单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7848 篇文献，本页显示第 2401 - 2420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2401 | 2024-10-24 |
Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa
2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.08.617279
PMID:39416216
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研究论文 | 研究了上呼吸道黏膜中多细菌胞内大分子如何塑造单细胞表观素谱 | 通过单细胞RNA测序和免疫组化技术，揭示了多细菌胞内大分子在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对细胞信号传导和药物反应的影响 | 研究主要集中在口腔黏膜，未涵盖其他上呼吸道部位 | 探讨宿主与微生物在上呼吸道黏膜中的相互作用及其对细胞行为的影响 | 上呼吸道黏膜中的上皮细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 慢性炎症疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人类口腔黏膜的单细胞RNA测序数据 |
| 2402 | 2024-10-24 |
Advances in long-read single-cell transcriptomics
2024-Oct, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-024-02678-x
PMID:38787419
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综述 | 本文综述了长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq）的最新进展，重点介绍了文库制备协议和下游生物信息学分析工具 | 长读长scRNA-Seq技术克服了传统短读长方法在完整转录本覆盖、解析异构体和识别新转录本方面的局限性 | 长读长scRNA-Seq技术在早期相比短读长方法准确性较低，但通过改进已逐渐提高 | 探讨长读长单细胞转录组学技术的发展及其在疾病异质性分析中的应用 | 长读长单细胞转录组学技术及其在疾病异质性分析中的应用 | 基因组学 | NA | 长读长单细胞转录组学（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 2403 | 2024-10-24 |
Effector Function Characteristics of Exhausted CD8+ T-Cell in Microsatellite Stable and Unstable Gastric Cancer
2024-Oct, Cancer research and treatment
IF:4.1Q2
DOI:10.4143/crt.2024.317
PMID:38637967
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研究论文 | 研究了微卫星稳定和不稳定胃癌中耗竭CD8+ T细胞的效应功能特征 | 发现微卫星不稳定胃癌中的耗竭T细胞保留了IFN-γ信号通路，为胃癌免疫治疗提供了新的视角 | 样本量较小，仅包括三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本 | 探讨微卫星不稳定胃癌的肿瘤免疫微环境特征 | 微卫星稳定和不稳定胃癌中的CD8+ T细胞亚型 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组分析 | NA | 转录组数据 | 三例微卫星不稳定和三例微卫星稳定胃癌样本 |
| 2404 | 2024-10-24 |
The crucial prognostic signaling pathways of pancreatic ductal adenocarcinoma were identified by single-cell and bulk RNA sequencing data
2024-Oct, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-024-02663-4
PMID:38526745
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研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序数据识别胰腺导管腺癌的关键预后信号通路 | 利用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出12个独立的胰腺导管腺癌预后因子，并构建了具有良好区分度和校准度的预后模型 | 研究仅基于特定的数据集，结果的普适性有待进一步验证 | 探索胰腺导管腺癌的潜在预后信号通路，提高预后预测的准确性 | 胰腺导管腺癌的预后因子及其相关信号通路 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序 | Cox回归模型，Lasso回归模型 | RNA测序数据 | 一个单细胞RNA测序队列和四个GEO队列的数据 |
| 2405 | 2024-10-24 |
LTBR acts as a novel immune checkpoint of tumor-associated macrophages for cancer immunotherapy
2024-Oct, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.233
PMID:39429877
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研究论文 | 研究揭示了淋巴毒素β受体（LTBR）作为肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的新型免疫检查点，并提出了一种新的癌症免疫治疗策略 | 首次发现LTBR作为TAMs的新型免疫检查点，并提出了一种新的免疫治疗策略，通过靶向LTBR TAMs来克服免疫检查点抑制剂的耐药性 | 研究主要基于肺腺癌（LUAD）的数据，结果的普适性需要进一步验证 | 揭示肿瘤相关巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用机制，并寻找新的免疫检查点 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在肺腺癌（LUAD）中的作用 | 免疫学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq） | NA | 基因组数据 | 涉及肺腺癌（LUAD）的免疫多组学数据和单细胞RNA测序数据 |
| 2406 | 2024-10-24 |
Integrative Analysis by Mendelian Randomization and Large-Scale Single-Cell Transcriptomics Reveals Causal Links between B Cell Subtypes and Diabetic Kidney Disease
2024-Oct, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000539689
PMID:39430286
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化和大规模单细胞转录组学分析，揭示了B细胞亚型与糖尿病肾病之间的因果关系 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞疾病相关评分（scDRS）分析，揭示了B细胞亚型在糖尿病肾病发病中的潜在作用 | 研究主要集中在B细胞亚型，未全面探讨其他免疫细胞类型对糖尿病肾病的影响 | 深入理解糖尿病肾病的病理机制，特别是循环免疫细胞的作用 | 糖尿病肾病患者和B细胞亚型 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 孟德尔随机化分析、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2407 | 2024-10-24 |
Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia
2024-Oct, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70043
PMID:39440457
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研究论文 | 研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了经典半乳糖血症患者卵巢中失调的信号通路，解释了早发性卵巢功能不全的分子机制 | 首次创建了经典半乳糖血症患者儿童期卵巢组织的单核转录组图谱和空间景观，揭示了ER应激信号、氧化应激反应和ATM信号/DNA损伤反应基因的激活 | NA | 揭示经典半乳糖血症患者早发性卵巢功能不全的分子机制 | 经典半乳糖血症患者的卵巢组织 | 数字病理学 | 生殖系统疾病 | 单核RNA测序 (snRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 儿童期女孩的卵巢组织活检样本 |
| 2408 | 2024-10-24 |
IL-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3) in lung adenocarcinoma predicts prognosis and immunotherapy resistance: involvement of multiple inflammation-related pathways
2024-Sep-30, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-391
PMID:39430338
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研究论文 | 研究探讨了IL-1受体相关激酶3（IRAK3）在肺腺癌（LUAD）中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响 | 首次揭示了IRAK3在LUAD中的表达与预后和免疫治疗反应的关系，并探讨了其在多个炎症相关通路中的作用 | 研究主要基于数据库分析和组织微阵列，缺乏体内实验验证 | 探讨IRAK3在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗反应中的作用 | 肺腺癌患者及其肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 基因集富集分析（GSEA）、组织微阵列、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、甲基化数据、蛋白质表达数据 | 中国国家癌症中心（NCC）的肺腺癌患者队列 |
| 2409 | 2024-10-24 |
Disulfidptosis-related gene SLC7A11 predicts prognosis and indicates tumor immune infiltration in lung adenocarcinoma
2024-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-1182
PMID:39430814
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研究论文 | 研究探讨了二硫化物应激相关基因SLC7A11在肺腺癌中的预后预测和肿瘤免疫浸润中的作用 | 首次系统分析了二硫化物应激在肺腺癌中的免疫调节作用，特别是SLC7A11基因的影响 | 研究结果需要进一步的实验验证 | 分析二硫化物应激相关基因在肺腺癌中的免疫调节作用 | 肺腺癌中的二硫化物应激相关基因SLC7A11 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA的数据，包括批量和单细胞RNA测序数据 |
| 2410 | 2024-10-24 |
Heterogeneity of tumor microenvironment cell groups in inflammatory and adenomatous polyposis coli mutant colorectal cancer based on single cell sequencing
2024-Sep-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-689
PMID:39430845
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研究论文 | 研究了基于单细胞测序的炎症性和APC突变型结直肠癌肿瘤微环境细胞组的异质性 | 揭示了炎症性CRC和APC突变型CRC的复杂肿瘤微环境，并识别了APOE作为潜在的CRC复发生物标志物 | NA | 揭示炎症性CRC和APC突变型CRC的肿瘤微环境，并为不同亚型的CRC治疗提供理论基础 | 炎症性CRC和APC突变型CRC的肿瘤微环境细胞组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNA-seq数据 | 8494个结直肠癌细胞 |
| 2411 | 2024-10-24 |
Zebrafish models of human-duplicated SRGAP2 reveal novel functions in microglia and visual system development
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612570
PMID:39314374
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研究论文 | 研究通过斑马鱼模型揭示了人类SRGAP2基因重复在微胶质细胞和视觉系统发育中的新功能 | 首次在斑马鱼中研究了人类SRGAP2基因重复的影响，揭示了其在微胶质细胞和视觉系统发育中的新功能 | 研究主要集中在斑马鱼模型，尚未在其他物种中验证 | 探讨人类SRGAP2基因重复在微胶质细胞和视觉系统发育中的作用 | 斑马鱼模型中的SRGAP2基因重复 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼幼体 |
| 2412 | 2024-10-24 |
Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614841
PMID:39386468
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研究论文 | 研究使用单细胞测序技术分析LHLK神经元在饥饿状态下的转录组变化，以识别调节睡眠与代谢状态相互作用的基因 | 首次使用单细胞测序技术研究LHLK神经元在饥饿状态下的转录组变化，并验证了Patch-seq方法的有效性 | 研究仅限于果蝇模型，且样本量较小 | 识别调节睡眠与代谢状态相互作用的基因 | 果蝇的LHLK神经元 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | RNA | 果蝇LHLK神经元在喂食和24小时饥饿状态下的样本 |
| 2413 | 2024-10-24 |
Trem2 deficiency attenuates breast cancer tumor growth in lean, but not obese or weight loss, mice and is associated with alterations of clonal T cell populations
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614811
PMID:39386686
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研究论文 | 研究探讨了TREM2缺乏对不同体重（瘦、肥胖和体重减轻）小鼠乳腺癌肿瘤生长的影响，并分析了克隆T细胞群体的变化 | 首次揭示了TREM2缺乏在瘦小鼠中减轻乳腺癌肿瘤生长，并伴随T细胞克隆性的变化，而肥胖和体重减轻小鼠中未观察到此现象 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨肥胖和体重减轻对TREM2抑制在乳腺癌中疗效的影响 | TREM2缺乏对不同体重小鼠乳腺癌肿瘤生长的影响及克隆T细胞群体的变化 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序和VDJ测序 | NA | RNA | 涉及瘦、肥胖和体重减轻的小鼠模型 |
| 2414 | 2024-10-24 |
Gene expansions contributing to human brain evolution
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.26.615256
PMID:39386494
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研究论文 | 研究探讨了基因扩增在人类大脑进化中的作用 | 首次分析了完整的端粒到端粒人类基因组序列，识别出可能包含人类特异性旁系同源基因的213个重复基因家族，并通过CRISPR技术在斑马鱼模型中验证了这些基因在脑发育中的作用 | 研究主要集中在基因扩增和表达模式上，未深入探讨这些基因在人类大脑进化中的具体分子机制 | 揭示基因扩增在人类大脑进化中的作用 | 人类特异性重复基因及其在脑发育中的功能 | 基因组学 | NA | 长读长DNA测序、CRISPR基因编辑 | NA | 基因组序列、转录组数据 | 200名具有不同祖先背景的现代人类、数千个祖先多样化的基因组 |
| 2415 | 2024-10-24 |
Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs)
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614807
PMID:39386558
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序数据分析了脂质相关巨噬细胞（LAMs）在多种组织和无菌炎症条件下的转录组特征 | 首次系统地揭示了LAMs在不同组织和炎症条件下共享的保守转录组特征以及组织特异性基因程序 | 研究主要基于小鼠和人类的数据，可能无法完全代表所有物种的LAMs特征 | 探讨脂质相关巨噬细胞在代谢和慢性炎症疾病中的作用及其潜在治疗靶点 | 脂质相关巨噬细胞（LAMs）及其在不同组织和炎症条件下的转录组特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类的多组织样本 |
| 2416 | 2024-10-24 |
A scalable, high-throughput neural development platform identifies shared impact of ASD genes on cell fate and differentiation
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.614184
PMID:39386704
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研究论文 | 本文通过优化Perturb-seq方法，结合单细胞RNA测序和结构主题建模，研究了自闭症谱系障碍（ASD）基因对细胞命运和分化的共同影响 | 本文提出了一种优化的高通量神经发育平台，结合了CRISPR干扰和单细胞RNA测序，并应用结构主题建模来同时评估细胞命运和发育阶段的影响 | 本文仅研究了60个高置信度的ASD风险基因，可能无法全面代表所有ASD基因的影响 | 识别神经发育障碍基因中的收敛通路，揭示高影响的潜在治疗靶点 | 自闭症谱系障碍（ASD）基因对神经发育的影响 | 基因组学 | 神经发育障碍 | Perturb-seq, 单细胞RNA测序 | 结构主题建模 | 基因表达数据 | 60个高置信度的ASD风险基因 |
| 2417 | 2024-10-24 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INSPIRE的深度学习方法，用于整合来自不同来源的多个空间转录组数据集 | INSPIRE结合了图神经网络和对抗学习机制，实现了对不同来源数据的空间感知和适应性整合，并通过非负矩阵分解揭示了可解释的空间因子及其相关基因程序 | NA | 解决来自不同样本、技术和发育阶段的空间转录组数据的有效整合和解释问题 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 图神经网络、对抗学习机制 | 空间转录组数据 | 人类皮质切片、小鼠脑切片、小鼠海马体和胚胎切片以及包含五十万个空间点的时空器官发生图谱 |
| 2418 | 2024-10-24 |
A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.614002
PMID:39372792
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研究论文 | 研究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在肿瘤免疫中的作用 | 发现肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞数量较多但表现出耗竭表型，并揭示了外源性肿瘤通过促进中间细胞群体抑制CD8+ T细胞功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者数据，需进一步验证在人类中的适用性 | 探讨肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在肿瘤免疫中的作用 | 肝脏中的肿瘤特异性CD8+ T细胞及其在肿瘤免疫中的作用 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | NA | RNA | 小鼠肿瘤模型和患者数据 |
| 2419 | 2024-10-24 |
Deconvolving organogenesis in space and time via spatial transcriptomics in thick tissues
2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614640
PMID:39386671
|
研究论文 | 本文开发了一种名为3DEEP的组织清除和空间转录组学策略，用于分析厚度达400 µm的组织块，并成功捕捉了12小时龄小鼠皮肤中371个处于不同发育阶段的毛囊的转录组数据 | 本文首次通过空间转录组学技术，对毛囊发育过程中的时空景观进行了四维分析，揭示了毛囊发育的分子阶段和结构出现的顺序 | 研究仅基于单个时间点的数据，未来需要更多时间点的数据以全面理解毛囊发育的动态过程 | 通过空间转录组学技术解析毛囊发育的时空景观 | 小鼠皮肤中的毛囊 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 12小时龄小鼠皮肤中的371个毛囊，包含6百万个转录本和81个基因 |
| 2420 | 2024-10-24 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
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研究论文 | 本文介绍了scooby模型，该模型能够从单细胞分辨率的DNA序列预测scRNA-seq覆盖率和scATAC-seq插入谱 | scooby是首个能够在单细胞分辨率下从序列预测scRNA-seq和scATAC-seq数据的模型，通过利用预训练的多组学预测器Borzoi并结合细胞特异性解码器进行微调，实现了强大的泛化能力 | NA | 理解调控DNA元件如何在单个细胞中塑造基因表达 | 单细胞分辨率下的基因表达和染色质可及性 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 基因组数据 | 涉及一个造血数据集 |