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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2061 | 2025-10-07 |
Markers of Dermal Fibroblast Subpopulations for Viable Cell Isolation via Cell Sorting: A Comprehensive Review
2024-07-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13141206
PMID:39056788
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综述 | 本文全面综述了用于细胞分选的真皮成纤维细胞亚群表面标志物 | 系统分析了3000多篇研究文献,首次全面鉴定和比较了不同成纤维细胞亚群的表面标志物特征 | 基于文献综述,缺乏原始实验验证 | 鉴定适用于细胞分选和功能研究的成纤维细胞表面标志物 | 人体真皮成纤维细胞及其亚群 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS) | NA | 文献数据 | 3000多篇研究文章 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2062 | 2025-10-07 |
DNA replication in early mammalian embryos is patterned, predisposing lamina-associated regions to fragility
2024-Jun-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49565-7
PMID:38898078
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研究论文 | 本研究揭示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制模式的建立机制及其与基因组不稳定性的关联 | 首次证明晚期复制区域在受精后第一个细胞周期就与B区室和核纤层共同建立,且这种模式先于胚胎基因组激活 | 研究主要基于牛和小鼠胚胎,在人类胚胎中的直接证据有限 | 探索哺乳动物发育过程中DNA复制程序的建立时机和机制 | 牛和小鼠的早期胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组测序数据 | 牛和小鼠早期胚胎单细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2063 | 2025-10-07 |
LMNA -Related Dilated Cardiomyopathy: Single-Cell Transcriptomics during Patient-derived iPSC Differentiation Support Cell type and Lineage-specific Dysregulation of Gene Expression and Development for Cardiomyocytes and Epicardium-Derived Cells with Lamin A/C Haploinsufficiency
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.12.598335
PMID:38915555
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研究论文 | 本研究利用患者来源的iPSC进行单细胞转录组测序,探索LMNA相关扩张型心肌病在心肌细胞和心外膜来源细胞中的基因表达和发育失调机制 | 首次在LMNA单倍体不足背景下,通过单细胞转录组测序分析iPSC分化过程中多种细胞类型的基因表达失调,揭示了细胞类型和谱系特异性的发育异常 | 研究方法需要改进以进一步研究iPSC衍生模型中表观遗传和分化机制 | 探索LMNA相关扩张型心肌病的分子机制 | 携带LMNA剪接位点突变的患者来源iPSC及其分化细胞 | 单细胞转录组学 | 扩张型心肌病 | 单细胞RNA测序 | iPSC分化模型 | 单细胞转录组数据 | 12个样本(4个患者样本,8个对照样本),包含110,521个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2064 | 2025-10-07 |
Hyperoxia impairs induced pluripotent stem cell-derived endothelial cells and drives an atherosclerosis-like transcriptional phenotype
2024, JVS-vascular science
DOI:10.1016/j.jvssci.2024.100193
PMID:38770110
|
研究论文 | 本研究探讨高氧条件对诱导多能干细胞来源内皮细胞功能的影响及其与动脉粥样硬化表型的关联 | 首次发现高氧培养的晚期iPSC-ECs会发展为内皮-间质转化表型,且其转录表型与动脉粥样硬化内皮细胞存在重叠 | 生理氧条件虽能改善线粒体功能,但单独使用不足以保持血管生成能力 | 研究不同氧浓度条件下iPSC-ECs的功能特性和分子表型变化 | 诱导多能干细胞来源的内皮细胞 | 干细胞生物学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2065 | 2025-10-07 |
SGSM2 in Uveal Melanoma: Implications for Survival, Immune Infiltration, and Drug Sensitivity
2024, Protein and peptide letters
IF:1.0Q4
|
研究论文 | 本研究探讨SGSM2在葡萄膜黑色素瘤中的表达及其与预后、免疫浸润和药物敏感性的关系 | 首次系统研究SGSM2在葡萄膜黑色素瘤中的表达模式及其临床意义,揭示了其与免疫浸润和药物敏感性的新关联 | 研究主要基于生物信息学分析和细胞系实验,需要更多临床样本验证 | 阐明SGSM2在葡萄膜黑色素瘤中的作用机制及其临床价值 | 葡萄膜黑色素瘤细胞系和TCGA数据库中的患者数据 | 生物信息学 | 葡萄膜黑色素瘤 | qRT-PCR, 生物信息学分析, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 单细胞测序数据 | TCGA数据库中的葡萄膜黑色素瘤患者样本和细胞系 | NA | 单细胞测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2066 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell transcriptomics and bulk transcriptomics to explore prognostic and immunotherapeutic characteristics of nucleotide metabolism in lung adenocarcinoma
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1466249
PMID:39845190
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组和批量转录组数据,探索核苷酸代谢在肺腺癌中的预后和免疫治疗特征 | 首次构建基于核苷酸代谢相关基因的预后风险评分模型,并发现其能准确预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性研究验证 | 探索核苷酸代谢在肺腺癌预后和免疫治疗中的作用机制 | 肺腺癌患者和肺腺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞转录组测序,批量转录组测序,体外细胞实验 | Lasso + Stepcox机器学习组合模型 | 转录组数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 2067 | 2025-10-07 |
BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf013
PMID:39833103
|
研究论文 | 提出一种名为BIOTIC的贝叶斯框架,通过整合单细胞多组学数据推断转录因子活性并改善细胞身份表征 | 开发了首个基于生物机制的贝叶斯模型,通过变分推理整合单细胞多组学数据来推断转录因子活性 | NA | 在基因调控水平推断转录因子活性并阐明细胞身份状态 | 细胞身份表征和基因调控机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学测序,单细胞转录组测序 | 贝叶斯模型,变分推理 | 单细胞多组学数据,基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞多组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2068 | 2025-10-07 |
Comparative analysis of rhesus macaque and human placental organoids highlights evolutionary differences in placentation
2024-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.11.617873
PMID:39416122
|
研究论文 | 通过建立猕猴和人类胎盘类器官模型,比较分析两者在胎盘形成过程中的进化差异 | 首次建立猕猴胎盘类器官模型,并通过单细胞RNA测序揭示猕猴与人类滋养细胞转录特征的异同 | 仅比较了猕猴和人类两个物种,可能无法完全代表所有灵长类的胎盘进化特征 | 探究灵长类胎盘进化的分子机制和物种间差异 | 猕猴和人类的胎盘组织及衍生的类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 猕猴和人类胎盘类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2069 | 2025-10-07 |
Unveiling contact-mediated cellular crosstalk
2024-Oct, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010
PMID:38906738
|
综述 | 探讨细胞间接触介导的通讯机制及其对细胞功能调控的前沿研究方法 | 整合单细胞测序与空间转录组学等新兴技术,系统揭示细胞接触对基因表达的影响机制 | NA | 解析细胞间接触如何调控复杂的细胞反应网络 | 多细胞生物中的细胞间相互作用 | 空间生物学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学, 生物工程技术 | NA | 基因表达数据, 空间位置信息 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2070 | 2025-10-07 |
Unraveling the phenotypic states of human innate-like T cells: Comparative insights with conventional T cells and mouse models
2024-09-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114705
PMID:39264810
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了人类先天样T细胞与传统T细胞的转录特征 | 揭示了人类先天样T细胞不分化成多个效应亚群而是发展混合型1/型17效应潜能的独特特征,并发现人类缺乏2型T细胞的物种特异性差异 | 研究主要关注人类和小鼠的比较,可能不适用于其他物种的免疫机制 | 探索先天样T细胞与传统T细胞的转录特征差异及其发育途径 | 人类胸腺和血液中的先天样T细胞和传统T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2071 | 2025-10-07 |
Molecular and spatial signatures of human and rat corpus cavernosum physiopathological processes at single-cell resolution
2024-09-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114760
PMID:39299236
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组测序,绘制了人类和大鼠阴茎海绵体在正常和疾病状态下的空间细胞图谱 | 首次在分子水平揭示了人类和大鼠阴茎海绵体的空间异质性,并发现了机械力信号在不同区域的分布差异 | 研究仅涉及人类和大鼠两个物种,且体外实验条件可能与体内环境存在差异 | 探究阴茎海绵体在生理和病理状态下的分子解剖结构和细胞异质性 | 人类和大鼠的阴茎海绵体组织 | 单细胞生物学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类和大鼠阴茎海绵体样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | NA |
| 2072 | 2025-10-07 |
Bioinformatics and machine learning approaches reveal key genes and underlying molecular mechanisms of atherosclerosis: A review
2024-Aug-02, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000038744
PMID:39093811
|
综述 | 通过生物信息学和机器学习方法探索动脉粥样硬化的关键基因及分子机制 | 整合多种生物信息学工具和机器学习算法识别动脉粥样硬化的关键基因,并首次分析其与铁死亡基因的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 揭示动脉粥样硬化的遗传调控机制和潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化相关基因表达数据和免疫细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因表达分析 | LASSO回归,随机森林 | 基因表达数据 | GSE20129和GSE90074数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2073 | 2025-10-07 |
Cell-cell communication and initial population composition shape the structure of potato spindle tuber viroid quasispecies
2024-Mar-29, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koae012
PMID:38252648
|
研究论文 | 本研究探讨细胞间通讯和初始种群组成如何影响马铃薯纺锤块茎类病毒准种结构的形成 | 首次通过比较缺乏胞间连丝的成熟保卫细胞和离体培养的叶肉原生质体,揭示细胞间通讯对类病毒准种结构的影响 | 研究仅针对马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系,结果可能不适用于其他类病毒或病毒 | 阐明类病毒准种结构的形成机制 | 马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)及其变异体 | 植物病理学 | 植物病毒感染 | 单细胞测序,共感染实验 | NA | 基因组序列数据 | 番茄植株的保卫细胞和叶肉原生质体 | NA | NA | NA | NA |
| 2074 | 2025-10-07 |
Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications
2024-Jan-22, Advanced materials technologies
IF:6.4Q1
DOI:10.1002/admt.202301155
PMID:38645306
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研究论文 | 本研究开发了一种磁功能化水凝胶珠用于简化单细胞基因组学中的分池方法 | 首次实现水凝胶珠的磁功能化,显著提高分池方法的纯化效率和自动化潜力 | 未明确说明磁功能化珠在长期稳定性或大规模生产中的表现 | 开发自动化单细胞基因组学工作流程的新方法 | 磁功能化水凝胶珠 | 单细胞基因组学 | NA | BAG-Seq单细胞测序 | NA | 基因组序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2075 | 2025-10-07 |
GMFGRN: a matrix factorization and graph neural network approach for gene regulatory network inference
2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad529
PMID:38261340
|
研究论文 | 提出一种基于矩阵分解和图神经网络的基因调控网络推断新方法GMFGRN | 结合图神经网络进行矩阵分解学习基因表征嵌入,能有效消除传递性相互作用且计算资源需求低 | NA | 从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN), 矩阵分解 | 基因表达数据 | 8个静态单细胞RNA测序数据集和4个时间序列数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2076 | 2025-10-07 |
The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1497312
PMID:39839650
|
研究论文 | 本研究通过构建溶酶体风险特征来预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次系统研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用,构建了7个关键基因的风险特征,并在单细胞水平验证其功能 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证和临床样本确认 | 探索溶酶体相关基因在肺腺癌预后和肿瘤微环境中的作用 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 体外实验 | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2077 | 2025-10-07 |
Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1469955
PMID:39839668
|
研究论文 | 评估ACME HS方法在冷冻人体组织中单细胞转录组学的应用效果 | 首次将ACME方法优化应用于人类内分泌组织,并使用高盐洗涤缓冲液替代标准PBS以稳定RNA | 主要针对人类内分泌组织,在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 开发适用于冷冻组织的单细胞分离方法,提高单细胞RNA测序质量 | 人类内分泌组织样本 | 单细胞转录组学 | 内分泌系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 41个组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2078 | 2025-10-07 |
Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050
PMID:39840076
|
研究论文 | 通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析探索三种自身免疫疾病的共享基因特征和机制 | 首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析三种自身免疫疾病的共享基因特征,并利用机器学习算法筛选诊断生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探究多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿关节炎三种自身免疫疾病的共享基因特征,识别早期诊断生物标志物 | 多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿关节炎患者及EAE小鼠模型 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, WGCNA, 机器学习算法, Cibersort算法 | 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2079 | 2025-10-07 |
Construction of a neutrophil extracellular trap formation-related gene model for predicting the survival of lung adenocarcinoma patients and their response to immunotherapy
2024-Dec-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-463
PMID:39830760
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研究论文 | 基于中性粒细胞胞外诱捕网形成相关基因构建肺腺癌患者生存预测和免疫治疗反应评估模型 | 首次利用中性粒细胞胞外诱捕网形成相关基因构建肺腺癌预后特征模型,并验证其在预测免疫治疗反应方面的价值 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 构建肺腺癌预后预测模型并评估免疫治疗反应 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,RT-qPCR,生物信息学分析 | LASSO Cox回归模型,风险评分模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2080 | 2024-12-11 |
Improved tool for scRNA-seq analysis
2024-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02040-x
PMID:39653731
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |