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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2301 | 2024-12-31 |
Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns of vulnerability to pathology in a transgenic α-synucleinopathy model
2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.31.606032
PMID:39372781
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研究论文 | 本文利用成像空间转录组学技术,研究了转基因α-突触核蛋白病模型中分子模式对病理的脆弱性 | 首次结合成像空间转录组学和免疫荧光技术,在同一组织切片中识别出易受α-突触核蛋白磷酸化病理影响的神经元亚型,并揭示了其转录基础 | 研究仅限于转基因小鼠模型,可能无法完全反映人类疾病情况 | 探讨帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白病理的分子机制 | 转基因人α-突触核蛋白过表达小鼠的皮质和海马神经元 | 数字病理学 | 帕金森病 | 成像空间转录组学(IST)、免疫荧光 | 转基因小鼠模型 | 图像、转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2302 | 2024-12-31 |
Single-cell RNA sequencing offers opportunities to explore the depth of physiology, adaptation, and biochemistry in non-model organisms exposed to pollution
2024-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics
DOI:10.1016/j.cbd.2024.101339
PMID:39393164
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用 | 强调了单细胞RNA测序技术在揭示非模式生物对环境污染反应的分子机制中的潜力 | 主要基于已发表文献的分析,缺乏新的实验数据 | 探讨单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用 | 非模式生物 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2303 | 2024-12-31 |
Differential Response to Cisplatin between Co-cultured Cells and Pure Cultured Cells Based on Single-cell RNA Sequencing of Three-dimensional-cultured Breast Cancer Cells
2024-Nov-29, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2912406
PMID:39735986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,比较了三维培养的乳腺癌细胞在共培养和纯培养条件下对顺铂的不同反应 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析三维共培养的乳腺癌细胞对顺铂的反应,揭示了共培养模型与纯培养模型在药物反应上的差异 | 研究仅针对MCF-7细胞,未涉及其他类型的乳腺癌细胞,且实验时间较短,可能无法完全反映长期药物反应 | 开发一种实验方法,用于直接共培养三维乳腺癌细胞,并研究其对顺铂的反应 | MCF-7细胞、人乳腺成纤维细胞和人脐静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 三维细胞共培养模型 | RNA测序数据 | 四组细胞培养:未处理的MCF-7细胞组、MCF-7细胞加顺铂组、未处理的共培养组、共培养加顺铂组 | NA | NA | NA | NA |
| 2304 | 2024-12-31 |
Osteostaticytes: A novel osteoclast subset couples bone resorption and bone formation
2024-Jul, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2024.06.010
PMID:39027343
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨愈合过程中骨重塑的细胞和分子机制,并发现了一种新的破骨细胞亚群——骨稳态细胞(OSCs) | 首次发现并命名了骨稳态细胞(OSCs),揭示了其在骨重塑中的关键作用,特别是在骨吸收和骨形成之间的逆转阶段 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中进行验证,且对OSCs的具体功能机制仍需进一步探索 | 阐明骨髓炎后骨愈合的细胞和分子机制,特别是骨重塑过程中的逆转阶段 | 人类皮质骨、小鼠胫骨骨折模型、骨髓炎相关胫骨骨折模型 | 数字病理 | 骨髓炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、实时PCR、免疫荧光染色、基因集富集分析(GSEA)、CellChat、transwell实验、共培养实验 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像 | 人类皮质骨样本、小鼠胫骨骨折模型 | NA | NA | NA | NA |
| 2305 | 2024-12-31 |
Defining predictors of responsiveness to advanced therapies in Crohn's disease and ulcerative colitis: protocol for the IBD-RESPONSE and nested CD-metaRESPONSE prospective, multicentre, observational cohort study in precision medicine
2024-04-17, BMJ open
IF:2.4Q1
DOI:10.1136/bmjopen-2023-073639
PMID:38631839
|
研究论文 | 本文介绍了一项前瞻性、多中心、观察性队列研究,旨在通过多组学数据创建预测工具,以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应 | 该研究首次整合了肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据,以创建预测模型,并计划进行跨治疗比较和独立复制队列研究 | 研究的主要局限性在于其观察性设计,可能无法完全控制混杂因素,且样本量相对较小(1325名参与者) | 研究目标是识别和验证预测模型,以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应 | 研究对象为开始接受先进疗法的克罗恩病和溃疡性结肠炎患者 | 精准医学 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎 | 多组学数据分析 | 预测模型 | 多组学数据(肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据) | 1325名参与者 | NA | NA | NA | NA |
| 2306 | 2024-12-30 |
scRNA + BCR-seq identifies proportions and characteristics of dual BCR B cells in the peritoneal cavity of mice and peripheral blood of healthy human donors across different ages
2024-Dec-28, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00493-6
PMID:39732722
|
研究论文 | 本研究利用scRNA-seq和scBCR-seq技术,探讨了小鼠腹膜和健康志愿者外周血中双受体B细胞的存在及其与年龄的关系 | 首次揭示了老年小鼠和健康志愿者中双受体B细胞的比例和特性,并发现这些细胞在老年个体中显著增加 | 研究样本主要来自小鼠和健康志愿者,未涉及疾病状态下的双受体B细胞 | 探讨双受体B细胞在不同年龄个体中的存在及其特性 | 小鼠腹膜和健康志愿者外周血中的B细胞 | 免疫学 | NA | scRNA-seq, scBCR-seq | NA | 单细胞RNA测序数据, B细胞受体测序数据 | 小鼠和不同年龄的健康志愿者 | NA | NA | NA | NA |
| 2307 | 2024-12-30 |
TIM3 on natural killer cells regulates antibody-dependent cellular cytotoxicity in HER2-positive gastric cancer
2024-Dec-24, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217412
PMID:39722406
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研究论文 | 本研究探讨了TIM3在自然杀伤细胞(NK细胞)上对HER2阳性胃癌(GC)中抗体依赖性细胞毒性(ADCC)的调节作用 | 首次揭示了TIM3在NK细胞中的表达与CD16的相关性,并提出了抗TIM3抗体与曲妥珠单抗联合治疗HER2阳性胃癌的新策略 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证其效果 | 研究HER2阳性胃癌中NK细胞的免疫检查点分子与曲妥珠单抗诱导的ADCC之间的关系 | HER2阳性胃癌患者和HER2转染的胃癌细胞 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和免疫组织化学 | 小鼠HER2阳性胃癌模型 | 基因表达数据和免疫组化数据 | HER2阳性胃癌患者和小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 2308 | 2024-12-30 |
Single-cell transcriptome profiling identifies the activation of type I interferon signaling in ossified posterior longitudinal ligament
2024-Dec, Frontiers of medicine
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11684-024-1075-5
PMID:39441507
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,揭示了I型干扰素信号在OPLL患者骨化韧带中的激活,并探讨了其在骨化过程中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了I型干扰素信号在OPLL骨化过程中的激活,并验证了其在体外促进成骨分化的作用 | 研究主要基于体外实验,尚未在体内模型中验证I型干扰素信号阻断对OPLL的预防效果 | 探讨OPLL的分子机制及潜在预防干预措施 | OPLL患者的骨化韧带 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | OPLL患者的骨化韧带样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2309 | 2024-12-30 |
Immunological face of megakaryocytes
2024-Dec, Frontiers of medicine
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11684-024-1087-1
PMID:39542989
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综述 | 本文综述了巨核细胞(MKs)在免疫系统中的新兴角色及其在生理和病理环境中的功能 | 揭示了巨核细胞作为独特免疫细胞的多样化能力,并发现了具有免疫调节功能的‘免疫巨核细胞’亚群 | 需要进一步研究确定巨核细胞的免疫功能是由整个巨核细胞群体还是特定亚群执行 | 探讨巨核细胞在免疫系统中的功能及其在生理和病理环境中的作用 | 巨核细胞及其免疫功能 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2310 | 2024-12-30 |
The prognostic value and immunological role of calcium/calmodulin dependent protein kinase kinase 2 (CAMKK2) in pan-cancer study
2024-Oct-11, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000040072
PMID:39465821
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研究论文 | 本文通过整合多组学和临床数据,全面评估了钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶激酶2(CAMKK2)在泛癌研究中的预后价值和免疫学作用 | 首次在泛癌研究中全面评估CAMKK2的分子景观,并发现其在不同癌症类型中的异常表达与生存结果相关 | 研究结果基于特定癌症队列,可能无法推广到所有癌症类型 | 评估CAMKK2在泛癌研究中的预后价值和免疫学作用 | 多种癌症类型中的CAMKK2基因 | 癌症研究 | 泛癌 | 多组学分析、单细胞转录组分析 | NA | 多组学数据、临床数据 | 多个癌症队列(如IMvigor210、GSE176307、GSE78220等) | NA | NA | NA | NA |
| 2311 | 2024-12-29 |
Unveiling chemotherapy-induced immune landscape remodeling and metabolic reprogramming in lung adenocarcinoma by scRNA-sequencing
2024-Dec-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.95988
PMID:39729352
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了化疗对肺腺癌免疫景观和代谢重编程的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面分析化疗对肺腺癌免疫细胞和代谢的影响,并识别了两种巨噬细胞亚型 | 样本量较小,仅涉及9名患者,可能影响结果的普遍性 | 探讨化疗和免疫治疗对肺腺癌患者的影响,特别是免疫景观和代谢重编程 | 肺腺癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq, 流式细胞术, 免疫荧光, Seahorse检测, 肿瘤异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 9名肺腺癌患者的83,622个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 2312 | 2024-12-29 |
Organoids as a model system for researching human neuroendocrine tumor of the breast
2024-Dec-27, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03621-w
PMID:39731167
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研究论文 | 本文首次建立了乳腺神经内分泌肿瘤(NETB)的类器官模型,并用于组织学染色、药物筛选和单细胞RNA测序 | 首次建立NETB的类器官模型,为临床研究提供了坚实的基础 | 样本量较小,仅基于一名中国女性患者的样本 | 研究乳腺神经内分泌肿瘤的发病机制和有效治疗方法 | 乳腺神经内分泌肿瘤(NETB) | 数字病理学 | 乳腺癌 | 组织学染色、药物筛选、单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 组织样本、RNA测序数据 | 一名中国女性患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2313 | 2024-12-29 |
Long-term in vitro expansion of a human fetal pancreas stem cell that generates all three pancreatic cell lineages
2024-Dec-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.10.044
PMID:39626658
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研究论文 | 本文报道了从8-17周胎儿胰腺样本中衍生出18种人类胎儿胰腺类器官(hfPO)系,并发现其中4种能够在优化培养条件下长期扩展并生成胰腺的三种细胞谱系 | 首次报道了能够长期体外扩展并生成胰腺三种细胞谱系的人类胎儿三能干细胞/祖细胞 | 研究仅限于胎儿胰腺样本,未涉及成体胰腺或其他器官 | 研究人类胎儿胰腺干细胞的长期体外扩展及其多向分化能力 | 人类胎儿胰腺样本 | 干细胞研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 18种人类胎儿胰腺类器官(hfPO)系 | NA | NA | NA | NA |
| 2314 | 2024-12-29 |
snRNA-seq of long-preserved FFPE samples from colorectal liver metastasis lesions with diverse prognoses
2024-Dec-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04323-8
PMID:39725704
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研究论文 | 本研究利用snRandom-seq技术对长期保存的FFPE样本进行单核RNA测序,以探索结直肠癌肝转移患者不同预后的潜在影响因素 | 首次在长期保存的FFPE样本中成功应用单核RNA测序技术,揭示了结直肠癌肝转移患者不同预后之间的异质性 | 样本数量有限(18例),且所有样本均为长期保存的FFPE样本,可能存在RNA降解问题 | 探索结直肠癌肝转移患者不同预后的潜在影响因素 | 18例具有不同预后的结直肠癌肝转移患者的多个病灶样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | snRNA-seq, snRandom-seq | NA | RNA测序数据 | 18例结直肠癌肝转移患者的82,285个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 2315 | 2024-12-29 |
Differential contributions of fetal mononuclear phagocytes to Zika virus neuroinvasion versus neuroprotection during congenital infection
2024-Dec-26, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.10.028
PMID:39532096
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研究论文 | 本文探讨了胎儿单核吞噬细胞在先天性寨卡病毒感染中对神经侵袭与神经保护的不同贡献 | 首次揭示了胎儿单核细胞/巨噬细胞类型和小胶质细胞在寨卡病毒传播与清除中的不同功能角色,并通过单细胞RNA测序鉴定了与保护性和有害性贡献相关的转录谱 | 研究主要基于小鼠模型和人类脑类器官,可能无法完全反映人类胎儿在先天性感染中的复杂免疫反应 | 研究胎儿免疫细胞在先天性寨卡病毒感染中的功能差异 | 胎儿单核吞噬细胞、小胶质细胞、寨卡病毒 | 免疫学 | 寨卡病毒感染 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型、人类脑类器官 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2316 | 2024-12-29 |
An adult myogenic cell line of the Japanese fire-bellied newt Cynops pyrrhogaster
2024-12-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-81899-6
PMID:39627485
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研究论文 | 本研究建立了日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞系CpM01,用于研究肌肉发育、修复和再生 | 首次在日本红腹蝾螈中建立了成体肌源性细胞系CpM01,并对其进行了详细表征 | 研究仅限于日本红腹蝾螈,未涉及其他蝾螈物种 | 研究成体蝾螈肌肉再生机制 | 日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞 | 细胞生物学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 日本红腹蝾螈的成体肌源性细胞系CpM01 | NA | NA | NA | NA |
| 2317 | 2024-12-29 |
Single-cell RNA sequencing reveals transcriptional changes in circulating immune cells from patients with severe asthma induced by biologics
2024-Dec, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-024-01368-y
PMID:39672815
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者在使用生物制剂治疗后循环免疫细胞的转录变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了T2靶向生物制剂对血液免疫细胞基因表达的影响,并揭示了NF-κB信号通路的下调 | 样本量较小,仅包括8名患者,且需要进一步研究以确定与治疗反应和长期结果相关的潜在生物标志物 | 描述T2靶向生物制剂对血液免疫细胞基因表达的影响 | 严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者的循环免疫细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 8名严重嗜酸性粒细胞性哮喘患者 | NA | NA | NA | NA |
| 2318 | 2024-12-29 |
Bulk and Single-Cell Transcriptome Analyses Unravel Gene Signatures of Mitochondria-Associated Programmed Cell Death in Diabetic Foot Ulcer
2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70319
PMID:39730319
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示了糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的关键基因和细胞类型 | 首次在单细胞水平上验证了糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的关键基因和细胞类型,并探索了调控这些基因的转录因子 | 研究样本量未明确提及,可能限制了结果的普适性 | 揭示糖尿病足溃疡中线粒体相关程序性细胞死亡的基因特征和关键细胞类型 | 糖尿病足溃疡患者 | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用分析、随机森林分析、实时聚合酶链反应分析 | NA | 转录组数据、单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2319 | 2024-12-29 |
A single-cell RNA-seq dataset describing macrophages in NSCLC tumor and peritumor tissues
2024-Oct-01, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03885-x
PMID:39353975
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,生成了非小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤及肿瘤周围组织中巨噬细胞的转录组数据集 | 首次提供了NSCLC肿瘤及肿瘤周围组织中巨噬细胞的全面转录组数据,揭示了其在肿瘤微环境中的特征差异和相关性 | 未明确提及样本量及具体技术细节,可能限制数据的广泛应用 | 研究NSCLC肿瘤微环境中巨噬细胞的特性,以理解NSCLC的进展并识别关键临床治疗靶点 | 非小细胞肺癌(NSCLC)肿瘤及肿瘤周围组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2320 | 2024-12-29 |
Single-Cell RNA-Seq Debiased Clustering via Batch Effect Disentanglement
2024-08, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2023.3260003
PMID:37030864
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研究论文 | 本文提出了一种名为SCDC的单细胞RNA-seq去偏聚类方法,通过分离生物和非生物信息来解决批次效应问题 | SCDC方法在数据分区过程中分离生物和非生物信息,从而在存在批次效应的情况下实现去偏聚类 | 未提及具体局限性 | 解决单细胞RNA-seq数据中批次效应对聚类结果的影响 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |