单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7464 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2025-10-16 |
scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics
2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.24.614685
PMID:39386549
|
研究论文 | 开发了一种基于Transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示 | 提出创新的分箱策略整合多平台数据，同时保留基因表达层次和细胞类型特异性，在批次整合、聚类和细胞类型注释等下游任务中表现优于现有模型 | NA | 从大规模单细胞转录组数据中挖掘复杂的基因-基因关系 | 单细胞转录组数据中的基因表达模式 | 自然语言处理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞转录组数据 | 超过3000万个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 202 | 2025-10-16 |
Cortical somatostatin long-range projection neurons and interneurons exhibit divergent developmental trajectories
2024-Feb-21, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.013
PMID:38086373
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了小鼠大脑皮层中表达生长抑素的抑制性神经元在发育过程中的分化轨迹 | 首次发现SST+抑制性神经元在胚胎阶段就分为长程投射神经元和两种中间神经元类型，并遵循不同的发育轨迹 | 研究仅针对小鼠模型，且中间神经元的多样性可能在出生后早期继续完善 | 探究大脑皮层抑制性神经元的发育多样性和分化机制 | 小鼠大脑皮层中表达生长抑素(SST+)的抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 203 | 2025-10-15 |
Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2024-Dec-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1
PMID:39764102
|
研究论文 | 开发了一种无监督多尺度聚类方法，用于识别单细胞转录组数据中的细胞类型和亚型层次结构 | 构建稀疏细胞-细胞相关性网络，以无监督方式在多尺度分辨率下识别细胞类型和亚型 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中的细胞聚类方法，以揭示更精细的细胞景观结构 | 单细胞转录组数据中的细胞类型和亚型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度聚类 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 204 | 2025-10-15 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术验证了骨髓微环境中不同空间区室对炎症的反应差异 | 首次结合scRNA-seq和流式细胞术系统验证了骨髓中央区和骨内膜区7个关键基质细胞群体，并揭示了I型干扰素反应特异性影响中央区基质细胞的炎症表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类骨髓微环境的可比性仍需验证 | 探究炎症对造血干细胞和骨髓微空间区室的调控机制 | 小鼠骨髓中的造血干细胞/祖细胞（HSPC）和基质细胞 | 单细胞生物学 | 炎症性疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 多个小鼠品系的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 205 | 2025-10-15 |
FlyBase: updates to the Drosophila genes and genomes database
2024-05-07, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyad211
PMID:38301657
|
研究论文 | 介绍果蝇数据库FlyBase的最新开发进展和功能更新 | 新增单细胞RNA测序数据、改进功能信息展示、更新直系同源分析流程、新增化学报告功能以及加强科普资源 | NA | 维护和更新果蝇基因组数据库资源 | 黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)基因和基因组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、功能注释数据、化学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 206 | 2025-10-12 |
CITEViz: interactively classify cell populations in CITE-Seq via a flow cytometry-like gating workflow using R-Shiny
2024-Apr-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05762-1
PMID:38566005
|
研究论文 | 开发了一个名为CITEViz的R-Shiny应用，用于通过流式细胞术样门控工作流程交互式分类CITE-Seq数据中的细胞群体 | 首个能够处理多组学测序数据集并允许用户交互式门控细胞的工具，无需编写冗余代码指定门边界 | 仅适用于经过Seurat处理的CITE-Seq数据，功能相对基础 | 简化CITE-Seq数据中的细胞群体分类流程 | 外周血单个核细胞CITE-Seq数据集 | 生物信息学 | NA | CITE-Seq, 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, CITE-Seq | NA | NA |
| 207 | 2025-10-12 |
Programmed Death Ligand 1-Expressing Macrophages and Their Protective Role in the Joint During Arthritis
2024-Apr, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42749
PMID:37997621
|
研究论文 | 本研究探讨了表达程序性死亡配体1的巨噬细胞在关节炎中对关节的保护作用 | 首次揭示PD-L1+巨噬细胞通过表达MerTK和IL-10在关节炎中发挥保护作用，并在人类和小鼠滑膜中得到验证 | 研究主要基于胶原诱导性关节炎小鼠模型，人类样本验证仍需扩展 | 研究PD-L1在滑膜中的保护作用及其在关节炎中的机制 | 小鼠模型和人类滑膜组织 | 免疫学 | 关节炎 | 流式细胞术, 逆转录聚合酶链反应, 单细胞RNA测序 | 胶原诱导性关节炎小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 小鼠模型和人类滑膜样本（健康个体和类风湿关节炎患者） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 208 | 2025-10-11 |
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.07.617088
PMID:39416029
|
研究论文 | 开发了针对10x Visium数据的全自动图像处理工具Vispro，用于改善空间转录组学图像分析 | 首个针对Visium数据的端到端全自动图像处理工具，集成了四个关键模块：基准标记检测、基准标记去除与图像修复、组织区域检测和分离组织区域分割 | 仅针对10x Visium平台数据开发，未验证在其他空间转录组技术上的适用性 | 解决空间转录组学图像分析中基准标记和背景区域带来的挑战 | 空间转录组学组织图像 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 209 | 2025-10-10 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma
2024-10-31, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14111394
PMID:39595571
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现DNMT3B和PFKFB4基因表达与肝母细胞瘤转移特性相关 | 首次将代谢酶表达谱与肝母细胞瘤转移风险相关联，并开发了基于DNMT3B和PFKFB4表达的代谢评分系统 | 研究基于公共数据集GSE131329，样本量有限，需要进一步实验验证 | 识别与肝母细胞瘤转移相关的代谢酶生物标志物 | 肝母细胞瘤肿瘤组织与非癌肝组织 | 生物信息学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，机器学习 | ElasticNet，逻辑回归 | 转录组数据 | GSE131329数据集中的肝母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 210 | 2025-10-08 |
Dynamic cell fate plasticity and tissue integration drive functional synovial joint regeneration
2024-Dec-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.12.628180
PMID:39713398
|
研究论文 | 本研究通过建立成年斑马鱼单侧全关节切除模型，揭示了关节组织再生的细胞来源和分子机制 | 首次在成年脊椎动物中实现功能性滑膜关节的完全再生，并鉴定出神经嵴来源的多能细胞群体作为再生细胞来源 | 研究仅限于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性尚需验证 | 探索刺激天然滑膜关节组织再生的机制 | 成年斑马鱼的滑膜关节 | 发育生物学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序, 克隆谱系追踪, 显微CT, 组织学分析, 活体成像 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 组织学数据 | 成年斑马鱼关节切除模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 211 | 2025-10-08 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
|
研究论文 | 本研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学揭示了心包膜在斑马鱼心脏形成过程中的独立发育起源 | 首次发现心包膜起源于侧板中胚层中独立于经典心区的特定前部间皮祖细胞，并揭示了其与心肌细胞谱系分离的发育过程 | 研究主要基于斑马鱼模型，哺乳动物中的验证仍需进一步研究 | 探究心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | 斑马鱼胚胎、哺乳动物模型、新生大鼠 | 发育生物学 | 小儿扩张型心肌病 | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、原子力显微镜 | 机器学习辅助细胞追踪 | 图像、转录组数据 | 斑马鱼胚胎和新生大鼠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 212 | 2025-10-08 |
TRPC3 suppression ameliorates synaptic dysfunctions and memory deficits in Alzheimer's disease
2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.16.611061
PMID:39345364
|
研究论文 | 本研究通过抑制TRPC3通道改善阿尔茨海默病中的突触功能障碍和记忆缺陷 | 首次发现TRPC3在AD兴奋性神经元中特异性上调，并鉴定出有效抑制剂JW-65，揭示其通过调节钙稳态发挥神经保护作用的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验验证 | 探索TRPC3通道在阿尔茨海默病发病机制中的作用及治疗潜力 | AD患者脑组织、AD小鼠模型、大鼠海马神经元 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、功能筛选、RNA测序 | NA | 基因表达数据、电生理数据、行为学数据 | AD患者队列、急性和慢性AD小鼠模型、培养的大鼠海马神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 213 | 2025-10-08 |
HIV-1 control in vivo is related to the number but not the fraction of infected cells with viral unspliced RNA
2024-Sep-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405210121
PMID:39190360
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序方法比较HIV控制者与非控制者外周血单个核细胞中携带未剪接HIV RNA的感染细胞比例 | 首次使用灵敏定量的单细胞测序方法直接验证HIV控制者病毒控制机制，发现病毒控制与感染细胞总数而非未剪接RNA表达比例相关 | 研究样本仅限外周血单个核细胞，未涉及其他组织部位；机制分析主要基于相关性而非因果验证 | 探究HIV控制者病毒控制的关键机制，特别是未剪接HIV RNA在感染细胞中的表达特征 | HIV控制者和非控制者的外周血单个核细胞 | 传染病学 | HIV/AIDS | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | HIV控制者和非控制者的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 214 | 2025-10-08 |
Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic
2024-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.04.592534
PMID:38765980
|
研究论文 | 开发了一种名为seismic的新框架，用于整合单细胞RNA测序与全基因组关联研究，以揭示复杂性状与细胞类型之间的关联 | 提出了一种新的特异性评分来表征细胞类型，能够系统、可扩展且可解释地识别疾病-细胞类型关联 | NA | 揭示复杂性状和疾病的细胞类型特异性生物学过程 | 28种复杂性状和超过1,000种不同粒度级别的细胞类型表征 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究 | seismic框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 215 | 2025-10-07 |
FOXP Genes Regulate Purkinje Cell Diversity in Cerebellar Development and Evolution
2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622485
PMID:39574602
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了FOXP基因在调控小脑浦肯野细胞多样性中的关键作用 | 首次在小鼠胚胎小脑中鉴定出11种浦肯野细胞亚型，并开发了新的无监督方法进行三维空间定位 | 研究主要基于小鼠模型，人类和小鸡样本的比较分析相对有限 | 探究小脑发育过程中浦肯野细胞多样性的分子调控机制 | 小鼠、人类和小鸡的小脑浦肯野细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督学习方法 | 单细胞转录组数据 | 胚胎小鼠小脑浦肯野细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 216 | 2025-10-06 |
Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis
2024-12-31, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae215
PMID:39365752
|
研究论文 | 本研究揭示了细胞通讯网络因子2在调控平滑肌细胞转分化和动脉粥样硬化脂质积累中的保护作用 | 首次发现SMC特异性CCN2缺失通过调控内质网应激、内吞作用和脂质积累机制促进动脉粥样硬化发展 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明CCN2在动脉粥样硬化中调控平滑肌细胞可塑性的功能和机制 | 人类和小鼠的血管平滑肌细胞 | 细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | 可诱导小鼠SMC CCN2缺失模型 | 基因表达数据 | 人类和小鼠动脉粥样硬化样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 217 | 2025-10-06 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
|
研究论文 | 本研究通过统计物理学方法分析海鞘胚胎单细胞测序数据，识别基因表达的集体模式 | 利用自然变异和统计物理建模技术，首次在完整互连胚胎水平研究发育过程，推断细胞间相互作用网络 | 研究基于海鞘胚胎数据，结果在其他生物系统中的普适性需要进一步验证 | 研究胚胎发育过程中基因表达的集体协调机制 | 早期海鞘胚胎细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序 | 统计物理模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 218 | 2025-10-05 |
Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease
2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.09.627436
PMID:39713353
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于细胞类型特异性网络的阿尔茨海默病联合疗法发现方法 | 首次将单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录整合，开发细胞类型特异性多靶点药物发现策略 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证 | 开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向联合疗法 | 阿尔茨海默病小鼠模型、神经元和胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、临床记录 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 219 | 2025-10-05 |
Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells
2024-Oct-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006
PMID:39232559
|
研究论文 | 本研究揭示了炎症通过代谢重编程诱导肠道干细胞表观遗传印记并影响其再生能力的机制 | 首次发现炎症暴露导致Lgr5肠道干细胞发生琥珀酸积累驱动的表观遗传重编程，并证明这种改变具有持久性 | 研究主要基于急性胃肠道移植物抗宿主病模型，其他炎症模型的普适性需要进一步验证 | 探究炎症暴露对肠道干细胞的适应性影响及其持久性效应 | Lgr5肠道干细胞 | 表观遗传学 | 胃肠道移植物抗宿主病 | 单细胞转录组测序, 表观基因组分析, 代谢分析, 类器官培养, 体内移植 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据, 代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 220 | 2025-10-05 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598484
PMID:38915481
|
研究论文 | 提出一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个转录组研究时检测多类别生物标志物 | 首次从信息论角度提出能够处理多类别设计的生物标志物检测方法，突破了现有方法仅限于两类别场景的限制 | NA | 开发一种能够整合多个组学研究并检测具有一致多类别表达模式的生物标志物的统计方法 | 转录组数据中的生物标志物 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 互信息统计框架 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |