单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-22	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析了正在发生连接的小鼠胚胎肾脏管状结构，发现肝细胞生长因子（HGF）通过MAPK信号通路和基质金属蛋白酶（MMPs）促进管状结构的连接，而不依赖于细胞增殖	首次揭示了HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进肾脏管状结构连接的机制，并证明了HGF和胶原酶处理足以诱导胚胎小鼠肾脏的管状结构连接	研究仅限于小鼠胚胎肾脏，尚未在其他物种或成年肾脏中验证	探讨肾脏管状结构连接的机制及其在移植医学中的潜在应用	小鼠胚胎肾脏管状结构的连接过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胚胎肾脏样本
2	2024-12-22	Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study 2024-Dec-20, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002166 PMID:39705130	研究论文	本研究使用荧光标记和空间转录组学技术，追踪脂肪来源干细胞外泌体在鼠挤压损伤模型中的作用	首次结合荧光标记和空间转录组学技术，全面分析了脂肪来源干细胞外泌体在神经再生中的复杂相互作用和信号通路	研究仅限于鼠模型，尚未在人类中验证	探讨脂肪来源干细胞外泌体在神经再生中的精确机制	脂肪来源干细胞外泌体在鼠挤压损伤模型中的作用	NA	NA	荧光标记、空间转录组学	NA	基因表达数据	鼠挤压损伤模型
3	2024-12-22	NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data 2024-Dec-20, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae747 PMID:39705170	研究论文	本文介绍了一种名为NLSDeconv的新型细胞类型反卷积方法，用于空间转录组数据，并提供了一个Python包	NLSDeconv基于非负最小二乘法，相比现有的18种反卷积方法，在统计性能和计算效率上表现更优	NA	开发一种高效的细胞类型反卷积方法，用于空间转录组数据	空间转录组数据中的细胞类型贡献	生物信息学	NA	非负最小二乘法	NA	转录组数据	涉及多种空间转录组数据集
4	2024-12-22	Scope+: An open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels 2024-Dec-20, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae727 PMID:39705183	研究论文	本文介绍了一个名为Scope+的开源、高度优化和可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据	Scope+架构支持细胞级别的元分析，并提供了一个开放源代码的平台，供研究人员构建自己的图谱	NA	开发一个开放源代码的架构，用于快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据	单细胞RNA测序图谱数据，特别是COVID-19血液和免疫细胞数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	500万COVID-19血液和免疫细胞
5	2024-12-22	Extrasinusoidal macrophages are a distinct subset of immunologically active dural macrophages 2024-Dec-20, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adh1129 PMID:39705337	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱、共聚焦成像、克隆分析和转基因小鼠模型，全面表征了位于硬脑膜静脉窦外的巨噬细胞，揭示了其在神经炎症中的独特作用	首次全面表征了位于硬脑膜静脉窦外的巨噬细胞，揭示了其在神经炎症中的独特作用和多样性	本文主要依赖于小鼠模型，研究结果的临床相关性尚需进一步验证	研究硬脑膜静脉窦外巨噬细胞的细胞和功能异质性及其在神经炎症中的作用	硬脑膜静脉窦外的巨噬细胞	NA	NA	单细胞转录组学、命运图谱、共聚焦成像、克隆分析	NA	单细胞转录组数据、图像	转基因小鼠模型
6	2024-12-22	Single-cell profiling of the amphioxus digestive tract reveals conservation of endocrine cells in chordates 2024-Dec-20, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq0702 PMID:39705360	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了文昌鱼消化道的细胞特征，揭示了脊椎动物消化系统内分泌细胞的保守性	首次通过单细胞RNA测序揭示了文昌鱼消化道中的内分泌样细胞，并发现了与脊椎动物胰岛素样生长因子1（Igf1）相似的文昌鱼Ilp1	未提及具体的研究局限性	探索脊椎动物消化系统的进化起源及其内分泌细胞的保守性	文昌鱼消化道的细胞特征	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	未提及具体样本数量
7	2024-12-22	S100A11 is a potential prognostic biomarker and correlated with tumor immunosuppressive microenvironment in glioma 2024-Dec-20, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040701 PMID:39705426	研究论文	本研究探讨了S100A11作为胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）潜在生物标志物的角色及其与GAMs浸润的相关性	首次揭示了S100A11在胶质瘤免疫抑制微环境中的重要作用，并提出其可能作为GAMs的潜在标志物	研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证	更好地理解胶质瘤的免疫微环境	S100A11在胶质瘤相关巨噬细胞中的表达及其与GAMs浸润的关系	NA	脑肿瘤	Western blot, 免疫组织化学, 免疫荧光分析, 单细胞测序, 免疫浸润分析	NA	蛋白质, 单细胞数据	未明确提及具体样本数量
8	2024-12-22	Evaluating predictive patterns of antigen-specific B cells by single-cell transcriptome and antibody repertoire sequencing 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.005 PMID:39662471	研究论文	本文通过单细胞转录组和抗体库测序评估了抗原特异性B细胞的预测模式	引入了带有抗原特异性或非特异性标签的单细胞转录组和抗体库测序数据集，并评估了基于基因表达和抗体库特征的不同机器学习模型的性能	需要足够的带有抗原特异性标签的训练数据	加速抗原特异性B细胞的预测过程	抗原特异性B细胞	机器学习	NA	单细胞转录组测序，抗体库测序	线性和非线性机器学习模型	基因表达数据，抗体序列数据	来自免疫小鼠的B细胞
9	2024-12-22	Tracking the gene expression programs and clonal relationships that underlie mast, myeloid, and T lineage specification from stem cells 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.001 PMID:39615483	研究论文	本文利用多能干细胞分化系统，研究了T细胞谱系分化过程中的转录动力学和细胞命运限制事件	首次通过时间分辨的单细胞RNA测序揭示了T细胞谱系分化过程中多能造血程序的下调、90多个谱系相关转录因子的上调以及细胞周期退出的高度协调发展窗口，并发现了YBX1在T细胞谱系分化中的作用	研究主要基于体外多能干细胞分化系统，可能与体内环境存在差异	揭示T细胞谱系分化过程中的基因表达程序和克隆关系	T细胞、肥大细胞和髓系细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
10	2024-12-22	Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation 2024-Dec-16, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974 PMID:39694081	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录组特征	首次提供了驴精子发生和成熟过程的单细胞分辨率转录组图谱	NA	提供驴精子发生和成熟过程的单细胞景观分析	驴的精子发生和成熟过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203102 PMID:39575683	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型的平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞
12	2024-12-22	Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203152 PMID:39628450	研究论文	本文研究了海胆胚胎在细胞转分化过程中克服重编程障碍的机制	首次揭示了转分化过程中基因调控状态的转变序列，并发现信号时序对色素细胞重编程的影响	研究仅限于海胆胚胎，未探讨其他物种或细胞类型的转分化过程	探讨胚胎发育中细胞转分化的分子机制	海胆胚胎中的微细胞（骨骼细胞前体）和早期内胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个海胆胚胎的单细胞样本
13	2024-12-22	CD34+CLDN5+ tumor associated senescent endothelial cells through IGF2-IGF2R signaling increased cholangiocellular phenotype in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.008 PMID:39674501	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）中胆管细胞表型（CCA）的形成机制，特别是通过单细胞RNA测序识别了与CCA形成相关的特定细胞类型及其功能	首次揭示了肿瘤相关衰老内皮细胞通过IGF2-IGF2R信号通路招募间充质干细胞，增强HCC细胞的癌症干细胞样特征，并促进CCA的形成	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床验证	识别肝细胞癌中胆管细胞表型形成的特定细胞类型及其功能	肝细胞癌中的肿瘤相关衰老内皮细胞和间充质干细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
14	2024-12-22	Epigenetic characterization of adult rhesus monkey spermatogonial stem cells identifies key regulators of stem cell homeostasis 2024-Dec-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1013 PMID:39535033	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和染色质状态分析，揭示了成年恒河猴精原干细胞的表观遗传特征及其在体外培养中的调控机制	首次通过单细胞RNA测序和表观遗传分析，揭示了恒河猴精原干细胞的表观遗传景观，并发现了TGF-β信号通路在促进精原干细胞自我更新中的作用	研究主要基于恒河猴模型，其结果在人类精原干细胞中的适用性仍需进一步验证	揭示精原干细胞的表观遗传调控机制，为优化灵长类精原干细胞的体外培养条件提供线索	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，染色质状态分析	NA	RNA序列，染色质状态	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞
15	2024-12-22	RAG-seq: NSR-primed and Transposase Tagmentation-mediated Strand-specific Total RNA Sequencing in Single Cells 2024-Dec-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae072 PMID:39388199	研究论文	本文介绍了一种名为RAG-seq的创新性链特异性总RNA测序技术，结合NSR引物和Tn5转座酶介导的标签化，用于单细胞RNA测序	RAG-seq克服了现有方法在捕获全长转录本和辨别链方向上的局限性，提供了全面的转录本覆盖并保持链方向，这对于准确量化重叠基因和检测反义转录本至关重要	NA	开发一种新的单细胞RNA测序技术，以提高对复杂生物背景下转录组分析的准确性和敏感性	单细胞中的总RNA	RNA测序	NA	RAG-seq	NA	RNA	小鼠卵母细胞和早期胚胎
16	2024-12-22	Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00721-5 PMID:39633094	研究论文	本文开发了一种名为Annotatability的框架，通过监测深度神经网络在注释数据上的训练动态，识别注释错误并表征生物数据结构	提出了Annotatability框架，通过分析深度神经网络的训练动态来识别注释错误和中间细胞状态，并开发了一种信号感知图嵌入方法用于下游生物信号分析	NA	解决单细胞和空间组学数据解释中的关键挑战，揭示细胞多样性和集体细胞行为	单细胞RNA测序和空间组学数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度神经网络	单细胞RNA测序数据和空间组学数据	八个单细胞RNA测序和空间组学数据集
17	2024-12-22	Melatonin treatment increases skin microbiota-derived propionic acid to alleviate atopic dermatitis 2024-Nov-22, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.019 PMID:39579877	研究论文	研究探讨了褪黑素通过调节皮肤微生物群及其衍生的丙酸来缓解特应性皮炎的机制	首次揭示了褪黑素通过调节皮肤微生物群/丙酸/GPR43/FABP5轴来缓解特应性皮炎的新机制	研究主要在动物模型和细胞实验中进行，尚未在人体中验证	探讨褪黑素治疗如何通过改变皮肤微生物群组成来缓解特应性皮炎	特应性皮炎小鼠模型和HaCaT细胞	NA	特应性皮炎	16S-rRNA测序、转录组测序、单细胞测序、定量RT-PCR、Western blotting、Cell Counting Kit-8检测	NA	微生物群数据、脂肪酸数据、基因表达数据	特应性皮炎小鼠和HaCaT细胞
18	2024-12-22	Apocrine Gland Damage and the Release of Specific Keratins in Early Stage Indicate the Crucial Involvement of Apocrine Glands in Hidradenitis Suppurativa 2024-Nov-14, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.021 PMID:39547394	研究论文	本研究通过免疫组织化学和单细胞测序技术，探讨了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的潜在作用	首次提供了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎早期病变中受损并释放特定角蛋白的证据	样本量较小，且仅限于早期病变皮肤的研究	探讨顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的作用	化脓性汗腺炎患者的非病变皮肤和早期病变皮肤以及健康对照组的皮肤	NA	化脓性汗腺炎	免疫组织化学、单细胞测序	NA	组织样本	化脓性汗腺炎患者12例，健康对照组8例，血清样本20例
19	2024-12-22	Multimodal Profiling of Peripheral Blood Identifies Proliferating Circulating Effector CD4+ T Cells as Predictors for Response to Integrin α4β7-Blocking Therapy in Inflammatory Bowel Disease 2024-Sep-28, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.09.021 PMID:39343250	研究论文	本研究通过多模态分析外周血中的免疫细胞，识别出增殖的循环效应CD4+ T细胞作为炎症性肠病患者对整合素α4β7阻断疗法反应的预测因子	本研究首次通过整合多模态参数和机器学习，识别出增殖的CD4+记忆T细胞在非应答者中的显著增加，并发现这些细胞具有激活的T辅助1/T辅助17细胞表型和升高的整合素α4β1水平	本研究的局限性在于仅针对接受vedolizumab治疗的炎症性肠病患者，未来需要进一步验证在其他治疗方案中的适用性	研究目的是识别炎症性肠病患者对整合素α4β7阻断疗法的反应预测因子，以改善个性化治疗管理	研究对象是接受vedolizumab治疗的炎症性肠病患者的外周血样本	免疫学	炎症性肠病	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞B和T细胞受体测序（BCR/TCR-seq）、血清蛋白质组学、多参数流式细胞术	机器学习	多模态数据	2个队列的炎症性肠病患者
20	2024-12-22	starTracer is an accelerated approach for precise marker gene identification in single-cell RNA-Seq analysis 2024-09-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06790-6 PMID:39266658	研究论文	本文介绍了一种名为starTracer的新算法，用于加速单细胞RNA-seq数据中标记基因的识别	starTracer算法通过减少冗余计算，显著提高了计算效率、特异性和准确性，相比Seurat算法速度提升了2~3个数量级	NA	提高单细胞RNA-seq数据中标记基因识别的效率、特异性和准确性	单细胞RNA-seq数据中的标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	三个独立数据集和一个模拟测试数据集