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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2026-06-01 |
Loss of cell junctional components and matrix alterations drive cell desquamation and fibrotic changes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.17.599411
PMID:38948715
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和空间蛋白质组学分析,揭示了特发性肺纤维化中细胞连接成分丢失和基质改变导致上皮脱屑和纤维化变化 | 首次鉴定了IPF中远端细支气管上皮脱屑现象,并揭示了细胞连接丢失与基质失调之间的相互作用机制 | NA | 探究特发性肺纤维化中上皮脱屑的分子机制 | IPF患者和健康对照的远端细支气管上皮细胞和基底膜 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据 | IPF患者和健康对照的肺组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 282 | 2026-06-01 |
Progress of single-cell RNA sequencing combined with spatial transcriptomics in tumour microenvironment and treatment of pancreatic cancer
2024-06-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05307-3
PMID:38867230
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序结合空间转录组学在胰腺癌肿瘤微环境和治疗中的研究进展 | 系统阐述了scRNA-seq与ST联合分析在揭示肿瘤异质性和细胞间相互作用中的互补优势,特别是在胰腺癌治疗中的新见解 | 单细胞RNA测序无法获取细胞的空间位置信息,需依赖空间转录组学进行补充 | 总结单细胞RNA测序与空间转录组学在胰腺癌肿瘤微环境和治疗中的应用进展 | 胰腺癌的肿瘤微环境及治疗相关研究 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 283 | 2026-06-01 |
Lysine acetyltransferase 14 mediates TGF-β-induced fibrosis in ovarian endometrioma via co-operation with serum response factor
2024-06-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05243-2
PMID:38867256
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研究论文 | 研究揭示了赖氨酸乙酰转移酶14通过与血清响应因子协同作用,介导TGF-β诱导的卵巢子宫内膜瘤纤维化 | 首次发现KAT14通过与SRF相互作用,增强组蛋白H4乙酰化,促进α-SMA表达,从而驱动TGF-β诱导的纤维化进程,并验证了KAT14/SRF复合物在子宫内膜瘤纤维化中的关键作用 | 未提及具体局限性 | 阐明KAT14在TGF-β诱导的卵巢子宫内膜瘤纤维化中的分子机制 | 卵巢子宫内膜瘤患者的异位病灶、永生化人子宫内膜间质细胞、原代异位子宫内膜间质细胞、小鼠子宫内膜异位症模型 | 数字病理学 | 卵巢子宫内膜瘤 | 基因过表达、敲除、敲低、腺相关病毒介导的基因沉默、单细胞转录组测序 | NA | 图像 | 子宫内膜瘤患者和健康对照者的子宫内膜活检样本、已发表的子宫内膜异位症单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 284 | 2026-06-01 |
Macrophage and fibroblast trajectory inference and crosstalk analysis during myocardial infarction using integrated single-cell transcriptomic datasets
2024-06-12, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05353-x
PMID:38867219
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research paper | 通过整合单细胞转录组数据集,分析心肌梗死后巨噬细胞和成纤维细胞的轨迹及其相互作用 | 首次利用多个单细胞RNA测序数据集的综合分析,揭示了心肌梗死后ECM生成成纤维细胞亚群(修复性心脏成纤维细胞和基质成纤维细胞)的动态变化和转录特征,并发现了SPP1hi巨噬细胞与成纤维细胞在胶原沉积和瘢痕形成中的特定相互作用 | 仅基于公开数据集进行二次分析,缺乏大样本前瞻性验证;动物模型和体外实验的验证范围有限,可能无法完全反映人类疾病复杂性 | 阐明心肌梗死后巨噬细胞和成纤维细胞亚群的异质性、分化轨迹及细胞间相互作用 | 心肌梗死后的心脏组织样本(人类和小鼠)中的巨噬细胞和成纤维细胞 | machine learning | cardiovascular disease | single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, scVelo, PAGA, Slingshot, CellphoneDB, NicheNet, immunofluorescence staining | NA | gene expression data | 12个不同研究的单细胞和单核RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq | NA | NA |
| 285 | 2026-06-01 |
Unveiling novel cell clusters and biomarkers in glioblastoma and its peritumoral microenvironment at the single-cell perspective
2024-06-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05313-5
PMID:38851695
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研究论文 | 从单细胞视角揭示胶质母细胞瘤及其瘤周微环境中的新型细胞群和生物标志物 | 首次在单细胞水平上描绘了胶质母细胞瘤不同区域(肿瘤与瘤周)的细胞景观,发现了具有线粒体基因高表达的增殖性少突胶质细胞群以及两种不同表型的髓系细胞群,并识别出XIST、KCNH7、SYT1和DIAPH3作为潜在恶性细胞增殖相关因子 | 研究样本量较小,仅来自4名患者,可能无法完全代表胶质母细胞瘤的异质性;此外,研究结果尚需在更大样本和临床环境中验证 | 从单细胞视角揭示胶质母细胞瘤及其瘤周微环境的细胞组成和异质性,为精准治疗提供理论基础 | 4名胶质母细胞瘤患者的8个组织样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 10x单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4名患者的8个组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞转录组测序 |
| 286 | 2026-06-01 |
Decoding the universal human chromatin landscape through teratoma-based profiling
2024-04-24, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae021
PMID:38281248
|
研究论文 | 本研究通过畸胎瘤分析,整合人类胚胎干细胞来源畸胎瘤的表观基因组和转录组,构建表观遗传特征矩阵,并利用单细胞多组学图谱揭示组织异质性 | 首次构建基于畸胎瘤的全人类染色质图谱,整合单细胞多组学(RNA-Seq和ATAC-Seq)与组织学数字染色工具,实现细胞类型注释和表观遗传景观量化 | 未提及,可能涉及畸胎瘤模型的生理相关性或样本规模限制 | 解析人类畸胎瘤的表观基因组和转录组景观,建立通用性染色质状态模型 | 人类胚胎干细胞来源的畸胎瘤组织及其细胞类型 | 数字病理学, 单细胞组学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq, scATAC-seq, 组织学数字染色 | CNN, 特征矩阵模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 组织学图像 | 基于畸胎瘤样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞多组学平台用于scRNA-Seq和scATAC-Seq分析 |
| 287 | 2026-06-01 |
q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics
2024-04-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06104-w
PMID:38565955
|
研究论文 | 提出q-diffusion框架,利用单细胞转录组中基因共表达的完整维度,提升数据分析效果 | 首次提出能捕获整个基因库共表达结构的q-diffusion框架,在统计显著性、分类精度和聚类效果上超越现有方法 | 未明确说明局限 | 开发一种能充分利用单细胞RNA测序数据全维度信息的方法,以增强细胞生物学理解 | 转移性结直肠癌患者、外周血单个核细胞(PBMC)、人类皮层组织 | 机器学习 | 转移性结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | q-diffusion | 基因表达数据 | CALGB/SWOG 80405临床试验样本、体外PBMC数据集、Tabula Sapiens人类图谱、空间scRNAseq人皮层组织数据 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 288 | 2026-05-31 |
Atlas of Metastatic Gastric Cancer Links Ferroptosis to Disease Progression and Immunotherapy Response
2024-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.038
PMID:39097198
|
研究论文 | 对转移性胃癌进行单细胞转录组和免疫图谱分析,揭示铁死亡在疾病进展和免疫治疗反应中的作用 | 首次构建大规模转移性胃癌的单细胞图谱,揭示铁死亡逃逸机制及其与免疫治疗联合的潜在治疗策略 | 主要基于治疗初治患者,可能无法完全反映治疗后的动态变化 | 通过单细胞和免疫图谱揭示转移性胃癌的肿瘤和免疫生物学特征,探索铁死亡在疾病进展中的作用及联合治疗策略 | 68对配对的治疗初治原发性转移性胃癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序, 免疫分析 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫数据 | 68对配对的治疗初治原发性转移性胃癌肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 289 | 2026-05-31 |
Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets
2024-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025
PMID:39084267
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示贮袋克罗恩样病的独特发病机制和治疗靶点 | 首次利用单细胞RNA测序和质谱流式技术对贮袋克罗恩样病患者黏膜细胞进行全面分析,发现其内质网应激升高可能是新型诊断标志物和治疗靶点 | 研究样本量有限(50例),且主要基于横断面分析,缺乏纵向动态观察 | 探究溃疡性结肠炎患者术后贮袋克罗恩样病的病理生理机制 | 贮袋克罗恩样病患者、正常贮袋患者、贮袋炎患者及家族性腺瘤性息肉病患者的黏膜细胞 | 单细胞分析 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序、质谱流式技术、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、质谱流式数据 | 50例患者(包括正常和CDP组):其中部分样本进行单细胞RNA测序,部分进行质谱流式分析 | 10x Genomics, Fluidigm | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | 10x Chromium, CyTOF | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒用于单细胞RNA测序;质谱流式技术使用CyTOF平台 |
| 290 | 2026-05-31 |
Identification of Key Genes in Fetal Gut Development at Single-Cell Level by Exploiting Machine Learning Techniques
2024-12, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400104
PMID:39324223
|
研究论文 | 利用机器学习技术对单细胞测序数据进行分析,识别胎儿肠道发育过程中的关键基因 | 采用了增量特征选择方法结合四种特征排序算法,从大规模单细胞数据中提取关键基因和分类规则,构建高效分类器 | 未提及明确的局限性 | 通过机器学习技术增强对胎儿肠道发育的理解 | 胎儿肠道发育过程中的细胞,包括结肠、十二指肠和回肠的上皮、免疫、间充质和血管细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 62,849个样本,每个样本有33,694个基因特征 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 291 | 2026-05-31 |
Cancer-Associated Endocrine Cells Participate in Pancreatic Carcinogenesis
2024-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.016
PMID:39048054
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研究论文 | 通过单细胞转录组、空间转录组和多重免疫组化技术,揭示胰腺导管腺癌中内分泌细胞的改变及其与癌细胞的相互作用机制 | 首次系统描绘胰腺内分泌细胞在PDAC中的改变,定义并表征癌症相关内分泌细胞,揭示内分泌-外分泌相互作用的旁分泌机制 | 尚未明确胰腺多肽阳性细胞在临床样本中的预后价值及具体分子机制细节 | 探究胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌发生发展中的作用及其与外分泌部分的相互作用机制 | 胰腺内分泌细胞(包括α细胞、β细胞、胰腺多肽阳性细胞等)与胰腺导管腺癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组测序、多重免疫组化、原位移植小鼠模型、基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、组织切片图像 | 未提及具体样本数量,涉及原位移植小鼠、KrasLSL-G12DPdx1-Cre小鼠、KrasLSL-G12Dp53LoxPPdx1-CreER小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组测序 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3'和10x Visium空间转录组平台 |
| 292 | 2026-05-31 |
Ependymal cells undergo astrocyte-like reactivity in response to neuroinflammation
2024-10, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.16120
PMID:38702968
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研究论文 | 通过单细胞转录组学比较反应性室管膜细胞和反应性星形胶质细胞的转录组,发现神经炎症中室管膜细胞呈现星形胶质细胞样反应性,并鉴定保守的胶质反应性特征 | 首次直接比较反应性室管膜细胞与反应性星形胶质细胞的转录组,揭示了保守的胶质反应性基因特征,并证明该特征在多种神经炎症背景下存在 | 未来工作需要探索驱动室管膜反应性的机制及下游功能后果 | 研究神经炎症中室管膜细胞的反应性转录特征及其与星形胶质细胞反应性的相似性 | 室管膜细胞和星形胶质细胞 | 机器学习 | 神经炎症 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 293 | 2026-05-31 |
The temporal protein signature analyses of developing human deciduous molar tooth germ
2024-10, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202300396
PMID:38522031
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学分析揭示了人类发育中的乳磨牙牙胚的时相性蛋白特征 | 首次利用蛋白质组学和单细胞RNA测序技术,系统分析了人类胚胎期乳磨牙从帽状期到钟状早期的时间依赖性蛋白质变化,并筛选出24个潜在的牙发育驱动蛋白 | 未提及具体局限性 | 探究人类乳磨牙牙胚发育过程中的时间依赖性蛋白质组变化,为牙齿发育和矿化组织畸形的机制研究提供资源 | 健康人类乳磨牙的牙胚组织 | 蛋白质组学 | NA | 蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | NA | 蛋白质组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 人类胚胎期乳磨牙样本,涵盖帽状期到钟状早期 | NA | 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 294 | 2026-05-31 |
Biomarker discovery in hepatocellular carcinoma (HCC) for personalized treatment and enhanced prognosis
2024-10, Cytokine & growth factor reviews
IF:9.3Q1
DOI:10.1016/j.cytogfr.2024.08.006
PMID:39191624
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综述 | 本文综述肝细胞癌生物标志物发现及其在个性化治疗和预后改善中的作用 | 系统整合了蛋白质组学技术、免疫标志物及新兴单细胞测序和机器学习在肝细胞癌生物标志物发现中的应用前景 | 生物标志物验证、标准化、临床整合及成本障碍仍存在挑战 | 探讨肝细胞癌生物标志物在早期检测、精确诊断和个性化治疗中的潜力 | 肝细胞癌患者及相关生物标志物(如甲胎蛋白、磷脂酰肌醇蛋白聚糖3、脱-γ-羧基凝血酶原、PD-L1、肿瘤浸润淋巴细胞等) | 机器学习 | 肝癌 | NGS, 质谱分析, 液体活检 | NA | NA | NA | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 295 | 2026-05-31 |
Single-cell proteomics by mass spectrometry: Advances and implications in cancer research
2024-06, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202300210
PMID:38727198
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研究论文 | 本文综述了单细胞蛋白质组学在癌症研究中的应用,并揭示了该技术的最新发展进展 | 本文重点介绍了单细胞蛋白质组学在癌症研究中的新兴应用,并分析了该领域的研究空白和未来方向 | 本文未明确指出局限性,但可能受限于单细胞蛋白质组学技术的当前发展水平和数据复杂性 | 总结单细胞蛋白质组学在癌症研究中的应用,并推动该技术在癌症研究中的进一步发展 | 单细胞蛋白质组学技术及癌症研究领域 | 机器学习 | 癌症 | 质谱法 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2026-05-31 |
Advancing skeletal health and disease research with single-cell RNA sequencing
2024-05-30, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00538-3
PMID:38816888
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综述 | 全面介绍了单细胞RNA测序技术在骨骼健康与疾病研究中的应用,包括细胞获取方法、技术概述和生物信息学分析流程 | 提出了一种从骨骼组织中获取高质量单细胞的简化方法,并系统总结了scRNA-seq在脊柱、关节、骨、肌肉和肌腱疾病中的最新研究进展 | 高度矿化的骨骼组织在单细胞水平上研究机制仍面临技术挑战 | 推动对骨骼疾病细胞和分子水平病理过程的理解,发现新的治疗靶点 | 骨骼组织中的细胞,包括脊柱、关节、骨、肌肉和肌腱相关细胞 | 单细胞转录组学 | 退行性椎间盘疾病, 骨关节炎, 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 297 | 2026-05-31 |
Interferon-α stimulates DExH-box helicase 58 to prevent hepatocyte ferroptosis
2024-04-15, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00524-9
PMID:38622688
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研究论文 | 本研究揭示干扰素-α通过刺激DExH盒螺旋酶58防止肝细胞铁死亡,为肝缺血再灌注损伤提供潜在治疗策略 | 首次发现DHX58作为RNA结合蛋白,通过招募m6A读取器YTHDC2促进GPX4 mRNA翻译,以m6A依赖方式抑制铁死亡,并揭示IFN-α在其中的调控作用 | 未提及具体局限性 | 探究DEAD/DExH盒螺旋酶家族成员在肝缺血再灌注损伤中调控肝细胞铁死亡的机制 | 肝细胞特异性Dhx58敲除小鼠和肝脏I/R损伤模型 | 数字病理学 | 其他疾病(肝缺血再灌注损伤) | 转录组分析、单细胞RNA测序、RNA免疫沉淀测序、免疫沉淀质谱 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 肝细胞特异性Dhx58敲除小鼠;肝脏I/R损伤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 298 | 2026-05-31 |
The implications of single-cell RNA-seq analysis in prostate cancer: unraveling tumor heterogeneity, therapeutic implications and pathways towards personalized therapy
2024-04-11, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00526-7
PMID:38605399
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示前列腺癌肿瘤异质性、治疗意义及个性化治疗路径中的应用 | 系统总结了单细胞RNA测序与其他单细胞技术在前列腺癌研究中的综合应用,特别是小鼠与人类前列腺癌差异及多组学整合分析 | 单细胞技术在前列腺癌中的应用仍有限,现有研究多集中于特定亚型,未来需扩大样本和数据类型 | 探讨单细胞RNA测序在前列腺癌基础与临床研究中的意义,并为个性化医疗提供新见解 | 前列腺癌肿瘤细胞及微环境 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 299 | 2026-05-31 |
FOXO1 reshapes neutrophils to aggravate acute brain damage and promote late depression after traumatic brain injury
2024-03-31, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00523-w
PMID:38556884
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研究论文 | 通过单细胞转录组学、代谢组学和蛋白质组学分析,发现FOXO1高表达的中性粒细胞在创伤性脑损伤急性和慢性阶段的作用 | 首次揭示了FOXO1高表达中性粒细胞作为一种新型中性粒细胞表型,在创伤性脑损伤急性和慢性阶段通过不同机制促进脑损伤和晚期抑郁 | 未提及明显局限性,但可能需进一步验证机制在人体的普适性 | 探究中性粒细胞在创伤性脑损伤后的异质性、多功能性和时间依赖性调控,以及FOXO1在其中介导的脑损伤和行为结局 | 创伤性脑损伤患者和小鼠模型的中性粒细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、代谢组学、蛋白质组学、染色质免疫沉淀、双荧光素酶报告基因 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、代谢组数据、蛋白质组数据 | 创伤性脑损伤患者和FOXO1条件性基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 300 | 2026-05-31 |
A single-cell atlas of the murine pancreatic ductal tree identifies novel cell populations with potential implications in pancreas regeneration and exocrine pathogenesis
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582044
PMID:38463969
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序构建小鼠胰腺导管树图谱,发现新的导管细胞群体及其在胰腺再生和外分泌病理中的潜在作用 | 首次在单细胞分辨率下全面描绘从小叶中心细胞到主导管的整个小鼠胰腺导管上皮图谱,鉴定出15个导管细胞群体及其器官形成和内分泌分化能力 | 未提供具体限制信息 | 探究胰腺导管细胞在单细胞水平上的异质性及其在胰腺再生和外分泌发病机制中的作用 | 小鼠胰腺导管上皮细胞 | 数字病理学 | 胰腺疾病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 健康小鼠胰腺样本、慢性胰腺炎和胰腺肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |