单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-12-18	scVAG: Unified single-cell clustering via variational-autoencoder integration with Graph Attention Autoencoder 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40732 PMID:39687165	研究论文	本文提出了一种名为scVAG的深度学习框架，结合变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE），用于增强单细胞聚类分析	scVAG通过集成VAE和GATE，实现了更灵活的潜在空间编码，并取代了传统的线性主成分分析（PCA），更适合处理单细胞RNA测序数据	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE）	数据矩阵	20个数据集
242	2024-12-18	Functional analysis of yak alveolar type II epithelial cells at high and low altitudes based on single-cell sequencing 2024-Dec-14, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119889 PMID:39681250	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了高海拔和低海拔牦牛肺泡II型上皮细胞的功能差异	揭示了高海拔牦牛肺泡II型上皮细胞在免疫调节、粘附和代谢活动方面的增强，以及其在高海拔环境下的适应机制	NA	探讨肺泡II型上皮细胞在高海拔环境下的适应机制	高海拔和低海拔牦牛的肺泡II型上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	高海拔（4000米）和低海拔（2600米）牦牛的肺组织样本
243	2024-12-18	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2024-Dec-12, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	研究了Capsella果实形状的形成机制，揭示了SHOOTMERISTEMLESS转录因子结合位点的进化对果实形状决定的影响	通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定基于细胞生长和细胞分裂的动态变化，并发现了auxin诱导的机制，最终由一个cis-调控元件决定	研究仅限于Capsella物种，未探讨其他物种中类似机制的普遍性	探讨果实形状形成的分子机制	Capsella果实的形状形成	植物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个Capsella物种的样本
244	2024-12-18	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	本文对商业化的单细胞和空间组学技术进行了动态回顾，涵盖了从基础技术到新兴方法的广泛内容	本文提供了对新兴技术的深入分析，并强调了这些技术在制药研究和学术研究中的应用潜力	NA	了解单细胞和空间组学技术的快速发展，以推动生物医学研究和药物开发	商业化的单细胞和空间组学技术平台	NA	NA	单细胞技术、空间组学技术、微流控技术、板式方法、组合索引、下一代测序、基于成像的空间转录组学	NA	NA	NA
245	2024-12-18	Evaluation of the digestion protocol of mouse neonatal epidermis for single-cell RNA sequencing 2024-Dec-10, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151159 PMID:39681052	研究论文	本文比较了三种酶（Trypsin、TrypLE 和 Liberase）用于小鼠新生表皮单细胞 RNA 测序的消化协议，以优化细胞分离方法	首次系统比较了不同酶在新生小鼠表皮单细胞 RNA 测序中的效果，发现不同酶对细胞群的富集存在显著差异	本文仅比较了三种酶的效果，未探讨其他可能的消化方法	优化新生小鼠表皮单细胞 RNA 测序的消化协议，以获得更全面的细胞群信息	新生小鼠表皮中的角质形成细胞	单细胞测序	NA	单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	新生小鼠表皮样本
246	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	研究探讨了化疗对高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中T细胞耗竭的影响，揭示了化疗诱导的髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次揭示了化疗后髓系细胞网络（Myelonets）对CD8 T细胞耗竭的影响，并发现NECTIN2-TIGIT信号通路在化疗诱导的T细胞耗竭中的作用	研究样本量有限，且仅针对高级别浆液性卵巢癌，可能无法推广到其他类型的癌症	探讨化疗对高级别浆液性卵巢癌中抗肿瘤免疫的影响，并寻找潜在的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本中的免疫细胞状态及其在化疗前后的变化	数字病理学	卵巢癌	单细胞和空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	117个高级别浆液性卵巢癌样本，包括化疗前后的样本
247	2024-12-18	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Dec-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115045 PMID:39661516	研究论文	本研究探讨了过敏性气道炎症期间气道伤害感受神经元的分子变化，并识别了驱动这种重编程的信号	首次揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在过敏性气道炎症中驱动伤害感受神经元重编程的作用，并发现了NPY1R在限制伤害感受神经元活性中的补偿机制	研究主要基于小鼠模型，结果的外推性可能有限	研究过敏性气道炎症期间气道伤害感受神经元的重编程机制	气道伤害感受神经元及其在过敏性气道炎症中的分子变化	NA	哮喘	逆行示踪和谱系报告技术，单细胞RNA测序	NA	RNA	使用卵清蛋白小鼠模型进行研究
248	2024-12-18	Elucidating Sex-Specific Immune Profiles in a Breast Cancer Model 2024-Dec-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313113 PMID:39684829	研究论文	本研究探讨了雌激素受体阳性（ER+）乳腺癌模型中性别特异性免疫特征	首次通过单细胞RNA测序、全切片免疫组织化学和流式细胞术揭示了雌激素受体阳性乳腺癌模型中性别特异性的激素和免疫微环境差异	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类乳腺癌患者尚需进一步验证	探讨乳腺癌模型中性别特异性的免疫反应及其对肿瘤进展和生存的影响	雌激素受体阳性乳腺癌模型中的性别特异性免疫特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、全切片免疫组织化学、流式细胞术	NA	基因表达数据、组织图像、细胞数据	雌性和雄性ER+乳腺癌小鼠模型
249	2024-12-18	spatialGE is a User-Friendly Web Application that Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis 2024-Dec-05, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346 PMID:39636739	研究论文	本文介绍了一个名为spatialGE的用户友好型网络应用程序，旨在简化空间转录组数据分析	开发了一个用户友好型的网络应用程序spatialGE，使不具备编程技能的研究人员也能进行复杂的空间转录组数据分析	未提及	开发一个简化空间转录组数据分析的工具，使更多研究人员能够利用这一技术	空间转录组数据分析	生物信息学	皮肤癌	空间转录组技术	NA	基因表达数据	包括来自黑色素瘤转移患者的10X Visium样本和来自默克尔细胞癌患者的Nanostring CosMx视野样本
250	2024-12-18	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	研究论文	本文研究了多核巨细胞（MNGCs）在卵巢衰老中的作用及其独特的免疫和降解相关的分子特征	首次通过深度分析定义了卵巢多核巨细胞的存在及其转录组特征，揭示了其在衰老过程中的复杂网络和独特功能	多核巨细胞的生物活性高度依赖于上下文，且其大尺寸限制了通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析	探讨多核巨细胞在卵巢衰老中的功能及其分子特征	多核巨细胞在衰老卵巢中的存在及其转录组特征	NA	NA	激光捕获显微切割技术	NA	转录组	小鼠和非人灵长类卵巢样本
251	2024-12-18	Single-Cell RNA Sequencing of PBMCs Identified Junction Plakoglobin (JUP) as Stratification Biomarker for Endometriosis 2024-Dec-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313071 PMID:39684780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现Junction Plakoglobin (JUP)作为诊断和分层标志物的潜力	首次构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现JUP在子宫内膜异位症和卵巢癌患者血清中的显著升高，增强了诊断的特异性	敏感性较低，仅为19%	识别子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的独特特征，并开发非侵入性早期诊断工具	子宫内膜异位症患者的外周血单核细胞和JUP作为诊断标志物	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	107,964个细胞和199名患者（包括20名卵巢癌患者）
252	2024-12-18	Expanding GABAergic Neuronal Diversity in iPSC-Derived Disease Models 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626438 PMID:39677822	研究论文	本研究开发了一种新的策略，通过过表达转录因子ASCL1和DLX2以及双重SMAD和WNT抑制，将人类多能干细胞高效分化为多种区域特异性的GABA能神经元类型，并利用单细胞测序技术揭示了这些神经元的异质性和命运调控机制	本研究创新性地整合了转录因子过表达和双重SMAD及WNT抑制策略，显著提高了人类多能干细胞向GABA能神经元的分化效率和多样性，并揭示了不同GABA能神经元亚型的基因表达特征及其与神经发育和精神疾病的关联	本研究主要集中在体外模型，尚未在体内验证这些GABA能神经元的功能和病理相关性	开发一种高效且多样化的方法，将人类多能干细胞分化为GABA能神经元，用于神经发育和精神疾病的疾病建模	人类多能干细胞衍生的GABA能神经元及其在神经发育和精神疾病中的作用	神经科学	神经发育障碍	单细胞测序	NA	基因表达数据	多种人类多能干细胞系衍生的GABA能神经元类型
253	2024-12-18	Characterization of an Activated Metabolic Transcriptional Program in Hepatoblastoma Tumor Cells Using scRNA-seq 2024-Dec-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313044 PMID:39684755	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢转录程序，并使用机器学习方法建立了肿瘤表达代谢评分	首次在单细胞水平上验证了肝母细胞瘤肿瘤细胞中激活的代谢转录程序，并识别出一系列具有预测价值的代谢酶	研究仅限于肝母细胞瘤，未探讨其他类型的儿童肝癌	探讨肝母细胞瘤中代谢重编程的分子机制	肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢酶表达	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	Elasticnet	RNA	使用了GSE104766和GSE131329数据集的bulk RNA测序数据，以及GSE180665数据集的单细胞转录组数据
254	2024-12-18	Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625678 PMID:39677749	研究论文	本研究通过实验性牙周炎模型探讨了中性粒细胞在性别二态性中的作用	首次揭示了中性粒细胞在性别特异性牙周炎进展中的机制作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	通过阐明性别特异性机制来改善牙周疾病的治疗	男性和女性小鼠的牙周炎进展	NA	牙周疾病	流式细胞术，单细胞测序	NA	图像，免疫细胞数据	至少5只小鼠，以及人类牙周炎患者的单细胞测序数据
255	2024-12-18	Tackling the Complexity of Spatial Transcriptomics Data Interpretation with Large Language Models 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.28.625773 PMID:39677817	研究论文	本研究探讨了大型语言模型（LLMs）在空间转录组数据分析和解释中的潜力，特别是在小鼠黑色素瘤肿瘤模型中的应用	本研究展示了LLMs在空间转录组数据分析中的潜力，能够结合高级模式识别与广泛的知识整合，增强数据解释能力	目前的工作流程尚需进一步开发以实现可扩展性	探索LLMs在空间转录组数据解释中的应用，以加速将空间转录组数据转化为生物学见解	小鼠黑色素瘤肿瘤模型的空间转录组数据	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组	LLM（大型语言模型）	基因表达数据	小鼠黑色素瘤肿瘤模型
256	2024-12-18	Identification of a Highly Functional Effector CD8 + T Cell Program after Transplantation in Mice and Humans 2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625263 PMID:39677722	研究论文	研究在移植后的小鼠和人类中，CD8+ T细胞在急性排斥反应中的功能和命运	首次发现CD43 1B11信号在移植排斥反应中的作用，并证明CD43 1B11单克隆抗体治疗可以克服大多数小鼠的共刺激阻断诱导的耐受性	研究主要集中在小鼠模型和少数人类样本上，可能无法完全反映人类移植排斥反应的复杂性	探讨CD8+ T细胞在移植排斥反应中的作用及其在急性排斥反应中的命运	小鼠和人类移植后的CD8+ T细胞	NA	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠和人类样本
257	2024-12-18	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625771 PMID:39677745	研究论文	本文提出了一种新的伪对齐方案，通过将参考序列划分为“虚拟颜色”来加速单细胞ATAC-seq数据的映射，并开发了工具alevin-fry-atac进行处理	创新点在于提出了基于虚拟颜色的伪对齐方法，能够显著加速单细胞ATAC-seq数据的映射，同时减少内存使用并提高准确性	NA	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据映射方法	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	伪对齐	NA	基因组数据	NA
258	2024-12-18	The Immunoregulatory Architecture of the Adult Oral Cavity 2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.01.626279 PMID:39677739	研究论文	本文首次展示了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱，通过单细胞RNA测序和空间图谱技术揭示了口腔免疫调节的细胞和分子结构	首次整合了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱，并开发了AstroSuite软件包用于分析细胞邻域和多细胞相互作用模块	研究主要集中在健康状态下的口腔组织，对疾病状态下的变化研究较少	深入理解口腔组织的免疫调节结构，为精准医学提供基础	人类成年口腔和颅面组织的细胞、分子和空间结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	约250,000个细胞，来自70个样本，涵盖13个微环境
259	2024-12-18	Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation 2024-Dec-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13231991 PMID:39682739	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了气液界面培养对人类肺类器官上皮细胞分化的影响	首次全面分析了气液界面培养对上皮细胞分化的影响，并揭示了关键的转录调控因子	研究仅限于体外模型，未涉及体内验证	开发体外呼吸模型并识别上皮细胞分化的关键因素	人类肺类器官中的上皮细胞分化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确具体样本数量
260	2024-12-18	Innovative Insights into Single-Cell Technologies and Multi-Omics Integration in Livestock and Poultry 2024-Dec-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312940 PMID:39684651	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与多组学整合技术在畜禽研究中的应用	强调了scRNA-seq与表观组学、蛋白质组学和空间转录组学数据的结合，提供了多维度的分析方法	NA	探讨单细胞技术和多组学整合在畜禽研究中的应用	畜禽中的关键物种，包括家禽、猪和反刍动物	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA