单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2981	2024-11-08	Pan-cancer analysis of CDKN2A alterations identifies a subset of gastric cancer with a cold tumor immune microenvironment 2024-05-31, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00615-7 PMID:38822443	研究论文	研究探讨了CDKN2A突变和缺失与泛癌种中免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联	发现CDKN2A突变和缺失与免疫检查点抑制剂治疗反应及总体生存期的关联，并揭示了CDKN2A突变和缺失对肿瘤免疫微环境的影响	研究样本主要来自四个队列，可能存在样本偏倚；未详细探讨CDKN2A突变和缺失的具体机制	确定CDKN2A突变和缺失与泛癌种中总体生存期及免疫检查点抑制剂治疗反应的关联	CDKN2A突变和缺失在泛癌种中的作用及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	肿瘤测序	NA	基因组数据	45,000名肿瘤患者
2982	2024-11-08	A Multimodal Omics Framework to Empower Target Discovery for Cardiovascular Regeneration 2024-Apr, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07484-7 PMID:37421484	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在多物种和多发育阶段中研究健康和受损心脏的发现，并提出了一种多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	提出了一个多物种、多组学的元分析框架，以推动心血管再生新靶点的发现	NA	推动心血管再生新靶点的发现	健康和受损心脏的细胞转录组	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组	多物种和多发育阶段的样本
2983	2024-11-08	InPACT: a computational method for accurate characterization of intronic polyadenylation from RNA sequencing data 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46875-8 PMID:38519498	研究论文	提出了一种名为InPACT的计算方法，用于从RNA测序数据中准确表征内含子多聚腺苷酸化	InPACT能够从常规RNA-seq数据中精确表征内含子多聚腺苷酸化，并成功识别出许多先前未注释的内含子多聚腺苷酸化转录本	NA	开发一种可靠的方法来准确表征内含子多聚腺苷酸化	内含子多聚腺苷酸化转录本及其在不同细胞类型中的表达	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	人类细胞、单细胞RNA测序数据
2984	2024-11-08	Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness 2024-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583333 PMID:38496661	研究论文	研究探讨了光线和多巴胺如何影响果蝇的昼夜节律神经元，促进早晨的清醒	首次揭示了光线通过调节多巴胺受体Dop1R1的mRNA水平，影响果蝇早晨清醒的机制	研究仅限于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证	探讨光线和多巴胺对果蝇早晨清醒的影响机制	果蝇的昼夜节律神经元和多巴胺受体Dop1R1	神经科学	NA	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、活体成像	NA	mRNA表达数据	17组昼夜节律神经元，包括两组特定的侧神经元(LNs)
2985	2024-11-08	Enhancing prognostic power in multiple myeloma using a plasma cell signature derived from single-cell RNA sequencing 2024-03-06, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01024-8 PMID:38443358	研究论文	利用单细胞RNA测序数据开发了一种新的浆细胞基因特征，并评估了其在多发性骨髓瘤中的预后能力	开发了一种新的浆细胞基因特征（PBM评分），该评分在多发性骨髓瘤中的预后效果独立于现有的国际分期系统（ISS）和修订ISS（R-ISS）	NA	提高多发性骨髓瘤的预后能力	多发性骨髓瘤及其相关浆细胞恶性肿瘤	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2115个样本，包括1978个多发性骨髓瘤、65个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、35个冒烟型多发性骨髓瘤和37个健康对照
2986	2024-11-08	PPARγ Attenuates Cellular Senescence of Alveolar Macrophages in Asthma- COPD Overlap 2024-Mar-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4009724/v1 PMID:38496493	研究论文	研究探讨了哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）中肺泡巨噬细胞的细胞衰老及其调控基因PPARγ的作用	首次揭示了PPARγ在调节ACO患者肺泡巨噬细胞衰老中的关键作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共单细胞RNA测序数据和独立队列研究的bulk RNA-Seq及CyTOF数据，缺乏体内实验验证	探讨ACO中主要炎症细胞及其细胞衰老情况，并揭示调控衰老的关键基因	ACO患者的肺组织和支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、bulk RNA-Seq、CyTOF	NA	RNA序列数据	ACO患者肺组织样本及支气管肺泡灌洗液样本
2987	2024-11-08	Diverse macrophage populations contribute to distinct manifestations of human cutaneous graft-versus-host disease 2024-02-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljad402 PMID:38010706	研究论文	研究了不同巨噬细胞群体在人类皮肤移植物抗宿主病中的不同表现	首次详细描述了单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的身份、起源和功能，并揭示了其在不同临床亚型中的动态作用	研究样本量较小，且仅限于急性皮肤移植物抗宿主病，可能无法全面反映所有类型移植物抗宿主病的情况	研究单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的作用，以期为治疗提供新策略	急性皮肤移植物抗宿主病患者中的单核吞噬细胞	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序和多重组织免疫荧光	NA	RNA	36名急性皮肤移植物抗宿主病患者
2988	2024-11-08	Inflammatory Mediators Suppress FGFR2 Expression in Human Keratinocytes to Promote Inflammation 2024, Molecular and cellular biology IF:3.2Q3 DOI:10.1080/10985549.2024.2399766 PMID:39340759	研究论文	研究探讨了炎症介质如何抑制人角质形成细胞中FGFR2的表达以促进炎症	首次揭示了FGFR2在人角质形成细胞中抑制炎症的关键作用，并提出了FGFR2下调在特应性皮炎及其他炎症性疾病发病机制中的潜在作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨FGFR2在人角质形成细胞中的功能及其在炎症性疾病中的作用	人角质形成细胞及特应性皮炎患者皮肤样本	NA	特应性皮炎	CRISPR/Cas9基因编辑技术，RNA测序	NA	RNA	体外培养的人角质形成细胞及特应性皮炎患者皮肤样本
2989	2024-11-08	Ustekinumab affects myofibroblast metabolism to alleviate intestinal fibrosis by targeting KDELC1 in Crohn's disease through multi-machine learning combined with single-cell sequencing analysis 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1476592 PMID:39502647	研究论文	本研究通过多机器学习结合单细胞测序分析，探讨了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因缓解克罗恩病肠道纤维化的机制	首次揭示了乌司奴单抗通过靶向KDELC1基因影响肌成纤维细胞代谢，从而缓解肠道纤维化的机制	研究样本量较小，且仅限于克罗恩病患者，未来需扩大样本量并验证在其他疾病中的适用性	探讨乌司奴单抗在克罗恩病中缓解肠道纤维化的遗传机制	克罗恩病患者的肠道组织及健康对照组的肠道组织	生物信息学	克罗恩病	单细胞测序	随机森林	基因表达数据	克罗恩病患者和健康对照组的内镜手术标本
2990	2024-11-08	Histamine and Th2 cytokines independently and synergistically upregulate MMP12 expression in human M2 macrophages 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1429009 PMID:39502691	研究论文	研究探讨了组胺和Th2细胞因子在人M2巨噬细胞中独立及协同上调MMP12表达的机制	揭示了Th2细胞因子和组胺调控MMP12表达的新机制，可能影响特应性皮炎皮肤屏障稳态	NA	研究MMP12在特应性皮炎皮肤病变中的表达及其调控机制	特应性皮炎患者的皮肤病变和健康个体的M2巨噬细胞	NA	特应性皮炎	RNA测序 (scRNA-seq), 定量PCR, ELISA	NA	RNA	特应性皮炎患者和健康个体的M2巨噬细胞样本
2991	2024-11-07	Inhibition of SUMOylation Induces Adaptive Antitumor Immunity against Pancreatic Cancer through Multiple Effects on the Tumor Microenvironment 2024-Nov-04, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0572 PMID:39150446	研究论文	研究通过抑制SUMOylation诱导胰腺癌的适应性抗肿瘤免疫，并探讨其在肿瘤微环境中的多重效应	首次探讨了SUMOylation抑制在胰腺癌肿瘤微环境中对适应性抗肿瘤免疫的影响	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在临床试验中验证	探索改善胰腺导管腺癌患者预后的新治疗靶点	胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境	NA	胰腺癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	使用临床相关的小鼠胰腺癌模型进行研究
2992	2024-11-07	CRISPR Screening of Transcribed Super-Enhancers Identifies Drivers of Triple-Negative Breast Cancer Progression 2024-Nov-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3995 PMID:39186674	研究论文	研究通过CRISPR筛选转录超级增强子，识别三阴性乳腺癌进展的驱动因素	系统分析了三阴性乳腺癌特异性转录增强子的调控机制及其非编码增强子RNA（eRNA）转录本，并使用高吞吐量CRISPR干扰实验结合RNA测序，无偏倚地检测了全基因组的目标基因	NA	探讨eRNA产生的超级增强子如何驱动基因表达网络，从而影响三阴性乳腺癌的生物学特性	三阴性乳腺癌（TNBC）的转录超级增强子及其eRNA转录本	数字病理学	乳腺癌	CRISPR干扰、RNA测序、Hi-C染色质相互作用图谱、单细胞RNA测序、高吞吐量测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
2993	2024-11-07	Single-cell sequencing: Current applications in various tuberculosis specimen types 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13698 PMID:38956399	综述	本文综述了单细胞测序技术在结核病研究中的应用，特别是其在分析不同来源结核病样本中的应用	单细胞测序技术具有高分辨率，能够超越传统技术，揭示与结核病发病机制相关的免疫细胞亚群的组成和比例	NA	探讨单细胞测序技术在结核病研究中的临床应用潜力	结核病样本，主要包括外周血和肺部样本	数字病理学	结核病	单细胞测序	NA	细胞	NA
2994	2024-11-07	Combined lineage tracing and scRNA-seq reveal the activation of Sox9+ cells in renal regeneration with PGE2 treatment 2024-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13679 PMID:38801100	研究论文	研究揭示了PGE2处理下Sox9+细胞在肾再生中的激活机制	首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了PGE2在急性肾损伤后激活Sox9+细胞并促进其分化为近端小管上皮细胞的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证	揭示内源性再生和修复机制，开发针对驻留干细胞谱系的特定疗法	Sox9+干细胞在急性肾损伤后的命运决定机制	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Sox9谱系追踪小鼠模型中的样本
2995	2024-11-07	Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion 2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010 PMID:39089570	研究论文	研究探讨了心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞及其对细胞外基质表达的影响	首次通过谱系追踪和单细胞转录组学方法，证明了心肌梗死后的巨噬细胞并未转化为成纤维细胞，但表达多种促纤维化基质蛋白	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类心肌梗死的数据	验证心肌梗死后巨噬细胞是否转化为成纤维细胞，并分析其细胞外基质表达特征	心肌梗死后的巨噬细胞及其细胞外基质表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠心肌梗死模型
2996	2024-11-07	Immunologic Profiling of CSF in Subarachnoid Neurocysticercosis Reveals Specific Interleukin-10-Producing Cell Populations During Treatment 2024-Nov, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200320 PMID:39475624	研究论文	研究了在治疗期间，蛛网膜下腔神经囊虫病（SANCC）患者脑脊液（CSF）中免疫细胞群体的特征，特别是IL-10产生细胞的分布和作用	首次全面分析了SANCC患者CSF和外周血中IL-10产生细胞的多样性和动态变化	样本量较小，仅包括5名患者，可能影响结果的普遍性	深入理解SANCC的免疫学机制，特别是IL-10在治疗过程中的作用	SANCC患者的脑脊液和外周血中的免疫细胞群体	NA	神经囊虫病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	细胞	5名SANCC患者，共8份脑脊液样本和4份匹配的外周血样本
2997	2024-11-07	Construction of a Prognostic Model for Mitochondria and Macrophage Polarization Correlation in Glioma Based on Single-Cell and Transcriptome Sequencing 2024-Nov, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70083 PMID:39491527	研究论文	本研究通过生物信息学分析构建了一个基于线粒体和巨噬细胞极化相关基因的胶质瘤预后模型	揭示了与胶质瘤预后相关的五个基因（ECI2, MCCC2, OXCT1, SUCLG2, 和 CPT2），为个性化治疗和预后提供了新的见解	NA	探讨线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因与胶质瘤预后的关系	胶质瘤患者的预后预测	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和转录组测序	风险模型	基因表达数据	包括TCGA-GBMLGG, mRNA-seq-325, mRNA-seq-693, GSE16011, GSE4290, 和 GSE138794等多个数据集
2998	2024-11-07	Epigenetic agents plus anti-PD-1 reprogram the tumor microenvironment and restore antitumor efficacy in Hodgkin lymphoma 2024-10-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024487 PMID:39093981	研究论文	研究评估了三联疗法（组蛋白去乙酰化酶抑制剂、DNA甲基转移酶抑制剂和抗PD-1抗体）在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性	首次评估了三联疗法在先前接受过DP疗法的患者中的疗效，并揭示了该疗法通过调节肿瘤微环境克服免疫疗法抵抗的机制	研究样本量较小，且仅限于先前接受过DP疗法的患者	评估三联疗法在复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤中的疗效和安全性，并探讨其克服免疫疗法抵抗的机制	复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者	肿瘤学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	52名患者
2999	2024-11-07	GraphCVAE: Uncovering cell heterogeneity and therapeutic target discovery through residual and contrastive learning 2024-Oct-31, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123208 PMID:39488267	研究论文	本文介绍了一种名为GraphCVAE的模型，通过结合空间和形态信息、纠正批次效应和管理异质数据，增强空间域识别能力	GraphCVAE结合了多层图卷积网络和变分自编码器，通过对比学习捕捉细胞类型和状态的细微差异，显著提高了空间信息表示和整合的准确性	NA	提高空间转录组学中空间域识别的准确性，揭示细胞异质性和治疗靶点	空间转录组学数据，特别是前额叶皮质和胶质母细胞瘤等疾病数据	机器学习	NA	图卷积网络（GCN），变分自编码器（VAE），对比学习	图卷积网络（GCN），变分自编码器（VAE）	空间转录组学数据	涉及多种空间转录组学数据集，包括前额叶皮质和胶质母细胞瘤等
3000	2024-11-07	Exogenous IL-33 promotes tumor immunity via macroscopic regulation of ILC2s 2024-10-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77751-6 PMID:39478174	研究论文	研究探讨了外源性IL-33通过宏观调控ILC2s促进肿瘤免疫的作用	首次揭示了外源性IL-33通过减少中性粒细胞积累和增加ILC2s比例来改善肿瘤免疫微环境，并促进抗肿瘤免疫反应	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证其效果	探讨外源性IL-33对肿瘤免疫微环境的影响及其机制	外源性IL-33、ILC2s、中性粒细胞、肿瘤免疫微环境	NA	黑色素瘤	scRNA-seq、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞比例数据	Il7rArg1小鼠