单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2025-06-12	A protocol for acquiring high-quality single-cell multi-omics data from human peripheral blood 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103430 PMID:39488839	研究论文	本文提出了一种从人类外周血单核细胞（PBMCs）获取高质量单细胞多组学数据的协议	改进了多组学样本处理流程，整合了单细胞测序、全基因组测序以及代谢组和蛋白质组分析	NA	开发一种获取高质量单细胞多组学数据的标准化流程	人类外周血单核细胞（PBMCs）	生物医学	NA	单细胞测序、全基因组测序、代谢组分析、蛋白质组分析	NA	基因组数据、代谢组数据、蛋白质组数据	NA
222	2025-06-12	Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420 PMID:39535916	研究论文	本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的协议	证明了固定冷冻薄脑切片与Xenium平台的兼容性，提供了出色的空间解析基因表达成像和定量结果	NA	开发并验证一种适用于Xenium空间转录组学研究的实验协议	固定冷冻小鼠脑切片	空间转录组学	NA	Xenium空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
223	2025-06-12	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种使用scCURE构建免疫治疗结果预测模型的协议	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫治疗期间识别变化和未变化的细胞（scCURE）来构建预测模型	需要参考Zou等人的完整细节以执行该协议	预测癌症患者的免疫治疗结果	癌症患者	数字病理学	癌症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	scCURE	RNA测序数据	NA
224	2025-06-12	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞分析平台高效回收低mRNA含量免疫细胞的协议	优化了前列腺、肺和肝组织的组织解离方法，并利用Sample Tag抗体标记细胞，提高了低mRNA含量免疫细胞的回收率	协议的具体执行细节需要参考Salcher等人的文献，可能限制了方法的立即广泛应用	解决单细胞RNA测序中低mRNA含量免疫细胞回收的挑战	前列腺、肺和肝组织中的低mRNA含量免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), BD Rhapsody平台	NA	RNA序列数据	NA
225	2025-06-12	SRSF2 is essential for maintaining pancreatic beta-cell identity and regulating glucose homeostasis in mice 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119845 PMID:39265887	研究论文	本文探讨了剪接因子SRSF2在维持胰腺β细胞特性和调节小鼠葡萄糖稳态中的关键作用	首次揭示了SRSF2缺失导致β细胞从适应性阶段转变为适应不良阶段，并详细描述了其对β细胞增殖和功能的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	研究SRSF2在胰腺β细胞存活和葡萄糖稳态中的作用	小鼠胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	10个月大的SRSF2敲除小鼠
226	2025-06-12	Concerted transcriptional regulation of the morphogenesis of hypothalamic neurons by ONECUT3 2024-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52762-z PMID:39366958	研究论文	研究ONECUT3转录因子在下丘脑神经元形态发生中的调控作用	发现ONECUT3通过调控NAV2影响下丘脑神经元的极化和形态发生，这一机制在不同神经元亚型和多个物种中保守	研究主要基于小鼠和线虫模型，人类神经元中的具体机制尚需进一步验证	探究转录因子ONECUT3在神经元分化过程中的作用机制	下丘脑GABA能多巴胺神经元和促甲状腺激素释放激素(TRH)谷氨酸能神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、功能获得性实验、siRNA敲降	NA	基因表达数据	小鼠和线虫模型
227	2025-06-12	The lncRNA SNHG26 drives the inflammatory-to-proliferative state transition of keratinocyte progenitor cells during wound healing 2024-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52783-8 PMID:39366968	研究论文	该研究揭示了长链非编码RNA SNHG26在皮肤伤口愈合过程中调控角质形成细胞祖细胞从炎症状态向增殖状态转变的关键作用	首次发现SNHG26通过调控转录因子ILF2的基因组定位来促进角质形成细胞祖细胞的炎症-增殖状态转变	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性需要进一步验证	探索伤口愈合过程中炎症相向增殖相转变的分子机制	角质形成细胞祖细胞	分子生物学	皮肤创伤	单细胞转录组分析、功能获得和功能缺失实验	小鼠模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用Snhg26缺陷小鼠和体外培养细胞
228	2025-06-12	Trophoblast Side-Population Markers are Dysregulated in Preeclampsia and Fetal Growth Restriction 2024-10, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10764-w PMID:39028417	research paper	该研究描述了人类胎盘中滋养层侧群标记物的特征及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的异常表达	首次在胎盘功能不全疾病中表征了滋养层侧群标记物的表达模式，并揭示了这些标记物在滋养层细胞分化过程中的动态变化	样本量相对较小（n=3用于定位研究，n=78/30/18用于mRNA测量），且SERPINE3在体外验证中未被检测到	探究滋养层侧群标记物在胎盘发育和胎盘功能不全疾病中的作用	人类胎盘组织、先兆子痫和胎儿生长受限患者的胎盘样本	生殖医学	先兆子痫和胎儿生长受限	单细胞转录组学、体外细胞分化模型、mRNA定量分析	人滋养层干细胞(hTSC)向绒毛外滋养层(EVT)分化模型	基因表达数据、组织切片	定位研究n=3，mRNA测量n=78先兆子痫/30FGR/18对照，体外验证n=5
229	2025-06-12	Suppression of GATA3 promotes epithelial-mesenchymal transition and simultaneous cellular senescence in human extravillous trophoblasts 2024-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119768 PMID:38838858	研究论文	本研究探讨了转录因子GATA3在早期妊娠胎盘中外绒毛滋养细胞(EVT)分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍发生的关联	揭示了GATA3在EVT分化过程中对上皮-间质转化(EMT)和细胞衰老的双重调控作用，并发现其在复发性流产(RM)中的异常定位	研究主要基于细胞系和有限的临床样本，需要在更大规模的临床队列中验证	阐明GATA3在EVT分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍的关系	人外绒毛滋养细胞(EVT)、JEG3和HTR8/SVneo细胞系	生殖医学	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胎盘类器官模型和胎盘组织样本
230	2025-06-12	Protocol for optimized nasal mucosa sample processing to obtain high-quality scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103298 PMID:39244757	研究论文	本文提出了一种优化的人类鼻黏膜样本处理协议，以同时获得高质量的scRNA-seq和scATAC-seq数据	开发了一种能够同时处理鼻黏膜样本以获得scRNA-seq和scATAC-seq数据的优化协议	未提及样本处理协议在不同实验室条件下的可重复性	优化鼻黏膜样本处理流程，以支持鼻腔疾病研究和诊断	人类鼻黏膜组织	单细胞组学	鼻腔疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	未明确提及样本数量
231	2025-06-12	Single-cell Profiling of Reprogrammed Human Neural Stem Cells Unveils High Similarity to Neural Progenitors in the Developing Central Nervous System 2024-07, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10698-3 PMID:38519702	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了重编程人类神经干细胞与发育中中枢神经系统神经祖细胞的高度相似性	首次在单细胞水平上全面比较了诱导神经干细胞(iNSCs)与生理对应细胞的转录组特征，发现其与胚胎神经上皮细胞的相似性	研究仅基于转录组数据，缺乏功能验证实验	评估诱导神经干细胞(iNSCs)与生理神经干细胞的相似性	人类诱导神经干细胞(iNSCs)	干细胞生物学	NA	单细胞转录组测序、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
232	2025-06-12	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	research paper	该研究通过建立遗传工程小鼠模型，揭示了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）与小细胞肺癌（SCLC）在分子异质性和细胞命运轨迹上的相似性	首次建立了高转移性ONB的小鼠模型，并发现ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类ONB的临床相关性需要进一步验证	探索嗅觉神经母细胞瘤的起源和分子特征，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤生物学	嗅觉神经母细胞瘤和小细胞肺癌	遗传工程小鼠模型、单细胞转录组学、条形码谱系追踪	遗传工程小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本
233	2025-06-12	CACIMAR: cross-species analysis of cell identities, markers, regulations, and interactions using single-cell RNA sequencing data 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae283 PMID:38856169	研究论文	介绍了一个名为CACIMAR的工具，用于跨物种分析单细胞RNA测序数据，以识别细胞身份、标记物、调控和相互作用	开发了CACIMAR工具，能够通过加权和模型计算保守特征，测量细胞类型、调控网络和细胞间相互作用的保守性	未提及具体局限性	揭示跨物种的保守基因调控和细胞分子机制	小鼠、斑马鱼和小鸡的视网膜再生单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	加权和模型	单细胞RNA测序数据	公开可用的小鼠、斑马鱼和小鸡的scRNA-seq数据
234	2025-06-11	Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types 2024-12, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2024.103523 PMID:39383604	research paper	该研究通过CRISPR/Cas9技术生成了一种荧光标记的人类胚胎干细胞系，用于分离两种潜在的中脑多巴胺能前体细胞	利用CRISPR/Cas9技术生成荧光标记的hESC报告细胞系，用于分离特定中脑多巴胺能前体细胞	未提及实验结果的验证或应用效果	开发更精确的帕金森病细胞替代治疗策略	人类胚胎干细胞(hESC)及其中脑多巴胺能前体细胞	干细胞研究	帕金森病	CRISPR/Cas9, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
235	2025-06-11	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	research paper	提出了一种名为多样本非负空间因子分解（mNSF）的无对齐框架，用于分析多样本空间转录组数据	扩展了单样本空间因子分解（NSF）至多样本数据集，结合样本特异性空间相关性建模并提取低维数据表示	在空间对齐可行的情况下，性能与基于对齐的方法相当，但在无法进行空间对齐的场景下表现更优	开发一种无需对齐的方法来分析多样本空间转录组数据	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	NA
236	2025-06-11	VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196 PMID:39067026	研究论文	介绍了一种基于R的计算协议VisualZoneR，用于从单细胞空间转录组数据中识别分区区域	开发了VisualZoneR技术，能够分析Visium或Visium HD技术生成的空间转录组数据，识别从健康肝组织到内部转移区域的不同分区	NA	开发一种计算协议，用于分析空间转录组数据并识别分区区域	单细胞空间转录组数据	数字病理学	肝癌	Visium, Visium HD, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
237	2025-06-11	Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209 PMID:39096493	研究论文	本文介绍了使用Seqtometry平台分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据的协议	提出了一种基于基因签名的高级评分方法，用于直接分析基因表达和可及性，实现了对特定细胞的直接识别和全面表征	未提及具体的技术限制或样本大小限制	开发并描述一种用于单细胞测序数据分析的协议，以促进生物学的直接解释	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
238	2025-06-11	Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194 PMID:39096494	研究论文	本文提供了一个用于生成高分辨率单细胞RNA测序(scRNA-seq)的协议，专注于罕见心肌细胞群体的转录组分析	提供了针对罕见心肌细胞群体(如再生/分裂细胞)的高分辨率scRNA-seq协议，并适用于多种物种	需要参考Bak等人的完整细节来执行该协议	开发一个高分辨率的单细胞转录组分析协议	小鼠和斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的罕见心肌细胞群体	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	多种物种(小鼠、斑马鱼)的心脏细胞和诱导多能干细胞
239	2025-06-11	Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139 PMID:38878286	研究论文	本文介绍了一种用于表征荷瘤小鼠免疫特征的实验方案	提供了一套详细的实验流程，结合流式细胞术和单细胞RNA测序等技术，全面分析肿瘤微环境的免疫特征	实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类样本	研究肿瘤微环境的免疫特征	荷瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肿瘤	流式细胞术, 单细胞RNA测序, 其他组学分析	NA	单细胞数据, 流式细胞数据	NA
240	2025-06-11	Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258 PMID:39133613	研究论文	本文详细介绍了从人类胃肌层分离单个免疫细胞用于单细胞分析的实验方案	提供了一种从人类胃肌层分离免疫细胞并进行单细胞RNA测序分析的详细实验方案	未提及样本量大小和实验结果的验证数据	研究胃肠道免疫细胞多样性及其在维持肠神经元和平滑肌中的作用	人类胃肌层免疫细胞	单细胞分析	胃肠道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 磁珠分选(CD45)	NA	RNA序列数据	NA