单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-12-19	SinCWIm: An imputation method for single-cell RNA sequence dropouts using weighted alternating least squares 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108225 PMID:38442556	研究论文	本文提出了一种基于加权交替最小二乘法（WALS）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据缺失值填补方法SinCWIm	SinCWIm方法利用Pearson相关系数和层次聚类量化零值的置信度，并结合WALS进行矩阵分解，通过异常值去除和数据校正操作使填补结果接近实际数值	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的缺失值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	加权交替最小二乘法（WALS）	基因表达矩阵	8个单细胞测序数据集
222	2024-12-19	Multiscale differential geometry learning of networks with applications to single-cell RNA sequencing data 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108211 PMID:38422960	研究论文	本文首次引入多尺度微分几何（MDG）策略，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中的挑战	首次将多尺度微分几何应用于单细胞RNA测序数据分析，通过构建多尺度细胞间交互流形来揭示细胞网络中的复杂关系	NA	探索单细胞RNA测序数据分析的新方法，揭示细胞网络中的复杂关系	单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多尺度微分几何（MDG）	基因表达数据	NA
223	2024-12-19	Single-cell transcriptome analysis reveals status changes of immune cells in chronic kidney disease 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1434535 PMID:39691368	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析揭示了慢性肾病中免疫细胞的状态变化	构建了慢性肾病肾脏的免疫细胞图谱，并发现了SPP1巨噬细胞作为一种独特的细胞类型	NA	深入了解慢性肾病中免疫细胞的组成和功能变化，发现新的治疗靶点	慢性肾病患者的肾脏免疫细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	42个正常样本和23个慢性肾病样本
224	2024-12-19	A new perspective on macrophage-targeted drug research: the potential of KDELR2 in bladder cancer immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1485109 PMID:39691708	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和临床数据，构建了膀胱癌的RNA转录组图谱，并验证了KDELR2在膀胱癌免疫治疗中的潜在作用	本研究首次强调了KDELR2在促进细胞增殖、侵袭和迁移中的作用，并提出了其在膀胱癌免疫治疗中的新治疗见解	NA	探讨KDELR2在膀胱癌免疫治疗中的潜在作用	膀胱癌细胞及其与骨髓细胞的相互作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
225	2024-12-19	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	研究论文	本文研究了慢性危重病脓毒症患者的独特淋巴细胞转录组特征	首次通过单细胞RNA测序技术分析了不同临床轨迹和结果的脓毒症患者的免疫抑制情况，揭示了CD8+ T细胞和NK细胞的耗竭和免疫抑制特征	研究样本量较小，且仅限于外周血淋巴细胞的分析	探讨脓毒症幸存者中慢性危重病患者的免疫系统特征	慢性危重病脓毒症患者的外周血淋巴细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康对照组12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，慢性危重病患者5人
226	2024-12-19	Identification of SPP1 + macrophages as an immune suppressor in hepatocellular carcinoma using single-cell and bulk transcriptomics 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1446453 PMID:39691723	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌中的免疫抑制作用	首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，确定了SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌中的免疫抑制作用，并提出了SPP1作为肝细胞癌免疫治疗潜在靶点的可能性	研究主要基于数据分析，缺乏体内实验验证	探讨肝细胞癌中巨噬细胞和T细胞的功能多样性，并确定潜在的免疫治疗靶点	肝细胞癌中的巨噬细胞和T细胞	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	NA	转录组数据	两个大规模肝细胞癌队列的RNA测序数据，以及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据
227	2024-12-19	CD8+ T-Cell Signatures as Prognostic and Immunotherapy Response Predictors in Non-Small Cell Lung Cancer 2024, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2024070040196 PMID:39692574	研究论文	本研究旨在通过单细胞和批量RNA测序技术，基于CD8+ T细胞标记基因识别并验证一种新的生物标志物特征，用于预测非小细胞肺癌患者的治疗反应	本研究首次结合单细胞和批量RNA测序技术，生成了基于CD8+ T细胞的生物标志物特征，强调了其在非小细胞肺癌预后和治疗中的关键作用	本研究的样本量虽然较大，但仍需在更多临床试验中验证该生物标志物特征的普适性和准确性	识别并验证一种新的生物标志物特征，用于预测非小细胞肺癌患者的治疗反应	非小细胞肺癌患者的CD8+ T细胞标记基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	1200个样本，包括4个非小细胞肺癌样本通过单细胞RNA测序分析，1000个来自TCGA的非小细胞肺癌样本，以及196个来自GSE37745队列的非小细胞肺癌样本
228	2024-12-18	CFTR represses a PDX1 axis to govern pancreatic ductal cell fate 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111393 PMID:39687022	研究论文	本研究探讨了CFTR蛋白在胰腺导管细胞命运中的调控作用，揭示了CFTR通过抑制PDX1轴来影响胰腺重塑的机制	首次揭示了CFTR蛋白通过维持PTEN和GSK3β的激活来限制PDX1表达，从而调控胰腺导管细胞命运的细胞自主机制	研究仅基于CF小动物模型，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨CFTR蛋白在胰腺导管细胞命运中的调控作用及其对胰腺重塑的影响	CF小动物模型中的胰腺导管细胞和胰岛功能	NA	囊性纤维化	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	CF小动物模型
229	2024-12-18	Single-cell transcriptomic reveals the peritoneal microenvironmental change in long-term peritoneal dialysis patients with ultrafiltration failure 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111383 PMID:39687014	研究论文	研究揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化	首次通过单细胞转录组测序揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境中中性粒细胞和巨噬细胞亚群的变化	研究样本量较小，可能无法全面代表所有长期腹膜透析患者的微环境变化	探讨长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化及其机制	长期腹膜透析患者的腹膜微环境，包括中性粒细胞、巨噬细胞和间皮细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本量未在摘要中提及
230	2024-12-18	Aberrant Chitinase 3-Like 1 Expression in Basal Cells Contributes to Systemic Sclerosis Fibrosis 2024-Dec-17, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310169 PMID:39686726	研究论文	本研究探讨了异常表达的壳多糖酶3样1（Chi3L1）在基底细胞中对系统性硬化症（SSc）纤维化的贡献	首次揭示了Chi3L1在SSc纤维化中的作用，并证明了Chi3L1通过与IL-17RA相互作用介导纤维化，为SSc的治疗提供了新的靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚需进一步的临床验证	揭示系统性硬化症纤维化的机制，并寻找潜在的治疗靶点	系统性硬化症患者的皮肤细胞和纤维化过程	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	系统性硬化症患者和健康对照者的皮肤细胞，以及Chi3L1缺陷小鼠
231	2024-12-18	Olaparib and Radiotherapy Induce Type I Interferon- and CD8+ T Cell-Dependent Sensitization to Immunotherapy in Pancreatic Cancer 2024-Dec-17, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0210 PMID:39688341	研究论文	研究探讨了PARP抑制剂奥拉帕利与放疗联合使用在胰腺癌中诱导I型干扰素和CD8+ T细胞依赖的免疫治疗敏感性	首次证明奥拉帕利增强放疗诱导的I型干扰素介导的免疫信号，从而增强胰腺癌对αPD-L1免疫治疗的敏感性	研究主要基于小鼠模型，临床试验结果尚未完全验证	验证奥拉帕利与放疗联合使用在胰腺癌中诱导免疫治疗敏感性的机制	胰腺导管腺癌（PDAC）	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
232	2024-12-18	Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia 2024-Dec-17, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10831-2 PMID:39688759	研究论文	本研究首次描述了LGR5/LGR4及其信号伙伴在人类胎盘中的表达，并探讨了它们在子痫前期和胎儿生长受限中的失调情况	首次在人类胎盘中研究LGR5/LGR4及其信号伙伴的表达，揭示了它们在子痫前期和胎儿生长受限中的失调	研究主要集中在LGR5/LGR4的表达变化，未深入探讨其具体机制和功能	探讨LGR5/LGR4及其信号伙伴在人类胎盘中的表达及其在子痫前期和胎儿生长受限中的失调情况	LGR5/LGR4及其信号伙伴在人类胎盘中的表达及其在子痫前期和胎儿生长受限中的失调	NA	妊娠相关疾病	单细胞转录组学、单核RNA测序、原位杂交	NA	RNA	共涉及194个胎盘样本，包括11个早孕期、9个早产期、11个足月期、81个早发性子痫前期、20个晚发性子痫前期、34个胎儿生长受限及相应的对照组
233	2024-12-18	The origin of patient-derived cancer organoids from pathologically undiagnosed specimen in patients with pancreatobiliary cancers 2024-Dec-17, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01026-5 PMID:39688793	研究论文	本研究探讨了从病理学上未确诊的样本中构建患者来源的癌症类器官（PDCOs），并验证其在胰胆管癌诊断和研究中的潜力	首次验证了从病理学上未确诊的样本中构建的PDCOs能够代表患者的胰胆管癌组织，并展示了其在诊断和研究中的潜力	研究样本量较小，仅涉及四名患者，且未进行大规模的药物敏感性测试	验证PDCOs在胰胆管癌诊断和研究中的应用潜力	从病理学上未确诊的胰胆管癌患者样本中构建的PDCOs	数字病理学	胰胆管癌	肿瘤面板测序、单细胞RNA测序、苏木精和伊红染色、免疫组织化学染色	NA	组织样本	共九个样本，来自四名患者（三名胰腺癌患者和一名胆囊癌患者）
234	2024-12-18	Advancing our understanding of root development: Technologies and insights from diverse studies 2024-Dec-17, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae605 PMID:39688896	综述	本文综述了根系发育研究中的技术创新，重点介绍了单细胞基因表达分析的变革性影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）成为植物生物学中的关键工具，通过详细的细胞特异性基因表达分析，推动了根系生物学的发展	NA	深入理解根系发育，以增强植物生长和健康	根系发育及其调控机制	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多模态分析，生物信息学，CRISPR	NA	基因表达数据	NA
235	2024-12-18	SYISL Knockout Promotes Embryonic Muscle Development of Offspring by Modulating Maternal Gut Microbiota and Fetal Myogenic Cell Dynamics 2024-Dec-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410953 PMID:39680624	研究论文	研究探讨了SYISL基因敲除通过调节母体肠道微生物群和胎儿肌源性细胞动态，促进胚胎肌肉发育的机制	首次揭示了SYISL基因、母体肠道微生物群及其相互作用通过丁酸盐-HDAC-H3K9ac/H3K27ac途径调控肌生成，并独立于组蛋白乙酰化水平影响肌源性细胞数量和动态	研究主要基于小鼠模型，其结果在其他物种中的适用性尚需验证	探讨SYISL基因敲除促进胚胎肌肉发育的机制	小鼠胚胎肌肉纤维形成及肌源性细胞动态	NA	NA	RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 组蛋白修饰数据, 单细胞RNA测序数据	野生型和SYISL敲除小鼠
236	2024-12-18	Mesenchymal Stem Cells Prevent SLC39A14-Dependent Hepatocyte Ferroptosis through Exosomal miR-16-5p in Liver Graft 2024-Dec-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411380 PMID:39680749	研究论文	本文研究了间充质干细胞通过外泌体miR-16-5p预防SLC39A14依赖性肝细胞铁死亡在肝移植中的作用	首次发现SLC39A14是肝细胞铁死亡的促进因子，并通过单细胞RNA测序分析证实其在人肝同种异体移植中的作用；发现人骨髓来源的间充质干细胞通过外泌体miR-16-5p下调SLC39A14表达，从而减轻肝缺血再灌注损伤	实验主要在体外和体内模型中进行，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨肝缺血再灌注损伤的机制及潜在治疗策略	肝细胞、SLC39A14蛋白、间充质干细胞及其外泌体	NA	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	人肝同种异体移植样本
237	2024-12-18	Neonatal Brain Injury Triggers Niche-Specific Changes to Cellular Biogeography 2024-Dec-16, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0224-24.2024 PMID:39681473	研究论文	本文构建了一个新生脑损伤再生反应的全脑图谱，使用高分辨率成像空间转录组学分析了慢性新生缺氧小鼠模型中的80万多个细胞，并开发了一种新方法来推断细胞类型空间接近性的条件相关差异	本文创新性地使用高分辨率成像空间转录组学技术，并开发了一种新方法来分析细胞类型空间接近性的变化，揭示了新生缺氧对神经发育的影响机制	本文主要基于小鼠模型进行研究，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究新生脑损伤对神经发育的影响及其分子机制	新生缺氧小鼠模型中的细胞和分子机制	NA	NA	空间转录组学	NA	细胞	80万多个细胞
238	2024-12-18	Endogenous retroelement activation is implicated in IFN-α production and anti-CCP autoantibody generation in early Rheumatoid Arthritis 2024-Dec-16, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43083 PMID:39681508	研究论文	本文研究了内源性逆转录元件（EREs）在早期类风湿性关节炎（eRA）中的表达及其与IFN-α产生和抗CCP自身抗体生成的关系	首次在eRA中研究了EREs的表达，揭示了EREs与IFN-I产生和抗CCP自身抗体的潜在因果关系	研究样本量较小，且仅限于早期类风湿性关节炎和早期银屑病关节炎患者	探讨EREs在早期类风湿性关节炎中的表达及其与IFN-α和抗CCP自身抗体的关系	早期类风湿性关节炎患者的全血和滑膜组织，以及早期银屑病关节炎患者的循环淋巴细胞亚群	NA	类风湿性关节炎	RT-PCR, Nanostring, 流式细胞术, 单细胞测序	NA	基因表达数据	22例eRA滑膜组织样本，56例全血样本，以及eRA和ePsA患者的循环淋巴细胞亚群
239	2024-12-18	Single-Nucleus and Spatial Transcriptome Profiling Delineates the Multicellular Ecosystem in Hepatocellular Carcinoma After Hepatic Arterial Infusion Chemotherapy 2024-Dec-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405749 PMID:39686623	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学，分析了肝动脉灌注化疗（HAIC）后肝细胞癌（HCC）的肿瘤生态系统	首次详细描述了HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统，并发现了CD4 T、CD20 B和树突状细胞亚型的增加及其细胞间通讯的增强	NA	探讨肝动脉灌注化疗（HAIC）对肝细胞癌（HCC）多细胞生态系统的影响	HAIC治疗前后的肝细胞癌（HCC）肿瘤样本	数字病理学	肝细胞癌	单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA	HAIC治疗前后的肝细胞癌（HCC）肿瘤样本
240	2024-12-18	Spatial patterns and MRI-based radiomic prediction of high peritumoral tertiary lymphoid structure density in hepatocellular carcinoma: a multicenter study 2024-Dec-15, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009879 PMID:39675785	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌中高密度肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）的空间模式，并开发了一种基于MRI的放射组学分类器，用于预测pTLS密度	本研究首次通过空间转录组学和RNA测序数据识别了pTLS密度的关键调控因子，并开发了一种基于放射组学的非侵入性分类器，用于预测肝细胞癌中的pTLS密度	本研究的样本主要来自多中心回顾性数据，未来需要进一步的前瞻性研究来验证结果	阐明肝细胞癌中pTLS密度的生物学差异，并开发一种放射组学分类器，用于预测pTLS密度，为临床诊断和治疗提供新见解	肝细胞癌患者的肿瘤周围三级淋巴结构（pTLS）密度	数字病理学	肝癌	空间转录组学、RNA测序、放射组学	机器学习算法	图像、基因表达数据	660名接受手术治疗的肝细胞癌患者，包括307名训练集患者、76名时间验证集患者和277名外部验证集患者