单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7513 篇文献，本页显示第 3581 - 3600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3581 | 2024-10-12 |
Nature of epigenetic aging from a single-cell perspective
2024-Jun, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00616-0
PMID:38724733
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研究论文 | 本文从单细胞角度研究了表观遗传衰老的本质 | 本文通过对比小鼠组织和单细胞DNA甲基化在早期发育和成年衰老过程中的变化，揭示了表观遗传衰老的协同调控和随机成分，并提出了一个用于识别协同调控和随机CpG簇的单细胞算法 | NA | 阐明表观遗传衰老的本质 | 小鼠的组织和单细胞DNA甲基化 | 表观遗传学 | NA | DNA甲基化分析，单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化数据，RNA测序数据 | 小鼠样本 |
| 3582 | 2024-10-12 |
Analyses of the autism-associated neuroligin-3 R451C mutation in human neurons reveal a gain-of-function synaptic mechanism
2024-Jun, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-022-01834-x
PMID:36280753
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研究论文 | 研究了与自闭症相关的neuroligin-3 R451C突变在人类神经元中的功能获得性突触机制 | 首次研究了NLGN3 R451C突变对人类神经元的影响，并揭示了其在兴奋性突触传递中的功能获得性增强 | 研究主要集中在体外和移植到小鼠脑内的神经元，缺乏直接的人体研究 | 探讨NLGN3 R451C突变在人类神经元中的突触功能及其对自闭症谱系障碍（ASD）病理生理的影响 | NLGN3 R451C突变和NLGN3敲除的人类神经元 | 神经科学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及NLGN3 R451C突变和NLGN3敲除的人类神经元样本 |
| 3583 | 2024-10-12 |
SMARCA4 Loss and Mutated β-Catenin Induce Proliferative Lesions in the Murine Embryonic Cerebellum
2024-Apr-10, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1605-23.2024
PMID:38383496
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研究论文 | 研究了SMARCA4缺失和β-catenin突变在小鼠胚胎小脑中诱导增殖性病变的作用 | 首次揭示了SMARCA4缺失和β-catenin突变在小鼠胚胎小脑中诱导增殖性病变的机制 | 体外实验中未观察到肿瘤形成潜力，表明胚胎微环境在病变发展中的重要性 | 探讨SMARCA4缺失和β-catenin突变在胚胎小脑中诱导肿瘤发生的机制 | 小鼠胚胎小脑中的增殖性病变 | 数字病理学 | NA | DNA甲基化分析和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及雄性和雌性小鼠的胚胎小脑样本 |
| 3584 | 2024-10-12 |
Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease
2024-02-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-53993-2
PMID:38351241
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研究论文 | 研究优化空间分辨单细胞转录组数据集以研究临床肝病 | 开发了一种空间分辨单细胞数据集生成框架，用于研究基因表达和细胞间相互作用 | 空间转录组技术尚未达到单细胞分辨率，需要多种反卷积方法来预测每个转录组'点'中的单个细胞类型 | 优化空间分辨单细胞转录组数据集以深入研究临床肝病 | 从正常或纤维化患者中获取的匹配样本 | 数字病理学 | 肝病 | 空间转录组学和单核RNA测序 | NA | 转录组数据 | 24种独特的肝细胞表型 |
| 3585 | 2024-10-12 |
Macrophage profiling in atherosclerosis: understanding the unstable plaque
2024-02, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-023-01023-z
PMID:38244055
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综述 | 本文综述了巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的作用及其对斑块稳定性的影响 | 重新定义了传统的巨噬细胞模型，引入了基于深度无偏单细胞方法的多种免疫和非免疫细胞群 | NA | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的表型和功能特性，以及单细胞RNA测序研究在免疫学方面的进展 | 巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的作用及其对斑块稳定性的影响 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 3586 | 2024-10-12 |
Identification of a senescence-related transcriptional signature to uncover molecular subtypes and key genes in hepatocellular carcinoma
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311696
PMID:39383169
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据，分析了肝细胞癌患者的基因表达特征，识别出与衰老相关的分子亚型和关键基因 | 本研究开发了一个肝细胞癌特异性的细胞衰老风险模型，并识别出G6PD作为潜在的衰老相关靶点 | 由于肿瘤异质性和缺乏通用的细胞衰老标志物，准确测量不同类型肿瘤中的细胞衰老水平具有挑战性 | 研究肝细胞癌中与衰老相关的分子特征 | 肝细胞癌患者的基因表达特征 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 肝细胞癌样本 |
| 3587 | 2024-10-12 |
Integrating transcriptomics, eQTL, and Mendelian randomization to dissect monocyte roles in severe COVID-19 and gout flare
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1385316
PMID:39385934
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研究论文 | 本文通过整合转录组学、eQTL和孟德尔随机化方法，探讨了单核细胞在严重COVID-19和痛风发作中的作用 | 本文首次综合利用单细胞RNA测序、大规模全基因组关联研究和表达数量性状位点数据，分析了单核细胞在严重COVID-19和痛风发作中的分子机制 | 本文主要依赖于现有数据集的分析，缺乏实验验证 | 阐明单核细胞在痛风和COVID-19中的分子基础，以开发更有效的治疗方法 | 单核细胞在严重COVID-19和痛风发作中的功能 | 数字病理学 | 痛风 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 涉及严重COVID-19、痛风和正常对照组的单细胞RNA测序数据 |
| 3588 | 2024-10-12 |
Batch-effect correction in single-cell RNA sequencing data using JIVE
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae134
PMID:39387061
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研究论文 | 本文提出了一种增强的JIVE方法，用于大规模单细胞RNA测序数据的批次效应校正 | 本文改进了JIVE方法，使其适用于大规模单细胞数据，并引入了新的应用场景 | NA | 解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | JIVE | 基因表达数据 | 多个单细胞测序数据集 |
| 3589 | 2024-10-11 |
Machine learning based on biological context facilitates the identification of microvascular invasion in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Oct-10, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgae052
PMID:39086220
|
研究论文 | 本研究利用随机森林模型构建了一个预测微血管侵犯（MVI）的模型，并揭示了其生物学基础 | 本研究首次结合单细胞转录组测序、全外显子测序和蛋白质组测序，构建了一个高准确性的MVI预测模型，并揭示了MVI相关的生物学机制 | 本研究仅限于肝内胆管癌，未涵盖其他类型的癌症 | 开发一个高准确性的微血管侵犯预测模型，并揭示其生物学机制 | 肝内胆管癌中的微血管侵犯 | 机器学习 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组测序、全外显子测序、蛋白质组测序 | 随机森林模型 | 基因组数据、蛋白质组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 3590 | 2024-10-11 |
Restoring social deficits in IRSp53-deleted mice: chemogenetic inhibition of ventral dentate gyrus Emx1-expressing cells
2024-Oct-07, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-024-03104-6
PMID:39375329
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研究论文 | 研究通过化学遗传学抑制IRSp53缺失小鼠的腹侧齿状回Emx1表达细胞，恢复其社交缺陷 | 首次确定腹侧齿状回是IRSp53缺失导致社交缺陷的关键脑区，并通过化学遗传学抑制恢复社交缺陷 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨IRSp53缺失导致社交缺陷的脑区机制，并寻找潜在的治疗方法 | IRSp53缺失小鼠的腹侧齿状回Emx1表达细胞 | 神经科学 | 精神疾病 | 化学遗传学抑制 | NA | RNA测序 | IRSp53缺失小鼠和对照小鼠 |
| 3591 | 2024-10-11 |
The axis of tumor-associated macrophages, extracellular matrix proteins, and cancer-associated fibroblasts in oncogenesis
2024-Oct-07, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03518-8
PMID:39375726
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综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞、细胞外基质蛋白和癌症相关成纤维细胞在肿瘤发生中的相互关系 | 利用单细胞测序技术揭示了肿瘤微环境中细胞外基质蛋白的多样性及其在细胞间信号传导中的作用 | 需要整合单细胞数据并建立一个连贯的框架 | 探讨肿瘤微环境中细胞外基质蛋白、肿瘤相关巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞之间的相互作用 | 肿瘤相关巨噬细胞、细胞外基质蛋白和癌症相关成纤维细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 3592 | 2024-10-11 |
Phenotype remodelling of HNSCC cells in the muscle invasion environment
2024-Oct-07, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05607-8
PMID:39375763
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研究论文 | 研究探讨了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞在肌肉侵袭环境中的表型重塑及其与肿瘤微环境的相互作用 | 首次揭示了肌肉侵袭性HNSCC细胞的表型功能及其与肿瘤微环境的相互作用，并发现了G0S2作为肌肉侵袭性癌细胞的新标记物 | NA | 研究肌肉侵袭性HNSCC细胞的表型功能及其与肿瘤微环境的相互作用 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞及其在肌肉侵袭环境中的表型变化 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间RNA测序（ST） | NA | RNA测序数据 | 共使用了来自多个数据集的168个样本，包括scRNA-seq数据（N=55）、空间RNA-seq数据（N=4）和转录组数据（N=109） |
| 3593 | 2024-10-11 |
MerTK+ macrophages promote melanoma progression and immunotherapy resistance through AhR-ALKAL1 activation
2024-Oct-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.ado8366
PMID:39365866
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研究论文 | 研究了MerTK+巨噬细胞通过AhR-ALKAL1激活促进黑色素瘤进展和免疫治疗抵抗的机制 | 首次揭示了ALKAL1作为AhR的靶基因促进MerTK磷酸化，增强MerTK巨噬细胞的吞噬活性和免疫抑制表型的机制 | 仅在实验小鼠模型中验证了机制，尚未在人体中进行验证 | 揭示MerTK+巨噬细胞在黑色素瘤进展和免疫治疗抵抗中的作用机制 | MerTK+巨噬细胞及其在黑色素瘤中的功能 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 实验小鼠模型 |
| 3594 | 2024-10-11 |
Absent, but not glucocorticoid-modulated, corticotropin-releasing hormone (Crh) regulates anxiety-like behaviors in mice
2024-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614550
PMID:39386648
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研究论文 | 研究探讨了皮质酮释放激素（Crh）在调节小鼠焦虑样行为中的作用，特别是在下丘脑-垂体-肾上腺（HPA）轴中的作用 | 发现下丘脑Crh的表达在原发性肾上腺功能不全或地塞米松（DEX）治疗下并不改变小鼠的焦虑行为 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨Crh在下丘脑-垂体-肾上腺轴中的作用及其对焦虑样行为的影响 | 小鼠的焦虑样行为和下丘脑Crh的表达 | NA | NA | 空间转录组学和ELISA | NA | 行为数据和生物标志物 | 野生型（WT）小鼠、原发性肾上腺功能不全（KO）小鼠和Crh全局缺失（KO）小鼠 |
| 3595 | 2024-10-11 |
Synergy Between NK Cells and Monocytes in Potentiating Cardiovascular Disease Risk in Severe COVID-19
2024-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321085
PMID:38989579
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研究论文 | 研究探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）和单核细胞在严重COVID-19患者中增加心血管疾病风险的协同作用 | 首次揭示了NK细胞和单核细胞在严重COVID-19患者中心血管疾病风险增加中的具体机制 | 研究样本量较小，且仅限于严重COVID-19患者，可能限制了结果的普适性 | 探讨严重COVID-19患者中心血管疾病风险增加的免疫机制 | 严重COVID-19患者、康复患者和未感染SARS-CoV-2的对照组 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 光谱流式细胞术、单细胞转录组分析 | NA | 血液样本 | 共77名参与者，包括31名严重COVID-19患者、29名康复患者和17名未感染对照组 |
| 3596 | 2024-10-11 |
Unveiling the dynamics and molecular landscape of a rare chronic lymphocytic leukemia subpopulation driving refractoriness: insights from single-cell RNA sequencing
2024-Oct, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13663
PMID:38770541
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，分析了一名慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者在疾病进展和治疗反应中的动态变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了耐药CLL细胞的克隆进化过程，并追踪了高基因组复杂性细胞的早期形成 | 研究仅基于单一患者的数据，结果的普适性有待进一步验证 | 揭示耐药CLL细胞的动态变化和分子特征，为早期识别耐药细胞提供新视角 | 慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的耐药细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 单一患者 |
| 3597 | 2024-10-11 |
Tobacco smoking is associated with sex- and plaque-type specific upregulation of CRLF1 in atherosclerotic lesions
2024-10, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 研究探讨了烟草吸烟对动脉粥样硬化斑块中CRLF1基因表达的影响，并分析了性别和斑块类型的特异性上调 | 首次揭示了烟草吸烟导致的动脉粥样硬化斑块中CRLF1基因的性别和斑块类型特异性上调 | 研究样本量相对较小，且仅限于颈动脉斑块 | 探讨烟草吸烟对动脉粥样硬化斑块基因表达的影响及其性别特异性 | 动脉粥样硬化斑块中的基因表达 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 625个颈动脉斑块（151个女性和474个男性） |
| 3598 | 2024-10-11 |
Combined inhibition of CTPS1 and ATR is a metabolic vulnerability in p53-deficient myeloma cells
2024-Oct, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70016
PMID:39380841
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研究论文 | 研究评估了在p53缺陷的多发性骨髓瘤细胞中，CTPS1和ATR的联合抑制是否会导致代谢上的可操作弱点 | 首次展示了CTPS1和ATR的联合抑制在p53缺陷的多发性骨髓瘤细胞中诱导细胞死亡的协同效应 | NA | 探索p53缺陷的多发性骨髓瘤细胞的代谢弱点，并评估CTPS1和ATR联合抑制的治疗潜力 | p53缺陷的多发性骨髓瘤细胞 | NA | 多发性骨髓瘤 | scRNA-seq | NA | RNA | 24个患者样本，10个STP-B处理的多发性骨髓瘤细胞系，以及NCI-H929异种移植的NOD-scid IL2Rgamma小鼠 |
| 3599 | 2024-10-11 |
Spatial transcriptomics reveals modulation of transcriptional networks across brain regions after auditory threat conditioning
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614979
PMID:39386587
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研究论文 | 研究通过空间转录组学分析揭示了听觉威胁条件反射后大脑区域间转录网络的调节 | 首次通过空间转录组学技术全面分析了听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达差异及其转录连接性 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨听觉威胁条件反射后大脑区域间的基因表达变化及其转录网络的调节 | 小鼠大脑的皮质和皮质下区域 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 RNAseq 分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 3600 | 2024-10-11 |
ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614515
PMID:39386706
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研究论文 | 介绍了一种名为subcellular expression localization analysis (ELLA)的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因 | ELLA创建了一个统一的细胞坐标系统来锚定不同的细胞形状和形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，利用表达梯度函数表征亚细胞表达模式，并有效控制I类错误和高统计功效 | NA | 建模高分辨率空间转录组学中的mRNA亚细胞定位和检测显示细胞内空间变异的基因 | mRNA的亚细胞定位和显示细胞内空间变异的基因 | 空间转录组学 | NA | 非均匀泊松过程 | NA | 空间转录组数据 | 四个来自不同技术的空间转录组数据集 |