本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2321 | 2025-10-07 |
Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis
2024-Jun-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49037-y
PMID:38876998
|
研究论文 | 通过单细胞和空间分辨率互作组学研究牙周炎中牙齿相关角质形成细胞的作用 | 构建了人类牙周组织的综合单细胞RNA测序图谱,揭示了牙周炎中沟内和结合上皮角质形成细胞的差异化状态及与细菌的细胞特异性趋向性 | 需要进一步研究以支持慢性炎症状态下的精准牙周干预 | 研究牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系 | 人类牙周组织中的沟内和结合上皮角质形成细胞(SK/JKs) | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 单细胞宏基因组学, 荧光原位杂交, 多重免疫荧光 | 细胞-细胞通讯分析 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 34个样本, 105,918个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2322 | 2025-10-07 |
Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics
2024-May-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1
PMID:38798675
|
研究论文 | 开发了一个多模态基础模型来探索人类转录组学在细胞水平的基因型-表型关系流形 | 提出了计算整合遗传学框架,同时分析基因型和表型的高维景观,通过多模态基础模型揭示传统基因表达分析无法检测的跨组织生物标志物 | NA | 解析基因表达与表型表现之间的动态相互作用关系 | 人类转录组学数据,特别是内皮细胞中的VWF基因 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,语言模型 | 多模态基础模型,语言模型 | 基因表达数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2323 | 2025-10-07 |
Spinster homolog 2 reduces malignancies of glioblastoma via PTEN/PI3K/AKT pathway
2024-03, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.2785
PMID:37728571
|
研究论文 | 本研究探讨SPNS2通过PTEN/PI3K/AKT通路抑制胶质母细胞瘤恶性进展的分子机制 | 首次揭示SPNS2在胶质母细胞瘤中的抑癌功能及其通过PTEN/PI3K/AKT通路调控肿瘤恶性进展和免疫浸润的新机制 | 未明确SPNS2调控PTEN/PI3K/AKT通路的具体分子机制,缺乏临床样本验证 | 探究SPNS2在胶质母细胞瘤中的生物学功能和分子机制 | 胶质母细胞瘤细胞系和体内移植瘤模型 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序, 单细胞测序, 基因富集分析, 细胞功能实验, 体内移植瘤实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 利用TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2324 | 2025-10-07 |
Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas
2024-Dec-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412
PMID:39277181
|
研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤中KRAS和GNAS突变共同表达导致代谢重编程的机制 | 首次证明GNAS R201C突变与KRAS G12D协同作用诱导胃幽门型化生基因特征和糖酵解依赖性 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,需要进一步在人类样本中验证 | 探究GNAS R201C突变对胰腺肿瘤表型、转录组特征和基因组依赖性的影响 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)和肿瘤来源细胞系 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | CRISPR/Cas9筛选, 实时代谢分析, 磷酸化分析 | 小鼠遗传模型 | 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | p48Cre; KrasLSL-G12D; Rosa26LSL-rtTA; Tg (TetO-GnasR201C)小鼠模型和肿瘤来源细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2325 | 2025-04-25 |
Transcriptional profiles of murine oligodendrocyte precursor cells across the lifespan
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620502
PMID:39554158
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术,探究了小鼠少突胶质前体细胞(OPCs)在整个生命周期中的转录组变化 | 创建了一种新型转基因小鼠系,用于高分辨率解析OPCs从静止到增殖和分化的关键转变过程中的转录变化 | 研究仅针对小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老如何影响少突胶质前体细胞(OPCs)的转录组特征及其功能 | 小鼠少突胶质前体细胞(OPCs) | 生物医学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | RNA-seq数据 | 30至720天龄的小鼠OPCs | NA | NA | NA | NA |
| 2326 | 2025-10-07 |
SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1
2024-06, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2429-5
PMID:38240906
|
研究论文 | 本研究揭示转录共激活因子SUB1通过UBR5介导的UBXN1泛素化激活NF-κB信号通路,从而促进结直肠癌转移的分子机制 | 首次发现SUB1通过调控UBR5介导的Lys11连接多聚泛素化降解NF-κB负调控因子UBXN1,激活NF-κB信号通路驱动结直肠癌转移 | NA | 探究SUB1在结直肠癌转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2327 | 2025-10-07 |
IL-12/IL23 blockade reveals patterns of asynchronous inflammation in pyoderma gangrenosum
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.591387
PMID:38746177
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示坏疽性脓皮病的炎症特征及IL-12/IL-23阻断治疗的分子机制 | 首次发现坏疽性脓皮病皮损中存在B细胞大量浸润和三级淋巴结构形成,并揭示IL-12/IL-23阻断治疗对不同炎症通路的差异化影响 | 研究样本量较小(仅2名患者),需要更大规模研究验证发现 | 阐明坏疽性脓皮病的免疫失调机制及IL-12/IL-23阻断治疗的分子作用 | 坏疽性脓皮病患者皮损组织 | 空间转录组学 | 坏疽性脓皮病 | 空间转录组学,比较计算分析 | NA | 空间转录组数据 | 2名患者的治疗前后皮损活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2328 | 2025-10-07 |
Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures
2024-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01487-8
PMID:39164488
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过视黄酸诱导产生具有后部胚胎样结构的人类类原肠胚模型 | 首次发现早期视黄酸脉冲联合后期Matrigel能诱导人类类原肠胚形成包含神经管、体节分段和多种细胞类型的后部胚胎样结构 | 该模型仍为体外培养系统,可能无法完全模拟体内胚胎发育的复杂性 | 开发更接近真实人类胚胎发育的体外模型 | 人类类原肠胚 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2329 | 2025-10-07 |
Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition
2024-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-024-01509-5
PMID:39304713
|
研究论文 | 本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移瘤中Cdk5过表达,抑制MHC-I表达从而逃避免疫识别的机制 | 首次发现星形胶质细胞诱导的Cdk5过表达通过Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达,促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究乳腺癌脑转移瘤免疫逃逸的分子机制 | 乳腺癌脑转移瘤、星形胶质细胞、T细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、功能研究 | NA | 基因表达数据、功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2330 | 2025-10-07 |
Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria
2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.27.601034
PMID:38979245
|
研究论文 | 开发了一种名为bacterial-MERFISH的空间转录组学方法,用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析 | 将1000倍体积膨胀与MERFISH技术结合,克服了细菌mRNA密度高的技术障碍 | NA | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为 | 细菌 | 空间转录组学 | NA | 多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | bacterial-MERFISH(结合体积膨胀和MERFISH技术) |
| 2331 | 2025-10-07 |
Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation
2024-03, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-022-2372-y
PMID:37930473
|
研究论文 | 通过遗传谱系追踪技术研究不同糖尿病模型中胰岛β细胞的适应性机制 | 首次在不同年龄启动的糖尿病模型中系统比较β细胞的命运转变机制,发现STZ和HFD模型中β细胞采用不同的再生策略 | 研究仅限于小鼠模型,人类糖尿病中的类似机制需要进一步验证 | 阐明在T1D和T2D发病过程中胰岛β细胞应对胰岛素短缺的适应性机制 | 糖尿病小鼠模型中的胰岛β细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 遗传谱系追踪, 单细胞RNA测序 | Cre-LoxP系统 | 单细胞转录组数据 | 多种糖尿病小鼠模型(STZ诱导和HFD诱导) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2332 | 2025-10-07 |
Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2024-05-28, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.4c01401
PMID:38751164
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人脐带间充质基质细胞来源的细胞外囊泡诱导胎儿样伤口愈合特征 | 首次发现hucMSC-EVs诱导产生造血性成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞,并揭示其通过PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路激活的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的转化价值仍需验证 | 探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制 | 小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞 | 单细胞组学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠伤口组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2333 | 2025-10-07 |
A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging
2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.01.583001
PMID:38496474
|
研究论文 | 通过构建包含2000多万个细胞的小鼠单细胞转录组图谱,全面揭示哺乳动物衰老过程中的细胞群体动态变化 | 首次提供了跨器官、生命周期、性别和基因型的全景式细胞群体动态视图,识别了200多个与衰老相关的细胞群体变化 | 研究局限于小鼠模型,人类组织的验证仍需进一步研究 | 阐明哺乳动物全身衰老相关的细胞群体动态变化 | 小鼠多种器官组织在不同生命阶段、性别和基因型的细胞 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 623个小鼠组织样本,超过2000万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2334 | 2025-10-07 |
Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.22.576756
PMID:38405830
|
研究论文 | 开发了一种在哺乳动物基因组中多重生成和定位结构变异的方法,并实现单细胞水平的分析 | 创建了基于shuffle cassette整合和Cre-loxP重组的SV生成系统,首次实现在单次实验中诱导数千个基因组SV,并能在单细胞RNA测序数据中鉴定SV基因型 | 诱导的SV会随时间从细胞群体中快速耗竭,可能由于Cre介导的毒性和/或重排本身的负向选择 | 系统探索结构变异对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响 | 小鼠胚胎干细胞(mESCs) | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, Cre-loxP位点特异性重组, T7介导的体外转录 | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 概念验证实验中诱导了数千个基因组SV | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2335 | 2025-10-07 |
Nanoceria-Mediated Cyclosporin A Delivery for Dry Eye Disease Management through Modulating Immune-Epithelial Crosstalk
2024-04-30, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.3c11514
PMID:38632691
|
研究论文 | 开发了一种基于纳米酶的滴眼液,通过调节免疫-上皮细胞相互作用来治疗干眼病 | 首次开发具有长期抗氧化和抗炎能力的纳米酶滴眼液,能够同时打破氧化应激-炎症恶性循环并调节细胞间通讯 | 未提及临床研究阶段及具体样本量限制 | 开发干眼病的新型治疗方法 | 干眼病的治疗机制研究 | 生物医学工程 | 干眼病 | 流式细胞术、单细胞测序 | NA | 测序数据、细胞实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2336 | 2025-10-07 |
Interleukin-1β polarization in M1 macrophage mediates myocardial fibrosis in diabetes
2024-Apr-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111858
PMID:38492336
|
研究论文 | 本研究探讨了M1巨噬细胞通过白细胞介素-1β介导糖尿病心肌纤维化的机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示糖尿病发展中巨噬细胞M1极化通过IL-1β促进心肌纤维化的具体机制 | 研究仅限于db/db小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究巨噬细胞在糖尿病心肌纤维化中的作用机制 | db/db糖尿病模型小鼠的心脏组织 | 单细胞组学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序, 超声心动图, Masson三色染色, 细胞共培养 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 不同糖尿病阶段的db/db小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2337 | 2025-10-07 |
Exploring wound management in dental pulp: Utilizing single-cell RNA sequencing for global transcriptomic analysis in healthy and inflamed pulpal tissues
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14804
PMID:38385817
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术分析健康和炎症牙髓组织的转录组景观,探索牙髓伤口愈合的细胞和分子机制 | 首次在牙髓研究中应用单细胞RNA测序技术揭示龋齿条件下细胞组成变化和细胞间相互作用网络 | 样本量相对有限,仅包含50例患者样本 | 研究牙髓伤口愈合过程中信号级联、细胞反应和细胞外基质动力学的复杂相互作用 | 人类牙髓组织(健康和炎症状态) | 单细胞组学 | 牙髓疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 50例患者牙髓组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2338 | 2025-10-07 |
Evaluating the role of wound-healing genes in conjunction with stool routine and serum tumor markers for colorectal cancer diagnosis and prognostic implications
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14768
PMID:38446012
|
研究论文 | 本研究评估粪便常规检查联合血清肿瘤标志物检测在结直肠癌诊断中的临床应用价值 | 首次将伤口愈合基因(VEGFA、TP53、TGFA)与粪便常规和血清肿瘤标志物结合用于结直肠癌诊断和预后评估 | 样本量较小(仅56例患者),需要更大规模研究验证结果 | 探索结直肠癌的新型诊断和预后评估方法 | 结直肠癌患者和健康对照者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | NA | 临床数据, 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 56例结直肠癌患者和56例健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2339 | 2025-10-07 |
PPARγ-dependent remodeling of translational machinery in adipose progenitors is impaired in obesity
2024-Dec-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114945
PMID:39579770
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和核糖体分析揭示了PPARγ激动剂如何通过调控翻译机制促进肥胖状态下脂肪组织的可塑性 | 首次发现PPARγ直接调控核糖体因子表达并通过促进特定mRNA的翻译选择性来增强脂肪生成 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 探究PPARγ激动剂在肥胖状态下对脂肪组织前体细胞翻译机制的重塑作用 | 肥胖小鼠的基质血管组分细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序, 核糖体分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 肥胖小鼠的腹股沟和附睾脂肪组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2340 | 2025-10-07 |
PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance
2024-11-29, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj7615
PMID:39607940
|
研究论文 | 本研究揭示了PIEZO机械敏感通道通过感知细胞外机械刺激调控肠道干细胞命运决定和维持的机制 | 首次在体内证实PIEZO通道在肠道干细胞机械感知中的关键作用,并建立了从机械信号感知到干细胞功能调控的完整机制通路 | 研究主要基于小鼠模型,在人类肠道干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探究肠道干细胞如何感知机械信号并维持稳态 | 小鼠肠道干细胞及其微环境 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,小鼠遗传学,生物工程基质,拉伸装置 | NA | 基因表达数据,机械性能测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |