单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2781	2024-11-18	Comparison of functional characterization of cancer stem cells in different tumor tissues of pseudomyxoma peritonei 2024-Nov-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05730-6 PMID:39543711	研究论文	本研究比较了伪黏液瘤腹膜（PMP）患者不同肿瘤组织中癌症干细胞（CSCs）的功能特征	首次比较了PMP患者不同肿瘤组织中CSCs的增殖、迁移和抗炎能力	样本量较小，未涉及长期疗效和临床应用	研究PMP患者不同肿瘤组织中CSCs的生物学特性	PMP患者的癌症干细胞（CSCs）	数字病理学	腹膜肿瘤	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	基因数据	涉及PMP患者的不同肿瘤组织中的CSCs
2782	2024-11-18	Transcriptome-based network analysis related to regulatory T cells infiltration identified RCN1 as a potential biomarker for prognosis in clear cell renal cell carcinoma 2024-Nov-14, BioData mining IF:4.0Q1 DOI:10.1186/s13040-024-00404-x PMID:39543725	研究论文	研究通过转录组网络分析识别与调节性T细胞浸润相关的RCN1作为透明细胞肾细胞癌的潜在预后生物标志物	开发了一个与调节性T细胞浸润相关的预后模型，并发现RCN1在透明细胞肾细胞癌中的预后价值	NA	识别透明细胞肾细胞癌的预后标志物和治疗靶点	调节性T细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用	生物信息学	肾癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	转录组数据	TCGA-KIRC样本
2783	2024-11-18	Preexisting senescent fibroblasts in the aged bladder create a tumor-permissive niche through CXCL12 secretion 2024-Nov, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00704-1 PMID:39251867	研究论文	研究揭示了衰老膀胱中预先存在的衰老成纤维细胞通过分泌CXCL12促进肿瘤生长的机制	首次揭示了衰老膀胱中p16-sn成纤维细胞通过分泌CXCL12促进肿瘤生长的机制	研究主要基于基因修饰小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探讨衰老如何通过特定机制促进膀胱癌的发生	衰老膀胱中的成纤维细胞及其在膀胱癌中的作用	癌症生物学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基因修饰小鼠模型中的成纤维细胞
2784	2024-11-18	Jag1 insufficiency alters liver fibrosis via T cell and hepatocyte differentiation defects 2024-Nov, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-024-00145-8 PMID:39358604	研究论文	研究Jag1不足如何通过T细胞和肝细胞分化缺陷影响肝纤维化	首次揭示了Jag1不足导致的肝细胞和T细胞分化缺陷与肝纤维化之间的关系	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探讨Jag1不足对肝纤维化的影响及其机制	Jag1小鼠模型、T细胞、肝细胞	NA	肝病	单细胞RNA测序、多色流式细胞术	NA	RNA	涉及Jag1小鼠和患者肝样本
2785	2024-11-18	Integrated single-cell transcriptomic analyses identify a novel lineage plasticity-related cancer cell type involved in prostate cancer progression 2024-Nov, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105398 PMID:39418984	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组分析，识别出一种与前列腺癌进展相关的新型细胞类型，该细胞类型具有谱系可塑性	首次识别出一种新型谱系可塑性相关的前列腺癌细胞类型，并揭示其在肿瘤进展中的关键作用	NA	识别并验证与前列腺癌进展相关的谱系可塑性相关细胞类型	前列腺癌细胞及其谱系可塑性	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3314个样本和222,529个细胞
2786	2024-11-18	CXCL8 secreted by immature granulocytes inhibits WT hematopoiesis in chronic myelomonocytic leukemia 2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI180738 PMID:39545419	研究论文	研究探讨了不成熟粒细胞（iGRANs）在慢性粒单核细胞白血病（CMML）进展中的作用	发现CXCL8在不成熟粒细胞中高表达，抑制了野生型造血干细胞和祖细胞的增殖，而CXCL8受体抑制剂和CXCL8阻断剂可以恢复野生型造血干细胞的增殖	研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证CXCL8抑制剂的治疗效果	探讨不成熟粒细胞在慢性粒单核细胞白血病进展中的作用及其潜在治疗策略	慢性粒单核细胞白血病患者的外周血中的不成熟粒细胞及其分泌的细胞因子CXCL8	血液学	白血病	流式细胞术、RNA测序	NA	单细胞数据	慢性粒单核细胞白血病患者的外周血样本
2787	2024-11-18	Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins 2024-Sep, Proteomics. Clinical applications DOI:10.1002/prca.202300075 PMID:38552248	研究论文	本文使用DIA-MS技术对IBD患者的粪便蛋白质组进行全面分析，以评估与疾病相关的蛋白质	本文揭示了新的粪便蛋白质，这些蛋白质可能作为非侵入性生物标志物来监测IBD疾病活动的特定方面	NA	评估与炎症性肠病（IBD）相关的非侵入性生物标志物	IBD患者的粪便蛋白质组	NA	炎症性肠病	DIA-MS	NA	蛋白质组数据	两个独立队列，Cohort 1：健康5例，UC 5例，CD 5例；Cohort 2：健康20例，UC 10例，CD 10例
2788	2024-11-18	γδ T cell profiling in a cohort of preterm infants reveals elevated frequencies of CD83+ γδ T cells in sepsis 2024-Jul-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231987 PMID:38753245	研究论文	研究了早产儿中γδ T细胞的特征，发现败血症患儿中CD83+ γδ T细胞频率升高	首次在早产儿中进行γδ T细胞的纵向研究，并发现败血症患儿中胎儿来源的Vγ9Vδ2 T细胞水平升高	研究仅限于早产儿，未涉及其他年龄段的人群	探讨早产儿中γδ T细胞的特征及其在败血症中的作用	早产儿中的γδ T细胞	NA	新生儿败血症	下一代测序、流式细胞术、功能性检测	NA	单细胞转录组数据	一组早产儿
2789	2024-11-18	The development and application of cleavage under targets and tagmentation (CUT&Tag) technology 2024, Journal of biological methods DOI:10.14440/jbm.2024.0017 PMID:39544184	综述	本文综述了CUT&Tag技术的发展及其在表观遗传学中的应用	CUT&Tag技术能够快速检测染色质修饰和转录因子，并已适应于同时检测多种表观遗传修饰	NA	提供CUT&Tag及其衍生技术在表观遗传调控中的最新发展和应用概述	染色质结构、基因转录调控、表观遗传修饰	表观遗传学	NA	CUT&Tag	NA	基因组数据	不同物种的细胞
2790	2024-11-17	RB1 Mutations Induce Smoking-Related Bladder Cancer by Modulating the Cytochrome P450 Pathway 2024-Dec, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24409 PMID:39239764	研究论文	研究探讨了RB1基因突变如何通过调节细胞色素P450途径促进吸烟相关的膀胱癌发生	首次揭示了RB1突变在吸烟相关膀胱癌中的作用机制，并阐明了其通过抑制细胞色素P450途径和调节肿瘤免疫微环境来驱动肿瘤发生	研究主要基于TCGA数据集和细胞实验，缺乏临床样本的验证	探讨吸烟引起的RB1突变与膀胱癌发生之间的关系及其分子机制	RB1基因突变、细胞色素P450途径、膀胱癌细胞	数字病理学	膀胱癌	RT-qPCR	NA	转录组数据	使用了The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据集和细胞实验样本
2791	2024-11-17	Spatial proteomics and transcriptomics of the maternal-fetal interface in placenta accreta spectrum 2024-Dec, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.09.004 PMID:39349165	研究论文	研究探讨了在严重胎盘植入谱（PAS）病例中，母胎界面在胎盘植入（胎盘增厚）情况下的蛋白质组学和转录组学变化	通过系统生物学方法，结合免疫组化、空间转录组学和蛋白质组学，揭示了胎盘植入区域中T细胞和转录因子的空间分布变化，以及与细胞凋亡抑制和细胞粘附相关的蛋白质表达变化	研究主要集中在胎盘植入区域，未涵盖所有PAS病例，且未探讨这些变化对母婴长期健康的影响	探讨胎盘植入谱病例中母胎界面的蛋白质组学和转录组学变化	胎盘植入谱病例中的母胎界面	数字病理学	妊娠相关疾病	免疫组化、空间转录组学、蛋白质组学	NA	蛋白质、基因表达	NA
2792	2024-11-17	STGAT: Graph attention networks for deconvolving spatial transcriptomics data 2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108431 PMID:39461117	研究论文	本文提出了一种名为STGAT的图注意力网络方法，用于解卷积空间转录组数据	STGAT通过生成伪空间转录组数据和构建综合图，利用图注意力网络动态分配权重，显著提高了细胞类型组成的预测准确性	NA	提高空间转录组数据分析的分辨率和准确性	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据的整合与解卷积	数字病理学	NA	图注意力网络	图注意力网络	空间转录组数据	NA
2793	2024-11-17	Integrating transcriptomic data and digital pathology for NRG-based prediction of prognosis and therapy response in gastric cancer 2024-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2426758 PMID:39527470	研究论文	本文研究了非凋亡性细胞死亡相关基因（NRG）在胃癌（GC）中的预后和治疗反应预测作用，并开发了一种基于深度学习的模型	首次将转录组数据与数字病理学结合，构建NRG特征并开发深度学习模型，用于胃癌患者的预后和治疗反应预测	NA	研究非凋亡性细胞死亡相关基因在胃癌中的预后和治疗反应预测作用	胃癌患者的转录组数据和数字病理学图像	数字病理学	胃癌	RNA-seq	ResNet50	图像	NA
2794	2024-11-17	Galectin-9 Mediates the Functions of Microglia in the Hypoxic Brain Tumor Microenvironment 2024-Nov-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3878 PMID:39207402	研究论文	研究探讨了Galectin-9在缺氧脑肿瘤微环境中对小胶质细胞功能的影响	揭示了Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞的独特功能，并发现Gal-9高表达的小胶质细胞具有炎症激活和较高的细胞死亡率，而Gal-9低表达的小胶质细胞则具有更强的吞噬能力	研究主要基于小鼠模型和人类胶质母细胞瘤的bulk RNA测序数据，可能需要进一步的人类临床数据验证	阐明Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞功能的调控作用，并探讨其作为治疗靶点的潜力	Galectin-9在脑肿瘤微环境中对小胶质细胞和巨噬细胞的功能影响	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	RNA	小鼠脑肿瘤模型和人类胶质母细胞瘤样本
2795	2024-11-17	SPathDB: a comprehensive database of spatial pathway activity atlas 2024-Nov-15, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1041 PMID:39546631	研究论文	介绍了一个名为SPathDB的综合数据库，用于解析空间通路活动图谱	首次构建了一个包含大量空间转录组数据和生物通路的数据库，提供了对空间异质性功能活动的交互分析和可视化	NA	揭示驱动空间异质性的功能特征和理解复杂的生物过程	人类和小鼠的空间转录组数据及生物通路	生物信息学	癌症	空间转录组测序技术	NA	转录组数据	1689868个空间点，来自84个空间转录组数据集的695个切片，涉及36种组织和疾病
2796	2024-11-17	Contributions of T Cell Signaling for Wound Healing 2024-Nov-14, Journal of burn care & research : official publication of the American Burn Association IF:1.5Q3 DOI:10.1093/jbcr/irae151 PMID:39110034	研究论文	研究探讨了T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制	通过scRNA-seq和免疫荧光成像技术，首次识别了伤口愈合炎症阶段中不同T细胞群体的信号传导特征	研究主要集中在炎症阶段的T细胞信号传导，未来需要进一步研究T细胞在伤口愈合其他阶段的作用	揭示T细胞在伤口愈合过程中的信号传导机制及其对伤口愈合质量的影响	T细胞在伤口愈合过程中的信号传导	NA	NA	scRNA-seq, 免疫荧光成像	NA	RNA, 图像	具体样本数量未在摘要中提及
2797	2024-11-17	Profound cellular defects attribute to muscular pathogenesis in the rhesus monkey model of Duchenne muscular dystrophy 2024-Nov-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.08.041 PMID:39305903	研究论文	研究揭示了在杜氏肌营养不良（DMD）的恒河猴模型中，肌肉病理发生与细胞缺陷之间的关系	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了DMD恒河猴模型中肌肉组织的细胞和分子变化，发现了免疫细胞景观的改变、纤维化纤维脂肪前体细胞（FAPs）的谱系进展方向逆转以及FAPs和肌肉干细胞（MuSCs）对TGF-β的抵抗性	NA	阐明在病理条件下肌肉组织中多种细胞类型的细胞和分子变化	杜氏肌营养不良（DMD）的恒河猴模型中的肌肉组织	数字病理学	肌肉疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2798	2024-11-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the developmental trajectory and transcriptional regulatory networks of quinoa salt bladders 2024-Nov-13, Stress biology DOI:10.1007/s44154-024-00189-3 PMID:39532803	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了藜麦盐囊泡的发育轨迹和转录调控网络	首次通过单细胞RNA测序构建了藜麦盐囊泡的细胞图谱，并识别了13个不同的细胞集群，揭示了盐囊泡发育过程中的关键调控因子	研究主要集中在藜麦盐囊泡的发育机制，未涉及其在实际农业生产中的应用	揭示藜麦盐囊泡的发育机制及其在盐胁迫下的耐受性	藜麦盐囊泡的发育过程及其转录调控网络	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	藜麦幼叶来源的原生质体
2799	2024-11-17	N-CADHERIN+/CD168- subpopulation determines therapeutic variations of UC-MSCs for cardiac repair after myocardial infarction 2024-Nov-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04032-4 PMID:39533355	研究论文	研究探讨了不同供体来源的间充质干细胞（MSCs）在心肌梗死（MI）治疗中的疗效差异，并确定了N-CADHERIN+/CD168-亚群在提高治疗效果中的关键作用	首次揭示了N-CADHERIN+/CD168-亚群在间充质干细胞治疗心肌梗死中的功能作用，并发现该亚群与促进血管生成密切相关	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索间充质干细胞在心肌梗死治疗中的疗效差异机制，并确定筛选高效MSCs的标准	不同供体来源的脐带间充质干细胞（UC-MSCs）及其在心肌梗死治疗中的疗效	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	10,463个脐带间充质干细胞
2800	2024-11-17	Phenotypic and transcriptomic profiling of induced pluripotent stem cell (iPSC)-derived NK cells and their cytotoxicity against cancers 2024-Nov-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04029-z PMID:39533434	研究论文	研究通过单层无饲养层分化协议生成的诱导多能干细胞（iPSC）衍生的自然杀伤（NK）细胞的表型和转录组特征，并评估其对癌症的细胞毒性	开发了一种更高效的方法，通过单层无饲养层分化协议生成iNK细胞，并优化了培养基	NA	探索iPSC衍生的NK细胞在癌症免疫治疗中的潜力	iPSC衍生的NK细胞及其对胆管癌和乳腺癌细胞的细胞毒性	细胞生物学	癌症	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	iPSC衍生的NK细胞、外周血NK细胞、NK-92细胞系、胆管癌细胞系、乳腺癌细胞系