单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7858 篇文献，本页显示第 2141 - 2160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2141 | 2024-11-02 |
Quantifying 3'UTR length from scRNA-seq data reveals changes independent of gene expression
2024-May-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48254-9
PMID:38744866
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研究论文 | 本文开发了一种名为scUTRquant的计算流程，用于从单细胞RNA测序数据中快速、准确地同时量化基因和3'UTR异构体的表达 | 首次提出了从单细胞RNA测序数据中量化3'UTR长度的方法，并发现3'UTR长度的变化与基因表达变化广泛且协调，但影响不同的基因 | NA | 研究3'UTR长度在不同细胞类型中的变化及其对基因调控的影响 | 人类和小鼠的200多种初级细胞类型 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 474种细胞类型和2134种扰动 |
| 2142 | 2024-11-02 |
Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics
2024-Apr-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02186-3
PMID:38580861
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GeneTrajectory的方法，通过最优传输距离计算基因分布之间的距离，以提取基因程序并定义其伪时间顺序，从而推断单细胞数据中的基因轨迹 | GeneTrajectory方法通过计算基因分布之间的最优传输距离，能够更准确地提取基因动态，并区分细胞轨迹方法无法解析的关键基因程序 | NA | 开发一种新的方法来推断单细胞数据中的基因轨迹，以揭示生物过程中的基因动态 | 单细胞RNA测序数据中的基因动态和细胞状态转换 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 最优传输距离 | 基因分布 | NA |
| 2143 | 2024-11-02 |
Deciphering Endothelial and Mesenchymal Organ Specification in Vascularized Lung and Intestinal Organoids
2024-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.06.577460
PMID:38370768
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研究论文 | 研究构建了包含肺或肠上皮、器官型间质和血管的人多能干细胞衍生的类器官系统，以研究血管、间质和上皮在器官发生中的协同发育 | 通过精确的BMP调控实现中胚层和内胚层的共分化，生成多谱系类器官和肠道管模式；单细胞RNA测序揭示了内皮和间质的器官特异性，并发现了驱动肺和肠内皮特化的关键配体 | NA | 研究血管、间质和上皮在器官发生中的协同发育及其在器官特化中的作用 | 人多能干细胞衍生的肺和肠类器官系统 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 2144 | 2024-11-02 |
The bone marrow is the primary site of thrombopoiesis
2024-01-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020895
PMID:37879046
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研究论文 | 研究探讨了巨核细胞在成年小鼠骨髓、脾脏和肺中的相对丰度及其对血小板池的贡献 | 通过多种技术手段（如流式细胞术、双光子活体成像、光片显微镜和单细胞RNA测序）证实了骨髓是巨核细胞的主要来源，并揭示了其在血小板生成中的主导作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果可能不完全适用于人类 | 确定巨核细胞在不同器官中的分布及其对血小板生成的贡献 | 成年小鼠的骨髓、脾脏和肺中的巨核细胞 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术、双光子活体成像、光片显微镜、单细胞RNA测序 | NA | 图像、单细胞RNA测序数据 | 成年小鼠的骨髓、脾脏和肺组织 |
| 2145 | 2024-11-02 |
Regulation of lymphoid-myeloid lineage bias through regnase-1/3-mediated control of Nfkbiz
2024-01-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020903
PMID:37922454
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研究论文 | 研究揭示了regnase-1和regnase-3通过调控Nfkbiz mRNA的降解，影响造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的淋巴-髓系分化倾向 | 首次阐明了regnase-1和regnase-3在HSPCs中通过调控Nfkbiz mRNA的降解，决定淋巴系命运并限制髓系分化的机制 | NA | 探讨造血干细胞和祖细胞（HSPCs）中淋巴-髓系分化倾向的调控机制 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序 | NA | RNA | NA |
| 2146 | 2024-10-26 |
IDEIS: a tool to identify PTPRC/CD45 isoforms from single-cell transcriptomic data
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1446931
PMID:39445006
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研究论文 | 本文介绍了一种名为IDEIS的工具，用于从单细胞转录组数据中识别PTPRC/CD45的异构体 | IDEIS软件能够直接从单细胞转录组数据中量化CD45异构体，无需生成额外的DNA测序文库 | NA | 开发一种工具，用于从单细胞转录组数据中准确识别和量化CD45异构体 | PTPRC/CD45基因的异构体及其在免疫细胞亚群中的表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 使用10× Genomics 5'测序技术生成的数据集 |
| 2147 | 2024-11-02 |
Identifying HIF1A and HGF as two hub genes in aortic dissection and function analysis by integrating RNA sequencing and single-cell RNA sequencing data
2024, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2024.1475991
PMID:39479394
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研究论文 | 通过整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，筛选出主动脉夹层的关键基因HIF1A和HGF，并分析其功能 | 首次整合RNA测序和单细胞RNA测序数据，筛选出主动脉夹层的关键基因HIF1A和HGF，并分析其在单细胞水平的功能 | 研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证 | 探索主动脉夹层的调控机制，为诊断和治疗提供参考 | 主动脉夹层的关键基因及其功能 | 基因表达 | 心血管疾病 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个AD相关数据集，包括GSE153434、GSE98770、GSE52093和GSE213740 |
| 2148 | 2024-11-02 |
Arid3c identifies an uncharacterized subpopulation of V2 interneurons during embryonic spinal cord development
2024, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2024.1466056
PMID:39479525
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研究论文 | 研究旨在通过比较胚胎脊髓V2中间神经元与其他细胞的转录组，识别新的标记基因以描述V2中间神经元群体的多样性 | 发现了Arid3c基因，识别出一个未被描述的V2中间神经元亚群，该亚群与V2c中间神经元部分重叠，并具有Onecut因子和Sox2的表达特征 | 研究未完全解析导致这种神经元多样化的机制 | 识别新的标记基因以进一步描述脊髓V2中间神经元群体的多样性 | 胚胎脊髓V2中间神经元及其亚群 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 胚胎脊髓V2中间神经元及其他细胞 |
| 2149 | 2024-10-30 |
Integrating multiomics and Single-Cell communication analysis to uncover Ankylosing spondylitis mechanisms
2024-Dec-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113276
PMID:39357209
|
研究论文 | 本文通过整合多组学和单细胞通信分析，揭示了强直性脊柱炎的发病机制 | 本文首次通过单细胞测序和分子对接技术，识别了Cassia twigs在治疗强直性脊柱炎中的潜在药物靶点 | 样本量相对较小，且仅限于特定类型的样本 | 探讨强直性脊柱炎的发病机制及Cassia twigs的治疗作用 | 强直性脊柱炎患者和非患者的血液样本及临床数据 | 生物信息学 | 风湿性疾病 | 单细胞测序 | 逻辑回归 | 基因表达数据 | 28,458个个体样本，其中6,101个为强直性脊柱炎患者，22,357个为非患者 |
| 2150 | 2024-10-30 |
Single-cell sequencing in diffuse large B-cell lymphoma: C1qC is a potential tumor-promoting factor
2024-Dec-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113319
PMID:39388888
|
研究论文 | 研究C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在促瘤机制 | 首次揭示了C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的促瘤作用，并提出了C1qC作为潜在治疗靶点的可能性 | 研究主要集中在C1qC在M2巨噬细胞中的表达及其对淋巴瘤细胞的影响，未全面探讨C1qC在其他免疫细胞中的作用 | 探索C1qC在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在机制及其临床意义 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者及C1qC在免疫细胞中的表达 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的临床数据及免疫细胞样本 |
| 2151 | 2024-10-30 |
Single-cell sequencing reveals the heterogeneity of immune landscape in drug users with HIV infection
2024-Dec-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113338
PMID:39405936
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了药物使用者中HIV感染的免疫景观异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了药物使用者与非药物使用者中HIV感染的免疫细胞异质性 | 研究仅限于外周血单核细胞，未涵盖其他组织或器官的免疫细胞 | 揭示药物使用对HIV感染免疫发病机制的影响 | 健康对照个体、药物使用HIV感染者和非药物使用HIV感染者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康对照个体、药物使用HIV感染者和非药物使用HIV感染者的外周血单核细胞样本 |
| 2152 | 2024-10-30 |
Mtb/HIV co-infection immune microenvironment subpopulations heterogeneity
2024-Dec-25, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113341
PMID:39405943
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研究论文 | 研究了HIV-1和结核分枝杆菌（Mtb）共感染患者外周血单个核细胞的免疫微环境异质性 | 构建了Mtb/HIV共感染的单细胞全局转录图谱，揭示了不同细胞亚群的异质性，并发现了可能参与免疫反应的关键细胞亚群 | 研究仅基于Gene Expression Omnibus数据库和中国国家基因库核苷酸序列档案的单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源有限 | 探讨HIV-1和结核分枝杆菌共感染对免疫反应和免疫细胞亚群的影响 | HIV-1感染者和Mtb/HIV共感染者的外周血单个核细胞 | NA | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2153 | 2024-10-30 |
New evidence of vascular defects in neurodegenerative diseases revealed by single cell RNA sequencing
2024-Nov-06, Clinical science (London, England : 1979)
DOI:10.1042/CS20241658
PMID:39469930
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了神经退行性疾病中的血管缺陷，并总结了中枢神经系统血管结构和组织的最新进展 | 首次系统性地总结了神经退行性疾病中血管细胞类型或亚型的疾病特异性改变，并提出了血管缺陷可能是神经退行性疾病的早期共同特征 | 血管缺陷在疾病进展中的发生和作用仍未充分探索 | 揭示神经退行性疾病中的血管缺陷及其对神经退化的影响 | 神经退行性疾病中的血管细胞类型和结构 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠、健康个体和神经退行性疾病患者的样本 |
| 2154 | 2024-10-30 |
Characterization of a Novel Pathogenic PLCG2 Variant Leading to APLAID Syndrome Responsive to a TNF Inhibitor
2024-Nov, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42948
PMID:38965708
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研究论文 | 研究探讨了一种新型PLCG2变异在APLAID综合征中的致病机制，并评估了TNF抑制剂的治疗效果 | 发现了一种新型PLCG2 D993Y变异，通过破坏其自抑制功能，激活多个炎症信号通路，导致APLAID综合征 | NA | 研究PLCG2变异在APLAID综合征中的致病机制 | PLCG2 D993Y变异及其对免疫信号和炎症反应的影响 | NA | 自身炎症性疾病 | 全外显子测序、Sanger测序、单细胞RNA测序、免疫印迹、荧光素酶测定、肌醇单磷酸酶联免疫吸附测定、钙通量测定、定量PCR、免疫沉淀 | NA | 基因序列、蛋白质功能、免疫信号 | 一名患有APLAID综合征的患者及其外周血单个核细胞 |
| 2155 | 2024-10-30 |
A multidimensional analysis reveals distinct immune phenotypes and the composition of immune aggregates in pediatric acute myeloid leukemia
2024-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02381-w
PMID:39187578
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研究论文 | 本文通过多维分析揭示了儿童急性髓系白血病（AML）中不同的免疫表型和免疫聚集物的组成 | 本文首次在儿童AML中进行了多维度的免疫微环境分析，揭示了免疫浸润骨髓的特征和T细胞网络的组成 | 研究仅限于儿童AML病例，未涉及成人AML或其他类型的白血病 | 了解儿童AML骨髓中T细胞和其他微环境群体的组成、表型和空间组织，为未来的免疫治疗试验提供信息 | 儿童急性髓系白血病（AML）患者的骨髓免疫微环境 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 近三分之一的儿童AML病例 |
| 2156 | 2024-10-30 |
Substantive Similarities Between Synovial Fluid and Synovial Tissue T cells in Inflammatory Arthritis Via Single-Cell RNA and T Cell Receptor Sequencing
2024-Nov, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42949
PMID:38973560
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，研究了炎症性关节炎中滑液和滑膜组织T细胞的实质相似性 | 首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序直接比较了滑液和滑膜组织中的记忆T细胞，揭示了它们在TCR库和T细胞亚群组成上的相似性 | 研究样本仅限于六名炎症性关节炎患者，可能限制了结果的普适性 | 探讨滑液中的T细胞是否能真实反映滑膜组织中的T细胞群体 | 滑液和滑膜组织中的记忆T细胞 | NA | 炎症性关节炎 | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序 | NA | RNA | 六名炎症性关节炎患者 |
| 2157 | 2024-10-30 |
Expansion effect of romiplostim on hematopoietic stem and progenitor cells versus thrombopoietin and eltrombopag
2024-Nov, International journal of hematology
IF:1.7Q3
DOI:10.1007/s12185-024-03853-6
PMID:39302624
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研究论文 | 研究了romiplostim对造血干细胞和祖细胞的体外扩增效果，并与thrombopoietin和eltrombopag进行了比较 | 首次通过单细胞RNA测序分析了romiplostim对造血干细胞和祖细胞的分子水平影响，并发现romiplostim在RHOA信号通路上的分子变化与eltrombopag不同 | 仅在体外进行了实验，未涉及体内实验 | 探讨romiplostim与thrombopoietin和eltrombopag在造血干细胞和祖细胞扩增效果上的差异 | romiplostim、thrombopoietin和eltrombopag对人类CD34+造血干细胞和祖细胞的扩增效果 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类CD34+造血干细胞和祖细胞 |
| 2158 | 2024-10-30 |
ncPlantDB: a plant ncRNA database with potential ncPEP information and cell type-specific interaction
2024-Oct-29, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1017
PMID:39470718
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研究论文 | 介绍了一个名为ncPlantDB的综合数据库，整合了43种植物的ncRNA和ncPEP数据，并提供了细胞类型特异性交互信息 | ncPlantDB是首个全面整合植物ncRNA和ncPEP数据的数据库，提供了细胞特异性交互网络和可视化工具 | NA | 填补现有植物ncRNA数据库在ncPEP信息和细胞类型特异性交互方面的不足 | 植物ncRNA及其编码的ncPEP | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序和Ribo-seq分析 | NA | ncRNA和ncPEP数据 | 43种植物，包含353140个ncRNA和3799个ncPEP |
| 2159 | 2024-10-30 |
scLTdb: a comprehensive single-cell lineage tracing database
2024-Oct-29, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae913
PMID:39470724
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scLTdb的综合单细胞谱系追踪数据库 | 首次提供了一个全面的单细胞谱系追踪数据库，包含109个经过手动筛选和标准流程分析的数据集 | NA | 开发一个综合的单细胞谱系追踪数据库，以促进对细胞命运决定和谱系承诺的理解 | 单细胞谱系追踪数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞数据 | 109个数据集 |
| 2160 | 2024-10-30 |
LnCeCell 2.0: an updated resource for lncRNA-associated ceRNA networks and web tools based on single-cell and spatial transcriptomics sequencing data
2024-Oct-29, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae947
PMID:39470723
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研究论文 | 本文介绍了LnCeCell 2.0，一个基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络和网络工具的更新资源 | LnCeCell 2.0数据库在数据量和功能上进行了显著扩展和改进，包括增加了257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集，836,581个细胞特异性和空间点特异的ceRNA相互作用和功能网络，以及15,489个实验支持的lncRNA生物标志物 | NA | 开发和更新一个资源，用于研究基于单细胞和空间转录组测序数据的lncRNA相关ceRNA网络 | lncRNA相关ceRNA网络及其在疾病病理、诊断和治疗中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组测序(stRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 257个单细胞RNA测序和stRNA-seq数据集，涉及86种疾病/表型和80种人类正常组织，以及20,326名癌症患者的临床信息 |