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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2861 | 2025-10-07 |
Predicting lung aging using scRNA-Seq data
2024-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012632
PMID:39700255
|
研究论文 | 开发了一种基于单细胞RNA测序数据的年龄预测回归模型PolyEN | 提出了PolyEN模型,能够学习基因表达随时间的连续表示,并整合基因信息进行年龄预测 | NA | 基于单细胞RNA测序数据预测肺衰老 | 肺上皮细胞和肺内皮细胞 | 机器学习 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2862 | 2025-10-07 |
Metastasis of colon cancer requires Dickkopf-2 to generate cancer cells with Paneth cell properties
2024-Nov-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97279
PMID:39535280
|
研究论文 | 本研究揭示了Dickkopf-2(DKK2)通过调控HNF4A蛋白水平促进结肠癌转移过程中潘氏细胞特性癌细胞生成的新机制 | 首次发现DKK2在结肠癌转移中通过下调HNF4A蛋白水平诱导潘氏细胞特性癌细胞生成 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究结肠癌转移过程中潘氏细胞特性癌细胞生成的分子机制 | 结肠癌细胞、小鼠模型、患者转移样本 | 癌症生物学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 染色质可及性分析, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | C57BL/6小鼠模型和患者转移样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2863 | 2025-10-07 |
Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells
2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.30.621184
PMID:39554030
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、命运图谱和联体共生实验揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞亚群的多样性特征 | 首次系统揭示了耳蜗微环境中组织驻留巨噬细胞在基因表达、空间分布、发育起源和功能方面的独特异质性 | 研究主要聚焦小鼠模型,人类耳蜗巨噬细胞的特征仍需进一步验证 | 探索耳蜗髓系细胞的多样性及其与微环境的关系 | 小鼠耳蜗组织中的髓系细胞 | 单细胞生物学 | 听力相关疾病 | 单细胞转录组测序, 命运图谱分析, 联体共生实验 | NA | 基因表达数据, 空间分布数据 | 小鼠耳蜗组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2864 | 2025-10-07 |
SDePER: a hybrid machine learning and regression method for cell-type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2024-Oct-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03416-2
PMID:39402626
|
研究论文 | 开发了一种结合机器学习和回归的混合方法SDePER,用于空间条形码转录组数据的细胞类型解卷积 | 提出混合机器学习和回归方法,解决ST与scRNA-seq数据间的平台效应,同时处理稀疏性和空间相关性 | NA | 开发空间转录组数据细胞类型解卷积方法 | 空间条形码转录组数据和参考单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 混合机器学习与回归模型 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 模拟数据和四个真实数据集 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2865 | 2025-10-07 |
Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes
2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177492
PMID:39137044
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研究论文 | 研究Teplizumab治疗对1型糖尿病高危人群抗原特异性T细胞库的长期影响 | 首次揭示Teplizumab通过激活后耗竭和调节机制促进操作耐受性,并阻止自身反应性T细胞扩增的长期作用机制 | 研究样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探索Teplizumab在1型糖尿病高危人群中的长期免疫调节机制 | 1型糖尿病高危人群的外周血CD8+ T细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究参与者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2866 | 2025-10-07 |
CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-07-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68109-z
PMID:39075108
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌中CTHRC1+成纤维细胞与SPP1+巨噬细胞的协同促癌作用 | 首次发现SPP1+巨噬细胞与CTHRC1+肌成纤维细胞在空间上共定位并协同促进免疫抑制性肿瘤微环境 | NA | 探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中细胞群体间的相互作用机制 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤微环境细胞群体 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2867 | 2025-10-07 |
Intestinal strictures in Crohn's disease: An update from 2023
2024-07, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12568
PMID:38546434
|
综述 | 本文对2023年克罗恩病肠道狭窄领域的最新研究进展进行了全面回顾 | 整合了单细胞测序等新技术在肠道狭窄研究中的应用,提供了对肠道纤维化狭窄的精准理解 | NA | 回顾克罗恩病肠道狭窄的研究进展,为研究人员和临床医生提供前沿信息 | 克罗恩病患者的肠道狭窄病变 | NA | 克罗恩病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2868 | 2025-10-07 |
Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model
2024-Dec, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00562-5
PMID:39567770
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析Loeys-Dietz综合征小鼠模型中血管平滑肌细胞的异质性,揭示GATA4表达如何增加主动脉根部对扩张的敏感性 | 首次发现表达GATA4的血管平滑肌细胞亚群在主动脉根部固有存在,并证明其具有低分化和促炎特征,且GATA4缺失可减轻主动脉根部扩张 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自现有单细胞RNA测序数据集验证 | 探究Loeys-Dietz综合征中主动脉根部特别易发生动脉瘤的分子机制 | Tgfbr1 LDS小鼠模型的主动脉血管平滑肌细胞 | 单细胞转录组学 | Loeys-Dietz综合征 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 单细胞转录组数据 | LDS小鼠模型主动脉组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2869 | 2025-10-07 |
Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110353
PMID:39055935
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究寨卡病毒在埃及伊蚊中肠细胞中的分布和感染机制 | 首次在单细胞水平揭示寨卡病毒主要感染特定肠上皮细胞和肠内分泌细胞亚群,并发现载脂蛋白III在病毒感染中的关键作用 | 研究仅聚焦于中肠组织,未涉及其他可能受感染的蚊虫组织器官 | 阐明寨卡病毒在蚊媒中肠的细胞特异性感染机制 | 埃及伊蚊中肠细胞 | 单细胞生物学 | 寨卡病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 寨卡病毒感染后的12个中肠细胞簇 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2870 | 2025-10-07 |
nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265
PMID:39058741
|
研究论文 | 开发了一个名为nf-core/airrflow的适应性免疫受体库分析工作流程,用于处理AIRR-seq数据 | 整合了Immcantation框架,提供端到端的批量和单细胞AIRR-seq数据处理,解决了现有工具在并行化、可扩展性和高性能计算适应性方面的限制 | NA | 开发一个高效、可扩展的适应性免疫受体库测序数据分析工作流程 | B细胞和T细胞受体序列 | 生物信息学 | 传染病(COVID-19) | AIRR-seq(适应性免疫受体库测序) | NA | 测序数据 | 196个样本(97名COVID-19感染者和99名健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2871 | 2025-10-07 |
Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells
2024-Apr-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46540-0
PMID:38565563
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析dupilumab相关头颈部皮炎,揭示其独特的22型免疫特征 | 首次发现dupilumab治疗伴随T细胞寡克隆扩增驱动的22型免疫反应过度激活 | 样本量有限,机制研究仍需进一步验证 | 探究dupilumab相关头颈部皮炎的发生机制 | dupilumab相关头颈部皮炎患者皮肤活检组织 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自DAHND、未治疗AD和健康对照的皮肤穿刺活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2872 | 2025-10-07 |
Molecular Profiling Defines Three Subtypes of Synovial Sarcoma
2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404510
PMID:39257029
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研究论文 | 通过分子特征分析将滑膜肉瘤分为三种亚型 | 首次通过转录组分析将滑膜肉瘤分为三个分子亚型,并发现高风险亚型患者比例高于既往认知 | 样本量相对有限(91个肿瘤来自55例患者) | 阐明驱动滑膜肉瘤表型多样性的基因组事件 | 滑膜肉瘤患者肿瘤组织 | 癌症基因组学 | 滑膜肉瘤 | RNA测序,靶向DNA测序,蛋白质组分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据 | 91个肿瘤样本来自55例患者 | NA | RNA测序,靶向DNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2873 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics of the human parasite Schistosoma mansoni first intra-molluscan stage reveals tentative tegumental and stem-cell regulators
2024-03-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55790-3
PMID:38472267
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研究论文 | 通过单细胞转录组技术研究曼氏血吸虫在螺蛳宿主内发育早期的细胞类型和分子调控机制 | 首次对曼氏血吸虫母胞蚴阶段进行单细胞转录组分析,识别了六个细胞簇并预测了关键转录因子 | 研究聚焦于早期发育阶段,对后续发育阶段的分子机制了解仍然有限 | 阐明曼氏血吸虫在中间宿主螺蛳体内发育的细胞和分子机制 | 曼氏血吸虫母胞蚴阶段的单细胞 | 单细胞生物学 | 血吸虫病 | 单细胞RNA测序,原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据 | 曼氏血吸虫母胞蚴单细胞悬液 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 基于液滴的10x Genomics Chromium平台 |
| 2874 | 2025-10-07 |
From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data
2024-Jan-29, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujae001
PMID:38465983
|
研究论文 | 本文提出了一种基于单细胞RNA-seq数据的基因共表达估计方法,从局部到全局分析基因关系 | 提出细胞特异性基因网络概念和平均局部密度差(aLDG)这一新的单变量依赖度量,能够检测非线性、非单调关系 | NA | 开发能够捕捉局部基因依赖关系的统计方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非参数估计器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2875 | 2025-10-07 |
Aryl hydrocarbon receptor and IL-13 signaling crosstalk in human keratinocytes and atopic dermatitis
2024, Frontiers in allergy
IF:3.3Q2
DOI:10.3389/falgy.2024.1323405
PMID:38344408
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研究论文 | 本研究探讨芳香烃受体与IL-13信号通路在人类角质形成细胞和特应性皮炎中的相互作用机制 | 首次揭示AHR通过全基因组转录调控作用调节IL-13下游信号通路,而不影响STAT6核转位 | 研究主要基于体外HaCaT细胞模型,需要更多体内实验验证 | 阐明AHR在特应性皮炎中部分改善病情的分子机制 | 人类皮肤活检组织和人角质形成细胞系HaCaT | 分子生物学 | 特应性皮炎 | RNA测序, 单细胞RNA测序, Western blot, ELISA, qRT-PCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 人类皮肤活检组织(患者与健康对照)和HaCaT细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
| 2876 | 2025-10-07 |
Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease
2024-Nov, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12519
PMID:39499013
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研究论文 | 本研究探讨人诱导多能干细胞来源神经干细胞胞外囊泡对阿尔茨海默病模型小鼠神经炎症的调节作用 | 首次证明hiPSC-NSC-EVs通过调节小胶质细胞和星形胶质细胞的转录组变化来抑制AD神经炎症信号通路 | 研究仅使用5xFAD小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 开发阿尔茨海默病的疾病修饰疗法 | 3月龄5xFAD转基因小鼠和培养的人类小胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,免疫染色 | 动物模型 | 基因表达数据,蛋白质数据,行为数据 | 5xFAD小鼠模型和人类小胶质细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2877 | 2025-10-07 |
Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.15.608093
PMID:39229048
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研究论文 | 开发了首个用于全面分析免疫细胞极化的计算方法Scupa | 首个利用单细胞基础模型系统评估免疫细胞极化的计算方法 | NA | 解决缺乏系统检测细胞因子效应和免疫细胞极化方法的问题 | 免疫细胞极化状态 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | Universal Cell Embeddings基础模型 | 单细胞转录组数据 | 基于免疫词典中14种免疫细胞类型的66种细胞因子驱动极化状态 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2878 | 2025-10-07 |
Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2024-May-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1
PMID:38798691
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响,发现补体基因表达上调与患者生存改善相关 | 首次揭示新辅助治疗通过上调肿瘤微环境中补体基因表达重塑免疫微环境,并发现补体表达水平与患者预后相关 | 样本量有限(36例患者),需要更大规模研究验证 | 探究新辅助治疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的特异性影响 | 23例接受新辅助治疗和13例未接受新辅助治疗的胰腺导管腺癌患者 | 空间转录组学 | 胰腺导管腺癌 | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36例胰腺导管腺癌患者(23例治疗组,13例对照组) | NA | 空间转录组学,snRNA-seq | NA | NA |
| 2879 | 2025-10-07 |
Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics
2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.24.590986
PMID:38712156
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研究论文 | 本研究通过建立新生和成年小鼠血管纹器官型外植体模型并结合单细胞RNA测序,揭示了血管纹发育和维持的关键分子差异 | 首次建立了保留血-迷路屏障完整性的新生和成年血管纹器官型外植体模型,并结合单细胞RNA测序揭示了发育特异性基因表达谱 | 研究主要基于小鼠模型,人类血管纹可能存在物种特异性差异 | 研究血管纹在发育和成熟过程中的分子差异,为听力损失治疗提供新见解 | 新生和成年小鼠的血管纹组织 | 单细胞转录组学 | 听力损失 | 单细胞RNA测序,器官型外植体培养,药理学干预 | 小鼠器官型外植体模型 | 单细胞转录组数据,组织学数据 | 新生和成年小鼠血管纹组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2880 | 2025-10-07 |
A single cell atlas of the mouse seminal vesicle
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.08.588538
PMID:38645090
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研究论文 | 本研究构建了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱,揭示了该组织的细胞组成和功能特征 | 首次创建小鼠精囊的单细胞转录组图谱,系统定义了分泌细胞和免疫细胞群体 | NA | 研究精囊组织的细胞组成和功能,探索其在生殖过程中的作用 | 小鼠精囊组织 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 23只不同年龄和饮食条件的小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |