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当前共找到 7460 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-12-17 |
Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG
2024-Dec-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1
PMID:39764138
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ctSVG的计算方法，专门用于在单细胞分辨率下识别Visium HD空间转录组学数据中的细胞类型特异性空间可变基因 | 开发了ctSVG方法，能够准确地将Visium方格分配给细胞，并识别出细胞类型特异性的空间可变基因，这些基因与样本范围的空间可变基因或细胞类型标记基因重叠较少，揭示了新的生物学功能 | NA | 识别细胞类型特异性的空间可变基因，以更充分地利用空间位置信息 | Visium HD空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台，单细胞分辨率 |
| 2 | 2025-12-17 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文提出了一种基于潜能概念的数学框架和算法，用于从单细胞谱系追踪数据中推断细胞分化图谱 | 引入潜能概念平衡细胞分化图谱复杂性与谱系树上未观察到的细胞类型转换之间的权衡，相比现有方法更准确地识别分化特征 | 未明确说明算法在更广泛生物系统或噪声数据中的泛化能力 | 推断细胞分化图谱以理解发育过程中的细胞层次结构 | 哺乳动物躯干发育和小鼠造血作用的细胞分化过程 | 机器学习 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞谱系追踪 | NA | NA |
| 3 | 2025-12-17 |
The transcriptome of CD14 + CD163 - HLA-DR low monocytes predicts mortality in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Sep-11, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.08.07.24311386
PMID:39211854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，发现CD14+CD163-HLA-DR低单核细胞的转录组特征与特发性肺纤维化（IPF）患者的死亡率增加相关 | 首次揭示了特定单核细胞亚群的转录组特征与IPF死亡率之间的关联，并开发了基于230个基因的评分算法来预测患者预后 | 样本量相对较小（初始队列仅18名参与者），且研究结果需要在更大规模的独立队列中进一步验证 | 确定与特发性肺纤维化（IPF）死亡率相关的免疫细胞特异性转录组特征 | 特发性肺纤维化（IPF）患者的外周血单核细胞（PBMC）、支气管肺泡灌洗液（BAL）和肺组织样本 | 单细胞转录组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归模型、分子亚型评分算法（SAMS） | 转录组数据 | 初始队列18名参与者（包括IPF、COVID-19、COVID-19后间质性肺病和对照），验证队列416名IPF患者来自六个队列，独立验证数据集38名IPF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-12-17 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析，构建了人类骨肉瘤的细胞组成和空间组织结构图谱 | 首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨率转录组学综合分析，构建了细胞元图谱来解析空间转录组数据，并识别了与化疗耐药相关的独特空间生态位 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 深入理解骨肉瘤的细胞组成、组织结构、功能状态及其对化疗的反应，为靶向治疗提供基础 | 人类骨肉瘤组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2025-12-17 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 本研究利用海鞘Ciona模型，探索了心脏咽部祖细胞在发育过程中通过细胞周期驱动的转录组成熟获得多谱系能力的机制 | 揭示了转录组成熟过程，包括候选“成熟基因”如Rho GAP编码基因在G2晚期达到峰值，以及行为能力概念，通过多谱系启动和定向不对称分裂影响命运决定 | 研究基于海鞘模型，可能不直接适用于所有脊椎动物系统，且功能验证可能有限 | 探究多谱系能力的获得以及命运决定与细胞周期进程之间的耦合机制 | 心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-12-17 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596749
PMID:38854073
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研究论文 | 本研究通过体外模型探讨了静水压力如何影响内皮细胞对血流的响应，揭示了压力与剪切应力在调控内皮细胞转录变化中的协同作用 | 开发了体外模型以研究静水压力对内皮细胞血流响应的调节作用，首次系统性地整合了压力与剪切应力在内皮细胞机械转导中的协同效应 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的血管环境；压力与剪切应力的具体分子机制仍需进一步探索 | 探究静水压力与剪切应力如何共同调控内皮细胞的转录变化和功能特性 | 人内皮细胞及早期小鼠胚胎血管发育过程 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及人内皮细胞和小鼠胚胎血管发育模型 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-12-16 |
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.11.628020
PMID:39763850
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病进展中的关键作用，并探索了抗IL-1β治疗的潜在益处 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，在ACM患者心肌样本中识别出疾病相关的炎症-纤维化空间微环境，并验证了IL-1β作为治疗靶点的有效性 | 研究样本量有限，且动物模型（Desmoglein-2突变小鼠）可能无法完全模拟人类ACM的复杂性 | 探究致心律失常性心肌病的疾病进展机制，并评估靶向IL-1β的治疗策略 | ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 空间转录组数据 | ACM患者和对照捐赠者的心肌样本，具体数量未明确说明 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8 | 2025-12-16 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 本研究评估了Element Biosciences的亲和测序技术（avidity sequencing）在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物引物区域的能力，及其对多聚腺苷酸化位点分析的影响 | 首次系统评估亲和测序技术对单细胞RNA-seq中同聚物引物区域的测序准确性，并开发了改进的接头修剪和比对流程 | 与单端比对相比，配对端比对并未持续提高读段映射率，且未排除其他新兴平台可能具有的类似性能 | 改进单细胞RNA-seq文库的特征分析，特别是多聚腺苷酸化位点的精确量化 | 单细胞RNA-seq文库 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq, DNA测序 | NA | 序列数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti | 亲和测序（avidity sequencing） |
| 9 | 2025-12-14 |
Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches
2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385
PMID:39691517
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据与机器学习方法，筛选并验证了针对乳腺癌中EGFR过表达的有效抑制剂 | 结合多组学数据（CCLE、GDSC、scRNA-seq）与机器学习相似性搜索，并通过计算结构生物学方法验证候选化合物的分子相互作用和构象动力学 | 研究主要基于计算和体外数据，缺乏体内实验验证和临床前模型评估 | 识别和验证针对乳腺癌EGFR过表达的有效治疗化合物 | 乳腺癌细胞系数据、ChEMBL数据库中的化合物 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习建模 | 支持向量机（SVM）、人工神经网络（ANN）、随机森林（RF） | 多组学数据（基因表达、药物敏感性）、化学化合物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-12-13 |
Targeting SHCBP1 Inhibits Tumor Progression by Restoring Ciliogenesis in Ductal Carcinoma
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1095
PMID:39312205
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研究论文 | 本研究揭示了SHCBP1通过调控Rab8 GTPase活性影响中体残余物与中心体的接近，从而抑制导管癌中纤毛发生，并证明靶向SHCBP1可恢复纤毛发生并抑制肿瘤进展 | 首次发现SHCBP1通过调控Rab8 GTPase活性介导中体残余物与中心体接近，从而控制导管癌纤毛发生的新机制 | 研究主要基于动物模型和患者来源异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证 | 阐明导管癌中纤毛缺失的机制及其临床意义，开发新的治疗策略 | 导管癌 | 肿瘤生物学 | 导管癌 | 单细胞转录组分析、基因敲除、患者来源异种移植模型 | 转基因小鼠模型、PDX模型 | 转录组数据、临床预后数据 | 大型患者队列及转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2025-12-13 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals the Pseudo-temporal Dynamic Evolution Characteristics of ADSCs to Neuronal Differentiation
2024-Dec-11, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-024-01524-y
PMID:39661257
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序揭示了脂肪来源基质细胞向神经元分化的伪时间动态演化特征 | 首次在单细胞分辨率下描绘了ADSCs向神经元分化的连续动态基因表达图谱，并识别出两个不同的细胞状态机制 | 研究仅基于体外诱导模型，未验证体内分化潜力；样本时间点覆盖有限，可能遗漏关键过渡状态 | 解析ADSCs向神经元分化的遗传特征与动态演化过程 | 脂肪来源基质细胞及其在不同诱导时间点（0、1、3、5、6、8小时）的衍生细胞 | 单细胞组学 | 神经退行性疾病（帕金森病相关） | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析（Monocle2） | 单细胞转录组数据 | 38,453个细胞，涵盖8个时间点组别 | BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | BD Rhapsody | BD Rhapsody单细胞分析平台 |
| 12 | 2025-12-13 |
Mechanosensitive genomic enhancers potentiate the cellular response to matrix stiffness
2024-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.10.574997
PMID:38260455
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑及单细胞RNA-seq CRISPR筛选，鉴定了一类响应机械微环境的新型基因组增强子——机械增强子 | 首次系统鉴定并命名了响应细胞外基质硬度的“机械增强子”，并通过表观基因组编辑实现在刚性材料上模拟软材料环境的基因表达模式 | 未明确机械增强子在具体疾病模型中的完整调控网络及其临床转化路径 | 探究机械微环境如何通过表观遗传机制精确调控细胞转录与表型 | 基因组增强子、细胞机械响应通路 | 表观遗传学、细胞力学 | NA | 全基因组表观基因组分析、表观基因组编辑、单细胞RNA-seq CRISPR筛选 | CRISPR筛选模型 | 表观基因组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-12-12 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606553
PMID:39149316
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术，用于在200微米厚的组织块中进行三维空间单细胞转录组和翻译组量化 | 首次实现了在厚组织块（200微米）中进行三维空间单细胞转录组和翻译组分析，突破了现有技术仅限于薄切片（5-20微米）的限制 | NA | 揭示基因在三维组织环境中如何塑造组织结构和功能，以理解健康与疾病状态 | 小鼠大脑组织、人类皮肤癌组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间单细胞转录组学、空间单细胞翻译组学、多色荧光蛋白成像 | NA | 图像、转录组数据、翻译组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-12-11 |
A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624552
PMID:39605470
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于估计单细胞RNA测序数据中的零膨胀率和预测文库大小，以解决测量丢失问题 | ZiPo引入了可调节的零膨胀分布来捕获丢失事件，并采用尺度不变损失项使权重稀疏，从而提高模型的生物可解释性 | 处理时间与细胞数量成正比，可能在大规模数据集上存在计算效率限制 | 开发一种深度神经网络来去噪单细胞RNA测序数据，改善数据分析和细胞类型发现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度人工神经网络，深度自编码器 | 基因表达数据 | 三个数据集（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-12-11 |
Longitudinal Multi-omic Immune Profiling Reveals Age-Related Immune Cell Dynamics in Healthy Adults
2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.10.612119
PMID:39314416
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研究论文 | 本研究通过纵向多组学免疫分析，揭示了健康成年人中与年龄相关的免疫细胞动态变化 | 结合单细胞RNA测序、蛋白质组学和流式细胞术，对300多名健康成年人进行长期跟踪，构建了包含超过1600万个PBMCs的免疫健康图谱，首次系统揭示了T细胞在衰老过程中独特的转录变化积累 | 研究主要关注外周免疫细胞，未涉及组织特异性免疫变化；样本量虽大但可能无法完全代表所有人群；纵向跟踪时间仅为两年，可能不足以捕捉更长期的衰老效应 | 探究健康免疫系统在生命周期中的基本变化，为年龄相关感染和疾病易感性的干预措施开发提供依据 | 300多名健康成年人，包括96名年轻和老年参与者进行为期两年的年度疫苗接种跟踪 | 免疫学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学、流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 | 超过300名健康成年人，其中96名进行纵向跟踪，产生超过1600万个外周血单个核细胞（PBMCs）数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2025-12-10 |
Actin Dysregulation Induces Neuroendocrine Plasticity and Immune Evasion: A Vulnerability of Small Cell Lung Cancer
2024-Nov-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.15.528365
PMID:36824957
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研究论文 | 本研究揭示了CRACD基因失活通过破坏肌动蛋白细胞骨架，诱导小细胞肺癌的神经内分泌可塑性和免疫逃逸，并提出了EZH2抑制剂作为潜在治疗策略 | 首次发现CRACD作为肌动蛋白调节因子在小细胞肺癌中通过NOTCH1信号失调诱导肿瘤细胞可塑性，并通过核内肌动蛋白减少和EZH2介导的H3K27甲基化抑制MHC-I表达，促进免疫逃逸 | 研究主要基于基因敲除模型和单细胞转录组学分析，临床样本验证相对有限，且EZH2抑制剂的具体临床应用效果需进一步验证 | 探究小细胞肺癌中肿瘤细胞可塑性和免疫逃逸的分子机制，并寻找新的治疗靶点 | 小细胞肺癌肿瘤细胞、CRACD基因敲除模型、患者肿瘤样本 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞转录组学、基因敲除技术、表观遗传学分析 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，包括基因敲除模型和小细胞肺癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 17 | 2025-12-09 |
Correct stimulation of CD28H arms NK cells against tumor cells
2024-Nov, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350901
PMID:39101623
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研究论文 | 本研究探讨了通过靶向CD28H特异性表位来激活NK细胞，增强其对肿瘤细胞的杀伤活性，并克服HHLA2和HLA-E的抑制信号 | 揭示了靶向CD28H特定表位的单克隆抗体能强烈激活NK细胞的钙流和细胞活性，并首次在透明细胞肾癌中通过scRNA-seq分析发现CD28H NK细胞浸润HHLA2阳性肿瘤 | 研究主要基于体外实验和细胞系模型，缺乏体内动物模型验证；样本量有限，仅涉及透明细胞肾癌的scRNA-seq分析 | 探索CD28H作为NK细胞新型激活靶点在抗肿瘤免疫治疗中的潜力 | NK细胞、造血细胞系、透明细胞肾癌细胞 | 免疫学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未明确指定样本数量，但涉及透明细胞肾癌细胞的scRNA-seq分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-12-04 |
Clustering single-cell RNA sequencing data via iterative smoothing and self-supervised discriminative embedding
2024-07, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03074-5
PMID:38834657
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研究论文 | 本文提出了一种名为scRISE的深度聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，通过迭代平滑和自监督判别嵌入来改善数据表示和聚类质量 | scRISE模型结合了基于图自编码器的迭代平滑模块和具有自适应相似性阈值的自监督判别嵌入模块，以去噪数据并优化聚类 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类中相似性度量的鲁棒性挑战，以识别细胞类型和细胞间相互作用 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 图自编码器 | 基因表达数据 | 十七个scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-12-03 |
Transcriptomic Evaluation of a Stress Vulnerability Network Using Single-Cell RNA Sequencing in Mouse Prefrontal Cortex
2024-Dec-01, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2024.05.023
PMID:38866174
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估小鼠前额叶皮层中的应激脆弱性网络，揭示了与应激脆弱性相关的细胞类型和基因表达差异 | 首次结合多点在体神经生理学和单细胞RNA测序技术，识别出大脑中潜在应激脆弱性状态涉及的细胞类型和基因 | 研究仅基于小鼠模型，样本量较小（n=12），且性别仅限于C57BL/6品系，可能限制对人类应激脆弱性的直接推广 | 探究应激脆弱性的分子机制，以理解情绪障碍如重度抑郁症的风险因素 | 雄性及雌性C57BL/6小鼠的前额叶皮层细胞 | 神经科学 | 情绪障碍 | 单细胞RNA测序，多点在体神经生理学 | NA | 转录组数据，电生理数据 | 12只C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-12-03 |
Nonepithelial Gene Expression Correlates With Symptom Severity in Adults With Eosinophilic Esophagitis
2024-Dec, The journal of allergy and clinical immunology. In practice
DOI:10.1016/j.jaip.2024.05.015
PMID:38768900
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研究论文 | 本研究探讨了嗜酸性粒细胞性食管炎（EoE）患者症状严重程度与非上皮细胞基因表达之间的相关性 | 首次将患者报告的症状指标（EEsAI）与食管非上皮细胞基因表达关联，揭示了成纤维细胞等非上皮细胞在EoE症状严重性中的潜在作用 | 样本量相对有限（146名成人），且仅基于回顾性数据分析，未进行实验验证 | 揭示EoE症状变异的分子机制，探索症状严重程度与食管基因表达的关系 | 146名成人EoE患者，根据食管扩张史分组 | 生物信息学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 146名成人EoE患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |