单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7848 篇文献，本页显示第 2461 - 2480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2461 | 2024-10-24 |
Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.08.607264
PMID:39149388
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研究论文 | 本文介绍了一种新的广义对比主成分分析（gcPCA）方法，用于在高维数据集中识别不同实验条件下的低维模式 | 提出了广义对比主成分分析（gcPCA），这是一种无需超参数的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）需要调整超参数和不对称处理前景和背景条件的问题 | NA | 开发一种新的方法来比较不同实验条件下收集的高维数据集，并提取在一种条件下富集的低维模式 | 高维生物数据，包括神经生理学记录和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 广义对比主成分分析（gcPCA） | 主成分分析（PCA） | 高维数据 | NA |
| 2462 | 2024-10-24 |
ResSAT: Enhancing Spatial Transcriptomics Prediction from H&E- Stained Histology Images with Interactive Spot Transformer
2024-Aug-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4707959/v1
PMID:39149477
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研究论文 | 提出了一种名为ResSAT的框架，通过捕捉组织结构并使用自注意力变压器来增强从H&E染色图像中预测空间基因表达的能力 | 引入了一种新的框架ResSAT，结合残差网络和自注意力变压器，显著提高了从H&E图像中预测空间基因表达的准确性 | NA | 开发一种能够从H&E染色图像中准确预测空间基因表达的新方法 | H&E染色图像和空间基因表达 | 数字病理学 | NA | 自注意力变压器 | 残差网络 | 图像 | 10× Visium数据集 |
| 2463 | 2024-10-24 |
Deciphering tumour microenvironment and elucidating the origin of cancer cells in ovarian clear cell carcinoma
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606821
PMID:39149248
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研究论文 | 本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术，分析了卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 首次构建了卵巢透明细胞癌肿瘤微环境的单细胞RNA测序资源，并比较了其与子宫内膜异位症的细胞类型和细胞间通信差异 | 样本量较小，仅包括7名患者，可能影响结果的普适性 | 揭示卵巢透明细胞癌的肿瘤微环境及其与子宫内膜异位症的关系 | 卵巢透明细胞癌的肿瘤组织及其微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7名卵巢透明细胞癌患者 |
| 2464 | 2024-10-24 |
Optics-free Spatial Genomics for Mapping Mouse Brain Aging
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.06.606712
PMID:39149282
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研究论文 | 本文介绍了一种无需光学成像的空间转录组学平台，用于绘制小鼠大脑衰老过程中的基因表达和细胞动态变化 | 本文提出了一种无需预定义捕获阵列或大量成像的光学自由空间转录组学平台，能够快速且成本有效地处理多个组织切片 | NA | 解决当前空间转录组学方法在通量和成本方面的挑战，以进行全面研究 | 小鼠大脑在成年和衰老阶段的基因表达和细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 30个大脑区域，包括成年和衰老小鼠 |
| 2465 | 2024-10-24 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606553
PMID:39149316
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术，能够在3D厚组织块中量化数千个基因转录本及其相应的翻译活动 | 本文首次实现了在200μm厚组织块中进行3D空间单细胞转录组和翻译组学分析 | NA | 揭示基因如何在三维组织环境中塑造组织结构和功能 | 基因转录和翻译活动在三维组织中的表达模式 | 数字病理学 | 皮肤癌 | NA | NA | NA | NA |
| 2466 | 2024-10-24 |
Exploit Spatially Resolved Transcriptomic Data to Infer Cellular Features from Pathology Imaging Data
2024-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606654
PMID:39149252
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研究论文 | 本文提出了一种利用空间解析转录组数据来注释病理图像的创新方法，并引入了一种名为STpath的转移学习神经网络模型，用于预测细胞类型比例或分类肿瘤微环境 | 本文的创新点在于利用配对的空间解析转录组数据来注释病理图像，并开发了一种新的转移学习神经网络模型STpath | 本文的局限性在于训练数据有限，尽管STpath在样本中表现出色，但其性能仍需在更多数据集上验证 | 本文的研究目的是克服深度学习模型在病理图像特征提取中的标注数据稀缺问题 | 本文的研究对象是病理图像和空间解析转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 深度学习 | 转移学习神经网络 | 图像 | 三个不同的乳腺癌数据集 |
| 2467 | 2024-10-24 |
Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED
2024-Aug-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1
PMID:39149508
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研究论文 | 本文介绍了一种名为sciRED的单细胞可解释因子分解方法，用于改进scRNA-seq数据分析中的因子解释 | sciRED通过去除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕捉隐藏生物现象的未解释因子，并确定由结果因子表示的基因和生物过程，从而改进了scRNA-seq数据的因子分析 | NA | 开发一种改进单细胞RNA测序数据因子分析解释性的方法 | 单细胞RNA测序数据中的生物信号 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 因子分解 | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集，包括肾脏、PBMC、大鼠肝脏和健康人肝脏的样本 |
| 2468 | 2024-10-24 |
The Microscope and Beyond: Current Trends in the Characterization of Kidney Allograft Rejection From Tissue Samples
2024-Aug-06, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000005153
PMID:39436268
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综述 | 本文综述了当前用于从组织样本中表征肾移植排斥反应的创新工具和技术 | 讨论了数字化病理工作流程、深度学习、多重免疫组化、单细胞转录组学和空间转录组学等新兴技术在提高肾移植排斥反应表征方面的潜力 | 尽管讨论了多种新兴技术，但仍需进一步研究和临床验证以解决当前Banff分类系统的盲点 | 探讨如何利用新兴技术提高肾移植排斥反应的表征和诊断 | 肾移植排斥反应的组织样本 | 数字病理 | 肾移植排斥反应 | 多重免疫组化、单细胞转录组学、空间转录组学 | 深度学习 | 组织样本 | NA |
| 2469 | 2024-10-24 |
Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone
2024-Aug-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1
PMID:39149484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E是生长板静止区软骨细胞的新型标记物 | 首次发现载脂蛋白E作为生长板静止区软骨细胞的全面标记物 | 仅在啮齿动物和人类中验证了载脂蛋白E的表达，未在其他物种中进行验证 | 寻找并验证生长板静止区软骨细胞的全面标记物 | 生长板静止区的软骨细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、荧光原位杂交 | NA | RNA | 啮齿动物和人类生长板软骨细胞 |
| 2470 | 2024-10-24 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
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研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和统计物理学的建模与推断技术，研究了早期海胆胚胎的转录组，识别了基因表达的集体模式 | 本文开发了一种稳健且基于生物物理学的方法来识别不同的转录组状态或细胞类型，并揭示了细胞间相互作用的集体模式 | NA | 研究早期胚胎发育过程中细胞间的协调和基因表达的集体模式 | 早期海胆胚胎的单细胞转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 统计物理模型 | 转录组数据 | 早期海胆胚胎的多个样本 |
| 2471 | 2024-10-24 |
Molecular Organization of Autonomic, Respiratory, and Spinally-Projecting Neurons in the Mouse Ventrolateral Medulla
2024-Jul-31, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2211-23.2024
PMID:38918066
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，对小鼠延髓腹外侧区的自主神经、呼吸神经和脊髓投射神经元进行了分子组织分析 | 首次通过单细胞RNA测序技术，详细描述了小鼠延髓腹外侧区神经元的分子和细胞组织，并识别出23种神经元亚型和5种星形胶质细胞亚型 | 研究仅限于小鼠延髓腹外侧区，且未涵盖所有可能的神经元类型 | 旨在通过单细胞RNA测序技术，全面分析小鼠延髓腹外侧区神经元的分子和细胞组织 | 小鼠延髓腹外侧区的自主神经、呼吸神经和脊髓投射神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 114,805个延髓腹外侧区细胞 |
| 2472 | 2024-10-24 |
Imputing abundance of over 2500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles
2024-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.31.605432
PMID:39131290
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组中大规模预测细胞表面蛋白的丰度 | SPIDER模型能够更好地泛化到各种上下文，如不同组织或疾病状态，并且能够预测超过2500种细胞表面蛋白的丰度 | NA | 开发一种能够从单细胞转录组数据中大规模预测细胞表面蛋白丰度的计算方法 | 细胞表面蛋白的丰度预测及其在细胞类型注释、生物标志物/靶点识别和细胞间相互作用分析中的应用 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 深度集成模型 | 转录组数据 | NA |
| 2473 | 2024-10-24 |
Integrative, high-resolution analysis of single cells across experimental conditions with PARAFAC2
2024-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.29.605698
PMID:39131377
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研究论文 | 本文介绍了使用PARAFAC2方法对跨实验条件的单细胞数据进行高分辨率分析 | 提出了PARAFAC2方法，能够在不限制假设的情况下，灵活处理跨实验条件的单细胞数据，并有效分离条件间和细胞间的变异 | NA | 开发有效的工具来探索和分析大规模单细胞测量数据 | 单细胞RNA测序数据，特别是外周免疫细胞在药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本中的数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | PARAFAC2 | 基因表达数据 | 涉及药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本的单细胞RNA测序实验 |
| 2474 | 2024-10-24 |
Modulation of Neuronal Excitability and Plasticity by BHLHE41 Conveys Lithium Non-Responsiveness
2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.25.605130
PMID:39372797
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研究论文 | 研究探讨了BHLHE41基因对锂非应答性的影响及其在神经元兴奋性和可塑性中的作用 | 首次揭示了BHLHE41基因在锂非应答性中的关键作用，并通过基因集富集分析和单细胞RNA测序等技术，深入研究了锂在神经元代谢和兴奋性中的细胞特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究锂非应答性的分子机制及其与BHLHE41基因的关系 | 双敲除突变小鼠（DKO）的神经元兴奋性和可塑性 | 神经科学 | 双相情感障碍 | 基因集富集分析、单细胞RNA测序、膜片钳记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据 | 双敲除突变小鼠（DKO） |
| 2475 | 2024-10-24 |
Genetic evolution of keratinocytes to cutaneous squamous cell carcinoma
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604673
PMID:39091884
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研究论文 | 研究了表皮角质形成细胞向皮肤鳞状细胞癌的遗传演变过程 | 通过多组学分析和单细胞突变分析，揭示了皮肤癌变过程中分子转变的关键事件 | NA | 理解皮肤癌变过程中分子层面的转变 | 表皮角质形成细胞、光化性角化病和鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞突变分析、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 涉及正常皮肤、光化性角化病和鳞状细胞癌的多个样本 |
| 2476 | 2024-10-24 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 研究了多能心脏咽部祖细胞在细胞周期驱动下获得多谱系能力的过程 | 首次揭示了转录组成熟过程与细胞周期进展之间的耦合关系，并提出了“行为能力”的概念 | 研究仅限于tunicate Ciona，可能不适用于其他物种 | 探讨多能心脏咽部祖细胞如何通过细胞周期进展获得多谱系能力 | 多能心脏咽部祖细胞及其在细胞周期不同阶段的转录组动态 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及tunicate Ciona的多能心脏咽部祖细胞 |
| 2477 | 2024-10-24 |
The role of polycystic kidney disease-like homologs in planarian nervous system regeneration and function
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603829
PMID:39091889
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研究论文 | 研究了多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 首次全面分析了涡虫基因组中所有相关基因的表达和功能，并开发了用于机械感觉刺激获取和分析的自动化设置 | 对数十种神经亚型的功能了解仍然不足 | 探讨多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 涡虫的神经系统再生和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及无性和雌雄同体两种涡虫品系 |
| 2478 | 2024-10-24 |
Transcriptional, developmental, and functional parallels of lymphatic and venous smooth muscle
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.18.604042
PMID:39091770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪和成像技术，探讨了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）的转录组和发育基础 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了LMCs和静脉SMCs的转录组相似性，并发现它们可能源自相关的间充质祖细胞 | 研究仅限于小鼠后肢的淋巴和静脉血管，未涵盖其他物种或组织 | 探讨淋巴肌肉细胞和静脉平滑肌细胞的转录组和发育基础，以理解其独特的收缩特性 | 淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs） | 生物医学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 小鼠后肢的LMCs和SMCs样本 |
| 2479 | 2024-10-24 |
Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603936
PMID:39071425
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序元分析揭示了基于趋化因子的细胞间通信在免疫疾病中的对话 | 本文通过元分析揭示了不同免疫疾病和组织中细胞间通信的复杂模式，为精准医学提供了新的见解 | 本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 揭示免疫疾病中细胞间通信的疾病特异性模式，为开发靶向治疗提供理论基础 | 多种免疫疾病（如特应性皮炎、银屑病、慢性阻塞性肺病、特发性肺纤维化、溃疡性结肠炎、IgA肾病和狼疮性肾炎）及其相关组织 | 数字病理学 | 免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种免疫疾病和组织的单细胞RNA测序数据 |
| 2480 | 2024-10-24 |
SmartImpute: A Targeted Imputation Framework for Single-cell Transcriptome Data
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603649
PMID:39071378
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研究论文 | 提出了一种名为SmartImpute的计算框架，用于单细胞转录组数据的靶向插补 | SmartImpute通过聚焦于预定义的标记基因，提高了插补过程的生物学相关性和计算效率，同时减少了模型误设的风险 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高细胞类型注释和聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 生成对抗插补网络 | 基因表达数据 | 头颈部鳞状细胞癌和人类骨髓的单细胞RNA测序数据 |