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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-10-21 |
Single-cell characterization of differentiation trajectories and drug resistance features in gastric cancer with peritoneal metastasis
2024-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70054
PMID:39422697
|
研究论文 | 研究胃癌腹膜转移患者的单细胞分化轨迹和药物耐药特征 | 揭示了MUC1+癌细胞在胃癌腹膜转移中的驱动作用,以及C1Q+巨噬细胞与GZMA+ T淋巴细胞在治疗失败中的相关性 | 样本量相对较小,且仅限于胃癌腹膜转移患者 | 阐明胃癌腹膜转移微环境中的细胞分化轨迹和关键药物耐药特征 | 胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移和化疗/免疫治疗前后的恶性腹水样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像和空间转录组数据 | 48名患者,包括30个单细胞RNA测序样本、30个多重免疫荧光样本和3个空间转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia
2024-10, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70043
PMID:39440457
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研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学分析经典半乳糖血症患儿卵巢组织,揭示早发性卵巢功能不全的分子机制 | 首次构建了经典半乳糖血症患儿卵巢的单核转录组图谱和空间转录组景观,揭示了PTEN/PI3K/AKT信号通路失调、内质网应激和DNA损伤等新机制 | 研究样本量有限,仅针对青春期前女孩,未验证治疗干预效果 | 探究经典半乳糖血症患者早发性卵巢功能不全的分子机制 | 经典半乳糖血症患儿的卵巢组织活检样本 | 数字病理学 | 卵巢功能不全 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间表达数据 | 青春期前女孩卵巢组织活检(含CG患者和对照) | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Transcriptional reprogramming primes CD8+ T cells toward exhaustion in Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome
2024-12-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2415119121
PMID:39621903
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征中CD8+ T细胞趋向耗竭状态的转录重编程机制 | 首次整合单细胞RNA测序、RNA测序和ATAC测序对ME/CFS患者T细胞亚群进行多组学分析,发现CD8+ T细胞效应记忆亚群的耗竭特征 | 样本量有限,需要更大规模研究验证;未明确T细胞耗竭与疾病症状间的因果关系 | 阐明肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征中T细胞失调的基因调控机制 | 肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征患者的T细胞亚群,特别是CD8+ T细胞和先天T细胞 | 免疫学 | 肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征 | 单细胞RNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq, 流式细胞术 | NA | 基因组学数据,表观基因组学数据,蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 4 | 2024-12-12 |
Rescue of cochlear vascular pathology prevents sensory hair cell loss in Norrie disease
2024-12-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2322124121
PMID:39585982
|
研究论文 | 研究通过条件激活β-catenin在血管内皮细胞中的稳定表达,探讨其在Norrie疾病小鼠模型中对耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失的修复作用 | 首次证明在耳蜗微血管中,β-catenin是norrin结合内皮细胞表面受体后的主要下游细胞内效应因子,并验证了恢复该信号通路足以防止感觉毛细胞死亡和听力损失 | 研究仅在动物模型中进行,尚未在人类中验证 | 探讨Norrie疾病中耳蜗病理的修复机制 | Norrie疾病小鼠模型的耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类耳蜗样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5 | 2024-11-18 |
Preexisting senescent fibroblasts in the aged bladder create a tumor-permissive niche through CXCL12 secretion
2024-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00704-1
PMID:39251867
|
研究论文 | 研究揭示了衰老膀胱中预先存在的衰老成纤维细胞通过分泌CXCL12促进肿瘤生长的机制 | 首次揭示了衰老膀胱中p16-sn成纤维细胞通过分泌CXCL12促进肿瘤生长的机制 | 研究主要基于基因修饰小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 探讨衰老如何通过特定机制促进膀胱癌的发生 | 衰老膀胱中的成纤维细胞及其在膀胱癌中的作用 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基因修饰小鼠模型中的成纤维细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6 | 2025-10-07 |
Brain-wide alterations revealed by spatial transcriptomics and proteomics in COVID-19 infection
2024-11, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00730-z
PMID:39543407
|
研究论文 | 通过空间转录组学和蛋白质组学分析COVID-19感染后全脑范围的分子改变 | 首次结合多种实验和分析方法揭示COVID-19对全脑范围的影响,发现与年龄相关神经退行性疾病重叠的分子通路改变 | 样本量相对有限(总计42例),仅研究严重急性/亚急性COVID-19病例 | 探究SARS-CoV2感染后神经系统症状的病理生理机制 | COVID-19患者和匹配肺部病理对照的尸检脑组织 | 空间生物学 | COVID-19神经系统并发症 | 空间转录组学, 批量基因表达分析, 蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据 | 42例尸检脑组织(COVID-19患者和对照) | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Inhibition of Renin Expression Is Regulated by an Epigenetic Switch From an Active to a Poised State
2024-09, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
|
研究论文 | 本研究揭示了肾素表达抑制通过表观遗传开关从活跃状态转变为预备状态的调控机制 | 首次发现肾素表达抑制涉及从活跃状态到预备状态的表观遗传转换,并关联细胞间通讯减少和上皮-间质转化 | 研究仅使用小鼠来源的As4.1肿瘤细胞系,未在原发性细胞或体内模型中验证 | 探究肾素表达抑制的表观遗传调控机制 | 小鼠肾小球旁细胞来源的As4.1肿瘤细胞系 | 表观遗传学 | NA | ATAC-seq, 单细胞RNA测序, CUT&Tag, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因组学数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | As4.1细胞系的生物学重复样本 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, ChIP-seq, CUT&Tag | NA | NA |
| 8 | 2026-04-24 |
Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01915-9
PMID:39112630
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组、空间转录组、谱系追踪和先进成像技术,揭示了与年龄相关的胸腺上皮细胞缺陷限制了胸腺功能和再生能力 | 首次发现两种非典型的与年龄相关的胸腺上皮细胞(aaTECs)状态的产生,这些细胞形成高密度髓周上皮簇,缺乏胸腺细胞,并与FOXN1下调相关,为胸腺衰老和免疫衰老提供了新机制 | 未明确提及 | 探索胸腺衰老过程中非造血基质细胞的年龄相关变化及其对胸腺功能和再生的影响 | 胸腺中的非造血基质细胞,特别是胸腺上皮细胞(TECs) | 数字病理学 | 老年病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、成像数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 9 | 2024-08-05 |
Overexpressed Trophoblast Glycoprotein Contributes to Preeclampsia Development by Inducing Abnormal Trophoblast Migration and Invasion Toward the Uterine Spiral Artery
2024-07, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
|
研究论文 | 本研究揭示了TPBG过表达如何通过影响子宫螺旋动脉重塑,促进子痫前症的发展 | 首次表明TPBG过表达与子痫前症发展之间的因果关系 | 研究重点在于TPBG的作用,未深入探讨其他可能的影响因素 | 探讨TPBG在子痫前症发展中的作用及其潜在机制 | 健康个体和子痫前症患者的胎盘组织及妊娠小鼠模型 | 数字病理学 | 子痫前症 | RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 收集了妊娠妇女的胎盘和血浆样本 | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2026-07-24 |
Advances in integrating single-cell sequencing data to unravel the mechanism of ferroptosis in cancer
2024-12-06, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae025
PMID:38874174
|
综述 | 综述了利用单细胞测序技术解析癌症中铁死亡机制的研究进展 | 整合单细胞测序技术揭示铁死亡在癌症中的机制调控通路、免疫检查点、生物标志物及细胞簇识别 | 未明确提及具体限制 | 总结单细胞测序在铁死亡相关癌症研究中的应用进展 | 铁死亡相关癌症研究中的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-07-24 |
A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data
2024-12-06, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae023
PMID:38860675
|
综述 | 系统总结了单细胞转录组和空间转录组数据降维与聚类分析中最广泛认可的算法 | 全面比较了单细胞和空间转录组数据降维与聚类的主流算法,为该领域新工具的开发提供见解 | NA | 总结单细胞转录组和空间转录组数据降维与聚类的最广泛认可算法 | 单细胞转录组和空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 12 | 2026-07-24 |
Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer
2024-07-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05472-5
PMID:39033271
|
研究论文 | 揭示肿瘤坏死因子受体2通过调节糖酵解促进内皮细胞介导的CD8+ T细胞抑制,在乳腺癌化疗耐药中发挥作用 | 首次识别出TNFR2+内皮细胞亚型在非响应患者中增强表达,并阐明其通过NF-κB信号调控糖酵解活性进而增强PD-L1依赖性抑制CD8+ T细胞的新机制 | 主要基于单细胞测序数据和动物模型,缺乏大样本临床验证,且体外实验的生理相关性需进一步确认 | 探究内皮细胞在三阴性乳腺癌化疗耐药中如何调控T细胞活性以及TNFR2在其中扮演的关键角色 | 三阴性乳腺癌患者的内皮细胞、CD8+ T细胞,以及TNFR2+内皮细胞亚型 | 数字病理学, 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、细胞糖酵解实验、蛋白质印迹 | NA | 单细胞基因表达数据、空间转录组数据、图像数据 | 利用公开的单细胞RNA测序数据集,具体样本数量未明确说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组(具体配置未明确) |
| 13 | 2026-07-24 |
Computing cell state discriminates the aberrant hematopoiesis and activated microenvironment in Myelodysplastic syndrome (MDS) through a single cell genomic study
2024-07-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05496-x
PMID:39033303
|
研究论文 | 通过单细胞基因组研究,计算细胞状态区分骨髓增生异常综合征中的异常造血和活化微环境 | 使用未分选的骨髓细胞进行单细胞RNA测序,而非仅关注CD34+造血祖细胞,并开发了MarcoPolo管道将MDS和AML细胞投射到骨髓细胞参考图谱上 | 该研究样本量较小,仅涉及5名MDS患者和4名健康供者,且未发现突变负荷显著增加 | 从单细胞水平系统描述MDS患者的造血发育异常、风险异质性及T细胞微环境 | 5名MDS患者和4名健康供者的骨髓穿刺未分选细胞 | 单细胞基因组学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录因子分析、CellOracle扰动分析、MarcoPolo管道 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例样本,包括5名MDS患者和4名健康供者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-07-24 |
Endoplasmic reticulum stress promotes hepatocellular carcinoma by modulating immunity: a study based on artificial neural networks and single-cell sequencing
2024-07-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05460-9
PMID:39010084
|
研究论文 | 基于人工神经网络和单细胞测序,研究内质网应激通过调节免疫促进肝细胞癌的机制 | 结合多种机器学习算法和人工神经网络构建了与内质网应激相关的肝癌诊断预测模型 | NA | 探究内质网应激在肝细胞癌发展中的分子机制,并建立诊断预测模型 | 肝细胞癌相关的内质网应激差异表达基因及其免疫微环境 | 机器学习, 数字病理学 | 肝细胞癌 | 基因表达数据整合, 单细胞测序 | 人工神经网络, 随机森林, 支持向量机 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE25097, GSE62232, GSE65372) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 15 | 2026-07-24 |
Non-canonical Wnt pathway expression in the developing mouse and human retina
2024-07, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.109947
PMID:38815793
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研究论文 | 分析非经典Wnt通路在小鼠和人类视网膜发育中的表达模式 | 首次系统比较非经典Wnt通路在小鼠和人类视网膜发育过程中的表达差异,并发现新的物种特异性表达基因 | 主要依赖公开的scRNAseq数据集,缺乏功能验证实验 | 探究非经典Wnt通路在视网膜发育和突触形成中的作用 | 小鼠视网膜、人类视网膜和人类视网膜类器官 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个发育时间点的公开数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 16 | 2026-07-24 |
Nfe2l3 promotes neuroprotection and long-distance axon regeneration after injury in vivo
2024-05, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2024.114741
PMID:38395216
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research paper | 本文研究了Nfe2l3基因在体内中枢神经系统损伤后促进神经保护和长距离轴突再生的功能 | 首次发现Nfe2l3在中枢神经系统损伤后具有促进神经保护和长距离轴突再生的作用,并揭示了其与已建立的神经保护和轴突再生机制的关联 | 未明确提及限制,但可能包括体内实验的样本量较小、基因网络分析依赖生物信息学预测需进一步验证 | 探究Nfe2l3在中枢神经系统损伤后对神经保护和轴突再生的调节作用 | 小鼠皮质和视网膜神经节细胞 | NA | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | scRNA-seq数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 17 | 2026-07-24 |
Aortic Cellular Heterogeneity in Health and Disease: Novel Insights Into Aortic Diseases From Single-Cell RNA Transcriptomic Data Sets
2024-04, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
|
综述 | 通过单细胞RNA转录组数据集探讨主动脉细胞异质性在健康和疾病中的新见解 | 利用单细胞RNA测序技术揭示主动脉各细胞类型的异质性及其在健康和疾病中的生物学过程 | NA | 综述单细胞RNA测序在主动脉疾病研究中的最新进展,重点关注细胞异质性 | 主动脉疾病(如动脉粥样硬化、主动脉瘤、主动脉硬化)中的细胞类型和异质性 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-07-23 |
Mutual exclusivity and co-occurrence patterns of immune checkpoints indicate NKG2A relates to anti-PD-1 resistance in gastric cancer
2024-08-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05503-1
PMID:39097734
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和多元线性回归交互模型,揭示胃癌中免疫检查点的互斥与共现模式,并指出NKG2A与抗PD-1耐药性相关 | 揭示了PD-1与NKG2A的共现模式和互斥性,鉴定了两种不同的免疫检查点表达模式(ICEP1和ICEP2),并发现ICEP2 CD8+ T细胞与抗PD-1治疗耐药性相关 | 未明确提及,可能需要进一步验证小样本或特定机制的局限性 | 分析胃癌中免疫检查点表达模式,识别最优的抗PD-1与其他免疫检查点抑制剂的联合治疗策略 | 胃癌中CD8+ T细胞及其免疫检查点表达特征 | 机器学习和数字病理 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 多元线性回归交互模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确提及,可能包括多个胃癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2026-07-23 |
Metastasis and basement membrane-related signature enhances hepatocellular carcinoma prognosis and diagnosis by integrating single-cell RNA sequencing analysis and immune microenvironment assessment
2024-07-31, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05493-0
PMID:39085893
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析和免疫微环境评估,构建了一种基于转移和基底膜相关基因的预后模型,用于增强肝细胞癌的预后和诊断能力 | 首次将转移与基底膜相关基因结合起来构建预后模型,并结合单细胞RNA测序和多种免疫算法全面评估免疫微环境,揭示了ITGA3在肿瘤转移中的作用 | 研究主要依赖公共数据库(TCGA和ICGC)的数据,缺乏独立外部验证队列;生物学机制验证仅限于体外细胞实验,未进行体内模型验证 | 探索和评估潜在生物标志物以改善肝细胞癌患者的生存结果和治疗效果 | 肝细胞癌患者(来自TCGA的424例和ICGC的240例)以及HepG2细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 转录组数据, 临床数据, 突变数据 | 424例TCGA患者和240例ICGC患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2026-07-23 |
Single-cell hdWGCNA reveals metastatic protective macrophages and development of deep learning model in uveal melanoma
2024-07-29, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05421-2
PMID:39075441
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq和hdWGCNA分析揭示葡萄膜黑色素瘤中转移保护性巨噬细胞,并开发深度学习模型用于区分原发与转移患者及预后预测 | 首次利用高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA)在单细胞水平鉴定转移保护性巨噬细胞及其关键基因模块,并结合深度学习卷积神经网络模型实现原发与转移患者的精准区分 | 研究数据来源有限,未提及外部独立验证队列的多样性;转移保护的巨噬细胞亚群功能机制仍需进一步实验验证 | 探索葡萄膜黑色素瘤转移的免疫微环境机制,并基于关键基因开发预后预测模型 | 葡萄膜黑色素瘤患者的原发和转移样本中的巨噬细胞亚群及相关基因 | digital pathology, machine learning | uveal melanoma | 单细胞RNA-seq, 高维加权基因共表达网络分析 | 卷积神经网络, 机器学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA(未明确样本量) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |