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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2021 | 2025-10-06 |
Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST
2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae186
PMID:38579257
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研究论文 | 介绍了一种名为RegionalST的计算方法,用于分析空间转录组数据中的区域内异质性 | 首次实现了跨区域细胞类型特异性差异分析,能够量化细胞类型混合和相互作用,识别感兴趣的子区域 | 当前空间转录组技术的空间分辨率有限 | 开发计算工具以探索组织异质性,特别是肿瘤内异质性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2022 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Patient Myeloid-Derived Suppressor Cells and the Response to Inhibition of Bruton's Tyrosine Kinase
2024-03-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0572
PMID:38015751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析患者髓源性抑制细胞对布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂的基因表达响应 | 首次在患者MDSC中应用单细胞RNA测序技术分析BTK抑制剂伊布替尼的基因调控作用 | 样本量有限,仅包含乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞癌患者,体外处理时间较短(4小时) | 研究BTK抑制剂对癌症患者髓源性抑制细胞基因表达的影响 | 癌症患者(乳腺癌、黑色素瘤、头颈鳞癌)的髓源性抑制细胞 | 单细胞基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选 | Seurat v4标准整合工作流程 | 单细胞基因表达数据 | 来自乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞癌患者的MDSC样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium | Chromium 10× Genomics平台 |
| 2023 | 2025-10-06 |
Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation
2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937
PMID:38269588
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研究论文 | 本研究探讨脂蛋白(a)上富集的甘油二酯和溶血磷脂酸对单核细胞炎症反应的贡献 | 首次发现脂蛋白(a)上富集的特定甘油二酯亚型能通过NLRP3炎症小体途径促进单核细胞炎症反应 | 样本量较小(低脂蛋白(a)组13例,高脂蛋白(a)组12例),且为体外实验需要进一步体内验证 | 探究脂蛋白(a)中除氧化磷脂外的其他促炎脂质介质 | 人类单核细胞和动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 心血管研究 | 心血管疾病 | 非靶向脂质组学,RNA测序,ELISA,Western blot,跨内皮迁移实验,免疫荧光染色,单细胞RNA测序 | NA | 脂质组学数据,基因表达数据,蛋白质数据,细胞功能数据 | 25名受试者(13名低脂蛋白(a),12名高脂蛋白(a))加上动脉粥样硬化斑块患者 | NA | 单细胞RNA测序,脂质组学 | NA | NA |
| 2024 | 2025-10-06 |
Bioengineered hydrogels enhance ex vivo preservation of patient-derived tumor explants for drug evaluation
2024-03, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种生物工程水凝胶系统,可显著延长患者来源肿瘤切片在体外的存活时间并保持肿瘤微环境完整性 | 首次利用生物工程水凝胶确定关键基质参数,显著增强患者来源肿瘤切片的体外存活能力,并保持肿瘤微环境的细胞组成和细胞间通讯网络 | NA | 开发改进的患者来源肿瘤切片体外培养系统,用于药物评估 | 头颈癌患者的肿瘤组织切片 | 数字病理 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, 高维流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2025 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals Hippo signaling as a driver of fibrosis in hidradenitis suppurativa
2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169225
PMID:38051587
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研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示Hippo信号通路在化脓性汗腺炎纤维化中的驱动作用 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫染色技术,系统揭示了慢性HS的发病机制和细胞相互作用网络 | NA | 阐明化脓性汗腺炎的发病机制和纤维化形成过程 | 化脓性汗腺炎患者组织样本 | 数字病理学 | 皮肤炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫染色 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2026 | 2025-10-06 |
Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice
2024-01-31, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895
PMID:38295187
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研究论文 | 本研究通过基因敲除技术揭示了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中调控IL-17A信号通路的作用机制 | 首次发现C9orf72通过调控CD80分子运输抑制IL-17A信号通路,为ALS/FTD相关神经炎症提供了新治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究C9orf72基因在免疫细胞中对IL-17A信号通路的调控作用及其在神经炎症中的机制 | 基因敲除小鼠的造血祖细胞、脊髓、大脑皮层和脾脏组织 | 分子免疫学 | 肌萎缩侧索硬化症、额颞叶痴呆 | 条件性基因突变、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞表型数据 | 多组织来源的鼠类和人类样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2027 | 2025-10-06 |
Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing
2024-01-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44137-7
PMID:38167262
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研究论文 | 开发了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析流程,用于整合基因分型癌症和免疫表型 | 开发了灵活的长读长测序方法,可从单细胞cDNA文库中检测细胞谱系定义特征,克服了短读长测序的限制 | 需要进一步验证其在其他癌症类型中的应用效果 | 改进单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪方法 | 急性髓系白血病(AML)亚克隆和骨髓浸润免疫细胞 | 单细胞测序 | 急性髓系白血病 | 长读长测序,单细胞转录组学 | NA | 单细胞cDNA测序数据 | 数千个骨髓浸润免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,长读长测序 | NA | nanoranger工作流程 |
| 2028 | 2025-10-06 |
Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045
PMID:39229279
|
研究论文 | 本研究揭示了芳香烃受体在IL-22产生免疫细胞中通过调控拟杆菌属影响结肠炎的性别特异性机制 | 首次发现AhR在Rorc表达细胞中的缺失会导致性别依赖性的拟杆菌属调控失调,并证明Bacteroides acidifaciens仅在雌性小鼠中加剧结肠炎 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类中验证;性别差异的具体分子机制尚未完全阐明 | 阐明芳香烃受体通过IL-22信号通路调控肠道微生物影响结肠炎的细胞和性别特异性机制 | 野生型、AhR ΔRorc和同窝对照小鼠的结肠细胞和肠道微生物 | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, 16S rRNA微生物组分析 | NA | 基因表达数据, 微生物组数据 | 多组基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 微生物组分析 | NA | NA |
| 2029 | 2025-10-06 |
Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods
2024, Bioinformatics and biology insights
IF:2.3Q3
DOI:10.1177/11779322241287120
PMID:39502448
|
综述 | 本文系统探讨了单细胞基因调控网络方法的基准测试框架 | 首次全面讨论单细胞基因调控网络方法的基准测试方法,提出替代性基准数据集和性能评估指标 | 未开发新的计算方法,主要聚焦于基准测试框架的讨论 | 建立单细胞基因调控网络方法的基准测试标准 | 单细胞基因调控网络计算方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2030 | 2025-10-06 |
Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530
PMID:39697344
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析头颈鳞状细胞癌患者中TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的免疫机制 | 首次在人类头颈鳞状细胞癌中利用同一病灶纵向采样揭示TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的协同作用机制 | 样本量较小(仅三个患者),需要更大规模研究验证 | 解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈鳞状细胞癌中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 单细胞测序分析 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织染色图像 | 头颈鳞状细胞癌患者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2031 | 2025-10-06 |
A Self-Renewing Biomimetic Skeletal Muscle Construct Engineered using Induced Myogenic Progenitor Cells
2024-Jan, Advanced functional materials
IF:18.5Q1
DOI:10.1002/adfm.202300571
PMID:40677964
|
研究论文 | 本研究开发了一种使用诱导肌源性祖细胞构建的具有自我更新能力的仿生骨骼肌结构 | 首次利用诱导肌源性祖细胞构建包含自更新干细胞和排列整齐肌管的仿生肌肉结构,能够模拟体内骨骼肌修复过程 | NA | 开发能够模拟骨骼肌再生和对齐的体外系统,用于基础研究和再生医学 | 诱导肌源性祖细胞和人类成肌细胞 | 组织工程 | 肌肉疾病 | 静电纺丝、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2032 | 2025-10-06 |
KMT2D regulates tooth enamel development
2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.20.608898
PMID:39411159
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研究论文 | 本研究通过构建KMT2D条件性敲除小鼠模型,揭示了KMT2D在牙釉质发育中的关键作用机制 | 首次系统阐明了KMT2D通过直接调控关键基因参与成釉细胞分化的分子机制,为Kabuki综合征牙釉质发育异常提供了直接证据 | 研究仅使用小鼠模型,人类临床样本验证不足;单细胞RNA-seq数据为重新分析现有数据集 | 探究KMT2D基因在牙釉质发育过程中的具体功能和分子机制 | KMT2D条件性敲除小鼠模型及其牙胚组织 | 发育生物学 | 牙釉质发育不全 | 条件性基因敲除, micro-CT, 扫描电镜, RNA-seq, CUT&RUN-seq, 单细胞RNA-seq | 条件性敲除小鼠模型 | 基因组数据, 转录组数据, 影像数据, 组织学数据 | KMT2D条件性敲除小鼠及其对照 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CUT&RUN-seq | NA | NA |
| 2033 | 2025-10-06 |
Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry
2024-Dec, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03011-9
PMID:39122969
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研究论文 | 本研究建立了涵盖不同遗传背景女性乳腺组织的单核染色质可及性与转录组图谱 | 首次整合多遗传背景女性样本的单核染色质可及性和基因表达数据,揭示了乳腺细胞类型的祖先依赖性变异 | 样本量相对有限(92名女性),未涵盖所有遗传背景群体 | 构建健康乳腺组织的综合细胞图谱并探索遗传背景对细胞组成的影响 | 92名不同遗传背景女性的乳腺组织样本 | 单细胞组学 | 乳腺疾病 | 单核染色质可及性测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因组学数据, 转录组数据 | 92名女性乳腺组织样本 | NA | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2034 | 2025-10-06 |
Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes
2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.11.18.24317499
PMID:39606364
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据,增强了阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力 | 首次将空间转录组学与单核RNA测序数据整合,实现了皮质层特异性和细胞类型特异性的差异基因表达分析 | 研究依赖于深度学习工具CelEry推断的空间位置信息,可能存在推断误差 | 提升阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析效能 | 436例死后大脑的背外侧前额叶皮层组织 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,单核RNA测序,深度学习 | 线性混合回归模型,CelEry深度学习工具 | 基因表达数据,空间位置数据 | 约150万个细胞,来自436个死后大脑样本 | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | NA |
| 2035 | 2025-10-06 |
Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology
2024-Sep, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-02019-9
PMID:38168986
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研究论文 | 提出一种整合空间转录组学与组织学图像的超分辨率基因表达预测方法 | 基于分层图像特征提取的iStar方法,能够将基因表达分辨率提升至近单细胞水平 | NA | 通过整合空间转录组学和组织学图像实现超分辨率组织架构推断 | 组织样本中的空间基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,组织学成像 | 分层图像特征提取 | 空间转录组数据,高分辨率组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2036 | 2025-10-06 |
The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.18.607992
PMID:39229227
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和代谢通量分析发现糖酵解酶PGAM意外地抑制Th17细胞的致病性 | 首次揭示糖酵解途径中的PGAM反应对Th17细胞致病性具有负向调控作用,与传统认知相反 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,在人体中的验证尚需进一步研究 | 探究糖酵解反应在Th17细胞致病性调控中的作用机制 | T辅助17细胞(Th17细胞) | 单细胞组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序,代谢通量分析 | Compass算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2037 | 2025-10-06 |
Loss of Inpp5d has disease-relevant and sex-specific effects on glial transcriptomes
2024-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13901
PMID:38923164
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Inpp5d基因缺失对野生型小鼠大脑转录组的性别特异性影响 | 首次在无病理状态下揭示Inpp5d缺失对大脑转录组的基线影响,并发现性别特异性效应和基因共表达模块的崩溃 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究Inpp5d基因在神经退行性疾病中的功能机制 | 野生型小鼠大脑细胞 | 单细胞转录组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型小鼠大脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2038 | 2025-10-06 |
Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis
2024-Jul-18, Biology
DOI:10.3390/biology13070540
PMID:39056733
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荟萃分析 | 通过整合多个单细胞RNA测序数据集,系统分析异物反应中的细胞亚群特征和信号通路 | 首次对现有所有异物反应小鼠研究的单细胞RNA测序数据进行荟萃分析,识别跨模型和解剖位置的共同基因特征 | 仅基于小鼠研究数据,人类临床样本验证尚需进一步研究 | 识别异物反应中细胞特异性基因特征,为医疗植入物患者提供潜在治疗靶点 | 异物反应小鼠模型中的成纤维细胞和巨噬细胞亚群 | 单细胞生物学 | 异物反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 所有可用异物反应小鼠研究数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2039 | 2025-10-06 |
Cell Simulation as Cell Segmentation
2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591218
PMID:38712065
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研究论文 | 本研究采用从头细胞模拟方法改进单细胞空间转录组学中的细胞分割精度 | 将从头细胞模拟方法应用于细胞分割,能够快速推断形态学上合理的细胞边界并保持细胞类型异质性 | NA | 提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性和计算效率 | 肾细胞癌患者样本中的肿瘤浸润免疫细胞(中性粒细胞和T细胞) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞空间转录组学 | 从头细胞模拟 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 2040 | 2025-10-06 |
Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis
2024-06-28, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn5228
PMID:38941469
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研究论文 | 本研究揭示了肝星状细胞糖酵解通过空间特异性方式协调纤维化细胞外囊泡释放以放大肝纤维化的机制 | 首次阐明肝星状细胞糖酵解通过组蛋白修饰调控Rab31表达,在肝小叶中央区特异性促进纤维化细胞外囊泡释放的空间协调机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究肝星状细胞糖酵解如何通过空间特异性途径协调肝纤维化放大 | 肝星状细胞(HSCs)及其分泌的细胞外囊泡(EVs) | 空间转录组学 | 肝纤维化 | 空间转录组学, 遗传学抑制, 组蛋白修饰分析 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |