单细胞与空转测序相关文章

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1	2026-09-21	Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour 2024-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08105-5 PMID:39506125	研究论文	该研究通过对28名免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者和41名未受影响个体的心脏、肿瘤和血液样本进行单细胞RNA测序结合T细胞受体测序、显微成像和蛋白质组学分析，揭示了免疫相关心肌炎的免疫应答特征	首次系统性地在心脏、血液和肿瘤三个维度上利用单细胞RNA测序联合TCR测序、多重显微成像和蛋白质组学手段，全面刻画免疫检查点抑制剂相关心肌炎的免疫图谱；发现心脏扩增的TCR克隆与肿瘤富集的TCR克隆基本不重叠；发现心脏扩增TCR存在于循环血液CD8 T细胞群中与致死性心肌炎相关	心脏扩增的TCR克隆未能识别已知的假定心脏自身抗原（α-肌球蛋白、肌钙蛋白I和肌钙蛋白T），心脏扩增TCR的抗原特异性仍不明确；样本量相对有限（28例患者和41例对照）	阐明免疫检查点抑制剂相关心肌炎的免疫发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系，并寻找潜在的生物标志物	28名免疫相关心肌炎患者和41名未受影响个体的心脏组织、血液和肿瘤样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, TCR测序, 多重显微成像, 蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据, 图像, 蛋白质组数据	28例免疫相关心肌炎患者和41例未受影响个体；共分析84,576个心脏细胞和366,066个血液细胞	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
2	2026-09-21	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Dec, Advances in neural information processing systems DOI:10.52202/079017-1129 PMID:41551654	研究论文	该研究构建了STimage-1K4M数据集，将空间转录组学数据中的病理图像子图块与基因表达信息配对，为计算病理学多模态分析提供高粒度数据资源	首次将病理图像细分为子图块并与15,000-30,000维基因表达配对，提供4,293,195对子图块-基因表达数据，实现前所未有的细粒度多模态数据整合	摘要中未提及具体局限性	构建一个将病理图像子图块与空间基因表达配对的新型数据集，推动计算病理学多模态数据分析和创新应用	空间转录组学数据衍生的1,149张病理图像及其对应的基因表达信息	数字病理学	癌症	空间转录组学	NA	图像, 基因表达	1,149张图像，4,293,195对子图块-基因表达数据	NA	空间转录组学	NA	NA
3	2026-09-21	The SWI/SNF chromatin remodelling complex regulates pancreatic endocrine cell expansion and differentiation in mice in vivo 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06211-7 PMID:38958700	研究论文	本文研究了SWI/SNF染色质重塑复合物的BRG1和BRM ATP酶亚基在小鼠胰腺内分泌细胞发育和分化中的作用	首次在内分泌祖细胞特异性敲除BRG1并结合BRM杂合或纯合缺失，利用单细胞RNA测序揭示SWI/SNF复合物在胚胎期内分泌细胞发育中的关键调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类细胞或临床样本中验证；对SWI/SNF复合物下游具体靶基因的分子机制探讨有限	研究BRG1和BRM ATP酶亚基对胰腺内分泌祖细胞分化和发育的贡献	小鼠胰腺内分泌祖细胞	单细胞组学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胚胎第15.5天对照组和突变体的流式分选内分泌定向细胞	Illumina	单细胞RNA测序	NA	NA
4	2026-09-21	Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.10.602909 PMID:39026715	研究论文	评估Element Biosciences的亲和力碱基化学测序技术对单细胞RNA-seq文库中poly(dT)引物位点同聚物的测序能力及其对读段比对和polyA位点定量的影响	首次评估Element Aviti仪器在单细胞RNA-seq中跨越胸腺嘧啶同聚物准确测序的能力，发现其可在无检测到精度损失的情况下读取同聚物后的cDNA序列，实现polyA位点的直接独立分配	与单端比对相比，双端比对并未持续提高读段映射率，且未排除其他新兴平台可能具有类似性能	评估亲和力碱基化学测序在单细胞RNA-seq中对同聚物区域的测序准确性及其对读段比对和polyA位点使用定量的影响	poly(dT)引物的3'单细胞RNA-seq文库	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	NA	文本	NA	Element Biosciences, Illumina	单细胞RNA-seq	Element Aviti, Illumina	Element Aviti仪器采用亲和力碱基化学测序，与Illumina测序进行对比
5	2026-09-21	Unveiling the molecular complexity of proliferative diabetic retinopathy through scRNA-seq, AlphaFold 2, and machine learning 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1382896 PMID:38800474	研究论文	该研究整合单细胞RNA测序、非负矩阵分解、机器学习和AlphaFold 2方法，探索增殖性糖尿病视网膜病变的分子机制	首次整合单细胞RNA测序、非负矩阵分解、机器学习与AlphaFold 2方法揭示增殖性糖尿病视网膜病变的分子复杂性，并发现白藜芦醇作为潜在靶向治疗药物	摘要中未提及	探索增殖性糖尿病视网膜病变的分子水平机制，识别潜在生物标志物和治疗靶点	增殖性糖尿病视网膜病变患者和健康对照	机器学习	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	机器学习	单细胞转录组数据	摘要中未明确	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
6	2026-09-20	Local Controlled Delivery of IL-4 Decreases Inflammatory Bone Loss in a Murine Model of Periodontal Disease 2024-12-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400332 PMID:39465979	研究论文	该研究利用牙周炎小鼠模型，通过可生物降解聚合物载体局部缓释IL-4，评估其靶向巨噬细胞治疗慢性炎症的可行性	首次采用可控药物递送策略将IL-4包裹于可生物降解聚合物载体中，局部缓释至炎症牙周组织，并结合单细胞RNA测序技术揭示IL-4逆转促炎通路的机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证其安全性和有效性	评估利用可控药物递送策略靶向口腔内巨噬细胞治疗慢性炎症的可行性	牙周炎小鼠模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
7	2026-09-20	Lumican promotes calcific aortic valve disease through H3 histone lactylation 2024-10-05, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae407 PMID:38976370	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析人类主动脉瓣，揭示了lumican（LUM）通过激活炎症通路和增强糖酵解，促进组蛋白H3乳酸化修饰，进而驱动瓣膜间质细胞成骨转化和钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）的分子机制	首次发现lumican通过介导H3组蛋白乳酸化（特别是H3K14la和H3K9la位点）促进主动脉瓣钙化，并阐明其通过激活炎症通路和增强糖酵解导致乳酸积累的表观遗传调控新机制	摘要中未提及研究的具体局限性	阐明瓣膜间质细胞（VICs）向成骨细胞转化的病理过程，并揭示lumican（LUM）在钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）中的关键调控作用和分子机制	人类主动脉瓣组织（9例）及ApoE-/-//LUM-/-双基因敲除小鼠模型中的瓣膜间质细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，多组学分析，ChIP-PCR	NA	图像，文本，基因表达数据	9例人类主动脉瓣样本，以及体外、离体和体内实验及双基因敲除小鼠模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
8	2026-09-20	Implications of PD-L1 expression on the immune microenvironment in HER2-positive gastric cancer 2024-08-20, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02085-w PMID:39164705	研究论文	该研究探讨了HER2阳性胃癌中PD-L1表达（CPS评分）对免疫微环境的影响，发现CPS≥1患者免疫细胞空间有效评分更高，且存在与不良预后相关的CXCR4M2巨噬细胞亚型	发现了CPS<1亚型中以CXCR4M2巨噬细胞为标志的亚群，该亚群与不良预后相关，且在接受抗HER2治疗获益后其比例和表达降低	真实世界队列中CPS<1患者样本量有限（106例），单细胞测序样本量较小（8例），需要更大规模研究验证	研究HER2阳性胃癌中PD-L1表达（CPS评分）与免疫微环境的关系，解释为何CPS≥1患者对抗PD-1/PD-L1治疗反应更好	HER2阳性胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞测序、空间转录组学	NA	图像、文本	106例HER2阳性CPS<1患者（真实世界队列），160例HER2阳性患者（肿瘤微环境分析），8例HER2阳性个体（单细胞测序）	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
9	2026-09-20	Genome-wide CRISPR screening identifies tyrosylprotein sulfotransferase-2 as a target for augmenting anti-PD1 efficacy 2024-08-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02068-x PMID:39095793	研究论文	该研究通过全基因组CRISPR筛选发现酪氨酰蛋白磺基转移酶-2（TPST2）是增强抗PD1疗效的潜在靶点，并揭示其通过磺酸化IFNγ受体1抑制IFNγ信号通路的机制	首次通过体内全基因组CRISPR功能缺失筛选鉴定TPST2为抗PD1治疗疗效的增强靶点，发现TPST2通过磺酸化IFNγ受体1的Y397残基抑制IFNγ信号传导和抗原呈递，提出TPST2作为癌症免疫抑制因子的新角色	研究主要基于小鼠同源肿瘤模型和人源化小鼠模型，尚需进一步临床验证；TPST2抑制剂的开发及其在人体中的安全性和有效性有待探索	探索影响抗PD1治疗应答的肿瘤细胞内在因素，并阐明其分子机制	人源化小鼠模型、小鼠同源肿瘤模型、癌症细胞系	机器学习	肺癌	全基因组CRISPR功能缺失筛选，RNA-seq，单细胞RNA-seq，免疫共沉淀，质谱	NA	文本，图像	NA	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
10	2026-09-20	Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts 2024-08-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02062-3 PMID:39095854	研究论文	通过对52个单细胞RNA测序和5个空间转录组数据的整合分析，建立了肝细胞癌恶性细胞的异质性图谱，并揭示了促转移亚型及其与成纤维细胞的相互作用环路。	首次在单细胞水平上建立了肝细胞癌恶性细胞的异质性图谱，鉴定出三种肿瘤细胞亚型（ARG1+代谢亚型、TOP2A+增殖表型、S100A6+促转移亚型），并揭示了EMT亚型通过SPP1-CD44和CCN2/TGF-β-TGFBR1相互作用对与成纤维细胞形成正反馈环路，抑制CCN2可破坏该环路并抑制转移。	摘要中未明确提及研究的局限性。	解析肝细胞癌在细胞水平上的异质性，鉴定促转移亚型，并探索其与成纤维细胞的相互作用机制，为抗转移治疗提供新策略。	肝细胞癌肿瘤细胞及成纤维细胞。	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组数据	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	NA
11	2026-09-20	Decoding the spatiotemporal heterogeneity of tumor-associated macrophages 2024-07-27, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02064-1 PMID:39068459	综述	该综述探讨了肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的时空异质性，包括其亚型、起源、功能及与肿瘤微环境的相互作用	系统整合了单细胞测序和空间多组学等先进技术在肿瘤相关巨噬细胞研究中的应用，全面揭示了肿瘤相关巨噬细胞的时空异质性及其在肿瘤进展中的复杂动态作用	作为综述文章，未提供原始实验数据，且对肿瘤相关巨噬细胞空间特征和功能角色的深入理解仍需进一步研究	探索肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的空间和时间异质性，揭示其亚型、起源、功能及与肿瘤微环境的相互作用机制	肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的时空异质性	数字病理学	肺癌	单细胞测序，空间多组学	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	NA
12	2026-09-20	Unbiasedly decoding the tumor microenvironment with single-cell multiomics analysis in pancreatic cancer 2024-07-09, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02050-7 PMID:38982491	综述	本文综述了单细胞多组学技术在胰腺导管腺癌肿瘤微环境研究中的应用，系统总结了各类细胞成分的功能、分类依据及潜在治疗靶点	以无偏倚视角聚焦肿瘤微环境中每一个细胞成分的功能和潜在分类依据，并提出整合单细胞多组学数据与回顾性再利用批量测序数据的前景展望	作为综述文章，未提供原始实验数据，对单细胞多组学数据的整合方法和批量测序数据再利用的可行性尚缺乏实证验证	总结单细胞多组学层面胰腺癌肿瘤微环境的最新研究进展，推动精准识别细胞亚群以指导免疫治疗和靶向治疗策略的设计	胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的各类细胞成分，包括髓系细胞、肿瘤基质细胞等	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序，质谱技术，空间组学	NA	文本	NA	NA	单细胞多组学，空间转录组学，批量RNA-seq	NA	NA
13	2026-09-20	Advances in spatial transcriptomics and its applications in cancer research 2024-06-20, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02040-9 PMID:38902727	综述	总结了空间转录组学技术的发展、工具及其在癌症研究中的应用，并讨论了当前的局限性和未来前景	系统梳理了空间转录组学技术的最新进展、分析工具及其在肿瘤研究中的具体应用	空间转录组学技术目前仍存在分辨率和通量等方面的局限性，且面临数据分析复杂等挑战	综述空间转录组学技术的发展及其在癌症研究中的应用	恶性肿瘤及空间转录组学技术	空间转录组学	癌症	空间转录组测序	NA	NA	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
14	2026-09-20	Multi-omics profiling reveal cells with novel oncogenic cluster, TRAP1low/CAMSAP3low, emerge more aggressive behavior and poor-prognosis in early-stage endometrial cancer 2024-06-17, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02039-2 PMID:38880903	研究论文	通过蛋白质组学和单细胞转录组学分析早期子宫内膜癌，识别出TRAP1低/CAMSAP3低的肿瘤细胞簇，并构建了结合TRAP1、CAMSAP3和TP53的预后预测模型	发现了新的致癌细胞簇TRAP1低/CAMSAP3低，并构建了结合TRAP1、CAMSAP3和TP53的多组学预测模型，提高了早期子宫内膜癌的诊断效能	摘要中未明确提及研究局限性	识别早期子宫内膜癌的高质量预后标志物，并探究其在侵袭性肿瘤行为中的潜在作用	24例具有不同生存结局的早期子宫内膜样子宫内膜癌患者的癌组织和癌旁组织	数字病理学	子宫内膜癌	蛋白质组学，单细胞转录组测序，免疫组织化学	NA	蛋白质表达数据，单细胞转录组数据，图像	24例早期子宫内膜样子宫内膜癌患者的癌和癌旁组织	NA	单细胞RNA测序，蛋白质组学，免疫组织化学	NA	NA
15	2026-09-20	Practical considerations for machine learning-enabled discoveries in spatial transcriptomics 2024-Jun, GEN biotechnology IF:2.0Q3 DOI:10.1089/genbio.2023.0050 PMID:41438128	综述	本文讨论了在空间转录组学中应用机器学习进行发现的实践考虑因素	强调了机器学习在空间转录组学分析中的关键目标和数据科学概念，并提供了选择合适工具的启发式方法	未提及具体的实验验证或案例研究	帮助研究人员理解在空间转录组学中应用机器学习的主要计算考虑因素	空间转录组学数据	机器学习	NA	空间转录组学，多重免疫荧光	NA	图像，文本	NA	NA	NA	NA	NA
16	2026-09-20	Spatial, transcriptomic and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition 2024-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.04.01.486135 PMID:41427296	研究论文	该文章通过多物种单细胞转录组、空间转录组和表观基因组分析，将背角神经元与慢性疼痛遗传易感性联系起来	整合恒河猴、人类和小鼠的单细胞图谱，利用空间转录组学绘制保守神经元亚型的层状分布，并生成小鼠单核开放染色质图谱以划分慢性疼痛遗传力	摘要中未明确提及研究局限性	确定慢性疼痛遗传变异是否影响背角神经元的调控元件	背角神经元、慢性疼痛遗传变异、恒河猴、人类和小鼠	数字病理学、机器学习	慢性疼痛	单细胞RNA测序、空间转录组学、单核ATAC测序	NA	图像、文本	NA	10x Genomics	单细胞RNA测序、空间转录组学、单核ATAC测序	10x Chromium, 10x Visium	10x Chromium Single Cell 3', 10x Visium
17	2026-09-20	Combined analysis of single-cell sequencing and bulk transcriptome sequencing reveals new mechanisms for non-healing diabetic foot ulcers 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0306248 PMID:38950058	研究论文	通过整合单细胞测序与bulk转录组测序数据，分析愈合性与非愈合性糖尿病足溃疡之间的生物学差异及其机制	结合单细胞测序与bulk转录组测序数据，揭示了非愈合性糖尿病足溃疡中多种细胞类型紊乱、局部低度炎症、系统性抗原加工与呈递受损以及细胞外基质信号广泛失调等新机制，并区分了愈合与非愈合相关的成纤维细胞亚群及其独特生物学功能	仅基于公共转录组测序数据进行生物信息学分析，缺乏实验验证和临床样本的进一步确认	阐明愈合性与非愈合性糖尿病足溃疡之间的生物学差异，探索促进糖尿病足溃疡愈合的潜在治疗靶点	糖尿病足溃疡患者（愈合性与非愈合性）的转录组测序数据	机器学习	糖尿病足溃疡	单细胞测序，bulk转录组测序	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq	NA	NA
18	2026-09-20	Autoimmune CD8+ T cells in type 1 diabetes: from single-cell RNA sequencing to T-cell receptor redirection 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1377322 PMID:38800484	综述	本文综述了自身免疫性CD8+ T细胞及T细胞受体在1型糖尿病中的作用机制，并探讨了单细胞RNA测序、CRISPR/Cas9、CAR-T和TCR-T等相关技术在该领域的应用	从单细胞RNA测序到T细胞受体重定向的角度，系统整合了自身免疫CD8+ T细胞在1型糖尿病中的机制与靶向治疗策略	作为综述文章，未提供原始实验数据，且CD8+ T细胞的高度异质性及TCR的高度多样性使精准稳定靶向治疗仍面临困难	探讨自身免疫CD8+ T细胞和TCR在1型糖尿病中的机制，以及靶向CD8+ T细胞及其TCR作为预测或治疗1型糖尿病的潜在策略	1型糖尿病相关的自身免疫CD8+ T细胞及其T细胞受体	机器学习	1型糖尿病	单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9, CAR-T, TCR-T	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
19	2026-09-19	Unraveling the effects of prenatal anesthesia on neurodevelopment: A review of current evidence and future directions 2024-12, Neurotoxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.neuro.2024.09.003 PMID:39276873	综述	本文综述了产前麻醉对胎儿神经发育影响的临床前和临床证据，并探讨了未来研究方向	提出将脑类器官与单细胞测序结合作为研究产前麻醉神经毒性机制的前沿工具	临床研究受伦理和技术限制，结果与临床前数据常存在冲突，许多发现仍无定论	综合产前麻醉对胎儿大脑发育影响的证据，并指出未来研究发展方向	产前麻醉、胎儿大脑发育、脑类器官、神经毒性	神经科学	神经系统疾病	单细胞测序	脑类器官	文本	NA	NA	NA	NA	NA
20	2026-09-19	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-09, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	该研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的作用，通过使用Cftr敲除小鼠模型揭示了肠道-肝脏轴的关键作用	首次证明肠道菌群失调与肠道通透性增加是CFLD样肝病发生的必要辅助因素，并揭示了肠道CFTR缺陷在维持菌群失调中的必要性	研究仅基于小鼠模型，需要进一步临床验证；未完全阐明菌群失调导致肝损伤的具体分子机制	探究肠道-肝脏轴在囊性纤维化相关肝病发病机制中的作用	野生型小鼠、全身Cftr敲除小鼠、肠道校正型Cftr敲除小鼠	数字病理学, 机器学习	囊性纤维化相关肝病, 肝脏疾病	单细胞RNA测序, 16S核糖体RNA测序, 免疫组织化学, 蛋白质组阵列, FITC-葡聚糖检测	NA	图像, 文本, 基因表达数据	三种基因型小鼠（野生型、Cftr敲除、肠道校正型Cftr敲除）的肝脏和肠道样本	NA	单细胞RNA测序, 16S rRNA测序	NA	NA