单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-09-07	Bridging gaps: a neural network approach for cross-species scRNA-seq analysis in COVID-19 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105324 PMID:39236555	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
182	2025-07-29	Revealing the crucial roles of suppressive immune microenvironment in cardiac myxoma progression 2024-08-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01912-2 PMID:39090109	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了心脏粘液瘤的细胞组成，揭示了其免疫微环境的关键作用	首次定义了心脏粘液瘤细胞群，并发现其与免疫细胞的相互作用对栓塞发生有重要影响	样本量相对有限，且仅基于单中心数据	探究心脏粘液瘤的细胞组成及其与免疫微环境的相互作用	心脏粘液瘤组织和其中的细胞	单细胞组学	心脏粘液瘤	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	75,641个细胞
183	2025-07-29	A Cullin 5-based complex serves as an essential modulator of ORF9b stability in SARS-CoV-2 replication 2024-06-28, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01874-5 PMID:38937432	研究论文	本研究揭示了SARS-CoV-2中ORF9b蛋白通过CUL5-TOM70-HSP90α复合物调控其稳定性的机制，并探讨了HSP90抑制剂对病毒复制的抑制作用	首次发现ORF9b蛋白在K67位点发生泛素化并通过蛋白酶体途径降解，揭示了CUL5-TOM70-HSP90α复合物在调控ORF9b稳定性中的关键作用	研究主要关注ORF9b蛋白的调控机制，未全面探讨其他病毒蛋白的相互作用	阐明SARS-CoV-2中ORF9b蛋白的稳定性调控机制及其在病毒免疫逃逸中的作用	SARS-CoV-2病毒及其突变株（如Delta和Omicron）中的ORF9b蛋白	病毒学	COVID-19	泛素化分析、单细胞测序	NA	蛋白质相互作用数据、单细胞测序数据	COVID-19患者的肺上皮细胞单细胞测序数据
184	2025-07-29	Inhibition of the eukaryotic initiation factor-2α kinase PERK decreases risk of autoimmune diabetes in mice 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176136 PMID:38889047	研究论文	该研究通过抑制PERK激酶活性，探索预防或延缓自身免疫性1型糖尿病（T1D）发作的策略	发现PERK抑制可逆转应激状态下人类胰岛的mRNA翻译阻滞，并延迟糖尿病发作，减少胰岛炎症，保护β细胞质量	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛体外实验，尚未进行人体临床试验	探索通过靶向PERK激酶预防或延缓1型糖尿病发作的可行性	易患T1D的小鼠模型、人类胰岛和EndoC-βH1人类β细胞	分子医学	1型糖尿病	单细胞RNA测序、空间蛋白质组学	动物模型（小鼠）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型、人类胰岛和β细胞系
185	2025-07-29	Space-feature measures on meshes for mapping spatial transcriptomics 2024-Apr, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2023.103068 PMID:38176357	研究论文	本文提出了一种称为空间特征度量LDDMM的新算法，用于计算微分同胚空间中的测地线，以整合分子和细胞尺度的空间转录组数据	首次提出空间特征度量LDDMM算法，扩展了LDDMM算法家族，支持空间特征对标记粒子的作用，并推导出转录组数据与标准图谱的跨模态对齐算法	未提及具体样本量或实验验证的详细结果	开发算法以实现分子和细胞尺度空间转录组数据的整合与对齐	小鼠大脑中的空间转录组数据	计算解剖学	NA	MERFISH	LDDMM	空间转录组数据	NA
186	2025-07-29	Comparative single-cell RNA sequencing analysis of immune response to inactivated vaccine and natural SARS-CoV-2 infection 2024-04, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29577 PMID:38572977	研究论文	通过单细胞RNA测序比较分析灭活疫苗与自然SARS-CoV-2感染引起的免疫反应	首次对灭活疫苗和自然感染引起的免疫反应进行单细胞RNA测序比较分析，揭示了不同的免疫反应模式和细胞通讯机制	样本量较小（12名接种疫苗个体和COVID-19患者），仅分析了PBMC样本	比较灭活SARS-CoV-2疫苗和自然感染引起的免疫反应差异	12名接种灭活疫苗个体的PBMC样本与COVID-19患者的PBMC样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	12名接种疫苗个体和若干COVID-19患者的PBMC样本
187	2025-07-29	Immune features revealed by single-cell RNA and single-cell TCR/BCR sequencing in patients with rheumatoid arthritis receiving COVID-19 booster vaccination 2024-04, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29573 PMID:38566569	研究论文	通过单细胞RNA测序和单细胞TCR/BCR测序揭示了类风湿关节炎患者在接受COVID-19加强疫苗接种后的免疫特征	首次在类风湿关节炎患者中使用单细胞RNA测序和单细胞TCR/BCR测序技术，全面分析了COVID-19加强疫苗接种后的外周免疫反应和TCR/BCR免疫库特征	样本量较小，仅包括稳定期的类风湿关节炎患者，且仅观察了疫苗接种前后两个时间点的变化	研究COVID-19加强疫苗接种对类风湿关节炎患者免疫细胞亚群及其反应的影响	类风湿关节炎患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞TCR/BCR测序(scTCR/BCR-seq)	NA	单细胞转录组数据, TCR/BCR序列数据	类风湿关节炎患者接种COVID-19加强疫苗前后的配对PBMCs样本
188	2025-07-29	vSPACE: Exploring Virtual Spatial Representation of Articular Chondrocytes at the Single-Cell Level 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.577817 PMID:38370845	研究论文	本文介绍了一种名为vSPACE的新方法，用于在2D空间中虚拟展示单细胞RNA测序数据，模拟空间转录组学技术	开发了vSPACE方法，首次在单细胞水平上虚拟展示人类关节软骨细胞的空间分布模式	仅针对健康捐赠者的关节软骨细胞进行研究，未涉及疾病状态或更大样本量	探索单细胞RNA测序数据的虚拟空间表示方法	人类关节软骨细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	6名健康捐赠者的关节软骨细胞
189	2025-07-29	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad173 PMID:37772937	研究论文	该研究通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了与脊索瘤进展相关的内质网应激相关CAF亚群	首次在脊索瘤中鉴定出表达低氧基因并富集内质网应激功能的CAF亚群，并揭示了其与肿瘤细胞的相互作用及临床意义	样本量相对有限（6个肿瘤样本和3个对照样本用于scRNA-seq），且需要进一步的功能实验验证	解析脊索瘤中CAF的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	脊索瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, 多重定量免疫荧光（QIF）	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 免疫荧光图像	6个脊索瘤样本（3原发+3复发）和3个髓核对照样本用于scRNA-seq，126例患者用于bulk RNA-seq分析，105例患者用于QIF验证
190	2025-07-28	SNRPB2 in the pan-cancer landscape: A bioinformatics exploration and validation in hepatocellular carcinoma 2024-12, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111445 PMID:39366532	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证，探讨了SNRPB2在泛癌景观中的作用，特别是在肝细胞癌中的表达及其对癌细胞增殖和迁移的影响	首次全面评估SNRPB2在多种癌症类型中的表达模式及其与预后的关联，并通过实验验证了SNRPB2在肝细胞癌中的功能	需要进一步探索SNRPB2的潜在机制和临床治疗潜力	研究SNRPB2在癌症发生发展中的作用及其作为预后生物标志物和免疫治疗候选的潜力	SNRPB2基因及其在多种癌症类型中的表达和功能	生物信息学	肝细胞癌	基因表达分析、基因组和表观基因组分析、基因集富集分析(GSEA)、免疫细胞浸润评估、单细胞测序	NA	基因表达数据、基因组数据、表观基因组数据	来自TCGA、CPTAC和GEO等多个公共数据库的数据
191	2025-07-26	Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation 2024-12, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416 PMID:39293745	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞测序和实验验证，阐明了铁死亡在心力衰竭中的机制	识别并验证了在心力衰竭中表现出差异表达的与铁死亡相关的基因，特别是SLC39A14和QSOX1，为心力衰竭的靶向治疗提供了新见解	研究结果需要进一步的实验验证以确认这些基因在心力衰竭中的具体作用机制	阐明铁死亡在心力衰竭中的机制	心力衰竭数据集、心力衰竭细胞和小鼠模型	生物信息学	心血管疾病	转录组学、单细胞测序、LASSO回归、SVM-RFE机器学习技术	LASSO回归、SVM-RFE	基因表达数据	127个差异表达的与铁死亡相关的基因（DFRGs），包括83个下调基因和44个上调基因
192	2025-07-26	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞的异质性及其在不同神经系统疾病中的特异性亚群	发现了小胶质细胞在氧化代谢和杂环代谢之间的核心分化，并鉴定了与抗原呈递、运动性和增殖相关的亚群，同时验证了诱导多能干细胞模型系统能够捕捉体内异质性	研究样本来自已故捐赠者，可能无法完全反映活体小胶质细胞的动态变化	探索人类小胶质细胞的异质性及其在神经系统疾病中的作用，以促进靶向治疗的发展	人类小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNAscope-免疫荧光, MERFISH	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	215,680个小胶质细胞来自74名捐赠者
193	2025-07-26	Identification of transcriptional signature change and critical transcription factors involved during the differentiation of mouse trophoblast stem cell into maternal blood vessel associated trophoblast giant cell 2024-11, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111359 PMID:39179089	研究论文	本研究通过RNA测序技术，探索了小鼠滋养层干细胞分化为母体血管相关滋养层巨细胞的转录特征变化及关键转录因子	首次比较了体外分化的滋养层巨细胞与体内不同亚型的转录组特征，并鉴定了ZMAT1、EGR1和MITF等关键转录因子在分化过程中的作用	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索滋养层干细胞分化的分子机制及其与胎盘功能的关系	小鼠滋养层干细胞及其分化产物滋养层巨细胞	发育生物学	胎盘功能异常相关疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
194	2025-07-26	A prognostic biomarker of disulfidptosis constructed by machine learning framework model as potential reporters of pancreatic adenocarcinoma 2024-11, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111371 PMID:39209222	研究论文	本研究通过机器学习框架模型构建了一种预测胰腺腺癌（PAAD）预后的生物标志物，探索了双硫死亡（disulfidptosis）与PAAD的关联及其在免疫浸润和药物敏感性中的作用	首次在PAAD中系统研究了双硫死亡的遗传和机制层面，并构建了基于双硫死亡的预后模型，同时验证了基因MET在双硫死亡中的关键作用	样本量较小（仅16个PAAD样本），且研究结果需要更大规模的临床验证	探索双硫死亡在PAAD中的作用机制及其作为预后标志物的潜力	胰腺腺癌（PAAD）患者样本和PAAD细胞系	机器学习	胰腺癌	scRNA-seq, LASSO回归, WGCNA	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据	16个PAAD样本（来自GSE154778数据集）和TCGA-PAAD数据库数据
195	2025-07-26	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619910 PMID:39554174	研究论文	本研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞重编程的能力，使其表现出与阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型	首次使用IL4、CSF1/MCSF、IL34和TGFβ等细胞因子混合物诱导人类巨噬细胞向疾病相关状态重编程，模拟了疾病相关小胶质细胞（DAM）和脂质相关巨噬细胞（LAM）的转录状态	研究仅在体外THP-1巨噬细胞系中进行，未在体内或原代细胞中验证	探索巨噬细胞在神经退行性疾病中的作用及其治疗潜力	人类THP-1巨噬细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	体外培养的THP-1巨噬细胞系
196	2025-07-26	Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.612147 PMID:39314271	研究论文	利用原代人呼吸道上皮细胞（hAECs）模拟肺部环境，研究两种临床重要真菌病原体的细胞特异性反应	首次报道了对感染曲霉和球孢子菌的hAECs进行单细胞转录分析，提供了关键的疾病机制数据集	动物模型不能完全模拟人类疾病，研究依赖于体外模型	研究呼吸系统真菌感染的早期发病机制	原代人呼吸道上皮细胞（hAECs）	单细胞分析	呼吸系统真菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
197	2025-07-26	Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1815 PMID:39183480	研究论文	该研究通过多组学整合揭示了eccDNAs通过STING信号通路在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的致癌作用	首次报道了eccDNAs在DLBCL中的表达谱及其通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路的机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步开展	探究eccDNAs在DLBCL发生发展中的作用机制	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)及其相关分子机制	肿瘤分子生物学	淋巴瘤	circular DNA测序(circle-seq)、原子力显微镜、CCK-8、scRNA-seq	动物模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及GEO数据库分析和动物实验
198	2025-07-26	Generating Neuroimmune Assembloids Using Human Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Derived Cortical Organoids and Microglia 2024-Jul-09, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2024_554 PMID:38976205	research paper	本文提出了一种使用人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官和小胶质细胞生成神经免疫组装体的新方法	创新点在于将小胶质细胞整合到皮质类器官中，确保其长期存活和成熟，为研究神经细胞类型与免疫细胞在神经系统疾病中的相互作用提供了新工具	传统类器官协议常忽视小胶质细胞的作用，而本文方法弥补了这一不足，但未提及可能的技术挑战或局限性	研究目的是开发一种能够模拟神经发育和神经系统疾病的体外模型系统	研究对象是人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官和小胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色	神经免疫组装体	RNA-seq数据、图像数据	NA
199	2025-07-26	Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development 2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.599011 PMID:38948840	研究论文	本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育程序的转录和表观遗传图谱，揭示了年龄相关的基因调控程序差异及其与表型和功能的关系	发现了从发育早期就随年龄分化的基因模块，揭示了新生小鼠在早期胸腺细胞发育中具有更开放的染色质状态，并利用CRISPR扰动方法结合单细胞RNA测序发现了一个保守的转录调节因子	研究仅限于小鼠模型，人类T细胞发育的年龄相关差异仍需进一步验证	探究T细胞发育过程中年龄相关的基因调控程序差异	新生和成年小鼠的T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR扰动	NA	转录组数据, 表观遗传数据	新生和成年小鼠的T细胞样本
200	2025-07-26	High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation 2024-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01815-7 PMID:37291427	research paper	介绍了一种名为MAS-ISO-seq的高通量RNA异构体测序技术，通过编程方式连接cDNA以提高长读长测序的通量	提出了一种新的技术MAS-ISO-seq，能够将cDNA编程连接成适合长读长测序的分子，使通量提高了15倍以上	未提及具体的技术限制或潜在问题	提高RNA异构体测序的通量，以更高效地捕获完整的转录异构体	肿瘤浸润T细胞的单细胞RNA测序	基因组学	肿瘤	MAS-ISO-seq, 长读长测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量，但提到每个测序运行可产生近4000万cDNA读长