单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期:202401-202412] [清除筛选条件]
当前共找到 7466 篇文献,本页显示第 301 - 320 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
301 2026-08-20
Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
2024-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞测序技术分析了胶质母细胞瘤患者的肿瘤浸润CD8+ T细胞,发现其主要是克隆扩增的GZMK+效应T细胞群体。 首次揭示了GBM中CD8+ TIL以GZMK+效应T细胞为主,而非经典的耗竭性T细胞,并在蛋白质水平验证了这一发现。 样本量较小(15例),且未对GZMK+ T细胞的功能进行深入验证,缺乏对治疗意义的直接测试。 探索胶质母细胞瘤中肿瘤浸润T细胞的特征,以理解免疫治疗疗效有限的原因。 15例高级别胶质瘤患者(包括GBM或IDH突变型星形细胞瘤4级)的肿瘤浸润T细胞。 单细胞免疫组学 胶质母细胞瘤 CITE-seq, 单细胞RNA测序, 配对V(D)J测序 NA 单细胞转录组和表位数据、T细胞受体序列数据 15例患者 10x Genomics 单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序,CITE-seq 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序,10x Chromium单细胞V(D)J测序,CITE-seq
302 2026-08-20
Branching topology of the human embryo transcriptome revealed by Entropy Sort Feature Weighting
2024-06-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究介绍了一种名为连续熵排序特征加权(cESFW)的替代特征选择方法,用于分析单细胞转录组数据,并应用于人类早期胚胎发育的转录组分析 提出cESFW作为一种无需预设高变基因的数学框架,在合成数据集上优于传统HVG选择,并在未平滑或增强原始计数矩阵的情况下,实现高分辨率嵌入,揭示胚胎发育中的分支拓扑和新的细胞状态 摘要未明确提及局限性,可能包括对合成数据依赖、样本合并偏差或分析方法的适用性限制 开发并验证一种改进的特征选择方法,以解析人类胚胎早期发育的单细胞转录组谱系决策和细胞状态 人类早期胚胎发育的细胞,包括从八细胞期到植入后阶段的细胞,以及多能干细胞培养物 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 不适用(基于熵排序的数学方法,非深度学习模型) 单细胞基因表达数据(计数矩阵) 六个合并的单细胞RNA-seq数据集,覆盖人类早期胚胎发育阶段,具体细胞数量未提供 不适用 单细胞RNA-seq 不适用 不适用
303 2026-08-20
Single cell transcriptomics reveals distinct transcriptional responses to oxycodone and buprenorphine by iPSC-derived brain organoids from patients with opioid use disorder
2024-06, Molecular psychiatry IF:9.6Q1
研究论文 利用iPSC来源的脑类器官进行单核RNA测序,揭示了阿片类药物使用障碍患者对羟考酮和丁丙诺啡的不同转录反应 首次利用单细胞转录组学技术,在iPSC来源的脑类器官中比较羟考酮和丁丙诺啡对患者特异性的细胞类型特异性转录反应,并发现羟考酮激活STAT1和I型干扰素信号通路 研究仅包括三名男性OUD患者,样本量较小,且使用iPSC来源的脑类器官可能无法完全模拟体内脑环境的复杂性 在单细胞水平上理解阿片类药物如何调节脑细胞类型功能,特别是比较羟考酮和丁丙诺啡对OUD患者脑类器官的转录影响 来自三名男性OUD患者的iPSC来源的前脑类器官 转录组学 阿片类药物使用障碍 单核RNA测序 Seurat整合分析流程 单核RNA测序数据 25787个细胞,来自三名OUD患者的iPSC来源前脑类器官 NA 单核RNA-seq NA NA
304 2026-08-20
Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease
2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过重建单细胞转录组和表观遗传谱的基因调控网络,揭示调控血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素,并识别出RUNX1和TIMP1等新的调控因子。 利用单细胞转录组和表观遗传谱重建基因调控网络,结合计算机模拟扰动分析,优先识别出RUNX1和TIMP1作为新的增殖调控因子,并验证TIMP1通过CD74介导的STAT3信号促进增殖。 未提及具体限制。 阐明控制血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素,并识别具有临床潜力的疾病靶点。 血管平滑肌细胞(VSMCs),包括增殖倾向、损伤响应和非响应状态的VSMCs。 单细胞转录组学、表观遗传学、基因调控网络 血管疾病(导致心脏病和中风) 单细胞RNA测序、表观遗传分析(如ATAC-seq)、基因调控网络重建、计算机模拟扰动分析 基因调控网络模型 单细胞转录组数据、表观遗传数据 未提及具体样本数量。 NA 单细胞RNA测序、表观遗传分析 NA NA
305 2026-08-20
Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses
2024-05-15, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究通过结合小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元的单细胞RNA测序图谱与伪时间分析,建立了一个探究背侧脊髓中神经命运决定和发育轨迹的资源,并验证了其有效性 开发了一个结合单细胞RNA-Seq图谱与伪时间分析的在硅资源,用于研究背侧中间神经元的命运决定,并通过原位杂交实验在体内验证了预测的候选基因 未明确提及局限性 探究背侧脊髓中背侧中间神经元的命运决定和发育轨迹的分子机制 小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元及发育中的小鼠脊髓 单细胞转录组学 不适用 单细胞RNA测序 伪时间分析 基因表达数据 未提供具体样本数量 未提供 单细胞RNA测序 未提供 未提供
306 2026-08-20
PDGFRα+ITGA11+ fibroblasts foster early-stage cancer lymphovascular invasion and lymphatic metastasis via ITGA11-SELE interplay
2024-04-08, Cancer cell IF:48.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学,鉴定出早期膀胱癌中一种新的PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞亚群,并揭示其通过ITGA11-SELE相互作用促进淋巴管生成和早期癌症淋巴血管浸润及淋巴结转移的机制 首次在早期膀胱癌中鉴定出PDGFRα+ITGA11+ CAF亚群,并阐明其通过ITGA11-SELE相互作用激活SRC-p-VEGFR3-MAPK通路促进淋巴管生成及通过CHI3L1调节基质促进癌细胞浸润的机制 研究主要基于早期膀胱癌样本,可能不适用于其他癌症类型;机制验证主要在细胞和动物模型中,临床转化仍需进一步验证 阐明早期癌症中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在淋巴血管浸润和淋巴结转移中的作用机制 早期膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞亚群及其与淋巴管内皮细胞的相互作用 数字病理学 膀胱癌 单细胞RNA测序、空间转录组学 CAF特异性缺陷小鼠模型 单细胞转录组数据、空间转录组数据、临床样本数据 910例临床队列样本 10x Genomics 单细胞RNA测序, 空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3' 转录组, 10x Visium空间转录组
307 2026-08-20
Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses
2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过伪时间分析研究背侧脊髓中背侧中间神经元的谱系决策和发育轨迹,结合单细胞RNA测序图谱并验证新基因。 开发了一个结合小鼠ESC来源的背侧中间神经元单细胞RNA测序图谱与伪时间分析的资源,用以识别调控谱系轨迹转变状态的新基因,并发现了dI5谱系轨迹的新终点。 摘要中未提及明确的局限性。 探究背侧脊髓中背侧中间神经元的命运决定和发育轨迹的分子机制。 小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元以及发育中的小鼠脊髓。 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 伪时间分析 单细胞基因表达数据 未明确说明样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
308 2026-08-20
Chemotherapy induces myeloid-driven spatial T-cell exhaustion in ovarian cancer
2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过整合空间和分子分析,揭示了化疗诱导的高级别浆液性卵巢癌微环境中T细胞耗竭的空间动态变化 首次发现化疗通过巨噬细胞在“髓系网络”中延长抗原呈递,驱动CD8+ T细胞的空间重分布和耗竭,并识别出TIGIT-NECTIN2配体-受体相互作用,为联合免疫治疗提供新策略 摘要中未提及明确局限性 探究化疗诱导的肿瘤微环境时空重塑,特别是T细胞耗竭机制,为改善免疫治疗疗效提供依据 97例化疗前后的高级别浆液性卵巢癌样本 数字病理学 卵巢癌 单细胞RNA测序、空间转录组学 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据 97例高级别浆液性卵巢癌样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq、空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium单细胞3'、10x Visium空间转录组
309 2026-08-20
Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics
2024-03-02, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了Cancer-Finder,一种基于域泛化的深度学习算法,用于在单细胞和空间转录组数据中快速准确地注释恶性细胞,平均准确率达95.16% 提出了一种基于域泛化的深度学习算法Cancer-Finder,能够跨数据集泛化,在单细胞和空间转录组数据中准确识别恶性细胞,并在肾细胞癌样本中识别出与预后相关的基因签名 未明确提及局限性 解决当前算法在泛癌数据中恶性细胞注释的准确性和泛化性问题 单细胞和空间转录组数据中的恶性细胞,包括5个透明细胞肾细胞癌空间转录组样本 机器学习 肾细胞癌 单细胞转录组测序、空间转录组测序 深度学习 单细胞和空间转录组数据 5个透明细胞肾细胞癌空间转录组样本 NA 单细胞转录组测序、空间转录组测序 NA NA
310 2026-08-20
TREX1 is required for microglial cholesterol homeostasis and oligodendrocyte terminal differentiation in human neural assembloids
2024-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1
研究论文 本研究利用人类胚胎干细胞衍生的微胶质细胞和含有少突胶质细胞的类组装体,探究TREX1在人类微胶质细胞胆固醇代谢和少突胶质细胞终末分化中的作用 首次揭示TREX1在人类微胶质细胞中的功能,表明其调节胆固醇代谢以维持微胶质细胞稳态,并影响少突胶质细胞谱系的分化,且提出他汀类药物作为潜在治疗策略 研究基于体外模型,可能无法完全反映体内复杂环境,且长期效应和临床相关性需进一步验证 阐明TREX1在人类微胶质细胞中的生物学功能及其在神经发育和疾病中的作用机制 人类胚胎干细胞衍生的微胶质样细胞、含有微胶质细胞和少突胶质细胞的类组装体 神经科学 Aicardi-Goutières综合征 转录组学、单细胞转录组学、光学显微镜、透射电子显微镜 细胞模型、类组装体 转录组数据、图像数据 未明确说明样本数量,但涉及多个细胞系和类组装体 NA 单细胞转录组学 NA NA
311 2026-08-20
Single-Cell Histone Modification Profiling with Cell Enrichment Using sortChIC
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
研究论文 本文介绍了一种结合细胞富集的单细胞组蛋白修饰检测技术sortChIC,用于绘制单细胞中的组蛋白翻译后修饰图谱 提出sortChIC技术,将组蛋白修饰定位与基于表面染色的细胞富集相结合,实现对稀有细胞类型的单细胞组蛋白修饰分析 未明确说明局限性 开发一种灵敏的单细胞方法,用于研究异质性组织中的细胞类型特异性组蛋白修饰动态变化,特别是在稀有细胞类型中 组蛋白翻译后修饰,特别是干细胞和祖细胞等稀有细胞类型 机器学习 NA 单细胞染色质免疫切割测序(sortChIC) NA 基因组数据 NA NA 单细胞测序 NA NA
312 2026-08-20
Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 通过纵向单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序,揭示了IgA肾病早期急性损伤模型中肾内免疫细胞的动态特征。 首次整合时间序列的单细胞转录组和染色质可及性分析,识别出具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期T细胞耗竭亚群(CX3CR1-transTeff)。 基于小鼠模型,可能无法完全反映人类IgA肾病的复杂性。 高分辨率描绘早期IgA肾病小鼠模型急性肾损伤期间的动态免疫细胞景观。 IgA肾病小鼠模型的肾脏免疫细胞(CD45+)及肾细胞。 单细胞组学 IgA肾病 单细胞RNA测序(scRNAseq)、单细胞ATAC测序(scATACseq) NA 单细胞转录组和染色质可及性数据 73个样本(对照组、IS、IA、IR各4-5只小鼠) NA 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 NA NA
313 2026-08-20
BCR, not TCR, repertoire diversity is associated with favorable COVID-19 prognosis
2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析康复和死亡COVID-19患者在中等和危重阶段的免疫反应,发现BCR库多样性而非TCR库多样性与良好预后相关 首次揭示BCR库多样性而非TCR库多样性与COVID-19良好预后相关,并发现康复者与死亡者在蛋白质生物合成和线粒体ATP代谢方面的差异 信息未提供 探究COVID-19患者康复与死亡过程中免疫反应(尤其是TCR和BCR库特征)的差异 康复和死亡的COVID-19患者(处于中等和危重阶段) 单细胞测序 COVID-19 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 康复和死亡患者(具体数量未提及) NA 单细胞RNA-seq NA NA
314 2026-08-19
Type I interferon signaling pathway enhances immune-checkpoint inhibition in KRAS mutant lung tumors
2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析发现,KRAS突变肺癌中I型干扰素信号通路受损,恢复该通路可将肿瘤微环境从免疫“冷”转为“热”,从而增强免疫检查点抑制剂的疗效 首次揭示KRAS癌蛋白表达在肿瘤发展早期即导致I型干扰素通路受损,并通过恢复该通路使KRAS突变肿瘤对免疫治疗敏感,不论伴随的p53或LKB1突变情况 研究主要基于小鼠模型和人类肿瘤样本,I型干扰素通路恢复策略的临床转化效果和安全性需进一步验证 识别KRAS癌蛋白表达在肿瘤早期发展中的功能改变,并探索增强免疫检查点抑制剂疗效的潜在策略 表达致癌KRAS的小鼠肺泡2型细胞、小鼠和人类KRAS突变肿瘤样本 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序
315 2026-08-19
HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA
2024-09-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1
研究论文 本研究通过敏感和定量的单细胞测序方法,比较了HIV控制者和非控制者外周血单核细胞中感染细胞含有HIV未剪接RNA的比例,发现病毒血症控制与感染细胞总数而非表达HIV usRNA的比例相关 首次直接比较了HIV控制者和非控制者中感染细胞含有HIV usRNA的比例,排除了病毒库沉默作为病毒血症控制的关键机制 研究样本量可能有限,且未探讨免疫清除机制的具体细节 探讨HIV控制者病毒血症较低是否由于感染细胞中表达HIV usRNA的比例更低 HIV控制者和非控制者的外周血单核细胞 数字病理学 艾滋病 单细胞测序 NA 单细胞测序数据 未提供具体样本数量 NA 单细胞RNA测序 NA NA
316 2026-08-19
Cohesin composition and dosage independently affect early development in zebrafish
2024-08-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究通过斑马鱼模型,发现cohesin复合物的组成和剂量变化分别独立影响胚胎早期发育,其中rad21突变影响细胞周期基因表达,stag2b突变影响Wnt信号通路和脊索形态。 首次揭示cohesin不同亚基突变对发育的影响是独立的,而非统一的,为理解cohesin病的异质性提供了新视角。 研究主要基于斑马鱼模型,可能不完全适用于人类,且未涉及其他cohesin亚基或调节因子的突变。 探究cohesin亚基突变是否产生独立的发育后果,以深化对cohesin病分子机制的理解。 斑马鱼胚胎,特别是rad21和stag2b突变体。 发育生物学 cohesin病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 斑马鱼胚胎的突变体样本 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
317 2026-08-19
Mechanisms of regeneration: to what extent do they recapitulate development?
2024-07-15, Development (Cambridge, England)
综述 本文综述了再生与发育在机制上的相似性与差异性,探讨了单细胞转录组学和CRISPR等新技术如何促进对再生过程的理解,并提出再生可能采用非发育策略恢复受损组织。 利用最新单细胞转录组和CRISPR技术,从比较发育与再生的差异中揭示新的生物学机制,并提出再生的动态性和可变性远超传统认知。 摘要未明确提及局限性,但作为综述可能依赖现有研究,缺乏原始实验数据支持。 探讨再生与发育的相似程度,分析两者差异揭示新机制,并讨论再生在形态发生上的扩展可能性及其对组织修复策略的启示。 再生生物学中的模式生物及相关细胞过程,涵盖不同物种的再生机制。 发育生物学 NA 单细胞转录组学、CRISPR系统 NA 文本、单细胞基因表达数据 NA NA 单细胞转录组学 NA NA
318 2026-08-19
Destabilization of mRNAs enhances competence to initiate meiosis in mouse spermatogenic cells
2024-07-15, Development (Cambridge, England)
研究论文 该研究通过单细胞和批量RNA测序揭示MEIOC在精原细胞中通过降解mRNA促进减数分裂启动的分子机制 首次发现MEIOC在减数分裂启动前更早阶段介导转录组变化,通过 destabilizing mRNA targets(如 E2f6 和 Mga)解除对 Meiosin 等基因的抑制,赋予精原细胞对维甲酸响应的能力 主要基于小鼠模型,未涉及其他哺乳动物或人类;未详细阐述MEIOC-YTHDC2-RBM46复合物对其他潜在靶基因的全局影响 阐明MEIOC在精原细胞减数分裂启动中的分子功能及其调控机制 小鼠精原细胞及减数分裂过程中的生殖细胞 基因组学, 转录组学 NA scRNA-seq, bulk RNA-seq NA 基因表达数据 未提供具体样本数量 未提及 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 未提及 未提及
319 2026-08-19
DIS3 ribonuclease is essential for spermatogenesis and male fertility in mice
2024-07-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 本研究揭示了DIS3核糖核酸酶在小鼠精子发生和雄性生育力中的关键作用,通过条件性敲除模型发现其缺失导致精原干细胞稳态破坏和雄性不育。 首次建立雄性生殖细胞特异性Dis3条件敲除小鼠模型,并整合bulk RNA-seq和scRNA-seq揭示DIS3在RNA降解和早期生殖细胞发育中的新机制。 研究仅在小鼠模型中进行,未在人类中验证;机制探索主要基于转录组分析,缺乏蛋白质水平或更深入的功能验证。 探究RNA外泌体相关DIS3核糖核酸酶在维持精原细胞稳态和促进生殖细胞分化中的必要作用。 雄性小鼠生殖细胞,特别是精原干细胞及其分化过程中的细胞。 基因表达调控,生殖生物学 雄性不育 条件性基因敲除,bulk RNA-seq,单细胞RNA-seq(scRNA-seq) 条件性敲除小鼠模型 转录组数据(bulk和单细胞) 使用了条件性敲除小鼠及其对照组,具体样本数量未在摘要中说明 未提及 bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq 未提及 未提及
320 2026-08-19
BirthSeq, a new method to isolate and analyze dated cells in different vertebrates
2024-07-01, Development (Cambridge, England)
研究论文 介绍BirthSeq新方法,用于在不同脊椎动物中分离和分析具有出生日期的细胞,并应用于单细胞RNA测序和空间转录组学 提出BirthSeq方法,能够基于细胞出生日期进行体内标记、荧光激活细胞分选分离和高通量分析,为发育生物学研究提供新工具 摘要未提及明显局限性,可能包括方法校准的物种限制或技术复杂性 开发一种通用方法,用于研究不同脊椎动物中发育时间对细胞命运的影响 小鼠、鸡和壁虎的发育器官(包括中枢神经系统)中的细胞 发育生物学、单细胞转录组学、空间转录组学 不适用 荧光激活细胞分选、单细胞RNA测序、空间转录组学 不适用 单细胞基因表达数据、空间基因表达数据 三种脊椎动物(小鼠、鸡、壁虎)的发育器官样本 不明确 单细胞RNA测序、空间转录组学 不明确(可能包括10x Genomics等) 不明确
回到顶部