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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-10-06 |
Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage
2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024
PMID:38414241
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体内谱系追踪揭示了肝星状细胞在肝损伤后向间皮细胞状态逆转的过程 | 首次发现肝星状细胞在损伤诱导下经历间充质-间皮细胞转变,并鉴定出关键转录因子Osr1在这一过程中的调控作用 | 研究主要基于小鼠NASH模型,在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究慢性肝病中肝纤维化的形成机制并寻找潜在治疗靶点 | 小鼠非酒精性脂肪性肝炎模型中的肝星状细胞和间皮细胞 | 单细胞生物学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, 体内谱系追踪, 双重组酶系统, 条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NASH模型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 242 | 2025-10-06 |
Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612587
PMID:39345471
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研究论文 | 本研究通过活体光片荧光显微镜和空间转录组学技术,揭示了果蝇幼虫脂肪体免疫反应的空间动态模式 | 首次在果蝇幼虫脂肪体中发现了可重复的空间免疫反应模式,并证明该模式与微生物定位相关但不受其直接调控 | 研究局限于果蝇模型,需要在哺乳动物系统中进一步验证空间免疫组织的保守性 | 探究组织免疫反应的空间动态模式和调控机制 | 果蝇幼虫脂肪体 | 空间生物学 | 感染性疾病 | 活体光片荧光显微镜, 空间转录组学 | NA | 图像, 转录组数据 | 果蝇幼虫 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 243 | 2025-10-06 |
Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis
2024-Jun-21, Biology
DOI:10.3390/biology13070461
PMID:39056656
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的作用 | 首次在EoE中鉴定出至少两个功能不同的成纤维细胞亚群F_A和F_B,并揭示F_B亚群通过ECM-受体信号在细胞通讯中起主导作用 | 研究基于公开数据库数据,样本来源有限;IL13处理的成纤维细胞培养模型可能无法完全模拟体内复杂环境 | 阐明嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管活检组织样本和IL13处理的成纤维细胞培养物 | 单细胞生物学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 公开数据库GSE201153中的EoE食管活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 244 | 2025-10-06 |
Human Motor Neurons Elicit Pathological Hallmarks of ALS and Reveal Potential Biomarkers of the Disease in Response to Prolonged IFNγ Exposure
2024-04-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1787-23.2024
PMID:38413232
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研究论文 | 本研究通过长期干扰素-γ处理人源诱导多能干细胞衍生的脊髓运动神经元,揭示了ALS病理特征并发现潜在生物标志物 | 首次证明IFNγ暴露可直接导致TDP-43细胞质聚集和p53通路激活,无需遗传突变或神经胶质细胞参与 | 研究基于体外细胞模型,未在完整生物体系统中验证 | 探究干扰素-γ在肌萎缩侧索硬化发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | 人源诱导多能干细胞衍生的脊髓运动神经元 | 神经退行性疾病研究 | 肌萎缩侧索硬化 | 单细胞转录组分析,电生理功能检测 | NA | 转录组数据,电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 245 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Rohon-Beard Neurons Implicates Fgf Signaling in Axon Maintenance and Cell Survival
2024-04-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1600-23.2024
PMID:38423763
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼Rohon-Beard神经元,揭示其分为三个亚类并发现Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统鉴定斑马鱼Rohon-Beard神经元的分子亚型,并发现Fgf信号通路在感觉神经元维持中的新功能 | 研究主要聚焦斑马鱼幼虫期神经元,成年期神经元的特性尚未探索 | 阐明斑马鱼Rohon-Beard感觉神经元的分子特征和功能调控机制 | 斑马鱼幼虫期Rohon-Beard神经元 | 单细胞转录组学 | 周围神经病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼幼虫Rohon-Beard神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 246 | 2025-10-06 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-024-00015-2
PMID:40893796
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研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包,用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 开发了随机森林机器学习算法NS-Forest v4.0,引入On-Target Fraction指标量化标记基因特异性,在紧密相关细胞类型中识别具有更高特异性的标记基因组合 | NA | 从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 包含数百万细胞的大规模单细胞RNA测序图谱数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 247 | 2025-10-06 |
Preclinical Models for Functional Precision Lung Cancer Research
2024-Dec-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17010022
PMID:39796653
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综述 | 本文综述了肺癌精准医学研究中临床前模型的应用与发展 | 系统比较了各类肺癌临床前模型的优劣,并强调了患者来源类器官与多组学技术结合在功能性精准肿瘤学中的新兴价值 | 体内模型成本高、耗时长且劳动密集,限制了其广泛应用 | 推动肺癌精准医疗发展,优化个体化治疗策略 | 肺癌临床前研究模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、人工智能 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 248 | 2025-10-06 |
Single-cell atlases reveal leaf cell-type-specific regulation of metal transporters in the hyperaccumulator Sedum alfredii under cadmium stress
2024-12-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136185
PMID:39418904
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了镉超富集植物东南景天叶片在镉胁迫下金属转运蛋白的细胞类型特异性调控机制 | 首次构建东南景天的全长转录组和叶片单细胞图谱,首次在单细胞水平揭示金属转运蛋白的细胞类型特异性表达模式 | 研究仅针对叶片组织,未涉及其他器官;样本数量相对有限 | 探究镉超富集植物东南景天在镉胁迫下的细胞类型特异性转录调控机制 | 东南景天(Sedum alfredii)叶片细胞 | 植物生物学 | NA | PacBio Iso-Seq全长转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 转录组测序数据,单细胞基因表达数据 | 12,616个高质量单细胞(来自对照和镉处理样本) | PacBio | 全长转录组测序,单细胞RNA测序 | PacBio Iso-Seq | PacBio Iso-Seq技术用于生成全长转录组 |
| 249 | 2025-10-06 |
PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations
2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625696
PMID:39651206
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现PIEZO1过表达在遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形中的关键作用 | 首次揭示PIEZO1在HHT2疾病中的过表达现象,并证明其抑制可有效减轻动静脉畸形形成 | ALK1突变体中信号改变的全谱仍不完全清楚,患者AVM形成的防治方法尚待开发 | 探究ALK1突变导致动静脉畸形的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 内皮特异性Alk1敲除小鼠视网膜和人HHT病变组织 | 单细胞测序 | 遗传性出血性毛细血管扩张症 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | Alk1 KO小鼠和对照组小鼠视网膜内皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 250 | 2025-10-06 |
Stratified analysis identifies HIF-2α as a therapeutic target for highly immune-infiltrated melanomas
2024-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.29.620300
PMID:39554029
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研究论文 | 本研究通过分层分析发现HIF-2α是高度免疫浸润黑色素瘤的潜在治疗靶点 | 首次通过标准化荟萃分析揭示免疫浸润程度与ICB疗效的关系,并发现HIF-2α在特定细胞类型中的特异性表达 | 样本量相对有限,且主要基于回顾性队列分析 | 探索黑色素瘤免疫治疗反应的生物标志物和联合治疗新靶点 | 转移性黑色素瘤患者和临床前模型 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序,荟萃分析 | NA | RNA测序数据,临床数据 | 516例患者(抗PD-1治疗290例,抗CTLA-4治疗175例,联合治疗51例) | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | NA |
| 251 | 2025-10-06 |
Identification of gene and protein signatures associated with long-term effects of COVID-19 on the immune system after patient recovery by analyzing single-cell multi-omics data using a machine learning approach
2024-10-03, Vaccine
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.vaccine.2024.126253
PMID:39182316
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研究论文 | 通过机器学习方法分析单细胞多组学数据,识别与COVID-19康复患者免疫系统长期影响相关的基因和蛋白特征 | 首次结合五种特征排序算法和两种分类算法分析COVID-19康复患者的单细胞多组学数据,识别出特定的分子标志物 | 研究仅限于特定免疫细胞亚型,样本来源和规模未明确说明 | 研究COVID-19康复患者免疫系统的持久性改变和次级免疫反应 | COVID-19康复患者和健康对照组的免疫细胞 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞多组学测序 | LASSO, MCFS, RF, CATBoost, XGBoost, 决策树, K近邻 | 单细胞多组学数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞多组学 | 10x Chromium | 包含scRNA-seq、HTO、CITE-seq和SCT多种检测技术 |
| 252 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics defines injury specific microenvironments and cellular interactions in kidney regeneration and disease
2024-09-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51186-z
PMID:39237549
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术解析小鼠肾脏缺血再灌注损伤中特定微环境的基因表达模式和细胞相互作用 | 首次应用空间转录组学揭示肾脏损伤中空间依赖的基因表达模式,并预测Clcf1-Crfl1在持续损伤的近端小管细胞与成纤维细胞间的分子相互作用 | 研究仅针对小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型,未涉及其他类型肾脏损伤或人类样本 | 解析肾脏损伤修复过程中的分子通路和细胞相互作用机制 | 小鼠肾脏组织 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 253 | 2025-10-06 |
SMARCA4 Loss and Mutated β-Catenin Induce Proliferative Lesions in the Murine Embryonic Cerebellum
2024-04-10, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1605-23.2024
PMID:38383496
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研究论文 | 本研究通过基因工程小鼠模型探究SMARCA4缺失和β-连环蛋白突变在小鼠胚胎小脑中诱导增殖性病变的机制 | 首次揭示β-连环蛋白突变单独可导致严重发育表型,并与SMARCA4缺失协同诱导小脑早期祖细胞增殖性病变 | 体外培养中双突变细胞未显示致瘤潜力,提示胚胎微环境对病变发展具有重要作用 | 解析异常WNT信号和SMARCA4缺陷诱导肿瘤发生机制 | 基因工程小鼠模型(BLBP-Cre小鼠) | 癌症生物学 | 髓母细胞瘤 | DNA甲基化分析,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 胚胎期E13.5至E16.5的小鼠小脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 254 | 2025-10-06 |
PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy
2024-Sep, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01317-2
PMID:38816578
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研究论文 | 本研究揭示了PD-L2通过调节肿瘤免疫环境驱动EGFR-TKIs耐药的新机制,并发现天然小分子抑制剂十一烯酸锌可逆转耐药 | 首次发现PD-L2动态变化是EGFR-TKIs获得性耐药的关键驱动因素,并鉴定出天然小分子PD-L2抑制剂十一烯酸锌 | 研究主要基于细胞系和同源肿瘤小鼠模型,尚未在临床患者中验证 | 探索EGFR-TKIs耐药机制并开发克服耐药的新策略 | EGFR突变肿瘤细胞系和同源肿瘤小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据,实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 255 | 2025-10-06 |
Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice
2024-Sep, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041
PMID:38554847
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病发病机制中的关键作用 | 首次证明肠道CFTR缺陷通过维持致病性微生物群、创造炎症环境和改变肠道通透性,成为CFLD发展的必要共因子 | 研究基于小鼠模型,需要在人类患者中进行临床验证 | 探究肠-肝轴在囊性纤维化相关肝病发病机制中的作用 | 野生型小鼠、全身性Cftr敲除小鼠和肠道校正小鼠 | NA | 囊性纤维化相关肝病 | 单细胞RNA测序, 16S核糖体RNA测序, 蛋白质组阵列, FITC-葡聚糖检测 | NA | 单细胞转录组数据, 微生物组数据, 蛋白质组数据 | 三种基因型小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 16S rRNA测序 | NA | NA |
| 256 | 2025-10-06 |
Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis
2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109
PMID:38527663
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研究论文 | 本研究探讨了在小鼠创伤后骨关节炎模型中,β-肾上腺素能受体激活对代谢和炎症介质的性别特异性影响 | 首次揭示了β-肾上腺素能受体激活在创伤后骨关节炎中具有性别特异性作用,女性小鼠对治疗更敏感 | 研究仅使用小鼠模型,结果需在人类中验证;代谢组学变化未受异丙肾上腺素显著影响 | 研究β-肾上腺素能受体激活对创伤后骨关节炎代谢和炎症过程的调节作用 | 12周龄雄性和雌性小鼠的膝关节组织(髌下脂肪垫和滑膜) | 骨关节炎研究 | 创伤后骨关节炎 | 组织学分析、多重基因表达分析、滑液代谢组学、机械性异常疼痛测试、单细胞RNA-seq数据分析 | 小鼠创伤后骨关节炎模型 | 基因表达数据、代谢组学数据、组织学图像、行为数据 | 12周龄雄性和雌性小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 257 | 2025-10-06 |
Inhibition of Renin Expression Is Regulated by an Epigenetic Switch From an Active to a Poised State
2024-Sep, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究揭示了肾素表达抑制通过表观遗传开关从活跃状态转变为预备状态的调控机制 | 首次发现肾素表达抑制涉及从活跃状态到预备状态的表观遗传转换,并关联细胞间通讯减少和上皮-间质转化 | 研究仅使用小鼠来源的As4.1肿瘤细胞系,未在原发性细胞或体内模型中验证 | 探究肾素表达抑制的表观遗传调控机制 | 小鼠肾小球旁细胞来源的As4.1肿瘤细胞系 | 表观遗传学 | NA | ATAC-seq, 单细胞RNA测序, CUT&Tag, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因组学数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | As4.1细胞系的生物学重复样本 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, ChIP-seq, CUT&Tag | NA | NA |
| 258 | 2025-10-06 |
Reversal of injury-associated retinal ganglion cell gene expression by a phosphodiesterase anchoring disruptor peptide
2024-Sep, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.110017
PMID:39097072
|
研究论文 | 本研究探讨了通过干扰磷酸二酯酶锚定来逆转损伤相关视网膜神经节细胞基因表达的机制 | 首次证明通过表达修饰的PDE4D3 N端肽4D3(E)能够逆转视神经损伤诱导的基因表达变化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类细胞或临床环境中验证 | 探索PDE4D3位移促进神经保护作用的分子机制 | 视网膜神经节细胞(RGCs) | 神经科学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 腺相关病毒转染 | NA | 基因表达数据 | 小鼠视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 259 | 2025-10-06 |
A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis
2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery
DOI:10.1002/ohn.754
PMID:38606634
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研究论文 | 本文提出了一种用于分析特发性声门下狭窄的综合流式细胞术检测方案 | 开发了针对iSGS的全面流式细胞术检测组合,首次系统描述了iSGS瘢痕组织的细胞特征 | 样本量较小(9对样本),单中心研究 | 建立特发性声门下狭窄的流式细胞术检测平台并分析其细胞组成 | 特发性声门下狭窄患者的正常组织和瘢痕组织样本 | 数字病理学 | 特发性声门下狭窄 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞表型数据, 基因表达数据 | 9对正常和瘢痕组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 260 | 2025-10-06 |
Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis
2024-Sep, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-024-00885-8
PMID:39464736
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法识别能够区分寨卡病毒和登革热病毒感染的基因表达生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法来识别区分寨卡和登革热病毒感染的基因生物标志物 | 仅分析了24小时时间点的数据,且需要进一步的实验验证 | 开发基于基因表达特征的寨卡和登革热病毒感染诊断方法 | 人类肝癌细胞系Huh7感染寨卡病毒和登革热病毒后的基因表达数据 | 机器学习 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 逻辑回归,支持向量机,随机森林,决策树 | 基因表达数据 | GSE110496数据集中的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |