单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-08-20 |
A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data
2024-12-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913
PMID:39644902
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研究论文 | 提出一种基于配对基因表达相关性的统计方法CellTran，用于从单细胞RNA测序数据中系统识别过渡细胞 | 无需显式解析基因调控网络，仅利用配对基因表达相关性即可检测过渡细胞，区别于现有工具主要研究表达状态而非调控状态的变化 | 未明确说明，可能包括对调控网络推断的局限性或对复杂过渡状态的敏感性不足 | 从scRNA-seq数据中识别过渡细胞，揭示细胞状态转变的分子机制，以增强疾病干预治疗靶点的发现 | 过渡细胞及其基因表达谱 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 统计方法（非深度学习模型） | 单细胞转录组数据 | 不适用（未在标题和摘要中提供具体样本数量） | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 282 | 2026-08-20 |
Single-cell RNA sequencing algorithms underestimate changes in transcriptional noise compared to single-molecule RNA imaging
2024-12-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100933
PMID:39662473
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研究论文 | 该研究利用小分子扰动（IdU）增强转录噪声，并通过比较多种单细胞RNA测序算法与单分子RNA荧光原位杂交技术，评估了scRNA-seq在量化转录噪声变化方面的准确性 | 首次系统性地将scRNA-seq算法与smFISH技术对比，评估其对转录噪声变化的量化能力，并发现所有算法均系统性低估噪声变化，同时提出IdU可全局增强噪声而不改变平均表达水平 | 研究仅基于特定的小分子扰动（IdU）和代表性基因panel，可能无法完全反映所有生物学条件下的噪声变化；smFISH仅验证了部分基因，无法覆盖全基因组范围 | 评估scRNA-seq算法在量化转录噪声变化方面的准确性，并与smFISH进行比较，以确定最佳噪声量化方法 | 人类和小鼠细胞系中的转录噪声变化，涉及约90%的基因及一组代表性基因 | 生物信息学，单细胞转录组学 | 不适用（NA） | 单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交 | 不适用（NA） | 基因表达数据（scRNA-seq和smFISH数据） | 人类和小鼠数据集，具体样本数未在标题和摘要中提供 | 不适用（NA） | 单细胞RNA测序，单分子RNA荧光原位杂交 | 不适用（NA） | 不适用（NA） |
| 283 | 2026-08-20 |
Expanding the landscape of antibody discovery
2024-12-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936
PMID:39689694
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评论 | 本文评论了Wagner等人开发的一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序的新方法，用于筛选多样化的抗体基因文库与病毒受体蛋白文库 | 该方法创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序相结合，实现了配对抗体-抗原的文库对文库筛选，克服了传统筛选技术的挑战 | 摘要中未提及具体局限性 | 拓展抗体发现领域，实现高通量配对抗体-抗原筛选 | 抗体基因文库和病毒受体蛋白文库 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 284 | 2026-08-20 |
Cell type and dynamic state govern genetic regulation of gene expression in heterogeneous differentiating cultures
2024-12-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100701
PMID:39626676
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研究论文 | 利用异质分化培养体系，结合单细胞RNA测序，研究人类遗传变异在不同细胞类型和动态状态下对基因表达的调控作用。 | 首次在异质分化培养体系中系统解析29种细胞类型的表达数量性状基因座，揭示分化轨迹上的动态调控效应，并复现已知效应。 | 未提及具体局限性。 | 阐明不同细胞类型和动态状态下遗传变异对基因表达的调控机制，加深对疾病相关位点的理解。 | 53名人类供体的异质分化培养细胞。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 53名供体，超过900,000个细胞。 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 285 | 2026-08-20 |
scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies
2024-12-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723
PMID:39667347
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综述 | 对商业化的单细胞和空间组学技术进行动态综述，涵盖从基础到新兴的平台，并讨论其在药物研发中的应用 | 提供实时更新的活体综述，系统比较成熟与新兴商业平台，并强调微流控、组合索引及空间转录组学等关键技术趋势 | 未提及具体技术限制或比较分析，可能缺乏实验验证 | 综述单细胞和空间组学技术的商业化趋势及其在生物医学研究和药物开发中的应用 | 商业化的单细胞和空间组学平台 | 基因组学 | NA | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 286 | 2026-08-20 |
Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer
2024-12-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005
PMID:39658541
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研究论文 | 对117例高级别浆液性卵巢癌样本进行空间和分子表征，揭示化疗诱导的髓系驱动的空间性T细胞耗竭及其免疫治疗意义 | 首次揭示化疗后卵巢癌中髓系细胞网络（Myelonets）促进CD8 T细胞耗竭，并发现NECTIN2-TIGIT相互作用作为免疫检查点阻断的预测标志 | 未提供明确的局限性信息 | 理解标准化疗对高级别浆液性卵巢癌抗肿瘤免疫适应性的影响，并探索免疫治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSC）患者样本 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 组织样本、单细胞基因表达数据、空间转录组数据 | 117例高级别浆液性卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 287 | 2026-08-20 |
WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis
2024-11-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886
PMID:39515332
|
研究论文 | 提出了一种用于空间转录组学分析的加权集成方法WEST，以提高数据分析的性能和鲁棒性 | 利用集成技术结合多个方法，提升空间域检测的准确性和灵活性，具有广泛的适用性 | 未明确提及局限性；可能依赖于合成和真实数据集的验证 | 开发一种通用的空间转录组数据分析方法，以有效整合表达和空间信息 | 空间转录组学数据，包括合成和真实数据集 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 集成方法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 288 | 2026-08-20 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-11-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100905
PMID:39561717
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研究论文 | 提出了一种名为ConDecon的无聚类方法，用于从单细胞RNA测序数据推断bulk组织中每个细胞存在的可能性，从而无需依赖离散细胞类型即可进行基因表达去卷积。 | 创新点在于开发了ConDecon，一种聚类独立的去卷积方法，能够推断连续细胞过程（如细胞分化或免疫细胞激活）中的细胞状态，相比基于回归的方法提高了表型分辨率和功能性。 | 局限性在于ConDecon可能依赖于单细胞数据的质量和代表性，且对于噪声或批次效应敏感，但摘要未明确提及具体限制。 | 旨在通过单细胞RNA-seq数据，以聚类独立的方式估计bulk组织中的细胞丰度，提高去卷积的分辨率，以支持对连续细胞过程的推断。 | 研究对象包括儿科室管膜瘤中的神经退行性小胶质细胞炎症通路及其间质转化，以及bulk ATAC-seq等其他数据模态。 | 机器学习, 生物信息学 | 儿科室管膜瘤, 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），bulk RNA测序，bulk ATAC测序 | NA | 基因表达数据，ATAC-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，bulk ATAC测序 | NA | NA |
| 289 | 2026-08-20 |
Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics
2024-Nov-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1
PMID:39606471
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和CITE-seq技术，解码人类子宫内膜中组织驻留树突状细胞（uDCs）的功能和发育轨迹 | 首次通过整合单细胞RNA测序和CITE-seq技术，全面解析人子宫内膜中uDCs的亚型、发育轨迹及其在胚胎着床前后的特定功能 | 未提供具体的样本量和验证实验，uDCs在女性生殖疾病中的直接作用仍需进一步研究 | 阐明人类子宫内膜中uDCs的起源、分子特征及在胚胎着床前后的特定作用 | 人类子宫内膜组织中的树突状细胞（uDCs） | 单细胞组学 | 女性生殖障碍 | 单细胞RNA测序、CITE-seq | NA | 基因表达数据、表面蛋白表达数据 | 未明确 | NA | 单细胞RNA测序、CITE-seq | NA | NA |
| 290 | 2026-08-20 |
Jag1 insufficiency alters liver fibrosis via T cell and hepatocyte differentiation defects
2024-11, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-024-00145-8
PMID:39358604
|
研究论文 | 本研究使用Alagille综合征小鼠模型，结合单细胞RNA测序和多色流式细胞术，揭示Jag1单倍剂量不足通过影响T细胞和肝细胞分化导致肝纤维化的机制。 | 首次证明Jag1基因单倍剂量不足通过肝细胞和免疫细胞（尤其是调节性T细胞）的相互作用决定Alagille综合征的纤维化进程。 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未深入探讨除T细胞和肝细胞外的其他细胞类型在纤维化中的作用。 | 阐明Jag1单倍剂量不足如何通过肝细胞和T细胞分化缺陷促进Alagille综合征中的肝纤维化。 | Alagille综合征小鼠模型（Jag1缺陷小鼠）、Rag1小鼠及患者肝脏样本。 | 免疫学、肝病学、分子生物学 | Alagille综合征、肝纤维化 | 单细胞RNA测序、多色流式细胞术、过继转移、DSS诱导结肠炎、胆管结扎 | 小鼠模型（Jag1缺陷、Rag1缺陷） | 单细胞基因表达数据、流式细胞术数据、组织学数据 | 小鼠模型若干组及患者肝脏样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞RNA测序系统 |
| 291 | 2026-08-20 |
Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve
2024-10-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864
PMID:39326411
|
研究论文 | 开发了scResolve方法，用于从多细胞分辨率的空间转录组数据中恢复单细胞表达谱 | 提出了一种新方法scResolve，能够从多细胞分辨率的空间转录组数据中准确恢复单个细胞在原始位置的表达谱，这一能力是传统细胞类型解卷积方法无法实现的，并支持细胞类型特异性的差异表达分析和罕见细胞群识别 | 摘要中未提及局限性 | 开发一种从空间转录组数据中恢复单细胞表达谱的方法，以提升空间分析的精度和灵活性 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌, 肺部疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 292 | 2026-08-20 |
Generation, expansion, gene delivery, and single-cell profiling in rhesus macaque plasma B cells
2024-10-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100878
PMID:39406231
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研究论文 | 本研究开发了在恒河猴血浆B细胞中进行纯化、扩增、基因递送和单细胞分析的方法，为工程化B细胞治疗提供大型动物模型验证。 | 首次在非人灵长类恒河猴血浆B细胞中建立了完整的扩增、分化、AAV基因递送和单细胞分析流程，并发现了与人类不同的调控分子表达模式。 | 未提供具体局限性信息。 | 开发用于评估工程化B细胞在免疫健全大型动物模型中的方法。 | 恒河猴（非人灵长类）血浆B细胞。 | 单细胞测序、分子生物学 | NA | 单细胞测序、流式细胞术、AAV转导 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据 | 恒河猴B细胞；培养7天后扩增10倍（具体样本量未给出） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2026-08-20 |
Dissecting the dynamic cellular transcriptional atlas of adult teleost testis development throughout the annual reproductive cycle
2024-10-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202296
PMID:38477640
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序，构建了成年黑石斑鱼在年度生殖周期中睾丸发育的动态细胞图谱，揭示了生殖细胞和体细胞的发育轨迹及相互作用网络 | 首次在成年硬骨鱼年度生殖周期中，利用单细胞转录组测序精细解析睾丸细胞异质性，并展示了精原细胞从糖酵解到线粒体呼吸的生物能量转换 | 未提及具体局限性 | 解析硬骨鱼睾丸在年度生殖周期中的动态细胞图谱，为精子发生调控和濒危物种种质保存奠定基础 | 成年黑石斑鱼的睾丸细胞，涵盖退化期、再生期和分化期 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞转录组测序 | 不适用 | 单细胞基因表达数据 | 来自成年黑石斑鱼在退化期、再生期和分化期的睾丸细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-08-20 |
Clustering-independent estimation of cell abundances in bulk tissues using single-cell RNA-seq data
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.06.527318
PMID:36798206
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研究论文 | 提出了ConDecon，一种不依赖聚类的方法，利用单细胞RNA-seq数据推断批量组织中每个细胞的细胞状态存在可能性，从而进行表达去卷积，并在小儿室管膜瘤中发现了神经退行性小胶质细胞炎症通路与间质转化的关联。 | 提出聚类无关的ConDecon方法，无需预先定义离散细胞类型，可直接推断细胞状态的存在可能性，提高了表型分辨率和功能。 | 摘要未明确提及局限性。 | 开发并验证一种不依赖聚类的去卷积方法，以更精细地解析批量组织中的细胞组成和连续生物学过程。 | 小儿室管膜瘤组织样本，以及单细胞RNA-seq和批量组织RNA-seq数据。 | 机器学习 | 小儿室管膜瘤 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、ATAC测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确给出具体样本量 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、批量ATAC测序 | NA | NA |
| 295 | 2026-08-20 |
Hydrogel biomaterials that stiffen and soften on demand reveal that skeletal muscle stem cells harbor a mechanical memory
2024-08-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2406787121
PMID:39163337
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研究论文 | 本研究利用可动态软化和硬化的水凝胶生物材料，发现骨骼肌干细胞具有对基质硬度的机械记忆，且这种记忆可通过靶向RhoA信号通路克服 | 首次证明骨骼肌干细胞在培养初期对基质硬度形成持久机械记忆，并通过单细胞RNA测序揭示其分子特征 | 未明确说明，但可能涉及体外模型与体内环境的差异 | 探究骨骼肌干细胞是否对过去微环境具有机械记忆，并寻找克服干细胞功能障碍的方法 | 骨骼肌干细胞（MuSCs） | 生物材料学，干细胞生物学 | 肌肉萎缩症，衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提供具体样本量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 296 | 2026-08-20 |
Uncovering underlying physical principles and driving forces of cell differentiation and reprogramming from single-cell transcriptomics
2024-08-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401540121
PMID:39150785
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学数据，学习细胞状态向量场，量化非平衡驱动力，揭示细胞分化和重编程的物理原理。 | 提出从单细胞RNA速度学习细胞状态向量场，量化全局非平衡驱动力为景观和通量，发现最优路径偏离梯度路径且不经过鞍点，挑战了传统过渡态估计。 | 摘要中未提及局限性。 | 揭示细胞分化和重编程的物理原理和驱动力，提供理解细胞命运决定的框架。 | 干细胞/祖细胞、细胞分化与重编程过程、细胞间相互作用和基因调控网络。 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 向量场学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2026-08-20 |
Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis
2024-Aug, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02235-4
PMID:38528186
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研究论文 | 本文评估了大型语言模型GPT-4在单细胞RNA-seq分析中利用标记基因信息进行细胞类型注释的准确性，并开发了R软件包GPTCelltype以支持自动化注释。 | 首次系统评估GPT-4在单细胞RNA-seq细胞类型注释中的表现，并提供了用户友好的R软件包，可显著减少人工注释所需的工作量和专业知识。 | 摘要中未提及明确的局限性。 | 评估GPT-4在单细胞RNA-seq分析中的细胞类型注释能力，并开发自动化注释工具。 | 数百种组织和细胞类型的单细胞RNA-seq数据。 | 自然语言处理，计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | GPT-4（大型语言模型） | 单细胞基因表达数据（文本格式的标记基因信息） | 数百种组织和细胞类型（具体数量未说明）。 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA |
| 298 | 2026-08-20 |
Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis
2024-08-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011
PMID:38768394
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析接受免疫检查点治疗的患者心脏和骨骼肌活检样本，揭示了与免疫相关心肌炎和肌炎不良临床结局相关的分子通路和细胞亚群 | 首次在活体患者中通过单细胞RNA测序对免疫相关心肌炎和肌炎组织进行全面分析，识别出FcγRIIIa（CD16a）表达的髓系细胞亚群和炎症性IL1B+TNF+髓系细胞与不良预后相关联 | 样本量较小，特别是仅有一例单独心肌炎病例，且研究未进行功能验证实验 | 阐明免疫检查点治疗诱导的心肌炎和肌炎的分子通路和免疫细胞亚群，寻找改善治疗和预后的新靶点 | 免疫检查点治疗并发心肌炎和/或肌炎的癌症患者，以及接受免疫检查点治疗但无毒性反应的患者作为对照 | 数字病理学 | 免疫相关心肌炎和肌炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11例患者（10例重叠心肌炎和肌炎，1例单独心肌炎）及9例对照，共58,523个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 299 | 2026-08-20 |
bHLH transcription factors cooperate with chromatin remodelers to regulate cell fate decisions during Arabidopsis stomatal development
2024-08, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002770
PMID:39150946
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研究论文 | 该论文研究了拟南芥气孔发育过程中bHLH转录因子与染色质重塑因子协同调控细胞命运决定的机制 | 通过整合scRNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq和邻近标记技术，揭示了bHLH转录因子通过招募SWI/SNF复合物和组蛋白乙酰转移酶HAC1来克服染色质抑制状态、激活靶基因的新机制 | 未明确阐述研究局限性 | 理解表观基因组、顺式调控元件和转录因子如何共同控制拟南芥气孔发育中的细胞命运决定 | 拟南芥叶片表皮中的气孔发育过程，特别是meristemoid细胞的命运转变 | 机器学习和基因组学 | NA | scRNA-seq、ChIP-seq、MNase-seq、邻近标记 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、蛋白质互作数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、MNase测序 | NA | NA |
| 300 | 2026-08-20 |
Spatial Dissection of the Immune Landscape of Solid Tumors to Advance Precision Medicine
2024-07-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0699
PMID:38657223
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综述 | 本文综述了空间多组学技术在实体瘤免疫微环境研究中的应用，以推进精准医学发展 | 强调空间转录组学和蛋白质组学技术在保留肿瘤微环境地理信息的同时进行高吞吐量RNA和蛋白质分析，以深入表征肿瘤免疫景观 | 未明确指出，但综述可能受限于当前空间多组学技术的高成本和复杂性 | 通过空间多组学剖析实体瘤免疫景观，以改善预后预测和治疗反应，指导个性化治疗 | 实体恶性肿瘤中的免疫细胞、肿瘤细胞及基质细胞 | 数字病理学 | 实体瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | 空间组学数据（RNA和蛋白质表达数据） | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |