单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3521	2024-10-15	Hepatic stellate cells promote hepatocellular carcinoma development by regulating histone lactylation: Novel insights from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics analyses 2024-Nov-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217243 PMID:39260669	研究论文	本研究评估了肝细胞癌（HCC）的细胞异质性和分子机制，通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析揭示了肝星状细胞（HSC）在HCC发展中的关键作用	首次揭示了肝星状细胞通过调节组蛋白乳酸化在肝细胞癌发展中的重要作用	NA	评估肝细胞癌的细胞异质性和分子机制	肝星状细胞和肝细胞癌细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学分析	NA	RNA测序数据	从公共数据库收集的数据
3522	2024-10-15	Identification of SPP1+ macrophages in promoting cancer stemness via vitronectin and CCL15 signals crosstalk in liver cancer 2024-Nov-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217199 PMID:39216547	研究论文	研究分析了肝癌患者的单细胞RNA测序数据，发现SPP1+巨噬细胞通过vitronectin和CCL15信号的交叉对话促进肝癌干细胞特性	首次揭示了SPP1+巨噬细胞通过vitronectin依赖的旁分泌机制上调肿瘤干细胞特性，并建立了巨噬细胞与肿瘤干细胞之间的正反馈回路	研究样本仅限于12名肝癌患者，可能影响结果的普适性	探讨巨噬细胞在肝癌进展中的作用机制，为肝癌治疗提供新思路	肝癌患者的单细胞RNA测序数据，SPP1+巨噬细胞及其与肝癌干细胞的关系	NA	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	12名肝癌患者
3523	2024-10-15	Network Medicine Approach Unravels Endophenotype Signature in Alzheimer's Disease through Large-Scale Comparative Proteomics Analysis: Vascular Dysfunction as a Prime Example 2024-Oct-14, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c01344 PMID:39322987	研究论文	研究通过大规模比较蛋白质组学分析，揭示了阿尔茨海默病中的内表型特征，特别是血管功能障碍	提出了基于网络的框架来识别阿尔茨海默病病理内表型的蛋白质特征，并发现了新的生物标志物候选者	NA	揭示阿尔茨海默病中的内表型特征	阿尔茨海默病患者的蛋白质特征	生物信息学	阿尔茨海默病	蛋白质组学分析	NA	蛋白质数据	23个蛋白质数据集，包括阿尔茨海默病患者和转基因小鼠模型
3524	2024-10-15	Investigating PPT2's role in ovarian cancer prognosis and immunotherapy outcomes 2024-Oct-11, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01527-9 PMID:39394143	研究论文	研究探讨了PPT2基因在卵巢癌预后和免疫治疗结果中的作用	首次系统研究了PPT2基因在卵巢癌中的表达与预后、免疫浸润及分子机制的关系	需要进一步研究PPT2与免疫治疗效果在卵巢癌患者中的关系	确定PPT2表达与卵巢癌预后、免疫浸润及潜在分子机制的关联	PPT2基因在卵巢癌中的表达及其对预后和免疫治疗结果的影响	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用了来自TCGA、GTEx和GEO数据库的RNA-seq和临床数据，以及内部数据集
3525	2024-10-15	Immunometabolic changes and potential biomarkers in CFS peripheral immune cells revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Oct-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05710-w PMID:39394558	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了慢性疲劳综合征患者外周血单核细胞的免疫代谢变化，并发现了潜在的生物标志物	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性疲劳综合征患者外周血单核细胞的免疫代谢变化，并识别出ESRRA-APP-CD74信号通路作为潜在的生物标志物	样本量较小且仅评估了外周血	探讨慢性疲劳综合征的病理机制及其潜在的生物标志物	慢性疲劳综合征患者和健康对照的外周血单核细胞	数字病理学	慢性疲劳综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	4名慢性疲劳综合征患者和4名健康对照
3526	2024-10-15	Single-cell RNA transcriptomic analyses of tumor microenvironment of ovarian metastasis in gastric cancer 2024-Oct, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00974-2 PMID:39162990	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了胃癌卵巢转移的肿瘤微环境	首次综合分析了胃癌卵巢转移的免疫微环境，并识别了与转移相关的特定细胞类型和基因特征	样本量较小，仅分析了两对临床样本	揭示胃癌卵巢转移的免疫微环境，促进新治疗策略的发现	胃癌卵巢转移的肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两对临床样本
3527	2024-10-15	Somatic mitochondrial DNA mutations are a source of heterogeneity among primary leukemic cells 2024-Sep-27, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.09.26.24314381 PMID:39398996	研究论文	本研究探讨了体细胞线粒体DNA（mtDNA）突变在儿童白血病中的异质性来源及其生物学意义	通过整合单细胞测序（SCS）与数学建模和网络系统生物学方法，揭示了肿瘤富集的mtDNA突变与细胞状态变化之间的关联	研究主要基于两个儿童癌症患者队列的批量全基因组测序数据，样本量有限	探讨体细胞线粒体DNA突变在白血病细胞中的异质性及其生物学意义	儿童白血病患者的肿瘤和正常样本	数字病理学	白血病	单细胞测序（SCS）	数学建模	基因组数据	两个儿童癌症患者队列的匹配肿瘤和正常样本
3528	2024-10-15	Bioinformatics-based diagnosis and evaluation of several pivotal genes and pathways associated with immune infiltration at different time points in spinal cord injury 2024-Apr, Biotechnology & genetic engineering reviews DOI:10.1080/02648725.2023.2178970 PMID:36841940	研究论文	本研究利用生物信息学方法分析脊髓损伤后不同时间点的关键基因和信号通路，评估免疫浸润情况	首次通过基因表达数据和功能富集分析方法，揭示了脊髓损伤后不同时间点的免疫相关基因和信号通路	研究仅基于两个基因表达数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨脊髓损伤后不同时间点的免疫相关基因和信号通路，为干预策略提供理论基础	脊髓损伤后的关键基因和信号通路	生物信息学	神经系统疾病	基因表达分析	NA	基因表达数据	两个基因表达数据集（GSE464和GSE45006），分别包含370个和111个共享基因
3529	2024-10-14	Prognostic risk model of LIHC T-cells based on scRNA-seq and RNA-seq and the regulation of the tumor immune microenvironment 2024-Oct-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01424-z PMID:39388011	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序和RNA测序数据，构建了LIHC患者的T细胞标记基因的预后风险模型，并探讨了该模型对肿瘤免疫微环境的影响	首次基于T细胞标记基因构建了LIHC患者的预后风险模型，并验证了其在独立数据集中的有效性	研究仅限于TCGA和GEO数据库的数据，未涵盖所有可能的临床样本	开发一种基于T细胞标记基因的预后风险模型，用于预测LIHC患者的生存结果和免疫治疗效果	LIHC患者的T细胞标记基因及其在肿瘤免疫微环境中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序和RNA测序	风险模型	基因数据	860个T细胞标记基因，TCGA-LIHC数据集和独立GEO数据集
3530	2024-10-14	Discovery of prognostic lncRNAs in colorectal cancer using spatial transcriptomics 2024-Oct-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00728-1 PMID:39390212	研究论文	研究利用空间转录组学技术在结直肠癌中发现与预后相关的长链非编码RNA（lncRNA）	首次利用空间转录组学技术研究结直肠癌中的lncRNA，提供更精确的细胞类型特异性表达数据	研究仅限于结直肠癌，且样本量较小，需要进一步验证和扩大样本量	发现结直肠癌中与转移相关的lncRNA，作为早期风险评估的潜在生物标志物	结直肠癌中的lncRNA及其在肿瘤转移中的作用	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	RNA	301个与恶性结直肠癌区域相关的lncRNA
3531	2024-10-14	Rewriting cellular fate: epigenetic interventions in obesity and cellular programming 2024-Oct-10, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00944-2 PMID:39390356	研究论文	本文讨论了表观遗传干预在肥胖和细胞编程中的机制	本文详细分析了表观遗传调控在肥胖中的作用，并介绍了多种用于揭示这些调控的方法	NA	探讨表观遗传干预如何影响肥胖，并分析相关的方法	肥胖和细胞编程	表观遗传学	肥胖	DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA、单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀、体细胞核移植、细胞融合	NA	基因表达数据、表观遗传标记数据	NA
3532	2024-10-14	Key platelet genes play important roles in predicting the prognosis of sepsis 2024-10-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74052-w PMID:39384856	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，结合多种算法分析，构建了一个稳定的脓毒症预后模型	首次通过scRNA-seq技术识别脓毒症患者中的关键细胞，并结合批量RNA-seq数据和多种算法构建预后模型	研究样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据，可能影响模型的普适性	通过scRNA-seq和批量RNA-seq数据，结合多种算法分析，构建一个稳定的脓毒症预后模型	脓毒症患者的预后预测	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），定量实时PCR（qRT-PCR）	Cox回归模型	RNA测序数据	9个样本的scRNA-seq数据，批量RNA-seq数据来自GEO数据库，qRT-PCR在CLP诱导的脓毒症小鼠模型中进行
3533	2024-10-14	Single-cell sequencing analysis reveals the dynamic tumour ecosystems of primary and metastatic lymph nodes in nasopharyngeal carcinoma 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70137 PMID:39392128	研究论文	研究分析了鼻咽癌原发和转移淋巴结的单细胞转录组，揭示了肿瘤生态系统的动态变化	首次系统地描述了鼻咽癌原发和转移淋巴结肿瘤的生态系统，揭示了免疫微环境和细胞间通讯的复杂性	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	揭示鼻咽癌淋巴结转移的肿瘤生态系统，为治疗策略提供依据	鼻咽癌原发和转移淋巴结的单细胞转录组	数字病理学	鼻咽癌	单细胞测序	NA	转录组数据	47,618个单细胞，来自8个样本
3534	2024-10-14	Single-cell transcriptome and chromatin accessibility mapping of upper lip and primary palate fusion 2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70128 PMID:39392189	研究论文	研究使用单细胞转录组和染色质可及性测序技术，分析了小鼠胚胎在关键发育阶段的唇腭融合过程	首次结合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，揭示了唇腭融合过程中不同细胞亚群的转录特征和染色质可及性变化	研究仅限于C57BL/6J小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	揭示唇腭融合的分子机制	小鼠胚胎的唇腭融合过程	数字病理学	先天性畸形	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	C57BL/6J小鼠胚胎在10.5、11.5和12.5胚胎日的样本
3535	2024-10-14	Utilization of an Artery-on-a-Chip to Unravel Novel Regulators and Therapeutic Targets in Vascular Diseases 2024-03, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202302907 PMID:37797407	研究论文	本研究利用器官芯片技术开发了一种体外中大型动脉模型，旨在重现动脉壁结构和影响管腔细胞的血液动力学力	首次使用动脉芯片模型来揭示剪切应力调节的新基因，并将其应用于药物测试	NA	揭示血管疾病中的新调节因子和治疗靶点	中大型动脉的结构和功能	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括患病和非患病（内部对照）血管区域的患者样本
3536	2024-10-14	Hidden syndinian and perkinsid infections in dinoflagellate hosts revealed by single-cell transcriptomics 2024-Jan-08, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wrae188 PMID:39325969	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了寄生在甲藻宿主中的隐秘的syndinian和perkinsid感染	首次通过单细胞转录组测序揭示了这些难以直接观察或培养的寄生虫的感染情况，并构建了基于192个基因的系统发育树	研究仅限于14个感染宿主细胞，且仅通过光显微镜在收集时识别出5个含有寄生虫的细胞	揭示隐秘的单细胞寄生虫的进化历史及其与宿主的关系	自由生活的甲藻及其寄生虫	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	14个感染宿主细胞
3537	2024-10-13	Landscape of epithelial cell subpopulations in the human esophageal squamous cell carcinoma microenvironment 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38091 PMID:39391485	研究论文	研究揭示了人食管鳞状细胞癌微环境中上皮细胞亚群的景观及其在食管鳞状细胞癌发展中的作用	首次在单细胞分辨率下获得了食管鳞状细胞癌的上皮细胞图谱，并揭示了上皮细胞在癌症进展中的作用及其对NK/T细胞的免疫抑制信号	NA	探索上皮细胞亚群在食管鳞状细胞癌进展中的作用	食管鳞状细胞癌中的上皮细胞亚群及其在癌症发展中的作用	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及食管鳞状细胞癌及其邻近组织的11个主要细胞亚群和4个上皮细胞亚群
3538	2024-10-13	Single-cell RNA sequencing profiling of mouse cardiac cells in response to retinoic acid 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38301 PMID:39391486	研究论文	研究了视黄酸对小鼠心脏细胞的单细胞RNA测序分析	首次使用单细胞RNA测序技术分析视黄酸对小鼠心脏发育过程中细胞和分子机制的影响	仅限于小鼠模型，未涉及人类心脏疾病的研究	揭示视黄酸对心脏畸形的影响机制	小鼠心脏细胞	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA	69,447个细胞，来自从E8.5到E17.5的七个发育阶段
3539	2024-10-13	Cross-species comparison of airway epithelium transcriptomics 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38259 PMID:39391497	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了人类、猴子、小鼠和大鼠在健康和哮喘条件下的肺细胞转录组相似性和差异	首次进行了跨物种的肺细胞转录组全面比较，揭示了跨物种细胞特异性标记基因、转录因子和生物通路的保守性	研究仅限于四种物种，且未涵盖所有可能的肺部疾病状态	探讨不同物种间肺细胞转录组的相似性和差异，以及这些差异在哮喘中的作用	人类、猴子、小鼠和大鼠的肺细胞在健康和哮喘条件下的转录组	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及四种物种的肺细胞样本
3540	2024-10-13	Germinal center B-cell subgroups in the tumor microenvironment cannot be overlooked: Their involvement in prognosis, immunotherapy response, and treatment resistance in head and neck squamous carcinoma 2024-Oct-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37726 PMID:39391510	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了头颈部鳞状细胞癌中的B细胞亚群，并构建了相关的风险预测模型	首次将生发中心B细胞（GCB）识别为B细胞特异性预后生物标志物，填补了头颈部鳞状细胞癌遗传预后预测模型的研究空白	NA	寻找新的生物标志物以实现头颈部鳞状细胞癌的早期诊断和预测早期复发和转移	头颈部鳞状细胞癌中的B细胞亚群及其在预后、免疫治疗反应和治疗抵抗中的作用	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	头颈部鳞状细胞癌组织和外周血样本