单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2025-06-07	Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825 PMID:38280199	研究论文	本文提出了一种获取高质量新鲜小鼠肺空间转录组数据的实验方案	针对肺肺泡中存在空腔导致切片困难的问题，提出了一种新的实验方案，包括肺灌注、获取冷冻切片、收集肺切片cDNA及数据分析等步骤	NA	解决肺组织空间转录组实验中切片困难的问题，获取高质量的空间转录组数据	小鼠肺组织	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA
282	2025-06-07	An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836 PMID:38219150	研究论文	本文提出了一种从小鼠胰腺中快速分离单细胞的优化方案，旨在减少消化酶对胰腺外分泌细胞的损伤	优化了解剖顺序、酶组成和操作步骤，从而获得高产量且高纯度的胰腺单细胞	NA	开发一种高效的小鼠胰腺单细胞分离方案	小鼠胰腺单细胞	细胞生物学	NA	单细胞分离技术	NA	NA	NA
283	2025-06-07	Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893 PMID:38416649	研究论文	开发了一种用于人类和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序工作流程，整合了样本多重标记	整合流式细胞术进行质量控制、计数和精确核池化，显著减少低质量核、环境RNA污染及试剂浪费	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	优化脂肪组织的单核RNA测序流程，提高信息内容和成本效率	人类和小鼠脂肪组织	单细胞测序	NA	流式细胞术, 单核RNA测序, 10× Chromium控制器	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
284	2025-06-07	Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819 PMID:38183653	研究论文	介绍了一个名为COMET的R包，用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化(EMT)轨迹和状态间转换速率	开发了COMET这一新工具，能够优化EMT基因数量并拟合连续时间马尔可夫链来估计状态转换速率	未提及具体验证数据集或应用范围的限制	开发从单细胞RNA测序数据推断EMT轨迹的分析方法	上皮-间质转化过程	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	连续时间马尔可夫链	基因表达数据	NA
285	2025-06-07	Establishing a 3D culture system for early organogenesis of monkey embryos ex vivo and single-cell transcriptome analysis of cultured embryos 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102835 PMID:38224493	研究论文	建立了一个用于猴子胚胎早期器官发生的3D体外培养系统，并对培养的胚胎进行了单细胞转录组分析	开发了一种能够在体外培养食蟹猴胚胎长达25天的3D培养系统，并利用单细胞RNA测序技术解析了原肠胚形成和早期器官发生的关键发育事件	NA	理解灵长类动物胚胎发生最初4周的发育过程	食蟹猴胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、生物信息学分析	3D培养系统	转录组数据	NA
286	2025-06-07	Protocol for optimized dissociation of human scalp tissue for hair follicle transcriptomics by scRNA-seq 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102848 PMID:38319786	research paper	本文提出了一种优化的人体头皮组织解离方案，用于通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究毛囊转录组学	优化了人体头皮组织的解离步骤，以获得高质量的单细胞悬液用于scRNA-seq	NA	研究人体毛囊的转录组学	人体头皮组织	转录组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
287	2025-06-07	Protocol for functional profiling of patient-derived organoids for precision oncology 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102887 PMID:38367233	研究论文	本文提出了一种用于精准肿瘤学的患者来源类器官功能分析协议	提供了一种全面的协议，涵盖结直肠癌患者来源类器官的生成和培养、肿瘤浸润淋巴细胞的分离和扩增，以及外周血单个核细胞的分离和培养	需要参考Plattner等人的研究以获取完整的协议执行细节	开发一种用于精准肿瘤学的功能分析方法	结直肠癌患者来源的类器官、肿瘤浸润淋巴细胞和外周血单个核细胞	精准医学	结直肠癌	RNA-seq, WES, scRNA-seq, (磷酸化)蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
288	2025-06-07	BATF2 inhibits the stem cell-like properties and chemoresistance of gastric cancer cells through PTEN/AKT/β-catenin pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98389 PMID:39629124	研究论文	本文研究了BATF2通过PTEN/AKT/β-catenin通路抑制胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	揭示了BATF2通过抑制ABCG2药物转运体和促进PTEN稳定性来增强5-Fu敏感性，并减少胃癌细胞的干细胞样特性和化疗耐药性	研究样本量较小，仅包括9个胃癌样本	探究BATF2在胃癌干细胞样特性和化疗耐药性中的作用	胃癌细胞	癌症研究	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞培养、肿瘤细胞球体和类器官实验、皮下肿瘤形成实验、免疫组织化学和免疫印迹	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	9个胃癌样本
289	2025-06-07	Deciphering the effects of radiopharmaceutical therapy in the tumor microenvironment of prostate cancer: an in-silico exploration with spatial transcriptomics 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99516 PMID:39629134	research paper	该研究结合空间转录组学和计算模型，探索了放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物效应	首次将空间转录组学与计算模型结合，用于评估放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量分布和细胞存活概率	研究仅基于两名前列腺癌患者的三个空间转录组数据集，样本量较小	探索放射性药物治疗在前列腺癌肿瘤微环境中的剂量学和生物效应	前列腺癌肿瘤微环境	digital pathology	prostate cancer	spatial transcriptomics, PBPK模型, MIRD形式主义	CRD模型, 线性二次模型	基因表达数据	两名前列腺癌患者的三个空间转录组数据集
290	2025-06-07	Phosphoglycerate mutase 1-mediated dephosphorylation and degradation of Dusp1 disrupt mitochondrial quality control and exacerbate endotoxemia-induced myocardial dysfunction 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102647 PMID:39659576	研究论文	本研究探讨了Dusp1和Pgam1在内毒素血症引起的心肌功能障碍中的作用，揭示了Pgam1介导的Dusp1去磷酸化如何破坏线粒体质量控制并加剧心肌损伤	发现Dusp1作为内毒素血症诱导心肌功能障碍的新型生物标志物，并阐明Pgam1-Dusp1轴在调控线粒体质量控制中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究内毒素血症中心肌功能障碍的分子机制	心肌细胞特异性敲除和转基因小鼠，内毒素血症患者样本	分子生物学	心血管疾病	qPCR, Seahorse分析, 分子对接, Western blot, 单细胞测序	小鼠模型	分子生物学数据	未明确说明具体样本数量
291	2025-06-06	Single-cell transcriptomics reveals aberrant skin-resident cell populations and identifies fibroblasts as a determinant in rosacea 2024-10-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52946-7 PMID:39384741	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了酒渣鼻患者面部皮肤中异常的细胞群，并发现成纤维细胞在酒渣鼻发展中起关键作用	首次构建了酒渣鼻患者面部皮肤的单细胞图谱，并鉴定出成纤维细胞作为酒渣鼻发展的关键决定因素	研究样本仅来自女性患者，可能限制了结果的普适性	探究酒渣鼻的细胞和分子机制	酒渣鼻患者和健康个体的面部皮肤细胞	digital pathology	rosacea	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	女性酒渣鼻患者和健康个体的面部皮肤样本
292	2025-06-06	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52990-3 PMID:39379371	研究论文	通过单细胞多组学测序技术研究Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）的组织特异性反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体（TCR）测序技术对SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液进行综合分析，揭示了HLA I类限制性CD8 T细胞的免疫病理机制	样本量较小（15名患者），且为罕见疾病，可能限制结果的普遍性	揭示SJS/TEN的细胞免疫病理机制并识别潜在的治疗靶点	15名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	单细胞测序	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞多组学数据	15名SJS/TEN患者的109,888个细胞
293	2025-06-06	Single-cell RNA sequencing reveals the pro-inflammatory roles of liver-resident Th1-like cells in primary biliary cholangitis 2024-10-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53104-9 PMID:39375367	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示原发性胆汁性胆管炎（PBC）中肝脏驻留Th1样细胞的促炎作用	首次在PBC患者和小鼠PBC模型中鉴定出具有JAK-STAT激活的肝脏驻留Th1样细胞群，并通过阻断JAK-STAT通路减轻肝脏炎症	传统检测方法的局限性导致PBC的局部肝脏免疫发病机制尚未完全阐明	揭示PBC的免疫细胞景观和分子机制	PBC患者和小鼠PBC模型的肝脏细胞	单细胞转录组学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	PBC患者和小鼠PBC模型的肝脏样本
294	2025-06-06	Distinctive CD39+CD9+ lung interstitial macrophages suppress IL-23/Th17-mediated neutrophilic asthma by inhibiting NETosis 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53038-2 PMID:39366998	研究论文	本文发现了一类独特的CD39+CD9+肺间质巨噬细胞，能够通过抑制NETosis来抑制IL-23/Th17介导的中性粒细胞性哮喘	首次揭示了CD39+CD9+间质巨噬细胞通过CD9依赖的附着和CD39依赖的ATP清除机制抑制NETosis和Th17细胞激活	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据仅作为验证	探索中性粒细胞性哮喘的免疫调节机制	CD39+CD9+肺间质巨噬细胞和中性粒细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和哮喘患者样本
295	2025-06-06	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	该研究揭示了致癌性钙网蛋白（CALRdel52）通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制	发现CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴介导免疫抑制，并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探索致癌性CALR突变在骨髓增殖性肿瘤（MPN）中介导免疫逃逸的机制	CALRdel52突变、骨髓微环境、TGFβ1、调节性T细胞（Treg）	肿瘤免疫学	骨髓增殖性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	基因表达数据	四个独立患者队列的骨髓样本
296	2024-09-04	Hydatidiform mole identification using non-invasive single-cell sequencing of fetal circulating extravillous trophoblasts isolated from maternal blood 2024-09, Ultrasound in obstetrics & gynecology : the official journal of the International Society of Ultrasound in Obstetrics and Gynecology IF:6.1Q1 DOI:10.1002/uog.27615 PMID:38354218	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
297	2025-06-06	CYBB-Mediated Ferroptosis Associated with Immunosuppression in Mycobacterium leprae-Infected Monocyte-Derived Macrophages 2024-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.012 PMID:37925067	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了麻风分枝杆菌感染的单核细胞衍生巨噬细胞中CYBB介导的铁死亡与免疫抑制之间的关联	首次发现CYBB是促进麻风分枝杆菌感染巨噬细胞M2极化和铁死亡的关键分子，揭示了病原体通过诱导铁死亡逃避免疫的新机制	研究样本量较小（仅4名健康个体），且为体外实验，需进一步体内验证	探究麻风分枝杆菌感染巨噬细胞的极化机制及其与铁死亡的关系	人类单核细胞衍生巨噬细胞和麻风分枝杆菌	免疫学	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名健康个体的单核细胞衍生巨噬细胞
298	2025-06-06	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	本研究利用空间和单细胞转录组学揭示了基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子结构	发现了神经元和星形胶质细胞亚群中记忆特异性的转录特征，并揭示了神经元与星形胶质细胞的相互作用对长期记忆编码的必要性	NA	阐明基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的作用机制	基底外侧杏仁核中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
299	2025-06-06	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson Syndrome and Toxic epidermal necrolysis 2024-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.26.568771 PMID:38405793	研究论文	本研究通过单细胞多组学测序技术，定义了Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）在组织特异性中的反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和TCR测序技术，全面评估SJS/TEN的细胞免疫病理机制，并发现SJS/TEN水疱液是驱动疾病病理的效应性CD8+ T细胞的丰富来源	样本量较小（17名患者），且仅针对SJS/TEN患者进行研究	研究SJS/TEN的细胞免疫病理机制	17名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	生物医学	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、TCR测序	NA	单细胞多组学数据	17名SJS/TEN患者的119,784个细胞
300	2025-06-06	Spatial analyses: Focusing on immune-stromal interactions to understand immunity in the tissue context 2024-02, Seminars in arthritis and rheumatism IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.semarthrit.2023.152319 PMID:38040516	研究论文	本文通过空间分析方法探讨免疫-基质相互作用，以理解组织环境中的免疫功能	结合多重免疫荧光组织学和机器学习方法识别罕见免疫细胞群，并发现其优先定位于纤维血管微环境	是否类似机制适用于其他纤维化相关疾病（如自身免疫性疾病）尚待进一步研究	理解免疫细胞在组织环境中的功能及其与微环境的相互作用	免疫细胞及其微环境	数字病理学	COVID-19诱导的肺纤维化	多重免疫荧光组织学、空间转录组学	机器学习	图像、转录组数据	多种人类组织