单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1981	2024-12-24	Expanding GABAergic Neuronal Diversity in iPSC-Derived Disease Models 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626438 PMID:39677822	研究论文	本研究开发了一种新策略，通过过表达转录因子ASCL1和DLX2并结合双SMAD和WNT抑制，高效驱动人类多能干细胞分化为多种区域特异性的GABA能神经元类型	本研究创新性地整合了转录因子过表达与信号通路抑制，成功分化出多样化的GABA能神经元，并揭示了其命运调控机制	传统方法在神经分化、培养周期和PSC系间变异性方面存在挑战	开发一种新策略以克服传统方法的局限性，并研究GABA能神经元在神经发育和精神疾病中的作用	人类多能干细胞衍生的GABA能神经元及其在疾病模型中的应用	神经科学	神经发育障碍	单细胞测序	NA	基因表达数据	多种区域特异性的GABA能神经元类型
1982	2024-12-24	PRDM16 determines specification of ventricular cardiomyocytes by suppressing alternative cell fates 2024-Dec, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402719 PMID:39304345	研究论文	本文研究了转录因子PRDM16在心脏发育早期阶段的作用，特别是其对心室心肌细胞特化的影响	首次证明了PRDM16在心肌细胞中通过抑制其他细胞命运来决定心室心肌细胞的特化	NA	探讨PRDM16在心脏发育中的作用及其对心室心肌细胞特化的影响	PRDM16在心脏发育中的功能及其对心室心肌细胞特化的调控机制	NA	心血管疾病	RNA+ATAC单细胞测序	NA	RNA数据	NA
1983	2024-12-24	IGF2BP2 Shapes the Tumor Microenvironment by Regulating Monocyte and Macrophage Recruitment in Bladder Cancer 2024-Dec, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70506 PMID:39711402	研究论文	本研究探讨了IGF2BP2在膀胱癌肿瘤微环境中的作用，特别是其对单核细胞和巨噬细胞招募的影响	首次揭示了IGF2BP2作为m6A阅读子在调节膀胱癌肿瘤微环境中对巨噬细胞招募和极化的关键作用	研究主要基于公共数据库的数据分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨IGF2BP2在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗效果的影响	IGF2BP2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	膀胱癌	RNA-seq	NA	转录组数据	来自公共数据库的转录组和单细胞RNA-seq数据
1984	2024-12-24	stHGC: a self-supervised graph representation learning for spatial domain recognition with hybrid graph and spatial regularization 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae666 PMID:39710435	研究论文	提出了一种名为stHGC的自监督图表示学习框架，用于空间域识别，结合了混合图和空间正则化	创新点在于提出了stHGC框架，通过混合邻居图和自监督图表示学习方法，有效整合了空间位置和基因表达信息，并引入了空间正则化约束以保留空间邻居的结构信息	未提及具体的局限性	旨在解决空间转录组学中有效整合空间位置和基因表达信息的挑战，以准确识别空间域	研究对象是空间转录组数据中的空间域识别	空间转录组学	NA	自监督图表示学习	图注意力机制	空间转录组数据	未提及具体的样本数量
1985	2024-12-24	A scalable approach to topic modelling in single-cell data by approximate pseudobulk projection 2024-Oct, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202402713 PMID:39107066	研究论文	本文提出了一种可扩展的方法ASAP，用于单细胞数据中的主题建模，通过近似伪批量投影来减少计算资源需求	ASAP方法比现有方法更准确，且计算时间大幅减少，内存消耗更低	NA	开发一种适用于单细胞RNA-seq数据分析的可扩展主题建模方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	主题模型	基因表达数据	大量单细胞
1986	2024-12-24	PD-L1 regulates inflammatory programs of macrophages from human pluripotent stem cells 2024-02, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302461 PMID:37949473	研究论文	本文研究了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中的炎症调控作用	首次揭示了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中调控炎症程序的作用	实验中使用的PD-L1 KO细胞系和抑制剂的具体细节未在摘要中明确说明	探讨PD-L1在巨噬细胞发育和炎症调控中的作用	人类多能干细胞衍生的巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	PD-L1 KO人类多能干细胞及其衍生的巨噬细胞
1987	2024-12-24	MICA: a multi-omics method to predict gene regulatory networks in early human embryos 2024-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302415 PMID:37879938	研究论文	本文评估了不同线性和非线性基因调控网络（GRN）预测方法在单细胞模拟和人类胚胎转录组数据集上的应用，并比较了表达归一化对GRN预测的影响	提出了基于互信息（MI）和染色质可及性（CA）的非线性方法MICA，用于单细胞转录组数据集的GRN预测，捕捉复杂的非单调依赖性和反馈回路	NA	在早期人类胚胎中预测基因调控网络	单细胞模拟数据集和人类胚胎转录组数据集	基因组学	NA	单细胞组学	非线性方法	转录组数据	NA
1988	2024-12-23	Integrated machine learning reveals the role of tryptophan metabolism in clear cell renal cell carcinoma and its association with patient prognosis 2024-Dec-21, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00576-w PMID:39707545	研究论文	本研究探讨了色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与患者预后的关联，并开发了一个基于色氨酸代谢的预测模型	首次开发了基于色氨酸代谢的预测模型，用于评估透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	实验验证仅限于少数基因和组织样本，需要进一步的临床验证	研究色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发预测模型以改善患者分层和个性化治疗	透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、qRT-PCR、Western blot、CCK8实验、transwell实验	机器学习模型	多组学数据	多个数据集和实验样本
1989	2024-12-23	Single-cell transcriptomics reveal the prognostic roles of epithelial and T cells and DNA methylation-based prognostic models in pancreatic cancer 2024-Dec-21, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-024-01800-0 PMID:39709423	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序和DNA甲基化数据，揭示了胰腺癌中上皮细胞和T细胞的预后作用，并构建了基于DNA甲基化的预后模型	首次整合单细胞RNA测序和DNA甲基化数据，构建了基于上皮细胞和T细胞特异性甲基化模式的预后模型	研究主要基于TCGA数据集，可能存在样本偏倚，需要进一步在其他数据集上验证	探讨胰腺癌中不同细胞类型的预后作用，并开发基于DNA甲基化的预后模型	胰腺癌中的上皮细胞和T细胞，以及基于这些细胞的DNA甲基化特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，DNA甲基化	NA	基因组数据，临床数据	使用了TCGA数据集进行验证
1990	2024-12-23	Low expression of CCKBR in the acinar cells is associated with insufficient starch hydrolysis in ruminants 2024-Dec-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07406-9 PMID:39706905	研究论文	本文研究了成年山羊和新生山羊胰腺外分泌功能的差异，并探讨了CCKBR受体表达与反刍动物淀粉消化能力的关系	首次结合scRNA-seq和蛋白质组学分析，揭示了成年山羊胰腺外分泌功能优于新生山羊，并发现CCKBR受体在腺泡细胞中的低表达与淀粉水解不足有关	研究仅限于山羊，未探讨其他反刍动物的情况	探讨反刍动物淀粉消化能力低下的生理机制，为提高淀粉利用率提供理论依据	成年山羊和新生山羊的胰腺外分泌功能及CCKBR受体表达	NA	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学分析	NA	RNA, 蛋白质	成年山羊和新生山羊
1991	2024-12-23	Crosstalk between CD180-overexpression macrophages and glioma cells worsens patient survival through malignant phenotype promotion and immunosuppressive regulation 2024-Dec-20, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-01029-w PMID:39707188	研究论文	研究探讨了CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞之间的相互作用，揭示了其通过促进恶性表型和免疫抑制调控来恶化患者生存的机制	首次揭示了CD180在胶质瘤中的预后作用及其在免疫抑制调控和恶性表型促进中的作用，为胶质瘤的免疫治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨CD180在胶质瘤中的分子机制及其对患者预后的影响	CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞的相互作用	数字病理学	脑肿瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	使用了三个胶质瘤细胞系进行共培养实验
1992	2024-12-23	Single-cell analysis reveals the loss of FABP4-positive proliferating valvular endothelial cells relates to functional mitral regurgitation 2024-Dec-20, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03791-4 PMID:39707349	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织，揭示了FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少与功能性二尖瓣反流的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了功能性二尖瓣反流患者中FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少，并验证了FABP4在促进瓣膜内皮细胞增殖和迁移中的作用	样本量较小，仅包括6名患者，且未探讨FABP4减少的具体机制	深入理解功能性二尖瓣反流的病理机制，并识别二尖瓣组织中各细胞亚型的分子变化	功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	6名患者（3名功能性二尖瓣反流患者和3名非疾病对照）
1993	2024-12-23	Integrating single-cell RNA-Seq and machine learning to dissect tryptophan metabolism in ulcerative colitis 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05934-w PMID:39707393	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和机器学习技术，解析了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性及其关键基因	首次在单细胞水平揭示了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性，并确定了关键基因CTSS、S100A11和TUBB	NA	解析溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的调控机制及其关键基因	溃疡性结肠炎中的色氨酸代谢及其相关基因	机器学习	炎症性肠病	单细胞RNA测序	随机森林、Boruta算法、LASSO、SVM-RFE、GBM	RNA	NA
1994	2024-12-23	C3+ cancer-associated fibroblasts promote tumor growth and therapeutic resistance in gastric cancer via activation of the NF-κB signaling pathway 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05939-5 PMID:39707456	研究论文	研究探讨了C3+癌症相关成纤维细胞通过激活NF-κB信号通路促进胃癌生长和治疗抵抗的作用	首次揭示了C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的具体标记物及其通过NF-κB信号通路促进肿瘤进展和治疗抵抗的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其治疗策略的有效性	探讨C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌中的C3+癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胃癌	单细胞测序、多重免疫荧光染色、RNA干扰	NA	RNA序列、免疫荧光图像	多个独立胃癌患者队列及体外细胞实验
1995	2024-12-23	Single-cell multi-omics analysis reveals candidate therapeutic drugs and key transcription factor specifically for the mesenchymal subtype of glioblastoma 2024-Dec-20, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01332-3 PMID:39707474	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序和批量RNA测序数据，揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子	本研究首次通过多组学分析揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子，并验证了其在体外和人体样本中的有效性	本研究的局限性在于仅聚焦于胶质母细胞瘤的间质亚型，未涵盖其他亚型，且体外实验结果需进一步在临床试验中验证	研究胶质母细胞瘤间质亚型的详细特征，发现潜在的治疗策略，并提高对GBM患者的精准治疗	胶质母细胞瘤的间质亚型肿瘤细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）、批量RNA测序	NA	基因组数据	55,845个来自肿瘤和邻近正常组织的单细胞
1996	2024-12-23	A novel risk model consisting of nine platelet-related gene signatures for predicting prognosis, immune features and drug sensitivity in glioma 2024-Dec-20, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-024-00355-7 PMID:39707577	研究论文	本文构建了一个包含九个血小板相关基因特征的风险模型，用于预测胶质瘤的预后、免疫特征和药物敏感性	首次提出基于九个血小板相关基因的预后模型，并发现这些基因与肿瘤微环境密切相关，可能有助于指导胶质瘤的临床治疗和预后	NA	研究血小板相关基因在胶质瘤治疗和预后中的作用	胶质瘤患者的预后、免疫特征和药物敏感性	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
1997	2024-12-23	Elaiophylin targets EIF4B to suppress the growth of esophageal squamous cell carcinoma via the PI3K/AKT signaling pathway 2024-Dec-16, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217401 PMID:39694222	研究论文	本研究探讨了elaiophylin在食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞中的作用，发现其通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制ESCC细胞的增殖和促进凋亡	首次报道了elaiophylin通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制食管鳞状细胞癌的增殖和促进凋亡	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床试验数据支持	探讨elaiophylin在食管鳞状细胞癌中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	NA	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 磷酸化抗体阵列, Gene Ontology, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics	NA	基因表达数据	体外和体内实验中使用了ESCC细胞
1998	2024-12-23	Epigenetic characterization of adult rhesus monkey spermatogonial stem cells identifies key regulators of stem cell homeostasis 2024-Dec-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1013 PMID:39535033	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色质状态分析，揭示了成年恒河猴精原干细胞（SSCs）的表观遗传特征，并鉴定了调控干细胞稳态的关键因子	首次在恒河猴模型中系统地表征了精原干细胞及其前体细胞的表观遗传特征，并揭示了TGF-β信号通路在促进精原干细胞自我更新中的作用	研究仅限于恒河猴模型，尚未在人类精原干细胞中验证这些发现	揭示精原干细胞稳态调控的表观遗传机制，为优化灵长类精原干细胞体外扩增条件提供线索	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，染色质状态分析	NA	RNA序列，染色质状态	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞样本
1999	2024-12-23	Exploring the Prognostic Value of Tumour-Associated Genes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma Through Single-Cell RNA Sequencing Insights 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70297 PMID:39706820	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关基因的预后价值，并构建了一个结合Lasso回归和生存支持向量机的预后模型	首次通过单细胞RNA测序技术深入研究透明细胞肾细胞癌的复杂性，并构建了一个结合多种机器学习算法的预后模型，揭示了免疫细胞浸润对患者预后的重要影响	研究主要基于TCGA、ICGC和微阵列数据集，可能存在数据来源的局限性	探索透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境对治疗效果的影响，并识别关键的预后标志物	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境和肿瘤相关基因	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	Lasso回归和生存支持向量机	基因表达数据	多个队列的数据，包括TCGA、ICGC和微阵列数据集
2000	2024-12-23	scRGCL: a cell type annotation method for single-cell RNA-seq data using residual graph convolutional neural network with contrastive learning 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae662 PMID:39708840	研究论文	提出了一种基于残差图卷积神经网络和对比学习的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scRGCL	scRGCL通过残差图卷积神经网络提取复杂的高阶特征，利用对比学习学习有意义的细胞间差异特征，并通过权重冻结避免过拟合	现有的深度学习方法未能充分利用细胞间的差异特征，缺乏灵活性以整合高阶特征，且低维基因特征可能导致神经网络过拟合	开发一种新的深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序	残差图卷积神经网络	基因表达数据	8个单细胞基准数据集，包括7个人类数据集和1个小鼠数据集