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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3301 | 2024-11-08 |
Identification of novel immune-related signatures for keloid diagnosis and treatment: insights from integrated bulk RNA-seq and scRNA-seq analysis
2024-07-16, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00647-z
PMID:39014455
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因 | 本研究首次识别出PTGFR、RBP5和LIF作为瘢痕疙瘩的免疫相关基因,并构建了基于这些基因转录组模式的人工神经网络分子诊断模型,为瘢痕疙瘩的诊断和治疗提供了新的策略 | 本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析,未涉及临床试验验证,因此其临床应用效果有待进一步验证 | 本研究旨在通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,识别出与瘢痕疙瘩诊断和治疗相关的新型免疫相关基因,并探索其潜在的治疗机制 | 本研究主要研究对象为瘢痕疙瘩及其相关的免疫相关基因 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | RNA-seq | 人工神经网络 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3302 | 2024-11-08 |
Elucidating the role of liver enzymes as markers and regulators in ovarian cancer: a synergistic approach using Mendelian randomization, single-cell analysis, and clinical evidence
2024-06-24, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00642-4
PMID:38915066
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研究论文 | 研究肝酶作为卵巢癌标志物和调节因子的作用,通过孟德尔随机化、单细胞分析和临床证据的协同方法 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞转录组学分析,揭示了碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶与卵巢癌的因果关系,并提出它们作为保护因子的作用 | 研究主要基于基因组关联研究和单细胞数据,缺乏大规模临床试验验证 | 探讨肝酶与卵巢癌的关联,验证其作为生物标志物的潜力及其在卵巢癌中的机制 | 碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转移酶等肝酶,以及卵巢癌细胞和组织 | NA | 卵巢癌 | 孟德尔随机化、单细胞转录组学分析 | NA | 基因组数据、单细胞转录组数据 | 283个单核苷酸多态性位点和209个与碱性磷酸酶和天冬氨酸氨基转移酶相关的单核苷酸多态性位点,以及卵巢癌患者和健康个体的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3303 | 2024-11-08 |
SARS-CoV-2 infection modifies the transcriptome of the megakaryocytes in the bone marrow
2024-06-11, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023012367
PMID:38522092
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研究论文 | 研究探讨了SARS-CoV-2感染对骨髓中巨核细胞转录组的影响 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染在系统性炎症期间对骨髓巨核细胞转录组的显著影响,并发现这些变化与细胞靠近窦状血管的距离无关 | 研究仅限于小鼠模型,未检测到SARS-CoV-2 RNA在骨髓中的存在 | 探究SARS-CoV-2感染是否会影响骨髓中巨核细胞的转录组 | 骨髓中的巨核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 空间转录组学 | 机器学习 | 转录组数据 | 健康小鼠和COVID-19小鼠的骨髓巨核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3304 | 2024-11-08 |
Development of novel lysosome-related signatures and their potential target drugs based on bulk RNA-seq and scRNA-seq for diabetic foot ulcers
2024-06-11, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00629-1
PMID:38862997
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研究论文 | 本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,识别了与糖尿病足溃疡(DFU)相关的1393个差异表达基因(DEGs),并利用机器学习算法筛选出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物,并验证了其诊断性能。此外,通过靶向这些标志物,发现了latamoxef、parthenolide、meclofenoxate和lomustine作为潜在的抗DFU药物。 | 本研究首次通过bulk RNA-seq和scRNA-seq数据结合机器学习算法,识别出CLU、RABGEF1和ENPEP作为DFU的新型溶酶体相关分子标志物,并发现了潜在的抗DFU药物。 | 本研究主要基于GEO数据库中的数据进行分析,未涉及临床试验验证,因此结果的临床应用仍需进一步验证。 | 识别糖尿病足溃疡(DFU)的新型分子标志物和潜在治疗药物,以改善DFU患者的预后和降低致残率。 | 糖尿病足溃疡(DFU)及其相关分子标志物和治疗药物。 | 数字病理学 | 糖尿病 | RNA-seq | 人工神经网络 | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3305 | 2024-11-08 |
Pan-cancer analysis of CDKN2A alterations identifies a subset of gastric cancer with a cold tumor immune microenvironment
2024-05-31, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-024-00615-7
PMID:38822443
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研究论文 | 研究探讨了CDKN2A突变和缺失与泛癌种中免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联 | 发现CDKN2A突变和缺失与免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联,并揭示了CDKN2A突变和缺失对肿瘤免疫微环境的影响 | 研究样本主要来自四个队列,可能存在样本偏倚;未详细探讨CDKN2A突变和缺失的具体机制 | 确定CDKN2A突变和缺失与泛癌种中总体生存期及免疫检查点抑制剂治疗反应的关联 | CDKN2A突变和缺失在泛癌种中的作用及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 肿瘤测序 | NA | 基因组数据 | 45,000名肿瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3306 | 2024-11-08 |
InPACT: a computational method for accurate characterization of intronic polyadenylation from RNA sequencing data
2024-Mar-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46875-8
PMID:38519498
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研究论文 | 提出了一种名为InPACT的计算方法,用于从RNA测序数据中准确表征内含子多聚腺苷酸化 | InPACT能够从常规RNA-seq数据中精确表征内含子多聚腺苷酸化,并成功识别出许多先前未注释的内含子多聚腺苷酸化转录本 | NA | 开发一种可靠的方法来准确表征内含子多聚腺苷酸化 | 内含子多聚腺苷酸化转录本及其在不同细胞类型中的表达 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类细胞、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 3307 | 2024-11-08 |
Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness
2024-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.04.583333
PMID:38496661
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研究论文 | 研究探讨了光线和多巴胺如何影响果蝇的昼夜节律神经元,促进早晨的清醒 | 首次揭示了光线通过调节多巴胺受体Dop1R1的mRNA水平,影响果蝇早晨清醒的机制 | 研究仅限于果蝇模型,尚未在哺乳动物中验证 | 探讨光线和多巴胺对果蝇早晨清醒的影响机制 | 果蝇的昼夜节律神经元和多巴胺受体Dop1R1 | 神经科学 | NA | 单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、活体成像 | NA | mRNA表达数据 | 17组昼夜节律神经元,包括两组特定的侧神经元(LNs) | NA | NA | NA | NA |
| 3308 | 2024-11-08 |
Enhancing prognostic power in multiple myeloma using a plasma cell signature derived from single-cell RNA sequencing
2024-03-06, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-024-01024-8
PMID:38443358
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据开发了一种新的浆细胞基因特征,并评估了其在多发性骨髓瘤中的预后能力 | 开发了一种新的浆细胞基因特征(PBM评分),该评分在多发性骨髓瘤中的预后效果独立于现有的国际分期系统(ISS)和修订ISS(R-ISS) | NA | 提高多发性骨髓瘤的预后能力 | 多发性骨髓瘤及其相关浆细胞恶性肿瘤 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2115个样本,包括1978个多发性骨髓瘤、65个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、35个冒烟型多发性骨髓瘤和37个健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 3309 | 2024-11-08 |
PPARγ Attenuates Cellular Senescence of Alveolar Macrophages in Asthma- COPD Overlap
2024-Mar-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4009724/v1
PMID:38496493
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研究论文 | 研究探讨了哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠(ACO)中肺泡巨噬细胞的细胞衰老及其调控基因PPARγ的作用 | 首次揭示了PPARγ在调节ACO患者肺泡巨噬细胞衰老中的关键作用,并提出其作为潜在治疗靶点的可能性 | 研究主要基于公共单细胞RNA测序数据和独立队列研究的bulk RNA-Seq及CyTOF数据,缺乏体内实验验证 | 探讨ACO中主要炎症细胞及其细胞衰老情况,并揭示调控衰老的关键基因 | ACO患者的肺组织和支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、bulk RNA-Seq、CyTOF | NA | RNA序列数据 | ACO患者肺组织样本及支气管肺泡灌洗液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3310 | 2024-11-08 |
Inflammatory Mediators Suppress FGFR2 Expression in Human Keratinocytes to Promote Inflammation
2024, Molecular and cellular biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1080/10985549.2024.2399766
PMID:39340759
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研究论文 | 研究探讨了炎症介质如何抑制人角质形成细胞中FGFR2的表达以促进炎症 | 首次揭示了FGFR2在人角质形成细胞中抑制炎症的关键作用,并提出了FGFR2下调在特应性皮炎及其他炎症性疾病发病机制中的潜在作用 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏体内实验验证 | 探讨FGFR2在人角质形成细胞中的功能及其在炎症性疾病中的作用 | 人角质形成细胞及特应性皮炎患者皮肤样本 | NA | 特应性皮炎 | CRISPR/Cas9基因编辑技术,RNA测序 | NA | RNA | 体外培养的人角质形成细胞及特应性皮炎患者皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3311 | 2024-11-08 |
Ustekinumab affects myofibroblast metabolism to alleviate intestinal fibrosis by targeting KDELC1 in Crohn's disease through multi-machine learning combined with single-cell sequencing analysis
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1476592
PMID:39502647
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研究论文 | 本研究通过多机器学习结合单细胞测序分析,探讨了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因缓解克罗恩病肠道纤维化的机制 | 首次揭示了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因影响肌成纤维细胞代谢,从而缓解肠道纤维化的机制 | 研究样本量较小,且仅限于克罗恩病患者,未来需扩大样本量并验证在其他疾病中的适用性 | 探讨乌司奴单抗在克罗恩病中缓解肠道纤维化的遗传机制 | 克罗恩病患者的肠道组织及健康对照组的肠道组织 | 生物信息学 | 克罗恩病 | 单细胞测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 克罗恩病患者和健康对照组的内镜手术标本 | NA | NA | NA | NA |
| 3312 | 2024-11-08 |
Histamine and Th2 cytokines independently and synergistically upregulate MMP12 expression in human M2 macrophages
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1429009
PMID:39502691
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研究论文 | 研究探讨了组胺和Th2细胞因子在人M2巨噬细胞中独立及协同上调MMP12表达的机制 | 揭示了Th2细胞因子和组胺调控MMP12表达的新机制,可能影响特应性皮炎皮肤屏障稳态 | NA | 研究MMP12在特应性皮炎皮肤病变中的表达及其调控机制 | 特应性皮炎患者的皮肤病变和健康个体的M2巨噬细胞 | NA | 特应性皮炎 | RNA测序 (scRNA-seq), 定量PCR, ELISA | NA | RNA | 特应性皮炎患者和健康个体的M2巨噬细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3313 | 2024-11-07 |
Single-cell sequencing: Current applications in various tuberculosis specimen types
2024-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13698
PMID:38956399
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在结核病研究中的应用,特别是其在分析不同来源结核病样本中的应用 | 单细胞测序技术具有高分辨率,能够超越传统技术,揭示与结核病发病机制相关的免疫细胞亚群的组成和比例 | NA | 探讨单细胞测序技术在结核病研究中的临床应用潜力 | 结核病样本,主要包括外周血和肺部样本 | 数字病理学 | 结核病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3314 | 2024-11-07 |
Combined lineage tracing and scRNA-seq reveal the activation of Sox9+ cells in renal regeneration with PGE2 treatment
2024-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13679
PMID:38801100
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研究论文 | 研究揭示了PGE2处理下Sox9+细胞在肾再生中的激活机制 | 首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了PGE2在急性肾损伤后激活Sox9+细胞并促进其分化为近端小管上皮细胞的机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 揭示内源性再生和修复机制,开发针对驻留干细胞谱系的特定疗法 | Sox9+干细胞在急性肾损伤后的命运决定机制 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | Sox9谱系追踪小鼠模型中的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3315 | 2024-11-07 |
Immunologic Profiling of CSF in Subarachnoid Neurocysticercosis Reveals Specific Interleukin-10-Producing Cell Populations During Treatment
2024-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200320
PMID:39475624
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研究论文 | 研究了在治疗期间,蛛网膜下腔神经囊虫病(SANCC)患者脑脊液(CSF)中免疫细胞群体的特征,特别是IL-10产生细胞的分布和作用 | 首次全面分析了SANCC患者CSF和外周血中IL-10产生细胞的多样性和动态变化 | 样本量较小,仅包括5名患者,可能影响结果的普遍性 | 深入理解SANCC的免疫学机制,特别是IL-10在治疗过程中的作用 | SANCC患者的脑脊液和外周血中的免疫细胞群体 | NA | 神经囊虫病 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 细胞 | 5名SANCC患者,共8份脑脊液样本和4份匹配的外周血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3316 | 2024-11-07 |
Epigenetic agents plus anti-PD-1 reprogram the tumor microenvironment and restore antitumor efficacy in Hodgkin lymphoma
2024-10-31, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024487
PMID:39093981
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研究论文 | 研究评估了三联疗法(组蛋白去乙酰化酶抑制剂、DNA甲基转移酶抑制剂和抗PD-1抗体)在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性 | 首次评估了三联疗法在先前接受过DP疗法的患者中的疗效,并揭示了该疗法通过调节肿瘤微环境克服免疫疗法抵抗的机制 | 研究样本量较小,且仅限于先前接受过DP疗法的患者 | 评估三联疗法在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性,并探讨其克服免疫疗法抵抗的机制 | 复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者 | 肿瘤学 | 霍奇金淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 52名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3317 | 2024-11-07 |
GraphCVAE: Uncovering cell heterogeneity and therapeutic target discovery through residual and contrastive learning
2024-Oct-31, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2024.123208
PMID:39488267
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GraphCVAE的模型,通过结合空间和形态信息、纠正批次效应和管理异质数据,增强空间域识别能力 | GraphCVAE结合了多层图卷积网络和变分自编码器,通过对比学习捕捉细胞类型和状态的细微差异,显著提高了空间信息表示和整合的准确性 | NA | 提高空间转录组学中空间域识别的准确性,揭示细胞异质性和治疗靶点 | 空间转录组学数据,特别是前额叶皮质和胶质母细胞瘤等疾病数据 | 机器学习 | NA | 图卷积网络(GCN),变分自编码器(VAE),对比学习 | 图卷积网络(GCN),变分自编码器(VAE) | 空间转录组学数据 | 涉及多种空间转录组学数据集,包括前额叶皮质和胶质母细胞瘤等 | NA | NA | NA | NA |
| 3318 | 2024-11-07 |
Exogenous IL-33 promotes tumor immunity via macroscopic regulation of ILC2s
2024-10-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-77751-6
PMID:39478174
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研究论文 | 研究探讨了外源性IL-33通过宏观调控ILC2s促进肿瘤免疫的作用 | 首次揭示了外源性IL-33通过减少中性粒细胞积累和增加ILC2s比例来改善肿瘤免疫微环境,并促进抗肿瘤免疫反应 | 研究主要集中在小鼠模型上,尚未在人类中验证其效果 | 探讨外源性IL-33对肿瘤免疫微环境的影响及其机制 | 外源性IL-33、ILC2s、中性粒细胞、肿瘤免疫微环境 | NA | 黑色素瘤 | scRNA-seq、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞比例数据 | Il7rArg1小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 3319 | 2024-11-07 |
The critical involvement of monocytes/macrophages in the pathogenesis of primary Sjögren's syndrome: New evidence from Mendelian randomization and single-cell sequencing
2024-Oct-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39130
PMID:39497977
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研究论文 | 本文探讨了单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征(pSS)发病机制中的关键作用 | 结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,全面揭示了单核细胞/巨噬细胞在pSS复杂发病机制中的贡献 | NA | 揭示单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征发病机制中的作用 | 单核细胞/巨噬细胞在原发性干燥综合征中的基因表达和信号通路变化 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序,孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据 | 1434个差异表达基因,其中60个与pSS发生密切相关 | NA | NA | NA | NA |
| 3320 | 2024-11-07 |
Novel mechanisms of intestinal flora regulation in high-altitude hypoxia
2024-Oct-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38220
PMID:39498080
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研究论文 | 研究探讨了在高海拔低氧环境下,厚壁菌门介导的巨噬细胞极化和糖酵解代谢重编程的分子机制 | 揭示了厚壁菌门通过抑制HIF-1α/糖酵解途径来缓解高海拔低氧引起的肠道黏膜屏障损伤 | NA | 探究高海拔低氧环境下肠道菌群调节的分子机制 | 厚壁菌门介导的巨噬细胞极化和糖酵解代谢重编程 | NA | NA | 单细胞转录组测序、蛋白质组分析、代谢组分析 | NA | 转录组数据、蛋白质数据、代谢物数据 | NA | NA | NA | NA | NA |