单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 2301 - 2320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2301 | 2025-10-06 |
VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196
PMID:39067026
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研究论文 | 介绍一种基于R语言的VisualZoneR计算协议，用于从单细胞空间转录组数据中识别区室化区域 | 开发了专门用于分析Visium和Visium HD空间转录组数据的R语言工具，能够识别从健康组织到转移区域的不同区室 | NA | 建立从单细胞空间转录组数据中识别区室化区域的计算方法 | 肝脏组织，包括健康肝组织和转移区域 | 空间转录组学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium, Visium HD | 10x Visium空间转录组技术 |
| 2302 | 2025-10-06 |
Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209
PMID:39096493
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研究论文 | 介绍用于单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据分析的Seqtometry分析平台协议 | 提出基于基因特征高级评分的Seqtometry分析平台，可直接通过生物学可解释维度识别和表征特定细胞 | NA | 开发单细胞测序数据分析协议 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 2303 | 2025-10-06 |
Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194
PMID:39096494
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研究论文 | 提供从多种物种中获取心肌细胞高分辨率单细胞转录组测序的详细实验方案 | 开发了适用于稀有心肌细胞群体（如再生/分裂细胞）的scRNA-seq方案，支持跨物种应用 | NA | 建立高质量单细胞转录组测序的实验流程 | 小鼠和斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的心肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2304 | 2025-10-06 |
Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139
PMID:38878286
|
研究论文 | 本文提供了一个用于研究同源小鼠肿瘤模型免疫特征的实验方案 | 整合了流式细胞术和单细胞RNA测序等多种技术来全面表征肿瘤微环境的免疫特征 | NA | 建立标准化流程来研究小鼠肿瘤模型的免疫特征 | 荷瘤小鼠的肿瘤组织和免疫相关器官 | 数字病理学 | 肿瘤 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 单细胞悬液制备 | NA | 单细胞数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2305 | 2025-10-06 |
Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics
2024-09-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254
PMID:39146191
|
方法论文 | 本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备方案，特别关注包含毛囊的样本 | 针对皮肤组织空间转录组学分析的挑战，开发了专门的样本制备流程 | 仅提供实验方案，未包含实际应用数据验证 | 建立适用于皮肤组织空间转录组学分析的标准化样本制备方法 | 哺乳动物皮肤组织样本，特别是包含毛囊的区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2306 | 2025-10-06 |
Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135
PMID:38875113
|
研究论文 | 介绍一种在体功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集协议 | 结合病毒传递的活性依赖性标记工具(CaMPARI2)和虚拟现实环境，实现在体功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序 | NA | 开发功能鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集方法 | 小鼠神经元群体 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选(FACS) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2307 | 2025-10-06 |
Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling
2024-05, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10695-6
PMID:38418738
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示了牙髓干细胞与血管内皮细胞通过FN1-ITGA5信号通路促进牙髓发育过程中血管生成的新机制 | 首次发现牙髓干细胞通过FN1-ITGA5信号通路与血管内皮细胞进行细胞间通讯，促进牙髓血管生成 | 研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化仍需进一步验证 | 探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制 | 牙髓干细胞(DPSCs)和血管内皮细胞(ECs) | 组织工程与再生医学 | 牙科疾病 | 单细胞测序, 免疫组织化学, Western blot, RT-PCR, 细胞增殖检测, 划痕实验, 管形成实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 发育期和成熟期牙髓样本，小鼠动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2308 | 2025-10-06 |
Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment
2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research
DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698
PMID:38387508
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研究论文 | 本研究基于铁死亡调控模式构建了结肠癌免疫治疗特征，并验证其与肿瘤微环境的关联 | 首次系统识别结肠癌中铁死亡的三种调控模式，构建FRG-score量化体系，发现APOL6作为铁死亡相关药物敏感靶点 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限 | 开发基于铁死亡调控模式的结肠癌免疫治疗特征 | 结肠癌样本和细胞系 | 生物信息学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析 | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 1623个结肠癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2309 | 2025-10-06 |
A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer
2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672
PMID:39368544
|
研究论文 | 本研究通过构建PANoptosis相关风险模型来识别膀胱癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次将PANoptosis概念应用于膀胱癌研究，并构建了包含五个关键基因的风险评分模型 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 探究PANoptosis相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制 | 膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 转录组测序, 单细胞测序 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据, 临床数据 | 膀胱癌患者队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 2310 | 2025-10-06 |
Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065
PMID:38753488
|
研究论文 | 基于GEO数据库的单细胞测序数据开发检测肿瘤组织中免疫水平、异常代谢和信号通路的分析流程 | 整合肿瘤免疫微环境评估、肿瘤纯度分析和异常信号通路识别的一体化分析方案 | 依赖公开数据库数据，缺乏实验验证 | 建立肿瘤组织免疫状态和代谢异常的检测方法 | 肿瘤组织单细胞测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2311 | 2025-10-06 |
Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050
PMID:38703368
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研究论文 | 介绍一种从组织切片中获取高质量单细胞RNA测序的DRaqL协议 | 将DRaqL与Smart-seq2结合，实现从酒精固定小鼠卵巢切片中获取高质量单细胞RNA测序数据，并提供福尔马林固定切片的可选方案 | NA | 开发高质量单细胞RNA测序实验方案 | 小鼠卵巢组织切片 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序，激光捕获显微切割 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | DRaqL-Smart-seq2，DRaqL-Protease-Smart-seq2 |
| 2312 | 2025-10-06 |
Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986
PMID:38555590
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研究论文 | 本文提供了一种用于小鼠骨组织和多组织肌肉骨骼FFPE样本的空间转录组学实验方案 | 开发了专门针对矿化组织脱钙的FFPE样本空间转录组学完整流程 | 实验周期较长（约18天），其中超过50%时间用于矿化组织脱钙 | 建立肌肉骨骼FFPE样本的空间转录组学标准化实验流程 | 小鼠股骨及相邻肌肉组织的FFPE样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 测序数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2313 | 2025-10-06 |
Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score
2024-06-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083
PMID:38781077
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研究论文 | 提出一种基于单细胞RNA测序的转录组熵值评分协议，用于量化干细胞来源的心肌细胞成熟度 | 开发了基于单细胞RNA测序的熵值评分指标来量化心肌细胞成熟度，为评估干细胞分化效率提供了新工具 | 协议依赖于特定的R代码实现，可能需要一定的生物信息学技能 | 建立量化干细胞来源心肌细胞成熟度的标准化方法 | 多能干细胞来源的心肌细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2314 | 2025-10-06 |
Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT
2024-Feb-01, The American journal of surgical pathology
DOI:10.1097/PAS.0000000000002152
PMID:37994665
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研究论文 | 本研究通过整合分析和单细胞RNA测序鉴定出Birt-Hogg-Dubé综合征相关混合性嗜酸细胞肿瘤的双重谱系标记物 | 首次发现L1CAM和LINC01187在HOT中呈独特的棋盘格状互斥表达模式，能够捕获肿瘤中两种不同的上皮细胞群体 | 研究样本量有限，主要关注BHD综合征相关肿瘤 | 开发混合性嗜酸细胞肿瘤的诊断生物标志物 | Birt-Hogg-Dubé综合征患者的肾肿瘤和正常肾组织 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2315 | 2025-10-06 |
Demultiplexing of single-cell RNA-sequencing data using interindividual variation in gene expression
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae085
PMID:38911824
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研究论文 | 本研究开发了一种利用个体间基因表达变异进行单细胞RNA测序数据解卷积的计算方法 | 提出基于个体间差异共表达模式的解卷积方法，无需额外实验步骤即可对混合样本进行细胞来源鉴定 | NA | 开发单细胞RNA测序混合样本的解卷积计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | 差异共表达分析 | 基因表达数据 | 6只同基因近交系小鼠和30个人类样本（脓毒症患者和健康个体） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2316 | 2025-10-06 |
Analysis of community connectivity in spatial transcriptomics data
2024, Frontiers in applied mathematics and statistics
IF:1.3Q3
DOI:10.3389/fams.2024.1403901
PMID:40475302
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组数据分析中社区连通性分析的新方法 | 开发了首个能够表征细胞群落连通性的计算方法BANYAN，填补了现有工具无法分析群落内和群落间细胞相对相似性的空白 | 方法仅在模拟研究和有限的实际数据集上进行了验证，需要更广泛的应用验证 | 开发空间转录组数据中细胞群落连通性分析的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞群落 | 空间转录组学 | 黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌、小细胞肺癌 | 空间转录组学 | 贝叶斯多层网络模型 | 空间转录组数据 | 多个真实数据集，包括小鼠大脑、黑色素瘤脑转移、浸润性导管癌和人类小细胞肺癌样本 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString CosMx | 10x Visium空间转录组平台，NanoString CosMx空间分子成像平台 |
| 2317 | 2025-10-06 |
Machine learning for the identification of neoantigen-reactive CD8 + T cells in gastrointestinal cancer using single-cell sequencing
2024-Jul, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02737-0
PMID:38849478
|
研究论文 | 开发了一种基于单细胞测序的机器学习模型，用于识别胃肠道癌症中的新抗原反应性CD8+T细胞 | 首次结合单细胞转录组数据开发26基因机器学习模型识别新抗原反应性T细胞，相比传统方法更高效 | NA | 开发快速识别新抗原反应性T细胞及其T细胞受体的方法 | 胃肠道癌症患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | 机器学习 | 胃肠道癌症 | 单细胞测序，空间转录组学，多重免疫组织化学 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据，空间转录组数据，免疫组织化学数据 | 数千个肿瘤浸润淋巴细胞 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 2318 | 2025-10-06 |
Stromal Cell Isolation from Hematopoietic Organs
2024-01-26, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66231
PMID:38345255
|
研究论文 | 本文提供了从造血器官中分离高质量基质细胞的逐步操作方案 | 建立了适用于小鼠和人类胸腺以及小鼠骨骼和骨髓的基质细胞分离标准化流程，并讨论了影响单细胞测序兼容性的关键因素 | 主要关注基质细胞分离技术，未涉及具体生物学机制研究 | 开发优化的基质细胞分离方法以支持高质量单细胞多组学研究 | 小鼠和人类造血器官（胸腺、骨骼、骨髓）中的基质细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞多组学测序，FACS分析/分选 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 2319 | 2025-10-06 |
Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data
2024-Oct, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01909-1
PMID:39327486
|
研究论文 | 开发了一种名为GeNA的统计工具，用于识别单细胞数据中细胞状态丰度的数量性状位点 | 无需预定义细胞状态，灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态丰度变化 | 仅基于969名个体的外周血单细胞RNA测序数据，样本规模相对有限 | 识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异 | 人类免疫细胞状态 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 单细胞RNA测序数据 | 969名个体的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2320 | 2025-10-06 |
Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging
2024-Jun-06, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013
PMID:38714197
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术绘制人类骨髓微环境的细胞生物地理图谱 | 首次整合单细胞RNA测序和CODEX空间成像技术，系统揭示人类骨髓非造血细胞的异质性及其空间组织模式 | 样本数量有限，主要关注非造血细胞，对某些稀有细胞亚型的覆盖可能不足 | 解析人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间分布特征 | 人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, CODEX成像 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质空间成像数据 | 82,742个单细胞（29,325个非造血细胞 + 53,417个造血细胞），超过120万个细胞的空间成像 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | CODEX（共检测索引）技术用于空间细胞分析 |