单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2161	2024-10-30	IRescue: uncertainty-aware quantification of transposable elements expression at single cell level 2024-Oct-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae793 PMID:39271103	研究论文	本文介绍了一种名为IRescue的软件，用于在单细胞水平上量化转座元件的表达	IRescue软件结合了独特的UMI去重算法和期望最大化过程，有效纠正测序错误并重新分配多重映射读数的计数	NA	研究转座元件在不同组织中的细胞多样性及其在疾病进展中的潜在作用	转座元件在单细胞水平上的表达	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	包括来自人类结直肠癌、脑部、皮肤老化和SARS-CoV-2感染及恢复期间的PBMCs的单细胞和细胞核RNA-seq数据
2162	2024-10-30	Non-glycanated ΔDCN isoform in muscle invasive bladder cancer mediates cancer stemness and gemcitabine resistance 2024-Oct-28, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-00998-8 PMID:39466536	研究论文	研究了非糖基化ΔDCN异构体在肌肉浸润性膀胱癌中的作用及其对癌症干细胞和吉西他滨耐药性的影响	首次揭示了非糖基化ΔDCN异构体在膀胱癌干细胞中的存在及其对癌症干细胞特性和吉西他滨化疗耐药性的影响	研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验数据支持	探讨DCN在肌肉浸润性膀胱癌中的调控作用及其对膀胱癌干细胞的影响机制	膀胱癌干细胞和肌肉浸润性膀胱癌	数字病理学	膀胱癌	scRNA-seq、流式细胞术、CCK8和Sphere形成实验	NA	基因表达数据、临床病理特征和生存数据	来自TCGA和GEO的数据，包括临床组织样本和膀胱癌细胞系
2163	2024-10-30	scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention 2024-Oct-28, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174 PMID:39466872	研究论文	提出了一种基于移位窗口注意力机制的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet	首次使用预训练的移位窗口注意力模型对单细胞RNA测序数据进行细胞类型注释，无需先验知识且无需手动注释	NA	提高单细胞RNA测序数据细胞类型注释的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	移位窗口注意力模型	基因数据	399,760个来自人和小鼠组织的细胞
2164	2024-10-30	Impact of potential biomarkers, SNRPE, COX7C, and RPS27, on idiopathic Parkinson's disease 2024-Oct-28, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-024-01591-x PMID:39467967	研究论文	研究探讨了SNRPE、COX7C和RPS27基因在特发性帕金森病中的潜在生物标志物作用	首次通过生物信息学方法分析了全血样本中的差异表达基因和通路，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别出可能影响特发性帕金森病的枢纽基因	研究仅基于全血样本，未涉及其他组织或细胞类型	识别适用于特发性帕金森病的关键基因和分子机制	特发性帕金森病患者全血样本中的差异表达基因和通路	NA	帕金森病	基因表达分析、基因本体论分析、京都基因与基因组百科全书通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、甲基化数据、微小RNA表达数据	特发性帕金森病患者全血样本
2165	2024-10-30	Caerin 1.1 and 1.9 peptides halt B16 melanoma metastatic tumours via expanding cDC1 and reprogramming tumour macrophages 2024-Oct-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05763-x PMID:39468595	研究论文	研究了caerin 1.1和1.9肽在B16黑色素瘤模型中通过扩增cDC1和重编程肿瘤相关巨噬细胞来抑制转移性肿瘤的潜力	结合免疫疗法，caerin 1.1和1.9肽能够有效调节原发和继发性肿瘤的微环境，减少肿瘤生长并增强系统性免疫	NA	探讨caerin 1.1和1.9肽在B16黑色素瘤模型中与免疫疗法结合的治疗潜力	B16黑色素瘤模型中的肿瘤生长和转移	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2166	2024-10-30	Integrated analysis of bulk and single-cell RNA sequencing reveals the impact of nicotinamide and tryptophan metabolism on glioma prognosis and immunotherapy sensitivity 2024-Oct-28, BMC neurology IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12883-024-03924-5 PMID:39468708	研究论文	本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，探讨了烟酰胺和色氨酸代谢对胶质瘤预后和免疫治疗敏感性的影响	首次全面评估了烟酰胺和色氨酸代谢对胶质瘤预后和肿瘤免疫微环境的影响，并开发了相关模型用于预测胶质瘤的预后和免疫治疗敏感性	研究主要基于TCGA、CGGA和GSE159416的数据，体外实验验证范围有限	探讨烟酰胺和色氨酸代谢与胶质瘤预后及免疫状态的关系，并开发预测模型	胶质瘤患者的批量和单细胞RNA测序数据	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	LASSO回归	转录组数据	TCGA、CGGA和GSE159416的数据
2167	2024-10-30	Comprehensive analysis of clinical features, mRNA splicing, and immunological role of REEP5 in esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-77631-z PMID:39463444	研究论文	本文综合分析了REEEP5在食管鳞状细胞癌中的临床特征、mRNA剪接和免疫学作用	首次全面探讨了REEEP5在食管鳞状细胞癌中的生物学功能及其在肿瘤微环境中的作用，并验证了其在肿瘤和非肿瘤组织中的表达差异	研究样本量相对较小，且仅限于食管鳞状细胞癌，可能限制了结果的普适性	探讨REEEP5在食管鳞状细胞癌中的生物学功能及其在肿瘤微环境中的作用	REEEP5在食管鳞状细胞癌中的表达及其与临床特征、mRNA剪接和免疫反应的关系	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	272名食管鳞状细胞癌患者
2168	2024-10-30	Multiple cell types including melanocytes contribute to elastogenesis in the developing murine aortic valve 2024-10-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73673-5 PMID:39461968	研究论文	研究探讨了小鼠主动脉瓣发育过程中弹性纤维的生成机制，发现多种细胞类型包括黑色素细胞参与其中	首次揭示了黑色素细胞在小鼠主动脉瓣弹性纤维生成中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，未来需进一步验证在人类中的适用性	探讨主动脉瓣发育过程中弹性纤维的生成机制	小鼠主动脉瓣中的弹性纤维生成	NA	NA	空间转录组学和RT-qPCR	NA	基因表达数据	小鼠模型
2169	2024-10-30	Profiling the transcriptomic age of single-cells in humans 2024-Oct-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07094-5 PMID:39462118	研究论文	本文利用scRNA-seq数据开发单细胞转录组时钟，预测人类血液细胞的年龄	首次在人类中开发单细胞转录组时钟，填补了单细胞水平上人类细胞年龄预测的空白	研究仅限于血液细胞，且样本量相对较小	开发单细胞转录组时钟，预测人类细胞的年龄	人类血液细胞	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	1,058,909个血液细胞，来自508名健康捐赠者（年龄范围19至75岁）
2170	2024-10-30	Shrinkage estimation of gene interaction networks in single-cell RNA sequencing data 2024-Oct-26, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05946-9 PMID:39462345	研究论文	本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据的稀疏逆协方差矩阵估计框架，以捕捉基因之间的直接功能相互作用	提出了基于负二项分布的零膨胀模型，增强了稀疏方法在零膨胀数据中的性能，同时不影响非零膨胀计数数据	NA	分析单细胞RNA测序数据中的基因相互作用网络	单细胞RNA测序数据中的基因相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏逆协方差矩阵估计	基因表达数据	NA
2171	2024-10-30	The development of the occurrence and metastasis of breast cancer by single-cell sequencing 2024-Oct-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03531-x PMID:39462368	综述	本文综述了单细胞测序技术在乳腺癌发生和转移中的应用	介绍了单细胞测序技术在发现乳腺癌分子亚群、疾病发展和多种机制中的应用	未提及具体的研究局限性	探讨单细胞测序技术在乳腺癌综合治疗中的新思路	乳腺癌的发生和转移机制	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因结构和表达水平数据	未提及具体样本数量
2172	2024-10-30	Endothelial KLF11 is a novel protector against diabetic atherosclerosis 2024-Oct-26, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02473-y PMID:39462409	研究论文	研究探讨了内皮细胞中的KLF11因子在糖尿病性动脉粥样硬化中的保护作用	首次揭示了KLF11在糖尿病性动脉粥样硬化中的保护作用	研究仅在特定的小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨KLF11在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用及其潜在的治疗应用	内皮细胞中的KLF11因子及其在糖尿病性动脉粥样硬化中的作用	心血管疾病	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	内皮特异性KLF11转基因和敲除小鼠
2173	2024-10-30	Identification of molecular subtypes based on bile acid metabolism in cholangiocarcinoma 2024-Oct-25, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13081-0 PMID:39455933	研究论文	本研究基于胆汁酸代谢特征对胆管癌进行分子亚型分类	建立了基于胆汁酸代谢的胆管癌新分类方法，并验证了其在预测肿瘤微环境和预后中的重要性	NA	研究胆汁酸代谢在胆管癌发展中的作用，并基于此识别特定亚型以优化患者个体化治疗和预后评估	胆管癌患者的胆汁酸代谢特征及分子亚型	NA	胆管癌	超高效液相色谱串联质谱法、单细胞RNA测序	NA	胆汁酸代谢数据、单细胞RNA测序数据	30种胆汁酸
2174	2024-10-30	High expression of PLA2G2A in fibroblasts plays a crucial role in the early progression of carotid atherosclerosis 2024-Oct-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05679-6 PMID:39449149	研究论文	研究PLA2G2A基因在动脉粥样硬化早期进展中的作用及其机制	发现PLA2G2A在血管成纤维细胞中高表达，并通过激活巨噬细胞补体和凝血级联途径促进斑块进展	研究主要基于小鼠模型和临床患者信息，未涉及人类大规模临床试验	探讨PLA2G2A在动脉粥样硬化早期进展中的作用及其机制	PLA2G2A基因在动脉粥样硬化斑块中的表达特征及其对斑块进展的影响	心血管疾病	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	两组颈动脉斑块的单细胞转录组数据及临床患者信息
2175	2024-10-30	Identification of HSPG2 as a bladder pro-tumor protein through NID1/AKT signaling 2024-Oct-23, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03527-7 PMID:39438949	研究论文	研究探讨了HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其通过NID1/AKT信号通路促进肿瘤生长的机制	首次揭示了HSPG2在膀胱癌中的促肿瘤作用及其通过NID1/AKT信号通路的机制	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床试验中验证	探讨HSPG2在膀胱癌进展中的作用及其分子机制	HSPG2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤细胞增殖和化疗耐药性的影响	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序、转录组分析、CCK-8、Transwell、Western blotting、免疫染色	NA	RNA	7个患者样本、28个正常组织、407个膀胱肿瘤组织、HSPG2高表达和低表达的肿瘤类器官小鼠模型
2176	2024-10-30	Disulfidptosis-related subtype and prognostic signature in prostate cancer 2024-Oct-23, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00544-4 PMID:39444006	研究论文	研究探讨了二硫化物死亡相关基因在前列腺癌分类和肿瘤微环境调控中的作用，并开发了相关的预后模型	首次建立了基于二硫化物死亡相关基因的前列腺癌预后模型，并分析了其在肿瘤免疫微环境和免疫治疗敏感性中的作用	研究主要基于体外实验和基因表达数据，缺乏临床样本的验证	探讨二硫化物死亡与前列腺癌的关系，并开发相关的预后模型	前列腺癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	前列腺癌	机器学习	NA	基因表达数据	前列腺癌细胞和患者样本
2177	2024-10-30	STASCAN deciphers fine-resolution cell distribution maps in spatial transcriptomics by deep learning 2024-Oct-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03421-5 PMID:39439006	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法STASCAN，用于解析空间转录组学中的细粒度细胞分布图	开发了一种新的基于深度学习的方法STASCAN，通过整合基因表达谱和组织学图像来预测空间细胞分布	NA	提高空间转录组学中细胞分布图的分辨率	空间转录组学中的细胞分布	机器学习	NA	深度学习	NA	图像	多种空间转录组学技术中的数据集
2178	2024-10-30	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558457 PMID:37786690	研究论文	研究报告了在人类癌症中频繁的桥粒基因突变，特别是在皮肤黑色素瘤中，并探讨了这些突变对肿瘤微环境的影响	首次揭示了桥粒基因突变在黑色素瘤中的高频率，并发现这些突变通过影响微环境中的角质形成细胞来促进黑色素瘤细胞的增殖	研究主要集中在原发性黑色素瘤样本上，未充分探讨转移性黑色素瘤的情况	探讨桥粒基因突变在黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响	桥粒基因、黑色素瘤细胞、角质形成细胞	NA	黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质数据	包括原发性黑色素瘤和转移性黑色素瘤的活检样本，以及角质形成细胞和黑色素瘤细胞的共培养实验
2179	2024-10-30	SDePER: a hybrid machine learning and regression method for cell-type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data 2024-Oct-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03416-2 PMID:39402626	研究论文	本文介绍了一种名为SDePER的混合机器学习与回归方法，用于空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积	SDePER解决了ST和scRNA-seq数据之间的平台效应问题，确保了它们之间的线性关系，并处理了细胞类型在捕获点之间的稀疏性和空间相关性	NA	开发一种新的方法来提高空间条形码转录组数据的细胞类型反卷积精度	空间条形码转录组数据和单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	混合机器学习与回归模型	转录组数据	四个真实数据集和模拟数据
2180	2024-10-30	The levels of amino acid metabolites in serum induce the pathogenesis of atopic dermatitis by mediating the inflammatory protein S100A12 2024-10-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-74522-1 PMID:39379513	研究论文	研究探讨了血清中氨基酸代谢物水平通过调节炎症蛋白S100A12在特应性皮炎发病机制中的作用	首次揭示了氨基酸代谢物与特应性皮炎病理之间的因果关系，并阐明了S100A12作为中介蛋白的机制	研究主要基于遗传学分析，未涉及临床试验验证	确定代谢物与特应性皮炎之间的遗传关系，并揭示氨基酸代谢物影响特应性皮炎的途径	血清中的氨基酸代谢物和炎症蛋白S100A12	NA	特应性皮炎	全基因组关联研究（GWAS）、双向两样本孟德尔随机化（MR）、单细胞测序	NA	基因数据、蛋白质数据	未明确提及具体样本数量