单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2181	2024-10-30	B-cell depletion limits HTLV-1-infected T-cell expansion and ameliorate HTLV-1-associated myelopathy 2024-Oct, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.52190 PMID:39186315	研究论文	研究B细胞耗竭对HTLV-1感染的T细胞扩展和HTLV-1相关脊髓病的治疗效果	首次提出通过耗竭B淋巴细胞来治疗HTLV-1相关脊髓病，并提供了新的机制解释	研究样本量较小，且仅限于体外实验和观察性分析	探讨B细胞耗竭对HTLV-1相关脊髓病患者的治疗效果及其机制	HTLV-1相关脊髓病患者及其免疫微环境	NA	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA	14名HTLV-1相关脊髓病患者参与临床试验
2182	2024-10-30	DrugFormer: Graph-Enhanced Language Model to Predict Drug Sensitivity 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405861 PMID:39206872	研究论文	提出了一种名为DrugFormer的新型图增强语言模型，用于预测药物敏感性	DrugFormer整合了序列化的基因标记和基于基因的知识图谱，以提高药物反应预测的准确性	NA	解决药物抗性问题，提高化疗和靶向治疗的响应率	多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据	机器学习	血液肿瘤	scRNA-seq	语言模型	单细胞数据	多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞数据
2183	2024-10-30	scDRMAE: integrating masked autoencoder with residual attention networks to leverage omics feature dependencies for accurate cell clustering 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae599 PMID:39404795	研究论文	本文提出了一种基于掩码自编码器和残差注意力网络的细胞聚类模型scDRMAE，用于整合多组学数据并准确进行细胞聚类	scDRMAE通过掩码机制有效学习不同特征之间的关系，并通过注意力机制动态调整不同组学数据的权重，从而在多组学数据中实现更准确的细胞聚类	NA	克服单组学数据信息不足的限制，通过整合多组学数据进行细胞聚类	单细胞测序数据中的细胞聚类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	掩码自编码器（Masked Autoencoder）和残差注意力网络（Residual Attention Networks）	多组学数据	15个多组学数据集
2184	2024-10-30	A multi-modality and multi-granularity collaborative learning framework for identifying spatial domains and spatially variable genes 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae607 PMID:39418177	研究论文	本文提出了一种多模态和多粒度协同学习框架，用于识别空间域和空间变异基因	通过掩蔽部分基因表达数据来减轻模态偏差的影响，使用共享图卷积网络整合基因和图像特征，并采用图自监督学习处理特征融合中的噪声	NA	准确识别空间域和空间变异基因，以理解组织结构和生物功能	空间域和空间变异基因	机器学习	NA	图卷积网络	图卷积网络	多模态数据（基因表达、空间上下文、组织学图像）	NA
2185	2024-10-30	A Single-Cell Atlas of the Substantia Nigra Reveals Therapeutic Effects of Icaritin in a Rat Model of Parkinson's Disease 2024-Sep-30, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox13101183 PMID:39456437	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术揭示了黑质中的细胞多样性，并探讨了黄酮类化合物icariin在帕金森病大鼠模型中的治疗效果	首次在帕金森病大鼠模型中识别出一种新的细胞亚型——突触丰富的细胞（SRCs），并发现icariin能够改善SRCs与其他细胞群的紧密相互作用，具有抗神经炎症、抗氧化和免疫改善作用	研究仅限于大鼠模型，尚未在人类中验证icariin的治疗效果	探讨帕金森病中黑质细胞的多样性及其在疾病中的作用，并评估icariin作为潜在治疗药物的效果	帕金森病大鼠模型中的黑质细胞	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	帕金森病大鼠模型中的黑质细胞
2186	2024-10-30	Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders 2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.22.613714 PMID:39386736	研究论文	研究探讨了胰腺癌中三级淋巴结构与免疫治疗反应者的关系及其在肿瘤微环境中的空间关系	首次通过空间多组学技术揭示了胰腺癌中三级淋巴结构与免疫治疗反应者的关系，并分析了其在肿瘤微环境中的空间特征	研究样本量较小，仅涵盖26个胰腺癌肿瘤样本	探讨胰腺癌中三级淋巴结构与免疫治疗反应者的关系及其在肿瘤微环境中的空间特征	胰腺癌肿瘤样本及其在免疫治疗中的反应	数字病理学	胰腺癌	空间多组学技术	机器学习模型	图像和基因表达数据	26个胰腺癌肿瘤样本
2187	2024-10-30	Revolutionizing soybean genomics: How CRISPR and advanced sequencing are unlocking new potential 2024-Sep-03, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01435-7 PMID:39223394	研究论文	本文探讨了CRISPR和高级测序技术如何革新大豆基因组学，推动大豆遗传改良	利用CRISPR-Cas9基因编辑技术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）等先进技术，实现了对大豆基因组的精确修改和深入研究	NA	探索大豆基因组学的革新方法，推动大豆遗传改良	大豆（Glycine max L.）的基因组和遗传改良	基因组学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	涉及野生和栽培大豆的基因组数据
2188	2024-10-29	Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00885-8 PMID:39464736	研究论文	本研究利用机器学习算法和生物信息学分析，识别用于区分寨卡病毒和登革病毒感染的基因生物标志物	本研究首次使用机器学习算法和生物信息学分析，识别出10个基因生物标志物，用于区分寨卡病毒和登革病毒感染	本研究的结果需要进一步的实验验证	识别用于区分寨卡病毒和登革病毒感染的基因生物标志物，以改进诊断方法	寨卡病毒和登革病毒感染	机器学习	NA	单细胞RNA测序	逻辑回归、支持向量机、随机森林、决策树	基因表达数据	GSE110496数据集中的24小时时间点的单细胞RNA测序数据
2189	2024-10-30	A review on advancements in feature selection and feature extraction for high-dimensional NGS data analysis 2024-Aug-19, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01415-x PMID:39158621	综述	本文综述了用于高维NGS数据分析的特征选择和特征提取技术的最新进展	本文系统比较了各种统计学、机器学习和深度学习方法在NGS和微阵列数据解释中的应用	本文主要关注技术综述，未提供具体实验验证	探讨如何通过特征选择和特征提取技术提高高维NGS数据的分析效率和模型性能	NGS和微阵列数据	机器学习	NA	NGS	NA	基因组学、转录组学、蛋白质组学和宏基因组学数据	NA
2190	2024-10-30	Precision oncology in neurofibromatosis type 1: quantification of differential sensitivity to selumetinib in plexiform neurofibromas using single-cell RNA sequencing 2024-Aug, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-024-04711-5 PMID:38739187	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术量化了神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib的差异敏感性	首次使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上量化药物反应，揭示了selumetinib在神经纤维瘤1型中的差异敏感性	样本量较小，仅包括七个丛状神经纤维瘤	验证单细胞RNA测序技术在量化神经纤维瘤1型中丛状神经纤维瘤对selumetinib敏感性方面的应用	神经纤维瘤1型中的丛状神经纤维瘤	数字病理学	神经纤维瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七个丛状神经纤维瘤，共658个Schwann细胞（中位数）
2191	2024-10-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文介绍了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合图像和分子数据进行空间转录组学分析	iIMPACT方法通过结合AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间上下文，识别和定义基于组织学的空间域，并检测域特异性差异表达基因	NA	提高空间转录组数据聚类分析的准确性和可解释性	空间转录组数据和组织学图像	数字病理学	NA	AI重建技术	NA	图像和基因表达数据	多个案例研究
2192	2024-10-30	EmptyDropsMultiome discriminates real cells from background in single-cell multiomics assays 2024-05-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03259-x PMID:38741206	研究论文	本文开发了一种名为EmptyDropsMultiome的方法，用于区分单细胞多组学测序中的真实细胞和背景	EmptyDropsMultiome在统计能力和准确性上优于现有的方法，如CellRanger-arc和EmptyDrops	NA	开发一种新的方法来提高单细胞多组学测序中真实细胞的识别率	单细胞多组学测序中的真实细胞和背景	数字病理学	NA	scATAC-seq和scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2193	2024-10-30	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-May-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	研究论文	本研究通过单细胞水平分析比较了人体外周动脉和静脉的细胞重塑潜力	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了两者在重塑过程中的显著差异	研究样本仅来自30名器官捐赠者，可能存在样本量不足的问题	探讨动脉和静脉在重塑过程中的生物学差异，为抗狭窄疗法的开发提供依据	人体外周动脉和静脉的细胞组成和重塑潜力	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质组学数据、流式细胞术数据、组织学数据	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉
2194	2024-10-30	scLENS: data-driven signal detection for unbiased scRNA-seq data analysis 2024-Apr-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47884-3 PMID:38678050	研究论文	本文开发了一种名为scLENS的降维工具，用于无偏差的单细胞RNA测序数据分析	scLENS通过L2归一化解决了对数归一化过程中的信号失真问题，并利用随机矩阵理论和信号鲁棒性测试实现了数据驱动的信号维度确定	NA	解决单细胞RNA测序数据分析中的信号失真和用户偏差问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2195	2024-10-30	Proneural-mesenchymal antagonism dominates the patterns of phenotypic heterogeneity in glioblastoma 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109184 PMID:38433919	研究论文	研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）表型异质性的分子亚型及其相互关系	通过基因和基因签名的成对相关性分析，揭示了GBM中proneural和mesenchymal亚型之间的主要对抗关系，并提出了重新思考GBM表型特征化的建议	NA	探讨胶质母细胞瘤表型异质性的分子亚型及其相互关系	胶质母细胞瘤（GBM）的表型异质性及其分子亚型	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过100个单细胞和bulk转录组数据集
2196	2024-10-30	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-Mar-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本文开发了一种Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的不可或缺的作用	首次建立了Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型，并揭示了SON基因在器官发育和造血中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	研究SON基因在器官发育和造血中的作用，并开发一种罕见疾病的研究工具	Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型及其在器官发育和造血中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	Son+/−小鼠
2197	2024-10-30	Unraveling the role of M1 macrophage and CXCL9 in predicting immune checkpoint inhibitor efficacy through multicohort analysis and single-cell RNA sequencing 2024-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.471 PMID:38434763	研究论文	研究探讨了M1巨噬细胞和CXCL9在预测免疫检查点抑制剂疗效中的作用，通过多队列分析和单细胞RNA测序进行了综合分析	开发了一种基于M1巨噬细胞、CXCL9和APOBEC3G相关基因的多层次注意力图神经网络模型，用于预测免疫检查点抑制剂的疗效	NA	探讨M1巨噬细胞和CXCL9在预测免疫检查点抑制剂疗效中的作用	M1巨噬细胞、CXCL9和APOBEC3G在免疫检查点抑制剂疗效预测中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	多层次注意力图神经网络	基因表达数据	多队列样本
2198	2024-10-30	RNA-seq analysis reveals prenatal alcohol exposure is associated with placental inflammatory cells and gene expression 2024-Feb-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.147951 PMID:37918548	研究论文	研究探讨了孕期酒精暴露对胎盘细胞类型组成和基因表达的影响	首次利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型反卷积分析，探讨了孕期酒精暴露对胎盘细胞类型组成的影响	研究样本量有限，且仅限于南非开普敦的一个前瞻性出生队列	探讨孕期酒精暴露对胎盘细胞类型组成和基因表达的影响	胎盘细胞类型组成和基因表达	基因组学	胎儿酒精谱系障碍	单细胞RNA测序	线性回归模型	RNA-seq数据	35名重度饮酒孕妇和33名对照组孕妇的胎盘样本
2199	2024-10-30	Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer 2024-Feb, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.7053 PMID:38426622	综述	本文综述了乳腺组织和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常乳腺发育和癌症进展中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在正常乳腺和乳腺癌组织中的细微异质性	NA	探讨巨噬细胞在乳腺发育和乳腺癌中的异质性及其潜在的治疗靶点	乳腺组织中的常驻巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
2200	2024-10-30	SAW: an efficient and accurate data analysis workflow for Stereo-seq spatial transcriptomics 2024, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.111 PMID:38434930	研究论文	本文介绍了一种高效且准确的空间转录组数据分析工作流程SAW，用于处理Stereo-seq技术生成的大规模数据	开发了名为Stereo-seq分析工作流程（SAW）的高性能和准确的空间转录组数据分析工具，显著提高了处理速度和效率	NA	提高空间转录组数据分析的效率和准确性	空间转录组数据分析中的基因表达信息	生物信息学	NA	空间转录组技术（Stereo-seq）	NA	转录组数据	1 GB reads 1 × 1 cm芯片测试数据