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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1 2026-03-29
KLF4 in smooth muscle cell-derived progenitor cells is essential for angiotensin II-induced cardiac inflammation and fibrosis
2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了平滑肌细胞来源的AdvSca1-SM细胞在血管紧张素II诱导的心脏纤维化中向肌成纤维细胞分化的轨迹,并发现转录因子KLF4在此过程中的关键作用 通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法,首次阐明了冠状动脉相关AdvSca1-SM细胞在心脏纤维化中的促纤维化分化轨迹,并发现KLF4的双重功能 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;KLF4调控AdvSca1-SM表型的具体分子机制仍需进一步探索 探究AdvSca1-SM细胞在血管紧张素II诱导的心脏纤维化中的作用及KLF4的调控机制 小鼠血管平滑肌细胞来源的AdvSca1-SM细胞及人类心脏肥厚组织 心血管疾病 心血管疾病 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 谱系追踪, RNA测序 NA 基因表达数据, 空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
2 2026-03-29
Generation and Downstream Analysis of Single-Cell and Single-Nuclei Transcriptomes in Brain Organoids
2024-03-29, Journal of visualized experiments : JoVE
研究论文 本文提供了一个关于在脑类器官中生成和分析单细胞及单核转录组的逐步实验指南 通过结合单细胞和单核转录组学方法,克服了难以分离细胞类型的限制,使单个细胞的转录组分析在脑类器官研究中普遍适用 NA 为脑类器官研究提供单细胞和单核转录组学的实验流程,以促进对大脑发育的细胞过程和分子机制的全面研究 脑类器官 数字病理学 NA 单细胞转录组学,单核转录组学,RNA-seq NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq NA NA
3 2026-03-29
Spatial High-resolution Analysis of Gene Expression Levels in Tendons
2024-03-08, Journal of visualized experiments : JoVE
方法论文 本文综述了肌腱组织中空间高分辨率基因表达水平的分析方法,重点关注新型原位杂交技术 针对富含基质的肌腱组织,提出了单细胞水平的空间转录组学分析方法,解决了低细胞数、低RNA含量和高基质背景的挑战 NA 开发并优化肌腱组织中空间基因表达水平的分析方法 肌腱组织,特别是年轻和老年动物模型及人类肌腱样本 数字病理学 NA 原位杂交,空间转录组学 NA 图像,RNA空间表达数据 NA NA 空间转录组学,单细胞RNA-seq NA NA
4 2026-03-28
Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析,揭示了白细胞介素-1β在致心律失常性心肌病疾病进展中的关键驱动作用 首次结合单核RNA测序与空间转录组学技术,在ACM患者心肌样本中识别出炎症-纤维化空间生态位,并证实靶向IL-1β可改善疾病表型 研究主要基于患者样本和小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 探究致心律失常性心肌病的疾病进展机制并寻找潜在治疗靶点 ACM患者心肌样本、对照捐赠者样本、纯合Desmoglein-2突变小鼠 数字病理学 心血管疾病 单核RNA测序, 空间转录组学 NA RNA测序数据, 空间转录组数据 ACM患者和对照捐赠者的心肌样本,具体数量未明确说明 NA 单核RNA测序, 空间转录组学 NA NA
5 2026-03-28
Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma
2024-10-31, Biomolecules IF:4.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA-Seq分析,将DNMT3B和PFKFB4的转录谱与肝母细胞瘤的转移特性联系起来 利用弹性网络机器学习方法识别了DNMT3B和PFKFB4作为肝母细胞瘤转移的关键预测因子,并构建了一个基于这两个酶表达的代谢评分,该评分在预测转移方面比现有分类器更敏感 研究基于GSE131329转录组数据集,样本来源可能有限,且未涉及实验验证或机制探讨 探究肝母细胞瘤中代谢酶的过表达与转移风险之间的关联,并开发预测转移的临床-生物学模型 肝母细胞瘤肿瘤组织与非癌性肝组织,重点关注代谢酶的表达差异 单细胞组学 肝母细胞瘤 单细胞RNA-Seq,转录组分析 ElasticNet机器学习,逻辑回归模型 转录组数据 基于GSE131329转录组数据集,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
6 2026-03-28
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究评估了Element Biosciences的亲和性碱基化学测序技术在单细胞RNA-seq文库中准确测序通过同聚物引物区域的能力,并分析了其对读段比对和多聚腺苷酸化位点精确定量的影响 首次系统评估了Element Aviti平台在单细胞RNA-seq中测序通过胸腺嘧啶同聚物的能力,并开发了改进的接头修剪和比对流程,为多聚腺苷酸化位点分析提供了更直接的方法 与单端比对相比,配对端比对并未一致提高读段映射率,且研究未排除其他新兴平台可能具有的类似性能 评估新型测序化学在单细胞RNA-seq中的应用效果,改进文库表征和多聚腺苷酸化位点分析 单细胞RNA-seq文库 单细胞测序 NA 单细胞RNA测序 NA 测序数据 NA Element Biosciences, Illumina 单细胞RNA-seq Element Aviti 亲和性碱基化学测序平台
7 2024-08-07
A New Immunological Index for the Elderly: High Proportion of Multiple TCR T Cells Based on scRNA-Seq
2024-05-07, Aging and disease IF:7.0Q1
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
8 2026-03-25
Single-Cell Gene-Regulatory Networks of Advanced Symptomatic Atherosclerosis
2024-May-24, Circulation research IF:16.5Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,识别了晚期症状性动脉粥样硬化中的关键平滑肌细胞和巨噬细胞亚型,并整合基因调控网络分析,揭示了GRN39在疾病进展中的核心作用 首次将最基因丰富的单细胞亚簇与冠状动脉疾病的基因调控网络框架整合,识别并独立验证了GRN39在促进晚期症状性动脉粥样硬化中的关键作用 研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本,可能无法完全反映人类疾病的复杂性;单细胞测序技术(SmartSeq2)的基因覆盖范围(约8000基因/细胞)相对有限 探究动脉粥样硬化进展中血管细胞类型转化的单细胞基因表达模式及其临床和病理生理学相关性 Ldlr-/-Apob100/100小鼠(具有人类样血浆脂蛋白)以及人类无症状和症状性颈动脉斑块中的单细胞 单细胞转录组学 心血管疾病 单细胞RNA测序(SmartSeq2),基因调控网络分析 NA 单细胞RNA测序数据 16,588个单细胞(来自小鼠和人类),600名冠状动脉疾病患者(STARNET研究) NA 单细胞RNA-seq SmartSeq2 SmartSeq2(约8000基因/细胞)
9 2026-03-25
Identification of cells of leukemic stem cell origin with non-canonical regenerative properties
2024-Apr-16, Cell reports. Medicine
研究论文 本研究通过单细胞转录组学分析,识别了急性髓系白血病中具有非典型再生特性的细胞群——再生富集细胞,并探讨了其在白血病复发中的作用 首次揭示了AML中RECs这一新细胞群,它们源自白血病干细胞但缺乏干细胞能力,并通过空间转录组学证实了其与CD34+细胞的邻近关系及对再生的调控作用 未明确RECs的具体分子机制,且样本量可能有限,需要进一步验证 探究急性髓系白血病化疗后复发细胞的特性及其再生机制 急性髓系白血病患者样本中的细胞群体 数字病理学 白血病 单细胞转录组学,空间转录组学 NA 转录组数据,空间数据 AML患者队列样本 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
10 2026-03-25
Multicellular ecotypes shape progression of lung adenocarcinoma from ground-glass opacity toward advanced stages
2024-Apr-16, Cell reports. Medicine
研究论文 本研究通过机器学习、单细胞RNA测序和全外显子组测序,分析了58例肺腺癌患者,揭示了与不同影像学模式和癌细胞状态相关的六种肺多细胞生态型 首次系统性地将肺腺癌的影像学表现(磨玻璃影与实性结节)与肿瘤微环境中的多细胞生态型、免疫状态及特定驱动基因(如EGFR L858R)联系起来,并发现了CTHCR1成纤维细胞在免疫抑制环境中的关键作用 样本量相对有限(58例患者),且研究主要基于特定队列,需要在更大人群和不同种族中进行验证 探究肺腺癌从磨玻璃影向晚期进展过程中的肿瘤异质性及微环境演变机制 58例肺腺癌患者及其肿瘤组织 数字病理 肺癌 单细胞RNA测序, 全外显子组测序, 机器学习 机器学习 基因表达数据, 基因组数据, 影像数据 58例肺腺癌患者 NA 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 NA NA
11 2026-03-25
Single-cell transcriptomics reveal metastatic CLDN4+ cancer cells underlying the recurrence of malignant pleural effusion in patients with advanced non-small-cell lung cancer
2024-04, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了晚期非小细胞肺癌患者恶性胸腔积液复发中CLDN4阳性转移性癌细胞的作用 首次在单细胞水平上识别出与恶性胸腔积液复发相关的CLDN4阳性转移性癌细胞亚群,并揭示了其与细胞迁移、缺氧和血管生成信号通路的关联 样本量较小(16例用于单细胞测序),需要更大样本队列验证临床价值,且生物学功能机制有待深入研究 探究晚期非小细胞肺癌患者恶性胸腔积液复发的细胞和遗传特征,寻找预测标志物 非小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液样本 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,定量聚合酶链反应 生物信息学算法 单细胞转录组数据 16例患者用于单细胞测序,64例患者用于验证队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
12 2026-03-25
Pericyte signaling via soluble guanylate cyclase shapes the vascular niche and microenvironment of tumors
2024-Apr, The EMBO journal
研究论文 本研究通过特异性敲除周细胞中的一氧化氮受体sGC,利用单细胞RNA测序技术,揭示了周细胞如何通过sGC信号通路影响肿瘤血管微环境并抑制肿瘤生长 首次在体内特异性靶向周细胞的sGC信号通路,系统揭示了周细胞通过调控内皮细胞-周细胞相互作用及旁分泌信号,重塑肿瘤血管生态位和微环境的新机制 研究主要基于小鼠模型,其在人类肿瘤中的普适性仍需进一步验证;sGC信号通路的具体下游效应分子及其在多种肿瘤类型中的作用有待深入探索 探究周细胞在肿瘤血管微环境中的作用及其分子机制,评估靶向周细胞sGC作为改善抗血管生成治疗策略的潜力 周细胞、内皮细胞、肿瘤相关成纤维细胞、肿瘤相关巨噬细胞及肿瘤血管微环境 单细胞组学 肿瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
13 2026-03-25
Lysyl Oxidase Regulates Epithelial Differentiation and Barrier Integrity in Eosinophilic Esophagitis
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1
研究论文 本研究揭示了赖氨酰氧化酶在嗜酸性食管炎中通过激活BMP信号通路调节上皮分化和屏障完整性的非经典功能 首次发现LOX在食管上皮中作为信号分子通过激活BMP通路调节上皮稳态,并证明LOX/BMP轴在炎症条件下恢复上皮分化和屏障功能的作用 研究主要基于体外器官模型和细胞培养,缺乏体内实验验证;样本来源和数量未明确说明 探究赖氨酰氧化酶在嗜酸性食管炎食管上皮中的功能作用及其分子机制 人食管上皮细胞、3D器官模型、气液界面培养体系 单细胞组学 嗜酸性食管炎 单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、组织学分析、屏障功能分析 3D器官模型、气液界面培养 单细胞转录组数据、基因表达数据、蛋白数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
14 2026-03-24
The transcription factor TCF21 is necessary for adoption of cell fates by Foxd1+ stromal progenitors during kidney development
2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了转录因子TCF21在肾脏发育过程中对Foxd1+基质祖细胞命运决定的关键作用 首次利用单细胞RNA测序技术系统揭示了TCF21缺失导致Foxd1+基质祖细胞亚群特异性耗竭,并发现突变肾脏中表达血管内皮标记物Endomucin的新型细胞簇 研究主要聚焦于胚胎期E14.5时间点,未涵盖肾脏发育全过程;单细胞测序样本量相对有限 阐明调控Foxd1+基质祖细胞分化的分子机制 小鼠胚胎肾脏中的Foxd1+基质祖细胞及其分化后代 发育生物学 先天性肾脏异常 单细胞RNA测序,免疫染色 基因敲除小鼠模型 单细胞转录组数据,组织图像数据 32,461个GFP+细胞(来自E14.5胚胎肾脏) NA 单细胞RNA-seq NA NA
15 2026-03-24
Comprehensive review on single-cell RNA sequencing: A new frontier in Alzheimer's disease research
2024-09, Ageing research reviews IF:12.5Q1
综述 本文全面综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在阿尔茨海默病研究中的应用、贡献与挑战 系统总结了scRNA-seq如何革新对AD细胞异质性的理解,并重点介绍了其在发现新生物标志物、揭示疾病相关通路及阐明非神经元细胞作用方面的最新进展 作为综述文章,未进行原始数据研究,主要总结现有文献,可能未涵盖所有最新研究 探讨scRNA-seq在阿尔茨海默病研究中的应用,以增进对疾病机制的理解并推动靶向治疗开发 阿尔茨海默病相关的脑组织细胞,特别是神经元、小胶质细胞和星形胶质细胞等 数字病理学 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
16 2026-03-21
Single-Cell Transcriptomics Reveals a Pivotal Role of DOCK2 in Sjögren Disease
2024-Dec, ACR open rheumatology IF:2.9Q2
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了DOCK2在干燥综合征(SjD)发病机制中的关键作用,并验证了其作为治疗靶点的潜力 首次在SjD小鼠模型中通过单细胞RNA测序鉴定出CD8+ T细胞亚群中DOCK2的异常高表达,并证明其抑制剂CPYPP能显著改善疾病症状 研究基于小鼠模型,其结论在人类患者中的适用性仍需进一步验证 解析干燥综合征唾液腺中致病性免疫细胞群及其免疫通路,并探索潜在治疗靶点 干燥综合征小鼠模型的唾液腺组织 单细胞转录组学 干燥综合征(自身免疫性疾病) 单细胞RNA测序 聚类分析 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
17 2026-03-21
Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype
2024-11-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1
研究论文 本研究探讨了在动脉粥样硬化中表达嗅觉受体2(Olfr2)的血管巨噬细胞的功能表型和起源 首次系统研究了Olfr2+巨噬细胞在动脉粥样硬化中的起源、增殖能力和促炎表型,并揭示了其与泡沫样巨噬细胞亚群的关系 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;单细胞测序数据为二次分析,非原始实验数据 探究Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型、细胞起源及其在疾病进展中的作用 Apoe-/-小鼠的主动脉巨噬细胞、单核细胞、动脉粥样硬化斑块 单细胞组学 心血管疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、质谱流式细胞术(CyTOF)、流式细胞术、过继转移实验、BrdU掺入实验 NA 基因表达数据、细胞表型数据 Apoe-/-小鼠模型,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
18 2026-03-21
Characterization of HPV6/11-reactive T-cell subsets in papillomas of patients with juvenile-onset recurrent respiratory papillomatosis and identification of HPV11 E7-specific candidate TCR clonotypes
2024-10-22, Journal of virology IF:4.0Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和RNA微阵列技术,分析了青少年发病型复发性呼吸道乳头状瘤病(JORRP)患者乳头状瘤组织中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征,并鉴定了HPV11 E7特异性候选TCR克隆型 首次在JORRP乳头状瘤组织中鉴定出CD8+组织驻留记忆T细胞作为局部抗HPV6/11免疫的主要T细胞亚群,并成功分离出HPV11 E7特异性候选TCR克隆型,为TCR-T细胞疗法提供了潜在靶点 研究样本量有限,且主要聚焦于HPV11 E7特异性反应,未全面评估其他HPV抗原或更广泛的免疫细胞相互作用 阐明JORRP患者乳头状瘤组织中HPV6/11特异性T细胞免疫反应的细胞基础和分子特征 青少年发病型复发性呼吸道乳头状瘤病(JORRP)患者的乳头状瘤组织 免疫学 复发性呼吸道乳头状瘤病 单细胞RNA测序, RNA微阵列 NA 单细胞转录组数据, 微阵列数据 未明确说明样本数量,但涉及JORRP患者的乳头状瘤组织 NA 单细胞RNA-seq NA NA
19 2026-03-21
Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa
2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了上呼吸道黏膜上皮细胞中多细菌细胞内大分子(PIMs)的存在及其对单细胞效应细胞因子表达和药物反应的线性驱动作用 首次在单细胞分辨率下发现并量化了人类口腔黏膜上皮细胞中持久存在的多细菌细胞内大分子(包括细菌rRNA、mRNA和糖脂),并证明这些PIMs能线性驱动效应细胞因子表达并影响药物疗效预测 研究主要基于人类口腔黏膜样本,可能无法完全代表其他上呼吸道区域;PIMs的具体来源和持久性机制仍需进一步探究 探究宿主与微生物在黏膜上皮细胞类型中的相互作用,特别是在健康与炎症疾病状态下 人类口腔黏膜上皮细胞,包括人类口腔角质形成细胞(HOKs) 数字病理学 慢性炎症性疾病 单细胞RNA测序,杂交技术,免疫组织化学 NA 单细胞RNA测序数据,杂交和免疫组织化学图像数据 基于人类口腔黏膜单细胞RNA测序图谱的重新分析,具体样本数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
20 2026-03-21
Single-cell RNA sequencing reveals microenvironmental infiltration in non-small cell lung cancer with different responses to immunotherapy
2024-09, The journal of gene medicine IF:3.2Q2
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析非小细胞肺癌中免疫治疗不同反应样本的肿瘤微环境,揭示了CD8+ T细胞、巨噬细胞和肿瘤上皮细胞的差异,并识别了与不良预后相关的生物标志物 首次在非小细胞肺癌中结合单细胞RNA测序技术,比较主要病理反应和非主要病理反应样本的肿瘤微环境细胞组成差异,并发现新的预测免疫治疗反应的生物标志物 样本量较小(仅12个样本),且仅基于公开数据集GSE207422,缺乏独立验证队列 探索非小细胞肺癌对免疫治疗不同反应的肿瘤微环境机制,并寻找预测治疗反应的生物标志物 非小细胞肺癌患者肿瘤组织样本(包括4个主要病理反应和8个非主要病理反应样本) 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 12个非小细胞肺癌原发肿瘤样本(4个MPR,8个NMPR) NA 单细胞RNA-seq NA NA
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