本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2301 | 2025-10-07 |
Metabolic Reprogramming Induced by Aging Modifies the Tumor Microenvironment
2024-10-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201721
PMID:39451239
|
研究论文 | 本研究通过计算模型分析衰老如何通过代谢重编程改变肿瘤微环境 | 首次系统揭示衰老通过代谢可塑性影响肿瘤微环境的机制,特别是能量代谢通路在免疫细胞中的差异性变化 | 基于计算模型的分析需要实验验证,样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探索衰老与代谢重编程的相互作用如何影响肿瘤微环境并促进肿瘤发生 | 17种与衰老相关的癌症类型,包括T细胞、巨噬细胞等免疫细胞 | 计算生物学 | 多种癌症 | MMPC计算模型,RNA-seq分析 | MMPC(代谢可塑性通路配对比较模型) | RNA-seq数据 | 涵盖17种癌症类型的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2302 | 2025-10-07 |
Podoplanin Expression in Early-Stage Colorectal Cancer-Associated Fibroblasts and Its Utility as a Diagnostic Marker for Colorectal Lesions
2024-10-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201682
PMID:39451200
|
研究论文 | 本研究探讨了podoplanin在早期结直肠癌相关成纤维细胞中的表达及其作为结直肠病变诊断标志物的应用价值 | 首次发现早期结直肠癌中隐窝周围成纤维细胞和网状细胞是CAFs的细胞来源,并证实PDPN表达可作为区分结直肠非肿瘤性与肿瘤性病变的诊断特征 | 早期结直肠癌中PDPN阳性CAFs的研究尚不充分,样本量未明确说明 | 研究早期结直肠癌相关成纤维细胞中podoplanin的表达特征及其诊断价值 | 腺瘤、早期结直肠癌、神经内分泌肿瘤、正常邻近组织和非肿瘤性结直肠病变 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2303 | 2025-10-07 |
WIP1-mediated regulation of p38 MAPK signaling attenuates pyroptosis in sepsis-associated acute kidney injury
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152832
PMID:38943814
|
研究论文 | 本研究探讨WIP1通过调节p38 MAPK信号通路在脓毒症相关急性肾损伤中抑制细胞焦亡的作用机制 | 首次揭示WIP1在急性肾损伤中通过p38 MAPK信号通路调控肾小管细胞焦亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和HK2细胞系,尚未在更复杂的人类病理环境中验证 | 阐明WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的分子调控机制 | 小鼠模型、人类HK2肾小管上皮细胞、急性肾损伤患者组织样本 | 分子病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 细胞活力检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | 小鼠模型和细胞系实验,包含人类患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2304 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis of macrophage subpopulations contributing to chemotherapy resistance in ovarian cancer
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152811
PMID:38941863
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示卵巢癌化疗耐药中巨噬细胞亚群的作用机制 | 首次在单细胞水平鉴定出与卵巢癌化疗耐药相关的CXCL5+、THBS1+和MMP9+巨噬细胞亚群,并揭示其促肿瘤分子表达特征 | 样本量未明确说明,机制研究主要基于生物信息学分析缺乏实验验证 | 探究巨噬细胞在卵巢癌化疗耐药中的功能和机制 | 卵巢癌组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序 | Seurat分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2305 | 2025-10-07 |
Identification and validation of potential biomarkers related to oxidative stress in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152791
PMID:39180853
|
研究论文 | 通过生物信息学技术鉴定与特发性肺纤维化氧化应激相关的潜在诊断生物标志物 | 首次结合随机森林算法和LASSO回归从氧化应激相关基因中筛选出7个诊断基因,并构建了具有出色预测能力的列线图模型 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 鉴定与特发性肺纤维化氧化应激相关的可靠诊断生物标志物 | 特发性肺纤维化患者基因表达数据 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 基因表达分析,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 随机森林,LASSO回归,列线图 | 基因表达数据 | GSE70866和GSE141939数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2306 | 2025-10-07 |
Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT
2024-07, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822
PMID:38852289
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌中调节性T细胞亚群的动态转录景观及其与其他细胞的相互作用 | 首次在PDAC中系统分析Treg亚群异质性,揭示iTreg与nTreg在肿瘤和正常组织中的分布差异,并识别CTLA4和TIGIT作为关键免疫治疗靶点 | 基于已发表数据集进行重新分析,样本量有限且缺乏实验验证 | 探究胰腺导管腺癌中调节性T细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用机制 | 胰腺导管腺癌患者肿瘤和癌旁组织中的调节性T细胞及其他肿瘤微环境细胞 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 已发表数据集(具体样本数未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2307 | 2025-10-07 |
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232192
PMID:38597954
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析SARS-CoV-2在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应 | 首次在人类肺组织中重建SARS-CoV-2感染的'感染伪时间'转录程序,发现间质巨噬细胞是病毒主要感染靶点 | 研究基于体外感染的健康人类肺组织,可能与实际体内感染情况存在差异 | 阐明COVID-19肺炎早期发病机制和病毒-宿主相互作用 | 人类肺组织细胞,特别是间质巨噬细胞和肺泡巨噬细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 健康人类肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2308 | 2025-10-07 |
The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients
2024-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805
PMID:38669865
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其与临床预后和免疫检查点阻断治疗的关系 | 首次系统性地定义了21个决定巨噬细胞状态的基因模块,并发现其中7个与临床预后相关、11个与免疫检查点阻断治疗适应症相关,鉴定出具有高免疫治疗响应特征的HIM TAM亚群 | 样本量相对有限(60例患者),需要更大规模的研究验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞异质性对结直肠癌患者临床预后和免疫检查点阻断治疗适应症的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织中的肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 配体-受体相互作用分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 60例结直肠癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2309 | 2025-10-07 |
Initial regional cytoarchitectonic differences in dorsal and orbitobasal human developing frontal cortex revealed by spatial transcriptomics
2024-Dec-18, Brain structure & function
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00429-024-02865-6
PMID:39692769
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术揭示人类胚胎发育期前额叶皮层背侧和眶基底区域早期细胞构筑差异 | 首次在转录组水平发现人类胚胎前额叶皮层背侧和眶基底区域瞬时细胞区室的基因表达差异,证实前额叶皮层区域特化在胎儿发育早期即已出现 | 研究仅聚焦于15孕周这一特定发育时期,样本量有限 | 探究人类胚胎前额叶皮层背侧和眶基底区域细胞构筑特征的转录组基础 | 人类胚胎发育期前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 15孕周人类胚胎前额叶皮层样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler空间转录组分析平台 |
| 2310 | 2025-10-07 |
Progressive polyadenylation and m6A modification of Ighg1 mRNA maintain IgG1 antibody homeostasis in antibody-secreting cells
2024-11-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.10.004
PMID:39476842
|
研究论文 | 本研究揭示了抗体分泌细胞中通过Ighg1 mRNA的渐进式多聚腺苷酸化和m6A修饰维持IgG1抗体稳态的机制 | 首次发现m6A阅读蛋白YTHDF1通过调控Ighg1 mRNA稳定性维持IgG1抗体产生,并证实该机制在系统性红斑狼疮中的病理作用 | 研究主要聚焦于IgG1亚型,其他IgG亚型的调控机制尚未明确 | 探究RNA转录后修饰如何影响抗体分泌细胞中的抗体稳态 | 抗体分泌细胞(ASCs)、IgG重链转录本(Ighg)、m6A阅读蛋白YTHDF1 | 分子生物学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序、基因敲除、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、蛋白质定位数据 | 狼疮小鼠模型、系统性红斑狼疮患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2311 | 2025-10-07 |
Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade
2024-Nov-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.012
PMID:39423817
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肺癌脑转移中TKI耐药机制,并证明CTLA4阻断可有效克服耐药 | 首次发现TKI治疗通过肿瘤来源的HMGB1上调T细胞CTLA4表达,创建免疫抑制微环境,并证明CTLA4阻断联合TKI在TKI耐药模型中优于PD1阻断 | 研究样本来源于手术获取的LCBM样本,样本量有限,且依赖小鼠模型验证 | 阐明肺癌脑转移中酪氨酸激酶抑制剂耐药机制并探索有效治疗策略 | 肺癌脑转移患者样本和具有TKI敏感或耐药EGFR突变的同源小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 具有不同遗传背景和TKI治疗史的LCBM手术样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2312 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics Applied in Plants
2024-09-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13181561
PMID:39329745
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在植物研究中的应用现状、挑战与未来方向 | 首次系统梳理了scRNA-seq技术在植物科学中的研究进展,并提供了五个有助于识别不同细胞类型标记基因的数据库 | 主要关注模式植物、作物和木材植物,可能未完全覆盖所有植物物种 | 探索scRNA-seq技术在植物研究中的应用潜力 | 植物组织,特别是模式植物、作物和木材 | 植物科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2313 | 2025-10-07 |
Deep Immunoprofiling of Large-Scale Tuberculosis Dataset at Single Cell Resolution Reveals a CD81bright γδ T Cell Population Associated with Latency
2024-09-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13181529
PMID:39329713
|
研究论文 | 通过大规模单细胞RNA测序分析揭示了与结核潜伏感染相关的CD81高表达γδ T细胞亚群 | 首次在大规模结核病数据集中通过单细胞分辨率免疫分析发现CD81bright γδ T细胞亚群与潜伏感染相关 | 研究主要关注外周血γδ T细胞,未深入探讨其他免疫细胞类型或组织特异性反应 | 探索γδ T细胞不同亚群在结核病保护性免疫或疾病进展中的作用 | 结核病患者外周血γδ T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 流式细胞数据 | 大规模结核病数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2314 | 2025-10-07 |
Characterizing the Tumor Microenvironment and Its Prognostic Impact in Breast Cancer
2024-09-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13181518
PMID:39329702
|
研究论文 | 通过整合分析bulk和单细胞RNA测序数据,系统表征乳腺癌肿瘤微环境的免疫景观和细胞间通讯 | 识别了三种不同的免疫浸润患者亚型,发现中等免疫浸润患者预后最佳,并揭示了SPP1和EGF信号通路在低免疫浸润组中的特异性激活 | NA | 研究乳腺癌肿瘤微环境的免疫特征及其预后价值 | 乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | 聚类分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2315 | 2025-10-07 |
SPANN: annotating single-cell resolution spatial transcriptome data with scRNA-seq data
2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad533
PMID:38279647
|
研究论文 | 提出一种名为SPANN的注释方法,用于将单细胞RNA测序数据的细胞类型标签转移到空间转录组数据并发现新型细胞 | SPANN能够自动检测未见细胞类型的新型细胞,同时在已知细胞类型上保持高注释准确性,并通过寻找空间转录组样本与RNA数据原型之间的映射实现细胞类型级别的对齐 | NA | 开发空间转录组数据的注释工具,解决现有方法在细胞类型映射和新细胞检测方面的不足 | 单细胞分辨率空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2316 | 2025-10-07 |
Invasive growth of brain metastases is linked to CHI3L1 release from pSTAT3-positive astrocytes
2024-06-03, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noae013
PMID:38271182
|
研究论文 | 本研究揭示了pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞通过释放CHI3L1促进脑转移瘤侵袭性生长的机制 | 首次发现pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞通过分泌CHI3L1驱动脑转移瘤的侵袭性生长,并证实STAT3和CHI3L1可作为治疗靶点 | NA | 探究脑转移瘤侵袭模式与pSTAT3阳性反应性星形胶质细胞的关系及其作为STAT3抑制预测生物标志物的潜力 | 人类脑转移瘤样本、患者来源异种移植模型、小鼠模型、脑切片-肿瘤共培养体系 | 肿瘤学 | 脑转移瘤 | 免疫组织化学、单细胞RNA测序、脑切片-肿瘤共培养实验 | NA | 图像数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2317 | 2025-10-07 |
Mesenchymal Traits as an Intrinsic Feature of Undifferentiated Cells
2024-Dec-24, Journal of developmental biology
IF:2.2Q3
DOI:10.3390/jdb13010001
PMID:39846630
|
研究论文 | 本研究通过分析公开单细胞转录组数据集,探讨间充质表型与未分化细胞状态的内在联系 | 挑战传统观点,提出间充质表型不仅是结构支持特征,更是未分化多能状态的形态学表达 | 基于公开数据集的分析,缺乏实验验证 | 探索间充质表型在胚胎发育和成体器官中与细胞未分化状态的关系 | 早期胚胎阶段和成体组织的细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 公开单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2318 | 2025-10-07 |
TRIM44, a Novel Prognostic Marker, Supports the Survival of Proteasome-Resistant Multiple Myeloma Cells
2024-08-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13171431
PMID:39273003
|
研究论文 | 本研究揭示了TRIM44在多发性骨髓瘤中的预后价值和治疗抵抗机制 | 首次系统阐明TRIM44通过连接泛素-蛋白酶体系统和自噬途径,支持蛋白酶体抑制剂耐药性骨髓瘤细胞生存的新机制 | 研究主要基于回顾性队列分析,需要进一步的前瞻性研究验证TRIM44的临床价值 | 探讨TRIM44在多发性骨髓瘤预后和治疗抵抗中的作用机制 | 多发性骨髓瘤患者样本和细胞系 | 癌症生物学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 858例多发性骨髓瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2319 | 2025-10-07 |
3D-Bioprinted Co-Cultures of Glioblastoma Multiforme and Mesenchymal Stromal Cells Indicate a Role for Perivascular Niche Cells in Shaping Glioma Chemokine Microenvironment
2024-08-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13171404
PMID:39272976
|
研究论文 | 本研究利用3D生物打印技术构建胶质母细胞瘤与间充质基质细胞共培养模型,探索血管周围微环境细胞在塑造胶质瘤趋化因子微环境中的作用 | 首次结合公共测序数据分析和3D生物打印技术,揭示血管周围微环境细胞对胶质母细胞瘤趋化因子谱多样性的关键调控作用 | 研究仅使用两种胶质母细胞瘤细胞系,未涵盖GBM的完整异质性;体外模型可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 探究胶质母细胞瘤微环境中不同细胞类型对趋化因子分泌的贡献 | 胶质母细胞瘤细胞系(U-251和DK-MG)和间充质基质细胞 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 3D生物打印,单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 3D共培养模型 | RNA测序数据,分泌组数据 | 两种胶质母细胞瘤细胞系和间充质基质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2320 | 2025-10-07 |
Genome Restructuring around Innate Immune Genes in Monocytes in Alcohol-associated Hepatitis
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.07.607014
PMID:39211112
|
研究论文 | 本研究通过Hi-C技术分析酒精相关性肝炎患者单核细胞的基因组三维结构变化 | 首次在酒精相关性肝炎患者单核细胞中发现基因组三维结构的显著改变,特别是在天然免疫基因簇区域 | 样本量较小(仅4例患者和4例对照),需要更大规模研究验证 | 探究酒精相关性肝炎中单核细胞基因组三维结构变化及其对炎症基因表达的调控 | 酒精相关性肝炎患者和健康对照者的单核细胞 | 基因组学 | 酒精相关性肝炎 | Hi-C, scRNA-seq | NA | 基因组三维构象数据, 单细胞转录组数据 | 4例AH患者和4例健康对照 | NA | 高通量染色质构象捕获, 单细胞RNA测序 | NA | NA |