单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7513 篇文献，本页显示第 3381 - 3400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3381 | 2024-10-21 |
SURGE: uncovering context-specific genetic-regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing using latent-factor models
2024-01-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03152-z
PMID:38254214
|
研究论文 | 开发了一种名为SURGE的方法，用于从单细胞转录组数据中发现特定上下文下的表达数量性状位点（eQTLs） | SURGE方法能够在没有先验知识的情况下，发现调节遗传调控的上下文或细胞类型 | NA | 研究基因表达的遗传调控在不同细胞上下文中的变化 | 单细胞转录组数据中的表达数量性状位点（eQTLs） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 潜在因子模型 | 转录组数据 | 外周血单细胞eQTL数据 |
| 3382 | 2024-10-21 |
A predisposed motor bias shapes individuality in vocal learning
2024-Jan-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2308837121
PMID:38198530
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研究论文 | 研究探讨了鸣禽通过发声学习发展个体独特性的发育和分子机制 | 首次结合实验控制的系统发声训练、无偏差判别分析和单细胞转录组学，揭示了遗传倾向的发声运动偏差在发声学习个体变异中的初始起源 | 研究仅限于F杂交鸣禽，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性 | 探究发声学习中个体独特性的发育和分子机制 | F杂交鸣禽的发声学习过程 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 声音特征数据 | F杂交鸣禽个体 |
| 3383 | 2024-10-21 |
A spatial cell atlas of neuroblastoma reveals developmental, epigenetic and spatial axis of tumor heterogeneity
2024-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.07.574538
PMID:38260392
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研究论文 | 本文构建了一个全面的神经母细胞瘤细胞图谱，揭示了肿瘤异质性的发育、表观遗传和空间轴 | 首次整合了单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学和两种空间蛋白质组学方法，全面分析了神经母细胞瘤的复杂异质性 | NA | 揭示神经母细胞瘤的发育、表观遗传和空间异质性 | 55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、DNA甲基化数据、蛋白质组数据 | 55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本 |
| 3384 | 2024-10-21 |
Control of cardiac contractions using Cre-lox and degron strategies in zebrafish
2024-Jan-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2309842121
PMID:38194447
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研究论文 | 本文比较了两种遗传方法通过调节斑马鱼中必需的肌节蛋白Tnnt2a的水平来控制心脏收缩 | 本文首次使用Cre-lox和degron策略在斑马鱼中实现对心脏收缩的非侵入性控制，具有高空间和时间特异性 | 本文未详细讨论这些方法在其他物种中的适用性 | 研究如何通过遗传方法控制心脏收缩，以了解其对器官发育和稳态的影响 | 斑马鱼中的心脏收缩和Tnnt2a蛋白水平 | NA | NA | Cre-lox重组和degron降解系统 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个斑马鱼品系和单细胞样本 |
| 3385 | 2024-10-21 |
Evaluating spatially variable gene detection methods for spatial transcriptomics data
2024-01-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03145-y
PMID:38225676
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研究论文 | 本文系统评估了多种空间变异基因检测方法在空间转录组数据中的表现 | 首次对多种空间变异基因检测方法进行了系统评估，涵盖了不同组织类型、生物技术和空间分辨率的数据集 | 缺乏对方法选择的具体建议 | 评估不同空间变异基因检测方法的性能，为方法选择提供参考 | 空间变异基因检测方法及其在下游应用中的表现 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 大量空间转录组数据集，涵盖不同组织类型、生物技术和空间分辨率 |
| 3386 | 2024-10-21 |
COFFEE: Consensus Single Cell-Type Specific Inference for Gene Regulatory Networks
2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574445
PMID:38260386
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从scRNA-seq数据中推断基因调控网络 | COFFEE算法整合了10种已有的基因调控网络推断方法，相比单个算法在合成、精选和实验数据集上表现出更好的性能 | NA | 扩展共识方法到scRNA-seq数据，提高基因调控网络推断的准确性 | scRNA-seq数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 共识算法 | 基因表达数据 | NA |
| 3387 | 2024-10-21 |
Perspective from single-cell sequencing: Is inflammation in acute ischemic stroke beneficial or detrimental?
2024-01, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14510
PMID:37905592
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在急性缺血性脑卒中（AIS）中的应用，探讨了不同细胞类型在AIS早期阶段的作用及其对预后的影响 | 首次系统总结了单细胞测序在AIS中的最新研究，揭示了不同细胞亚群在AIS后的功能和表型变化 | NA | 探讨单细胞测序技术在急性缺血性脑卒中中的应用，揭示不同细胞类型及其亚群在AIS后的作用机制 | 微胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、神经元、中性粒细胞、单核细胞和淋巴细胞及其亚群 | 数字病理 | 脑血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 3388 | 2024-10-21 |
Integrating bulk and single-cell data to predict the prognosis and identify the immune landscape in HNSCC
2024-01, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18009
PMID:37882107
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研究论文 | 研究通过整合bulk和单细胞数据，预测HNSCC的预后并识别免疫景观 | 利用单细胞RNA测序技术和Scissor算法，揭示了HNSCC中内皮细胞的机制多样性及其与患者预后的复杂相互作用 | NA | 阐明HNSCC中内皮细胞在肿瘤微环境中的作用，并构建预后风险模型 | HNSCC中的内皮细胞及其与患者预后的关系 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3389 | 2024-10-21 |
Reconstructing growth and dynamic trajectories from single-cell transcriptomics data
2024, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-023-00763-w
PMID:38274364
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TIGON的动态非平衡最优传输算法，用于从单细胞转录组数据中重建动态轨迹和种群增长 | 提出了TIGON算法，结合Wasserstein-Fisher-Rao距离的无量纲公式，通过深度学习方法解决高维最优传输问题 | NA | 开发一种方法从时间序列单细胞RNA测序数据中重建动态轨迹和种群增长 | 单细胞转录组数据中的动态轨迹和种群增长 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | 转录组数据 | 三个scRNA-seq数据集 |
| 3390 | 2024-10-21 |
Single-cell mRNA sequencing of giant panda (Ailuropoda melanoleuca) seminoma reveals the cellular and molecular characteristics of tumour cells
2024-01, Veterinary medicine and science
IF:1.8Q2
DOI:10.1002/vms3.1348
PMID:38227708
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研究论文 | 研究使用单细胞mRNA测序技术分析大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子特征 | 首次利用单细胞RNA测序技术分析大熊猫睾丸肿瘤的细胞状态和分子机制 | 样本量较小，仅基于一只大熊猫的睾丸肿瘤 | 探讨大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子特征 | 大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子机制 | 数字病理学 | 其他疾病 | 单细胞mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一只大熊猫的睾丸肿瘤样本 |
| 3391 | 2024-10-21 |
EAAT3 impedes oligodendrocyte remyelination in chronic cerebral hypoperfusion-induced white matter injury
2024-01, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14487
PMID:37803915
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研究论文 | 研究EAAT3在慢性脑低灌注引起的白质损伤中对少突胶质细胞再髓鞘化的影响 | 首次证明慢性脑低灌注中异常高水平的少突胶质细胞EAAT3会损害少突胶质前体细胞的再髓鞘化作用，从而阻碍白质修复和功能恢复 | NA | 探讨EAAT3在慢性脑低灌注引起的白质损伤中的作用及其对少突胶质细胞再髓鞘化的影响 | 少突胶质细胞、少突胶质前体细胞、脑白质 | 神经科学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blot | NA | RNA序列、蛋白质表达 | 使用小鼠模型进行研究，包括脑损伤模型和脑低灌注模型 |
| 3392 | 2024-10-21 |
A relay velocity model infers cell-dependent RNA velocity
2024-Jan, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01728-5
PMID:37012448
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研究论文 | 本文介绍了一种名为cellDancer的可扩展深度神经网络，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞依赖的RNA速度 | cellDancer通过局部推断每个细胞的速度，并将其邻近细胞的速度传递，从而提供单细胞分辨率的RNA速度动力学推断 | NA | 克服现有RNA速度模型在多阶段或多谱系细胞状态转换实验中的局限性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态转换 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | RNA测序数据 | NA |
| 3393 | 2024-10-21 |
Anoikis-related CTNND1 is associated with immuno-suppressive tumor microenvironment and predicts unfavorable immunotherapeutic outcome in non-small cell lung cancer
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.89542
PMID:38169514
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研究论文 | 研究探讨了与细胞凋亡相关的基因CTNND1在非小细胞肺癌中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗结果的关系 | 首次揭示了CTNND1作为预测非小细胞肺癌免疫治疗反应的新型生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步的临床验证 | 探索细胞凋亡相关基因与非小细胞肺癌肿瘤微环境和免疫治疗结果的关系 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 多个公共数据库和内部队列的非小细胞肺癌样本 |
| 3394 | 2024-10-21 |
Establishment of a tumor-associated fibroblast associated gene score based on scRNA-seq to predict prognosis in patients with triple-negative breast cancer
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311801
PMID:39418248
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据，建立了与肿瘤相关成纤维细胞相关的基因评分，用于预测三阴性乳腺癌患者的预后 | 首次基于单细胞RNA测序数据，建立了与肿瘤相关成纤维细胞相关的基因评分，并验证了其与三阴性乳腺癌患者预后的相关性 | 研究仅基于特定数据集，结果的普适性有待进一步验证 | 研究肿瘤微环境中肿瘤相关成纤维细胞的异质性，并建立基因评分以预测三阴性乳腺癌患者的预后 | 三阴性乳腺癌患者及其肿瘤微环境中的肿瘤相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于GSE118389和GSE103091数据集，涉及多个三阴性乳腺癌患者的样本 |
| 3395 | 2024-10-20 |
Schisandrin C inhibits AKT1-regulated cell proliferation in A549 cells
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113110
PMID:39260306
|
研究论文 | 研究了五味子素C对A549细胞增殖的影响及其机制 | 首次探讨了五味子素C通过抑制AKT1信号通路来抑制A549细胞增殖的机制 | 仅在体外细胞实验和部分临床样本中验证了效果，缺乏大规模临床试验数据 | 探讨五味子素C对肺癌的影响及其作用机制 | A549细胞和肺癌患者组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | A549细胞和肺癌患者组织样本 |
| 3396 | 2024-10-20 |
Potential crosstalk between Naïve CD4+ T cells and SPP1+ Macrophages is associated with clinical outcome and therapeutic response in hepatocellular carcinoma
2024-Dec-05, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113231
PMID:39332093
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研究论文 | 研究探讨了肝细胞癌中幼稚CD4+ T细胞与SPP1+巨噬细胞之间的潜在交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响 | 建立了基于幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞交叉对话的机器学习模型TMPS，用于预测预后和治疗反应 | NA | 研究肝细胞癌中肿瘤微环境内细胞间交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响 | 幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的交叉对话 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和批量RNA测序（RNA-seq） | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 4个独立队列 |
| 3397 | 2024-10-20 |
Multi-omic analysis revealed the immunological patterns and diagnostic value of exhausted T cell-derived PTTG1 in patients with psoriasis
2024-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150740
PMID:39342798
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了银屑病患者中耗竭T细胞来源的PTTG1的免疫学模式及其诊断价值 | 本研究首次揭示了耗竭T细胞来源的PTTG1在银屑病中的诊断价值，并验证了leptomycin B作为靶向PTTG1治疗银屑病的潜在药物 | 本研究主要基于单细胞RNA测序和机器学习方法，未涉及临床试验验证PTTG1作为诊断标志物的实际应用效果 | 探索银屑病的发病机制及其诊断标志物 | 银屑病患者的临床样本和耗竭T细胞来源的PTTG1 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、分子对接 | 机器学习 | 基因数据 | 银屑病患者的临床样本 |
| 3398 | 2024-10-20 |
Characterization of mitochondrial metabolism related molecular subtypes and immune infiltration in colorectal adenocarcinoma
2024-10-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-75482-2
PMID:39414905
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研究论文 | 研究了结直肠腺癌中与线粒体代谢相关的分子亚型及其免疫浸润特征 | 通过无监督共识聚类分析筛选出与结直肠腺癌预后相关的线粒体代谢相关基因，并构建了预测模型，同时发现了新的潜在治疗靶点SEC11A | NA | 探索结直肠腺癌的预后因素及其可能的机制 | 结直肠腺癌中的线粒体代谢相关基因及其分子亚型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序分析 | LASSO-单变量Cox分析 | 基因表达数据 | NA |
| 3399 | 2024-10-20 |
Key genes and immune pathways in T-cell mediated rejection post-liver transplantation identified via integrated RNA-seq and machine learning
2024-10-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74874-8
PMID:39414868
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研究论文 | 本研究通过整合RNA测序和机器学习方法，识别了肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其潜在的生物学过程和机制 | 本研究首次通过综合分析RNA测序数据和机器学习算法，识别了与T细胞介导的排斥反应相关的关键基因，并揭示了其生物学意义和潜在的治疗靶点 | 本研究主要基于GSE145780数据集和单细胞RNA测序数据，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 识别肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制 | 肝移植后T细胞介导的排斥反应中的关键基因及其生物学过程和机制 | 机器学习 | NA | RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | GSE145780数据集和来自患者的单细胞RNA测序数据及肝活检组织 |
| 3400 | 2024-10-20 |
Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors
2024-Oct-16, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-024-01583-9
PMID:39415193
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研究论文 | 本文利用系统生物学方法，通过构建患者特异性的小胶质细胞分子调控网络模型，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点 | 本文创新性地结合大规模计算机模拟和动态网络分析，对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别出多个亚型共有的治疗靶点 | 本文的局限性在于依赖于现有的文献和单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差 | 本文旨在通过系统生物学方法对阿尔茨海默病进行亚型分类，并识别潜在的治疗靶点 | 本文的研究对象是阿尔茨海默病患者的小胶质细胞及其分子调控网络 | 系统生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 分子调控网络模型 | 基因组数据 | NA |