单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3601	2024-10-11	Collaborative Structure-Preserved Missing Data Imputation for Single-Cell RNA-Seq Clustering 2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3404013 PMID:38776196	研究论文	本文介绍了一种名为ColImpute的协作结构保持缺失数据插补方法，用于单细胞RNA-seq聚类分析	本文提出了一种新的协作结构保持缺失数据插补方法ColImpute，通过集成聚类结构保持插补模块和子空间聚类模块，实现了缺失数据插补和细胞亚型识别的协同训练	NA	提高单细胞RNA-seq数据中缺失值插补的准确性，并改善细胞类型识别的效果	单细胞RNA-seq数据中的缺失值插补和细胞类型识别	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3602	2024-10-11	scVSC: Deep Variational Subspace Clustering for Single-Cell Transcriptome Data 2024 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3405731 PMID:38801694	研究论文	提出了一种基于深度表示神经网络的无监督聚类算法scVSC，用于单细胞转录组数据分析	将变分推断引入子空间模型，对潜在空间施加正则化约束，防止过拟合	未提及	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和运行效率	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度变分子空间聚类模型	转录组数据	多个数据集
3603	2024-10-11	scATAcat: cell-type annotation for scATAC-seq data 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae135 PMID:39380946	研究论文	提出了一种名为scATAcat的新方法，利用批量ATAC-seq数据作为原型来注释scATAC-seq数据	scATAcat方法的创新之处在于利用已知的批量ATAC-seq数据作为原型，而不是依赖基因表达模式	文章未明确提及scATAcat方法的局限性	开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型	scATAC-seq数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scATAC-seq	NA	scATAC-seq数据	多个数据集，具体样本数量未明确提及
3604	2024-10-11	Distinct melanocyte subpopulations defined by stochastic expression of proliferation or maturation programs enable a rapid and sustainable pigmentation response 2024-Aug, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002776 PMID:39163475	研究论文	本文通过单细胞测序研究了人类和斑马鱼皮肤中黑色素细胞的分化与增殖程序的分离现象	首次揭示了黑色素细胞中分化与增殖程序的随机表达机制，并通过系统方法构建了基因调控网络	研究主要集中在体外培养的黑色素细胞，对体内环境的适用性有待验证	探讨紫外线辐射下皮肤色素沉着反应的分子机制	人类和斑马鱼皮肤中的黑色素细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	基因调控网络	RNA+ATAC	人类和斑马鱼皮肤中的黑色素细胞
3605	2024-10-11	Single-cell RNA sequencing unveils unique transcriptomic signatures of endothelial cells and role of ENO1 in response to disturbed flow 2024-Jan-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2318904121 PMID:38261622	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术揭示了内皮细胞在不同流体剪切力下的独特转录组特征，并探讨了ENO1在响应扰流中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术分析了扰流和脉动剪切力对内皮细胞转录组的影响，并揭示了ENO1在响应扰流中的关键作用	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证结果	探讨不同流体剪切力对内皮细胞转录组的影响及其在动脉粥样硬化中的作用	内皮细胞及其在扰流和脉动剪切力下的转录组变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个内皮细胞样本
3606	2024-10-11	Single-Cell RNA Sequencing and Its Applications in Pituitary Research 2024, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000540352 PMID:39053437	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在垂体研究中的应用，强调了其在揭示垂体细胞异质性和相互作用方面的潜力	单细胞RNA测序技术为研究垂体细胞的异质性和相互作用提供了前所未有的手段	目前该技术在探索垂体复杂性方面的应用还较少	加深对垂体及其在疾病状态下功能障碍的理解	垂体细胞及其在生理和病理机制中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
3607	2024-10-11	Machine learning-based discovery of UPP1 as a key oncogene in tumorigenesis and immune escape in gliomas 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1475206 PMID:39380997	研究论文	本文通过机器学习方法发现UPP1基因在胶质瘤发生和免疫逃逸中的关键作用	本文首次将UPP1识别为胶质瘤发生和免疫逃逸的关键驱动基因	NA	揭示胶质瘤发生和进展的分子机制，以改进治疗和患者预后	胶质瘤样本的单细胞RNA测序和批量RNA测序数据	机器学习	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA	大规模胶质瘤样本
3608	2024-10-10	VSIG4 induces the immunosuppressive microenvironment by promoting the infiltration of M2 macrophage and Tregs in clear cell renal cell carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113105 PMID:39260310	研究论文	本文研究了VSIG4在透明细胞肾细胞癌中通过促进M2巨噬细胞和Tregs的浸润来诱导免疫抑制微环境的作用	发现了新的免疫检查点靶点VSIG4，并探讨了其在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与免疫治疗耐药性的关系	NA	探索透明细胞肾细胞癌中的新型免疫治疗靶点	透明细胞肾细胞癌中的免疫相关基因VSIG4及其在免疫抑制微环境中的作用	数字病理学	肾癌	多组学数据分析、病理学审查、批量转录组数据、单细胞测序、Western blotting、免疫组化、体外/体内实验	NA	基因表达数据、病理图像	训练组：36个正常组织和267个透明细胞肾细胞癌组织；验证组：36个正常组织和266个透明细胞肾细胞癌组织
3609	2024-10-10	Sequencing-based study of neural induction of human dental pulp stem cells 2024-Nov, Human cell IF:3.4Q3 DOI:10.1007/s13577-024-01121-7 PMID:39210197	研究论文	本研究评估了通过神经诱导的人类牙髓干细胞（DPSCs）获得的神经谱系细胞的细胞成分和分化途径	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）详细研究了DPSCs的神经诱导特性及其分化状态	研究主要集中在体外培养的DPSCs，未涉及体内实验	评估人类牙髓干细胞在神经诱导后的细胞成分和分化途径	人类牙髓干细胞（DPSCs）及其神经诱导后的细胞	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类牙髓干细胞（DPSCs）的单细胞样本
3610	2024-10-10	Label-free high-throughput impedance-activated cell sorting 2024-Oct-09, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00487f PMID:39315634	研究论文	提出了一种基于阻抗检测和双膜泵的无标记、高通量、高精度的细胞分选系统	利用FPGA的低延迟特性，实现了实时双频单细胞阻抗检测，并实现了高吞吐量和高精度的单颗粒分选	NA	开发一种无标记、高通量、高精度的细胞分选系统，以应用于早期癌症诊断、细胞分化研究、药物筛选和单细胞测序等领域	HeLa细胞、MDA-MB-231细胞和Jurkat细胞	NA	NA	阻抗检测	NA	细胞	HeLa细胞、MDA-MB-231细胞和Jurkat细胞，每秒处理5 × 10个细胞，实验中Jurkat和MDA-MB-231细胞的吞吐量达到每秒1000个细胞
3611	2024-10-10	KLHL21 suppresses gastric tumourigenesis via maintaining STAT3 signalling equilibrium in stomach homoeostasis 2024-Oct-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331111 PMID:38969490	研究论文	研究探讨了KLHL21在胃癌发生中的作用及其通过维持STAT3信号平衡来抑制胃肿瘤发生的机制	首次揭示了KLHL21缺失通过STAT3信号通路促进胃癌发生的新机制	研究主要基于小鼠模型和患者样本，缺乏更大规模的人类临床数据验证	探讨KLHL21在胃癌发生中的作用及其分子机制	KLHL21基因、STAT3信号通路、胃癌患者样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、免疫染色、质谱分析、核糖体测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	包括多个小鼠模型和胃癌患者样本
3612	2024-10-10	Single-cell RNA sequencing identifies a subtype of FN1 + tumor-associated macrophages associated with glioma recurrence and as a biomarker for immunotherapy 2024-Oct-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00662-1 PMID:39375795	研究论文	研究利用单细胞测序、空间转录组学和RNA测序数据，识别出与胶质瘤复发相关的FN1+肿瘤相关巨噬细胞亚型，并探讨其在免疫治疗中的潜在作用	首次发现FN1+肿瘤相关巨噬细胞与胶质瘤复发相关，并提出其作为免疫治疗反应的预测标志物	NA	探讨胶质瘤复发的分子机制，并寻找新的治疗靶点	FN1+肿瘤相关巨噬细胞与胶质瘤复发的关系	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序、空间转录组学、RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3613	2024-10-10	Endothelial pyroptosis-driven microglial activation in choroid plexus mediates neuronal apoptosis in hemorrhagic stroke rats 2024-Oct-05, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2024.106695 PMID:39370051	研究论文	研究揭示了在出血性中风大鼠模型中，脉络丛中的内皮细胞焦亡通过NF-κB途径驱动小胶质细胞活化，进而介导神经元凋亡	首次揭示了内皮细胞焦亡在出血性中风后通过NF-κB途径触发小胶质细胞活化，并介导神经元凋亡的机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中验证	探讨出血性中风后炎症反应的来源及其对神经元损伤的影响	出血性中风大鼠模型中的内皮细胞、小胶质细胞和神经元	NA	出血性中风	Luminex®分析、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA	出血性中风大鼠模型的出血半球
3614	2024-10-10	A New Tissue Engineering Strategy to Promote Tendon-bone Healing: Regulation of Osteogenic and Chondrogenic Differentiation of Tendon-derived Stem Cells 2024-Oct, Orthopaedic surgery IF:1.8Q2 DOI:10.1111/os.14152 PMID:39043618	综述	本文综述了当前促进肌腱-骨愈合的策略，并分析了相关的临床前和临床研究，重点探讨了肌腱来源干细胞（TDSCs）在肌腱-骨愈合中的潜力	本文提出了一种基于TDSCs驱动成骨和软骨分化的肌腱-骨愈合新策略	NA	旨在全面审查当前促进肌腱-骨愈合的策略，并分析相关研究，以优化肌腱-骨愈合结果	前交叉韧带（ACL）和肩袖（RC）损伤修复手术中的肌腱-骨愈合	再生医学	运动损伤	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
3615	2024-10-10	Enhanced interactions within microenvironment accelerates dismal prognosis in HBV-related HCC after TACE 2024-Oct-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000548 PMID:39365124	研究论文	本文研究了TACE治疗后HBV相关HCC患者的微环境变化及其对预后的影响	首次通过单细胞RNA测序分析了TACE治疗后HCC的全球细胞图谱，揭示了TACE诱导的肿瘤异质性和促炎微环境的增强	研究样本主要集中在HBV相关HCC患者，结果可能不适用于其他类型的HCC	探讨TACE治疗后HBV相关HCC患者的微环境变化及其对预后的影响	HBV相关HCC患者的肿瘤微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	6个新鲜HBV相关HCC样本和757个大规模多中心队列样本
3616	2024-10-10	Next-generation spatial transcriptomics: unleashing the power to gear up translational oncology 2024-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.765 PMID:39376738	综述	本文系统回顾了空间转录组学（ST）技术在转化肿瘤学领域的最新进展和应用	本文更新了ST技术的范围，并提出了一个用于ST数据探索的工具箱，特别关注肿瘤微环境中的应用	需要实际经验来整合和利用ST工具以实现特定的研究目标	探讨空间转录组学在转化肿瘤学中的应用和进展	空间转录组学技术及其在肿瘤微环境中的应用	数字病理学	肿瘤	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	NA
3617	2024-10-10	Correction to "Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes" 2024-Oct, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70023 PMID:39380840	correction	对文章“单细胞RNA测序研究儿童霍奇金淋巴瘤中T细胞亚型抑制”的更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3618	2024-10-10	Clinical cell-surface targets in metastatic and primary solid cancers 2024-Sep-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183674 PMID:39315546	研究论文	研究了转移性和原发性实体癌中细胞表面靶点的表达情况	首次整合了大量RNA-seq和微阵列数据，包括良性样本、原发性肿瘤样本和转移性肿瘤样本，并利用单细胞RNA-seq数据分析了肿瘤的异质性	依赖于现有数据集，可能存在数据偏差	探讨细胞表面靶点在转移性和原发性实体癌中的表达情况，并评估其在治疗中的潜在应用	细胞表面靶点在不同类型癌症中的表达情况	数字病理学	NA	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	RNA, 蛋白质	7,927个良性样本, 16,866个原发性肿瘤样本, 6,124个转移性肿瘤样本, 36个良性组织, 558个原发性和转移性肿瘤样本, 29个良性组织样本, 1,075个肿瘤样本, 942个细胞系
3619	2024-10-10	scDFN: enhancing single-cell RNA-seq clustering with deep fusion networks 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae486 PMID:39373051	研究论文	介绍了一种名为scDFN的新型深度学习算法，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类效果	scDFN算法通过融合网络策略，结合自编码器和改进的图自编码器，以及三重自监督策略和四种联合损失函数，显著提升了单细胞RNA测序数据的聚类效果	NA	提升单细胞RNA测序数据的聚类效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	多个数据集
3620	2024-10-10	Single-cell RNA sequencing of pediatric Hodgkin lymphoma to study the inhibition of T cell subtypes 2024-Sep, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.149 PMID:39233904	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了儿童霍奇金淋巴瘤中的T细胞亚型抑制机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞中过表达的细胞表面蛋白基因，并发现了潜在的T细胞抑制相互作用	研究结果显示患者和肿瘤组织区域之间存在显著的相互作用强度变异性，这可能影响治疗效果	旨在通过单细胞RNA测序技术识别儿童霍奇金淋巴瘤中的新治疗靶点	儿童经典霍奇金淋巴瘤中的霍奇金和里德-斯特恩伯格细胞及其周围的免疫细胞	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个儿童霍奇金淋巴瘤患者的肿瘤样本