单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
261	2024-12-18	The Immunomodulatory Effects of Vitamin D on COVID-19 Induced Glioblastoma Recurrence via the PI3K-AKT Signaling Pathway 2024-Dec-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312952 PMID:39684661	研究论文	本研究探讨了维生素D通过PI3K-AKT信号通路对COVID-19诱导的胶质母细胞瘤复发的免疫调节作用	本研究通过整合生物信息学方法，揭示了维生素D与COVID-19在胶质母细胞瘤中的分子相互作用，并确定了关键的预后基因	本研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探讨COVID-19与胶质母细胞瘤之间的分子相互作用，并研究维生素D的免疫调节作用	COVID-19感染的胶质母细胞瘤患者	NA	脑癌	生物信息学方法，包括富集分析、生存分析和分子对接	NA	基因表达数据	203个共同差异表达基因，6个预后关键基因
262	2024-12-18	Fibroblast growth factor 2 enhances BMSC stemness through ITGA2-dependent PI3K/AKT pathway activation 2024-Dec, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31423 PMID:39188080	研究论文	研究探讨了成纤维细胞生长因子2（FGF2）通过ITGA2依赖的PI3K/AKT通路激活增强骨髓间充质干细胞（BMSC）干性的机制	首次揭示了FGF2通过上调ITGA2表达并通过PI3K/AKT信号通路增强BMSC干性的机制	研究主要在体外实验中进行，尚未在体内环境中验证其效果	探讨增强BMSC干性的策略以提高其在临床治疗中的疗效	骨髓间充质干细胞（BMSC）及其干性维持机制	干细胞生物学	NA	转录组学和单细胞测序	NA	转录组数据	多个BMSC样本
263	2024-12-18	Specialized metabolism in St John's wort 2024-Dec, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2024.102625 PMID:39236592	研究论文	本文研究了圣约翰草（Hypericum perforatum L.）的特殊代谢，特别是其标志性生物活性化合物hyperforin和hypericin的生物合成	本文揭示了圣约翰草中多种代谢物的生物合成途径，并发现了新的酶如hyperforin合酶，为药物开发提供了可扩展的生物活性化合物生产方法	NA	研究圣约翰草的特殊代谢及其生物活性化合物的生物合成途径	圣约翰草（Hypericum perforatum L.）及其生物活性化合物hyperforin和hypericin	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
264	2024-12-18	Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity of hedgehog pathway in gastric cancer 2024-Dec, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00297-0 PMID:39251886	研究论文	本研究结合单细胞测序数据和空间转录组学，深入探讨了hedgehog通路在胃癌中的作用	首次通过结合单细胞测序和空间转录组学，揭示了hedgehog通路在胃癌中的细胞异质性，并发现了CCND1在肿瘤相关成纤维细胞形成中的重要作用	研究主要基于单细胞和空间转录组数据，缺乏体内实验验证	探讨hedgehog通路在胃癌中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌中的hedgehog通路及相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序，空间转录组学	NA	转录组数据	未明确具体样本数量
265	2024-12-18	Single-cell transcriptomics and tissue metabolomics uncover mechanisms underlying wooden breast disease in broilers 2024-Dec, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104433 PMID:39489032	研究论文	研究通过单细胞转录组学和组织代谢组学揭示了肉鸡木胸病的发病机制	首次综合分析了鸡木胸肌肉的转录组和代谢组，发现了木胸肌肉中独特的巨噬细胞簇（第11簇），并揭示了木胸病发生时细胞间相互作用网络的减弱以及关键差异代谢物的变化	研究主要集中在转录组和代谢组分析，未深入探讨木胸病的具体分子机制	揭示肉鸡木胸病的病理生理机制	肉鸡木胸肌肉的基因表达、细胞间相互作用及代谢物变化	数字病理学	肌肉疾病	单细胞转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	NA
266	2024-12-18	SDC4 protein action and related key genes in nonhealing diabetic foot ulcers based on bioinformatics analysis and machine learning 2024-Dec, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.137789 PMID:39557273	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、转录组分析和机器学习方法，识别了非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因SDC4及其相关基因	首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别了非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因SDC4，并构建了高精度和稳定性的预测模型	研究仅基于GEO数据库中的数据，未进行体内或体外实验验证	识别非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因，并探讨其分子机制和信号通路变化	非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因及其相关细胞类型	机器学习	糖尿病	单细胞RNA测序、转录组分析、LASSO回归算法	LASSO回归	基因表达数据	使用了GSE165816、GSE134431和GSE143735三个数据集
267	2024-12-18	Sex-specific regulatory architecture of pancreatic islets from subjects with and without type 2 diabetes 2024-Dec, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00313-z PMID:39567827	研究论文	研究探讨了2型糖尿病患者与非糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的调控结构差异	结合单细胞RNA测序和单核ATAC测序技术，首次揭示了2型糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的染色质可及性和基因表达差异，并发现了与糖尿病相关的性别和细胞类型特异性变异	研究样本量较小，且仅限于人类胰腺胰岛，可能无法全面反映所有性别和细胞类型的差异	探讨2型糖尿病患者与非糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的调控机制	2型糖尿病患者与非糖尿病患者的胰腺胰岛	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	52名捐赠者（包括2型糖尿病患者和非糖尿病患者）
268	2024-11-22	Author Correction: Single-cell transcriptomics stratifies organoid models of metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2024-Dec, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00308-w PMID:39567832	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
269	2024-12-18	Exploring T Cell and NK Cell Involvement in Ankylosing Spondylitis Through Single-Cell Sequencing 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70206 PMID:39680481	研究论文	通过单细胞测序技术探索强直性脊柱炎中T细胞和NK细胞的参与机制	首次通过单细胞测序技术揭示了强直性脊柱炎中T细胞和NK细胞的关键作用，并发现了CD74基因在T细胞中的上调表达以及巨噬细胞迁移抑制因子信号通路在细胞间相互作用中的显著表达	研究样本量较小，仅包括三名强直性脊柱炎患者和三名非患者，可能影响结果的普适性	揭示强直性脊柱炎的复杂免疫机制，为识别新的治疗靶点和创新疗法奠定基础	强直性脊柱炎患者的骨髓细胞样本	数字病理学	强直性脊柱炎	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	三名强直性脊柱炎患者和三名非患者的骨髓细胞样本
270	2024-12-18	Cellular and Molecular Basis of Environment-Induced Color Change in a Tree Frog 2024-Dec-01, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14233472 PMID:39682437	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了树蛙皮肤颜色变化的细胞和分子机制	首次揭示了形态学颜色变化（MCC）在树蛙背景适应中的主导作用，并发现色素细胞的数量比单个细胞的转录活性对颜色变化的影响更大	研究对象仅限于一种树蛙，可能无法完全推广到其他物种	探讨环境诱导下树蛙皮肤颜色变化的细胞和分子机制	树蛙的皮肤色素细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未明确说明具体样本数量
271	2024-12-18	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveals HSD3B7 as a Prognostic Biomarker and Potential Therapeutic Target in ccRCC 2024-Dec-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312929 PMID:39684640	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了HSD3B7作为ccRCC的预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出HSD3B7作为ccRCC的新型生物标志物，并验证了其在肿瘤进展中的作用	研究主要基于公开数据集，可能存在样本偏倚；功能研究仅限于体外和体内实验，缺乏临床验证	识别与ccRCC进展和预后相关的关键生物标志物，并探索其作为治疗靶点的潜力	ccRCC的肿瘤进展和预后生物标志物	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	基因表达数据	单细胞数据来自公开数据集，批量RNA-seq数据来自TCGA的ccRCC样本
272	2024-12-18	Targeting Precision in Cancer Immunotherapy: Naturally-Occurring Antigen-Specific TCR Discovery with Single-Cell Sequencing 2024-Nov-30, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16234020 PMID:39682207	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术发现自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于癌症免疫治疗中的TCR-T细胞疗法	本文提出了一种全面分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，能够识别超过100种抗原特异性TCR克隆型，显著提高了抗原特异性T细胞的比例	NA	开发一种全面发现和分析自然发生的抗原特异性TCR的方法，用于TCR-T细胞疗法的开发	抗原特异性TCR和TCR-T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	神经网络（ERGO-II）	RNA	外周血中的CD8 T淋巴细胞
273	2024-12-18	SIGRN: Inferring Gene Regulatory Network with Soft Introspective Variational Autoencoders 2024-Nov-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312741 PMID:39684451	研究论文	本文提出了一种名为SIGRN的软内省对抗基因调控网络无监督推断模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器模型，以提高基因调控网络推断的准确性	提出了SIGRN模型，通过引入对抗机制改进变分自编码器，避免了生成低质量数据的问题，并采用“软”内省对抗模式减少额外神经网络和参数的训练	未提及具体局限性	提高基因调控网络推断的准确性	基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	变分自编码器 (VAE)	基因数据	未提及具体样本数量
274	2024-12-18	Machine Learning Integration with Single-Cell Transcriptome Sequencing Datasets Reveals the Impact of Tumor-Associated Neutrophils on the Immune Microenvironment and Immunotherapy Outcomes in Gastric Cancer 2024-Nov-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312715 PMID:39684426	研究论文	本研究通过整合机器学习与单细胞转录组测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的影响	首次通过大规模单细胞RNA测序数据分析，识别出与免疫检查点抑制剂治疗反应相关的肿瘤相关中性粒细胞亚群，并构建了预测患者生存的风险评分模型	研究仅限于胃癌、结直肠癌和肺癌的数据，结果的普适性有待进一步验证	探讨肿瘤相关中性粒细胞在胃癌免疫微环境和免疫治疗结果中的作用	胃癌、结直肠癌和肺癌中的肿瘤相关中性粒细胞及其对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	风险评分模型	转录组数据	超过600,000个细胞
275	2024-12-18	Decoding Chemotherapy Resistance of Undifferentiated Pleomorphic Sarcoma at the Single Cell Resolution: A Case Report 2024-Nov-26, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13237176 PMID:39685635	病例报告	本研究描述了一例对化疗产生抗性的未分化多形性肉瘤（UPS）的单细胞转录组特征	首次描述了对两线化疗产生抗性的UPS的单细胞转录组，展示了肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME）亚群中的基因表达，这些可能是个性化癌症治疗的潜在标志物	本研究仅基于单一病例，样本量较小，可能无法代表所有UPS病例	研究对化疗产生抗性的UPS的细胞组成和转录组特征	未分化多形性肉瘤（UPS）的肿瘤细胞和肿瘤微环境（TME）	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	1例58岁女性患者的UPS样本
276	2024-12-18	Flow Cytometry Analyses of Meningioma Immune Cell Composition Using a Short, Optimized Digestion Protocol 2024-Nov-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16233942 PMID:39682129	研究论文	本研究优化了一种快速消化脑膜瘤组织以生成单细胞悬液的协议，并通过流式细胞术分析了浸润的免疫细胞组成	提出了一个优化的短时间消化协议，能够快速生成可行的单细胞悬液，并揭示了脑膜瘤中浸润的抗原呈递细胞和淋巴细胞	研究仅基于两个患者样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	优化脑膜瘤组织的消化协议，并研究浸润的免疫细胞组成，以探索新的非手术治疗选择	脑膜瘤组织中的浸润免疫细胞	NA	脑膜瘤	流式细胞术	NA	细胞	两个患者样本
277	2024-12-18	OVsignGenes: A Gene Expression-Based Neural Network Model Estimated Molecular Subtype of High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Nov-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16233951 PMID:39682139	研究论文	本文开发了一种基于基因表达数据的神经网络模型OVsignGenes，用于预测高级别浆液性卵巢癌的分子亚型	本文首次提出了一个基于深度神经网络的模型OVsignGenes，能够抵抗平台效应，并在测试数据集上表现出高准确性	本文仅基于已有的基因表达数据进行分析，未涉及其他类型的数据或实验验证	开发一种能够准确预测高级别浆液性卵巢癌分子亚型的模型，以支持个性化医疗和靶向治疗的发展	高级别浆液性卵巢癌的分子亚型	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	神经网络	基因表达数据	535个样本，包括60个单细胞样本
278	2024-12-18	scPAS: single-cell phenotype-associated subpopulation identifier 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae655 PMID:39681325	研究论文	本文介绍了一种名为scPAS的新型生物信息学工具，用于整合批量数据以识别单细胞数据中与表型相关的细胞亚群	scPAS通过网络正则化的稀疏回归模型量化单细胞数据中每个细胞与表型之间的关联，并通过排列检验估计这些关联的显著性，从而识别与表型相关的细胞亚群	NA	开发一种新的工具来识别单细胞数据中与疾病表型相关的细胞亚群	单细胞数据中的细胞亚群与疾病表型的关联	生物信息学	乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化	单细胞测序分析	稀疏回归模型	单细胞数据、空间转录组数据	模拟数据和来自乳腺癌、卵巢癌、动脉粥样硬化的各种单细胞数据集，以及来自多种癌症的空间转录组数据
279	2024-12-18	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analyses identify an immunotherapy nonresponse-related fibroblast signature in gastric cancer 2024-Nov-01, Anti-cancer drugs IF:1.8Q3 DOI:10.1097/CAD.0000000000001651 PMID:39110142	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与胃癌免疫治疗无反应相关的成纤维细胞特征	首次构建了与胃癌免疫治疗无反应相关的成纤维细胞基因特征，并验证了其在预测免疫治疗反应中的独立显著风险因素作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性	揭示胃癌免疫治疗无反应的潜在因素，并构建预测免疫治疗反应的成纤维细胞相关基因特征	胃癌患者的成纤维细胞及其与免疫治疗反应的关系	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库和The Cancer Genome Atlas的胃癌免疫治疗数据
280	2024-12-18	Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08008-5 PMID:39443792	研究论文	本文研究了免疫细胞与成纤维细胞在心力衰竭中的通信机制，并探讨了靶向治疗的可能性	首次揭示了免疫细胞与成纤维细胞在人类心脏疾病中的分子通信机制，并展示了通过靶向炎症信号通路来减少心肌纤维化和改善心脏功能的潜力	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其治疗效果	探讨免疫细胞与成纤维细胞在心力衰竭中的通信机制，并寻找靶向治疗的新方法	健康捐赠者、急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏组织	心血管疾病	心力衰竭	多组学单细胞基因表达、表位定位和染色质可及性分析	NA	基因表达数据	45个健康捐赠者、急性心肌梗死和慢性心力衰竭患者的心脏组织