单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 2001 - 2020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2001 | 2025-10-07 |
ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm
2024-Nov-07, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10050-5
PMID:39508893
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk RNA-seq分析识别了与腹主动脉瘤CD4+T细胞浸润相关的生物标志物 | 首次发现NUPR1作为CD4+T细胞浸润相关的新型生物标志物，并验证其在血管平滑肌细胞中的表达和功能 | 研究主要基于GEO数据库数据，需要进一步临床验证 | 识别与腹主动脉瘤CD4+T细胞浸润相关的分子标志物 | 腹主动脉瘤患者样本和血管平滑肌细胞 | 生物信息学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR, 免疫组化, 免疫荧光 | 加权基因共表达网络分析, CIBERSORT | RNA-seq数据, 基因表达数据 | GEO数据库中的腹主动脉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2002 | 2025-10-07 |
Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion
2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03851-x
PMID:39487896
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤细胞表面Ly6E通过促进M2巨噬细胞积累导致CD8+ T细胞排斥的新机制 | 首次发现Ly6E通过调控M2巨噬细胞介导肿瘤免疫排斥的新机制 | 主要基于小鼠模型研究，人类临床验证仍需进一步开展 | 探究Ly6E在肿瘤微环境中调控免疫反应的分子机制 | 人类乳腺癌组织、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | 基因敲除和过表达小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 人类乳腺癌组织、多种肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2003 | 2025-10-07 |
Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model
2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05952-7
PMID:39294534
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研究论文 | 通过生物信息学方法筛选宫颈癌易感基因并构建线粒体自噬相关基因诊断模型 | 首次结合单细胞RNA测序数据和机器学习算法构建宫颈癌线粒体自噬相关基因的临床预后模型 | 未提及外部验证队列或模型泛化能力的详细评估 | 探索宫颈癌发病机制并改善早期诊断和治疗 | 宫颈癌患者和对照组的基因组数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 差异基因表达分析, 通路富集分析, 机器学习 | 临床预后模型 | 基因表达谱, 单核苷酸多态性数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2004 | 2025-10-07 |
Stem-like T cells in cancer and autoimmunity
2024-08, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13356
PMID:38804499
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综述 | 本文综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫疾病中的双重作用及其调控机制 | 系统阐述了干细胞样T细胞在肿瘤免疫和自身免疫中的相反作用，并探讨了微生物组和代谢对其调控的影响 | NA | 探讨干细胞样T细胞在癌症和自身免疫疾病中的功能及其临床意义 | 干细胞样T细胞 | 免疫学 | 癌症, 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2005 | 2025-10-07 |
BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae432
PMID:39242194
|
研究论文 | 提出一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架BANMF-S，用于单细胞RNA测序数据的插补 | 通过构建基因-基因相似性网络和细胞-细胞相似性网络作为正则化项，并采用分块化策略通过分布式随机梯度下降加速优化 | NA | 解决单细胞RNA测序中的dropout事件问题，提高数据质量 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF), 随机梯度下降 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2006 | 2025-10-07 |
Preoperative electroacupuncture versus sham electroacupuncture for the treatment of postoperative ileus after laparoscopic surgery for colorectal cancer in China: a study protocol for a multicentre, randomised, sham-controlled trial
2024-07-05, BMJ open
IF:2.4Q1
DOI:10.1136/bmjopen-2023-083460
PMID:38969370
|
研究论文 | 评估术前电针与假电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻恢复效果的多中心随机对照试验 | 首次采用多中心随机假对照试验设计评估术前电针对POI的预防作用，并结合单细胞RNA测序进行机制研究 | 样本量相对较小（80例），仅在中国进行，结果可能受文化背景和医疗实践差异影响 | 评估术前电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻的预防和恢复效果 | 接受结直肠癌腹腔镜手术的患者 | 临床医学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 随机对照试验 | 临床数据，生物样本 | 80例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2007 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges
2024-Apr-30, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-09553-y
PMID:38689046
|
综述 | 本文综述单细胞转录组学技术的发展背景、技术平台、应用场景及当前面临的挑战 | 系统整合单细胞转录组学最新技术进展，涵盖空间转录组学和多组学技术的衔接点 | 作为综述文章未涉及原始实验数据验证 | 总结单细胞转录组学技术发展现状与未来方向 | 单细胞测序技术及其生物信息学方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 2008 | 2025-10-07 |
Maternal factor Trim75 contributes to zygotic genome activation program in mouse early embryos
2024-Apr-20, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-09349-0
PMID:38643284
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据发现母源因子Trim75在小鼠早期胚胎合子基因组激活中的潜在作用 | 首次通过RNA速率分析识别Trim75作为次要ZGA的潜在驱动因子，并揭示其可能通过招募EP300和建立H3K27ac修饰促进胚胎发育 | 研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证 | 探索母源因子在哺乳动物合子基因组激活中的作用机制 | 小鼠早期胚胎和胚胎干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，RNA速率分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2009 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis reveals the transcriptional alterations in the submandibular glands of aged mice
2024-03, Journal of oral biosciences
IF:2.6Q1
DOI:10.1016/j.job.2023.12.002
PMID:38142941
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析老年小鼠颌下腺的转录组变化 | 首次在单细胞水平揭示老年小鼠颌下腺不同细胞类型的基因表达变化，特别是细胞衰老标志物和MHC I类分子的表达变化 | 研究仅针对小鼠模型，结果可能不完全适用于人类；样本量未明确说明 | 阐明衰老相关唾液腺变化的分子机制 | 成年和老年小鼠的颌下腺组织 | 单细胞组学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年和老年小鼠颌下腺（具体数量未说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2010 | 2025-10-07 |
COL6A3 enhances the osteogenic differentiation potential of BMSCs by promoting mitophagy in the osteoporotic microenvironment
2024-Jan-25, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-023-08918-z
PMID:38270688
|
研究论文 | 本研究探讨COL6A3基因通过促进线粒体自噬增强骨髓间充质干细胞在骨质疏松微环境中的成骨分化能力 | 首次发现COL6A3基因可通过促进线粒体自噬改善骨质疏松微环境中BMSCs的成骨分化能力 | 研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证 | 探索COL6A3基因在骨质疏松微环境中对BMSCs成骨分化的调控机制 | 骨髓间充质干细胞(BMSCs) | 细胞生物学 | 骨质疏松症 | 慢病毒转染, Western blot, 免疫荧光, TUNEL检测, JC-1染色 | NA | 蛋白质表达数据, 细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2011 | 2025-10-07 |
Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01794-1
PMID:39496796
|
研究论文 | 通过单细胞体深度RNA测序和空间转录组学技术构建人类背根神经节神经元图谱 | 首次在人类DRG神经元中实现单细胞体深度RNA测序，平均检测超过9,000个独特基因，识别出16种神经元类型，并发现可能存在人类特异性神经元类型 | 技术难度导致以往缺乏人类DRG神经元单细胞体转录组数据，研究中可能仍存在某些技术限制 | 探索人类体感系统的神经基础 | 人类背根神经节(DRG)神经元 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, RNAscope原位杂交, 分子特征引导的微神经图记录 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据, 电生理记录数据 | 多个个体的人类DRG神经元 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 单细胞体深度RNA测序 |
| 2012 | 2025-02-05 |
Development of a deep learning-based 1D convolutional neural network model for cross-species natural killer T cell identification using peripheral blood mononuclear cell single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, Veterinary world
IF:1.7Q2
DOI:10.14202/vetworld.2024.2846-2857
PMID:39897371
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于一维卷积神经网络（1DCNN）的模型，用于跨物种识别自然杀伤T细胞（NKT细胞），并利用外周血单核细胞（PBMC）的单细胞RNA测序数据进行验证 | 首次应用1DCNN模型进行跨物种NKT细胞识别，并成功识别了人类、犬类和猪类PBMC中的NKT细胞 | 需要进一步研究验证这些发现，并且模型在其他细胞类型识别中的应用尚未验证 | 开发一种用于跨物种NKT细胞识别的深度学习模型 | 人类、犬类和猪类的外周血单核细胞（PBMC） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 1DCNN | RNA测序数据 | 人类、犬类和猪类的PBMC数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 2013 | 2025-10-07 |
A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection
2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.603613
PMID:39091762
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了白纹伊蚊中肠细胞图谱，并研究了西尼罗河病毒感染的细胞特异性动态 | 首次在高效传播媒介白纹伊蚊中建立中肠单细胞图谱，揭示了不同细胞类型对病毒感染的差异性易感性 | 未检测到典型蚊虫抗病毒免疫基因在中肠整体水平上的显著上调 | 研究西尼罗河病毒在蚊虫中肠的感染动态和细胞特异性反应 | 白纹伊蚊中肠细胞 | 单细胞组学 | 西尼罗河病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2014 | 2025-10-07 |
Novel insights into the heterogeneity of FOXP3 + Treg cells in drug-induced allergic reactions through single-cell transcriptomics
2024-10, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-024-09509-1
PMID:39073709
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示FOXP3+调节性T细胞在药物诱导过敏反应中的异质性及其免疫调节作用 | 首次在药物诱导过敏反应背景下发现FOXP3+Treg细胞的显著转录组异质性，并证实FOXP3过表达可减轻过敏反应 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探究FOXP3+Treg细胞在药物诱导过敏反应中的异质性和免疫调节功能 | 小鼠模型中的FOXP3+调节性T细胞 | 单细胞转录组学 | 药物过敏反应 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,CRISPR/Cas9基因编辑,ELISA,细胞增殖检测 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2015 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing revealed immune heterogeneity and its association with disease activity in rheumatoid arthritis patients
2024-10, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-024-09513-5
PMID:39009881
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序技术，揭示类风湿关节炎患者免疫异质性及其与疾病活动的关联 | 首次整合单细胞转录组/T细胞受体测序与两个大型队列的bulk RNA测序数据，系统揭示类风湿关节炎中免疫细胞异质性及其临床关联 | 样本来源仅限于外周血单个核细胞和滑膜液，未包含其他组织类型 | 探究类风湿关节炎患者免疫环境特征及其与临床特征的关联 | 类风湿关节炎患者的外周血单个核细胞和滑膜液样本 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液样本，整合两个大型队列数据 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2016 | 2025-10-07 |
T cell receptor clonotype in tumor microenvironment contributes to intratumoral signaling network in patients with colorectal cancer
2024-10, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-024-09478-5
PMID:39112913
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌肿瘤微环境中T细胞受体克隆型与信号网络的关系 | 首次在结直肠癌中整合单细胞转录组和T细胞受体测序，揭示TCR克隆扩增与肿瘤免疫信号网络的关联 | 样本量相对有限（30对样本），且仅针对结直肠癌 | 探究结直肠癌肿瘤微环境中基因表达和免疫特征 | 结直肠癌患者肿瘤组织和配对正常组织 | 单细胞测序分析 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 数字图像分析 | NA | 单细胞基因表达数据, TCR序列数据, 图像数据 | 30对结直肠癌和配对正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2017 | 2025-10-07 |
ABCA7-dependent induction of neuropeptide Y is required for synaptic resilience in Alzheimer's disease through BDNF/NGFR signaling
2024-Sep-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100642
PMID:39216475
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研究论文 | 本研究通过构建abca7基因敲除斑马鱼模型，揭示了ABCA7通过调控神经肽Y表达维持阿尔茨海默病中突触完整性的新机制 | 首次发现ABCA7通过BDNF/NGFR信号通路调控神经肽Y表达，从而维持突触可塑性和脑韧性 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验，需要进一步在人类样本中验证 | 探究ABCA7基因在阿尔茨海默病发病机制中的功能作用 | 斑马鱼模型、人诱导多能干细胞分化的神经元、临床患者数据 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞转录组测序 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、转录组数据、临床数据 | 斑马鱼模型、人类神经元细胞、临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2018 | 2025-10-07 |
An 18-gene signature of recurrence-associated endothelial cells predicts tumor progression and castration resistance in prostate cancer
2024-Sep, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02761-0
PMID:38997406
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研究论文 | 本研究开发了一个18基因复发相关内皮细胞特征，用于预测前列腺癌的肿瘤进展和去势抵抗 | 首次识别并验证了与前列腺癌复发相关的内皮细胞亚群及其18基因特征，该特征在预测肿瘤复发和去势抵抗方面优于临床病理因素和商业基因签名 | 研究基于多个队列但样本量有限，需要进一步的功能验证和前瞻性研究确认临床适用性 | 探索前列腺癌中内皮细胞异质性对肿瘤复发和去势抵抗的预后和治疗意义 | 前列腺癌患者样本中的内皮细胞 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序，批量转录组分析，机器学习算法 | 11种机器学习算法通过嵌套交叉验证比较 | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 8个批量转录组队列和4个单细胞RNA测序队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2019 | 2025-10-07 |
Exploit Spatially Resolved Transcriptomic Data to Infer Cellular Features from Pathology Imaging Data
2024-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606654
PMID:39149252
|
研究论文 | 提出一种利用空间转录组数据标注病理图像的新方法，开发STpath模型预测细胞类型比例和肿瘤微环境分类 | 首次利用配对的空间转录组数据解决病理图像标注稀缺问题，开发了创新的迁移学习神经网络模型STpath | 训练数据有限，模型性能可能受细胞类型比例变化和图像分辨率影响 | 从病理成像数据中推断细胞特征，解决病理图像标注稀缺问题 | 乳腺癌数据集中的病理图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，深度学习 | 迁移学习神经网络，STpath | 病理图像，空间转录组数据 | 三个不同的乳腺癌数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2020 | 2025-10-07 |
Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546949
PMID:39071320
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研究论文 | 提出了一种基于空间转录组数据识别组织中空间同质区域的方法 | 开发了名为concordex的新工具，通过分析k近邻图来识别空间同质区域 | NA | 识别组织中细胞类型组成同质的空间区域 | 组织样本中的空间同质区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | k近邻图 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |