单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7848 篇文献，本页显示第 2361 - 2380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2361 | 2024-10-25 |
Single-cell and bulk RNA-sequencing reveal SPP1 and CXCL12 as cell-to-cell communication markers to predict prognosis in lung adenocarcinoma
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24297
PMID:38622884
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序数据，揭示了SPP1和CXCL12作为细胞间通讯标志物，用于预测肺腺癌预后的潜力 | 首次揭示了SPP1和CXCL12在肺腺癌微环境中的细胞间通讯作用，并探讨了它们与免疫细胞的关系 | 研究依赖于公共数据集，可能存在数据质量和样本偏差的问题 | 探讨肺腺癌微环境中的细胞间通讯特征及其与预后的关系 | 肺腺癌肿瘤组织及其邻近的非肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 使用了来自公共数据集的肺腺癌批量RNA测序数据和单细胞RNA测序数据 |
| 2362 | 2024-10-25 |
PTPN7 mediates macrophage-polarization and determines immunotherapy in gliomas: A single-cell sequencing analysis
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24259
PMID:38581214
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研究论文 | 研究探讨了PTPN7在胶质瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响 | 首次系统分析了PTPN7在胶质瘤微环境中的特征及其对免疫治疗的影响 | 研究主要基于单细胞测序和细胞培养实验，缺乏临床验证 | 探讨PTPN7在胶质瘤中的作用及其对免疫治疗的影响 | PTPN7在胶质瘤中的表达、预后价值、基因组特征、免疫特性及对化疗和免疫治疗的预测作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 涉及HMC3和M0细胞与U251和T98G细胞的共培养实验 |
| 2363 | 2024-10-25 |
RNA modification-related EIF4G2 is an immunotherapy determinant in osteosarcoma: A single-cell sequencing analysis
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24261
PMID:38578024
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研究论文 | 本研究探讨了RNA修饰与骨肉瘤免疫治疗之间的关系，并识别出EIF4G2作为关键的免疫治疗决定因素 | 首次建立了RNA修饰与骨肉瘤免疫治疗之间的联系，并识别出EIF4G2作为潜在的治疗靶点 | NA | 探索骨肉瘤中RNA修饰与免疫治疗之间的关系，以识别新的治疗靶点 | 骨肉瘤中的RNA修饰和免疫治疗 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序 | 随机森林 | RNA修饰相关特征 | NA |
| 2364 | 2024-10-25 |
Using single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data to reveal a correlation between smoking and neutrophil activation in esophageal carcinoma patients
2024-Oct, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24312
PMID:38700434
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序和批量RNA测序数据揭示吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关联 | 首次揭示了吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关联，并探讨了中性粒细胞在肿瘤微环境中的促癌作用 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探讨吸烟与食管癌患者中性粒细胞激活之间的关系 | 食管癌患者的中性粒细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 公共数据库中的数据，具体样本数量未提及 |
| 2365 | 2024-10-25 |
LineageVAE: reconstructing historical cell states and transcriptomes toward unobserved progenitors
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae520
PMID:39172488
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LineageVAE的新型计算方法，利用深度学习技术重建不可观测的细胞状态和转录组 | 开发了LineageVAE，一种基于深度生成模型的计算方法，能够将具有相同谱系条码的scRNA-seq观测数据转换为潜在细胞状态空间中的序列轨迹，从而重建不可观测的细胞状态转变、历史转录组和调控动力学 | 由于实验性质，观测数据稀疏，早期状态的细胞并非后期观测细胞的直接祖先 | 克服单细胞RNA测序在动态过程中测量基因表达变化的限制，重建不可观测的细胞状态和转录组 | 细胞状态转变、历史转录组和调控动力学 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | VAE | 基因表达数据 | 涉及造血和重编程成纤维细胞数据集 |
| 2366 | 2024-10-25 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal apelin/APJ pathway's role in microvessel formation and tumour progression in hepatocellular carcinoma
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70152
PMID:39434201
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研究论文 | 本研究探讨了apelin/APJ通路在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对微血管形成和肿瘤进展的影响 | 首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了apelin/APJ通路在HCC中的功能，并验证了其作为潜在治疗靶点的可能性 | 实验验证主要集中在基因沉默对血管生成的影响，未涉及其他治疗策略的探索 | 阐明apelin/APJ通路在HCC中的功能，并识别潜在的治疗生物标志物 | 肝细胞癌（HCC）中的apelin/APJ通路及其对微血管形成和肿瘤进展的影响 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2367 | 2024-10-25 |
Research progress on single-cell expression quantitative trait loci
2024-Oct, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.24-162
PMID:39443309
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综述 | 本文综述了单细胞表达定量性状位点（sc-eQTL）研究的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）揭示依赖于细胞类型、状态和动态的eQTL，增强了对基因表达相关遗传变异的分析能力 | 当前研究面临实验设计和建模方法的挑战 | 提供新的视角来识别与疾病相关的位点并阐明基因调控机制 | 单细胞表达定量性状位点（sc-eQTL） | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2368 | 2024-10-25 |
Preexisting Skin-Resident CD8 and γδ T-cell Circuits Mediate Immune Response in Merkel Cell Carcinoma and Predict Immunotherapy Efficacy
2024-Sep-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0798
PMID:39058036
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研究论文 | 研究探讨了默克尔细胞癌（MCC）中预先存在的皮肤驻留CD8和γδ T细胞回路在免疫反应中的作用，并预测免疫检查点阻断（ICB）疗法的疗效 | 首次整合了批量和单细胞RNA测序（RNA-seq）与空间转录组学数据，揭示了MCC中预测ICB疗法疗效的独特肿瘤内在特性和免疫回路 | 研究样本量有限，可能影响结果的普适性 | 识别默克尔细胞癌中预测免疫检查点阻断疗法疗效的生物标志物 | 默克尔细胞癌患者的肿瘤组织和免疫细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学 | NA | RNA | 116名患者的186个样本 |
| 2369 | 2024-10-25 |
Points2Regions: Fast, interactive clustering of imaging-based spatial transcriptomics data
2024-Sep, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24884
PMID:38958502
|
研究论文 | 介绍了一种名为Points2Regions的计算工具，用于快速识别空间转录组学数据中具有相似mRNA组成的区域 | 通过将点（代表mRNA）栅格化到金字塔网格上进行快速特征提取，并结合层次聚类和k-means聚类进行高效聚类，实现了跨多个尺度的快速区域发现 | 未提及具体限制 | 开发一种不依赖额外数据且能快速识别空间转录组学数据中相似mRNA组成区域的工具 | 空间转录组学数据中的mRNA组成区域 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 层次聚类和k-means聚类 | 空间点数据 | 两个模拟数据集和真实世界数据集 |
| 2370 | 2024-10-25 |
Correlation of LLT-1 and NLRC4 inflammasome and its effect on glioblastoma prognosis
2024-Sep, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04750-y
PMID:38907949
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研究论文 | 研究LLT-1和NLRC4炎症小体在胶质母细胞瘤中的表达及其对预后的影响 | 揭示了NLRC4炎症小体活性与LLT-1表达之间的关联，提出了一种新的涉及TNF、炎症小体和IL-1的调控途径 | NA | 探讨LLT-1和NLRC4炎症小体在胶质母细胞瘤中的相互作用及其对预后的影响 | 胶质母细胞瘤组织中的LLT-1和NLRC4炎症小体表达 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 296至52例胶质母细胞瘤组织样本 |
| 2371 | 2024-10-25 |
The role of proliferating stem-like plasma cells in relapsed or refractory multiple myeloma: Insights from single-cell RNA sequencing and proteomic analysis
2024-Sep, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19486
PMID:38671576
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，研究了复发或难治性多发性骨髓瘤中增殖性干细胞样浆细胞的作用 | 首次鉴定出增殖性干细胞样浆细胞（PSPCs），并发现NUCKS1和LGALS1作为其标志基因，揭示了MDK信号通路在PSPCs与微环境细胞间通信中的作用 | 样本量相对较小，且仅限于特定患者群体 | 探讨复发或难治性多发性骨髓瘤中增殖性干细胞样浆细胞的分子机制及潜在治疗策略 | 复发或难治性多发性骨髓瘤患者中的浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、质谱分析 | NA | RNA、蛋白质 | 15名浆细胞疾病患者和144名浆细胞疾病患者的CD138浆细胞 |
| 2372 | 2024-08-07 |
FAM110A could serve as a prognostic biomarker for patients with breast cancer: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-Sep, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.05.014
PMID:38729881
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2373 | 2024-08-07 |
ACAP1 could serve as a novel prognostic biomarker associated with tumor immunity in clear-cell renal cell carcinoma: A comprehensive analysis by integrating bulk and single-cell sequencing
2024-Sep, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.05.024
PMID:38724393
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2374 | 2024-10-25 |
Spatial transcriptomic analysis of adult hippocampal neurogenesis in the human brain
2024 Sep-Oct, Journal of psychiatry & neuroscience : JPN
IF:4.1Q1
DOI:10.1503/jpn.240026
PMID:39414359
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研究论文 | 研究通过空间转录组学和多重荧光原位杂交技术评估人类海马体中的成年神经发生现象 | 首次在人类海马体样本中结合空间转录组学和多重荧光原位杂交技术评估成年神经发生现象 | 样本量小且仅包含男性样本 | 评估人类海马体中的成年神经发生现象 | 人类海马体样本中的成年神经发生现象 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和多重荧光原位杂交 | NA | 组织样本 | 共12个样本，包括婴儿、青少年、年轻成年和中年男性 |
| 2375 | 2024-10-25 |
Unique expression and critical role of metallothionein 3 in the control of osteoclastogenesis and osteoporosis
2024-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01290-3
PMID:39085359
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研究论文 | 研究探讨了金属硫蛋白3（MT3）在调控破骨细胞生成和骨质疏松中的独特表达和关键作用 | 首次揭示了MT3在骨细胞调控中的作用，并提出了MT3通过ROS和SP1双轴调控破骨细胞生成和骨代谢的机制 | NA | 探讨MT3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及其调控机制 | 破骨细胞、骨质疏松 | NA | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序、ATAC测序、转录组测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 2376 | 2024-10-25 |
Spatial transcriptomics implicates impaired BMP signaling in NF1 fracture pseudarthrosis in murine and patient tissues
2024-Jul-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176802
PMID:38990653
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研究论文 | 本文通过空间转录组学研究了NF1缺陷小鼠和患者组织中骨折假关节形成过程中BMP信号通路的异常 | 首次通过空间转录组学分析揭示了NF1缺陷小鼠和患者骨折假关节形成过程中BMP信号通路的异常，并提供了潜在的治疗干预策略 | 研究仅限于小鼠模型和单个患者样本，需要进一步验证和扩展 | 探讨NF1缺陷小鼠和患者骨折假关节形成过程中的分子机制 | NF1缺陷小鼠和患者的骨折组织 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型和单个患者样本 |
| 2377 | 2024-10-25 |
Thrombospondin-1 promotes fibro-adipogenic stromal expansion and contractile dysfunction of the diaphragm in obesity
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175047
PMID:38954467
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研究论文 | 研究探讨了肥胖状态下膈肌纤维化和脂肪生成间质扩张及其收缩功能障碍的机制 | 首次揭示了血栓调节蛋白1（THBS1）在肥胖诱导的膈肌重塑和收缩功能障碍中的关键作用 | 研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 探究肥胖状态下膈肌功能障碍的病理生理机制 | 肥胖小鼠的膈肌 | NA | 肥胖 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 野生型（WT）和Thbs1敲除（Thbs1-/-）小鼠的膈肌样本 |
| 2378 | 2024-10-25 |
Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone
2024-Apr, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158
PMID:38479598
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对小鼠骨膜和骨内膜相关的间充质细胞进行了分类和鉴定 | 本研究通过整合已发表数据和内部数据，创建了一个小鼠骨相关细胞的图谱，揭示了11种主要细胞群，并发现了与成骨细胞密切相关的几种新型细胞类型 | 本研究主要集中在小鼠模型上，结果的普适性可能有限 | 增加成骨细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据量，比较骨膜和骨内细胞的差异，并明确与小鼠骨相关的主要细胞类型 | 小鼠骨膜和骨内膜相关的间充质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过100,000个间充质细胞 |
| 2379 | 2024-10-25 |
Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045
PMID:39229279
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研究论文 | 研究了芳香烃受体（AhR）在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控及其对结肠炎的性别依赖性影响 | 首次揭示了AhR在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控作用及其对结肠炎的性别依赖性影响 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨AhR在IL-22产生免疫细胞中对Bacteroides acidifaciens的调控及其对结肠炎的影响 | AhR缺陷小鼠、野生型小鼠及其同窝小鼠，以及Bacteroides acidifaciens | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、16S rRNA微生物组分析 | NA | 基因表达数据、微生物组数据 | AhR缺陷小鼠、野生型小鼠及其同窝小鼠，以及Bacteroides acidifaciens |
| 2380 | 2024-10-25 |
A comprehensive analysis of the role of cuproptosis in periodontitis through integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2024, Archives of medical science : AMS
IF:3.0Q1
DOI:10.5114/aoms/192414
PMID:39439704
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研究论文 | 本文通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，全面探讨了铜死亡在牙周炎中的作用 | 首次综合利用单细胞和批量RNA测序数据分析铜死亡相关基因在牙周炎中的表达 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探讨铜死亡与牙周炎之间的关系 | 牙周炎中的铜死亡相关基因 | 数字病理学 | 牙周病 | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |