20微米)的限制 | NA | 揭示基因在三维组织环境中如何塑造组织结构和功能,以理解健康与疾病状态 | 小鼠大脑组织、人类皮肤癌组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间单细胞转录组学、空间单细胞翻译组学、多色荧光蛋白成像 | NA | 图像、转录组数据、翻译组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 374 | 2025-12-11 |
A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624552
PMID:39605470
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络,用于估计单细胞RNA测序数据中的零膨胀率和预测文库大小,以解决测量丢失问题 | ZiPo引入了可调节的零膨胀分布来捕获丢失事件,并采用尺度不变损失项使权重稀疏,从而提高模型的生物可解释性 | 处理时间与细胞数量成正比,可能在大规模数据集上存在计算效率限制 | 开发一种深度神经网络来去噪单细胞RNA测序数据,改善数据分析和细胞类型发现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度人工神经网络,深度自编码器 | 基因表达数据 | 三个数据集(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 375 | 2025-12-11 |
Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612119
PMID:39314416
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研究论文 | 本研究通过纵向多组学免疫分析,揭示了健康成年人中与年龄相关的免疫细胞动态变化 | 结合单细胞RNA测序、蛋白质组学和流式细胞术,对300多名健康成年人进行长期跟踪,构建了包含超过1600万个PBMCs的免疫健康图谱,首次系统揭示了T细胞在衰老过程中独特的转录变化积累 | 研究主要关注外周免疫细胞,未涉及组织特异性免疫变化;样本量虽大但可能无法完全代表所有人群;纵向跟踪时间仅为两年,可能不足以捕捉更长期的衰老效应 | 探究健康免疫系统在生命周期中的基本变化,为年龄相关感染和疾病易感性的干预措施开发提供依据 | 300多名健康成年人,包括96名年轻和老年参与者进行为期两年的年度疫苗接种跟踪 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白质组学、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 | 超过300名健康成年人,其中96名进行纵向跟踪,产生超过1600万个外周血单个核细胞(PBMCs)数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 376 | 2025-12-09 |
Correct stimulation of CD28H arms NK cells against tumor cells
2024-Nov, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350901
PMID:39101623
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研究论文 | 本研究探讨了通过靶向CD28H特异性表位来激活NK细胞,增强其对肿瘤细胞的杀伤活性,并克服HHLA2和HLA-E的抑制信号 | 揭示了靶向CD28H特定表位的单克隆抗体能强烈激活NK细胞的钙流和细胞活性,并首次在透明细胞肾癌中通过scRNA-seq分析发现CD28H NK细胞浸润HHLA2阳性肿瘤 | 研究主要基于体外实验和细胞系模型,缺乏体内动物模型验证;样本量有限,仅涉及透明细胞肾癌的scRNA-seq分析 | 探索CD28H作为NK细胞新型激活靶点在抗肿瘤免疫治疗中的潜力 | NK细胞、造血细胞系、透明细胞肾癌细胞 | 免疫学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量,但涉及透明细胞肾癌细胞的scRNA-seq分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 377 | 2025-12-04 |
Clustering single-cell RNA sequencing data via iterative smoothing and self-supervised discriminative embedding
2024-07, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03074-5
PMID:38834657
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRISE的深度聚类方法,用于单细胞RNA测序数据,通过迭代平滑和自监督判别嵌入来改善数据表示和聚类质量 | scRISE模型结合了基于图自编码器的迭代平滑模块和具有自适应相似性阈值的自监督判别嵌入模块,以去噪数据并优化聚类 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类中相似性度量的鲁棒性挑战,以识别细胞类型和细胞间相互作用 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 图自编码器 | 基因表达数据 | 十七个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 378 | 2025-12-03 |
Transcriptomic Evaluation of a Stress Vulnerability Network Using Single-Cell RNA Sequencing in Mouse Prefrontal Cortex
2024-Dec-01, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2024.05.023
PMID:38866174
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估小鼠前额叶皮层中的应激脆弱性网络,揭示了与应激脆弱性相关的细胞类型和基因表达差异 | 首次结合多点在体神经生理学和单细胞RNA测序技术,识别出大脑中潜在应激脆弱性状态涉及的细胞类型和基因 | 研究仅基于小鼠模型,样本量较小(n=12),且性别仅限于C57BL/6品系,可能限制对人类应激脆弱性的直接推广 | 探究应激脆弱性的分子机制,以理解情绪障碍如重度抑郁症的风险因素 | 雄性及雌性C57BL/6小鼠的前额叶皮层细胞 | 神经科学 | 情绪障碍 | 单细胞RNA测序,多点在体神经生理学 | NA | 转录组数据,电生理数据 | 12只C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 379 | 2025-12-03 |
Nonepithelial Gene Expression Correlates With Symptom Severity in Adults With Eosinophilic Esophagitis
2024-Dec, The journal of allergy and clinical immunology. In practice
DOI:10.1016/j.jaip.2024.05.015
PMID:38768900
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研究论文 | 本研究探讨了嗜酸性粒细胞性食管炎(EoE)患者症状严重程度与非上皮细胞基因表达之间的相关性 | 首次将患者报告的症状指标(EEsAI)与食管非上皮细胞基因表达关联,揭示了成纤维细胞等非上皮细胞在EoE症状严重性中的潜在作用 | 样本量相对有限(146名成人),且仅基于回顾性数据分析,未进行实验验证 | 揭示EoE症状变异的分子机制,探索症状严重程度与食管基因表达的关系 | 146名成人EoE患者,根据食管扩张史分组 | 生物信息学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 146名成人EoE患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 380 | 2025-12-03 |
Spatial Transcriptomics Unravel the Tissue Complexity of Oral Pathogenesis
2024-Dec, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241271934
PMID:39382116
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综述 | 本文综述了空间转录组学在口腔疾病组织复杂性研究中的应用,包括其工作流程、数据分析方法以及在颅面发育和疾病中的具体案例 | 空间转录组学作为一种前沿方法,首次在口腔疾病领域系统性地整合了基因表达与空间信息,揭示了传统方法无法观察到的细胞区域间复杂相互作用 | 本文为综述性文章,未涉及原始实验数据,且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制和数据分析复杂性等挑战 | 探讨空间转录组学在理解口腔疾病组织复杂性和发病机制中的应用潜力 | 颅面区域组织(如颅骨、腭部、唾液腺、舌头、口腔底部、口咽部和牙周组织)以及相关疾病状态(如Sjögren病、口腔鳞状细胞癌、HPV感染、牙周病) | 数字病理学 | 口腔疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |