单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-12-18	Chromatin region binning of gene expression for improving embryo cell subtype identification 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108049 PMID:38290319	研究论文	本文介绍了一种基于染色质区域分箱的方法scChrBin，用于改进胚胎细胞亚型识别	提出了scChrBin方法，将scRNA-seq数据转换为基于染色质的矩阵，以揭示胚胎发育和谱系分化的动态	NA	改进胚胎细胞亚型识别的准确性	哺乳动物胚胎发育过程中的染色质区域和基因表达	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个单细胞胚胎数据集
302	2024-12-18	Single-cell RNA-seq reveals the metabolic status of immune cells response to immunotherapy in triple-negative breast cancer 2024-02, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107926 PMID:38183706	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了三阴性乳腺癌中免疫细胞对免疫检查点阻断疗法的代谢状态及其与治疗反应的关系	本研究开发了一种分析流程，揭示了与免疫检查点阻断疗法结果相关的代谢异质性，并识别了非应答者富集的代谢亚亚型	本研究主要集中在三阴性乳腺癌中的免疫细胞代谢机制，未涵盖其他癌症类型或其他免疫疗法	阐明三阴性乳腺癌中免疫检查点阻断疗法非应答的代谢机制	三阴性乳腺癌中的免疫细胞及其代谢状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
303	2024-12-18	Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae170 PMID:39659592	研究论文	本文提出了一种使用负二项混合模型对LIBRA-seq数据进行去噪的方法，以提高抗原结合预测的准确性	本文创新性地使用负二项混合模型对单细胞B细胞受体测序数据进行聚类，以区分信号和噪声成分	尽管该方法在不同样本中表现出改进的预测效果，但数据大小和噪声结构的差异仍然存在	提高LIBRA-seq数据中抗原特异性B细胞的识别能力，并为基于机器学习的抗体发现提供更可靠的数据集	单细胞B细胞受体测序数据（如LIBRA-seq）中的噪声识别	机器学习	NA	单细胞测序	负二项混合模型	序列数据	九个供体的LIBRA-seq实验数据
304	2024-12-18	Decoding the molecular pathways governing trophoblast migration and placental development; a literature review 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1486608 PMID:39665023	综述	本文深入分析了调控滋养层迁移和胎盘发育的关键信号通路，并探讨了新兴技术在胎盘生物学研究中的应用	本文介绍了新兴技术如滋养层类器官、单细胞RNA测序和胎盘芯片模型，这些工具有望推动对胎盘生物学的理解并开发新的干预措施	本文为综述性文章，未提供新的实验数据或研究结果	探讨调控滋养层迁移和胎盘发育的分子机制，并评估新兴技术在改善妊娠结局中的潜力	滋养层迁移、胎盘发育及相关妊娠并发症	NA	妊娠并发症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
305	2024-12-18	Fibroblast growth factor receptor risk signature predicts patient prognosis and immunotherapy resistance in colorectal cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1493673 PMID:39676867	研究论文	本文研究了成纤维细胞生长因子受体（FGFR）风险特征在结直肠癌（CRC）患者预后和免疫治疗抵抗中的作用	首次揭示了FGFR风险特征在CRC患者中的预后预测能力和对免疫治疗的抵抗作用，并发现PHA-793887可能作为潜在的FGFR风险特征抑制剂	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体临床试验中验证	探讨FGFR风险特征在结直肠癌患者预后和免疫治疗抵抗中的作用	结直肠癌患者的FGFR风险特征及其对预后和免疫治疗的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、机器学习技术、基因集富集分析（GSEA）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、流式细胞术	NA	RNA序列数据	包括CRC患者的单细胞和bulk RNA测序数据，以及MC38小鼠肿瘤模型
306	2024-12-18	Direct and indirect RANK and CD40 signaling regulate the maintenance of thymic epithelial cell frequency and properties in the adult thymus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1500908 PMID:39676866	研究论文	研究探讨了RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞（TECs）维持的作用	首次揭示了RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞的直接和间接作用，并阐明了其对TEC祖细胞和皮质TEC基因表达的间接影响	研究主要集中在体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞维持的分子机制	胸腺髓质上皮细胞（mTECs）及其祖细胞	NA	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
307	2024-12-18	Single-cell RNA-seq reveals FGF12 as a prognostic biomarker in low-grade endometrial stromal sarcoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1513076 PMID:39676856	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了FGF12作为低级别子宫内膜间质肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞转录组分析识别出与低级别子宫内膜间质肉瘤预后相关的肿瘤细胞亚群，并发现FGF12基因的高表达与患者生存期缩短显著相关	研究样本量较小，可能影响结果的普适性	识别低级别子宫内膜间质肉瘤的预后生物标志物，以改善患者分层和指导治疗策略	低级别子宫内膜间质肉瘤的肿瘤微环境及预后相关基因	数字病理学	子宫内膜间质肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确具体样本数量
308	2024-12-18	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Based on EcoTyper Machine Learning Framework Identifies Cell-State-Specific M2 Macrophage Markers Associated with Gastric Cancer Prognosis 2024, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S490075 PMID:39678138	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，利用EcoTyper机器学习框架，识别与胃癌预后相关的细胞状态特异性M2巨噬细胞标记物	首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，利用EcoTyper框架识别与胃癌预后相关的M2巨噬细胞标记物，揭示了肿瘤生态系统的异质性	NA	识别与胃癌预后相关的细胞状态特异性M2巨噬细胞标记物，揭示肿瘤微环境中的细胞状态变化	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其细胞状态	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和bulk RNA测序	机器学习框架（EcoTyper）	RNA测序数据	NA
309	2024-12-18	Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1410353 PMID:39678375	研究论文	本文研究了胆固醇代谢基因在结肠癌中的空间多样性特征，并探讨了其与患者预后的关系	使用eXtreme Gradient Boosting (XGBoost)模型结合胆固醇代谢基因，显著提高了结肠癌患者风险分层的准确性	NA	探讨胆固醇代谢与结肠癌预后的关系，并寻找潜在的治疗靶点	结肠癌患者的肿瘤样本和邻近正常组织样本	数字病理学	结肠癌	空间转录组学	XGBoost	基因表达数据	来自TCGA结肠癌腺癌项目的配对肿瘤和邻近正常样本
310	2024-12-18	Building a FAIR data ecosystem for incorporating single-cell transcriptomics data into agricultural genome to phenome research 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1460351 PMID:39678381	研究论文	本文探讨了如何构建一个FAIR数据生态系统，将单细胞转录组学数据整合到农业基因组到表型研究中	本文利用人类基因组学基础设施的最新进展，开发了连接不同资源的数据工具，并扩展了功能以实现数据在不同平台间的传输和分析	本文仅描述了一个试点项目，未来需要进一步构建更完善的数据资源和分析生态系统	构建一个基于FAIR原则的科学家友好的数据资源和分析生态系统，以促进单细胞水平的基因组分析	单细胞转录组学数据在农业基因组到表型研究中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	包括植物、原生生物和动物（包括人类）的高通量测序数据集
311	2024-12-18	Spatial transcriptomics and in situ immune cell profiling of the host ectocervical landscape of HIV infected Kenyan sex working women 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1483346 PMID:39687623	研究论文	本文通过空间转录组学和多表位配体绘图技术，研究了HIV感染的肯尼亚性工作者宫颈外组织的免疫细胞图谱	首次结合空间转录组学和多表位配体绘图技术，深入分析了慢性HIV感染下宫颈外组织的免疫景观	样本仅来自肯尼亚的性工作者，可能限制了研究结果的普适性	研究慢性HIV感染对宫颈外组织免疫景观的影响	HIV感染和未感染的肯尼亚女性性工作者的宫颈外组织	数字病理学	HIV感染	空间转录组学，多表位配体绘图	NA	组织样本	HIV阳性组和阴性组的宫颈外组织样本
312	2024-12-17	B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B 2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae280 PMID:38847286	研究论文	研究探讨了慢性乙型肝炎病毒感染患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征	首次揭示了慢性乙型肝炎病毒感染患者血液和肝脏中B细胞的激活基因特征，并发现记忆B细胞和幼稚B细胞是该特征的主要载体	研究样本量较小，且仅限于乙型肝炎病毒感染患者，可能限制了结果的普适性	探讨慢性乙型肝炎病毒感染患者中B细胞的激活状态及其基因表达特征	慢性乙型肝炎病毒感染患者的血液和肝脏中的B细胞	NA	乙型肝炎	RNA测序，流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	慢性乙型肝炎病毒感染患者和健康对照组的血液和肝脏样本
313	2024-12-17	Inhibition of JNK Signaling Overcomes Cancer-Associated Fibroblast-Mediated Immunosuppression and Enhances the Efficacy of Immunotherapy in Bladder Cancer 2024-Dec-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0940 PMID:39292817	研究论文	研究揭示了JNK信号通路在癌症相关成纤维细胞中介导的免疫抑制作用，并探讨了通过抑制JNK信号增强免疫治疗效果的策略	首次发现JNK信号通路在癌症相关成纤维细胞中通过上调胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）表达来促进免疫抑制微环境，并提出抑制JNK信号与PD-1阻断联合治疗的新策略	研究主要集中在膀胱癌样本，结果的普适性需要进一步验证	探讨免疫抑制肿瘤微环境的机制，并寻找提高免疫治疗效果的新方法	膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）和CD8+ T细胞	NA	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	膀胱癌样本
314	2024-12-17	Targeting SHCBP1 Inhibits Tumor Progression by Restoring Ciliogenesis in Ductal Carcinoma 2024-Dec-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1095 PMID:39312205	研究论文	本文研究了SHCBP1在导管癌中的作用，发现SHCBP1的缺失通过恢复纤毛生成抑制肿瘤进展	首次揭示了SHCBP1与导管癌中纤毛生成之间的联系，并通过SHCBP1缺失恢复纤毛生成，抑制肿瘤进展	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需进一步验证在人类患者中的疗效	探讨SHCBP1在导管癌中的作用机制及其对纤毛生成的影响，寻找潜在的治疗策略	导管癌中的SHCBP1和纤毛生成	NA	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组	小鼠模型和大量导管癌患者样本
315	2024-12-17	Combined Autophagy Inhibition and Dendritic Cell Recruitment Induces Antitumor Immunity and Enhances Immune Checkpoint Blockade Sensitivity in Pancreatic Cancer 2024-Dec-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0830 PMID:39288081	研究论文	本研究探讨了通过抑制自噬和招募树突状细胞来增强胰腺癌对免疫检查点阻断疗法敏感性的机制	首次揭示了自噬抑制在胰腺癌细胞中诱导树突状细胞激活的机制，并展示了三联疗法在胰腺癌小鼠模型中的显著疗效	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索通过抑制自噬和激活树突状细胞来增强胰腺癌对免疫检查点阻断疗法的敏感性	胰腺导管腺癌（PDAC）及其免疫微环境	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠PDAC肿瘤模型及人类PDAC肿瘤样本
316	2024-12-17	A comprehensive analysis framework for evaluating commercial single-cell RNA sequencing technologies 2024-Dec-16, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1186 PMID:39675380	研究论文	本研究评估了九种商业化的单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，通过外周血单核细胞（PBMCs）进行性能比较	引入了read utilization指标，用于区分scRNA-seq试剂盒在将测序reads转化为可用计数方面的效率	NA	评估商业化单细胞RNA测序技术的性能	九种商业化的单细胞RNA测序试剂盒	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	169,262个细胞
317	2024-12-17	The retinoic acid family-like nuclear receptor SmRAR identified by single-cell transcriptomics of ovarian cells controls oocyte differentiation in Schistosoma mansoni 2024-Dec-16, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1228 PMID:39676663	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术，在曼氏血吸虫的卵巢细胞中鉴定出一种类视黄酸核受体SmRAR，并研究了其在卵母细胞分化中的作用	首次在曼氏血吸虫中鉴定出类视黄酸受体家族的转录因子SmRAR，并揭示了其在卵母细胞分化中的关键作用	本文主要集中在曼氏血吸虫的卵巢发育和卵母细胞分化，未涉及其他寄生扁虫的相关研究	研究曼氏血吸虫卵巢发育和卵母细胞分化的分子机制	曼氏血吸虫的卵巢细胞和卵母细胞	数字病理学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1967个卵母细胞，表达7872个基因
318	2024-12-17	Highly efficient combination of multiple single cells using a deterministic single-cell combinatorial reactor 2024-Dec-16, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00951g PMID:39679936	研究论文	本文介绍了一种新型微流控装置，名为确定性单细胞组合反应器（DSCR），用于高效组合多个单细胞	创新点在于引入了一种结合微流控技术和多层互连Si/SiO控制电路的装置，实现了单细胞的高效确定性组合	NA	开发一种高效组合多个单细胞的装置，以支持高级生物研究，如单细胞转录组分析或细胞间相互作用	多个单细胞的组合	微流控技术	NA	微流控技术	NA	NA	三组不同的PC3细胞，每组细胞用不同的荧光染料（蓝色、绿色或红色）染色
319	2024-12-17	A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer 2024-Dec-16, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-024-03910-3 PMID:39680087	研究论文	本研究通过整合多组学生物信息学和孟德尔随机化方法，揭示了ADAMDEC1基因在结肠癌中的预后价值	本研究创新性地使用了scissor算法整合单细胞测序数据和bulk转录组数据，并结合孟德尔随机化方法，首次确定了ADAMDEC1基因作为结肠癌患者的预后保护因子	本研究依赖于现有的数据集和分析方法，可能存在数据偏倚和方法局限性	研究结肠癌的预后标志物，为临床试验和药物靶点研究提供线索	结肠癌患者的预后相关细胞和基因	数字病理学	结肠癌	单细胞测序 RNA-seq 孟德尔随机化	NA	转录组数据基因组数据	使用了两个独立的外部验证数据集GSE17536和GSE39582，以及一个包含免疫组织化学实验的真实世界组织数据集
320	2024-12-17	Combined Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis to Reveal the Potential Influences of Intestinal Inflammatory Disease on Multiple Sclerosis 2024-Dec-16, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02195-z PMID:39680254	研究论文	本研究通过结合批量和单细胞转录组分析，揭示了肠道炎症疾病对多发性硬化症的潜在影响	首次通过结合批量和单细胞转录组数据，识别出IBD和MS之间的共同差异表达基因（DEGs），并验证了这些基因在两种疾病中的免疫特性	研究主要依赖于公共数据集，缺乏对患者的直接实验验证	探讨肠道炎症疾病与多发性硬化症之间的共同病理生理机制	多发性硬化症（MS）和炎症性肠病（IBD）的共同差异表达基因及其在免疫系统中的作用	数字病理学	自身免疫性疾病	RNA测序、单细胞转录组测序、质谱流式细胞术（CyTOF）	机器学习算法	基因表达数据	多个公共数据集，包括GSE126124、GSE9686、GSE36807、GSE21942、GSE17048、GSE75214、GSE16879和PRJCA003980