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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3601 | 2024-12-14 |
Hierarchical marker genes selection in scRNA-seq analysis
2024-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012643
PMID:39666603
|
研究论文 | 本文提出了一种分层标记基因选择策略,用于改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性 | 提出了分层标记基因选择策略,通过分组相似的细胞群并分层选择标记基因,解决了传统one-vs-all策略在区分紧密相关细胞类型时标记基因重叠的问题 | 未提及 | 改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性 | 单细胞RNA测序数据中的异质细胞群 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 3602 | 2024-12-15 |
Vaccine-elicited IL-1R signaling results in Th17 TRM-mediated immunity
2024-04-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06138-0
PMID:38594380
|
研究论文 | 本文研究了疫苗引发的IL-1R信号传导如何导致Th17 TRM介导的免疫反应 | 首次揭示了IL-1α在疫苗介导的肺部Th17 TRM细胞生成中的关键作用,并证明了IL-1α可以作为分子佐剂独立于LTA1生成肺部Th17 TRM细胞 | 研究主要集中在IL-1α的作用,未探讨其他IL-1家族成员在Th17 TRM细胞生成中的潜在作用 | 探讨疫苗引发的IL-1R信号传导在肺部Th17 TRM细胞生成中的作用 | 疫苗引发的IL-1R信号传导、肺部Th17 TRM细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3603 | 2024-12-15 |
Profiling human brain vascular cells using single-cell transcriptomics and organoids
2024-Mar, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00929-1
PMID:38102365
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研究论文 | 本文描述了一种通过单细胞转录组学和类器官研究人类大脑血管细胞的协议扩展 | 提出了一个简单、高效的方法,通过FACS纯化胎脑内皮细胞和壁细胞,并将其应用于下游实验,包括转录组学、培养和类器官移植 | 实验需要在24小时内完成,且不同转录组和表观基因组协议所需时间可能不同 | 研究大脑发育过程中血管生成与神经生成之间的功能联系 | 人类大脑的血管细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 少量组织 | NA | NA | NA | NA |
| 3604 | 2024-12-15 |
Genomic tumor evolution dictates human medulloblastoma progression
2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdae172
PMID:39659836
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据分析了髓母细胞瘤的肿瘤进化过程,揭示了不同分子亚组的肿瘤细胞相互作用及其与拷贝数变异的关系 | 首次通过单细胞测序数据揭示了髓母细胞瘤的肿瘤进化轨迹,并识别了早期和晚期标记物,特别是SOX4的上调作为Group 3和Group 4髓母细胞瘤的潜在治疗靶点 | 研究样本量较小,且仅限于14名患者,可能无法全面代表所有髓母细胞瘤患者的情况 | 揭示髓母细胞瘤的肿瘤进化机制,特别是Group 3和Group 4亚组的肿瘤进展 | 髓母细胞瘤的肿瘤细胞及其分子亚组 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 14名髓母细胞瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3605 | 2024-12-15 |
Expression of programmed death receptor-1 ligand (PD-L1) in human cancer is of prognostic value and associated with macrophage infiltration
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.99781
PMID:39668828
|
研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析评估了PD-L1在人类癌症中的预后价值及其与巨噬细胞浸润的关系 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析发现PD-L1在肿瘤相关巨噬细胞上的表达与某些癌症的免疫治疗反应相关 | 研究依赖于现有数据库的数据,可能存在数据偏差和局限性 | 评估PD-L1在人类癌症中的预后价值及其与巨噬细胞浸润的关系 | PD-L1在不同癌症中的表达及其与患者总体生存率和巨噬细胞浸润的关系 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3606 | 2024-12-15 |
Senescence Reprogramming by MTHFD2 Deficiency Facilitates Tumor Progression
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.99168
PMID:39668825
|
研究论文 | 研究探讨了年龄对癌症预后的影响,并开发了一个基于基因的衰老相关预后模型 | 首次揭示了MTHFD2在癌症衰老中的关键作用,其缺失通过诱导细胞衰老和促进衰老相关分泌表型(SASP)促进肿瘤生长 | 研究主要基于基因表达和单细胞RNA测序数据,可能缺乏对其他潜在因素的全面考虑 | 探讨年龄对癌症预后的影响,并开发衰老相关预后模型 | 老年和年轻癌症患者的肿瘤样本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 收集了老年和年轻癌症患者的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3607 | 2024-12-15 |
Integrative multiomics analysis reveals association of gut microbiota and its metabolites with susceptibility to keloids
2024, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2024.1475984
PMID:39669776
|
研究论文 | 本文通过多组学分析揭示了肠道微生物及其代谢产物与瘢痕疙瘩易感性之间的关联 | 首次通过整合粪便宏基因组、血浆代谢组和组织代谢组等多组学数据,揭示了肠道微生物及其代谢产物在瘢痕疙瘩形成中的作用 | 研究样本量较小,且仅限于特定人群,结果的普适性有待进一步验证 | 探讨肠道微生物及其代谢产物与瘢痕疙瘩易感性之间的关系 | 瘢痕疙瘩患者和正常瘢痕对照组的肠道微生物、血浆代谢物和组织代谢物 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 宏基因组分析、代谢组学、单细胞测序 | 随机森林模型 | 粪便宏基因组数据、血浆代谢组数据、组织代谢组数据 | 瘢痕疙瘩患者56例,正常瘢痕对照组60例,组织代谢组分析分别为35例和32例,靶向组织代谢组分析分别为41例和36例 | NA | NA | NA | NA |
| 3608 | 2024-12-14 |
Paired-Related Homeobox 1-Positive Cells Are Needed for Osseointegration
2024-Dec-11, The International journal of oral & maxillofacial implants
DOI:10.11607/jomi.10852
PMID:38498783
|
研究论文 | 研究Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中对种植体诱导骨整合过程的贡献及其潜在机制 | 首次揭示了Prrx1阳性细胞在骨整合过程中的作用,并发现Sema3C在Prrx1阳性细胞驱动的成骨过程中起关键作用 | 研究仅在啮齿动物模型中进行,尚未在人类中验证 | 探讨Prrx1阳性细胞在种植体诱导骨整合过程中的作用及其机制 | Prrx1阳性细胞在成年牙槽骨中的作用 | NA | NA | Cre重组酶诱导的谱系追踪、细胞消融、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用小鼠牙种植体模型进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 3609 | 2024-12-14 |
EEE1F1 could serve as a prognostic biomarker for patients with endometrial cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-Dec-11, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.11.065
PMID:39668036
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3610 | 2024-12-14 |
Conserved B cell signaling, activation, and differentiation in porcine jejunal and ileal Peyer's patches despite distinct immune landscapes
2024-Dec, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2024.08.005
PMID:39147277
|
研究论文 | 研究了猪空肠和回肠Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化,尽管存在不同的免疫环境,但发现了保守的B细胞动态 | 首次通过单细胞和空间转录组学研究猪空肠和回肠Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化,并发现尽管存在不同的免疫环境,B细胞动态在肠道位置间是保守的 | 研究仅限于猪的空肠和回肠Peyer's patches,未涉及其他物种或其他肠道区域 | 探讨Peyer's patches中B细胞的信号传导、激活和分化,并研究其在不同肠道位置的保守性 | 猪空肠和回肠Peyer's patches中的B细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 猪空肠和回肠Peyer's patches中的B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3611 | 2024-12-14 |
Investigating intra-tumoural heterogeneity and microenvironment diversity in primary cardiac angiosarcoma through single-cell RNA sequencing
2024-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70113
PMID:39658531
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境多样性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了原发性心脏血管肉瘤的复杂细胞景观和免疫微环境,并识别了潜在的分子治疗靶点 | 样本量较小,仅基于四个患者的肿瘤样本进行分析 | 揭示原发性心脏血管肉瘤的细胞异质性和肿瘤微环境,为开发新型疗法提供分子靶点 | 原发性心脏血管肉瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 四个患者的肿瘤样本和五个正常心脏组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3612 | 2024-12-14 |
Oxygen, angiogenesis, cancer and immune interplay in breast tumour microenvironment: a computational investigation
2024-Dec, Royal Society open science
IF:2.9Q1
DOI:10.1098/rsos.240718
PMID:39665095
|
研究论文 | 本研究利用乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型(MMTV-PyMT)的数据,探讨了乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的相互作用 | 引入了一种基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据估算乳腺癌微环境中免疫细胞比例的方法,并通过混合遗传算法(HGA)进行参数估计 | NA | 研究乳腺癌微环境中氧气、血管生成、癌症与免疫细胞之间的复杂动态相互作用 | 乳腺癌微环境中的内皮细胞、氧气、血管内皮生长因子(VEGF)以及免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 混合遗传算法(HGA) | 单细胞RNA测序数据 | 乳腺特异性多瘤病毒中T抗原过表达小鼠模型(MMTV-PyMT) | NA | NA | NA | NA |
| 3613 | 2024-12-14 |
Single-cell transcriptomics: a new frontier in plant biotechnology research
2024-Nov-25, Plant cell reports
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s00299-024-03383-9
PMID:39585480
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综述 | 本文综述了单细胞转录组技术在植物生物技术研究中的最新进展及其对植物发育理解的深远影响 | 单细胞转录组技术提供了前所未有的细胞分辨率,揭示了复杂的细胞过程和发育途径 | 单细胞转录组技术在植物研究中面临样本准备、细胞分离、数据复杂性和计算分析等挑战 | 探讨单细胞转录组技术在植物生物技术中的应用及其未来发展前景 | 植物细胞的基因表达、发育过程和环境响应 | 植物生物技术 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3614 | 2024-12-14 |
Expression of Anoikis-Related Genes and Potential Biomarkers in Colon Cancer Based on RNA-seq and scRNA-seq
2024-Nov, Applied biochemistry and biotechnology
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s12010-024-04957-9
PMID:38727936
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研究论文 | 本研究整合了结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据,评估了患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达,并构建了结肠癌风险模型 | 首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据,评估了结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达,并构建了结肠癌风险模型 | 研究仅基于现有数据集,未进行体外或体内实验验证 | 通过整合转录组和单细胞RNA测序数据,评估结肠癌患者分层、预后以及不同细胞类型中与失巢凋亡相关基因的表达,并构建结肠癌风险模型 | 结肠癌样本的转录组和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,单细胞转录组数据 | 结肠癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3615 | 2024-12-14 |
Aging- and alcohol-associated spatial transcriptomic signature in mouse acute pancreatitis reveals heterogeneity of inflammation and potential pathogenic factors
2024-08, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-024-02460-6
PMID:38940937
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研究论文 | 本研究通过建立衰老酒精性急性胰腺炎小鼠模型,应用Visium空间转录组学技术,揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎空间转录组特征 | 首次通过空间转录组学技术揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的炎症异质性,并识别出潜在的致病因素 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证这些发现 | 阐明衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的空间转录组特征及其潜在机制 | 衰老和年轻小鼠的急性胰腺炎模型 | NA | 胰腺炎 | Visium空间转录组学 | NA | 转录组 | 衰老小鼠(18个月)和年轻小鼠(3个月)各一组 | NA | NA | NA | NA |
| 3616 | 2024-12-14 |
A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia
2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.26.559569
PMID:37808650
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研究论文 | 本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经再生的化合物 | 首次使用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子分析,筛选出促进神经再生的化合物 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经再生能力,以恢复视网膜疾病患者的视力 | 小鼠Müller胶质细胞的神经再生 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 92种化合物 | NA | NA | NA | NA |
| 3617 | 2024-12-14 |
Segregation of morphogenetic regulatory function of Shox2 from its cell fate guardian role in sinoatrial node development
2024-03-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06039-2
PMID:38553636
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研究论文 | 研究探讨了Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与其细胞命运守护角色之间的分离 | 首次展示了Shox2在窦房结发育中细胞命运决定与形态发生调控功能的分离 | 研究仅限于Shox2和Nkx2-5的共同失活对窦房结发育的影响,未探讨其他可能的调控因子 | 探讨Shox2在窦房结发育中的双重角色及其相互关系 | Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与细胞命运守护角色 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Shox2突变体、Nkx2-5突变体及两者的共同失活突变体(dKO)的窦房结细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3618 | 2024-12-14 |
Endothelial gene regulatory elements associated with cardiopharyngeal lineage differentiation
2024-03-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06017-8
PMID:38514806
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研究论文 | 研究识别了与心脏咽弓中胚层分化相关的内皮细胞基因调控元件 | 通过整合染色质重塑和基因表达数据与单细胞RNA测序数据,识别了101个内皮细胞基因的潜在调控元件,并使用机器学习策略预测增强子 | 研究主要基于小鼠胚胎数据,可能需要进一步验证在其他物种中的适用性 | 识别和验证在心脏咽弓中胚层分化过程中激活的内皮细胞基因调控元件 | 内皮细胞基因调控元件及其在心脏咽弓中胚层分化中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 3619 | 2024-12-14 |
Unveiling the role of TGF-β signaling pathway in breast cancer prognosis and immunotherapy
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1488137
PMID:39664194
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研究论文 | 本研究探讨了TGF-β信号通路在乳腺癌预后和免疫治疗中的作用 | 开发了一种新的TGF-β通路相关预后签名(TSPRS),并验证了其在乳腺癌预后和免疫治疗中的预测能力 | NA | 研究TGF-β信号通路与乳腺癌临床结果及其对肿瘤微环境和免疫治疗反应的影响 | 乳腺癌患者的转录组和单细胞测序数据 | NA | 乳腺癌 | 转录组测序,单细胞测序,加权基因共表达网络分析(WGCNA) | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌转录组和单细胞测序数据,涉及54个与TGF-β信号通路相关的基因 | NA | NA | NA | NA |
| 3620 | 2024-12-13 |
Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1497251
PMID:39664386
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研究论文 | 研究分析了MHC-II表达的三阴性乳腺癌的功能影响 | 揭示了MHC-II表达的肿瘤细胞在调节免疫环境和影响患者生存结果中的功能重要性,并开发了一个包含40个显著基因的预后标志物,通过机器学习模型成功预测了患者的生存结果和免疫浸润程度 | NA | 理解MHC-II表达的肿瘤细胞在肿瘤微环境中的作用 | 三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习模型 | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |