单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7513 篇文献，本页显示第 2761 - 2780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2761 | 2024-11-19 |
A random survival forest-based pathomics signature classifies immunotherapy prognosis and profiles TIME and genomics in ES-SCLC patients
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03829-9
PMID:39358575
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研究论文 | 本文构建了一个基于随机生存森林的病理组学特征模型，用于分类广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并探索其与基因组学和肿瘤免疫微环境的关系 | 首次利用随机生存森林模型结合病理组学特征来预测广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并揭示了其与基因组学和肿瘤免疫微环境的潜在关联 | 研究样本量有限，且仅限于南京金陵医院的患者，研究结果的普适性有待进一步验证 | 探索广泛期小细胞肺癌患者免疫治疗预后的可靠生物标志物 | 广泛期小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 下一代测序 | 随机生存森林 | 图像 | 118名接受一线免疫治疗的广泛期小细胞肺癌患者 |
| 2762 | 2024-11-19 |
Recent developments and new directions in the use of natural products for the treatment of inflammatory bowel disease
2024-Sep, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2024.155812
PMID:38905845
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综述 | 本文系统回顾了利用天然产物治疗炎症性肠病（IBD）的最新研究进展 | 介绍了利用元基因组学、单细胞测序、靶点识别技术和药物递送系统等前沿技术克服天然产物在临床转化和药物发现中的挑战 | 天然产物在临床转化和药物发现方面仍面临挑战 | 探讨如何利用当代技术创新发现和利用生物活性天然产物治疗IBD | 天然产物在治疗IBD中的应用 | NA | 炎症性肠病 | 元基因组学、单细胞测序、靶点识别技术、药物递送系统 | NA | NA | NA |
| 2763 | 2024-11-19 |
Wnt pathway inhibition with the porcupine inhibitor LGK974 decreases trabecular bone but not fibrosis in a murine model with fibrotic bone
2024-May, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziae011
PMID:38577521
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研究论文 | 研究使用刺猬抑制剂LGK974抑制Wnt信号通路对小鼠纤维化骨模型中骨小梁和纤维化的影响 | 首次探讨了Wnt信号通路抑制剂LGK974在纤维化骨模型中的作用，揭示了其在骨小梁吸收和纤维化维持中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类中验证；LGK974在对照组小鼠中引起显著骨丢失，需进一步优化 | 探讨Wnt信号通路抑制剂LGK974对纤维化骨模型中骨形成和纤维化的影响 | ColI(2.3)/Rs1小鼠及其对照组小鼠的骨组织 | 数字病理学 | 纤维性骨病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 9周龄雄性ColI(2.3)/Rs1小鼠及其同窝对照组小鼠 |
| 2764 | 2024-11-19 |
Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics
2024-Mar-29, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koae003
PMID:38231860
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评论 | 本文讨论了植物单细胞/单核转录组学实验、分析和数据存储的最佳实践 | 提出了改进可重复性、质量、可比性和解释性的通用指南 | NA | 提高植物单细胞转录组学数据的质量和可重复性 | 植物单细胞/单核转录组学数据 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2765 | 2024-11-19 |
Increased CD8+ tissue resident memory T cells, regulatory T cells and activated natural killer cells in systemic sclerosis lungs
2024-03-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/kead273
PMID:37310903
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研究论文 | 研究系统性硬化症肺部组织中CD8+组织驻留记忆T细胞、调节性T细胞和活化自然杀伤细胞的增加 | 首次分析了系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群 | 样本量较小，仅包括13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照 | 识别和分析系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群 | 系统性硬化症相关间质性肺病患者的肺组织和健康对照的肺组织 | NA | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照 |
| 2766 | 2024-11-19 |
Vulture: cloud-enabled scalable mining of microbial reads in public scRNA-seq data
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad117
PMID:38195165
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研究论文 | 介绍了一种名为Vulture的可扩展云端管道，用于在公共单细胞RNA测序数据中进行微生物读取的挖掘 | Vulture比本地工具和现有云端工具更快，且在云端计算系统上成本更低，能够从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘未知的宿主-微生物相互作用 | NA | 开发一种可扩展且经济的框架，用于从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘宿主-微生物相互作用 | 单细胞RNA测序数据中的微生物读取 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2个COVID-19患者、3个肝细胞癌患者和2个胃癌患者的公共测序数据 |
| 2767 | 2024-11-19 |
EAGS: efficient and adaptive Gaussian smoothing applied to high-resolved spatial transcriptomics
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad097
PMID:38373746
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研究论文 | 本文提出了一种高效自适应高斯平滑（EAGS）方法，用于高分辨率空间转录组数据的插补 | EAGS方法通过自适应的双因子平滑，基于细胞的空间和表达信息创建模式，并利用这些模式为平滑过程创建自适应权重，从而恢复基因表达谱 | NA | 提高高分辨率空间转录组数据的信噪比和数据质量 | 高分辨率空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 高斯平滑 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠大脑和嗅球的高分辨率空间转录组数据 |
| 2768 | 2024-11-19 |
Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with Siamese graph autoencoder
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae003
PMID:38373745
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研究论文 | 本文提出了一种名为SGAE的新框架，用于空间域识别，结合了Siamese图自编码器的优势，以改进空间转录组数据分析中的细胞聚类性能 | SGAE通过在样本和特征层面减少信息相关性，提高了表示的区分能力，从而解决了现有GNN方法中的表示崩溃问题 | NA | 解决空间转录组数据分析中细胞聚类的表示崩溃问题，提高聚类性能 | 空间转录组数据中的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 图神经网络 (GNN) | Siamese图自编码器 | 空间转录组数据 | NA |
| 2769 | 2024-11-19 |
Improved integration of single-cell transcriptome data demonstrates common and unique signatures of heart failure in mice and humans
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae011
PMID:38573186
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研究论文 | 本文通过改进的单细胞转录组数据整合方法，比较了小鼠和人类心力衰竭的转录特征 | 提出了名为OrthoIntegrate的整合管道，能够独特地分配直系同源基因并合并不同物种的单细胞RNA测序数据 | 发现小鼠模型与人类心力衰竭患者之间存在独特的调控途径，表明两者之间的可比性有限 | 研究小鼠和人类心力衰竭的共同和独特转录特征，以提高疾病模型的相似性和预测价值 | 心力衰竭患者和小鼠的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 心力衰竭患者和小鼠的心脏组织样本 |
| 2770 | 2024-11-19 |
TooManyCellsInteractive: A visualization tool for dynamic exploration of single-cell data
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae056
PMID:39172544
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研究论文 | 介绍了一种名为TooManyCellsInteractive的基于浏览器的JavaScript应用程序，用于交互式探索单细胞数据 | 提供了一个直观的界面，用于可视化和操作层次化细胞亚群的径向树表示，并允许用户在多个分辨率下轻松叠加、过滤和比较生物学特征 | NA | 开发一种用户友好的工具，用于探索和可视化大规模单细胞测序数据 | 单细胞数据中的细胞亚群 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 2771 | 2024-11-19 |
Interindividual Variation in Gut Nitrergic Neuron Density Is Regulated By GDNF Levels and ETV1
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101405
PMID:39299667
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研究论文 | 研究探讨了GDNF水平和ETV1对肠道一氧化氮能神经元密度个体间差异的调控机制 | 首次揭示了GDNF水平通过调节ETV1转录因子影响肠道一氧化氮能神经元密度和功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证 | 探究调控肠道神经系统的机制及其在常见人类疾病中的作用 | 人类和小鼠的肠道神经系统和GDNF水平 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA | 41个正常成人结肠活检样本和人类及小鼠发育中肠道的单细胞RNA-seq数据 |
| 2772 | 2024-11-18 |
Characterization of CD8+ virtual memory T cells in IL-4 knockout mice using single-cell RNA sequencing
2024-Dec-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150950
PMID:39515094
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研究论文 | 研究了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的单细胞RNA测序特征 | 首次详细描述了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的基因表达特征及其在缺乏IL-4情况下的变化 | 研究仅限于IL-4敲除小鼠，未探讨其他免疫调节因子对CD8+虚拟记忆T细胞的影响 | 探讨IL-4对CD8+虚拟记忆T细胞在周围组织中扩展的微小影响 | IL-4敲除C57BL/6小鼠的CD8+虚拟记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | Seurat分析 | 基因表达数据 | 来自野生型和IL-4敲除小鼠的CD8脾细胞 |
| 2773 | 2024-11-18 |
Discovering explainable biomarkers for breast cancer anti-PD1 response via network Shapley value analysis
2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108481
PMID:39488042
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研究论文 | 本文提出了一种基于合作博弈理论的新型特征选择方法，用于识别乳腺癌免疫治疗反应的解释性生物标志物 | 本文创新性地将Shapley值分析应用于基因调控网络，以量化特征重要性，并通过网络扩展原则和节点邻接性来增强特征选择的可解释性 | NA | 旨在识别预测乳腺癌免疫治疗反应的生物标志物 | 乳腺癌患者的免疫治疗反应 | 机器学习 | 乳腺癌 | Shapley值分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 2774 | 2024-11-18 |
YAP1 Inhibition Induces Phenotype Switching of Cancer-Associated Fibroblasts to Tumor Suppressive in Prostate Cancer
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0932
PMID:39137404
|
研究论文 | 研究揭示了YAP1抑制剂在前列腺癌中诱导癌症相关成纤维细胞表型转换的机制 | 首次揭示了YAP1在调节癌症相关成纤维细胞表型中的作用，并提出了一种通过靶向YAP1来改变成纤维细胞亚型以增强免疫检查点阻断疗法效果的治疗策略 | NA | 揭示调节癌症相关成纤维细胞可塑性的机制，以增强前列腺癌对免疫检查点阻断疗法的响应 | 前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其表型转换 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 四个前列腺癌单细胞RNA测序数据集 |
| 2775 | 2024-11-18 |
A Dual-Payload Antibody-Drug Conjugate Targeting CD276/B7-H3 Elicits Cytotoxicity and Immune Activation in Triple-Negative Breast Cancer
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4099
PMID:39186778
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研究论文 | 研究开发了一种双载荷抗体药物偶联物（DualADC），用于治疗三阴性乳腺癌（TNBC），通过靶向CD276/B7-H3诱导细胞毒性和免疫激活 | 首次开发了一种双载荷抗体药物偶联物，结合了传统的细胞毒性载荷和免疫调节的Toll样受体7/8激动剂，有效杀伤多种TNBC亚型并增强肿瘤微环境中的免疫功能 | NA | 开发一种新的抗体药物偶联物，用于治疗难治性转移性三阴性乳腺癌 | 三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境中的免疫细胞 | NA | 乳腺癌 | 抗体药物偶联物（ADC） | NA | RNA测序、多重细胞因子分析、组织学 | NA |
| 2776 | 2024-11-18 |
Identification of feature genes in intestinal epithelial cell types
2024-Nov-15, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-024-00208-8
PMID:39542983
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了人和小鼠肠道不同细胞类型的特征基因，并通过免疫荧光染色和CRISPR/Cas9敲除技术探讨了这些基因在调节肠道上皮细胞增殖和分化中的作用 | 本研究不仅报道了多种肠道上皮细胞类型的新标记物，还阐明了相关基因在决定上皮细胞命运和维持干细胞稳态中的作用 | NA | 深入探索肠道上皮细胞的代表性标记物和转录因子，以进行全面的细胞命运轨迹分析 | 人和小鼠的肠道上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CRISPR/Cas9敲除 | NA | 基因表达数据 | 人和小鼠的肠道上皮细胞 |
| 2777 | 2024-11-18 |
Insulin-like growth factor 2 drives fibroblast-mediated tumor immunoevasion and confers resistance to immunotherapy
2024-Nov-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183366
PMID:39545420
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研究论文 | 本文揭示了胰岛素样生长因子2（IGF2）在肿瘤免疫逃逸和免疫治疗耐药中的关键作用 | 发现IGF2通过促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）与T细胞的相互作用，驱动肿瘤免疫逃逸，并增加免疫治疗耐药性 | NA | 探讨IGF2在肿瘤免疫逃逸和免疫治疗耐药中的作用机制 | 胰岛素样生长因子2（IGF2）及其在肿瘤免疫逃逸中的作用 | NA | NA | 空间转录组学和单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用IGF2缺陷小鼠模型进行研究 |
| 2778 | 2024-11-18 |
A multimodal zebrafish developmental atlas reveals the state-transition dynamics of late-vertebrate pluripotent axial progenitors
2024-Nov-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.047
PMID:39454574
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研究论文 | 本文介绍了Zebrahub，一个整合了单细胞测序时间序列数据和光片显微镜重建的斑马鱼胚胎发育动态图谱 | Zebrahub提供了高分辨率和深入的分子洞察力，通过在十个发育阶段对单个胚胎进行测序，并重建细胞轨迹，同时包含一个交互式工具来导航复杂的细胞流动和谱系 | NA | 阐明生物体发育过程，全面理解细胞谱系在空间、时间和分子域中的变化 | 斑马鱼胚胎发育中的神经-中胚层前体细胞（NMPs）和联合肾-造血干细胞前体细胞的起源 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序，光片显微镜 | NA | 单细胞数据 | 十个发育阶段的单个斑马鱼胚胎 |
| 2779 | 2024-11-18 |
Machine learning-driven discovery of novel therapeutic targets in diabetic foot ulcers
2024-Nov-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00955-z
PMID:39543487
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研究论文 | 利用机器学习方法识别糖尿病足溃疡（DFU）中的治疗反应基因 | 首次通过机器学习方法识别出与DFU相关的关键基因SCUBE1和RNF103-CHMP3，并探讨了其在免疫调节和细胞通讯中的作用 | 研究结果需要在更大规模的队列中进行验证，并探索其在临床治疗中的应用潜力 | 通过机器学习方法识别糖尿病足溃疡中的潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡患者的转录组数据和单细胞转录组数据 | 机器学习 | 糖尿病 | 转录组分析 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 糖尿病足溃疡患者和健康对照的转录组数据，以及单细胞转录组数据 |
| 2780 | 2024-11-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the landscape of the cellular ecosystem of primary hepatocellular carcinoma
2024-Nov-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03574-0
PMID:39543644
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在原发性肝细胞癌（HCC）细胞生态系统中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了HCC细胞生态系统的复杂性和异质性 | NA | 理解HCC的发展并识别新的治疗靶点 | HCC细胞及其非恶性基质细胞的异质性和相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |