单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-06-11	Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254 PMID:39146191	研究论文	本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备协议，特别关注包含毛囊的样本	针对皮肤样本在空间转录组学应用中的固有挑战，提出了一套完整的样本制备流程	未提及该协议在不同类型皮肤样本中的普适性或验证结果	开发适用于空间转录组学的皮肤样本制备方法	哺乳动物皮肤样本（特别关注含毛囊的样本）	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
242	2025-06-11	The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.18.607992 PMID:39229227	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM在调节Th17细胞致病性中的作用，发现其意外地抑制了Th17细胞的致病性和自身免疫反应	发现PGAM作为糖酵解酶，与其它糖酵解酶不同，对Th17细胞的致病性具有负调控作用	研究主要基于体外实验和EAE模型，未涉及其他自身免疫疾病模型	探究糖酵解反应在Th17细胞致病性中的作用	Th17细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA-seq, Compass算法	EAE模型	转录组数据	NA
243	2025-06-11	Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model 2024-Aug-07, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae091 PMID:38809088	research paper	本文提出了一种基于细胞谱系的模型，用于研究植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂变	形式化了一种特殊的分离分生组织模型，其中前体细胞从分生组织外围随机采样以最大化细胞谱系独立性	模型依赖于分支点数量、漂变强度以及表观突变率等假设条件	研究植物分枝过程中体细胞表观遗传漂变的机制	植物分生组织细胞	植物发育生物学	NA	DNA甲基化分析	细胞谱系模型	表观遗传数据	NA
244	2025-06-11	Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135 PMID:38875113	研究论文	本文提出了一种用于在体内对功能识别的神经元群体进行单细胞RNA测序的样本收集协议	使用病毒传递的活动依赖性标记工具（CaMPARI2）在虚拟现实环境中对小鼠进行光转换，随后通过荧光激活细胞分选（FACS）分离不同标记的群体	需要特定的设备和病毒传递工具，可能限制了其在某些实验室的应用	开发一种用于单细胞RNA测序的样本收集协议，以研究功能识别的神经元群体	小鼠的神经元群体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	NA
245	2025-06-11	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598667 PMID:38915572	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征，揭示了与衰老相关的巨噬细胞亚群和信号动态变化	发现了年老小鼠卵巢特有的巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化，提出了衰老相关炎症和纤维化的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类卵巢衰老的直接证据	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用	年轻（3个月大）和年老（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45 CD11b髓系细胞	单细胞分析	卵巢衰老	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	年轻和年老小鼠卵巢样本
246	2025-06-11	Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling 2024-05, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10695-6 PMID:38418738	研究论文	研究通过单细胞测序分析比较发育中和成熟牙髓中牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）的基因表达，揭示了FN1-ITGA5信号在牙髓发育血管化中的关键作用	揭示了FN1-ITGA5信号介导的DPSCs与ECs之间的细胞间通讯对牙髓发育血管化的重要性	研究主要基于体外和小鼠实验，临床转化仍需进一步验证	探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制，为牙髓再生治疗提供新思路	牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）	牙科医学	牙髓疾病	单细胞测序分析、免疫组化、Western blot、RT-PCR、细胞增殖实验、划痕实验、管形成实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，涉及发育中和成熟牙髓的DPSCs和ECs
247	2025-06-11	Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698 PMID:38387508	研究论文	该研究基于铁死亡调控模式及其与肿瘤微环境的关联，识别并验证了结肠癌的免疫治疗特征	构建了铁死亡调控基因评分（FRG-score）来量化个体肿瘤中铁死亡改变的模式，并识别了三种不同的铁死亡修饰模式	研究样本量较大但仅限于结肠癌，未涉及其他癌症类型	探索铁死亡调控模式与结肠癌肿瘤微环境的关联，并开发免疫治疗特征	1623个结肠癌样本	数字病理学	结肠癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	1623个结肠癌样本
248	2025-06-10	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	本研究通过修改PANoptosis模型，识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	识别了与广泛凋亡相关的五个差异表达基因作为膀胱癌患者预后的预测特征，并构建了风险模型	研究依赖于临床基因组数据库的数据，可能存在数据偏差	研究广泛凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组数据分析、单细胞测序分析	PANoptosis模型、最小绝对收缩分析	转录组数据、临床信息	NA
249	2025-06-10	Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065 PMID:38753488	研究论文	提出了一种基于患者数据库中的scRNA-seq数据检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的方案	利用单细胞测序数据评估肿瘤免疫微环境、肿瘤纯度及异常信号传导和代谢途径	未提及具体样本量或数据集的局限性	评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路	肿瘤组织	数字病理学	肿瘤	scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
250	2025-06-10	Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050 PMID:38703368	研究论文	介绍了一种结合DRaqL和Smart-seq2的高质量单细胞RNA测序协议，适用于酒精固定的小鼠卵巢切片	提出了DRaqL-Smart-seq2协议，能够从酒精固定的组织切片中获取高质量的单细胞RNA测序数据，并提供了适用于福尔马林固定切片的可选方案	协议主要针对小鼠卵巢切片，未涉及其他组织或物种的验证	开发一种高质量的单细胞RNA测序方法，适用于不同类型的固定组织切片	酒精固定和福尔马林固定的小鼠卵巢切片	单细胞测序	NA	scRNA-seq, LCM, Smart-seq2	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提到使用小鼠卵巢切片
251	2025-06-10	Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986 PMID:38555590	研究论文	本文提出了一种用于小鼠骨骼和多组织肌肉骨骼福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的空间转录组学制备协议	详细描述了从组织采集到测序数据分析的完整流程，特别针对矿化组织的脱钙步骤进行了优化	整个流程耗时较长（约18天），其中超过50%的时间用于矿化组织的脱钙	开发适用于FFPE样本的空间转录组学分析流程	小鼠股骨及相邻肌肉组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	测序数据	小鼠股骨及相邻肌肉组织
252	2025-06-10	GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966 PMID:38512867	研究论文	介绍了一种名为GoT-Splice的新协议，用于在人类细胞中进行基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接的多组学分析	结合GoT与增强的长读长单细胞转录组和细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变型细胞以及从短读长测序数据重建剪接信号的困难	需要参考Cortés-López等人的详细协议来执行该技术	开发一种能够准确分析RNA剪接因子突变的多组学分析方法	人类细胞中的基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接	基因组学	NA	长读长测序、单细胞转录组分析、细胞表面蛋白质组分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
253	2025-06-10	Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083 PMID:38781077	研究论文	提出了一种基于单细胞RNA测序的熵评分协议，用于量化干细胞衍生的心肌细胞成熟度	首次使用单细胞RNA测序的熵评分来量化心肌细胞的成熟度	未提及样本量或实验验证的详细结果	量化干细胞衍生的心肌细胞的成熟度	干细胞衍生的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
254	2025-06-10	A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067 PMID:38748883	research paper	提出了一种名为动态批处理对抗自编码器（DB-AAE）的深度学习框架，用于去噪单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	采用动态批处理的对抗自编码器（DB-AAE）进行scRNA-seq数据的去噪和排序	未提及具体的数据集大小或实验验证的详细结果	解决scRNA-seq数据中的技术噪声问题，如低捕获率和丢失事件	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	machine learning	NA	scRNA-seq	对抗自编码器（AAE）	基因表达数据	NA
255	2025-06-10	Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT 2024-Feb-01, The American journal of surgical pathology DOI:10.1097/PAS.0000000000002152 PMID:37994665	研究论文	本研究通过整合分析和单细胞RNA测序数据，鉴定出Birt-Hogg-Dubé综合征患者中混合嗜酸细胞肿瘤（HOT）的候选生物标志物L1CAM和LINC01187	发现L1CAM和LINC01187作为HOT的独特标志物，能够以棋盘格模式相互排斥地表达，区分HOT与其他肾癌亚型	研究样本可能有限，未涉及大规模临床验证	探索Birt-Hogg-Dubé综合征相关肾肿瘤的诊断标志物	Birt-Hogg-Dubé综合征患者的混合嗜酸细胞肿瘤（HOT）和正常肾组织	数字病理学	肾癌	RNA测序（包括批量测序和单细胞测序）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
256	2025-06-10	Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae085 PMID:38911824	研究论文	本研究提出了一种名为EAD的计算方法，利用个体间基因表达的差异共表达模式来解复用单细胞RNA测序数据，无需额外实验步骤	EAD方法首次利用个体间差异共表达模式进行解复用，结合遗传信息可提高分配准确性，并可识别同一供体不同激活状态的细胞	方法在非免疫细胞中的应用效果需进一步验证	开发无需额外实验步骤的单细胞RNA测序数据解复用方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6只同基因近交系小鼠、30份脓毒症和健康个体样本、脑单核转录组图谱
257	2025-06-10	Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data 2024, Frontiers in applied mathematics and statistics IF:1.3Q3 DOI:10.3389/fams.2024.1403901 PMID:40475302	research paper	本文介绍了一种名为BANYAN的贝叶斯多层网络模型，用于分析空间转录组数据中的社区连通性	提出了社区连通性分析（ACC）方法，填补了现有工具在分析细胞群落内部及之间相对相似性方面的空白	NA	开发一种计算工具来表征空间转录组数据中细胞群落的连通性	空间转录组数据中的细胞群落	空间转录组学	黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌	空间转录组技术（10× Visium、NanoString CosMx）	贝叶斯多层网络模型（BANYAN）	空间转录组数据	包括小鼠脑部HST数据、黑色素瘤脑转移和浸润性导管癌的10× Visium数据、人类小细胞肺癌的NanoString CosMx数据
258	2025-06-09	Machine learning for the identification of neoantigen-reactive CD8 + T cells in gastrointestinal cancer using single-cell sequencing 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02737-0 PMID:38849478	研究论文	本研究开发了一种基于机器学习的26基因模型，用于从单细胞转录组中识别胃肠道癌症中的新抗原反应性CD8+T细胞	利用机器学习模型快速识别新抗原反应性T细胞及其T细胞受体，克服了传统方法耗时且复杂的缺点	NA	开发一种高效识别新抗原反应性T细胞的方法，以促进癌症免疫治疗	胃肠道癌症患者肿瘤浸润的新抗原反应性CD8+T细胞	机器学习	胃肠道癌症	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	数千个肿瘤浸润淋巴细胞
259	2025-06-09	Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs 2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66231 PMID:38345255	研究论文	本文介绍了从造血器官中分离高质量基质细胞的分步协议，适用于生成高质量单细胞多组学数据集	提供了针对小鼠和人类胸腺以及小鼠骨骼和骨髓的基质细胞分离协议，讨论了样本消化、造血谱系耗竭、FACS分析/分选等因素对单细胞测序兼容性的影响	未提及具体样本量或实验重复次数	开发从造血器官中分离高质量基质细胞的标准化方法	小鼠和人类胸腺、小鼠骨骼和骨髓中的基质细胞	单细胞测序	NA	单细胞测序、FACS分析/分选	NA	单细胞多组学数据	NA
260	2025-06-08	Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01909-1 PMID:39327486	研究论文	本文介绍了一种名为Genotype-Neighborhood Associations (GeNA)的统计工具，用于在高维单细胞数据中识别影响细胞状态丰度的遗传变异	GeNA工具无需预定义细胞状态，灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态丰度	研究仅基于969名个体的外周血单细胞RNA测序数据，可能需要更大样本量验证	识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异	单细胞RNA测序数据中的免疫细胞状态	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	GeNA统计模型	单细胞RNA测序数据	969名个体的外周血样本