单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-12-18	Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes 2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183984 PMID:39436695	研究论文	研究探讨了1型糖尿病年轻患者肾脏氧化代谢的变化及其与糖尿病肾病发展的关系	首次通过多模态技术（包括PET、MRI、单细胞RNA测序和空间代谢组学）全面评估1型糖尿病患者肾脏氧化代谢的变化，并使用Slingshot算法分析了近端小管细胞的伪时间轨迹	样本量较小，且仅限于年轻成人群体，研究结果的普适性可能有限	探讨1型糖尿病患者肾脏氧化代谢的变化及其与糖尿病肾病发展的关系	1型糖尿病年轻患者和健康对照组的肾脏氧化代谢	NA	糖尿病	PET、MRI、单细胞RNA测序、空间代谢组学	Slingshot算法	图像、基因表达数据、代谢物数据	30名1型糖尿病患者和20名健康对照者
282	2024-12-18	iMIRACLE: an Iterative Multi-View Graph Neural Network to Model Intercellular Gene Regulation from Spatial Transcriptomic Data 2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management DOI:10.1145/3627673.3679574 PMID:39679382	研究论文	本文提出了一种名为iMiracle的迭代多视图图神经网络，用于从空间转录组数据中建模细胞间的基因调控	iMiracle整合了细胞间和细胞内网络，采用迭代学习克服空间转录组数据的稀疏性，并推断细胞特异性的配体-基因调控评分	NA	填补从空间转录组数据中连接细胞间通信与基因调控的空白，提供细胞间调控的生物学见解	细胞间的基因调控	机器学习	NA	图神经网络	图神经网络	空间转录组数据	九个模拟数据集和八个真实数据集
283	2024-12-18	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.525731 PMID:39345572	研究论文	本研究探讨了在过敏性气道炎症中，细胞因子如何重新编程气道感觉神经元，并揭示了相关的分子机制	首次揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在过敏性气道炎症中驱动感觉神经元重新编程的作用，并发现了NPY1R在限制感觉神经元活性中的补偿机制	研究主要基于小鼠模型，未来需要进一步验证这些发现是否适用于人类	研究过敏性气道炎症中气道感觉神经元的分子特征及其重新编程的信号机制	气道感觉神经元及其在过敏性气道炎症中的重新编程	NA	哮喘	逆行示踪和谱系报告技术，单细胞RNA测序	NA	RNA	使用卵清蛋白小鼠模型进行研究，具体样本数量未明确提及
284	2024-12-18	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了线粒体钙信号在调控内皮细胞向间充质细胞转化中的作用	首次发现线粒体钙摄取是内皮细胞向间充质细胞转化的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运体（MCU）在体内外的调控作用	研究主要基于体外模型和动物模型，尚未在人体内进行广泛验证	探讨内皮细胞向间充质细胞转化的机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞、间充质细胞、线粒体钙信号	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个体外内皮细胞向间充质细胞转化模型，胚胎心脏发育和外周动脉疾病模型，以及来自患有严重肢体缺血患者的组织样本
285	2024-12-18	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析构建了人类大脑血管在发育、成年和疾病阶段的分子图谱	首次构建了涵盖胎儿、成年和疾病阶段的人类大脑血管的单细胞分子图谱，揭示了健康和疾病状态下血管的分子异质性	研究主要集中在分子层面，未涉及功能性实验验证	揭示人类大脑血管在不同发育阶段和疾病状态下的细胞和分子结构	人类大脑血管的内皮细胞、周细胞和其他组织来源的细胞	数字病理学	脑部疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	606,380个新鲜分离的内皮细胞、周细胞和其他组织来源的细胞，来自68个胎儿和成年患者，共117个样本
286	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jul-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4607352/v1 PMID:39011095	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中β细胞功能的性别差异及其在2型糖尿病发病机制中的作用	首次结合单细胞RNA测序和单核转座酶可及染色质测序技术，揭示了2型糖尿病患者中β细胞功能的性别差异及其与线粒体功能障碍的关系	研究样本量较小，且仅限于人类胰腺胰岛，可能无法完全代表所有性别差异的影响	探讨2型糖尿病中胰岛素分泌的性别差异机制	人类胰腺胰岛中的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	52名捐赠者（包括2型糖尿病患者和非糖尿病患者）
287	2024-12-18	spatialGE: A user-friendly web application to democratize spatial transcriptomics analysis 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601050 PMID:39005315	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的网络应用程序，旨在简化空间转录组数据的分析过程	spatialGE提供了一个用户友好的界面，使没有编程经验的用户也能进行复杂的空间转录组数据分析	NA	开发一个简化空间转录组数据分析的工具，以促进其在科学界的广泛应用	空间转录组数据，特别是黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌的肿瘤微环境	生物信息学	癌症	空间转录组技术	NA	转录组数据	黑色素瘤脑转移和默克尔细胞癌的样本
288	2024-12-18	Subpopulations of fibroblasts derived from human iPS cells 2024-06-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06419-8 PMID:38890483	研究论文	本文研究了从人诱导多能干细胞（iPSCs）分化而来的成纤维细胞亚群，并分析了它们在不同器官中的特性	首次通过单细胞RNA测序技术分析了从iPSCs分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的亚群，揭示了基于发育的成纤维细胞异质性	研究仅限于心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞，未涵盖所有器官的成纤维细胞	探讨成纤维细胞在不同器官中的异质性，为控制纤维化提供治疗策略	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从人诱导多能干细胞分化而来的心脏、肝脏和皮肤成纤维细胞的多个样本
289	2024-12-18	Integrative analysis of single-cell RNA-seq and gut microbiome metabarcoding data elucidates macrophage dysfunction in mice with DSS-induced ulcerative colitis 2024-06-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06409-w PMID:38879692	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和肠道微生物群的宏条形码数据，揭示了DSS诱导的小鼠溃疡性结肠炎中巨噬细胞功能障碍	本研究首次整合单细胞RNA测序和16s rRNA扩增子测序数据，揭示了巨噬细胞在慢性溃疡性结肠炎中的异质性和炎症反应的分子机制	本研究仅在DSS诱导的小鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨免疫和代谢变化在溃疡性结肠炎中的具体作用机制	DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型中的结肠细胞和微生物群	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序，16s rRNA扩增子测序	NA	RNA序列，微生物群数据	多个时间点的DSS诱导溃疡性结肠炎小鼠结肠样本
290	2024-12-18	Single cell regulatory architecture of human pancreatic islets suggests sex differences in β cell function and the pathogenesis of type 2 diabetes 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.11.589096 PMID:38645001	研究论文	研究探讨了人类胰腺胰岛中单细胞调控结构中的性别差异，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	首次通过单细胞RNA测序和单核ATAC测序等技术，揭示了性别在β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的差异，特别是性染色体和常染色体基因表达的差异	研究样本量相对较小，且仅限于特定种族和性别的捐赠者，可能限制了结果的普适性	探讨性别差异在人类胰腺胰岛调控和功能中的作用，特别是β细胞功能和2型糖尿病发病机制中的性别差异	人类胰腺胰岛中的β细胞功能和2型糖尿病发病机制	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据	52名捐赠者（包括37名来自人类胰腺分析计划[HPAP]数据集的捐赠者）
291	2024-12-18	Single cell RNA analysis uncovers the cell differentiation and functionalization for air breathing of frog lung 2024-05-30, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06369-1 PMID:38816547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了陆生蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了蛙肺发育过程中13种细胞类型的分化轨迹和功能化机制，并整合了其他两栖动物和陆生哺乳动物的数据，揭示了四足动物肺进化的保守性和差异性	研究仅限于一种陆生蛙，可能无法完全代表所有两栖动物的肺发育过程	揭示蛙肺发育过程中细胞分化和功能化的机制，并探讨四足动物肺进化的细胞类型演变	陆生蛙（Microhyla fissipes）的肺发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	一种陆生蛙的肺组织样本
292	2024-12-18	SpatialPrompt: spatially aware scalable and accurate tool for spot deconvolution and domain identification in spatial transcriptomics 2024-05-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06349-5 PMID:38796505	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialPrompt的空间感知可扩展工具，用于空间转录组学中的点反卷积和域识别	SpatialPrompt整合了基因表达、空间位置和单细胞RNA测序数据作为参考，使用非负岭回归和图神经网络高效捕捉局部微环境信息	NA	开发一种高效且准确的空间转录组学点反卷积和域识别工具	空间转录组学中的点反卷积和域识别	空间转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络	基因表达数据	在50,000个点的鼠海马数据集上进行测试
293	2024-12-18	Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain 2024-05-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06315-1 PMID:38773256	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了Mchenga conophorus慈鲷鱼端脑的空间转录图谱，并将其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物的端脑进行比较	揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞类型之间的显著转录相似性，并支持了硬骨鱼端脑部分外翻的假设	NA	研究脊椎动物前脑的组织和进化	Mchenga conophorus慈鲷鱼的端脑及其与两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物端脑的比较	数字病理学	NA	空间转录组学和单核RNA测序	NA	转录组数据	Mchenga conophorus慈鲷鱼及其他脊椎动物的端脑样本
294	2024-12-18	Midkine promotes renal fibrosis by stabilizing C/EBPβ to facilitate endothelial-mesenchymal transition 2024-05-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06154-0 PMID:38714800	研究论文	研究探讨了Midkine通过稳定C/EBPβ促进内皮细胞向间充质细胞转化的机制，从而促进肾纤维化	首次揭示了Midkine在TGF-β诱导的内皮细胞向间充质细胞转化过程中的作用，并阐明了其通过稳定C/EBPβ促进这一过程的分子机制	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏对临床样本的直接验证	探讨Midkine在肾纤维化中的作用及其分子机制	内皮细胞、间充质细胞、肾纤维化	NA	肾病	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
295	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2024-04-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06182-w PMID:38658617	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了未经治疗的犬原发性骨肉瘤的细胞和分子异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成，并发现了41种转录组学上不同的细胞类型，包括滤泡辅助T细胞、成熟的调节性树突状细胞和8种肿瘤相关巨噬细胞群体	研究仅限于6只未经治疗的犬，样本量较小，可能无法完全代表所有犬骨肉瘤的情况	揭示犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子异质性，为转化免疫肿瘤学研究提供基础	6只未经治疗的犬原发性骨肉瘤	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	35,310个细胞
296	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatial T-cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585657 PMID:38562799	研究论文	研究揭示了化疗诱导的高级别浆液性卵巢癌中，髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次发现化疗通过髓系网络中的巨噬细胞延长抗原呈递，导致CD8+ T细胞的空间性重分布和耗竭，并提出了通过免疫检查点阻断与化疗结合来增强CD8+ T细胞活性的新策略	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，且样本量相对较小，可能限制了结果的普适性	揭示化疗对肿瘤微环境的时空重塑效应，并探索新的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本及其化疗前后的免疫细胞状态	NA	卵巢癌	单细胞和空间分析	NA	单细胞和空间转录组数据	97个高级别浆液性卵巢癌样本
297	2024-12-18	A novel PCDscore based on programmed cell death-related genes can effectively predict prognosis and therapy responses of colon adenocarcinoma 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107933 PMID:38217978	研究论文	本研究基于程序性细胞死亡相关基因，开发了一种新的PCDscore评分系统，用于预测结肠腺癌的预后和治疗反应	首次综合分析了所有已知的程序性细胞死亡相关基因，建立了PCDscore评分系统，并验证了其在结肠腺癌预后和治疗反应预测中的有效性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证	开发一种新的评分系统，用于预测结肠腺癌患者的预后和治疗反应	结肠腺癌患者的预后和治疗反应	数字病理学	结肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了TCGA-COAD、GSE17538和GSE39582队列的数据，包括2013-2017年和2018-2019年的结直肠癌样本
298	2024-12-18	The multifaceted roles of COL4A4 in lung adenocarcinoma: An integrated bioinformatics and experimental study 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107896 PMID:38217972	研究论文	本研究综合生物信息学和实验方法，探讨了COL4A4在肺腺癌中的多方面作用	首次报道了COL4A4在肺腺癌中的重要性，并揭示了其在肿瘤微环境重塑、免疫调节和药物抗性中的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨COL4A4在肺腺癌中的作用及其潜在机制	COL4A4在肺腺癌中的表达及其与临床参数、肿瘤微环境、药物抗性和免疫治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自公共数据库的COL4A4表达数据、单细胞测序数据和临床数据
299	2024-12-18	Identification of the key DNA damage response genes for predicting immunotherapy and chemotherapy efficacy in lung adenocarcinoma based on bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108078 PMID:38340438	研究论文	本文通过bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出EGLN3作为预测肺腺癌免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	首次通过多组学数据分析识别出EGLN3作为肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因，并验证了其在不同数据集中的预测能力	研究主要基于公共数据库和现有数据集，缺乏体内实验验证	识别并验证肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	肺腺癌患者的肿瘤组织和相关基因表达	数字病理学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，包括bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据
300	2024-12-18	Identifying potential ligand-receptor interactions based on gradient boosted neural network and interpretable boosting machine for intercellular communication analysis 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108110 PMID:38367445	研究论文	本文介绍了一种名为CellGiQ的高置信度配体-受体相互作用预测框架，用于细胞间通信分析	本研究的创新点在于基于机器学习方法识别高置信度的配体-受体相互作用，并设计了多种验证方法	由于缺乏“金标准”数据集，评估配体-受体相互作用介导的细胞间通信结果仍然是一个挑战	开发一种高置信度的配体-受体相互作用预测框架，以改进细胞间通信分析	配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	梯度提升神经网络和可解释提升机	RNA	涉及人类HNSCC组织的多个数据集