单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7858 篇文献，本页显示第 2221 - 2240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2221 | 2024-10-29 |
Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis
2024-Oct-17, Viruses
DOI:10.3390/v16101623
PMID:39459954
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研究论文 | 开发了一种激活诱导标记（AIM）检测法，用于识别、分离和后续单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析丙型肝炎病毒（HCV）特异性T细胞 | 使用激活诱导标记（AIM）方法，无需MHC多聚体即可高度敏感地检测稀有的抗原特异性T细胞 | 研究仅基于一个受试者，未来需要在更大样本中验证 | 开发一种新的方法来识别和分离HCV特异性T细胞，并进行单细胞RNA测序分析 | HCV特异性T细胞的识别、分离和单细胞RNA测序分析 | 免疫学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 一个受试者的T细胞 |
| 2222 | 2024-10-29 |
Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.28.569014
PMID:38168452
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研究论文 | 研究了谷胱甘肽在植物再生过程中对细胞周期和细胞重编程的加速作用 | 开发了一套全面的细胞周期阶段标记物，并利用单细胞RNA测序和活体成像技术揭示了谷胱甘肽在细胞重编程中的关键作用 | NA | 探讨细胞周期在细胞重编程中的动态变化 | 拟南芥根部的细胞周期和再生过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序，活体成像 | NA | RNA测序数据，活体成像数据 | 拟南芥根部的多个细胞样本 |
| 2223 | 2024-10-29 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
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研究论文 | 本文开发了适用于猪的单细胞抗原受体测序方法，结合scRNAseq和TCR/BCR序列分析，研究了猪在流感感染后的肺部免疫反应 | 首次在猪中结合scRNAseq和TCR/BCR序列分析，研究了流感感染后的肺部免疫反应 | 仅限于猪模型，未在其他物种中验证 | 研究猪在流感感染后的肺部适应性免疫系统 | 猪的肺部T细胞和B细胞受体 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序（scRNAseq），10x Genomics VDJ测序 | NA | RNA | 来自表达和缺乏特定基因的猪的冷冻肺细胞，以及FACS分选的T细胞 |
| 2224 | 2024-10-29 |
Single-cell and spatial detection of senescent cells using DeepScence
2024-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568150
PMID:38045252
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度神经网络的方法DeepScence，用于在单细胞和空间转录组数据中识别衰老细胞 | DeepScence基于我们精心挑选的衰老相关基因集CoreScence，能够准确识别单细胞和空间转录组数据中的衰老细胞，显著优于现有方法 | NA | 开发一种能够准确识别衰老细胞的方法，以研究其空间和分子特征 | 衰老细胞 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | 深度神经网络 | 单细胞和空间转录组数据 | NA |
| 2225 | 2024-10-29 |
Obesity-Associated Changes in Immune Cell Dynamics During Alphavirus Infection Revealed by Single Cell Transcriptomic Analysis
2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.10.617696
PMID:39416014
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了肥胖与阿尔法病毒感染期间免疫细胞动态变化的关系 | 首次探讨了肥胖对阿尔法病毒感染期间免疫细胞功能的影响，并发现了肥胖小鼠中缺失的一种独特巨噬细胞亚群 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨肥胖对阿尔法病毒感染期间免疫细胞功能的影响 | 肥胖和正常体重小鼠在阿尔法病毒感染期间的免疫细胞动态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 肥胖和正常体重小鼠样本 |
| 2226 | 2024-10-29 |
Integrative Omics Strategies for Understanding and Combating Brown Planthopper Virulence in Rice Production: A Review
2024-Oct-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252010981
PMID:39456764
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综述 | 本文综述了利用整合组学策略理解并对抗褐飞虱对水稻生产的危害 | 整合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，深入理解褐飞虱的生物学特性，并探讨了通过操纵宿主-微生物相互作用来增强植物保护的新机会 | 尚未全面开展利用下一代组学技术对褐飞虱的遗传相互作用和种群动态进行全面研究 | 总结近期利用组学数据对抗褐飞虱的进展和新视角，以开发更可持续的害虫管理策略 | 褐飞虱及其与水稻的相互作用 | NA | NA | 基因组测序、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、单细胞RNA测序、元基因组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA |
| 2227 | 2024-10-29 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Cellular Heterogeneity and Drivers in Serrated Pathway-Driven Colorectal Cancer Progression
2024-Oct-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252010944
PMID:39456726
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了锯齿状病变在结直肠癌进展中的细胞异质性和驱动因素 | 研究样本量有限，可能影响结果的普适性 | 阐明锯齿状病变在结直肠癌进展中的机制 | 正常结肠组织和锯齿状病变组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三份正常结肠组织和十五份锯齿状病变组织 |
| 2228 | 2024-10-29 |
Statistical batch-aware embedded integration, dimension reduction, and alignment for spatial transcriptomics
2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae611
PMID:39400541
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研究论文 | 本文提出了一种分层隐马尔可夫随机场模型STADIA，用于空间转录组学数据的批次效应校正、维度降低和空间域识别 | STADIA模型通过联合建模多个步骤，增强了技术伪影和生物信号之间复杂相互作用的理解，从而提高了结果的准确性和洞察力 | NA | 解决空间转录组学数据中批次效应和空间域识别的问题 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 隐马尔可夫随机场模型 | 基因表达数据 | 五个来自不同物种（人类和老鼠）、不同器官（大脑、皮肤和肝脏）以及不同平台（10x Visium、ST和Slice-seqV2）的数据集 |
| 2229 | 2024-10-29 |
Utilization of Microfluidic Droplet-Based Methods in Diagnosis and Treatment Methods of Hepatocellular Carcinoma: A Review
2024-Sep-25, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15101242
PMID:39457366
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综述 | 本文综述了微流控液滴技术在肝细胞癌诊断和治疗中的应用 | 介绍了微流控液滴技术在肝细胞癌研究中的新应用，如单细胞RNA测序和其他单细胞分析方法 | 微流控技术的应用仍有限，尤其是在肝细胞癌的分子机制研究中 | 探讨微流控液滴技术在肝细胞癌研究中的优势和局限性 | 肝细胞癌的诊断和治疗 | 数字病理学 | 肝癌 | 微流控液滴技术 | NA | 基因组和转录组数据 | 单细胞 |
| 2230 | 2024-10-29 |
An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration
2024-Sep-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014
PMID:38843837
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研究论文 | 本文通过综合单细胞RNA测序、磷酸蛋白质组学、高分辨率活体成像和短期谱系标记与干预，研究了小鼠前脏内胚层迁移的分子基础 | 本文首次揭示了前脏内胚层迁移过程中基因表达的短暂性及其与细胞位置的紧密耦合，并识别了调控前脏内胚层迁移的分子控制器 | NA | 研究小鼠前脏内胚层迁移的分子基础 | 小鼠前脏内胚层及其迁移行为 | NA | NA | 单细胞RNA测序、磷酸蛋白质组学、高分辨率活体成像、短期谱系标记与干预 | NA | RNA序列、磷酸蛋白质数据、活体成像数据 | 小鼠胚胎中的前脏内胚层细胞 |
| 2231 | 2024-10-29 |
CONSORT article: Single-cell sequencing analysis revealed CMKLR1+ macrophage as a subpopulation of macrophage with tumor-suppressive characteristics in oral squamous cell carcinoma
2024-Aug-23, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039399
PMID:39183397
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示了CMKLR1+巨噬细胞作为口腔鳞状细胞癌中具有肿瘤抑制特性的巨噬细胞亚群 | 首次发现CMKLR1+巨噬细胞在口腔鳞状细胞癌中具有抑制肿瘤进展的特性 | 研究基于公共数据库的数据，缺乏临床样本的验证 | 探索口腔鳞状细胞癌中免疫细胞的组成及其在肿瘤抑制中的作用 | 口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤组织中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 基于Gene Expression Omnibus数据库的肿瘤组织样本 |
| 2232 | 2024-10-29 |
Targeting CEBPA to restore cellular identity and tissue homeostasis in pulmonary fibrosis
2024-Jul-16, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175290
PMID:39012710
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研究论文 | 研究通过RNA-Seq数据挖掘和多种实验方法，探讨CEBPA在肺纤维化中的作用及其恢复细胞身份和组织稳态的机制 | 首次揭示CEBPA抑制与AT2细胞身份受损、组织稳态破坏和肺纤维化之间的直接机制联系 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证 | 阐明CEBPA在肺纤维化中的作用及其恢复细胞身份和组织稳态的机制 | CEBPA在肺纤维化中的作用及其对AT2细胞和组织稳态的影响 | NA | 肺纤维化 | RNA-Seq、scRNA-Seq、肺类器官、小分子抑制剂、基因操作 | NA | RNA | 条件性KO小鼠、肺类器官 |
| 2233 | 2024-10-29 |
Single-cell transcriptomics reveal the remodeling landscape of bladder in patients with obstruction-induced detrusor underactivity
2024-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.490
PMID:38414668
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组测序揭示了膀胱在阻塞性逼尿肌活动低下患者中的重塑景观 | 首次构建了阻塞性逼尿肌活动低下的单细胞图谱，揭示了细胞异质性和功能变化 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 揭示逼尿肌活动低下的潜在病理生理机制 | 膀胱功能障碍患者的膀胱细胞 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 69,973个细胞，包括5个对照组和9个患者组 |
| 2234 | 2024-10-29 |
A comparison of marker gene selection methods for single-cell RNA sequencing data
2024-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03183-0
PMID:38409056
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研究论文 | 本文比较了59种用于单细胞RNA测序数据中标记基因选择的计算方法 | 首次全面评估了多种标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的表现 | 仅限于单细胞RNA测序数据，未涵盖其他类型的基因表达数据 | 评估和比较不同标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的性能 | 单细胞RNA测序数据中的标记基因选择方法 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14个真实数据集和超过170个模拟数据集 |
| 2235 | 2024-10-29 |
Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748
PMID:37758326
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研究论文 | 研究通过分子分析预测肝内胆管癌患者对化疗的反应 | 首次通过预处理分子谱预测肝内胆管癌患者对化疗的反应，并揭示了肿瘤与骨髓细胞动态变化对化疗反应的影响 | 需要进一步开发和验证该转录组特征以应用于精准化疗策略 | 研究肝内胆管癌患者在接受化疗后快速进展或长期生存的分子基础 | 肝内胆管癌患者及其诊断活检样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全转录组分析、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一批具有可比基线特征的肝内胆管癌患者 |
| 2236 | 2024-10-29 |
Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.22.576756
PMID:38405830
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研究论文 | 本文开发了一种方法，能够在哺乳动物基因组中多重生成和分析结构变异 | 本文提出了一种基于shuffle cassettes的简单方法，能够多重生成和映射多种主要形式的结构变异，并通过单细胞RNA测序数据进行识别 | 本文仅在概念验证阶段应用于小鼠胚胎干细胞，且诱导的结构变异在细胞群体中随时间迅速减少 | 研究哺乳动物基因组中结构变异的功能后果 | 哺乳动物基因组中的结构变异 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 数千个小鼠胚胎干细胞 |
| 2237 | 2024-10-29 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579839
PMID:38405697
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NCLUSION的无参数聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，能够在聚类的同时选择标记基因 | NCLUSION采用贝叶斯稀疏先验的无穷混合模型，能够在聚类的同时识别标记基因，避免了用户指定的启发式方法和后选择差异表达分析的局限性 | NA | 解决当前单细胞RNA测序数据聚类方法中用户指定启发式和后选择差异表达分析的局限性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无穷混合模型 | 表达数据 | 多达数百万个细胞的数据集 |
| 2238 | 2024-10-29 |
A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD
2024-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07042-7
PMID:38355792
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研究论文 | 本文通过生成诱导多能干细胞衍生的神经干细胞，研究了TDP-43蛋白病变的产生和后果，并揭示了NPTX2在ALS和FTLD中的病理作用 | 首次通过单细胞转录组学揭示了TDP-43过表达神经元中的RNA靶点失调，并发现NPTX2的失调与TDP-43依赖的神经毒性途径有关 | NA | 探索TDP-43蛋白病变的产生和后果，并揭示其在神经退行性疾病中的作用 | 诱导多能干细胞衍生的神经干细胞（iCoMoNSCs）及其在TDP-43过表达条件下的功能和神经毒性 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | NA |
| 2239 | 2024-10-29 |
Established and emerging techniques for the study of microglia: visualization, depletion, and fate mapping
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1317125
PMID:38425429
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综述 | 本文综述了用于研究小胶质细胞的现有和新兴技术，包括可视化、耗竭和命运图谱 | 介绍了用于研究小胶质细胞形态、超微结构和动力学的标记工具和报告模型，以及用于选择性小胶质细胞耗竭和调节的策略 | NA | 旨在全面讨论这些现有和新兴技术，并应用于研究小胶质细胞在发育、稳态和中枢神经系统病理中的作用 | 小胶质细胞及其在中枢神经系统中的功能 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 2240 | 2024-10-29 |
moSCminer: a cell subtype classification framework based on the attention neural network integrating the single-cell multi-omics dataset on the cloud
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17006
PMID:38426141
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研究论文 | 本文介绍了一种基于注意力神经网络的细胞亚型分类框架moSCminer，该框架整合了单细胞多组学数据集 | 首次将三种单细胞多组学数据集（基因表达、DNA甲基化和DNA可及性）整合用于细胞亚型识别，并利用注意力机制学习各组学特征的相对重要性 | NA | 开发一种自动化的计算预测框架，用于从单细胞多组学数据中准确注释细胞亚型 | 单细胞多组学数据集中的细胞亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学测序 | 注意力神经网络 | 多组学数据 | NA |