单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 1981 - 2000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1981 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes
2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599799
PMID:38948852
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研究论文 | 通过整合单细胞多组学数据识别少突胶质细胞中协同转录因子对基因表达的调控机制 | 首次结合scRNA-seq和scATAC-seq数据系统识别少突胶质细胞中协同转录因子，并开发深度学习模型量化TF-TF相互作用对靶基因表达的贡献 | 研究主要基于计算预测，实验验证仅限于部分TF对的共富集分析 | 解析少突胶质细胞中转录因子协同调控基因表达的分子机制 | 少突胶质细胞及其基因调控网络 | 生物信息学 | 脑部疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq, 深度学习 | 深度学习模型 | 单细胞转录组数据，单细胞染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1982 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the altered innate immunity in immune checkpoint inhibitor-related myocarditis
2024-06, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13770
PMID:38425094
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示免疫检查点抑制剂相关心肌炎中先天免疫系统的改变 | 首次构建了ICI相关心肌炎外周血单核细胞的细胞图谱，并发现S100A蛋白家族作为潜在血清标志物 | 样本量较小，仅包含肺鳞状细胞癌患者 | 探究免疫检查点抑制剂相关心肌炎的转录组特征和发病机制 | 肺鳞状细胞癌患者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据 | 4组患者（具体人数未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1983 | 2025-10-07 |
Early life vaccination reprograms the metabolism and function of myeloid cells in neonates
2024-06, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13772
PMID:38424694
|
研究论文 | 本研究揭示早期接种卡介苗通过mTOR/HIF1a信号通路和糖酵解重编程新生儿髓系细胞功能 | 首次发现BCG疫苗接种通过代谢重编程改变新生儿髓系细胞的免疫抑制功能 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类新生儿中验证 | 探究疫苗接种对新生儿免疫系统发育的影响机制 | 新生小鼠的髓系来源抑制细胞 | 免疫学 | 免疫相关疾病 | 单细胞转录组测序,代谢物分析,功能分析 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | 新生小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1984 | 2025-10-07 |
TRPV4-Expressing Tissue-Resident Macrophages Regulate the Function of Collecting Lymphatic Vessels via Thromboxane A2 Receptors in Lymphatic Muscle Cells
2024-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.21.595189
PMID:38826322
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研究论文 | 本研究揭示了表达TRPV4通道的组织驻留巨噬细胞通过血栓素A2受体调控淋巴管收缩功能的机制 | 首次发现TRPV4阳性组织驻留巨噬细胞通过TXA2-TXA2R信号轴调控淋巴管功能，为淋巴水肿治疗提供新靶点 | 研究主要基于动物模型，人类临床验证尚需进一步研究 | 探究TRPV4通道在淋巴管中的表达及其对淋巴管收缩功能的调控机制 | 收集淋巴管、组织驻留巨噬细胞、淋巴肌细胞 | 免疫学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序, 压力肌动描记术 | NA | 基因表达数据, 生理功能数据 | 小鼠、大鼠和非人灵长类动物的淋巴管样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1985 | 2025-10-07 |
Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842
PMID:39911580
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研究论文 | 本研究通过分析33种癌症的免疫特征，建立了区分热/冷肿瘤的框架，并发现可将冷肿瘤转化为热肿瘤的潜在药物 | 开发了定制化免疫图谱来区分热/冷肿瘤，识别了调控肿瘤微环境的关键枢纽基因，并通过药物敏感性分析发现可转化冷肿瘤的候选药物 | 热/冷肿瘤的临床相关定义尚未达成共识，研究结果需要在更多癌症类型中进一步验证 | 研究免疫调控基因对热/冷肿瘤微环境的影响及其对癌症治疗和患者预后的作用 | 33种癌症类型的肿瘤样本和胰腺腺癌临床队列患者 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学, 基因集变异分析, 分子对接分析 | CIBERSORT算法 | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | 33种癌症类型的数据集和胰腺腺癌临床队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 多重免疫组织化学 | NA | NA |
| 1986 | 2025-02-07 |
Application of deep learning models on single-cell RNA sequencing analysis uncovers novel markers of double negative T cells
2024-12-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-82406-7
PMID:39732739
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研究论文 | 本研究应用深度学习模型分析单细胞RNA测序数据，揭示了C57BL/6小鼠脾脏双阴性T细胞的新标记物 | 使用深度学习模型scVI捕捉非线性基因表达模式，发现了新的双阴性T细胞亚群标记物，并通过流式细胞术验证 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证较少 | 揭示双阴性T细胞的新标记物及其在自身免疫中的潜在作用 | C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Single Cell Variational Inference (scVI) | 基因表达数据 | C57BL/6小鼠和MRL/lpr小鼠的双阴性T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1987 | 2025-02-07 |
STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae670
PMID:39715685
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STCGAN的新型循环一致性生成对抗网络，用于空间转录组学中的细胞去卷积 | STCGAN首次采用循环一致性生成对抗网络（CGAN）在空间转录组数据上进行预训练，确保从ST数据到潜在空间的映射及其反向映射的一致性，从而捕捉复杂的空间基因表达模式并学习鲁棒的潜在表示 | 尽管STCGAN在模拟和真实数据集上表现出色，但其在更广泛的组织类型和更复杂的组织架构中的适用性仍需进一步验证 | 提高空间转录组数据中细胞类型去卷积的准确性，以更精确地描绘组织架构 | 空间转录组数据（ST数据）和单细胞RNA测序数据（scRNA-seq数据） | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | CGAN（循环一致性生成对抗网络） | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 五个模拟和真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1988 | 2025-02-05 |
Correction to: STCGAN: a novel cycle-consistent generative adversarial network for spatial transcriptomics cellular deconvolution
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf064
PMID:39902583
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1989 | 2025-02-07 |
Single-cell omics and machine learning integration to develop a polyamine metabolism-based risk score model in breast cancer patients
2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-06001-z
PMID:39441216
|
研究论文 | 本研究结合单细胞组学和机器学习，开发了一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型 | 首次将单细胞组学与机器学习结合，开发基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，揭示了肿瘤微环境的异质性 | 未提及样本的具体数量，可能影响模型的泛化能力 | 开发一种基于多胺代谢的乳腺癌风险评分模型，以个性化预后评估 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | SuperPC模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1990 | 2025-02-07 |
A prospective diagnostic model for breast cancer utilizing machine learning to examine the molecular immune infiltrate in HSPB6
2024-Oct-23, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05995-w
PMID:39441229
|
研究论文 | 本研究利用机器学习技术分析乳腺癌中的分子免疫浸润，特别是HSPB6基因，以开发一种前瞻性诊断模型 | 通过机器学习模型识别乳腺癌诊断的关键基因，并揭示HSPB6在细胞迁移、增殖和凋亡中的作用 | 研究主要基于体外细胞实验，需要进一步在体内模型中验证 | 深入了解乳腺癌的分子机制，并识别与疾病相关的关键基因 | 乳腺癌相关数据集和MCF7细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 差异基因表达分析、基因集富集分析（GSEA）、加权共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 乳腺癌相关数据集和MCF7细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1991 | 2025-10-07 |
Leukocyte-and Platelet-Rich Fibrin for enhanced tissue repair: an in vitro study characterizing cellular composition, growth factor kinetics and transcriptomic insights
2024-Sep-04, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-09890-y
PMID:39230578
|
研究论文 | 本研究通过体外实验深入分析白细胞和富血小板纤维蛋白的细胞组成、生长因子动力学和转录组特征 | 首次在细胞、蛋白质组和转录组水平上全面表征L-PRF，揭示了单核细胞向巨噬细胞分化的过程 | 样本量较小（流式细胞术n=4，单细胞RNA测序n=5），仅为体外研究 | 深入了解L-PRF的组成及其在组织愈合中的可能机制作用 | 人类L-PRF膜和液体L-PRF胶 | 组织工程 | 组织修复 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，RT-qPCR，ELISA | NA | 细胞计数数据，基因表达数据，蛋白质浓度数据 | 流式细胞术4个样本，单细胞RNA测序5个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1992 | 2025-10-07 |
A unique human cord blood CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T-cell subset identified by flow cytometric data analysis using Seurat
2024-09, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13803
PMID:38798051
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研究论文 | 本研究将原本用于单细胞RNA测序分析的Seurat软件包成功应用于高维流式细胞术数据分析，并鉴定出脐带血中独特的CD8+CD45RA+CD27+CD161+ T细胞亚群 | 首次将Seurat软件包重新用于流式细胞术数据分析，并发现脐带血中特有的T细胞亚群 | 方法验证相对有限，仅与另一种分析包和传统手动分析进行了比较 | 开发高维流式细胞术数据分析方法并鉴定新型免疫细胞亚群 | 成人血液和脐带血中的T细胞 | 临床免疫学 | NA | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | Seurat, Spectre | 流式细胞术数据, 单细胞RNA测序数据 | 成人血液和脐带血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 流式细胞术 | NA | 20标记抗体panel |
| 1993 | 2025-10-07 |
Oral Cannabidiol Treatment Is Associated with an Anti-Inflammatory Gene Expression Signature in Myeloid Cells of People Living with HIV
2024-Aug, Cannabis and cannabinoid research
IF:3.1Q2
DOI:10.1089/can.2023.0139
PMID:38252549
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析HIV感染者接受口服大麻二酚治疗后髓系细胞的基因表达变化 | 首次在HIV感染者中通过单细胞RNA测序揭示大麻二酚治疗与髓系细胞抗炎基因表达特征的关联 | 样本量较小（仅3名HIV感染者），观察时间较短（27-60天） | 探究大麻二酚治疗对HIV感染者外周血单个核细胞基因表达的影响 | HIV感染者的外周血单个核细胞 | 单细胞基因组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 3名HIV感染者，约41,000个外周血单个核细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1994 | 2025-02-07 |
Transcription factor KLF2 is associated with the dysfunctional status of NK cells and the prognosis of pediatric B-ALL patients
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1456004
PMID:39906661
|
研究论文 | 本研究探讨了转录因子KLF2与NK细胞功能失调状态及儿童B-ALL患者预后的关系 | 首次在单细胞水平上揭示了B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征，并发现KLF2在NK细胞中的表达与B-ALL患者的不良预后相关 | 样本量相对较小，且仅针对儿童B-ALL患者，未涵盖其他类型的白血病 | 研究B-ALL患者骨髓微环境中NK细胞的分子遗传学特征及其功能抑制机制 | 43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者的外周血样本，以及139名B-ALL患者的骨髓样本 | 分子遗传学 | B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL） | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 无监督聚类 | RNA测序数据 | 147名样本（43名健康志愿者和104名儿童B-ALL患者），以及139名B-ALL患者的骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1995 | 2025-02-06 |
Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer
2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.628014
PMID:39763802
|
研究论文 | 本文研究了在癌症中1型树突状细胞（cDC1）对三级淋巴结构（TLS）形成、维持和功能的关键作用 | 揭示了cDC1在肿瘤早期和进展阶段对TLS形成和维持的不同机制，并提出了cDC1靶向治疗作为增强TLS功能和抗肿瘤免疫的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类癌症患者中验证 | 探讨1型树突状细胞在癌症中三级淋巴结构形成和维持中的作用 | 非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型 | 免疫学 | 肺癌 | 空间转录组学、多重成像 | 小鼠模型 | 图像、转录组数据 | 多种人类肿瘤样本及小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1996 | 2025-10-07 |
Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors
2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03839-7
PMID:39708127
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，开发了膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的预后基因标志物 | 首次结合bulk和单细胞RNA-seq数据识别与膀胱癌免疫治疗预后相关的基因特征，并联合肿瘤突变负荷进行综合预后评估 | 研究依赖于公共数据集，需要进一步的前瞻性验证 | 开发可靠的生物标志物以改善膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的预后分层 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CIBERSORT分析 | 基因特征评分模型 | 基因表达数据 | 多个公共数据集（GSE176307, GSE135337）和两个独立验证数据集 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1997 | 2025-10-07 |
Decoding the muscle transcriptome of patients with late-onset Pompe disease reveals markers of disease progression
2024-Dec-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae249
PMID:39045638
|
研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了晚发型庞贝病肌肉转录组特征及疾病进展标志物 | 首次应用单核RNA测序技术研究LOPD患者骨骼肌细胞的转录异质性，并结合空间转录组学技术定位病理改变 | 样本量较小（8例患者和4例对照），需要更大规模研究验证发现 | 揭示晚发型庞贝病肌肉损伤的分子病理生理机制 | 晚发型庞贝病患者的肌肉活检样本和健康对照肌肉样本 | 数字病理学 | 庞贝病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 组织学图像 | 8例LOPD患者肌肉活检样本和4例健康对照肌肉样本 | NanoString | 单核RNA测序, 空间转录组学 | GeoMx | 单核RNA测序结合GeoMx空间转录组学平台 |
| 1998 | 2025-10-07 |
AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae166
PMID:39660254
|
研究论文 | 提出了一种名为AnnoGCD的计算框架，用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型注释 | 结合广义类别发现和异常检测，能够在半监督设置下同时分类已知细胞类型和发现新细胞类型 | 仅在五个人类单细胞RNA测序数据集和一个小鼠模型图谱上进行了评估 | 开发自动细胞类型注释的计算框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督学习，广义类别发现，异常检测 | 单细胞RNA测序数据 | 五个人类数据集和一个小鼠图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1999 | 2025-10-07 |
Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae179
PMID:39703422
|
研究论文 | 本研究提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种不同的转录模式 | 首次利用双模态单细胞RNA测序数据的二维形状信息，发现了四种可解释的转录模式 | 仅在细胞周期和结直肠癌两个数据集中进行了验证，需要更多数据集验证普适性 | 探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式及其生物学意义 | 细胞周期数据集和结直肠癌数据集中的基因表达模式 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 椭圆参数化方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2000 | 2024-11-15 |
Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments
2024-Nov-08, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10053-2
PMID:39514125
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |