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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3741 | 2024-12-06 |
Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of Parkinson's disease
2024-Dec, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2024.102553
PMID:39454761
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综述 | 本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病研究中的应用,探讨了这些技术在揭示疾病细胞异质性和分子特征方面的最新进展 | 本文介绍了单细胞T细胞受体测序和单细胞B细胞受体测序技术在帕金森病研究中的应用,提供了对免疫组库多样性的新见解 | 本文主要讨论了单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用,但未深入探讨这些技术的局限性 | 探讨单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用,揭示疾病的细胞异质性和分子机制 | 帕金森病中的退行性神经元、激活的神经胶质细胞和促炎性免疫细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)、单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq) | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3742 | 2024-12-06 |
Identifying T-cell clubs by embracing the local harmony between TCR and gene expressions
2024-Dec, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-024-00070-5
PMID:39496799
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TCRclub的新方法,通过整合单细胞RNA测序数据和单细胞TCR测序数据,利用局部和谐性来识别功能相似的T细胞群 | TCRclub方法在整合TCR和基因表达数据方面具有创新性,能够识别功能相似的T细胞群 | NA | 开发一种有效的方法来整合TCR和基因表达数据,以识别功能相似的T细胞群,从而为癌症和传染病开发更有效的免疫治疗策略 | T细胞、TCR和基因表达数据 | 生物信息学 | 癌症、传染病 | 单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | 局部和谐性模型 | 基因表达数据、TCR数据 | 298,106个T细胞,涵盖七种不同疾病的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3743 | 2024-12-06 |
Cutaneous T cell lymphoma atlas reveals malignant TH2 cells supported by a B cell-rich tumor microenvironment
2024-Dec, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-02018-1
PMID:39558094
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学分析皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)患者的皮肤样本,揭示了恶性TH2细胞与B细胞丰富的肿瘤微环境之间的关系 | 首次揭示了恶性CTCL细胞通过T辅助2(T2)细胞免疫基因程序的共选择,并模拟肿瘤微环境以支持其生存,同时发现了与疾病进展相关的B细胞富集 | 研究仅限于皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL),未涵盖其他类型的淋巴瘤 | 揭示皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)中恶性TH2细胞与肿瘤微环境的关系,并寻找潜在的诊断标志物和治疗策略 | 皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)患者的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞和空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 三个独立患者队列 | NA | NA | NA | NA |
| 3744 | 2024-12-06 |
Molecular characterization and sub-retinal transplantation of hypoimmunogenic human retinal sheets in a minipig model of severe photoreceptor degeneration
2024-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203071
PMID:39633598
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研究论文 | 研究使用低免疫原性的人类视网膜片在小型猪模型中进行亚视网膜移植,以治疗严重的光感受器退化 | 利用低免疫原性的诱导多能干细胞生成自发极化的视网膜片,并通过单细胞RNA测序分析其发育过程 | 移植的视网膜片在功能上仍处于不成熟阶段,且研究样本量较小 | 开发治疗视网膜退行性疾病的新方法 | 视网膜片及其在光感受器退化模型中的移植效果 | 数字病理学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及一只移植的小型猪 | NA | NA | NA | NA |
| 3745 | 2024-12-06 |
A Roadmap for Selecting and Utilizing Optimal Features in scRNA Sequencing Data Analysis for Stem Cell Research: A Comprehensive Review
2024-Nov-30, International journal of stem cells
IF:2.5Q3
DOI:10.15283/ijsc23170
PMID:38531607
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在干细胞研究中的应用,并讨论了选择和利用最佳特征的路线图 | 本文提供了对scRNA-seq分析工具的详细概述和分类,基于对2,733篇科学出版物的回顾 | NA | 为使用scRNA-seq研究干细胞的生物信息学家和生物学家提供实用建议 | 干细胞及其产生的细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 2,733篇科学出版物和1,400种分析工具 | NA | NA | NA | NA |
| 3746 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA sequencing facilitates the elucidation of the complete biosynthesis of the antidepressant hyperforin in St. John's wort
2024-09-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2024.08.003
PMID:39135343
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了贯叶连翘中抗抑郁药物金丝桃素的完整生物合成途径 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出“Hyper细胞”,并鉴定出四种跨膜法尼基转移酶(HpPT1-4),完成了金丝桃素生物合成途径的完整重建 | NA | 揭示贯叶连翘中金丝桃素的完整生物合成途径 | 贯叶连翘中的金丝桃素生物合成 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 1.54 Gb的四倍体贯叶连翘基因组,组装成32条染色体 | NA | NA | NA | NA |
| 3747 | 2024-12-06 |
Learning Consistency and Specificity of Cells From Single-Cell Multi-Omic Data
2024-05, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3370868
PMID:38709615
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研究论文 | 提出了一种基于自表示学习的多组学数据整合聚类算法sLMIC,用于整合单细胞表观基因组和转录组数据,提取细胞的一致性和特异性特征 | 提出了sLMIC算法,通过构建多层网络去除组学数据的异质性,并利用低秩和互斥约束分离细胞的自表示特征,明确表征组学数据的一致性和多样性 | 未提及 | 解决单细胞多组学数据整合分析中的异质性、复杂耦合和可解释性问题 | 单细胞表观基因组和转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞DNA甲基化测序、单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | 自表示学习模型 | 多组学数据 | 13个来自不同生物体和组织的多组学单细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 3748 | 2024-12-06 |
Machine learning-informed liquid-liquid phase separation for personalized breast cancer treatment assessment
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1485123
PMID:39628476
|
研究论文 | 本文开发了一种基于机器学习的液-液相分离(MDLS)模型,用于提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略 | 本文创新性地结合了多组学数据和机器学习算法,构建了一个具有高预测能力的MDLS模型,用于乳腺癌的个性化治疗评估 | NA | 开发一种新的机器学习模型,以提高乳腺癌患者的预后准确性和个性化治疗策略 | 乳腺癌患者及其分子机制 | 机器学习 | 乳腺癌 | 机器学习算法 | MDLS模型 | 多组学和单细胞数据 | 9723名乳腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3749 | 2024-12-06 |
Co-inhibition of PGF and VEGFA enhances the effectiveness of immunotherapy in bladder cancer
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.100957
PMID:39628692
|
研究论文 | 研究探讨了在膀胱癌中联合抑制PGF和VEGFA对免疫治疗效果的增强作用 | 首次发现联合抑制PGF和VEGFA能够显著增强PD-1抑制剂在膀胱癌中的治疗效果 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,尚未在人体中验证 | 探索在膀胱癌中抑制血管生成和免疫检查点阻断联合治疗的有效策略 | 膀胱癌细胞和血管生成相关分子 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了膀胱癌细胞系MBT2和人类脐静脉内皮细胞(HUVECs) | NA | NA | NA | NA |
| 3750 | 2024-12-05 |
Artesunate remarkably alleviates interstitial cystitis/bladder pain syndrome in a murine model: Novel molecular signature deciphered by bulk tissue and single-cell transcriptomic analysis
2024-Dec-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202401909R
PMID:39620925
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研究论文 | 研究了青蒿琥酯在减轻小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征中的作用,并通过bulk组织和单细胞转录组分析揭示了新的分子特征 | 首次使用单细胞RNA测序探索间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征小鼠模型的免疫微环境,并研究青蒿琥酯治疗的可能分子机制 | 需要进一步研究以确认青蒿琥酯在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征患者中的效果 | 探索更有效的间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征治疗方法 | 小鼠间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征模型 | NA | 泌尿系统疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 3751 | 2024-12-05 |
Tumor-Associated Microglia Secrete Extracellular ATP to Support Glioblastoma Progression
2024-Dec-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0018
PMID:39618248
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研究论文 | 研究揭示了肿瘤相关小胶质细胞通过分泌胞外ATP促进胶质母细胞瘤进展的机制 | 首次发现肿瘤相关小胶质细胞在胶质母细胞瘤微环境中通过增加ATP合成酶表达和氧化磷酸化活性,分泌胞外ATP,激活P2X7受体,促进肿瘤细胞增殖和侵袭 | 研究主要基于体外和体内模型,缺乏临床试验验证 | 探讨肿瘤相关小胶质细胞在胶质母细胞瘤进展中的作用机制 | 胶质母细胞瘤患者样本、体外和体内模型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 胶质母细胞瘤患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3752 | 2024-12-05 |
Spatial transcriptomics deciphers the immunosuppressive microenvironment in colorectal cancer with tumour thrombus
2024-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70112
PMID:39617739
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3753 | 2024-12-05 |
Gonadal sex reversal at single-cell resolution in Znrf3-deficient mice
2024-Dec-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202707
PMID:39629665
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研究论文 | 研究了Znrf3缺陷小鼠在性决定期单细胞分辨率下的性逆转现象 | 使用单细胞RNA测序技术揭示了Znrf3缺陷小鼠性逆转的转录组和细胞异质性 | NA | 进一步研究Znrf3缺陷小鼠的性逆转现象 | Znrf3缺陷小鼠的性腺 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 转录组 | XY Znrf3缺陷小鼠的性腺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3754 | 2024-12-05 |
Microarray integrated spatial transcriptomics (MIST) for affordable and robust digital pathology
2024-Nov-30, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00462-1
PMID:39616155
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研究论文 | 提出了一种名为MIST的新型空间转录组学方法,结合了传统的组织微阵列与Visium技术,通过激光切割和3D打印提高载玻片通量,旨在降低成本并提高数字病理学的鲁棒性 | MIST方法通过结合组织微阵列与Visium技术,利用激光切割和3D打印技术,显著提高了载玻片通量,降低了成本,并提供了独立复制和定制化的能力 | NA | 开发一种成本效益高且鲁棒性强的空间转录组学方法,以解决现有方法高成本和样本使用限制的问题 | 空间转录组学技术及其在数字病理学中的应用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学、激光切割、3D打印 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3755 | 2024-12-05 |
SenMayo transcriptomic senescence panel highlights glial cells in the ageing mouse and human retina
2024-Nov-30, npj aging
IF:4.1Q2
DOI:10.1038/s41514-024-00187-9
PMID:39616175
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研究论文 | 研究使用SenMayo转录组衰老面板分析了不同年龄小鼠和人类视网膜中的衰老细胞,特别是胶质细胞 | 首次将SenMayo基因面板应用于视网膜衰老细胞的鉴定,并比较了不同年龄小鼠和人类视网膜胶质细胞的转录组特征 | 研究主要集中在视网膜胶质细胞,未涵盖其他类型的细胞 | 鉴定中枢神经系统和视网膜中的衰老细胞,并分析其转录组特征 | 不同年龄小鼠和人类的视网膜胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 不同年龄的小鼠和人类视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3756 | 2024-12-05 |
Single-cell transcriptomics reveals over-activated reactive oxygen species pathway in hepatocytes in the development of hepatocellular carcinoma
2024-11-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-81481-0
PMID:39616235
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了肝细胞中活性氧通路在肝细胞癌发展中的过度激活 | 首次揭示了肝细胞癌中活性氧通路的异常激活及其与能量代谢相关通路的正相关性,并发现了与预后不良相关的GPX4+肝细胞亚群 | 研究基于GSE189175数据集,样本量有限,未来需要更大规模的研究验证 | 探讨活性氧通路在肝细胞癌发展中的作用及其分子机制 | 肝细胞癌组织及其邻近组织中的肝细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于GSE189175数据集,具体样本数量未在摘要中明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 3757 | 2024-12-05 |
CD22 blockade exacerbates neuroinflammation in Neuromyelitis optica spectrum disorder
2024-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03305-2
PMID:39616380
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研究论文 | 研究CD22在视神经脊髓炎谱系障碍(NMOSD)中对神经炎症和中枢神经系统损伤的影响 | 揭示了CD22作为调控微胶质细胞和Gr-1+髓系细胞在NMOSD中负面效应的关键分子开关的新角色 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中进行验证 | 探讨CD22在NMOSD中的作用及其对微胶质细胞活性和神经炎症的影响 | CD22在NMOSD中的表达、功能及其对微胶质细胞和髓系细胞的影响 | 神经科学 | 神经疾病 | 单细胞测序、流式细胞术 | NA | 细胞 | 人类样本每组5个,小鼠样本每组8个 | NA | NA | NA | NA |
| 3758 | 2024-12-05 |
[Hepatic T cell subtypes and functional analysis among alveolar echinococcosis patients using single-cell RNA sequencing]
2024-Nov-08, Zhongguo xue xi chong bing fang zhi za zhi = Chinese journal of schistosomiasis control
DOI:10.16250/j.32.1915.2024172
PMID:39623989
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研究论文 | 研究了泡型包虫病患者肝脏免疫微环境中T细胞亚型及其功能 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析泡型包虫病患者肝脏中T细胞亚型及其功能 | 样本量较小,仅包括四名患者 | 探讨泡型包虫病患者肝脏免疫微环境中T细胞亚型及其功能 | 泡型包虫病患者的肝脏T细胞亚型及其功能 | 数字病理学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 四名泡型包虫病患者,共采集八份肝脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3759 | 2024-12-05 |
FSCN1 is a Potential Therapeutic Target for Atherosclerosis Revealed by Single-Cell and Bulk RNA Sequencing
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S480528
PMID:39618922
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序数据,研究了动脉粥样硬化中的细胞表型、细胞间通讯和潜在治疗靶点 | 发现FSCN1在动脉粥样硬化中的高表达,并验证了其在细胞凋亡和迁移中的作用,提示其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步的人体临床试验验证 | 探讨动脉粥样硬化中的细胞表型、细胞间通讯和潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化中的细胞类型、FSCN1的表达及其在疾病发展中的作用 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、ELISA | NA | RNA测序数据 | 包括Apoeko小鼠和颈动脉内膜切除术患者的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 3760 | 2024-12-05 |
Corrigendum: Unraveling the ecological landscape of mast cells in esophageal cancer through single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522632
PMID:39620211
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correction | 对先前发表的文章进行更正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |