单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7637 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-12-17 |
SpatialCVGAE: Consensus Clustering Improves Spatial Domain Identification of Spatial Transcriptomics Using VGAE
2024-Dec-16, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00676-1
PMID:39680300
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpatialCVGAE的共识聚类框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域识别的稳定性和准确性 | SpatialCVGAE通过结合多个空间图和变分图自编码器（VGAE）学习多个潜在表示，并使用共识聚类方法整合这些结果，从而提高了模型的稳定性和鲁棒性 | NA | 解决空间转录组数据分析中由于数据稀疏和高噪声导致的聚类不稳定问题 | 空间转录组数据的空间域识别 | 数字病理学 | NA | 变分图自编码器（VGAE） | 变分图自编码器（VGAE） | 空间转录组数据 | NA |
| 322 | 2024-12-17 |
A human forebrain organoid model reveals the essential function of GTF2IRD1-TTR-ERK axis for the neurodevelopmental deficits of Williams syndrome
2024-Dec-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98081
PMID:39671308
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研究论文 | 本文研究了Williams综合征患者前脑类器官模型中GTF2IRD1-TTR-ERK轴对神经发育缺陷的关键作用 | 首次揭示了GTF2IRD1通过调节TTR-ERK通路在前脑类器官和小鼠模型中调控神经发育的关键功能 | 研究主要集中在体外类器官模型和小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探讨Williams综合征神经发育缺陷的分子机制 | Williams综合征患者的前脑类器官和小鼠模型 | 数字病理学 | Williams综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 健康对照和Williams综合征类器官的13个细胞集群 |
| 323 | 2024-12-17 |
Single-cell data-driven design of armed oncolytic virus and combination therapy to activate a cooperative innate-adaptive immunity against cancer
2024-Dec-13, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.017
PMID:39674886
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析肿瘤对溶瘤病毒治疗的反应，设计并构建了一种表达五种非冗余功能基因的武装溶瘤病毒OV-5A，并探索了其与多种联合疗法的协同作用 | 本文创新性地利用单细胞RNA测序数据指导武装溶瘤病毒的设计，并提出了多药联合疗法的新方法 | 本文主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型进行研究，尚未在临床试验中验证其疗效 | 探索溶瘤病毒治疗癌症的细胞和分子机制，并设计更有效的溶瘤病毒疗法 | 肿瘤对溶瘤病毒治疗的反应、武装溶瘤病毒OV-5A的设计与构建、联合疗法的协同作用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种小鼠模型、外周血单核细胞-患者来源的异种移植模型、类器官-免疫细胞共培养系统及患者组织切片 |
| 324 | 2024-12-17 |
Spatially resolved single-cell transcriptome analysis of mycosis fungoides reveals distinct biomarkers GNLY and FYB1 compared to psoriasis and chronic spongiotic dermatitis
2024-Dec-13, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681
PMID:39675427
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研究论文 | 通过空间分辨的单细胞转录组分析，研究了蕈样肉芽肿与银屑病和慢性海绵状皮炎的诊断标志物 | 首次通过空间分辨的单细胞转录组分析，揭示了蕈样肉芽肿与银屑病和慢性海绵状皮炎的差异表达基因，并确定了GNLY和FYB1作为潜在的诊断标志物 | 研究样本量有限，且仅包括了早期蕈样肉芽肿患者，结果的普适性有待进一步验证 | 探索区分蕈样肉芽肿与银屑病和慢性海绵状皮炎的诊断标志物 | 蕈样肉芽肿、银屑病和慢性海绵状皮炎的表皮内T细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 150名患者，包括56名蕈样肉芽肿患者、48名银屑病患者和46名慢性湿疹患者 |
| 325 | 2024-12-17 |
A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate
2024-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.25.609458
PMID:39229123
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术生成了小鼠胚胎颅神经板在六个连续阶段的基因表达图谱 | 首次系统分析了颅神经板闭合过程中空间调控的细胞命运和行为所涉及的转录变化，揭示了SHH信号通路在不同脑区中的复杂调控机制 | NA | 研究小鼠颅神经板闭合过程中基因表达的空间和时间变化 | 小鼠胚胎颅神经板的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠胚胎 |
| 326 | 2024-12-17 |
Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters†
2024-Dec-12, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae132
PMID:39239833
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研究论文 | 本文研究了Dcaf17在金黄地鼠精子发生中的重要作用，通过单细胞RNA测序分析了Dcaf17缺失对不同精子发生阶段转录水平的影响 | 本文首次通过CRISPR-Cas9技术创建了Dcaf17缺陷的金黄地鼠模型，揭示了Dcaf17在精子发生中的关键调控作用，并提供了新的动物模型用于研究Dcaf17 | 本文仅在金黄地鼠模型中研究了Dcaf17的作用，未来需要进一步在其他物种中验证其普遍性 | 探讨Dcaf17在雄性生殖系统中的作用及其在精子发生中的分子机制 | Dcaf17缺陷的金黄地鼠及其精子发生过程 | NA | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Dcaf17缺陷的金黄地鼠 |
| 327 | 2024-12-17 |
Development of a centrosome amplification-associated signature in kidney renal clear cell carcinoma based on multiple machine learning models
2024-Dec-12, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文开发了一种与中心体扩增相关的肾透明细胞癌特征，基于多种机器学习模型 | 首次基于中心体扩增相关特征构建了预测肾透明细胞癌预后和治疗反应的模型，并验证了其在不同数据集上的有效性 | 研究仅限于肾透明细胞癌，且依赖于TCGA、ICGC和GEO等公共数据集，可能存在数据偏倚 | 探讨中心体扩增相关特征对肾透明细胞癌预后和治疗反应的影响 | 肾透明细胞癌患者及其中心体扩增相关基因 | 机器学习 | 肾癌 | 随机生存森林分析、Cox回归分析、单细胞RNA测序 | 随机生存森林 | 基因表达数据 | TCGA-KIRC数据集、ICGC和GEO数据集，以及GSE159115单细胞RNA测序数据 |
| 328 | 2024-12-17 |
An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus
2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.590643
PMID:38712198
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研究论文 | 本文通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，揭示了人类海马体的分子图谱 | 本文创新性地结合了空间转录组学和单核RNA测序技术，通过非负矩阵分解和标签转移方法，定义了基因表达模式，并推断了其在空间转录组数据中的表达 | 本文主要基于成人神经正常捐赠者的数据，可能无法完全代表所有人群的海马体分子特征 | 研究人类海马体的细胞类型和空间域的分子特征 | 人类海马体的前部组织 | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学（SRT），非负矩阵分解（NMF） | 非负矩阵分解（NMF） | 转录组数据 | 10名成人神经正常捐赠者的海马体前部组织 |
| 329 | 2024-12-17 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-cell Data Analysis
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.08.555192
PMID:38464157
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研究论文 | 本文评估了基础模型在单细胞数据分析中的性能 | 提出了一个评估框架，用于评估单细胞基础模型的超参数、初始设置和训练稳定性，并提供了预训练和微调的指南 | 单细胞基础模型在所有任务中并不总是优于任务特定方法，这挑战了开发单细胞分析基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞数据分析中的性能，并提供改进方法开发的指南 | 单细胞测序数据分析中的基础模型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型（如scGPT、Geneformer、CellPLM） | 单细胞数据 | NA |
| 330 | 2024-12-17 |
Derivation of transplantable human thyroid follicular epithelial cells from induced pluripotent stem cells
2024-Dec-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.004
PMID:39515316
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研究论文 | 本文开发了一种新型的人类iPSC系，通过表达靶向NKX2-1和PAX8位点的荧光蛋白，成功分化出可移植的人类甲状腺滤泡上皮细胞，并进行了异种移植实验 | 本文首次通过优化无血清培养基的分化步骤，利用BMP4和FGF2促进iPSC向甲状腺滤泡细胞的分化，并通过单细胞RNA测序验证了细胞的成熟过程 | iPSC衍生的甲状腺滤泡细胞在体内无法挽救甲状腺功能减退 | 开发一种从人类iPSC中生成成熟甲状腺滤泡细胞的方法，用于治疗术后和先天性甲状腺功能减退 | 人类iPSC衍生的甲状腺滤泡上皮细胞 | NA | 甲状腺功能减退 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个iPSC系和免疫缺陷小鼠 |
| 331 | 2024-12-17 |
Single-cell transcriptome sequencing analysis of physiological and immune profiling of crucian carp (Carassius auratus) gills
2024-Dec-09, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2024.110087
PMID:39662647
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术分析了鲫鱼鳃的生理和免疫特征 | 首次在单细胞水平上对鲫鱼鳃的间鳃板细胞群（ILCM）的功能异质性进行了注释和分析，并建立了ILCM的基因调控网络 | NA | 研究鲫鱼鳃的生理和免疫功能，特别是间鳃板细胞群（ILCM）的分子机制 | 鲫鱼鳃的间鳃板细胞群（ILCM） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 转录组数据 | 鲫鱼鳃的19种细胞类型 |
| 332 | 2024-12-17 |
GraphVelo allows inference of multi-modal single cell velocities and molecular mechanisms
2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626638
PMID:39677753
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GraphVelo的图基机器学习方法，用于推断多模态单细胞速度和分子机制 | GraphVelo能够将RNA速度扩展到多模态数据，并揭示基因之间、基因调控层之间以及病毒与宿主细胞之间的定量非线性调控关系 | 现有的RNA速度推断方法在处理复杂转录动力学、低表达或缺乏剪接动力学的基因时存在局限性 | 开发一种新的方法来推断多模态单细胞数据的速度，并揭示分子机制 | 单细胞RNA测序数据和多组学数据 | 机器学习 | NA | RNA速度推断 | 图基机器学习 | 多模态数据 | 多个合成和实验的单细胞RNA测序数据集以及多组学数据集 |
| 333 | 2024-12-17 |
Bgee in 2024: focus on curated single-cell RNA-seq datasets, and query tools
2024-Dec-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1118
PMID:39656924
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研究论文 | 本文介绍了Bgee数据库的更新，重点是整合了经过精心筛选的单细胞RNA测序数据集，并提供了新的查询工具 | Bgee现在能够提供跨物种的基因表达模式比较，直至细胞分辨率，并且扩展了物种数量，增加了对鱼类、农业和兽医重要物种以及非人类灵长类动物的支持 | NA | 更新Bgee数据库，整合单细胞RNA测序数据，并提供新的查询工具 | 跨物种的基因表达模式 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及52个物种的单细胞RNA测序数据 |
| 334 | 2024-12-17 |
Identification of Key Genes in Fetal Gut Development at Single-Cell Level by Exploiting Machine Learning Techniques
2024-Dec, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400104
PMID:39324223
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研究论文 | 本研究利用机器学习技术在单细胞水平上识别胎儿肠道发育的关键基因 | 首次在单细胞水平上利用机器学习技术对胎儿肠道发育的细胞进行分类，并识别出关键基因 | 研究仅限于特定的单细胞测序数据集，可能无法全面代表所有胎儿肠道发育情况 | 通过机器学习技术增强对胎儿肠道发育的理解 | 胎儿肠道发育中的细胞分类和关键基因识别 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因特征数据 | 62,849个样本，每个样本具有33,694个不同的基因特征 |
| 335 | 2024-12-17 |
Highlighting roles of autophagy in human diseases: a perspective from single-cell RNA sequencing analyses
2024-Dec, Drug discovery today
IF:6.5Q1
DOI:10.1016/j.drudis.2024.104224
PMID:39521332
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在自噬研究中的最新进展及其在多种疾病分子特征中的潜在应用 | 利用单细胞RNA测序技术在单细胞分辨率下研究自噬途径，显著提升了对自噬在不同生理和病理背景下作用的理解 | 自噬在癌症和其他疾病中的作用仍然复杂且未完全理解 | 探讨自噬在人类疾病中的作用，并利用单细胞RNA测序技术推动新疗法和药物的开发 | 自噬在不同疾病中的分子机制 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 336 | 2024-12-17 |
An organotypic atlas of human vascular cells
2024-Dec, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03376-x
PMID:39566559
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研究论文 | 本研究整合了来自19个人体器官和组织的单细胞转录组数据，定义了42种血管细胞状态，并揭示了血管细胞在不同组织中的分子特征和相互作用 | 首次通过单细胞转录组学技术构建了人体血管细胞的器官型图谱，揭示了不同血管床中的细胞状态和分子特征 | 研究主要基于单细胞转录组数据，缺乏功能验证和体内实验 | 揭示人体血管系统中不同组织间的分子决定因素和细胞状态 | 人体血管系统中的内皮细胞和壁细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 约67,000个细胞，来自62名供体 |
| 337 | 2024-12-17 |
Spatially resolved single-cell atlas unveils a distinct cellular signature of fatal lung COVID-19 in a Malawian population
2024-Dec, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03354-3
PMID:39567718
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研究论文 | 本研究通过组织学和高维成像技术，分析了马拉维成年人的致命性肺病，并生成了来自肺、血液和鼻细胞的单细胞转录组数据，揭示了COVID-19在不同人群中的细胞特征 | 首次在非洲人群中进行单细胞研究，揭示了COVID-19在马拉维人群中的独特免疫和炎症机制 | 样本量较小，且仅限于马拉维成年人 | 探讨COVID-19在不同人群中的病理和免疫机制 | 马拉维成年人的致命性肺病，包括COVID-19和非COVID-19病例 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例COVID-19病例和7例非COVID-19病例 |
| 338 | 2024-12-17 |
Exploring the Role of EBV Infection in EBV-T/NKLPD With EBV Capture Technology Based on Single-Cell RNA Sequencing
2024-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70094
PMID:39679761
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-12-17 |
Creatine promotes endometriosis progression by inducing M2 polarization of peritoneal macrophages
2024-Dec-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-24-0278
PMID:39679878
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研究论文 | 本文研究了肌酸通过诱导腹膜巨噬细胞M2极化促进子宫内膜异位症进展的机制 | 首次揭示了肌酸在子宫内膜异位症中的免疫调节作用，并阐明了其通过诱导M2极化促进病变的机制 | 实验主要在体外进行，缺乏体内实验验证 | 探讨肌酸在子宫内膜异位症中的作用及其机制 | 腹膜巨噬细胞和子宫内膜异位症患者 | NA | 子宫内膜异位症 | 单细胞测序 RNA测序 | NA | RNA | 子宫内膜异位症患者和非患者 |
| 340 | 2024-12-17 |
TEAD3 and TEAD4 play overlapping role in bovine preimplantation development
2024-Dec-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-24-0307
PMID:39679917
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研究论文 | 研究探讨了TEAD3和TEAD4在牛胚胎植入前发育中的重叠作用 | 首次揭示了TEAD3在牛胚胎植入前发育中的特异性表达，并发现TEAD3和TEAD4在牛胚胎发育中具有冗余功能 | 研究仅限于牛胚胎，未探讨其他物种中的情况 | 确定TEAD3在牛胚胎植入前发育中的功能作用 | 牛胚胎植入前发育中的TEAD3和TEAD4 | NA | NA | 单细胞RNA测序、RNA干扰、碱基编辑 | NA | RNA | 牛胚胎的单细胞RNA测序分析 |