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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2881 | 2025-10-07 |
Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics
2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.29.587285
PMID:38617262
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研究论文 | 介绍Seq-Scope协议,将Illumina测序流动池重新用于高分辨率空间转录组学分析 | 开发了将Illumina测序平台重新用于高分辨率、高通量空间转录组分析的新方法 | 需要Illumina NovaSeq 6000等专业设备,方法复杂度较高 | 建立高分辨率空间转录组学分析协议 | 多种生物组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 无分割分析方法 | 图像, 转录组数据 | NA | Illumina | 空间转录组学 | Illumina NovaSeq 6000 | Illumina测序流动池,支持7 mm × 7 mm或更大区域的多组织切片分析 |
| 2882 | 2025-10-07 |
Multi-omics analyses reveal bacteria and catalase associated with keloid disease
2024-Jan, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104904
PMID:38061241
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研究论文 | 通过多组学分析揭示细菌和过氧化氢酶与瘢痕疙瘩疾病的关联 | 首次综合运用微生物组、宏蛋白质组、代谢组、单细胞转录组和CDX小鼠模型研究细菌在瘢痕疙瘩中的作用机制 | 研究样本量有限,未明确说明具体样本数量 | 探索细菌在瘢痕疙瘩疾病发生发展中的作用机制 | 瘢痕疙瘩组织、健康皮肤组织、瘢痕疙瘩成纤维细胞、BALB/c雌性裸鼠 | 多组学分析 | 瘢痕疙瘩 | 16S rRNA测序, 宏蛋白质组学, 代谢组学, 单细胞RNA测序, 细胞源性异种移植模型 | CDX小鼠模型 | 微生物组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2883 | 2025-10-07 |
A longitudinal molecular and cellular lung atlas of lethal SARS-CoV-2 infection in K18-hACE2 transgenic mice
2024-Jan, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104932
PMID:38118400
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建K18-hACE2转基因小鼠在SARS-CoV-2致死感染过程中的肺部分子和细胞图谱 | 首次在K18-hACE2转基因小鼠模型中利用单细胞RNA测序技术系统揭示SARS-CoV-2感染过程中肺部细胞动态变化和分子机制 | 研究基于转基因小鼠模型,与人类疾病存在物种差异 | 探究SARS-CoV-2在肺部组织中的致病机制和细胞响应 | K18-hACE2转基因小鼠的肺组织 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | K18-hACE2转基因小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2884 | 2025-10-07 |
ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost
2024-Dec, Microbiological research
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.micres.2024.127912
PMID:39326350
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了β-葡聚糖训练通过激活Th17细胞缓解鲆鱼肠道炎症的机制 | 首次在硬骨鱼中发现训练免疫通过调节肠道Th17细胞功能对抗细菌感染的机制 | 研究仅限于鲆鱼模型,尚未在其他物种验证 | 探究硬骨鱼肠道免疫细胞在细菌感染中维持肠道稳态的细胞机制 | 鲆鱼(Scophthalmus maximus)肠道免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 肠道炎症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2885 | 2025-10-07 |
Reciprocal regulation of SIRT1 and AMPK by Ginsenoside compound K impedes the conversion from plasma cells to mitigate for podocyte injury in MRL/lpr mice in a B cell-specific manner
2024-Mar, Journal of ginseng research
IF:6.8Q1
DOI:10.1016/j.jgr.2023.11.006
PMID:38465215
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研究论文 | 本研究揭示人参皂苷化合物K通过SIRT1和AMPK的相互调节机制,以B细胞特异性方式缓解狼疮肾炎小鼠的足细胞损伤 | 首次发现人参皂苷CK通过调节B细胞亚群中SIRT1和AMPK的协同作用,抑制浆细胞转化,从而减轻免疫复合物沉积 | 研究仅限于MRL/lpr小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探讨人参皂苷CK在狼疮肾炎中对B细胞亚群和足细胞保护的作用机制 | 雌性MRL/lpr狼疮易感小鼠 | 分子生物学 | 狼疮肾炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、代谢组学分析、免疫印迹、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、代谢物数据、蛋白质数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2886 | 2025-10-07 |
[Explorations about the correlation between biological changes of meninges in periodontitis mice and cognitive impairment via single-cell RNA sequencing]
2024-Jun-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析牙周炎小鼠脑膜的生物学变化,探讨其与认知障碍的潜在关联 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统分析牙周炎小鼠脑膜的细胞组成和基因表达变化,揭示脑膜免疫与屏障功能在牙周炎相关认知障碍中的作用 | 样本量有限(30只小鼠),仅使用C57BL/6小鼠品系,未涉及其他动物模型或人类样本验证 | 阐明牙周炎小鼠脑膜生物学变化与认知障碍之间的相关性 | C57BL/6小鼠(实验组15只,对照组15只) | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序,实时荧光定量PCR,免疫组织化学,基因本体富集分析,KEGG通路分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,行为学数据,分子生物学数据 | 30只C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2887 | 2025-10-07 |
Single Cell Analysis of Human Colonoids Exposed to Uranium-Bearing Dust
2024-May, Environmental health perspectives
IF:10.1Q1
DOI:10.1289/EHP13855
PMID:38771937
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类结肠类器官暴露于含铀粉尘后的分子和细胞变化 | 首次在人类结肠类器官模型中揭示含铀粉尘暴露对肠道上皮细胞谱系分化的特异性影响,特别是对分泌谱系细胞(肠内分泌细胞)的异常分化 | 仅使用三个生物学上不同的供体样本,样本量有限;仅研究急性暴露效应,未评估长期暴露影响 | 确定结肠在响应含铀粉尘暴露时发生的分子和细胞变化 | 人类结肠类器官 | 单细胞组学 | 环境暴露相关肠道疾病 | 单细胞RNA测序, 形态学分析, 成像技术 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 来自三个不同生物学供体的人类结肠类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2888 | 2025-10-07 |
Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma
2024-Oct-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05754-y
PMID:39434164
|
研究论文 | 通过整合多组学数据开发基于线粒体相关基因的预后模型,用于肺腺癌的预后评估和个性化治疗 | 首次将单细胞RNA测序与转录组数据结合,聚焦线粒体相关基因,开发AI驱动的预后特征模型 | 基于公开数据库的回顾性分析,需要前瞻性研究验证 | 阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后价值并开发个性化治疗策略 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 机器学习 | 集成机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | TCGA-LUAD数据集及多个独立验证数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 2889 | 2025-10-07 |
Investigating gene functions and single-cell expression profiles of de novo variants in orofacial clefts
2024-Jul-18, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2024.100313
PMID:38807368
|
研究论文 | 本研究通过分析唇腭裂中的新生变异基因功能及其单细胞表达谱,探索了非OMIM数据库基因在颅面发育中的作用 | 首次将新生变异基因与OMIM已知基因进行系统性比较,并利用单细胞RNA测序技术揭示这些基因在鼠唇发育过程中的细胞类型特异性表达模式 | CPO基因集分析因DNV基因数量有限而未获得显著发现 | 探索唇腭裂中新生变异基因的功能及其在颅面发育中的表达特征 | 853个含新生变异基因(其中230个与CL/P相关,23个与CPO相关)及OMIM数据库中的455个已知基因(178个CL/P基因,277个CPO基因) | 基因组学 | 唇腭裂 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,单细胞表达数据 | 960个新生变异 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2890 | 2025-10-07 |
Tetrahedral DNA loaded siCCR2 restrains M1 macrophage polarization to ameliorate pulmonary fibrosis in chemoradiation-induced murine model
2024-Mar-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.01.022
PMID:38273656
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研究论文 | 本研究开发了一种新型小鼠肺纤维化模型,并验证了通过四面体DNA递送siCCR2抑制M1巨噬细胞极化治疗肺纤维化的新策略 | 整合博来霉素气管给药和胸部照射建立持续性肺泡炎介导的纤维化小鼠模型;首次揭示CCL2/CCR2轴驱动M1巨噬细胞极化的关键作用;开发了多粘性末端四面体框架核酸结合四联ccr2-siRNA的新型治疗平台 | 动物模型仍需进一步验证与人类IPF的相似性;治疗策略的长期安全性和有效性需要更多研究 | 探索肺纤维化发病机制并开发新型治疗策略 | 小鼠模型和人类IPF患者 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,基因沉默技术 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,病理数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2891 | 2025-10-07 |
Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding
2024-Feb, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886
PMID:38246589
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研究论文 | 本研究在小鼠后脑中发现并表征了先前未知的AgRP细胞群,这些细胞能够独立于下丘脑AgRP神经元驱动摄食行为 | 首次在小鼠后脑区域(包括最后区、亚后区及孤束核连合部)鉴定出AgRP表达细胞群,证明这些细胞具有独立于下丘脑的促食欲功能 | 研究主要聚焦于小鼠模型,尚未在其它物种中验证;对AgRPHind细胞的具体神经环路机制仍需进一步探索 | 探究后脑中AgRP细胞的存在及其在摄食调控中的作用 | 小鼠后脑AgRP表达细胞 | 神经科学 | 代谢疾病 | 基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、DREADD化学遗传学、SOUL光遗传学 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像、行为学数据 | 多种转基因小鼠品系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2892 | 2025-10-07 |
Single Cell Sequencing Technology and Its Application in Alzheimer's Disease
2024, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.3233/JAD-230861
PMID:38217599
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综述 | 概述单细胞测序技术及其在阿尔茨海默病研究中的应用 | 系统总结单细胞测序技术在解析阿尔茨海默病中枢神经系统细胞异质性方面的独特优势 | NA | 探讨单细胞测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用价值 | 中枢神经系统细胞 | 单细胞测序 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞转录组学, 单细胞表观基因组学, 单细胞基因组学, 单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 2893 | 2025-10-07 |
Characterization of CD8+ virtual memory T cells in IL-4 knockout mice using single-cell RNA sequencing
2024-12-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150950
PMID:39515094
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的特性 | 首次在IL-4缺陷条件下系统表征外周CD8+虚拟记忆T细胞的分子特征和亚群变化 | 研究仅使用C57BL/6小鼠品系,样本量有限 | 探究IL-4缺失对外周CD8+虚拟记忆T细胞发育和维持的影响机制 | 野生型和IL-4敲除C57BL/6小鼠的脾脏CD8+ T细胞 | 单细胞基因组学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat | 单细胞转录组数据 | 野生型和IL-4敲除C57BL/6小鼠脾脏CD8+ T细胞 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 2894 | 2025-10-07 |
scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf072
PMID:40036721
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研究论文 | 开发了一个名为scMitoMut的R软件包,用于在单细胞水平准确识别线粒体谱系相关突变 | 基于β-二项分布为每个细胞中每个位点的突变分配质量q值,提高了谱系相关突变检测的灵敏度和精确度 | NA | 开发用于单细胞水平线粒体DNA谱系相关突变检测的统计工具 | 单细胞DNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和10× Genomics多组学数据 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞DNA测序、单细胞ATAC测序、单细胞多组学测序 | β-二项分布统计模型 | 基因组测序数据、表观基因组数据 | 细胞系混合群体、人类结直肠癌样本、血液和脑组织细胞 | 10x Genomics | single-cell multi-omics, single-cell ATAC-seq, single-cell DNA sequencing | 10× Genomics multiome | 10× Genomics单细胞多组学平台 |
| 2895 | 2025-10-07 |
Preclinical Evidence for the Glucocorticoid-Sparing Potential of a Dual Toll-Like Receptor 7/8 Inhibitor in Autoimmune Diseases
2024-02-15, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics
IF:3.1Q2
DOI:10.1124/jpet.123.001744
PMID:37673681
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研究论文 | 本研究探讨了双重TLR7/8抑制剂在自身免疫性疾病中增强糖皮质激素疗效的潜力 | 首次证明TLR7/8抑制剂与糖皮质激素在炎症环境中具有协同作用,特别是在髓系细胞中效果显著 | IFNs受影响程度较小,研究主要基于细胞实验和小鼠模型 | 开发能够减少糖皮质激素用量的自身免疫性疾病新疗法 | 人类外周血单个核细胞、髓系细胞、单核细胞和MRL/狼疮小鼠模型 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | NanoString基因表达分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,细胞因子数据 | 人类外周血单个核细胞研究和MRL/小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2896 | 2025-10-07 |
Harnessing Nanotechnology for Gout Therapy: Colchicine-Loaded Nanoparticles Regulate Macrophage Polarization and Reduce Inflammation
2024, Biomaterials research
IF:8.1Q1
DOI:10.34133/bmr.0089
PMID:39665079
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研究论文 | 本研究开发了负载秋水仙碱的纳米颗粒系统,通过调控巨噬细胞极化来治疗痛风炎症 | 首次发现AHNAK是秋水仙碱调控巨噬细胞极化的关键靶点,并开发了R4F肽修饰的中性粒细胞膜包被纳米载体 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 探究秋水仙碱调控巨噬细胞极化的机制并开发靶向纳米药物治疗痛风 | 痛风小鼠模型和外周血单核细胞 | 生物医学工程 | 痛风 | 单细胞RNA测序,分子对接,慢病毒干预 | NA | 基因表达数据,生化指标数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2897 | 2025-10-07 |
Single-Cell Profiling Uncovers Evolutionary Divergence of Hypocretin/Orexin Neuronal Subpopulations
2024-Sep-04, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0095-24.2024
PMID:39122556
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示下丘脑食欲素神经元亚群的进化分歧和功能异质性 | 首次在斑马鱼中鉴定出21种谷氨酸能和28种GABA能细胞类型,发现食欲素神经元存在功能异质性,并揭示跨物种保守和分歧的下丘脑细胞类型 | 研究主要聚焦于斑马鱼和小鼠的比较,可能不适用于所有脊椎动物物种 | 探究下丘脑食欲素神经元的功能异质性和进化分歧 | 成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区神经元 | 单细胞生物学 | 睡眠障碍 | 单细胞RNA测序, 高分辨率成像 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 斑马鱼下丘脑神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2898 | 2025-10-07 |
HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing
2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122
PMID:40039180
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研究论文 | 提出一种基于超维度计算的新方法,用于提高单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类准确性 | 首次将超维度计算应用于单细胞RNA测序数据分析,通过QuantHD方法进行高维超向量编码和迭代训练 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 超维度计算, QuantHD | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2899 | 2025-10-07 |
Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma
2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society
IF:2.1Q2
DOI:10.1002/jor.25757
PMID:38047487
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研究论文 | 本研究构建并验证了一个新型NAD+代谢相关风险模型,用于骨肉瘤的预后预测 | 首次将NAD+代谢相关基因与肿瘤免疫微环境联系起来,构建了骨肉瘤预后风险模型,并通过体外实验验证了CBS和INPP1基因通过TGF-β1/Smad2/3通路促进骨肉瘤细胞迁移、增殖和侵袭的机制 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步临床样本验证 | 探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联 | 骨肉瘤患者数据和骨肉瘤细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, Western blot, 细胞迁移侵袭实验 | Cox风险比例模型, Lasso回归模型, 诺莫图 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TARGET和GEO数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2900 | 2025-10-07 |
The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1498031
PMID:39640482
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据构建了基于表观遗传特征的胰腺导管腺癌预后预测模型 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示PDAC表观遗传调控全景,并构建了优于现有模型的机器学习预后预测模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要前瞻性临床研究验证 | 探索表观遗传调控在胰腺导管腺癌进展和药物反应中的作用并建立预后预测模型 | 胰腺导管腺癌患者 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | Lasso, 随机生存森林 | 基因表达数据, 临床数据 | 多个公共数据库的样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |