单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2641	2024-10-20	Unravelling the Complexity of HNSCC Using Single-Cell Transcriptomics 2024-Sep-25, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16193265 PMID:39409886	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）研究中的应用	scRNAseq技术能够详细描述肿瘤微环境（TME）中的细胞水平特征，为HNSCC的病因、诊断、预后和治疗提供了新的见解	NA	评估scRNAseq在解决HNSCC管理挑战中的效用	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
2642	2024-10-20	SELF-Former: multi-scale gene filtration transformer for single-cell spatial reconstruction 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae523 PMID:39413798	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的框架SELF-Former，用于单细胞空间重构任务	引入了基因过滤模块，显著提升了空间重构任务的准确性	NA	解决单细胞RNA测序数据到空间转录组数据的空间重构问题	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	生物信息学	NA	Transformer	Transformer	基因表达数据	四个基准数据集
2643	2024-10-20	scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae526 PMID:39417321	研究论文	提出了一种基于多视图图注意力网络的scMGATGRN方法，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	scMGATGRN模型结合了图注意力网络、多视图和视图级注意力机制，能够同时利用局部特征信息和高阶邻居特征信息，动态调整节点嵌入表示的相对重要性	NA	推断基因调控网络，揭示细胞系统的结构和动态特性	单细胞转录组数据中的基因调控网络	机器学习	NA	图注意力网络	多视图图注意力网络	转录组数据	七个基准单细胞RNA测序数据集，来自五种细胞系（两种人类细胞和三种小鼠细胞）
2644	2024-10-20	Isotype-aware inference of B cell clonal lineage trees from single-cell sequencing data 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100637 PMID:39208795	研究论文	本文介绍了一种名为TRIBAL的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑了体细胞超突变和类别转换重组	TRIBAL算法能够同时考虑体细胞超突变和类别转换重组，相较于现有方法，能够更全面和准确地重建B细胞系谱树	NA	开发一种新的算法，用于从单细胞RNA测序数据中推断B细胞克隆系谱树，考虑体细胞超突变和类别转换重组	B细胞克隆系谱树的推断	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2645	2024-10-20	ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642 PMID:39216475	研究论文	研究探讨了ABCA7基因在阿尔茨海默病中的作用及其通过BDNF/NGFR信号通路对神经肽Y（NPY）表达的影响	首次通过CRISPR-Cas9技术生成了abca7敲除斑马鱼模型，揭示了ABCA7在阿尔茨海默病中的功能相关性	研究主要基于斑马鱼模型和诱导多能干细胞衍生的神经元，缺乏直接的人类临床试验数据	探讨ABCA7基因在阿尔茨海默病中的功能及其对神经肽Y（NPY）表达的影响	ABCA7基因、神经肽Y（NPY）、脑源性神经营养因子（BDNF）、神经生长因子受体（NGFR）	神经科学	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9、单细胞转录组学	NA	转录组数据	斑马鱼模型、诱导多能干细胞衍生的神经元
2646	2024-10-20	An isoform-resolution transcriptomic atlas of colorectal cancer from long-read single-cell sequencing 2024-Sep-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100641 PMID:39216476	研究论文	本研究通过整合短读和长读单细胞RNA测序数据，构建了结直肠癌的isoform分辨率转录组图谱	首次整合短读和长读单细胞RNA测序数据，揭示了结直肠癌中394个失调的转录结构，并开发了一种算法来识别可能用于癌症疫苗开发的复发性新抗原	NA	揭示结直肠癌中的转录异质性和潜在的治疗靶点	结直肠癌样本中的肿瘤上皮细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
2647	2024-10-20	Acyl-coenzyme a binding protein (ACBP) - a risk factor for cancer diagnosis and an inhibitor of immunosurveillance 2024-Sep-06, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02098-5 PMID:39242519	研究论文	研究了ACBP/DBI在癌症诊断中的风险因素作用及其作为免疫监视抑制剂的功能	发现ACBP/DBI作为内源性免疫抑制剂，可作为改善癌症免疫监视的可行靶点	NA	探讨ACBP/DBI在癌症发展中的作用及其作为免疫监视抑制剂的潜力	ACBP/DBI在癌症患者和高风险患者中的水平，以及其在小鼠模型中的作用	NA	肺癌	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液	癌症患者，高风险患者，非综合征健康受试者，小鼠模型
2648	2024-10-20	The choroid plexus synergizes with immune cells during neuroinflammation 2024-Sep-05, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.07.002 PMID:39089253	研究论文	本文研究了脉络丛在神经炎症期间与免疫细胞的协同作用	首次揭示了脉络丛上皮细胞在神经炎症期间临时特化，以滋养免疫细胞，协调其招募、生存和分化，并调节紧密连接以控制脉络丛血脑屏障的通透性	NA	阐明脉络丛在调节脑部炎症中的机制	脉络丛、免疫细胞、脑脊液	NA	NA	双光子成像、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	清醒小鼠
2649	2024-10-20	Circulating KLRG1+ long-lived effector memory T cells retain the flexibility to become tissue resident 2024-Jun-28, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adj8356 PMID:38941479	研究论文	研究了KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在病毒感染后进入非淋巴组织并建立驻留的能力	发现KLRG1+长寿命效应记忆T细胞虽然不能分化为其他循环记忆细胞，但仍能进入组织并建立驻留	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨KLRG1+长寿命效应记忆T细胞在病毒感染后的行为和功能	KLRG1+长寿命效应记忆T细胞及其在病毒感染后的组织驻留能力	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
2650	2024-10-20	Cardiac and perivascular myofibroblasts, matrifibrocytes, and immune fibrocytes in hypertension; commonalities and differences with other cardiovascular diseases 2024-May-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae044 PMID:38395029	研究论文	本文探讨了高血压中不同类型纤维化的分子机制及其在心血管病理生理学中的潜在作用	本文提出了新的纤维母细胞亚群（如matrifibrocytes和immune fibrocytes）在心血管纤维化中的作用，并探讨了其潜在的治疗应用	本文主要基于实验证据和单细胞RNA测序研究，缺乏临床验证	研究高血压和其他心血管疾病中纤维化的分子机制及其潜在治疗策略	高血压、压力超负荷、心肌梗死、动脉粥样硬化、主动脉瘤和肾硬化等心血管疾病中的纤维母细胞亚群	心血管疾病	高血压	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2651	2024-10-20	Comparative Single Cell Analysis of Transcriptional Bursting Reveals the Role of Genome Organization on de novo Transcript Origination 2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	本文通过比较单细胞RNA测序研究了转录爆发与基因组组织在新生转录本起源中的作用	本文首次量化了物种和细胞类型特异性差异对转录爆发的影响，并识别出一组198个基因，这些基因在不同物种间具有高度预测性且对物种特异性差异具有鲁棒性	本文主要集中在三个近缘物种的比较研究，可能无法完全代表所有物种的转录爆发机制	研究转录爆发与基因组组织在新生转录本起源中的作用	精子发生过程中的转录爆发和基因组组织	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	三个近缘物种的细胞样本
2652	2024-10-20	SSR1 and CKAP4 as potential biomarkers for intervertebral disc degeneration based on integrated bioinformatics analysis 2024-Mar, JOR spine IF:3.4Q1 DOI:10.1002/jsp2.1309 PMID:38222802	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析，鉴定了SSR1和CKAP4作为椎间盘退变潜在的生物标志物，并在体外进行了验证	本研究首次通过综合生物信息学方法鉴定了SSR1和CKAP4作为椎间盘退变的潜在生物标志物，并在体外实验中验证了其诊断价值	本研究的样本量较小，且仅限于人类椎间盘组织，未来需要更大规模和多样本的验证	鉴定椎间盘退变的潜在生物标志物并验证其诊断价值	椎间盘退变相关的关键基因和潜在生物标志物	生物信息学	脊柱疾病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、MCODE、LASSO算法、ROC曲线、免疫浸润分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	30个人类椎间盘样本
2653	2024-10-20	Single-cell sequencing reveals increased LAMB3-positive basal keratinocytes and ZNF90-positive fibroblasts in autologous cultured epithelium 2024-01-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05747-5 PMID:38200141	研究论文	研究在无血清和无饲养层条件下培养的自体表皮移植的安全性和有效性，并与传统条件进行比较	发现无血清和无饲养层培养的表皮中LAMB3阳性基底角质形成细胞和ZNF90阳性成纤维细胞数量增加，这些细胞在色素再生中起关键作用	研究仅限于稳定期的白癜风患者，未涉及其他疾病或更广泛的患者群体	探讨无血清和无饲养层条件下自体表皮移植的安全性和有效性	自体表皮移植在无血清和无饲养层条件下的细胞组成和功能	数字病理学	白癜风	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	稳定期白癜风患者
2654	2024-10-20	Profiling the heterogeneity of colorectal cancer consensus molecular subtypes using spatial transcriptomics 2024-Jan-10, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-023-00488-4 PMID:38200223	研究论文	本研究利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，解析了结直肠癌共识分子亚型的空间细胞和分子组成	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了结直肠癌共识分子亚型的空间异质性和肿瘤微环境中的细胞通讯事件	NA	进一步阐明结直肠癌的组成和结构，以推进个性化治疗	结直肠癌共识分子亚型的空间异质性和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2655	2024-10-20	Single-cell transcriptomic analysis reveals tumor cell heterogeneity and immune microenvironment features of pituitary neuroendocrine tumors 2024-01-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01267-3 PMID:38167466	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析了垂体神经内分泌肿瘤的细胞异质性和免疫微环境特征	揭示了垂体神经内分泌肿瘤的内在细胞异质性和肿瘤微环境特征，发现了一种新的具有侵袭性特征的皮质激素瘤亚型	NA	研究垂体神经内分泌肿瘤的细胞特征和免疫微环境	垂体神经内分泌肿瘤及其免疫微环境	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	4个正常样本和24个垂体神经内分泌肿瘤样本
2656	2024-10-20	ZNF689 deficiency promotes intratumor heterogeneity and immunotherapy resistance in triple-negative breast cancer 2024-01, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-023-00909-w PMID:38168642	研究论文	研究探讨了ZNF689缺乏如何促进三阴性乳腺癌中的肿瘤内异质性和免疫治疗抵抗	首次揭示了ZNF689缺乏通过激活LINE-1逆转录转座子加剧基因组不稳定性，从而促进肿瘤内异质性和免疫治疗抵抗	NA	探讨三阴性乳腺癌中肿瘤内异质性与免疫治疗抵抗的关系及其关键决定因素	三阴性乳腺癌患者的多组学数据和免疫治疗数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间分辨转录组学、流式细胞术	NA	多组学数据	260例来自本中心的患者、134例来自TCGA的患者和109例接受免疫治疗的患者
2657	2024-10-20	scRNA+TCR-seq reveals the pivotal role of dual receptor T lymphocytes in the pathogenesis of Kawasaki disease and during IVIG treatment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1457687 PMID:39421738	研究论文	本研究通过scRNA-seq和TCR-seq技术，分析了健康对照组和川崎病（KD）患者在接受IVIG治疗前后的外周血单个核细胞，探讨了双受体T细胞在KD发病机制和IVIG治疗中的作用	首次揭示了双受体T细胞在川崎病发病机制和IVIG治疗中的关键作用	样本量较小，仅包括3名健康对照和6名KD患者	探讨双受体T细胞在川崎病发病机制和IVIG治疗中的作用	健康对照组和川崎病（KD）患者在接受IVIG治疗前后的外周血单个核细胞	免疫学	川崎病	scRNA-seq和TCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据和T细胞受体测序数据	3名健康对照和6名KD患者
2658	2024-10-20	The role of lactylation in plasma cells and its impact on rheumatoid arthritis pathogenesis: insights from single-cell RNA sequencing and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1453587 PMID:39421742	研究论文	研究探讨了乳酸化在浆细胞中的作用及其对类风湿性关节炎发病机制的影响	通过单细胞RNA测序和机器学习技术，首次揭示了乳酸化在浆细胞中的重要作用，并识别出七个核心乳酸化促进基因	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证	探索乳酸化在浆细胞中的作用及其对类风湿性关节炎发病机制的影响	浆细胞和类风湿性关节炎患者	机器学习	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA	10,163个细胞
2659	2024-10-19	The astrocyte-enriched gene deathstar plays a crucial role in the development, locomotion, and lifespan of D. melanogaster 2024-Dec, Fly IF:2.4Q3 DOI:10.1080/19336934.2024.2368336 PMID:38884422	研究论文	研究探讨了基因deathstar在果蝇发育、运动和寿命中的关键作用	通过单细胞RNA测序技术，首次发现并验证了基因deathstar在星形胶质细胞中的特异性表达及其对果蝇发育和生理功能的影响	研究主要集中在雄性果蝇上，对雌性果蝇的影响未进行深入探讨	揭示星形胶质细胞特异性基因在果蝇发育和生理功能中的作用	果蝇的星形胶质细胞及其特异性基因deathstar	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及果蝇的视觉叶和脑部的多个发育阶段
2660	2024-10-19	Revolutionizing prognostic predictions in colorectal cancer: Macrophage‑driven transcriptional insights from single‑cell RNA sequencing and gene co‑expression network analysis 2024-Dec, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14721 PMID:39411205	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，揭示了结直肠癌中巨噬细胞驱动的转录组特征，并构建了一个新的预后模型	本研究首次通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，识别了与巨噬细胞相关的预后生物标志物，并构建了一个新的预后模型	研究结果需要进一步的前瞻性研究验证	提高结直肠癌免疫治疗的预后预测准确性	结直肠癌中的巨噬细胞及其相关生物标志物	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	非负矩阵分解算法	基因表达数据	23个样本