单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7508 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-09-18 |
Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.07.617088
PMID:39416029
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研究论文 | 开发了Vispro工具，用于提升Visium空间转录组学图像分析质量 | 首个端到端全自动图像处理工具，集成四个关键模块处理基准标记和组织区域 | NA | 解决空间转录组学图像中基准标记和背景区域干扰的问题 | 10x Visium空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 2 | 2025-09-18 |
Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off
2024-Jun, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463
PMID:38846809
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在斑马鱼生殖毒理学中的应用现状及其与传统方法的权衡 | scRNA-seq技术为识别罕见细胞亚型及毒物暴露影响提供了新颖的细胞水平视角 | scRNA-seq在生殖毒理学领域仍属未充分开发利用的技术，且需权衡与传统方法的利弊 | 探索scRNA-seq在生殖毒理学，特别是斑马鱼模型中的应用潜力与挑战 | 斑马鱼性腺组织及毒物暴露下的细胞表达谱 | 生殖毒理学 | NA | scRNA-seq, NGS | NA | 转录组数据 | NA |
| 3 | 2025-09-18 |
A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.10.588953
PMID:38645099
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研究论文 | 研究人类特异性增强子HAR.324对WNT信号受体FZD8的调控作用及其在皮质发育中的功能 | 首次通过基因编辑小鼠和灵长类模型证明人类特异性HAR增强子通过调控神经祖细胞增殖能力精细调节皮质发育和连接性 | NA | 探索人类加速区域(HARs)在人类特异性皮质发育中的功能贡献 | 基因编辑小鼠、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮质类器官 | 发育生物学 | NA | 基因编辑、活体成像、谱系分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、成像数据 | 多种基因编辑动物模型和细胞模型（具体数量未明确说明） |
| 4 | 2025-09-18 |
Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution
2024-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805
PMID:38309446
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术揭示了垂直袖状胃切除术（VSG）对小鼠小肠上皮细胞类型特异性基因表达和代谢通路的调控作用 | 首次在单细胞分辨率下系统定义VSG对肠道上皮不同细胞谱系的影响，并发现VSG特异性恢复线粒体呼吸和细胞代谢通路 | 研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性仍需验证 | 探究垂直袖状胃切除术（VSG）对肠道上皮细胞的分子水平适应机制 | 小鼠小肠上皮细胞 | 单细胞组学 | 肥胖与糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 验证性小鼠模型（具体数量未明确说明） |
| 5 | 2025-09-15 |
Construction of thyroid cancer classification and iodine metabolism related diagnostic model using thyroid differentiation score and bioinformation
2024-Sep-06, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039464
PMID:39252309
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研究论文 | 构建基于甲状腺分化评分和生物信息学的甲状腺癌分类及碘代谢相关诊断模型 | 整合甲状腺分化评分、多组学数据和机器学习方法，首次开发出与碘代谢相关的THCA亚型诊断模型，并鉴定出5个独立预测基因 | NA | 提高甲状腺癌不同亚型的诊断准确性和治疗针对性 | 甲状腺癌（THCA）患者 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | RNA-seq, qRT-PCR, GSVA, 机器学习 | 逻辑回归诊断模型 | 基因表达数据，临床病理信息，单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的甲状腺癌样本 |
| 6 | 2025-09-14 |
An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07926-8
PMID:39232171
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研究论文 | 研究揭示了呼吸道病毒感染后长期肺纤维化的免疫-上皮祖细胞异常生态位机制 | 首次发现CD8 T细胞-巨噬细胞互作通过IFNγ/TNF-IL-1β轴抑制肺泡再生并驱动纤维化 | 基于小鼠模型，人类临床转化需进一步验证 | 阐明新冠病毒等呼吸道病毒后遗症（PASC）的分子机制并探索治疗策略 | 病毒感染后肺纤维化小鼠模型及三个呼吸道PASC患者队列 | 免疫病理学 | 呼吸道病毒感染后遗症 | 空间转录组学、成像技术、细胞因子中和疗法 | NA | 基因表达数据、影像数据、临床样本数据 | 三个患者队列（具体样本数未注明）及小鼠模型 |
| 7 | 2025-09-14 |
CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia
2024-09-12, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021680
PMID:38776511
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研究论文 | 本研究通过多模态方法揭示了CD8+ T细胞分化状态与急性髓系白血病治疗反应的关系 | 发现早期记忆CD8+ T细胞分化为两种不同终末状态，并揭示向衰老状态倾斜的分化轨迹与治疗抵抗相关 | NA | 探究CD8+ T细胞分化状态和功能障碍与AML治疗反应的关系 | 急性髓系白血病患者的CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 急性髓系白血病 | 高维流式细胞术、单细胞转录组学 | NA | 流式细胞数据、单细胞转录组数据 | 整合多个独立数据集的AML CD8+单细胞图谱 |
| 8 | 2025-09-14 |
From womb to wellness: early environmental exposures, cord blood DNA methylation and disease origins
2024, Epigenomics
IF:3.0Q2
DOI:10.1080/17501911.2024.2390823
PMID:39263926
|
综述 | 探讨胎儿环境暴露通过脐带血DNA甲基化影响疾病起源的机制及其研究挑战与前景 | 强调脐带血DNA甲基化作为胎儿表观遗传窗口的重要性，并指出单细胞测序等新兴技术对解决现有局限的潜力 | 存在组织特异性问题、甲基化芯片覆盖范围有限以及细胞组成变异等混杂因素 | 阐明环境暴露与表观基因组的相互作用，推动从生命最早阶段促进终身健康的预防策略和个性化医疗 | 胎儿及其脐带血样本 | 表观遗传学 | 多类疾病（如肥胖、神经发育障碍） | DNA甲基化分析、单细胞测序 | NA | 表观遗传数据（DNA甲基化） | NA（未指定具体样本数量） |
| 9 | 2025-09-13 |
Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis
2024-12-31, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae215
PMID:39365752
|
研究论文 | 本研究揭示了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的保护性作用 | 首次发现SMC特异性CCN2缺失通过内质网应激、内吞作用和脂质积累机制加剧动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证尚有限 | 阐明CCN2在动脉粥样硬化中调控平滑肌细胞可塑性的功能及机制 | 人和小鼠的血管平滑肌细胞（SMC） | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），诱导性基因敲除模型 | NA | 基因表达数据 | 人和小鼠的动脉粥样硬化样本 |
| 10 | 2025-09-13 |
Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification
2024-12-31, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae239
PMID:39498803
|
研究论文 | 本研究揭示了YTHDF1通过m6A修饰调控PIEZO2 mRNA表达，从而影响心脏纤维化的新机制 | 首次发现YTHDF1依赖的PIEZO2 mRNA m6A修饰在心脏纤维化中的表观转录组调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究机械敏感离子通道Piezo家族在心脏纤维化中的分子机制 | 小鼠模型和心脏成纤维细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞测序, 组织学分析, 生化分析 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | 使用ISO/Ang-II/TAC处理的小鼠模型和TGF-β1诱导的心脏成纤维细胞 |
| 11 | 2025-09-13 |
Molecular and spatial analysis of ganglion cells on retinal flatmounts: diversity, topography, and perivascularity
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.15.628587
PMID:39763751
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研究论文 | 本研究通过结合成像空间转录组学和免疫组化共染色技术，分析视网膜神经节细胞（RGCs）的分子分类、空间分布及其与血管的邻近关系 | 首次系统性地揭示了45种小鼠RGC类型的二维空间分布模式，并发现特定RGC类型在血管周围富集且具有进化保守性，同时揭示了血管邻近性在神经退行性损伤中的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展；空间转录组技术的分辨率可能限制微环境分析的精度 | 探究视网膜神经节细胞类型的空间分布规律及其与局部微环境（特别是血管）的相互作用 | 小鼠和人类的视网膜神经节细胞（RGCs） | 空间转录组学与神经解剖学 | 神经退行性疾病 | MERFISH（成像空间转录组学）、免疫组化共染色、计算建模 | 空间数据分析与注册算法 | 空间转录组数据、免疫荧光图像 | 覆盖45种分子定义的小鼠RGC类型，其中34种显示非均匀分布，并识别出7种血管周围富集的RGC亚型 |
| 12 | 2025-09-13 |
Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice
2024-12-14, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae210
PMID:39373248
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研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞特异性TGF-β信号在肥胖糖尿病小鼠心脏功能障碍、纤维化和肥厚中的关键作用 | 首次通过成纤维细胞特异性TbR2和Smad3缺失模型，揭示TGF-β/Smad3信号通路在糖尿病心肌病中的核心机制，并发现其通过旁分泌作用影响心肌细胞 | 体外实验显示血栓孢蛋白-4（TSP-4）对心脏成纤维细胞无显著激活作用，与转录组预测结果存在不一致 | 阐明TGF-β诱导的成纤维细胞活化在糖尿病心肌病发病机制中的作用 | 肥胖db/db糖尿病小鼠模型及成纤维细胞特异性基因敲除小鼠 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 转录组学分析、scRNA-seq、 ingenuity pathway analysis (IPA)、体外实验 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、功能生理数据 | 使用瘦型和肥胖db/db小鼠模型进行实验 |
| 13 | 2025-09-13 |
Restoring Mitochondrial Quantity and Quality to Reverse Warburg Effect and Drive Tumor Differentiation
2024-Dec-13, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5494402/v1
PMID:39711563
|
研究论文 | 本研究通过恢复线粒体功能，使用视黄酸和线粒体解偶联剂协同驱动神经母细胞瘤分化并抑制增殖 | 提出以线粒体为中心的治疗策略，首次证明通过协同增强线粒体生物合成和呼吸作用可逆转Warburg效应并促进肿瘤分化 | 研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证 | 探索恢复肿瘤中线粒体质量和数量以驱动肿瘤分化的治疗方法 | 神经母细胞瘤细胞和原位异种移植模型 | 癌症生物学 | 神经母细胞瘤 | U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、代谢数据 | 原位神经母细胞瘤异种移植模型 |
| 14 | 2025-09-13 |
Cross-species single-cell RNA sequencing reveals divergent phenotypes and activation states of adaptive immunity in human carotid and experimental murine atherosclerosis
2024-11-25, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae154
PMID:39041203
|
研究论文 | 通过跨物种单细胞RNA测序比较人类颈动脉和实验性小鼠动脉粥样硬化的免疫细胞组成和激活状态 | 首次整合人类和小鼠scRNA-seq数据，揭示物种间免疫细胞表型和激活状态的显著差异，并质疑标准小鼠模型的转化价值 | 研究主要基于人类颈动脉样本，可能不直接适用于其他血管床的动脉粥样硬化 | 比较人类和小鼠动脉粥样硬化中适应性免疫的细胞组成和功能状态 | 人类颈动脉粥样硬化斑块和小鼠动脉粥样硬化血管组织 | 生物信息学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 免疫组化, 多色流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 43例接受颈动脉内膜切除术的患者验证队列 |
| 15 | 2025-09-13 |
Regulation of Ptbp1-controlled alternative splicing of pyruvate kinase muscle by liver kinase B1 governs vascular smooth muscle cell plasticity in vivo
2024-11-25, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae187
PMID:39189621
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研究论文 | 本研究揭示了Lkb1通过调控Ptbp1依赖的PKM选择性剪接抑制血管平滑肌细胞可塑性，维持其收缩表型 | 首次发现Lkb1-Ptbp1-PKM轴在调控VSMC可塑性和命运决定中的关键作用，并证明PKM2激活剂可逆转病理表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限；分子机制细节仍需进一步探索 | 探究调控血管平滑肌细胞可塑性的关键分子机制及其在血管疾病中的作用 | 血管平滑肌细胞（VSMC）和小鼠模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、基因敲除模型 | NA | 基因表达数据、影像数据 | Lkb1flox/flox;Myh11-Cre/ERT2转基因小鼠模型及人类主动脉瘤组织样本 |
| 16 | 2025-09-13 |
A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624552
PMID:39605470
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研究论文 | 提出一种名为ZiPo的深度神经网络，用于去除单细胞RNA测序数据中的噪声 | 引入可调节的零膨胀分布捕获dropout，采用尺度不变损失项使权重稀疏化，提高模型生物可解释性 | NA | 解决scRNA-seq数据中的测量dropout问题，提高数据质量 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 深度自编码器神经网络 | 基因表达数据 | 三个数据集（具体数量未说明） |
| 17 | 2025-09-13 |
FOXP Genes Regulate Purkinje Cell Diversity in Cerebellar Development and Evolution
2024-Nov-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.07.622485
PMID:39574602
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了FOXP基因在小脑发育中调控浦肯野细胞多样性的关键作用 | 首次鉴定出11种胚胎小鼠小脑浦肯野细胞亚型，并开发新型无监督方法进行三维空间映射，发现FOXP基因缺失会破坏细胞多样性 | 研究主要基于小鼠模型，人类和小鸡数据的比较分析相对有限 | 探究小脑浦肯野细胞异质性及其分子调控机制 | 小鼠、人类和小鸡的小脑浦肯野细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，无监督三维映射方法 | NA | 基因表达数据，空间分布数据 | 胚胎小鼠小脑细胞（具体数量未明确说明），跨物种比较（人、小鼠、小鸡） |
| 18 | 2025-09-13 |
Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype
2024-11-05, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae153
PMID:39229899
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研究论文 | 本研究探讨了表达嗅觉受体2（Olfr2）的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源 | 首次揭示Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞，具有原位增殖能力和促炎泡沫样表型，并证实其与人类动脉粥样硬化斑块的相关性 | 研究主要基于Apoe-/-小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展 | 解析Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的生物学特性和来源 | Apoe-/-小鼠的主动脉巨噬细胞和单核细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA-seq、过继转移实验、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、细胞表型数据 | Apoe-/-小鼠模型，Western饮食喂养12周，涉及CD45.1和CD45.2标记的移植实验 |
| 19 | 2025-09-13 |
Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619760
PMID:39484623
|
研究论文 | 本研究利用等位基因包含现象，通过机器学习模型识别抗体序列中的异常序列，并探索其与抗体特性的关联 | 首次大规模利用单细胞测序数据发现数千个等位基因包含的naive-B细胞，比现有数据集大一个数量级，并证明这些数据包含新的有用信息 | NA | 学习抗体序列约束并探索其与抗体功能特性的关系 | 人类和小鼠的B细胞及其抗体序列 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 序列数据 | 数千个naive-B细胞（人类数据）及小鼠重链数据 |
| 20 | 2025-09-13 |
Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis
2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.07.611010
PMID:39282370
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示多发性硬化症中克隆扩增CD8+ T细胞的抗原特异性 | 首次结合无偏和靶向抗原发现方法，鉴定出识别EBV抗原和新型模拟表位的MS特异性CD8+ T细胞克隆型 | 样本仅限于未经治疗的MS患者，需进一步验证临床适用性 | 探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆特性、功能及抗原特异性 | 多发性硬化症患者和对照组的脑脊液及血液样本 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA-seq, TCR-seq | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 一组未经治疗的多发性硬化症患者及对照组参与者 |