单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-06-18	A new integrative analysis of histopathology and single cell RNA-seq reveals the CCL5 mediated T and NK cell interaction with vascular cells in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2024-05-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05304-6 PMID:38797830	研究论文	通过组织病理学和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了特发性肺动脉高压中CCL5介导的T细胞和NK细胞与血管细胞的相互作用	结合WGCNA、差异表达分析、PPI和功能富集分析，以及血流动力学相关的组织病理学评分，识别了IPAH中与炎症相关的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序数据进一步验证了这些基因的表达细胞类型及其细胞间相互作用	研究中使用的单细胞RNA测序数据可能受到样本量和数据质量的限制	探索特发性肺动脉高压（IPAH）中炎症和免疫失调的机制	IPAH患者的肺组织样本和单细胞RNA测序数据	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、差异表达分析、PPI分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	IPAH患者和对照组的肺组织样本，以及单细胞RNA测序数据
182	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534017 PMID:37034704	研究论文	本文提出了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	开发了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的新方法，用于大规模筛选细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件	未明确提及方法的适用范围或潜在的实验限制	开发一种方法用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因治疗	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, 单细胞RNA测序(sc-RNA-seq)	NA	基因表达数据	493个gRNAs靶向的候选调控元件
183	2025-06-18	Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9859 PMID:38536921	研究论文	研究谷氨酰胺拮抗剂DRP-104在KEAP1突变肺癌中抑制肿瘤生长并增强检查点阻断反应的效果	首次展示了DRP-104通过抑制谷氨酰胺依赖的核苷酸合成和促进抗肿瘤T细胞反应来抑制KEAP1突变肿瘤的生长，并增强抗PD1治疗的响应	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方法	KEAP1突变的肺癌肿瘤	肿瘤学	肺癌	多模态单细胞测序和体外功能实验	NA	NA	临床前患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型
184	2025-06-18	Spatially resolved single-cell atlas of ascidian endostyle provides insight into the origin of vertebrate pharyngeal organs 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi9035 PMID:38552007	research paper	通过Stereo-seq和单细胞RNA测序技术，构建了海鞘内柱的空间分辨单细胞图谱，揭示了脊椎动物咽部器官的进化起源	发现了与脊椎动物听觉侧线系统毛细胞转录组相似的细胞群，重塑了对基础脊索动物咽部的理解	NA	探索脊椎动物咽部器官的进化起源	海鞘内柱	单细胞测序	NA	Stereo-seq, 单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
185	2025-06-18	Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex 2024-03-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn9998 PMID:38536915	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和条形码谱系追踪技术，揭示了哺乳动物大脑皮层发育中多个平行细胞谱系的存在	发现了多个顶端放射状胶质细胞(RGC)类别启动平行谱系，最终汇聚到共同的新生神经元类别，这一现象在具有折叠皮层的物种(如雪貂和人类)中保守，但在小鼠中不保守	研究主要关注雪貂和人类，未全面涵盖其他哺乳动物物种	探究具有扩展生发区和折叠皮层物种(如人类)的大脑皮层神经发生机制	雪貂和人类大脑皮层生发区的祖细胞及其谱系	发育神经生物学	大脑皮层畸形	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 条形码谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个雪貂和人类皮层生发区样本
186	2025-06-18	Gastrulation-stage gene expression in Nipbl+/- mouse embryos foreshadows the development of syndromic birth defects 2024-03-22, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4239 PMID:38507484	research paper	研究Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚阶段的基因表达变化，以预测综合征性出生缺陷的发生	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚和早期心脏新月阶段的基因表达异常及其与Cornelia de Lange综合征的关联	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探讨Nipbl基因缺陷如何通过基因表达失调和细胞谱系分配异常导致出生缺陷	Nipbl+/-和野生型小鼠胚胎	发育生物学	Cornelia de Lange综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和Nipbl+/-小鼠胚胎
187	2025-06-18	Kidins220 and Aiolos promote thymic iNKT cell development by reducing TCR signals 2024-03-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj2802 PMID:38489359	研究论文	本文研究了Kidins220和Aiolos在胸腺iNKT细胞发育过程中通过减少TCR信号的作用	首次揭示了Kidins220通过调节TCR信号在iNKT细胞发育不同阶段的双重作用，并确定了Aiolos作为Kidins220下游效应分子的角色	研究主要基于小鼠模型，人类iNKT细胞中的类似机制尚未验证	阐明Kidins220在iNKT细胞发育过程中的调控机制	胸腺iNKT细胞	免疫学	NA	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	T细胞特异性Kidins220敲除小鼠和Aiolos敲除小鼠
188	2025-06-18	Single-cell nanobiopsy enables multigenerational longitudinal transcriptomics of cancer cells 2024-03-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl0515 PMID:38446884	研究论文	介绍了一种能够从单个细胞及其后代中进行多代纵向细胞质采样的纳米活检平台	开发了一种基于扫描离子电导显微镜（SICM）的纳米活检平台，实现了对单个细胞及其后代的多代纵向转录组分析	目前仅在体外对胶质母细胞瘤细胞进行了72小时的实验，尚未在更广泛的细胞类型或更长时间内验证	研究细胞状态转换的动态轨迹，特别是癌症细胞在化疗和放疗后的转录组变化	胶质母细胞瘤（GBM）脑肿瘤细胞	单细胞测序技术	胶质母细胞瘤	扫描离子电导显微镜（SICM），单细胞RNA测序	NA	转录组数据	体外培养的胶质母细胞瘤细胞，实验持续72小时
189	2025-06-18	ACC1-mediated fatty acid biosynthesis intrinsically controls thymic iNKT cell development 2024-02-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad049 PMID:38041796	研究论文	本研究探讨了乙酰辅酶A羧化酶1（ACC1）在胸腺不变自然杀伤T细胞（iNKT细胞）发育中的关键作用	揭示了ACC1通过调控细胞存活来控制胸腺iNKT细胞发育的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类iNKT细胞的发育	探究代谢通路在iNKT细胞发育中的作用	胸腺iNKT细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	T细胞特异性ACC1缺失的小鼠模型
190	2025-06-18	Techniques for Rapidly Sampling Six Crucial Organs in Adult Xenopus 2024-02-16, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66489 PMID:38436453	研究论文	本文提供了一种快速采样成年非洲爪蟾六个关键器官的技术方案	更新了成年非洲爪蟾器官识别和取样的标准，以适应定量蛋白质组学和单细胞转录组学等现代方法的需求	仅针对六种特定器官，未涵盖所有可能的器官或组织	建立成年非洲爪蟾器官识别和取样的标准化方法，以促进多实验室对成年器官系统的研究	成年非洲爪蟾的心脏心室、肝脏、脂肪体、胰腺、成对肾脏和皮肤	生物医学研究	NA	定量蛋白质组学、单细胞/核转录组学、原位杂交、免疫组织化学、组织学	NA	组织样本	NA
191	2025-06-18	Identification of immune-related gene signatures for chronic obstructive pulmonary disease with metabolic syndrome: evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-01-29, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxad043 PMID:37878760	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）共有的免疫相关基因标记	首次结合WGCNA和机器学习方法筛选并验证了13个COPD与MetS共有的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序分析揭示了肺泡巨噬细胞中ROS的积累	研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索COPD与MetS共有的免疫相关生物标志物及其潜在机制	慢性阻塞性肺疾病（COPD）与代谢综合征（MetS）患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病, 代谢综合征	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	机器学习（具体模型未说明）	RNA测序数据	NA
192	2025-06-18	Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341 PMID:39896798	research paper	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病(AML)中的疗效和安全性	首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因HSCT后复发的AML患者，并探索了CD4+和CD8+ CAR-T细胞比例对副作用的影响	样本量较小(仅12例患者完成治疗)，且缺乏长期随访数据	评估供体CLL-1 CAR-T细胞治疗移植后复发AML的安全性和有效性	14例异基因HSCT后复发的AML患者(最终12例完成治疗)	细胞治疗	急性髓系白血病	CAR-T细胞治疗，scRNA-seq	NA	临床数据，单细胞转录组数据	12例完成治疗的AML患者
193	2025-06-18	Advances in epigenetic studies of plant cadmium stress 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1489155 PMID:40520647	综述	本文综述了植物对镉胁迫的表观遗传响应及其机制，旨在为分析主要作物重金属胁迫的表观遗传机制提供理论见解	结合基因组学、单细胞测序、stereo-seq等先进技术与表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术，全面深入研究植物在镉暴露后的表观遗传变化	NA	分析植物对镉胁迫的表观遗传机制，为可持续农业和重金属污染土壤的生物修复提供理论支持	植物对镉胁迫的表观遗传响应	植物生物学	NA	基因组学、单细胞测序、stereo-seq、表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术	NA	NA	NA
194	2025-06-17	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种计算方法来整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率上整合了3D染色质结构和基因表达数据，定义了新的拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD）	研究主要基于乳腺癌细胞模型系统，可能在其他癌症类型中的适用性有待验证	探索3D染色质结构在单细胞分辨率上对细胞异质性的调控机制	乳腺癌细胞	计算生物学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	MUDI算法	单细胞测序数据	公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据
195	2025-06-17	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561724 PMID:39386437	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）和匹配的正常乳腺组织，揭示了基因型与表型之间的复杂关系及其对上皮组成的影响	利用单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异（CNV）分析DCIS病变，揭示了肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联，并发现特定细胞状态比例的改变与癌症进展相关	研究主要基于临床标本和档案样本，可能受到样本数量和质量的限制	探究导管原位癌（DCIS）生长及进展为浸润性癌症的机制	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异（CNV）分析、系统发育分析	NA	RNA-seq数据	临床标本和档案样本中的DCIS病变及正常乳腺组织
196	2025-06-17	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a myeloid cell-related regulon predicting neoadjuvant immunotherapy response across cancers 2024-05-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05123-9 PMID:38773508	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了与髓系细胞相关的调节子在预测跨癌症新辅助免疫治疗反应中的作用	发现了一个与免疫检查点抑制剂(ICI)反应相关的PPARG调节子，并构建了髓系细胞图谱	研究样本量有限，主要集中在肺癌、结直肠癌和乳腺癌	探索免疫治疗反应的潜在机制并预测ICI反应	肺癌、结直肠癌和乳腺癌患者	生物信息学	肺癌、结直肠癌、乳腺癌	scRNA-seq、pySCENIC、Symphony参考映射	NA	RNA测序数据	1例治疗前和1例治疗后达到病理完全缓解的肺腺癌患者，以及多个公共数据集（包括TCGA泛癌队列和5个ICI转录组队列）
197	2025-06-17	Human surface ectoderm and amniotic ectoderm are sequentially specified according to cellular density 2024-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh7748 PMID:38427729	research paper	该研究开发了一种人类多能干细胞模型，用于研究羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制	提出了基于细胞密度的人类羊膜外胚层和表面外胚层分化机制的新模型	研究结果基于体外培养系统，可能无法完全反映体内发育情况	探究人类非神经外胚层发育机制	人类多能干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	干细胞分化模型	基因表达数据	NA
198	2025-06-17	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	研究探讨了运动如何通过激活代谢转换酶SCD1产生保护性代谢物来改善血管健康	揭示了运动通过增加SCD1表达催化抗炎脂质代谢物，从而减轻血管炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究运动对血管保护的代谢机制	野生型小鼠和内皮特异性SCD1敲除小鼠	心血管生物学	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、计算机模拟分析、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
199	2025-06-15	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	研究论文	本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，以提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性	NA	提高单细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组学数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	三个商业平台生成的数据集
200	2025-06-15	Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer 2024-02, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.7053 PMID:38426622	review	本文综述了乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常发育和癌症进展中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示乳腺和乳腺癌中巨噬细胞亚群的异质性及其功能差异	NA	探讨乳腺和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	乳腺组织中的组织驻留巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	NA	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	NA