单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7858 篇文献，本页显示第 2261 - 2280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2261 | 2024-10-28 |
An atlas of cells in the human tonsil
2024-Feb-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.01.006
PMID:38301653
|
研究论文 | 本文生成了一个人类扁桃体细胞图谱，包含超过556,000个细胞，通过五种不同的数据模式进行分析 | 首次生成了包含多种数据模式的人类扁桃体细胞图谱，识别了121种细胞类型和状态，并定义了发育轨迹 | NA | 生成人类扁桃体细胞图谱，理解其功能单位和细胞类型 | 人类扁桃体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序、表观基因组测序、蛋白质组测序、免疫组库测序、空间转录组学 | NA | 细胞数据 | 超过556,000个细胞 |
| 2262 | 2024-10-28 |
Single-cell RNA sequencing of mid-to-late stage spider embryos: new insights into spider development
2024-Feb-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09898-x
PMID:38326752
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了中晚期蜘蛛胚胎的发育过程 | 首次对中晚期蜘蛛胚胎进行单细胞RNA测序，提供了对蜘蛛发育不同阶段的深入见解 | 仅限于对Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的研究，未涉及其他物种 | 探讨蜘蛛中晚期胚胎的发育过程及其细胞类型和组织的分化 | Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的中晚期胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 中晚期蜘蛛胚胎的单细胞样本 |
| 2263 | 2024-10-28 |
High-throughput identification of the spatial origins of Drosophila optic lobe neurons using single-cell mRNA-sequencing
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.05.578975
PMID:38370610
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研究论文 | 本文通过单细胞mRNA测序技术，识别了果蝇视叶神经元的空间起源 | 本文首次通过单细胞mRNA测序技术，高吞吐量地确定了所有视叶神经元的空间起源，并发现了OPC的两个新空间亚区 | 本文主要集中在视叶神经元的空间起源研究，未涉及其他发育阶段或机制的详细探讨 | 研究果蝇视叶神经元的空间起源及其在发育过程中的基因表达影响 | 果蝇视叶神经元的空间起源及其基因表达 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自不同OPC空间域的细胞 |
| 2264 | 2024-10-28 |
Spatial Transcriptomics Suggests That Alterations Occur in the Preneoplastic Breast Microenvironment of BRCA1/2 Mutation Carriers
2024-02-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0489
PMID:37878345
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研究论文 | 本文利用空间转录组学研究了BRCA1/2突变携带者癌前乳腺微环境中的缺陷和微环境变化 | 首次揭示了BRCA1/2突变携带者癌前乳腺组织中空间定义的受体-配体相互作用，并发现了β1-整合素介导的自分泌信号在BRCA2缺陷乳腺上皮细胞中与BRCA1缺陷细胞的差异 | NA | 研究BRCA1/2突变携带者癌前乳腺微环境中的缺陷和微环境变化 | BRCA1/2突变携带者和非携带者的癌前乳腺组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | BRCA1/2突变携带者和非携带者的癌前乳腺组织样本 |
| 2265 | 2024-10-28 |
Resolving the heterogeneous tumour microenvironment in cardiac myxoma through single-cell and spatial transcriptomics
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1581
PMID:38318640
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术解析心脏粘液瘤的异质性肿瘤微环境 | 首次在单细胞和空间分辨率上全面表征心脏粘液瘤的肿瘤微环境，揭示了粘液瘤肿瘤细胞的分化机制和免疫微环境的特征 | NA | 解析心脏粘液瘤的肿瘤微环境，为开发针对不适合手术患者的新疗法提供依据 | 心脏粘液瘤患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞转录组测序和Visium CytAssist空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 34759个细胞 |
| 2266 | 2024-10-28 |
Sulfotransferase SULT2B1 facilitates colon cancer metastasis by promoting SCD1-mediated lipid metabolism
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1587
PMID:38372484
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研究论文 | 本文研究了硫转移酶SULT2B1在结肠癌转移中的作用及其机制 | 首次揭示了SULT2B1作为结肠癌转移的新型肿瘤标志物，并阐明了其通过促进SCD1介导的脂质代谢促进结肠癌转移的机制 | NA | 探讨硫转移酶SULT2B1在结肠癌转移中的作用及其机制 | 结肠癌细胞及其转移机制 | NA | 结肠癌 | 单细胞测序和蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 2267 | 2024-10-28 |
FAVA: high-quality functional association networks inferred from scRNA-seq and proteomics data
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae010
PMID:38192003
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FAVA的新方法，用于从单细胞RNA测序和蛋白质组学数据中推断高质量的功能关联网络 | FAVA利用变分自编码器将高维数据压缩到低维空间，从而提高了从高维组学数据中推断网络的准确性 | NA | 开发一种新的方法来推断蛋白质功能关联网络，特别是针对研究较少的蛋白质 | 单细胞RNA测序和蛋白质组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | 变分自编码器 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 超过0.5百万个条件，预测了1039个研究较少的蛋白质之间的4210个相互作用 |
| 2268 | 2024-10-28 |
Identifying squalene epoxidase as a metabolic vulnerability in high-risk osteosarcoma using an artificial intelligence-derived prognostic index
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1586
PMID:38372422
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研究论文 | 本研究通过结合10种机器学习算法，建立了一个基于转录组数据预测骨肉瘤患者总体生存率的模型，并发现角鲨烯环氧化酶（SQLE）作为高风险骨肉瘤患者的代谢脆弱点 | 本研究首次将人工智能衍生的预后指数（AIDPI）应用于骨肉瘤患者的分层，并验证了SQLE作为潜在治疗靶点的有效性 | 本研究主要基于转录组数据，未涵盖所有可能的生物标志物和治疗靶点 | 识别新的生物标志物以分层高风险骨肉瘤患者并指导治疗 | 骨肉瘤患者及其转录组、基因组和表观基因组数据 | 机器学习 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习模型 | 转录组数据 | 254个样本 |
| 2269 | 2024-10-28 |
Redefining Mucosal Inflammation with Spatial Genomics
2024-02, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345231216114
PMID:38166489
|
研究论文 | 本文讨论了空间基因组学技术在重新定义黏膜炎症中的作用 | 引入空间转录组学方法，避免了组织样本的解离，保留了细胞间的空间关系 | 讨论了空间测序技术的局限性和未来发展方向 | 探讨空间技术如何帮助我们更好地理解复杂的黏膜系统 | 人类口腔黏膜及其在健康和疾病中的分子和细胞特征 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2270 | 2024-10-28 |
Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.31.578123
PMID:38352551
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，该算法使用了一种新颖的SmoothF1损失函数 | 提出了SmoothF1损失函数，该函数近似F1分数，直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微分性，适用于深度学习训练 | NA | 开发一种自动化的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，减少手动参数调整的需求 | 荧光显微镜图像中的RNA FISH斑点检测 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 深度学习算法 | 图像 | 358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张额外的合成图像 |
| 2271 | 2024-10-28 |
scCensus: Off-target scRNA-seq reads reveal meaningful biology
2024-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.29.577807
PMID:38352549
|
研究论文 | 本文介绍了scCensus，一个用于系统评估和分类scRNA-seq中非目标读取的综合分析工作流程 | scCensus能够揭示非目标读取中包含的关于染色质结构和转录活动的信息，这些信息可以用于跨模态识别相似细胞和改进基因检测 | NA | 研究scRNA-seq数据中的非目标读取，揭示其潜在的生物学意义 | scRNA-seq数据中的非目标读取 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | 七个scRNA-seq数据集 |
| 2272 | 2024-10-28 |
Parameter-Efficient Fine-Tuning Enhances Adaptation of Single Cell Large Language Model for Cell Type Identification
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.27.577455
PMID:38352605
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研究论文 | 本文提出了一种参数高效的微调方法，用于增强单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 引入了两种参数高效的微调策略，专门用于优化单细胞大语言模型，以提高细胞类型识别的性能 | 现有研究指出，单细胞大语言模型在零样本设置下表现不佳 | 克服传统微调方法的局限性，如灾难性遗忘和计算效率低下，提高单细胞大语言模型在细胞类型识别中的适应性 | 单细胞大语言模型在细胞类型识别中的应用 | 自然语言处理 | NA | 参数高效的微调 | 单细胞大语言模型 | 单细胞测序数据 | NA |
| 2273 | 2024-10-28 |
StereoSiTE: a framework to spatially and quantitatively profile the cellular neighborhood organized iTME
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae078
PMID:39452614
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研究论文 | 本文介绍了一种名为StereoSiTE的分析框架，用于空间和定量地分析细胞邻域组织中的肿瘤微环境 | StereoSiTE结合了开源生物信息学工具和自定义算法，能够准确推断细胞邻域内的功能性空间细胞相互作用强度，充分利用空间信息 | NA | 开发一种能够全面利用空间信息的分析框架，以解析肿瘤微环境中的治疗反应机制 | 肿瘤微环境中的细胞邻域和空间细胞相互作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据 | 多个异种移植模型样本 |
| 2274 | 2024-10-28 |
Biomarker discovery in acetaminophen hepatotoxicity: leveraging single-cell transcriptomics and mechanistic insight
2024 Jan-Jun, Expert review of clinical pharmacology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/17512433.2024.2306219
PMID:38217408
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研究论文 | 本文探讨了利用单细胞转录组学和机制研究来发现对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学等方法，识别了新的生物标志物，如CXCL14，并探讨了这些方法在生物标志物发现领域的应用前景 | 尽管识别的生物标志物具有潜力，但仍需进一步验证，特别是需要在大规模队列研究中进行分析 | 识别对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭的预后生物标志物，以确定哪些患者需要肝移植 | 对乙酰氨基酚肝毒性的生物标志物 | NA | 肝损伤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2275 | 2024-10-28 |
RECCIPE: A new framework assessing localized cell-cell interaction on gene expression in multicellular ST data
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1322886
PMID:38327830
|
研究论文 | 介绍了一种名为RECCIPE的新框架，用于评估多细胞ST数据中局部细胞间相互作用对基因表达的影响 | 提出了RECCIPE方法，结合基因表达数据、空间信息和细胞类型组成，在多元回归框架中识别细胞信号相互作用，解决了现有方法在ST数据上多重假设检验问题 | 主要针对多细胞ST数据，未提及单细胞分辨率数据的应用 | 开发一种新方法来评估多细胞系统中细胞间相互作用对基因表达的影响 | 多细胞ST数据中的细胞间相互作用及其对基因表达的影响 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 多元回归 | 基因表达数据 | 使用小鼠阿尔茨海默病模型数据进行验证 |
| 2276 | 2024-10-28 |
Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from pregnant women with Systemic lupus erythematosus
2024, International reviews of immunology
IF:4.3Q2
DOI:10.1080/08830185.2024.2376649
PMID:39066603
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研究论文 | 研究了系统性红斑狼疮孕妇外周血单核细胞的单细胞RNA测序 | 首次揭示了妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞的基因表达差异 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨妊娠期系统性红斑狼疮患者的免疫细胞组成和基因表达特征 | 妊娠期活动性和非活动性系统性红斑狼疮患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12名患者，包括3名活动性非妊娠期患者、3名非活动性非妊娠期患者、3名活动性妊娠期患者和3名非活动性妊娠期患者 |
| 2277 | 2024-10-28 |
Suppression of IL-1β promotes beneficial accumulation of fibroblast-like cells in atherosclerotic plaques in clonal hematopoiesis
2024-Jan, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-023-00405-9
PMID:38362011
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研究论文 | 研究探讨了IL-1β抑制对克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中成纤维细胞样细胞积累的影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了人类颈动脉斑块中炎症小体成分在巨噬细胞中的富集，以及IL-1β受体在成纤维细胞和平滑肌细胞中的富集 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中炎症小体和IL-1β的作用 | 克隆性造血相关动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞、成纤维细胞和平滑肌细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和人类颈动脉斑块样本 |
| 2278 | 2024-10-28 |
B cell phylogenetics in the single cell era
2024-01, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2023.11.004
PMID:38151443
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综述 | 本文综述了如何将B细胞系统发育学与单细胞数据结合以理解免疫反应的现状和潜力 | 本文介绍了单细胞RNA测序与B细胞受体序列配对的新方法，并探讨了其在免疫反应研究中的应用 | NA | 探讨如何结合B细胞系统发育学与单细胞数据以理解免疫反应 | B细胞及其受体序列 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2279 | 2024-10-28 |
Analysis of cell-cell interaction between mural granulosa cells and cumulus granulosa cells during ovulation using single-cell RNA sequencing data of mouse ovary
2024 Jan-Dec, Reproductive medicine and biology
IF:2.7Q2
DOI:10.1002/rmb2.12564
PMID:38361634
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研究论文 | 研究了在小鼠卵巢排卵过程中，壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs）之间的相互作用 | 发现了三个新的相互作用：Ephrins-Ephs通路和Wnt-Lrp6通路从CGCs到MGCs，分别与类固醇生成和脂质运输相关，以及TGF-β-TGFBR1通路从MGCs到CGCs，与透明质酸合成相关 | NA | 研究排卵过程中壁颗粒细胞和卵丘颗粒细胞之间的相互作用 | 小鼠卵巢中的壁颗粒细胞（MGCs）和卵丘颗粒细胞（CGCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠卵巢样本，6小时后eCG-hCG注射 |
| 2280 | 2024-10-27 |
Visualizing Immune Checkpoint Inhibitors Derived Inflammation in Atherosclerosis
2024-Oct-25, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324260
PMID:39328090
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研究论文 | 研究使用放射性示踪剂和正电子发射断层扫描（PET）评估免疫检查点抑制剂治疗后小鼠动脉粥样硬化模型中加重的炎症反应 | 首次使用CCR2靶向放射性示踪剂和PET非侵入性地检测免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中的炎症反应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探索免疫检查点抑制剂治疗后动脉粥样硬化中炎症反应的机制 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 正电子发射断层扫描（PET） | NA | 图像 | Apoe-/-和Ldlr-/-小鼠 |