单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2201	2024-12-16	Multiomics reveals tumor microenvironment remodeling in locally advanced gastric and gastroesophageal junction cancer following neoadjuvant immunotherapy and chemotherapy 2024-Dec-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010041 PMID:39653554	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了局部晚期胃癌和胃食管交界癌在接受新辅助免疫治疗和化疗后肿瘤微环境的动态变化	首次通过多组学分析揭示了新辅助免疫化疗后肿瘤微环境的动态变化，并构建了一个预测主要病理反应的模型	样本量较小，仅基于一个临床试验的数据，可能限制了结果的普适性	探讨新辅助免疫化疗对局部晚期胃癌和胃食管交界癌肿瘤微环境的影响及其机制	局部晚期胃癌和胃食管交界癌患者在接受新辅助免疫化疗前后的肿瘤微环境	数字病理学	胃癌	全外显子测序、全转录组测序、多重免疫荧光和单细胞RNA测序	回归模型	基因组数据、转录组数据、免疫细胞数据	30名患者
2202	2024-12-16	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Pivotal Role of DOCK2 in Sjögren Disease 2024-Dec, ACR open rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1002/acr2.11738 PMID:39382155	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了DOCK2在干燥综合征中的关键作用，并验证了DOCK2抑制剂在SjD小鼠模型中的治疗效果	首次揭示了DOCK2在CD8+ T细胞中的高表达与干燥综合征的关联，并验证了DOCK2抑制剂在缓解疾病症状中的有效性	研究仅在SjD小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证DOCK2抑制剂的疗效	解析干燥综合征唾液腺中的致病细胞群体及其免疫通路，并探索DOCK2作为潜在治疗靶点的可能性	干燥综合征小鼠模型的唾液腺免疫细胞	单细胞组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	干燥综合征小鼠模型的唾液腺免疫细胞
2203	2024-12-16	Impact of Mitophagy-Related Genes on the Diagnosis and Development of Esophageal Squamous Cell Carcinoma via Single-Cell RNA-seq Analysis and Machine Learning Algorithms 2024-Nov-28, Journal of microbiology and biotechnology IF:2.5Q3 DOI:10.4014/jmb.2407.07052 PMID:39344350	研究论文	研究探讨了自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建预测模型	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法构建了基于自噬相关基因的食管鳞状细胞癌预测模型，并验证了PYCARD基因在其中的关键作用	研究主要基于基因数据和机器学习模型，未涉及临床试验验证	探讨自噬相关基因在食管鳞状细胞癌诊断和预后中的作用，提供新的治疗策略	食管鳞状细胞癌及其自噬相关基因	机器学习	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因数据	169个自噬相关基因
2204	2024-12-16	Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response 2024-Nov-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology DOI:10.5152/tjg.2024.24118 PMID:39641225	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序技术揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其对预后和治疗反应的影响	利用单细胞RNA测序技术深入研究肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并探讨其在预后和治疗反应中的作用	对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展、预后和治疗反应中的具体作用理解有限	揭示肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性，并评估其对预后和治疗反应的影响	肝细胞癌的肿瘤免疫微环境异质性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2205	2024-12-16	Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-25, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae023 PMID:38862197	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14名未经治疗的肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织，揭示了肿瘤内异质性，并发现LGALS1+成纤维细胞在促进肝内胆管癌恶性表型中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了LGALS1+成纤维细胞在肝内胆管癌中的特异性作用，并提出了通过阻断LGALS1作为潜在治疗策略的可能性	研究仅在体外和体内模型中验证了LGALS1的沉默效应，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探讨肝内胆管癌肿瘤内异质性及其潜在治疗策略	肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的单细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14名未经治疗的肝内胆管癌患者
2206	2024-12-16	Single-cell RNA-seq Reveals the Inhibitory Effect of Methamphetamine on Liver Immunity with the Involvement of Dopamine Receptor D1 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae060 PMID:39196711	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	首次通过单细胞RNA测序揭示了甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的抑制作用，并发现多巴胺受体D1在其中的调节作用	研究仅限于慢性甲基苯丙胺暴露模型，未探讨急性暴露的影响	探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	肝脏免疫细胞及多巴胺受体D1	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肝脏免疫细胞类型
2207	2024-12-16	A specialized population of monocyte-derived tracheal macrophages promote airway epithelial regeneration through a CCR2-dependent mechanism 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110169 PMID:38993668	研究论文	本文研究了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用，并揭示了CCR2依赖的机制	首次揭示了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其CCR2依赖的招募和激活机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其机制	小鼠气管巨噬细胞及其在气道损伤后的再生作用	NA	NA	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型
2208	2024-12-16	Integration of Pan-Cancer Cell Line and Single-Cell Transcriptomic Profiles Enables Inference of Therapeutic Vulnerabilities in Heterogeneous Tumors 2024-06-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3005 PMID:38581448	研究论文	本文开发了一种名为scIDUC的计算框架，通过整合单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据，预测个体细胞的药物疗效	提出了scIDUC框架，能够高效地将单细胞转录组数据转化为个体细胞的药物反应预测，为异质性肿瘤的治疗提供了新工具	需要进一步验证该框架在更多疾病类型和更大样本量中的适用性和准确性	开发一种能够预测异质性肿瘤中个体细胞药物反应的计算工具	单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗性前列腺癌三种不同疾病的细胞系
2209	2024-12-16	Charting the cellular landscape of pulmonary arterial hypertension through single-cell omics 2024-May-03, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02823-0 PMID:38702687	综述	本文综述了单细胞组学技术，特别是单细胞RNA测序（scRNAseq），如何增强我们对肺动脉高压（PAH）的理解	scRNAseq提供了更精细的视角，详细描述了PAH中的细胞多样性，识别了独特的细胞亚群、基因网络和驱动疾病的分子通路	本文主要讨论了现有研究的结果，未涉及具体的实验数据或方法	探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用及其对疾病理解的影响	肺动脉高压（PAH）的细胞病理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	涉及人类、大鼠和小鼠模型
2210	2024-12-16	CXCR6-positive circulating mucosal-associated invariant T cells can identify patients with non-small cell lung cancer responding to anti-PD-1 immunotherapy 2024-May-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03046-3 PMID:38698468	研究论文	研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的免疫特征及其与抗PD-1免疫治疗疗效的相关性	首次揭示了CXCR6阳性CD8+MAIT细胞在预测NSCLC患者对PD-1免疫治疗反应中的潜在作用	研究样本量较小，需要进一步验证结果的普适性	探讨MAIT细胞在NSCLC中的免疫特征及其与免疫检查点抑制剂治疗疗效的相关性	非小细胞肺癌患者及其对PD-1免疫治疗的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫荧光数据	转移性非小细胞肺癌患者的血液和肺组织样本
2211	2024-12-16	Molecular mechanisms reconstruction from single-cell multi-omics data with HuMMuS 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae143 PMID:38460192	研究论文	本文介绍了一种名为HuMMuS的新方法，用于从单细胞多组学数据中推断调控机制	HuMMuS能够捕捉生物大分子之间的合作，并可以轻松包含额外的分子调控层，这是与现有技术的主要区别	NA	开发一种新方法来推断单细胞多组学数据中的调控机制	单细胞多组学数据中的调控机制	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	多组学数据	小鼠大脑皮层的snmC-seq、scATAC-seq和scRNA-seq数据
2212	2024-12-16	Analyzing scRNA-seq data by CCP-assisted UMAP and tSNE 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311791 PMID:39671349	研究论文	本文研究了如何通过CCP辅助的UMAP和tSNE方法分析scRNA-seq数据，以提高可视化和准确性	本文引入了CCP方法作为UMAP和tSNE的初始化工具，显著提高了这两种降维技术的可视化和准确性	NA	提高scRNA-seq数据分析的准确性和可视化效果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	21个公开数据集
2213	2024-12-15	Dynamic changes in serum adenosine and the adenosine metabolism-based signature for prognosis in HER2-positive metastatic breast cancer patients 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39545 PMID:39669152	研究论文	研究探讨了HER2阳性转移性乳腺癌患者中血清腺苷及其代谢相关标志物在预后中的作用	首次动态监测HER2阳性转移性乳腺癌患者的血清腺苷水平，并验证了其在曲妥珠单抗治疗中的预测价值	研究样本量较小，且仅限于HER2阳性转移性乳腺癌患者	探索腺苷在HER2阳性转移性乳腺癌中的预后意义及其在曲妥珠单抗治疗中的预测作用	HER2阳性转移性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	DESeq2	Cox回归模型	基因表达数据	109名HER2阳性转移性乳腺癌患者
2214	2024-12-15	Cancer specific up-regulated lactate genes associated with immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39491 PMID:39669156	研究论文	本文通过比较TCGA队列中的恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌上调乳酸评分，并评估了其在非小细胞肺癌、转移性肾癌、膀胱癌和黑色素瘤中的免疫治疗效果	首次识别出癌症内在的乳酸特征，并揭示了其与免疫检查点抑制剂抵抗的相关性	研究主要基于TCGA和CPTAC数据集，可能存在数据偏倚；验证性研究仅限于NSCLC队列	识别与免疫治疗抵抗相关的癌症特异性上调乳酸基因，并探讨其潜在机制	非小细胞肺癌、转移性肾癌、膀胱癌和黑色素瘤患者	数字病理学	肺癌	单细胞测序(scRNA-seq)	NA	转录组学和蛋白质组学数据	涉及TCGA、CPTAC以及内部NSCLC队列的多个样本
2215	2024-12-15	A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia 2024-Dec-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92091 PMID:39665620	研究论文	本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经元再生的化合物	利用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子 profiling，筛选并验证了两种促进体内神经发生的化合物	目前该过程的效率有限	提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经元再生能力	小鼠Müller胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	92种化合物
2216	2024-12-15	Multiparameter imaging reveals clinically relevant cancer cell-stroma interaction dynamics in head and neck cancer 2024-Dec-12, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.09.046 PMID:39471809	研究论文	本文报道了一种通过多参数成像量化头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中癌细胞与基质相互作用动态的方法	首次结合细胞状态标记与形态特征，以单细胞分辨率量化HNSCC的表型多样性，并揭示了部分上皮-间充质转化（pEMT）对疾病预后的影响	NA	研究癌细胞与基质相互作用对头颈部鳞状细胞癌表型多样性和临床特征的影响	头颈部鳞状细胞癌中的癌细胞与基质相互作用	数字病理学	头颈部癌症	多参数成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
2217	2024-12-15	Cell type and dynamic state govern genetic regulation of gene expression in heterogeneous differentiating cultures 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100701 PMID:39626676	研究论文	研究探讨了在异质性分化培养物中，细胞类型和动态状态如何调控基因表达的遗传机制	利用异质性分化培养物系统，研究了53个人类供体的单细胞RNA测序数据，揭示了与发育和疾病相关基因的新型调控变异	研究主要集中在体外系统，可能无法完全反映体内复杂的调控机制	探讨人类遗传变异在不同细胞环境中的分子效应，以理解与疾病相关位点的机制	异质性分化培养物中的细胞类型和发育阶段	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	53个人类供体的900,000多个细胞
2218	2024-12-15	Single-Cell RNA-Seq Reveals the Pseudo-temporal Dynamic Evolution Characteristics of ADSCs to Neuronal Differentiation 2024-Dec-11, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01524-y PMID:39661257	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了脂肪来源基质细胞向神经元分化的伪时间动态进化特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了脂肪来源基质细胞向神经元分化的基因表达变化	研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证	揭示脂肪来源基质细胞向神经元分化的基因表达变化	脂肪来源基质细胞及其向神经元分化的过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	共收集了38,453个细胞，分为0-13个簇
2219	2024-12-15	Itaconate Ameliorates Experimental Autoimmune Uveitis by Modulating Teff/Treg Cell Imbalance Via the DNAJA1/CDC45 Axis 2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.14.23 PMID:39661355	研究论文	本研究探讨了衣康酸（ITA）对实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）的影响及其潜在机制，并确定了潜在的治疗靶点	本研究首次揭示了衣康酸通过调节DNAJA1/CDC45轴来改善Teff/Treg细胞失衡，从而减轻EAU的炎症反应	本研究主要基于动物模型，尚未在人体中验证其疗效和安全性	阐明衣康酸对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响及其潜在机制，并确定潜在的治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）及其相关细胞和分子机制	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型和葡萄膜炎患者样本
2220	2024-12-15	Single-cell RNA sequencing reveals the CRTAC1+ population actively contributes to the pathogenesis of spinal ligament degeneration by SPP1+ macrophage 2024-Dec, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14320 PMID:39158018	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CRTAC1+细胞群通过SPP1+巨噬细胞在脊柱韧带退行性变中的致病作用	首次揭示了CRTAC1+软骨细胞样细胞和SPP1+巨噬细胞在脊柱韧带退行性变中的关键作用，并发现了ATF3作为调控CRTAC1软骨细胞样细胞致病性的关键转录因子	研究仅限于特定类型的韧带样本，未来需要进一步验证这些发现是否适用于其他类型的韧带或更广泛的退行性疾病	建立韧带组织的综合转录组图谱，识别韧带退行性变的治疗靶点	脊柱韧带退行性变中的细胞异质性和关键致病机制	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	6个退行性韧带和3个创伤性韧带样本，共32,014个细胞