单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7464 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-16 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629650
PMID:39764057
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研究论文 | 提出IN-DEPTH方法，实现同一玻片上的空间多组学整合，揭示肿瘤病毒相关的肿瘤微环境空间重组 | 首次开发了IN-DEPTH方法，实现了同一玻片上单细胞空间蛋白质组学和空间转录组学的迭代捕获，并引入SGCC方法进行多模态空间多组学分析 | 当前方法在多重视图、空间分辨率及分析方法上仍有限制，但IN-DEPTH已在一定程度上克服了这些限制 | 开发可扩展、资源高效的空间多组学方法，用于剖析肿瘤微环境并推动临床相关发现 | 淋巴组织和EBV阳性及EBV阴性弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | SGCC | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | IN-DEPTH方法兼容各种空间平台 |
| 2 | 2026-05-16 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-12-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
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研究论文 | 研究海胆胚胎细胞转分化的重编程过程，揭示其分子机制及信号时序对重编程成功的影响 | 通过单细胞RNA测序随时间追踪，首次揭示胚胎细胞转分化的完整重编程序列，并发现Delta信号在Nodal之前表达可恢复色素细胞缺失 | 未提供明确数据量和统计分析，且研究中仅针对海胆特定细胞类型，结论推广性有限 | 阐明胚胎转分化过程中重编程的分子机制及调控因素 | 海胆16细胞期的小裂球（成骨细胞前体）及内胚层、中胚层和色素细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未知（研究中未明确样本量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序随时间追踪 |
| 3 | 2026-05-16 |
Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids
2024-11-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202171
PMID:39552366
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小鼠类胚体中前后轴早期自主模式形成 | 首次揭示了类胚体在无外部信号引导下自主建立前后轴极化的早期分子事件，包括T+和T-群体的细胞状态转变和转录特征，并发现该过程对聚集大小变化具有稳健性 | 尽管类胚体与小鼠胚胎在转录上具有相似性，但初始多能细胞状态差异明显，可能影响早期发育模拟的准确性 | 解析小鼠类胚体中前后轴建立的早期动态过程，特别是外部Wnt刺激前的细胞命运空间限制和转录变化 | 小鼠胚胎干细胞聚集形成的类胚体 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 多个小鼠类胚体样本，未具体说明数量 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 4 | 2026-05-16 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
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研究论文 | 提出INSPIRE，一种基于深度学习的多空间转录组数据集整合方法，可解释、灵活且空间感知 | 结合图神经网络和对抗学习机制，实现空间感知的数据整合；使用非负矩阵分解揭示可解释的空间因子和基因程序，并能够构建3D组织模型 | 未在论文标题和摘要中明确提及 | 开发一种方法，有效整合和解释来自不同样本、技术和发育阶段的多空间转录组数据集 | 人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片、时空器官发生图谱（包含50万个空间点） | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 1D | 多种数据集，包括人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片，以及包含约50万个空间点的时空器官发生图谱 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5 | 2026-05-16 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
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研究论文 | 利用统计物理学方法和早期海鞘胚胎的单细胞测序数据，构建胚胎转录组的物理模型，识别基因表达的集体模式 | 整合自然变异与统计物理的建模及推断技术，从完整互联胚胎层面分析转录组，通过统计相关性揭示细胞间相互作用网络及基因表达的集体模式 | 未明确提及，可能依赖于特定物种（海鞘）的数据，方法推广性有待验证 | 从单细胞基因表达测量中推断空间相互作用及其诱导的集体表达模式，探索整体胚胎转录组的动态特性 | 早期海鞘胚胎的转录组 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 利用近期早期海鞘胚胎的单细胞测序数据（具体样本量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-05-16 |
Somatic BrafV600E mutation in the cerebral endothelium induces brain arteriovenous malformations
2024-08, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-024-09918-8
PMID:38700584
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研究论文 | 通过脑内皮细胞中的体细胞BrafV600E突变成功诱导出与人类病变高度相似的小鼠脑动静脉畸形模型 | 首次在脑内皮细胞中引入BrafV600E突变，开发出与人类临床表型一致的散发性脑动静脉畸形小鼠模型 | 达拉非尼对成熟脑动静脉畸形病变的疗效仍不确定 | 探索脑动静脉畸形的发病机制并评估潜在治疗策略 | 携带脑内皮细胞Braf突变的小鼠 | 机器学习 | 脑血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄组及不同脑区的小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 7 | 2026-05-16 |
Generation and characterisation of scalable and stable human pluripotent stem cell-derived microvascular-like endothelial cells for cardiac applications
2024-08, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-024-09929-5
PMID:38775849
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研究论文 | 开发并表征了一种可规模化、稳定的基于人多能干细胞的心肌微血管样内皮细胞生成方案 | 首次利用三维搅拌罐生物反应器结合高浓度VEGF-A处理，从血管类器官中生成表型稳定且具有心脏特异性的微血管样内皮细胞和壁细胞 | 未明确说明局限性，但可能涉及长期稳定性及体内功能验证的不足 | 为冠状动脉微血管疾病的研究及心脏组织工程应用提供可靠的细胞模型 | 人多能干细胞来源的内皮细胞和壁细胞 | 机器学习和数字病理学 | 冠状动脉微血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 8 | 2026-05-15 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
|
研究论文 | 提出CosGeneGate模型，用于单细胞分析中选择多功能且可信的生物标志物 | 结合细胞类型分类准确性和标志基因特异性表达模式的优点，选择非冗余且具有细胞类型特异性表达模式的标志基因 | 未明确说明局限性 | 开发更有效的标志基因选择方法，以改善单细胞测序分析中的细胞类型区分 | 人类主要细胞类型和组织 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序 | CosGeneGate | 基因表达数据 | 使用公开数据集和新测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-05-15 |
The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569988
PMID:38106143
|
研究论文 | 利用先进成像和单细胞RNA测序技术，探究低蛋白饮食对胎儿肾脏分子和细胞发育的影响 | 首次结合断层成像、共聚焦成像和单细胞RNA测序，全面揭示母体低蛋白饮食导致肾单位数量减少的细胞和分子机制 | 研究中提到低蛋白饮食对代谢、细胞周期、表观遗传调控和信号传导具有多效性影响，但未明确这些变化的因果关系或长期后果 | 阐明母体低蛋白饮食如何通过改变细胞和分子过程影响胎儿肾脏发育中的肾单位形成 | 小鼠胚胎肾脏样本（E14.5和P0阶段） | 机器学习，数字病理学 | 慢性肾脏病，高血压 | 单细胞RNA测序，光学投影断层成像，共聚焦成像 | NA | 基因表达数据，图像数据 | 小鼠胚胎肾脏样本（E14.5和P0阶段），具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2026-05-15 |
Autoimmune uveitis attenuated in diabetic mice through imbalance of Th1/Th17 differentiation via suppression of AP-1 signaling pathway in Th cells
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1347018
PMID:38887289
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研究论文 | 本研究利用小鼠模型探讨糖尿病对自身免疫性葡萄膜炎发展的影响及其免疫机制 | 首次揭示糖尿病通过抑制Th细胞中的AP-1信号通路，导致Th1/Th17分化失衡，从而减轻自身免疫性葡萄膜炎 | 研究基于小鼠模型，未在人体中验证；具体分子机制尚需进一步探索 | 探究糖尿病状态对器官特异性自身免疫性疾病（如葡萄膜炎）的影响 | 野生型C57BL/6小鼠和自发糖尿病Ins2Akita小鼠 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎，糖尿病 | 单细胞RNA测序，免疫组化，流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型，具体数量未明确，涉及WT和Akita两组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 11 | 2026-05-12 |
Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes
2024-Dec-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1
PMID:39764102
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研究论文 | 提出一种无监督多尺度聚类方法用于单细胞转录组数据，以识别细胞亚型的层次结构 | 开发了多尺度聚类（MSC）方法，能够在无监督模式下构建稀疏细胞-细胞相关网络，以多尺度分辨率识别细胞类型和亚型，相比现有方法性能显著提升 | 未明确说明局限性 | 改进单细胞RNA测序数据中细胞聚类方法，以更精细地解析细胞景观的复杂结构 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括模拟数据、银色标准数据、金色标准数据以及真实疾病相关scRNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2026-05-12 |
STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.26.600782
PMID:38979296
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研究论文 | 提出了一种计算框架STAN，用于推断空间信息指导的转录因子活性 | 首次利用空间转录组数据系统估计细胞身份相关的转录因子活性，并整合了形态学特征 | 未明确提及局限性 | 开发一种计算方法，从空间转录组数据推断转录因子的空间活性 | 空间转录组数据集中的点（spots） | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 线性混合效应模型 | 基因表达数据、空间坐标、形态学特征 | 三个数据集：淋巴结、乳腺癌、胶质母细胞瘤 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 13 | 2026-05-12 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
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研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和测序技术在单细胞RNA-seq中对同聚物序列的测序能力，并分析其对比对及多聚腺苷酸化位点定量的影响 | 首次系统评估亲和测序化学技术通过胸腺嘧啶同聚物序列的能力，展示了无需传统方法复杂性的配对末端直接分配读段至多聚腺苷酸化位点的方法 | 配对末端比对在读段映射率上未持续优于单端比对，且未排除其他新兴平台可能具有类似性能 | 评估亲和测序在单细胞RNA-seq中跨越同聚物序列的准确性及其对数据分析的影响 | 基于poly(dT)引物的3'单细胞RNA-seq文库中的cDNA片段 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq测序 | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序仪 | Element Aviti仪器进行亲和测序，Illumina平台用于对比 |
| 14 | 2026-05-11 |
The role of positional information in determining dermal fibroblast diversity
2024-04, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.matbio.2024.02.009
PMID:38423396
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综述 | 综述了位置信息在决定真皮成纤维细胞多样性中的作用 | 系统总结了位置信息如何影响成纤维细胞异质性和可塑性，并探讨其在皮肤稳态、伤口愈合、纤维化和癌症中的潜在应用 | 作为综述，缺乏原始实验数据支持，未提供具体机制验证 | 阐明位置信息对真皮成纤维细胞多样性的调控作用及其在皮肤疾病中的意义 | 真皮成纤维细胞及其在皮肤中的异质性和可塑性 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-05-11 |
Deciphering the heterogeneity of neutrophil cells within circulation and the lung cancer microenvironment pre- and post-operation
2024-02-06, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09850-z
PMID:38319415
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌患者循环血和肿瘤微环境中中性粒细胞亚群的异质性 | 开发了过表达率（OER）计算方法来评估中性粒细胞亚群的特异性，并识别了具有潜在临床价值的基因面板 | 缺乏对中性粒细胞亚群识别标准的明确结论 | 评估中性粒细胞亚群分布特征以帮助非小细胞肺癌的诊断和预后 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤组织、癌旁组织及术前术后血液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-05-11 |
Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq to identify disease-critical fetal and adult brain cell types
2024-01-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44742-0
PMID:38233398
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研究论文 | 通过整合单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）和RNA-seq（scRNA-seq）数据，识别与大脑疾病相关的胎儿和成体脑细胞类型 | 首次大规模整合GWAS数据与超300万scATAC-seq和scRNA-seq图谱，从染色质可及性和基因表达两个维度识别脑疾病关键细胞类型 | 研究依赖GWAS汇总统计数据，可能遗漏罕见变异或细胞类型特异效应；仅覆盖83种细胞类型，仍存在未检测的细胞亚型 | 利用单细胞表观组学和转录组学数据，优先识别与脑部疾病相关的关键胎儿和成体脑细胞类型 | 28种脑部相关疾病/特征以及83种细胞类型的scATAC-seq和scRNA-seq图谱 | 计算生物学、基因组学 | 脑部疾病（如重度抑郁症、精神分裂症、ADHD）、代谢特征（如BMI） | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞染色质可及性数据、单细胞基因表达数据、GWAS汇总统计 | 28种疾病/特征的平均样本量约298,000人；单细胞数据包含320万个细胞 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-05-11 |
The phosphatase DUSP22 inhibits UBR2-mediated K63-ubiquitination and activation of Lck downstream of TCR signalling
2024-01-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44843-w
PMID:38225265
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研究论文 | 揭示DUSP22磷酸酶通过抑制UBR2介导的Lck K63-泛素化来调控T细胞受体信号通路 | 首次发现E3泛素连接酶UBR2是T细胞活化中Lck的正向上游调控因子，并阐明DUSP22通过去磷酸化UBR2促使其降解的调控机制 | 未提及具体局限性 | 研究T细胞激活过程中Lck激酶的调控机制及其在炎症反应中的平衡作用 | T细胞受体信号通路中的关键蛋白DUSP22、UBR2和Lck | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 系统性红斑狼疮患者外周血T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2026-05-11 |
BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data
2024-01-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44560-w
PMID:38218939
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研究论文 | 提出BIDCell框架，利用自监督深度学习结合细胞形态和基因表达数据，实现亚细胞空间转录组数据的细胞分割 | 引入生物信息指导的损失函数，融合单细胞转录组和细胞形态信息，实现高精度细胞分割，避免碎片化或过大细胞导致的污染表达 | 未提及具体限制，但可能依赖高质量参考数据且对新型组织类型泛化能力未知 | 开发改进的细胞分割方法，提升亚细胞空间转录组数据中细胞识别的准确性和基因分配精度 | 亚细胞空间转录组数据中的细胞 | 数字病理学 | NA | 亚细胞成像转录组学、单细胞转录组学 | 自监督深度学习框架 | 空间基因表达数据、细胞形态图像 | 多种组织类型和技术平台的数据集 | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2026-05-11 |
Integrated epigenetic and transcriptional single-cell analysis of t(11;14) multiple myeloma and its BCL2 dependency
2024-01-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023020276
PMID:37729611
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研究论文 | 整合单细胞ATAC-seq和RNA-seq分析t(11;14)多发性骨髓瘤及其BCL2依赖性 | 首次在原发性多发性骨髓瘤细胞中整合单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq分析，深入解析t(11;14)多发性骨髓瘤的表观遗传调控组和转录组及其对venetoclax耐药性的影响 | 未明确说明 | 揭示t(11;14)多发性骨髓瘤对BCL2抑制剂的依赖性及其表观遗传调控机制 | t(11;14)多发性骨髓瘤患者 | 表观遗传学 | 多发性骨髓瘤 | ATAC-seq, RNA-seq | NA | 单细胞测序数据 | 原发性MM样本 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2026-05-10 |
Intervention of Tanshinone IIA on the PGK1-PDHK1 Pathway to Reprogram Macrophage Phenotype After Myocardial Infarction
2024-12, Cardiovascular drugs and therapy
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10557-023-07520-6
PMID:37991600
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研究论文 | 探讨丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1通路调控心肌梗死后巨噬细胞能量代谢及表型转化的作用机制 | 首次揭示丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1信号通路调控巨噬细胞能量代谢模式，进而影响其表型极化，为心肌梗死治疗提供新靶点 | 未明确丹参酮IIA对PGK1的直接结合方式及临床转化效果 | 研究丹参酮IIA是否通过调控巨噬细胞能量代谢影响其表型变化，并探索其在心肌梗死治疗中的潜力 | 心肌梗死模型小鼠及巨噬细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、RNA-seq、RT-PCR、ELISA、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、图像 | 未明确样本数量，涉及小鼠心肌梗死模型及巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |