单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7461 篇文献，本页显示第 2641 - 2660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2641 | 2024-12-14 |
Aging- and alcohol-associated spatial transcriptomic signature in mouse acute pancreatitis reveals heterogeneity of inflammation and potential pathogenic factors
2024-08, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-024-02460-6
PMID:38940937
|
研究论文 | 本研究通过建立衰老酒精性急性胰腺炎小鼠模型，应用Visium空间转录组学技术，揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎空间转录组特征 | 首次通过空间转录组学技术揭示了衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的炎症异质性，并识别出潜在的致病因素 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现 | 阐明衰老和酒精相关的小鼠急性胰腺炎的空间转录组特征及其潜在机制 | 衰老和年轻小鼠的急性胰腺炎模型 | NA | 胰腺炎 | Visium空间转录组学 | NA | 转录组 | 衰老小鼠（18个月）和年轻小鼠（3个月）各一组 | NA | NA | NA | NA |
| 2642 | 2024-12-14 |
CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07537-3
PMID:38867048
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了IL-23受体表达细胞在肠道中的急性反应，揭示了CTLA-4在ILC3s上的上调及其在调节IL-23介导的炎症中的作用 | 首次发现CTLA-4在ILC3s上的上调，并揭示了其在调节IL-23介导的炎症中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，对人类样本的研究较少，且未探讨CTLA-4在其他炎症性疾病中的作用 | 探讨IL-23介导的炎症反应中CTLA-4的作用机制 | 肠道中的IL-23受体表达细胞及ILC3s | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类ILC3s样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2643 | 2024-12-14 |
A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia
2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.26.559569
PMID:37808650
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研究论文 | 本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经再生的化合物 | 首次使用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子分析，筛选出促进神经再生的化合物 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经再生能力，以恢复视网膜疾病患者的视力 | 小鼠Müller胶质细胞的神经再生 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 92种化合物 | NA | NA | NA | NA |
| 2644 | 2024-12-14 |
q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics
2024-04-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06104-w
PMID:38565955
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研究论文 | 本文介绍了一种名为q-diffusion的框架，用于捕捉单细胞转录组数据中基因共表达的完整维度 | q-diffusion框架在捕捉基因共表达结构方面优于现有的分析工具，能够提供更丰富的细胞生物学理解 | NA | 探索单细胞RNA测序数据的完整维度，以更深入地理解细胞生物学 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达结构 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及CALGB/SWOG 80405临床试验、体外PBMC数据集和人类皮质组织的空间单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 2645 | 2024-12-14 |
Segregation of morphogenetic regulatory function of Shox2 from its cell fate guardian role in sinoatrial node development
2024-03-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06039-2
PMID:38553636
|
研究论文 | 研究探讨了Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与其细胞命运守护角色之间的分离 | 首次展示了Shox2在窦房结发育中细胞命运决定与形态发生调控功能的分离 | 研究仅限于Shox2和Nkx2-5的共同失活对窦房结发育的影响，未探讨其他可能的调控因子 | 探讨Shox2在窦房结发育中的双重角色及其相互关系 | Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与细胞命运守护角色 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Shox2突变体、Nkx2-5突变体及两者的共同失活突变体（dKO）的窦房结细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 2646 | 2024-12-14 |
Endothelial gene regulatory elements associated with cardiopharyngeal lineage differentiation
2024-03-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06017-8
PMID:38514806
|
研究论文 | 研究识别了与心脏咽弓中胚层分化相关的内皮细胞基因调控元件 | 通过整合染色质重塑和基因表达数据与单细胞RNA测序数据，识别了101个内皮细胞基因的潜在调控元件，并使用机器学习策略预测增强子 | 研究主要基于小鼠胚胎数据，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性 | 识别和验证在心脏咽弓中胚层分化过程中激活的内皮细胞基因调控元件 | 内皮细胞基因调控元件及其在心脏咽弓中胚层分化中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 2647 | 2024-12-14 |
GPU-accelerated Kendall distance computation for large or sparse data
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae088
PMID:39658191
|
研究论文 | 本文介绍了一种GPU加速的Kendall距离矩阵计算软件GADES，适用于大规模或稀疏数据的处理 | 提出了GPU加速的Kendall-$ au$距离矩阵计算方法，并解决了数据稀疏性带来的算法挑战 | 未提及具体的局限性 | 开发高效的计算策略，用于高性能的Kendall距离矩阵计算 | 大规模或稀疏的多维数据集，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | GPU加速计算 | NA | 数据矩阵 | 未提及具体的样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 2648 | 2024-12-14 |
Unveiling the role of TGF-β signaling pathway in breast cancer prognosis and immunotherapy
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1488137
PMID:39664194
|
研究论文 | 本研究探讨了TGF-β信号通路在乳腺癌预后和免疫治疗中的作用 | 开发了一种新的TGF-β通路相关预后签名（TSPRS），并验证了其在乳腺癌预后和免疫治疗中的预测能力 | NA | 研究TGF-β信号通路与乳腺癌临床结果及其对肿瘤微环境和免疫治疗反应的影响 | 乳腺癌患者的转录组和单细胞测序数据 | NA | 乳腺癌 | 转录组测序，单细胞测序，加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌转录组和单细胞测序数据，涉及54个与TGF-β信号通路相关的基因 | NA | NA | NA | NA |
| 2649 | 2024-12-13 |
Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1497251
PMID:39664386
|
研究论文 | 研究分析了MHC-II表达的三阴性乳腺癌的功能影响 | 揭示了MHC-II表达的肿瘤细胞在调节免疫环境和影响患者生存结果中的功能重要性，并开发了一个包含40个显著基因的预后标志物，通过机器学习模型成功预测了患者的生存结果和免疫浸润程度 | NA | 理解MHC-II表达的肿瘤细胞在肿瘤微环境中的作用 | 三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习模型 | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2650 | 2024-12-14 |
Complement C1q is a key player in tumor-associated macrophage-mediated CD8+ T cell and NK cell dysfunction in malignant pleural effusion
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.100607
PMID:39664577
|
研究论文 | 本研究探讨了补体C1q在肿瘤相关巨噬细胞介导的CD8+ T细胞和NK细胞功能障碍中的作用 | 首次揭示了C1q在M2巨噬细胞极化中的依赖性作用，并证明了C1q缺乏可以恢复CD8 T细胞的耗竭状态，增强CD8 T细胞和NK细胞的免疫活性 | 实验仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 研究C1q在恶性胸腔积液中的作用及其对免疫细胞功能的影响 | 恶性胸腔积液中的巨噬细胞、CD8+ T细胞和NK细胞 | 免疫学 | 癌症 | scRNA-seq、代谢组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、代谢物数据 | 使用C1qa小鼠MPE模型进行实验 | NA | NA | NA | NA |
| 2651 | 2024-12-13 |
CAR-NK cells derived from cord blood originate mainly from CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK progenitor cells
2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2024.101374
PMID:39659759
|
研究论文 | 研究探讨了脐血来源的CAR-NK细胞主要来源于CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK祖细胞 | 首次确定CAR-NK细胞主要来源于CD56 NK祖细胞，并揭示了CD56CD7CD34HLA-DR Lin细胞是人类脐血来源CAR-NK细胞的主要来源 | 研究未详细探讨如何增强从这些NK祖细胞中产生NK细胞的质量和数量 | 探讨CAR-NK细胞在脐血中的起源 | 脐血来源的CAR-NK细胞及其祖细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 脐血单个核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 2652 | 2024-12-13 |
Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data
2024-Dec-11, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007
PMID:39665934
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2653 | 2024-12-13 |
Pericancerous cross-presentation to cytotoxic T lymphocytes impairs immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma
2024-Dec-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.10.012
PMID:39547231
|
研究论文 | 研究揭示了在肝细胞癌中，癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制介导的细胞质途径交叉呈递抗原给CD103细胞毒性T淋巴细胞，导致CD103 CTLs滞留在癌周区域，激活NLRP3炎症小体，促进肝癌进展并抵抗免疫治疗 | 首次揭示了癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制交叉呈递抗原给CD103 CTLs，并阐明了这一过程如何促进肝癌进展和免疫治疗抵抗 | 研究主要集中在单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要进一步的实验验证 | 探讨癌周巨噬细胞与细胞毒性T淋巴细胞在肝细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗效果的影响 | 肝细胞癌患者的癌周巨噬细胞和CD103细胞毒性T淋巴细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | RNA | 肝细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 2654 | 2024-12-13 |
Deletion of RFX6 impairs iPSC-derived islet organoid development and survival, with no impact on PDX1+/NKX6.1+ progenitors
2024-Dec, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06232-2
PMID:39080045
|
研究论文 | 研究RFX6缺失对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响，并探讨其在胰腺发育中的具体作用 | 首次揭示了RFX6在胰腺发育中的保护作用，并通过RNA-seq分析了RFX6缺失对胰腺内分泌分化、胰岛素分泌和离子转运相关基因的下调作用 | 研究主要集中在体外模型，未能在体内环境中验证RFX6缺失的影响 | 探讨RFX6在胰腺发育和糖尿病发病机制中的具体作用 | RFX6在胰腺发育中的表达及其对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响 | 干细胞生物学 | 糖尿病 | CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个iPSC系和hESC衍生的胰腺细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 2655 | 2024-12-13 |
Characterizing the impacts of dataset imbalance on single-cell data integration
2024-Dec, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-02097-9
PMID:38429430
|
研究论文 | 本研究探讨了数据集不平衡对单细胞数据整合的影响，并提出了评估和缓解不平衡影响的工具和指南 | 引入了新的属性（聚合细胞类型支持和最小细胞类型中心距离）来量化不平衡的影响，并提出了平衡聚类指标和不平衡整合指南 | 未提及具体的局限性 | 研究数据集不平衡对单细胞转录组数据整合的下游分析和生物学解释的影响 | 单细胞转录组数据整合方法在不同样本和条件下的表现 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2600次整合实验 | NA | NA | NA | NA |
| 2656 | 2024-12-13 |
Single-cell atlas of healthy vocal folds and cellular function in the endothelial-to-mesenchymal transition
2024-Dec, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13723
PMID:39245637
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和免疫染色技术，研究了成年Sprague-Dawley大鼠声带的细胞组成和功能 | 本文首次识别出与上皮-间充质转化相关的上皮细胞亚群，并揭示了其在病理状态下的功能重要性 | 研究仅限于成年Sprague-Dawley大鼠的声带，未涉及其他物种或病理条件 | 揭示声带黏膜的细胞和分子框架，并探讨发育通路在癌症病理状态中的功能重要性 | 成年Sprague-Dawley大鼠的声带细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 5836个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 2657 | 2024-12-13 |
Omics in allergy and asthma
2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.023
PMID:39384073
|
综述 | 本文综述了组学技术在过敏和哮喘研究中的变革性影响，重点介绍了基因组学和转录组学相关的高通量技术的进展 | 单细胞RNA测序技术的快速普及显著提升了对过敏性疾病分子病理学的理解，高通量基因组测序加速了单基因疾病的发现 | 微生物组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学等领域虽然迅速发展，但许多当前的研究结果仍缺乏确凿的证据 | 探讨组学技术在过敏和哮喘研究中的应用，以期通过整合组学数据深入理解疾病机制，推动精准医学的发展 | 过敏和哮喘的分子病理学及相关的单基因疾病 | NA | 过敏和哮喘 | 单细胞RNA测序、高通量基因组测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2658 | 2024-12-13 |
A Single-Cell RNA Sequencing Guided Multienzymatic Hydrogel Design for Self-Regenerative Repair in Diabetic Mandibular Defects
2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202410962
PMID:39436107
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病环境下阻碍巨噬细胞极化的关键因素，并设计了一种多酶水凝胶支架用于糖尿病下颌骨缺损的自修复 | 通过单细胞RNA测序技术指导设计多酶水凝胶支架，显著提升了糖尿病环境下骨组织工程的自修复能力 | NA | 探索糖尿病环境下骨组织再生的新方法 | 糖尿病下颌骨缺损中的巨噬细胞、间充质干细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2659 | 2024-12-13 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae696
PMID:39563471
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研究论文 | 本文提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个bulk或单细胞转录组学研究时检测多类生物标志物 | 本文的创新点在于提出了一种新的统计框架MICA，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究 | 本文的局限性在于主要集中在转录组学数据上，未涵盖其他类型的组学数据 | 本文的研究目的是开发一种新的方法，用于在整合多个转录组学研究时检测多类生物标志物 | 本文的研究对象是多类设计的转录组学研究中的生物标志物 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 包括小鼠代谢相关转录组研究的四个组织和三种雌激素治疗表达谱的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 2660 | 2024-12-13 |
Stem-like exhausted CD8 T cells in pleural effusions predict improved survival in non-small cell lung cancer (NSCLC) and mesothelioma
2024-Sep-30, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-284
PMID:39430319
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研究论文 | 研究探讨了胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后意义 | 首次发现胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞（Texstem）的频率与非小细胞肺癌和间皮瘤患者的更好生存结果相关 | 研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定类型的肺癌和间皮瘤患者 | 探讨干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后价值 | 非小细胞肺癌和间皮瘤患者的胸腔积液中的CD8 T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞多组学分析 | NA | 细胞 | 43例非小细胞肺癌患者和49例间皮瘤患者的胸腔积液样本，以及16例预处理胸腔积液样本和4例单细胞多组学分析样本 | NA | NA | NA | NA |