单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2601	2024-10-21	TEM1/endosialin/CD248 promotes pathologic scarring and TGF-β activity through its receptor stability in dermal fibroblasts 2024-Jan-23, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-024-01001-0 PMID:38254097	研究论文	研究TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用及其通过稳定TGF-β受体促进瘢痕形成的机制	首次揭示了TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用，并提出了通过靶向TEM1作为治疗病理性瘢痕的新方法	研究主要集中在体外细胞实验和体内小鼠模型，尚未在人体上进行验证	探讨TEM1蛋白在病理性瘢痕形成中的作用及其机制	TEM1蛋白、病理性瘢痕、TGF-β信号通路	NA	NA	免疫荧光染色、Western blotting、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质、RNA	包括正常皮肤、肥厚性瘢痕和瘢痕疙瘩的样本，以及小鼠模型
2602	2024-10-21	Schizophrenia endothelial cells exhibit higher permeability and altered angiogenesis patterns in patient-derived organoids 2024-Jan-23, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-024-02740-2 PMID:38263175	研究论文	研究使用患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成3D大脑类器官，以模拟精神分裂症（SCZ）在早期大脑发育关键时期的神经病理学特征	首次揭示了精神分裂症患者来源的类器官中内皮细胞的高渗透性和血管生成模式的改变	研究仅基于23个捐赠者的数据，样本量有限	探讨精神分裂症患者大脑发育过程中内皮细胞和血管功能障碍的作用	精神分裂症患者来源的诱导多能干细胞（iPSCs）生成的大脑类器官	NA	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	23个捐赠者的数据
2603	2024-10-21	SURGE: uncovering context-specific genetic-regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing using latent-factor models 2024-01-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03152-z PMID:38254214	研究论文	开发了一种名为SURGE的方法，用于从单细胞转录组数据中发现特定上下文下的表达数量性状位点（eQTLs）	SURGE方法能够在没有先验知识的情况下，发现调节遗传调控的上下文或细胞类型	NA	研究基因表达的遗传调控在不同细胞上下文中的变化	单细胞转录组数据中的表达数量性状位点（eQTLs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	潜在因子模型	转录组数据	外周血单细胞eQTL数据
2604	2024-10-21	A predisposed motor bias shapes individuality in vocal learning 2024-Jan-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2308837121 PMID:38198530	研究论文	研究探讨了鸣禽通过发声学习发展个体独特性的发育和分子机制	首次结合实验控制的系统发声训练、无偏差判别分析和单细胞转录组学，揭示了遗传倾向的发声运动偏差在发声学习个体变异中的初始起源	研究仅限于F杂交鸣禽，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性	探究发声学习中个体独特性的发育和分子机制	F杂交鸣禽的发声学习过程	NA	NA	单细胞转录组学	NA	声音特征数据	F杂交鸣禽个体
2605	2024-10-21	A spatial cell atlas of neuroblastoma reveals developmental, epigenetic and spatial axis of tumor heterogeneity 2024-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574538 PMID:38260392	研究论文	本文构建了一个全面的神经母细胞瘤细胞图谱，揭示了肿瘤异质性的发育、表观遗传和空间轴	首次整合了单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学和两种空间蛋白质组学方法，全面分析了神经母细胞瘤的复杂异质性	NA	揭示神经母细胞瘤的发育、表观遗传和空间异质性	55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、批量RNA测序、全外显子测序、DNA甲基化分析、空间转录组学、空间蛋白质组学	NA	基因表达数据、DNA甲基化数据、蛋白质组数据	55例神经母细胞瘤患者肿瘤样本
2606	2024-10-21	Control of cardiac contractions using Cre-lox and degron strategies in zebrafish 2024-Jan-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2309842121 PMID:38194447	研究论文	本文比较了两种遗传方法通过调节斑马鱼中必需的肌节蛋白Tnnt2a的水平来控制心脏收缩	本文首次使用Cre-lox和degron策略在斑马鱼中实现对心脏收缩的非侵入性控制，具有高空间和时间特异性	本文未详细讨论这些方法在其他物种中的适用性	研究如何通过遗传方法控制心脏收缩，以了解其对器官发育和稳态的影响	斑马鱼中的心脏收缩和Tnnt2a蛋白水平	NA	NA	Cre-lox重组和degron降解系统	NA	单细胞转录组数据	多个斑马鱼品系和单细胞样本
2607	2024-10-21	Evaluating spatially variable gene detection methods for spatial transcriptomics data 2024-01-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03145-y PMID:38225676	研究论文	本文系统评估了多种空间变异基因检测方法在空间转录组数据中的表现	首次对多种空间变异基因检测方法进行了系统评估，涵盖了不同组织类型、生物技术和空间分辨率的数据集	缺乏对方法选择的具体建议	评估不同空间变异基因检测方法的性能，为方法选择提供参考	空间变异基因检测方法及其在下游应用中的表现	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	大量空间转录组数据集，涵盖不同组织类型、生物技术和空间分辨率
2608	2024-10-21	COFFEE: Consensus Single Cell-Type Specific Inference for Gene Regulatory Networks 2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574445 PMID:38260386	研究论文	本文介绍了一种基于Borda投票的共识算法COFFEE，用于从scRNA-seq数据中推断基因调控网络	COFFEE算法整合了10种已有的基因调控网络推断方法，相比单个算法在合成、精选和实验数据集上表现出更好的性能	NA	扩展共识方法到scRNA-seq数据，提高基因调控网络推断的准确性	scRNA-seq数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	共识算法	基因表达数据	NA
2609	2024-10-21	Spatial characterization of interface dermatitis in cutaneous lupus reveals novel chemokine ligand-receptor pairs that drive disease 2024-Jan-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574422 PMID:38260617	研究论文	研究通过空间分析皮肤狼疮中的界面皮炎，揭示了驱动疾病的新型趋化因子配体-受体对	首次通过空间转录组学和空间蛋白质组学技术，结合数字空间分析，揭示了皮肤狼疮中界面皮炎的免疫发病机制	研究主要集中在皮肤样本上，未涉及全身性狼疮的全面分析	深入理解皮肤狼疮红斑（CLE）的免疫发病机制	皮肤狼疮红斑中的界面皮炎反应	数字病理学	自身免疫性疾病	数字空间分析（DSP）	NA	蛋白质	184种蛋白质分析物，以及来自健康和CLE捐赠者的外周血单核细胞（PBMCs）
2610	2024-10-21	Perspective from single-cell sequencing: Is inflammation in acute ischemic stroke beneficial or detrimental? 2024-01, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14510 PMID:37905592	综述	本文综述了单细胞测序技术在急性缺血性脑卒中（AIS）中的应用，探讨了不同细胞类型在AIS早期阶段的作用及其对预后的影响	首次系统总结了单细胞测序在AIS中的最新研究，揭示了不同细胞亚群在AIS后的功能和表型变化	NA	探讨单细胞测序技术在急性缺血性脑卒中中的应用，揭示不同细胞类型及其亚群在AIS后的作用机制	微胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、神经元、中性粒细胞、单核细胞和淋巴细胞及其亚群	数字病理	脑血管疾病	单细胞测序	NA	细胞	NA
2611	2024-10-21	Integrating bulk and single-cell data to predict the prognosis and identify the immune landscape in HNSCC 2024-01, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18009 PMID:37882107	研究论文	研究通过整合bulk和单细胞数据，预测HNSCC的预后并识别免疫景观	利用单细胞RNA测序技术和Scissor算法，揭示了HNSCC中内皮细胞的机制多样性及其与患者预后的复杂相互作用	NA	阐明HNSCC中内皮细胞在肿瘤微环境中的作用，并构建预后风险模型	HNSCC中的内皮细胞及其与患者预后的关系	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2612	2024-10-21	Reconstructing growth and dynamic trajectories from single-cell transcriptomics data 2024, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-023-00763-w PMID:38274364	研究论文	本文介绍了一种名为TIGON的动态非平衡最优传输算法，用于从单细胞转录组数据中重建动态轨迹和种群增长	提出了TIGON算法，结合Wasserstein-Fisher-Rao距离的无量纲公式，通过深度学习方法解决高维最优传输问题	NA	开发一种方法从时间序列单细胞RNA测序数据中重建动态轨迹和种群增长	单细胞转录组数据中的动态轨迹和种群增长	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	转录组数据	三个scRNA-seq数据集
2613	2024-10-21	Single-cell mRNA sequencing of giant panda (Ailuropoda melanoleuca) seminoma reveals the cellular and molecular characteristics of tumour cells 2024-01, Veterinary medicine and science IF:1.8Q2 DOI:10.1002/vms3.1348 PMID:38227708	研究论文	研究使用单细胞mRNA测序技术分析大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子特征	首次利用单细胞RNA测序技术分析大熊猫睾丸肿瘤的细胞状态和分子机制	样本量较小，仅基于一只大熊猫的睾丸肿瘤	探讨大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子特征	大熊猫睾丸精原细胞瘤的细胞和分子机制	数字病理学	其他疾病	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	一只大熊猫的睾丸肿瘤样本
2614	2024-10-21	EAAT3 impedes oligodendrocyte remyelination in chronic cerebral hypoperfusion-induced white matter injury 2024-01, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14487 PMID:37803915	研究论文	研究EAAT3在慢性脑低灌注引起的白质损伤中对少突胶质细胞再髓鞘化的影响	首次证明慢性脑低灌注中异常高水平的少突胶质细胞EAAT3会损害少突胶质前体细胞的再髓鞘化作用，从而阻碍白质修复和功能恢复	NA	探讨EAAT3在慢性脑低灌注引起的白质损伤中的作用及其对少突胶质细胞再髓鞘化的影响	少突胶质细胞、少突胶质前体细胞、脑白质	神经科学	脑血管疾病	单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blot	NA	RNA序列、蛋白质表达	使用小鼠模型进行研究，包括脑损伤模型和脑低灌注模型
2615	2024-10-21	A relay velocity model infers cell-dependent RNA velocity 2024-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01728-5 PMID:37012448	研究论文	本文介绍了一种名为cellDancer的可扩展深度神经网络，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞依赖的RNA速度	cellDancer通过局部推断每个细胞的速度，并将其邻近细胞的速度传递，从而提供单细胞分辨率的RNA速度动力学推断	NA	克服现有RNA速度模型在多阶段或多谱系细胞状态转换实验中的局限性	单细胞RNA测序数据中的细胞状态转换	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	RNA测序数据	NA
2616	2024-10-21	Anoikis-related CTNND1 is associated with immuno-suppressive tumor microenvironment and predicts unfavorable immunotherapeutic outcome in non-small cell lung cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.89542 PMID:38169514	研究论文	研究探讨了与细胞凋亡相关的基因CTNND1在非小细胞肺癌中的表达及其与肿瘤微环境和免疫治疗结果的关系	首次揭示了CTNND1作为预测非小细胞肺癌免疫治疗反应的新型生物标志物	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步的临床验证	探索细胞凋亡相关基因与非小细胞肺癌肿瘤微环境和免疫治疗结果的关系	非小细胞肺癌患者的肿瘤组织和免疫细胞	数字病理学	肺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多个公共数据库和内部队列的非小细胞肺癌样本
2617	2024-10-21	Establishment of a tumor-associated fibroblast associated gene score based on scRNA-seq to predict prognosis in patients with triple-negative breast cancer 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311801 PMID:39418248	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，建立了与肿瘤相关成纤维细胞相关的基因评分，用于预测三阴性乳腺癌患者的预后	首次基于单细胞RNA测序数据，建立了与肿瘤相关成纤维细胞相关的基因评分，并验证了其与三阴性乳腺癌患者预后的相关性	研究仅基于特定数据集，结果的普适性有待进一步验证	研究肿瘤微环境中肿瘤相关成纤维细胞的异质性，并建立基因评分以预测三阴性乳腺癌患者的预后	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤微环境中的肿瘤相关成纤维细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于GSE118389和GSE103091数据集，涉及多个三阴性乳腺癌患者的样本
2618	2024-10-20	Schisandrin C inhibits AKT1-regulated cell proliferation in A549 cells 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113110 PMID:39260306	研究论文	研究了五味子素C对A549细胞增殖的影响及其机制	首次探讨了五味子素C通过抑制AKT1信号通路来抑制A549细胞增殖的机制	仅在体外细胞实验和部分临床样本中验证了效果，缺乏大规模临床试验数据	探讨五味子素C对肺癌的影响及其作用机制	A549细胞和肺癌患者组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	A549细胞和肺癌患者组织样本
2619	2024-10-20	Potential crosstalk between Naïve CD4+ T cells and SPP1+ Macrophages is associated with clinical outcome and therapeutic response in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113231 PMID:39332093	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中幼稚CD4+ T细胞与SPP1+巨噬细胞之间的潜在交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	建立了基于幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞交叉对话的机器学习模型TMPS，用于预测预后和治疗反应	NA	研究肝细胞癌中肿瘤微环境内细胞间交叉对话及其对临床结果和治疗反应的影响	幼稚CD4+ T细胞和SPP1+巨噬细胞的交叉对话	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习模型	RNA测序数据	4个独立队列
2620	2024-10-20	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文综述了单细胞RNA技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用，涵盖了发病机制、诊断、治疗和预后	单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为一种强大的工具，能够克服传统批量RNA测序的局限，提供IBD患者中各种细胞类型的全面转录组谱	需要纵向研究、整合多种单细胞和空间转录组技术，以及探索肠道微生物在IBD中的作用	增强对炎症性肠病（IBD）的理解，包括发病机制、诊断、治疗和预后	炎症性肠病（IBD），包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA