单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7848 篇文献，本页显示第 2481 - 2500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2481 | 2024-10-24 |
Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546949
PMID:39071320
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研究论文 | 本文介绍了一种基于空间转录组数据识别组织中空间均质区域（SHR）的方法，并展示了其在多种组织类型中的高效性和有效性 | 提出了一种新的方法concordex，通过分析k-近邻（kNN）图来识别空间均质区域 | NA | 开发一种有效的方法来识别组织中的空间均质区域 | 组织中的空间均质区域 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | kNN图 | 转录组数据 | 多种组织类型 |
| 2482 | 2024-10-24 |
Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603155
PMID:39071344
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序揭示了早期妊娠人类胎盘中绒毛膜和基底板细胞滋养层与滋养层干细胞之间的转录多样性差异 | 首次通过单细胞RNA测序比较了早期妊娠胎盘中的细胞滋养层和滋养层干细胞的转录多样性，并揭示了不同胎盘区域细胞滋养层的不同状态 | 研究仅限于早期妊娠胎盘样本，且样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探究早期妊娠人类胎盘中细胞滋养层和滋养层干细胞的转录多样性，并比较它们之间的差异 | 早期妊娠人类胎盘中的细胞滋养层和滋养层干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6个正常胎盘样本，4个早期（6-8周）和2个晚期（12-14周）第一孕期，以及3个滋养层干细胞系 |
| 2483 | 2024-10-24 |
A Single Trophoblast Layer Acts as the Gatekeeper at the Endothelial-Hematopoietic Crossroad in the Placenta
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603303
PMID:39071312
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研究论文 | 研究探讨了胎盘中滋养层巨细胞在调节血管内皮与造血细胞过渡中的作用 | 通过单细胞RNA测序和受体-配体对分析，揭示了滋养层巨细胞分泌的旁分泌因子在维持胎盘造血-血管生成平衡中的新机制 | 研究基于特定敲除小鼠模型，结果可能不适用于所有物种 | 阐明胎盘中滋养层巨细胞在调节造血微环境中的分子机制 | 胎盘中的滋养层巨细胞及其分泌的旁分泌因子 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 特定敲除小鼠模型的胎盘样本 |
| 2484 | 2024-10-24 |
CD38+ Alveolar macrophages mediate early control of M. tuberculosis proliferation in the lung
2024-Jul-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3934768/v1
PMID:39070650
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研究论文 | 研究探讨了CD38+肺泡巨噬细胞在早期控制结核分枝杆菌（M. tuberculosis）肺部增殖中的作用 | 首次揭示了CD38+肺泡巨噬细胞在结核分枝杆菌感染早期的重要控制作用，并通过多模态单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析了巨噬细胞亚群的功能和表观遗传特征 | 研究主要集中在实验室条件下，未来需要在临床环境中验证这些发现 | 探讨肺泡巨噬细胞在结核病早期控制中的作用，并揭示潜在的疫苗和免疫治疗策略 | CD38+肺泡巨噬细胞及其在结核分枝杆菌感染中的动态变化 | 免疫学 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | 多个感染时间点的肺泡巨噬细胞样本 |
| 2485 | 2024-10-24 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584903
PMID:38558995
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研究论文 | 研究了Polycomb抑制复合物2（PRC2）的核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质增殖的影响 | 通过整合小鼠遗传学和单细胞RNA测序，揭示了Eed在神经嵴细胞诱导后对颅面发育的关键作用 | 对PRC2活性在神经嵴诱导后的胚胎、细胞和分子后果的理解尚不完全 | 探讨PRC2在神经嵴诱导后对颅面发育的影响及其分子机制 | Eed在颅面成骨细胞分化和间充质增殖中的作用 | 发育生物学 | 先天性畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠遗传学模型和单细胞RNA测序数据 |
| 2486 | 2024-10-24 |
Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids
2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.08.602611
PMID:39026750
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研究论文 | 研究内源性FGF在2D人类胚胎体中驱动ERK依赖的细胞命运模式的作用 | 发现了FGF依赖的ERK信号在2D胚胎体中的新作用，揭示了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1诱导原始条纹样细胞的机制 | NA | 探讨FGF在人类胚胎发育中的作用及其机制 | 2D人类胚胎体中的FGF依赖的ERK活性模式 | NA | NA | 原位杂交和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2487 | 2024-10-24 |
Cell Simulation as Cell Segmentation
2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591218
PMID:38712065
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研究论文 | 本文采用从头细胞模拟方法来快速推断形态上合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学数据的细胞分割精度 | 本文创新性地将从头细胞模拟方法应用于细胞分割，显著提高了分割精度和计算效率 | NA | 提高单细胞空间转录组学数据的细胞分割精度 | 单细胞空间转录组学数据中的细胞分割 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 从头细胞模拟 | NA | 转录组数据 | 来自肾细胞癌患者样本的数据 |
| 2488 | 2024-10-24 |
GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data
2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602230
PMID:39005368
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GeneSurfer的交互式界面，用于探索3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式 | GeneSurfer提供了一种新的方法来探索大规模数据集中局部基因共表达模式，并支持实时基因本体论术语注释 | NA | 开发一种工具来探索和注释3D空间转录组数据中的基因共表达模块 | 3D空间转录组数据中的基因共表达模式 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了Allen Brain Cell Atlas中的空间转录组和单细胞RNA测序数据 |
| 2489 | 2024-10-24 |
Co-Transplantation-Based Human-Mouse Chimeric Brain Models to Study Human Glial-Glial and Glial-Neuronal Interactions
2024-Jul-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.03.601990
PMID:39005270
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研究论文 | 本文介绍了一种基于共移植策略的人鼠嵌合脑模型，用于研究人神经胶质细胞间的相互作用 | 本文创新性地采用了共移植策略，将人诱导多能干细胞衍生的神经前体细胞与原始巨噬细胞前体细胞移植到新生小鼠脑中，创建了包含人微胶质细胞、巨胶质细胞（星形胶质细胞和少突胶质细胞）和神经元的人鼠嵌合脑模型 | NA | 研究人神经胶质细胞在体内发育和功能，以及神经胶质细胞与神经元之间的相互作用 | 人诱导多能干细胞衍生的神经细胞、原始巨噬细胞前体细胞、新生小鼠脑 | 神经科学 | NA | 超分辨率成像、3D重建技术、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | NA |
| 2490 | 2024-10-24 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗抵抗中内在命运与微环境的相互影响 | 本文首次揭示了不同遗传背景下黑色素瘤细胞抵抗命运的共享内在抵抗程序，并展示了这些抵抗程序与肿瘤微环境的密切关联 | 本文主要基于空间转录组学和单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 研究黑色素瘤治疗抵抗中细胞内在命运与微环境因素的相互作用 | 黑色素瘤细胞及其抵抗命运 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 多个细胞系和患者样本 |
| 2491 | 2024-10-24 |
Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601068
PMID:39005427
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研究论文 | 本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型，探讨了肿瘤异质性和治疗反应的分子机制 | 首次在头颈部鳞状细胞癌中建立了患者来源的肿瘤类器官模型，并揭示了与顺铂耐药相关的分子亚型和异质性程序 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解，并为个性化治疗提供新的靶点 | 头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 31名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 2492 | 2024-10-24 |
Global trends of single cell sequence associated in cancer from 2011 to 2024: A bibliometric analysis
2024-Jun-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32847
PMID:38975217
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meta-analysis | 本文通过文献计量分析探讨了2011年至2024年间与癌症相关的单细胞测序研究的趋势和前沿 | 本文首次通过文献计量分析方法，系统地总结了单细胞测序在癌症研究中的应用趋势和前沿 | 本文主要依赖于文献计量分析，未涉及具体的实验数据或技术细节 | 探索基于单细胞测序的癌症分子和临床病理特征，揭示肿瘤间异质性，并为癌症的早期诊断、治疗和预后分析提供新思路 | 2011年至2024年间发表的与癌症相关的单细胞测序研究 | digital pathology | NA | 单细胞测序 | NA | 文本 | 6189篇文章 |
| 2493 | 2024-10-24 |
Positionally distinct interferon stimulated dermal immune acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.24.600500
PMID:38979312
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研究论文 | 研究探讨了Sweet's综合征中位置特异性的干扰素刺激的真皮免疫作用成纤维细胞促进中性粒细胞招募的机制 | 首次揭示了Sweet's综合征皮肤样本中显著的干扰素特征，并发现这种特征在其他中性粒细胞性皮肤病中减少 | 研究主要基于单核和批量转录组学分析，缺乏对活体组织的直接观察 | 探讨Sweet's综合征中中性粒细胞浸润的机制 | Sweet's综合征患者的皮肤样本和培养的初级人真皮成纤维细胞 | NA | Sweet's综合征 | 单核和批量转录组学、单分子分辨率空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括Sweet's综合征患者的皮肤样本和培养的初级人真皮成纤维细胞 |
| 2494 | 2024-10-24 |
Medulloblastoma Spatial Transcriptomics Reveals Tumor Microenvironment Heterogeneity with High-Density Progenitor Cell Regions Correlating with High-Risk Disease
2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.25.600684
PMID:38979174
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析了十六例儿童髓母细胞瘤样本，揭示了肿瘤微环境的异质性及其与高风险疾病的关系 | 首次在空间背景下分析髓母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示了高密度静止祖细胞区域与高风险疾病特征的相关性 | 样本量相对较小，且仅限于儿童髓母细胞瘤 | 探讨髓母细胞瘤肿瘤微环境的异质性及其与疾病进展和治疗反应的关系 | 十六例儿童髓母细胞瘤样本及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 神经系统肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 十六例儿童髓母细胞瘤样本，包括两对诊断-复发匹配样本 |
| 2495 | 2024-10-24 |
Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria
2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.27.601034
PMID:38979245
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研究论文 | 本文介绍了一种名为细菌-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌在复杂环境中的单细胞行为 | 结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光杂交（MERFISH）技术，创建了细菌-MERFISH方法，克服了细菌mRNA密度过高的问题 | NA | 开发一种新的空间转录组学方法，以研究细菌在复杂环境中的单细胞行为 | 细菌在碳饥饿、亚细胞RNA组织和肠道共生菌在哺乳动物结肠微环境中的适应性 | 空间转录组学 | NA | 多重错误鲁棒荧光杂交（MERFISH） | NA | RNA | 数千个操纵子 |
| 2496 | 2024-10-24 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1
PMID:38978567
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于大规模空间生物学中细胞类型和状态的去卷积 | 开发了TACIT算法，该算法无需训练数据，利用预定义的签名进行细胞注释，并通过多组学分析提高了准确性和可扩展性 | NA | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的挑战 | 细胞类型和状态的识别 | 空间生物学 | NA | 空间转录组学和蛋白质组学 | 无监督算法 | 多组学数据 | 五个数据集，包含5,000,000个细胞和51种细胞类型，来自三个生态位（大脑、肠道、腺体） |
| 2497 | 2024-10-24 |
Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq
2024-Jun-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4559348/v1
PMID:38978578
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研究论文 | 本文提出了一种名为TORC的目标导向参考构建方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | TORC方法解决了现有监督细胞类型识别工具中参考数据选择和构建的缺失问题，通过减少参考数据与目标数据之间的分布差异和细胞类型组成差异，提高了细胞类型识别的准确性 | NA | 开发一种新的方法来构建高质量的参考数据，以提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2498 | 2024-10-24 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 本文介绍了NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型分类的最优标记基因 | NS-Forest v4.0通过模块化最终决策树步骤，能够比较用户定义的标记基因与NS-Forest计算得出的标记基因的性能，并引入了On-Target Fraction指标来量化标记基因的特异性表达 | NA | 开发一种可扩展的数据驱动解决方案，用于从大规模单细胞RNA测序数据中识别细胞类型的最小必要且充分的标记基因组合 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类标记基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 随机森林 | 基因表达数据 | 数百万个细胞，来自三个器官（大脑、肾脏和肺）的数据集 |
| 2499 | 2024-10-24 |
B cell-mediated antigen presentation promotes adverse cardiac remodeling in chronic heart failure
2024-Jun-24, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536350/v1
PMID:38978561
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研究论文 | 研究探讨了B细胞通过MHC II介导的抗原呈递在慢性心力衰竭中促进不良心脏重塑的作用 | 揭示了B细胞通过MHC II介导的抗原呈递在慢性心力衰竭中的新机制，并提出MHC II介导的信号通路作为治疗慢性心力衰竭的新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和人类心肌梗死患者的循环B细胞分析，可能需要进一步的人类临床研究来验证其普遍性 | 探讨特定免疫细胞在慢性心力衰竭中的作用机制，特别是B细胞通过MHC II介导的抗原呈递的作用 | 小鼠和人类心肌梗死患者的B细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类心肌梗死患者的B细胞样本 |
| 2500 | 2024-10-24 |
Identify Regulatory eQTLs by Multiome Sequencing in Prostate Single Cells
2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599704
PMID:38948854
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研究论文 | 本文通过多组学单细胞测序技术，研究前列腺癌细胞中调控eQTL及其靶基因的关联 | 首次应用多组学单细胞测序技术在前列腺癌细胞中识别调控eQTL及其靶基因 | 数据稀疏性问题仍然存在，尽管通过靶向测序有所改善 | 验证多组学单细胞测序技术在前列腺癌风险位点识别调控元件及其靶基因的可行性 | 前列腺癌细胞中的调控eQTL及其靶基因 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 多组学测序 | NA | 单细胞数据 | 65,501个高质量单细胞来自8种前列腺细胞系 |