单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2661	2024-11-23	Blockade of CCR5+ T Cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Optimizes Anti-TGF-β/PD-L1 Bispecific Antibody 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408598 PMID:39303165	研究论文	研究通过scRNA-seq分析肿瘤微环境变化，发现YM101治疗后存在免疫抑制性CCR5 T细胞，并提出使用Maraviroc抑制CCR5 T细胞积累以优化YM101疗效	首次揭示了YM101治疗后肿瘤微环境中CCR5 T细胞的免疫抑制作用，并提出联合使用Maraviroc以增强YM101的抗肿瘤效果	研究主要在肿瘤小鼠模型中进行，尚未在临床试验中验证	探索肿瘤微环境中的免疫抑制因素，优化YM101抗肿瘤效果	肿瘤微环境中的免疫细胞和免疫抑制机制	NA	NA	scRNA-seq	NA	RNA	多只肿瘤小鼠
2662	2024-11-23	Spatiotemporal Analysis of Mesenchymal Stem Cells Fate Determination by Inflammatory Niche Following Soft Tissue Injury at a Single-Cell Level 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310282 PMID:39308190	研究论文	研究探讨了软组织损伤后炎症微环境中间充质干细胞命运的决定机制	通过单细胞RNA测序、空间转录组和谱系追踪分析，揭示了炎症微环境中间充质干细胞向软骨和骨细胞分化的动态过程及其调控机制	NA	探讨创伤诱导的炎症暴露对间充质干细胞命运决定的影响	间充质干细胞及其在炎症微环境中的分化	数字病理学	软组织损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
2663	2024-11-23	Spatial Isoforms Reveal the Mechanisms of Metastasis 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402242 PMID:39312471	研究论文	研究食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，分析了空间异构体在人类实体瘤和淋巴结中的表达和分布模式，并提出了异构体生成动力学对异构体时间异质性的影响	尚未完全阐明CD8 T细胞在化疗耐药和转移患者中的调控机制	揭示食管鳞状细胞癌中淋巴结转移的机制，特别是CD8 T细胞在化疗耐药和转移中的作用	食管鳞状细胞癌中的CD8 T细胞和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	食管癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	转录组数据	涉及人类实体瘤和淋巴结样本
2664	2024-11-23	Transcriptomic mapping of the 5-HT receptor landscape 2024-Oct-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101048 PMID:39569210	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和多重荧光原位杂交技术，对成年小鼠大脑中的5-HT受体进行了全面的转录组分析	首次在单细胞水平上揭示了5-HT受体的多样性分布和共转录现象	NA	研究5-HT受体在小鼠大脑中的转录模式和空间分布	5-HT受体及其在小鼠大脑中的表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重荧光原位杂交（MERFISH）	NA	转录组数据	约400万细胞（scRNA-seq）和约1000万细胞（MERFISH）
2665	2024-11-22	Exploring the Unknown: How Can We Improve Single-cell RNAseq Cell Type Annotations in Non-model Organisms? 2024-Nov-21, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icae112 PMID:39013613	研究论文	本文探讨了如何改进非模式生物中单细胞RNA测序（scRNAseq）细胞类型注释的方法	提出了利用细胞谱系进化背景进行注释、使用机器学习进行无参考注释以及利用未注释基因作为潜在细胞标记的新方法	未具体讨论这些方法在实际应用中的效果和局限性	改进非模式生物中单细胞RNA测序的细胞类型注释，以发现新的细胞类型并提高注释的准确性	非模式生物中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	机器学习	基因表达数据	未具体说明样本数量
2666	2024-11-22	A cell atlas foundation model for scalable search of similar human cells 2024-Nov-20, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08411-y PMID:39566551	研究论文	开发了一种名为SCimilarity的度量学习框架，用于学习统一的、可解释的细胞表示，以便快速查询数千万个细胞档案	提出了SCimilarity框架，能够跨研究快速查询转录相似的细胞状态	NA	开发一种能够跨人体快速查询相似细胞状态的工具	人类细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	间质性肺病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	度量学习框架	单细胞RNA测序数据	2340万细胞，来自412项研究
2667	2024-11-22	Integrated single-cell analysis reveals heterogeneity and therapeutic insights in osteosarcoma 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01523-x PMID:39556142	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤的细胞异质性和转录动力学，并提供了个性化治疗策略的基础	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中11种不同的肿瘤细胞亚群及其与疾病进展和转移相关的独特转录特征	NA	深入了解骨肉瘤的分子机制，以改进治疗策略	骨肉瘤肿瘤细胞的异质性和转录动力学	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2668	2024-11-22	Multi-omics analysis reveals the role of the autophagy-related gene AGT in chemotherapy resistance in colorectal cancer and the therapeutic potential of its inhibitors 2024-Nov-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01545-5 PMID:39557714	研究论文	通过多组学分析探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	首次通过多组学分析揭示了自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用，并评估了其抑制剂的治疗潜力	研究主要基于数据库分析和模拟实验，缺乏体内实验验证	探讨自噬相关基因AGT在结直肠癌化疗耐药中的作用及其抑制剂的治疗潜力	自噬相关基因AGT在结直肠癌中的表达模式、功能及其与化疗耐药的关系	数字病理学	结直肠癌	多组学分析、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、药物敏感性数据、免疫浸润数据	CRC组织和正常组织的基因表达数据来自GTEx和TCGA数据库，单细胞RNA测序数据来自TISCH数据库
2669	2024-11-22	Single-cell RNA-seq analysis of cancer-endothelial cell interactions in primary tumor and peritoneal metastasis from a single patient with colorectal cancer 2024-Nov-18, BJC reports DOI:10.1038/s44276-024-00112-3 PMID:39558013	研究论文	研究分析了单个结直肠癌患者原发肿瘤和腹膜转移灶中单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞之间的相互作用	首次在单个结直肠癌患者中分析了原发肿瘤和腹膜转移灶中的单细胞转录组，揭示了肿瘤内异质性和癌细胞与内皮细胞的相互作用变化	研究受限于N-of-1设计，需要进一步验证	探索结直肠癌腹膜转移灶中的肿瘤内异质性和癌细胞与肿瘤微环境细胞的相互作用	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单个结直肠癌患者的原发肿瘤和腹膜转移灶样本
2670	2024-11-22	Exploring human pancreatic organoid modelling through single-cell RNA sequencing analysis 2024-Nov-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07193-3 PMID:39558019	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析探索了人类胰腺类器官的建模	首次详细描述了人类胰腺类器官的细胞组成和发育轨迹，并揭示了其复杂的异质性	NA	深入描述人类胰腺类器官的结构和功能，为未来的体外诊断和转化研究提供基础	人类胰腺类器官的细胞组成和发育机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2671	2024-11-22	Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant chemoradiotherapy in local advanced rectal cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05747-x PMID:39558398	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了新辅助放化疗后局部晚期直肠癌肿瘤微环境的细胞和分子变化	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了新辅助放化疗后肿瘤微环境的复杂变化，揭示了不同细胞亚群的相互作用及其对治疗的反应	样本量相对较小，仅包括六个样本，可能影响结果的普适性	深入理解新辅助放化疗对局部晚期直肠癌肿瘤微环境的影响，为提高治疗效果提供理论基础	局部晚期直肠癌患者的肿瘤微环境	数字病理学	直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	32,417个细胞，来自六个样本
2672	2024-11-22	DeSide: A unified deep learning approach for cellular deconvolution of tumor microenvironment 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407096121 PMID:39514318	研究论文	提出了一种名为DeSide的统一深度学习方法，用于肿瘤微环境的细胞去卷积分析	DeSide通过整合生物学通路和优先评估非癌细胞类型，有效规避了癌细胞基因表达谱高度变异的问题，并引入了独特的采样和过滤技术生成高质量训练集	NA	开发一种高效且成本效益高的方法，用于分析肿瘤微环境的复杂细胞组成	肿瘤微环境中的细胞组成	数字病理学	NA	RNA测序	深度学习	基因表达谱	利用了来自六种癌症类型和185个癌症细胞系的单细胞RNA测序数据，以及来自TCGA的22种癌症类型的批量RNA测序数据
2673	2024-11-22	Preclinical lentiviral hematopoietic stem cell gene therapy corrects Pompe disease-related muscle and neurological manifestations 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.024 PMID:39295144	研究论文	本文研究了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法治疗庞贝病，并展示了其在小鼠模型中的潜力	提出了通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法作为下一代治疗庞贝病的方法	本文仅在预临床小鼠模型中进行了研究，尚未在人体中验证	旨在克服酶替代疗法的局限性，探索新的庞贝病治疗方法	庞贝病及其相关的肌肉和神经系统表现	基因治疗	庞贝病	慢病毒载体介导的基因疗法	NA	RNA测序数据	小鼠模型
2674	2024-11-22	Single-cell RNA sequencing reveals anti-tumor potency of CD56+ NK cells and CD8+ T cells in humanized mice via PD-1 and TIGIT co-targeting 2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.025 PMID:39318093	研究论文	本文介绍了一种改进的人源化小鼠模型，通过单细胞RNA测序揭示了CD56+ NK细胞和CD8+ T细胞在PD-1和TIGIT联合靶向下对肝细胞癌的抗肿瘤潜力	引入了改进的人源化小鼠模型，恢复了NK细胞的重建和浸润，并通过单细胞RNA测序识别潜在的抗肝细胞癌治疗方法	组合疗法后肿瘤转录组的显著变化可能导致进一步的耐药性，需要进一步研究	研究NK细胞和T细胞在肝细胞癌中的抗肿瘤作用，并评估PD-1和TIGIT联合靶向疗法的效果	CD56+ NK细胞、CD8+ T细胞、肝细胞癌	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人源化小鼠模型中的肝细胞癌患者来源的异种移植模型
2675	2024-11-22	Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies 2024-Nov-01, JAMA ophthalmology IF:7.8Q1 DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836 PMID:39325468	研究论文	本文对6名携带UBAP1L基因双等位基因致病变异的非综合征性视网膜营养不良患者进行了临床和分子特征分析	发现了UBAP1L基因在非综合征性视网膜营养不良中的致病作用，并提供了功能性证据	样本量较小，仅包括6名患者	提供非综合征性视网膜营养不良患者的临床和分子特征，揭示UBAP1L基因的致病作用	6名携带UBAP1L基因双等位基因致病变异的非综合征性视网膜营养不良患者	遗传学	视网膜营养不良	下一代测序（NGS）、外显子组测序、基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	6名患者
2676	2024-11-22	Generation, expansion, gene delivery, and single-cell profiling in rhesus macaque plasma B cells 2024-Oct-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100878 PMID:39406231	研究论文	本文开发了在食蟹猴血浆B细胞中进行细胞生成、扩增、基因递送和单细胞分析的方法	首次在非人灵长类（食蟹猴）B细胞中实现了高效的细胞扩增、分化和基因递送，并发现了与人类细胞不同的免疫检查点分子和主要组织相容性复合物分子的上调	NA	开发用于治疗目的的工程化B细胞在免疫健全的大型动物模型中的评估方法	食蟹猴血浆B细胞	NA	NA	单细胞测序、流式细胞术、腺相关病毒（AAV）递送	NA	转录组数据	NA
2677	2024-11-22	Characterization of the single cell landscape in normal and osteoarthritic equine joints 2024-Oct-20, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-24-40 PMID:39507442	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了正常和骨关节炎马关节滑液中的细胞组成，揭示了骨关节炎免疫病理发生中的关键细胞类型和相互作用	首次在马关节滑液和滑膜中进行了单细胞RNA测序，识别了多种免疫细胞亚群及其在骨关节炎中的变化，为未来研究提供了马特异性细胞类型基因签名	样本量较小，仅包括三只正常马和三只骨关节炎马的关节滑液，以及一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜	通过分析骨关节炎关节中的转录组反应，加深对骨关节炎免疫病理发生的理解，促进靶向疗法的开发	正常和骨关节炎马的关节滑液和滑膜中的免疫细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	28,639个细胞来自正常和骨关节炎马的关节滑液，17,690个细胞来自一只正常马和一只骨关节炎马的滑膜
2678	2024-11-22	Single-cell heterogeneity in ribosome content and the consequences for the growth laws 2024-Oct-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.19.590370 PMID:38895328	研究论文	研究了单细胞水平上核糖体含量与生长规律的关系	首次在单细胞水平上研究了核糖体含量与生长规律的关系，发现单细胞核糖体水平并不精确匹配群体生长速率或营养可用性	研究仅限于两种微生物，结果可能不适用于所有物种	探讨单细胞核糖体含量与生长规律的关系	单细胞酵母和细菌的核糖体含量	NA	NA	单细胞RNA测序	高斯过程模型	转录组数据	数千个单细胞样本，来自多种条件、重复和物种
2679	2024-11-22	SIngle cell level Genotyping Using scRna Data (SIGURD) 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae604 PMID:39559832	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序数据进行单细胞水平基因分型的R语言管道SIGURD	SIGURD能够结合体细胞和线粒体变异进行克隆分析，并进行功能分析，如检测克隆间的差异表达基因	NA	开发一种能够结合体细胞和线粒体变异进行单细胞RNA测序数据克隆分析的计算工具	单细胞RNA测序数据中的体细胞和线粒体变异	生物信息学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自骨髓增殖性肿瘤患者的集落形成细胞的单细胞数据
2680	2024-11-22	Bayesian-frequentist hybrid inference framework for single cell RNA-seq analyses 2024-06-20, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00638-0 PMID:38902839	研究论文	本文提出了一种贝叶斯-频率主义混合推断框架，用于单细胞RNA测序分析，以提高识别差异表达基因的能力	提出了贝叶斯-频率主义混合框架，相比其他单细胞差异表达方法，在考虑FDR和功效时表现更优	NA	提高单细胞RNA测序数据中差异表达基因的识别能力	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	肺纤维化	单细胞RNA测序	贝叶斯-频率主义混合框架	基因表达数据	NA