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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2301 | 2025-10-07 |
Lipoxin A 4 /FPR2 signaling mitigates ferroptosis of alveolar epithelial cells via NRF2-dependent pathway during lung ischemia-reperfusion injury
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590127
PMID:38712069
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研究论文 | 本研究探讨了肺泡上皮细胞中铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用及Lipoxin A4/FPR2信号通路的保护机制 | 首次揭示了Lipoxin A4通过FPR2受体激活NRF2通路抑制肺泡上皮细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用的转化价值需进一步验证 | 探究铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的细胞特异性作用及Lipoxin A4的保护机制 | 肺移植患者样本、C57BL/6小鼠、Fpr2-/-和Nrf2-/-基因敲除小鼠、肺泡II型上皮细胞 | 分子生物学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、原位肺移植模型、体外细胞研究 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、生理指标、生化指标 | 未明确样本数量,包含患者组织样本和多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2302 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates
2024-Apr, European journal of protistology
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062
PMID:38368736
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示捕食性裂口纲纤毛虫的基因组进化机制 | 首次对六种捕食性裂口纲纤毛虫进行单细胞转录组测序,发现与跨膜活性和氧化应激反应相关的基因家族扩张及三次全基因组复制事件 | 样本数量有限(仅六种捕食性物种),基因组进化机制仍需功能验证 | 探究纤毛虫捕食能力的遗传进化基础 | 六种捕食性裂口纲纤毛虫 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 6种捕食性裂口纲纤毛虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2303 | 2024-08-07 |
Author Correction: Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON
2024-Feb-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45929-1
PMID:38351163
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2304 | 2025-10-07 |
SuperSpot: coarse graining spatial transcriptomics data into metaspots
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae734
PMID:39657949
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研究论文 | 提出一种名为SuperSpot的工作流程,将空间转录组学数据中的相邻且转录组相似的spots聚合成metaspots | 基于metacell概念,首次提出将空间邻近性和转录组相似性结合的空间spots聚合方法 | NA | 减少空间转录组数据的规模和稀疏性,促进大型数据集分析 | 空间转录组学数据中的spots(细胞或区域) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络,层次聚类 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | VisiumHD | NA |
| 2305 | 2025-10-07 |
Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae727
PMID:39705183
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研究论文 | 提出了一种名为Scope+的开源通用架构,用于单细胞RNA测序图谱在样本和细胞级别的快速访问和元分析 | 开发了首个支持细胞级别元分析的开源单细胞图谱架构,采用细胞为单元的数据建模、创新的数据库优化技术和软件架构设计 | 目前主要应用于COVID-19血液和免疫细胞数据,在其他疾病和组织类型中的通用性需要进一步验证 | 解决大规模单细胞RNA测序图谱数据难以快速访问和进行元分析的问题 | 单细胞RNA测序图谱数据,特别是COVID-19相关的血液和免疫细胞 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 500万个COVID-19血液和免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2306 | 2025-10-07 |
Metalloproteinase inhibitors regulate biliary progenitor cells through sDLK1 in organoid models of liver injury
2024-Dec-19, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164997
PMID:39699962
|
研究论文 | 本研究通过器官样模型揭示金属蛋白酶抑制剂通过sDLK1调控胆道祖细胞在肝损伤中的作用机制 | 首次发现TIMP/ADAM/NOTCH/DLK1轴在肝祖细胞维持和胆管细胞分化中的调控作用 | 研究主要基于动物模型和器官样模型,尚未在人体内验证 | 探索肝损伤中胆道祖细胞的命运调控机制 | 肝祖细胞、胆管细胞、门静脉间充质细胞 | 细胞生物学 | 肝病 | 单细胞RNA测序、RNAscope、器官样培养 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 小鼠模型和患者来源的肝器官样 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2307 | 2025-10-07 |
Highly neurogenic glia from human and mouse myenteric ganglia generate functional neurons following culture and transplantation into the gut
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114919
PMID:39471175
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研究论文 | 本研究开发了从人和小鼠肠肌层神经节中分离高神经源性肠神经干细胞的方法,并验证了其移植后生成功能性神经元的能力 | 首次发现肠肌层神经节内的胶质细胞亚群是具有高神经源性潜能的肠神经干细胞库,并建立了选择性分离这些细胞的新方法 | 研究主要基于动物模型和异种移植实验,人类临床应用仍需进一步验证 | 开发更有效的肠神经干细胞分离方法,用于神经肠道疾病的再生治疗 | 人和小鼠肠肌层神经节中的肠胶质细胞 | 干细胞与再生医学 | 神经肠道疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 多组学分析, 光遗传学刺激 | NA | 基因表达数据, 生理功能数据 | 人和小鼠肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2308 | 2025-10-07 |
Resident Synovial Macrophages in Synovial Fluid: Implications for Immunoregulation in Infectious and Inflammatory Arthritis
2024-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.29.560183
PMID:37873090
|
研究论文 | 本研究通过鉴定滑膜液中定居滑膜巨噬细胞的特征,揭示其在感染性和炎症性关节炎中的免疫调节作用 | 首次在滑膜液中鉴定出CD14dim/OPG+/ZO-1+的定居滑膜巨噬细胞群体,并证明其迁移能力和M2极化特征 | 样本量有限,主要针对未分化关节炎患者,需要更大规模研究验证 | 探究定居滑膜巨噬细胞在关节炎发病机制中的免疫调节功能 | 人类关节炎患者的滑膜液和外周血样本 | 免疫学 | 关节炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, ELISA, 迁移实验 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多名未分化关节炎患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2309 | 2025-10-07 |
Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890
PMID:39425929
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-1β在移植后通过调节Flt3阳性多能祖细胞命运促进B淋巴细胞生成的新机制 | 首次发现IL-1β能够诱导Flt3 MPPs从髓系偏向向淋巴系偏向的细胞命运转换,并促进B淋巴细胞生成 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类系统中验证 | 探究应激环境中调控造血干细胞和祖细胞行为的因子及其机制 | 表达Flt3的小鼠多能祖细胞(MPPs) | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,谱系追踪,克隆分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2310 | 2025-10-07 |
IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178558
PMID:39589809
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术敲除CAR-T细胞中的ITK基因,显著改善了CAR-T细胞的抗肿瘤效果和持久性 | 首次揭示ITK缺失可通过降低CAR-T细胞耗竭、增强记忆特征来提升抗肿瘤疗效 | 研究主要聚焦CD19-CAR-T细胞,尚未验证其他CAR靶点的普适性 | 探索改善CAR-T细胞治疗持久性和抗肿瘤效果的新策略 | CD19-CAR-T细胞 | 免疫治疗 | 白血病 | CRISPR-Cas9基因编辑,RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2311 | 2025-10-07 |
Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling
2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405806121
PMID:39453742
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥花器官脱落信号通路的分子调控机制 | 发现MKP1作为负调控因子建立脱落信号阈值,并鉴定IDA肽家族形成生物物理断路器机制 | 研究仅限于拟南芥模型,未验证其他植物物种的普适性 | 解析植物花器官脱落信号通路的调控机制 | 拟南芥花器官脱落区细胞 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2312 | 2025-10-07 |
Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.10.575008
PMID:38260361
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤细胞通过诱导肺纤维化形成转移前微环境的机制,并验证了抗纤维化药物尼达尼布的治疗潜力 | 首次发现骨肉瘤细胞通过诱导肺泡上皮损伤和慢性伤口愈合表型来创建肺转移前微环境,并证明抗纤维化药物可阻断此过程 | 研究主要基于小鼠模型和异种移植模型,人类样本验证有限 | 阐明骨肉瘤肺转移前微环境形成的细胞和分子机制,并寻找转移特异性治疗靶点 | 骨肉瘤细胞、肺组织微环境、免疫活性小鼠模型、免疫缺陷人源异种移植模型 | 单细胞生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 多参数免疫荧光 | NA | 转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间定位数据 | 免疫活性小鼠模型和免疫缺陷人源异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2313 | 2025-10-07 |
Exploring the causal role of immune cells in cerebral aneurysm through single-cell transcriptomics and Mendelian randomization analysis
2024-Jul-12, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxae042
PMID:38661482
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析探索免疫细胞在脑动脉瘤中的因果作用 | 首次整合单细胞转录组学与孟德尔随机化分析,揭示脑动脉瘤与免疫细胞之间的双向因果关系 | 研究仅基于未破裂脑动脉瘤样本,缺乏破裂动脉瘤数据 | 探索免疫细胞与脑动脉瘤形成的复杂相互作用机制 | 脑动脉瘤患者和对照组的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脑动脉瘤 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞转录组数据 | GSE193533数据集中的未破裂脑动脉瘤和对照组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2314 | 2025-10-07 |
Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics
2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/pathogens13030188
PMID:38535532
|
综述 | 本文综述了非洲锥虫病宿主-寄生虫相互作用的免疫学进展,重点介绍了单细胞转录组学技术的应用 | 整合了最新的单细胞和空间测序技术研究锥虫生命周期阶段和宿主细胞的转录组特征 | NA | 深入理解寄生虫生物学和宿主免疫机制,为开发新的疫苗和治疗策略提供基础 | 锥虫寄生虫、哺乳动物宿主细胞、组织微环境 | 单细胞生物学 | 寄生虫病 | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 2315 | 2025-10-07 |
Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer
2024-Dec, Cancer biomarkers : section A of Disease markers
IF:2.2Q3
DOI:10.3233/CBM-230489
PMID:39392600
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研究论文 | 本研究识别RNA结合蛋白RBMS3作为膀胱癌免疫治疗的潜在生物标志物 | 首次将RBMS3鉴定为膀胱癌中具有肿瘤微环境重塑功能的关键预后RNA结合蛋白 | 研究主要基于生物信息学分析,需要实验验证 | 开发基于RNA结合蛋白的预后特征并识别膀胱癌中的关键枢纽RBP | 膀胱癌组织和细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 风险模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 多个生物信息学数据库的数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2316 | 2025-10-07 |
Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864
PMID:39412990
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和单细胞分析揭示核糖体组装缺陷可延缓急性髓系白血病进展 | 首次证明核糖体组装缺陷可通过改变转录因子景观和增加核糖体生物合成来抑制白血病进展 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果尚需验证 | 探究核糖体组装在白血病细胞功能中的作用及其治疗潜力 | 急性髓系白血病(AML)细胞和小鼠模型 | 癌症生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学分析 | 小鼠白血病模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 患者数据集和多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2317 | 2025-10-07 |
Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level
2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039
PMID:39436235
|
研究论文 | 开发了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A,用于快速低成本检测单细胞水平的m6A修饰 | 首次提出基于机器学习的方法实现单细胞水平m6A定量,解决了现有方法难以检测m6A细胞间异质性的问题 | NA | 开发可靠的单细胞m6A定量方法并验证其在不同疾病研究中的应用 | 外周血单个核细胞、CD4+和CD8+T细胞、肺癌组织、COVID-19患者血液样本 | 机器学习 | 肺癌, COVID-19 | 单细胞RNA测序, m6A测序, 磁激活细胞分选 | 机器学习 | 基因表达数据, 序列特征数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, m6A-seq | NA | NA |
| 2318 | 2025-10-07 |
MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004
PMID:39341794
|
研究论文 | 开发了一种基于基因表达数据检测微卫星不稳定性的软件工具MSIsensor-RNA | 首个能够同时处理批量和单细胞基因表达数据的MSI检测方法 | 未在摘要中明确说明 | 开发微卫星不稳定性检测工具 | 批量和单细胞基因表达数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序, 微阵列, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 2319 | 2025-10-07 |
SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023
PMID:39341795
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研究论文 | 开发了一个名为SCancerRNA的综合性数据库,用于汇总非编码RNA生物标志物在单细胞水平的表达数据和相互作用网络 | 首个系统整理单细胞水平非编码RNA生物标志物表达数据的在线资源,整合了多种ncRNA类型及其相互作用网络 | 数据库内容依赖于已有的实验支持数据,可能无法覆盖所有相关研究 | 构建一个全面的非编码RNA生物标志物数据库,支持癌症诊断和治疗监测 | 长链非编码RNA、microRNA、PIWI互作RNA、小核仁RNA和环状RNA等非编码RNA生物标志物 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、相互作用网络数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2320 | 2025-10-07 |
DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007
PMID:39215426
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研究论文 | 开发了一个名为DVsc的开源框架,用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染 | 首个专门基于单细胞RNA测序数据高效检测病毒读段的计算框架 | NA | 开发精确定量分析单细胞转录组数据中病毒感染的计算工具 | 临床样本中的病毒感染检测 | 生物信息学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约200个不同的临床样本,感染超过10种不同病毒 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 兼容多种单细胞测序平台 |