单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-09-25	Unveiling Molecular Diversity in Cerebral Thrombi via Spatial Transcriptomics 2024-10, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.047907 PMID:39206540	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2	2025-07-15	GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease 2024-Jul-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2 PMID:38196575	研究论文	利用单细胞和空间转录组学技术分析健康与疾病状态下的人类小唾液腺，揭示了干燥综合征（SjD）中特定腺泡细胞类型的免疫靶向机制	发现了新型浆液黏液腺泡细胞类型，并鉴定出SjD中特异性受攻击的腺泡细胞亚群，揭示了GZMK+CD8+ T细胞通过细胞毒性表型与免疫相关上皮细胞的物理关联机制	未明确SjD病因学或提出针对性治疗方案	解析干燥综合征的细胞水平病理机制	人类小唾液腺组织中的各类细胞（特别是腺泡细胞和CD8+ T细胞）	单细胞组学	干燥综合征	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据	健康与SjD患者的小唾液腺样本（具体数量未说明）
3	2025-07-15	COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors 2024-05-20, Thorax IF:9.0Q1 DOI:10.1136/thorax-2022-219958 PMID:38286613	research paper	本研究探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）基底细胞在环境应激下的分泌型与多纤毛细胞失衡现象及其对疾病进展的影响	首次揭示了COPD-IV期基底细胞的独特基因表达模式及其对支气管上皮细胞组成和环境纳米颗粒抵抗力的影响	样本量较小（COPD-IV n=4，COPD-II n=3，健康对照n=4），且仅针对特定纳米颗粒（氧化锌）进行研究	阐明COPD患者支气管上皮细胞对环境纳米颗粒的抵抗机制	原发性人支气管上皮细胞（pHBECs）	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺病（COPD）	单细胞转录组分析、功能测定、蛋白质分析	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	COPD-IV期4例，COPD-II期3例，健康对照4例
4	2025-07-14	Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia 2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00560-0 PMID:39243082	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和V(D)J测序技术，识别了ADGRG1作为急性髓系白血病(AML)中肿瘤反应性T细胞的特定标志物	首次将ADGRG1鉴定为AML中CD8+T肿瘤反应性T细胞的特定标志物，并通过小鼠模型和CAR-T系统验证其功能	研究样本仅限于RUNX1::RUNX1T1突变的AML患者，可能不适用于其他亚型	探索AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标志物	急性髓系白血病患者的骨髓T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，STARTRAC-like算法	Runx1; Mx1-Cre小鼠模型	单细胞转录组数据	新诊断的RUNX1::RUNX1T1突变AML患者的骨髓T细胞
5	2025-07-12	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	开发了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	MatriCom基于独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的涉及基质组分的相互作用，覆盖约80%的哺乳动物基质组基因	NA	阐明不同细胞群在ECM-ECM和细胞-ECM相互作用中的作用及其在癌症或纤维化等疾病中的失调	ECM组分和细胞群	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	scRNA-Seq数据	整合了46个scRNA-Seq数据集
6	2025-07-12	Evaluating the role of IER3+ macrophages in the prognosis of liver fibrosis by bulk and single-cell transcriptional analyses 2024-Dec, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2024.100132 PMID:40635861	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，评估IER3+巨噬细胞在肝纤维化预后中的作用	建立了一个包含四个基因（IER3、AKR1B10、ADCY1和PGM1）的肝纤维化相关预后模型FMSig，并发现IER3在髓样细胞中高表达，与抗炎和脂质代谢功能相关	研究依赖于公开数据集，可能缺乏临床样本的直接验证	探索肝纤维化的复杂发病机制并识别能预测肝纤维化预后的关键遗传标记	肝纤维化患者和健康对照	数字病理学	肝纤维化	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	FMSig（纤维化巨噬细胞相关预后特征）	RNA测序数据	数据集GSE84044、GSE130970和GSE15654
7	2025-07-12	The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL 2024-10-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8760 PMID:39365855	research paper	本文揭示了内皮细胞衍生的TRAIL在缺血条件下稳定微血管生成中的作用	发现了TRAIL在促进新生血管形成和血管稳定中的新作用，并提出了重新利用TRAIL-R2激动剂治疗缺血性疾病的潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床应用的可行性和安全性需要进一步验证	探究TRAIL在缺血条件下微血管生成和稳定中的作用机制	内皮细胞、周细胞及其相互作用	血管生物学	外周动脉疾病(PAD)	单细胞RNA测序	小鼠缺血模型	基因表达数据	小鼠模型和患者动脉样本
8	2025-07-12	Loss of synovial tissue macrophage homeostasis precedes rheumatoid arthritis clinical onset 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1252 PMID:39321281	研究论文	该研究深入探讨了类风湿关节炎（RA）患者、RA风险个体和健康对照者滑膜中的髓系细胞景观	发现了一种表达CD40的CD206CD163巨噬细胞群体在RA炎症滑膜中占主导地位，并揭示了其在疾病活动性和治疗反应中的作用	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的RA亚型	探索RA发病前滑膜组织巨噬细胞的稳态变化及其在疾病发生中的作用	类风湿关节炎患者、RA风险个体和健康对照者的滑膜组织	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术、RNA测序、代谢分析、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	67,908个RA和健康对照的滑膜组织细胞
9	2025-07-12	Skewed epithelial cell differentiation and premature aging of the thymus in the absence of vitamin D signaling 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9582 PMID:39321290	研究论文	本文研究了维生素D信号缺失对胸腺上皮细胞分化和胸腺早衰的影响	揭示了维生素D信号在维持胸腺上皮细胞正常分化和功能以及延缓胸腺衰老中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究维生素D信号对胸腺上皮细胞分化和胸腺功能的影响	Cyp27b1基因敲除小鼠的胸腺上皮细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
10	2025-07-12	A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.614002 PMID:39372792	研究论文	本研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的高频率但功能耗竭的现象，并发现了SPP1+巨噬细胞与CD8+ T细胞的相互作用在肝脏纤维化区域中的富集	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的功能及其对免疫检查点抑制剂治疗的影响	小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤及原发性结肠癌	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学CODEX、高维多组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠肿瘤模型和患者样本（具体数量未提及）
11	2025-07-12	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-09-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	本文利用SNCA三倍体iPSC衍生的皮质类器官模拟路易体病，并筛选潜在治疗药物	首次在人类iPSC衍生的皮质类器官中重现α-突触核蛋白病理，并筛选出四种FDA批准药物可抑制α-SYN聚集	研究仅针对SNCA三倍体突变导致的LBD，可能不适用于其他类型的LBD	探究α-突触核蛋白在皮质神经元中的病理机制并寻找潜在治疗药物	路易体病患者的iPSC衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	神经退行性疾病研究	路易体病	单细胞RNA测序、实时震动诱导转化实验	iPSC衍生的皮质类器官模型	基因表达数据、分子功能数据	来自SNCA三倍体LBD患者的iPSC系
12	2025-07-12	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	研究论文	通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
13	2025-07-12	Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado0424 PMID:39151009	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术，在海葵中鉴定出表达生殖系相关标记的细胞群体，并发现Nanos2对生殖系形成不可或缺	揭示了Nanos2在刺胞动物体细胞和生殖系干细胞中的保守作用，为刺胞动物干细胞系统的共同进化起源提供了证据	研究仅针对海葵Nematostella vectensis，未涵盖其他刺胞动物物种	表征刺胞动物中保守的干细胞标记基因	海葵Nematostella vectensis	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞转录组学、基因敲除	NA	基因表达数据	NA
14	2025-07-12	RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions 2024-07-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022295 PMID:38643494	research paper	该研究分析了超过10,000名不同浆细胞疾病患者的RAS/RAF通路突变情况，揭示了其在多发性骨髓瘤中的分子异质性	首次在大规模浆细胞疾病患者队列中描述了RAS/RAF突变景观，并通过单细胞测序证实突变主要发生在不同亚克隆中	研究主要基于诊断或复发时的突变情况，对疾病进展过程中的动态变化缺乏长期追踪	阐明浆细胞疾病中RAS/RAF通路的突变特征及其临床意义	10,000多名不同浆细胞疾病患者	肿瘤基因组学	多发性骨髓瘤	NGS, 单细胞测序	NA	基因组测序数据	>10,000例患者（包括29例进行单细胞测序）
15	2025-07-12	Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma 2024-07, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15375 PMID:38886907	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于M2型肿瘤相关巨噬细胞的预后特征，以揭示EGFR阴性肺腺癌的免疫景观并筛选药物	构建了一个基于M2-TAM的预后特征，探索了EGFR阴性LUAD的免疫景观，并预测患者对免疫治疗的反应	研究仅基于RNA测序数据，未考虑其他可能的分子机制	提高EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果	EGFR阴性肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO回归分析	RNA测序数据	NA
16	2025-07-12	Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon 2024-05-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043 PMID:38489234	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和高通量T细胞受体测序，揭示了Sézary综合征（SS）中恶性CD4+ T细胞的免疫学转变及其与单细胞功能失调的关系	发现I型干扰素与抗CCR4抗体联合使用可激活单细胞吞噬作用并清除Sézary细胞，为SS治疗提供了新的靶向联合疗法	研究主要基于体外实验和小规模患者数据，需要更大规模的临床试验验证	探索Sézary综合征的发病机制及优化治疗方案	恶性CD4+ T细胞和功能失调的单细胞	免疫学	Sézary综合征	单细胞转录组分析, 高通量T细胞受体测序	NA	转录组数据, 临床数据	未明确说明患者数量
17	2025-07-12	High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation 2024-Apr, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01815-7 PMID:37291427	研究论文	介绍了一种名为MAS-ISO-seq的高通量RNA异构体测序技术，通过编程方式连接cDNA以提高长读长测序的通量	提出了一种新的技术MAS-ISO-seq，能够将cDNA编程连接成适合长读长测序的分子，使测序通量提高了15倍以上	NA	提高RNA异构体测序的通量，以更高效地捕获完整的转录异构体	互补DNA（cDNA）和肿瘤浸润T细胞的单细胞RNA测序	基因组学	肿瘤	MAS-ISO-seq，长读长测序	NA	RNA测序数据	每次测序运行产生近4000万cDNA读取
18	2025-07-11	Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus 2024-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2023.2281228 PMID:38347676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿童和成人系统性红斑狼疮(SLE)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)组成和转录特征，揭示了两者之间的差异和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平比较儿童和成人SLE患者的PBMC组成和转录特征，并鉴定出潜在的治疗靶点	样本量可能有限，且未进行功能验证实验	探究儿童和成人SLE患者在PBMC组成和转录特征上的差异	儿童和成人SLE患者及健康对照者的PBMCs	单细胞组学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	儿童和成人SLE患者及匹配的健康供体
19	2025-07-11	Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619644 PMID:39484551	研究论文	本研究通过构建首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，揭示了与炎症性肠病相关的代谢变化	首次构建了人类结肠上皮细胞的特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并整合单细胞RNA测序数据预测疾病相关代谢特征	模型预测结果需要进一步实验验证，且目前仅关注结肠上皮细胞，未全面考虑其他细胞类型的影响	解析人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在疾病状态下的变化	人类结肠上皮细胞及其在炎症性肠病(克罗恩病和溃疡性结肠炎)中的代谢特征	系统生物学	炎症性肠病(包括克罗恩病和溃疡性结肠炎)	基因组尺度代谢模型(GEM)、单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	基因组数据、转录组数据	NA
20	2025-07-11	Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022 PMID:38772365	研究论文	本研究探讨了皮肤炎症中上皮细胞与17型免疫之间的代谢协调机制	揭示了HIF1α在IL-17信号下游驱动银屑病上皮重塑的作用，并发现糖酵解自主促进上皮病理和乳酸产生，进而增强γδ T17细胞反应	研究主要基于小鼠模型和体外人类银屑病病变，可能不完全反映人类体内复杂情况	探究炎症性上皮疾病中免疫和上皮细胞如何同时维持其高度代谢需求	皮肤上皮细胞和17型免疫细胞	免疫代谢	银屑病	单细胞转录组学、空间转录组学(ST)、免疫荧光	小鼠皮肤炎症模型	转录组数据、图像数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类银屑病病变和小鼠模型