单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
321	2026-08-19	Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells 2024-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.557439 PMID:37781613	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和同步发育的批量RNA测序，揭示了MEIOC-YTHDC2-RBM46复合物在减数分裂启动前通过mRNA降解增强小鼠精原细胞减数分裂能力的机制	首次证明MEIOC在减数分裂启动前（早于此前认知）通过降解特定mRNA（如转录抑制因子E2F6和MGA的靶标）来增强精原细胞对维甲酸反应的分子能力，从而促进减数分裂的全面启动	研究仅基于小鼠模型，可能不完全适用于人类；且具体的mRNA靶标及其调控网络在体内外的全面验证仍需进一步研究	阐明MEIOC在精原细胞早期减数分裂中的分子机制，特别是其在减数分裂启动前通过mRNA降解增强细胞能力的作用	小鼠精原细胞（包括有丝分裂期的精原细胞和启动减数分裂的细胞）以及MEIOC、YTHDC2、RBM46等RNA结合蛋白	转录组学, 生殖生物学	NA	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	基因表达数据（单细胞和批量RNA测序数据）	NA（未提供具体样本数量）	NA	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	使用了增强分辨率的单细胞RNA测序和发育同步化的批量RNA测序技术
322	2026-08-19	Deciphering infected cell types, hub gene networks and cell-cell communication in infectious bronchitis virus via single-cell RNA sequencing 2024-05, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012232 PMID:38743760	研究论文	利用单细胞RNA测序技术，系统研究了传染性支气管炎病毒感染鸡的肾脏、法氏囊和气管组织中的细胞类型、关键基因网络及细胞间通讯	首次通过单细胞RNA测序全面解析IBV感染后不同组织的细胞类型特异性反应，并整合WGCNA识别免疫相关基因模块及关键枢纽基因	摘要中未提及研究的局限性	探究IBV感染的细胞嗜性、宿主反应机制（包括炎症、凋亡及细胞通讯）以及鉴定关键基因模块和枢纽基因	感染IBV的鸡的肾脏、法氏囊和气管组织中的细胞	单细胞转录组学	传染性支气管炎（禽类疾病）	单细胞RNA测序、免疫荧光、加权基因共表达网络分析	加权基因共表达网络分析	单细胞转录组数据	未明确具体样本数，涉及肾脏、法氏囊和气管组织	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
323	2026-08-19	Modeling single cell trajectory using forward-backward stochastic differential equations 2024-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012015 PMID:38620017	研究论文	提出一种结合前向-后向随机微分方程的新方法，用于更准确地推断单细胞发育轨迹	创新性地引入FBSDE模型，整合两个SDE的前向和后向运动，以实现对非线性单细胞发育轨迹的动态建模，并通过改进的近似过程提高推断精度	现有SDE方法依赖数值近似可能导致推断不准确，偏离真实轨迹	准确推断单细胞发育过程中的动态轨迹，特别是捕捉非线性路径	单细胞发育轨迹	机器学习	NA	scRNA-seq	前向-后向随机微分方程（FBSDE）	单细胞基因表达数据	多个scRNA-seq数据集，具体样本数量未提供	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
324	2026-08-19	Ranking of cell clusters in a single-cell RNA-sequencing analysis framework using prior knowledge 2024-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011550 PMID:38635836	研究论文	本文提出一种利用先验知识和专家用户信息对单细胞RNA测序分析中的细胞类型进行排序和优先排序的新方法，并基于与疾病相关的分子机制和药物匹配程度进行评估	首次利用标准化、结构化的先验知识（分子机制和药物）结合细胞间通讯扰动，以自动化方式对细胞类型进行排序，且已实现为R包scRANK	方法依赖先验知识的准确性和完整性，且可能受专家用户输入偏差影响	改进单细胞RNA测序框架中的细胞类型排序方法，以突出与疾病研究最相关的细胞类型	单细胞RNA测序框架中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
325	2026-08-19	Partial label learning for automated classification of single-cell transcriptomic profiles 2024-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012006 PMID:38578796	研究论文	研究部分标签学习框架下自动分类单细胞转录组谱的方法，并验证其性能与全监督学习相当	提出将部分标签学习应用于单细胞转录组分类，利用候选标签集而非完整标签，并探讨标签层次结构对方法的影响	未提及具体限制，但可能依赖模拟和特定真实数据集验证，泛化性有待进一步检验	开发自动化方法，利用部分注释数据分类单细胞转录组谱并识别谱系关系	单细胞转录组谱数据（模拟和真实数据集）	机器学习	不适用	单细胞RNA测序	SVM、kNN、原型法、逻辑回归、集成方法	基因表达数据	模拟和真实数据集，具体数量未说明	不适用	单细胞RNA-seq	不适用	不适用
326	2026-08-19	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	通过空间和单细胞转录组学揭示基底外侧杏仁核在长期记忆形成中神经元和星形胶质细胞的协同作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了长期记忆印迹的空间图谱，并发现特定神经元亚群与邻近星形胶质细胞的相互作用对长期记忆编码至关重要	未提供明确的局限性信息	阐明基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子机制	小鼠基底外侧杏仁核中的神经元和星形胶质细胞亚群	单细胞转录组学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未提供具体样本数量	10x Genomics	空间转录组学, 单细胞RNA-seq	10x Visium	10x Visium空间转录组学，10x Chromium单细胞RNA测序
327	2026-08-19	Revealing the association between East Asian oral microbiome and colorectal cancer through Mendelian randomization and multi-omics analysis 2024, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2024.1452392 PMID:39355266	研究论文	通过孟德尔随机化和多组学分析揭示东亚口腔微生物组与结直肠癌之间的关联	首次结合中国国家基因库和日本生物样本库的数据，利用孟德尔随机化方法鉴定出19个与结直肠癌显著相关的口腔细菌类群，并通过单细胞RNA测序和药物预测提供新的治疗策略	基于东亚人群数据，可能不适用于其他人群；孟德尔随机化结果需进一步实验验证	探究口腔微生物组与结直肠癌之间的因果关系及其潜在机制	2017个舌苔和1915个唾液样本中的微生物组，以及6692例结直肠癌病例和27178例对照的GWAS数据	微生物组学	结直肠癌	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、多组学分析	NA	微生物组数据、GWAS数据、单细胞RNA测序数据	2017个舌苔样本、1915个唾液样本、6692例CRC病例和27178例对照	NA	NA	NA	NA
328	2026-08-19	Single-cell data revealed the function of natural killer cells and macrophage cells in chemotherapy tolerance in acute myeloid leukemia 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.18521 PMID:39583114	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了自然杀伤细胞和巨噬细胞在急性髓系白血病化疗耐受中的功能	首次应用单细胞RNA测序数据综合分析NK细胞和巨噬细胞在AML化疗耐药中的差异表达、分化轨迹及细胞间通讯机制	基于公共数据集分析，缺乏体内验证实验，且样本量可能有限	探究免疫细胞在AML化疗耐药中的调控机制，为缓解化疗耐药提供新思路	急性髓系白血病患者的免疫细胞（NK细胞和巨噬细胞）	单细胞转录组学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
329	2026-08-18	Long-term in vitro expansion of a human fetal pancreas stem cell that generates all three pancreatic cell lineages 2024-12-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.044 PMID:39626658	研究论文	本文报道了从人类胎儿胰腺中衍生出可长期体外扩增并生成所有三种胰腺细胞谱系的干细胞系	首次在体外长期培养人类胎儿胰腺干细胞，并证明其具有三能性，即能生成腺泡、导管和内分泌细胞	仅基于胎儿样本，可能不适用于成人胰腺干细胞研究	探索人类胎儿胰腺干细胞的体外扩增和分化潜力，以促进胰腺再生医学研究	人类胎儿胰腺器官样细胞系	数字病理学	胰腺疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	18个人类胎儿胰腺器官样细胞系，来自8-17周胎龄样本	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium 单细胞3'
330	2026-08-18	Differential contributions of fetal mononuclear phagocytes to Zika virus neuroinvasion versus neuroprotection during congenital infection 2024-12-26, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.028 PMID:39532096	研究论文	本研究利用小鼠模型和人类脑类器官，揭示了胎儿单核吞噬细胞在寨卡病毒感染中的不同作用：原始巨噬细胞促进病毒传播，单核细胞引起非生产性神经炎症，而小胶质细胞则提供保护，限制感染和神经元死亡	首次区分了胎儿单核吞噬细胞亚群在寨卡病毒先天感染中的相反功能，并通过单细胞RNA测序和人类脑类器官验证了小胶质细胞的保护作用，强调了免疫细胞在胎儿感染结局中的调节潜力	研究主要基于小鼠模型，可能不完全反映人类胎儿感染的全部复杂性，且未深入探讨遗传差异对髓系细胞表型的具体机制	探究胎儿单核吞噬细胞在寨卡病毒先天感染中的功能角色，以理解其传播与保护机制	胎儿单核吞噬细胞（包括原始巨噬细胞、单核细胞和小胶质细胞）	感染免疫学、神经科学、单细胞基因组学	先天性寨卡病毒感染（寨卡病毒综合征）	单细胞RNA测序、小鼠模型、人类脑类器官	NA	单细胞转录组数据、组织影像、类器官数据	小鼠模型（具体数量未提供）和人脑类器官（具体数量未提供）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	NA
331	2026-08-18	Single-cell landscape identified SERPINB9 as a key player contributing to stemness and metastasis in non-seminomas 2024-11-11, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07220-5 PMID:39528470	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析非精原细胞瘤样本，鉴定出SERPINB9在转移性胚胎癌细胞中高表达，并通过体外和体内实验证明其通过增强肿瘤干性和抑制三级淋巴结构来驱动肿瘤进展	首次在单细胞水平阐明非精原细胞瘤的分子特征，并鉴定SERPINB9作为关键调控因子，连接肿瘤干性与转移，为治疗干预提供新靶点	未提及明显局限性，但可能包括样本量小或机制探索仅限于体外实验	探究非精原细胞瘤中胚胎癌的恶性机制，特别是SERPINB9在肿瘤干性和转移中的作用	非精原细胞瘤样本（共4例）及NCCIT和NTERA-2细胞系	癌症基因组学	睾丸生殖细胞瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、ELISA、Transwell迁移实验、药物敏感性实验、有限稀释实验	不适用	基因表达数据（单细胞和批量）、实验数据	4例非精原细胞瘤样本	不明确	单细胞RNA测序、批量RNA测序	不明确	不明确
332	2026-08-18	Single-cell analysis via manifold fitting: A framework for RNA clustering and beyond 2024-09-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400002121 PMID:39226348	研究论文	介绍scAMF框架，通过流形拟合去噪增强单细胞RNA测序数据的聚类准确性和可视化效果	提出基于流形拟合的单细胞分析方法scAMF，通过展开数据在环境空间中的分布来去噪，从而改善细胞间相似性评估和聚类性能	标题和摘要中未提及局限性	提高scRNA-seq数据聚类准确性和数据可视化清晰度	单细胞RNA测序数据，涵盖多种测序平台、物种和器官类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	流形拟合	基因表达数据	25个公开可用的scRNA-seq数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
333	2026-08-18	Qki5 safeguards spinal motor neuron function by defining the motor neuron-specific transcriptome via pre-mRNA processing 2024-09-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401531121 PMID:39226364	研究论文	本文发现RNA结合蛋白Qki5通过前体mRNA加工过程定义运动神经元特异性转录组，从而保护脊髓运动神经元功能	首次揭示Qki5通过转录后网络和剪接调控建立运动神经元特异性转录组，并证明其缺失导致运动神经元变性，为运动神经元疾病发病机制提供新见解	未提及	阐明Qki5在运动神经元特异性转录组形成和运动神经元维持中的作用及其与运动神经元疾病的关系	小鼠脊髓运动神经元	分子生物学	运动神经元疾病	单细胞RNA测序、RNA测序、免疫组化	小鼠模型	基因表达数据、图像	未提及具体样本数量，涉及产后小鼠	10x Genomics, Illumina	单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq	10x Chromium、Illumina测序平台	未提及具体配置
334	2026-08-18	Joint trajectory inference for single-cell genomics using deep learning with a mixture prior 2024-09-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316256121 PMID:39226366	研究论文	介绍VITAE，一种结合潜在层级混合模型与变分自编码器的统计方法，用于推断单细胞基因组学中的轨迹	提出VITAE，将层次混合模型与变分自编码器集成，实现联合轨迹推断和数据整合，并提供不确定性量化	未提及明确局限性	开发一种具有统计模型和不确定性量化的轨迹推断方法，用于单细胞测序数据分析	单细胞RNA测序数据集，包括小鼠新皮层的三个不同数据集和多组学数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	基因表达数据	小鼠新皮层三个单细胞RNA测序数据集，多组学数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
335	2026-08-18	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-07, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	该研究通过多平台分析，发现HLA-A阳性三级淋巴结构及其细胞组分与食管鳞状细胞癌免疫检查点阻断治疗反应相关	首次在食管鳞状细胞癌中鉴定出HLA-A阳性三级淋巴结构，并揭示其内部CXCL13表达耗竭TIL-T细胞在成熟过程中被重新激活并高表达抗原呈递机制特征，提出HLA-A+TLSs作为ICB治疗生物标志物	样本量有限（42例进行基因表达分析，60例验证），且研究为回顾性分析，未提供独立验证队列	识别食管鳞状细胞癌免疫检查点阻断疗法的生物标志物，评估其临床相关性	食管鳞状细胞癌肿瘤组织及其中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	食管鳞状细胞癌	RNA-seq, NanoString GeoMx数字空间分析, 单细胞RNA-seq, 多重免疫组化	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 免疫组化图像	42例治疗初期ESCC肿瘤组织用于基因表达分析，60例ESCC患者用于评估TLSs与ICB反应的关联	NanoString	空间转录组学, 单细胞RNA测序, 多重免疫组化	NanoString GeoMx数字空间分析仪	NanoString GeoMx数字空间分析用于空间基因表达分析，单细胞RNA-seq和多重免疫组化用于肿瘤微环境评估
336	2026-08-18	Single-cell sequencing reveals VEGFR as a potential target for CAR-T cell therapy in chordoma 2024-06, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02635-5 PMID:38605247	研究论文	通过单细胞测序揭示脊索瘤中VEGFR作为CAR-T细胞治疗的潜在靶点，并验证VEGFR/TGF-β scFv CAR-T细胞的抗肿瘤效果	首次在脊索瘤中利用单细胞RNA测序鉴定VEGFR作为新型免疫治疗靶点，并构建同时靶向VEGFR和TGF-β的CAR-T细胞，增强抗肿瘤活性	研究仅限于体外实验和类器官模型，未进行体内验证	鉴定脊索瘤中可作为免疫治疗靶点的细胞表面蛋白，并评估VEGFR靶向CAR-T细胞的抗肿瘤效果	14例脊索瘤患者样本及原代脊索瘤类器官	单细胞测序	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	单细胞转录组数据	14例脊索瘤患者样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
337	2026-08-18	Tumour-associated myeloid cells expressing IL-10R2/IL-22R1 as a potential biomarker for diagnosis and recurrence of pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-06, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02676-w PMID:38643339	研究论文	研究表达IL-10R2/IL-22R1的肿瘤相关髓系细胞作为胰腺导管腺癌诊断和复发潜在生物标志物的可能性	首次鉴定外周血中IL-10R2+/IL-22R1+髓系细胞作为PDAC早期诊断和复发预测的生物标志物，其比CA19-9早130天提示肿瘤复发	未在大型临床队列中验证该生物标志物的敏感性和特异性，且机制研究主要基于小鼠模型	评估IL-10R2+/IL-22R1+髓系细胞作为胰腺导管腺癌诊断和复发生物标志物的价值	PDAC患者及小鼠模型中的IL-10R2+/IL-22R1+髓系细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确，但涉及PDAC患者和小鼠模型	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	NA
338	2026-08-18	T cells in testicular germ cell tumors: new evidence of fundamental contributions by rare subsets 2024-06, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02669-9 PMID:38649788	研究论文	本研究通过免疫组化、流式细胞术和单细胞RNA测序分析了睾丸生殖细胞肿瘤中的T细胞亚群，发现罕见调节性T细胞和滤泡辅助T细胞在肿瘤微环境中具有重要作用	首次在人睾丸中鉴定出罕见的Treg和Tfh细胞亚群，并揭示它们在TGCT病理生物学中的潜在贡献	患者间存在显著异质性，且研究未深入探讨这些T细胞亚群的具体功能机制	阐明睾丸生殖细胞肿瘤中T细胞亚群的组成及其在肿瘤进展和免疫治疗中的意义	人类睾丸组织标本，包括正常睾丸、TGCT及癌前GCNIS病变	数字病理学	睾丸生殖细胞肿瘤	免疫组化、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织图像、流式细胞数据、单细胞转录组数据	来自多个独立患者队列的人睾丸标本	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
339	2026-08-18	Scuphr: A probabilistic framework for cell lineage tree reconstruction 2024-05, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012094 PMID:38723024	研究论文	提出了一种基于概率框架的细胞谱系树重建方法Scuphr，利用健康和肿瘤组织的单细胞DNA测序数据，通过距离计算和邻接法重建谱系树，具有高并行性和高准确性	首次将等位基因丢失和扩增错误等单细胞DNA测序常见挑战纳入模型，并采用并行设计，在速度和准确性上优于现有方法	基于合成数据集和18个细胞的生物数据集验证，可能不足以完全评估其在实际大规模数据中的性能	开发一种基于距离的细胞谱系树重建方法，用于研究组织发育、分化和癌症进展	健康和肿瘤组织的细胞，包括单细胞和bulk DNA测序数据	机器学习	癌症	DNA测序	概率模型, 邻接法	测序数据	18个细胞的生物数据集及多个合成数据集	NA	单细胞DNA测序	NA	NA
340	2026-08-18	Reconstruction Set Test (RESET): A computationally efficient method for single sample gene set testing based on randomized reduced rank reconstruction error 2024-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012084 PMID:38683883	研究论文	提出了一种新的单样本基因集测试方法RESET，基于随机化降秩重构误差量化基因集重要性，并展示了其在真实和模拟单细胞RNA测序数据上的优越性能	RESET在方法上具有分析新颖性，采用计算高效的随机化降秩重构算法，能够同时检测差异丰度和差异相关模式，且计算成本较低	未在摘要中明确提及局限性	开发一种计算高效的单样本基因集测试方法，以有效检测差异丰度和差异相关模式	基因集和基因表达数据	机器学习	NA	RNA-seq（单细胞）	随机化降秩重构算法	基因表达数据	使用了真实和模拟的单细胞RNA测序数据	NA	单细胞RNA测序	NA	NA