本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-05-28 |
Semi-supervised integration of single-cell transcriptomics data
2024-01-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45240-z
PMID:38287014
|
研究论文 | 提出一种名为STACAS的半监督单细胞转录组数据整合方法,利用先验细胞类型知识在批量校正中保留生物变异性 | 首次将先验细胞类型信息纳入单细胞数据的半监督批量效应校正,在开放基准测试中优于现有无监督和完全监督方法 | 对不完整或不精确的输入细胞类型标签具有一定鲁棒性,但极端情况下的性能边界未明确讨论 | 开发一种能保留生物变异性的半监督单细胞RNA-seq批量效应校正方法 | 单细胞RNA-seq数据中的批量效应和细胞类型标签 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | STACAS(基于先验细胞类型的半监督整合模型) | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 162 | 2026-05-28 |
RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis
2024-01-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45177-3
PMID:38287033
|
研究论文 | 利用稳态、新生和单细胞RNA测序策略全面表征雄性生殖细胞群体的基因表达,揭示RNA聚合酶II暂停在精子发生和减数分裂中的关键作用 | 首次发现RNA聚合酶II暂停在精子分化早期建立基因活性景观的必要性,并揭示其在减数分裂中调控双链断裂形成和修复的新功能 | 未提供具体实验限制信息 | 解析雄性生殖细胞发育中基因表达的调控机制,为男性不育症治疗提供新见解 | 雄性小鼠生殖细胞群体 | 机器学习和基因组学 | 男性不育症 | RNA-seq | NA | RNA表达数据(稳态、新生和单细胞) | NA | NA | RNA-seq | NA | NA |
| 163 | 2026-05-28 |
Cebp1 and Cebpβ transcriptional axis controls eosinophilopoiesis in zebrafish
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45029-0
PMID:38280871
|
研究论文 | 利用斑马鱼模型研究嗜酸性粒细胞的发育模式与调控机制 | 首次鉴定eslec为嗜酸性粒细胞谱系特异性标志物,建立Tg(eslec:eGFP)报告品系;通过单细胞RNA测序揭示嗜酸性粒细胞从祖细胞到成熟细胞的发育轨迹;发现Cebp1-Cebpβ转录轴调控嗜酸性粒细胞谱系决定和分化,并证明斑马鱼Cebp1是人C/EBPε的功能直系同源物 | 主要基于斑马鱼模型,结论向哺乳动物和人类的推广需进一步验证 | 解析嗜酸性粒细胞的发育模式、分布及转录调控机制 | 斑马鱼嗜酸性粒细胞谱系细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序系统 |
| 164 | 2026-05-28 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45028-1
PMID:38280868
|
研究论文 | 本研究结合高质量全基因组比对和计算结构建模,分析了果蝇中新生基因的起源、进化及蛋白质结构变化,鉴定出555个新生基因候选。 | 首次系统性结合全基因组比对与计算结构建模,揭示果蝇亚科特异性新生基因的起源与蛋白质结构演化,并发现早期精原细胞在新生基因起源中的潜在重要角色 | 可能受限于基因组比对质量和结构预测准确性,部分候选基因的结构变化未充分捕捉 | 研究新生基因的起源、进化及蛋白质结构变化 | 果蝇(D. melanogaster)中果蝇亚科特异性新生基因 | 计算生物学, 基因组学 | NA | 全基因组比对, 计算结构建模, 祖先序列重建, 单细胞RNA-seq | 计算结构模型 | 基因组序列, 蛋白质结构数据, 单细胞转录组数据 | 果蝇属多个物种的基因组比对数据及果蝇睾丸单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 165 | 2026-05-28 |
Trajectory inference across multiple conditions with condiments
2024-01-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44823-0
PMID:38280860
|
研究论文 | 提出condiments方法,用于跨多个条件的单细胞RNA测序数据轨迹推断与比较 | 首次提出一种统一框架,整合多条件下细胞轨迹的推断、比较及基因表达差异分析,支持大规模发育进程变化及细微基因行为改变的检测 | NA | 开发一种跨多个生物条件(如野生型与基因敲除)进行单细胞RNA测序轨迹推断与比较的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹,特别是干细胞分化过程中的细胞状态连续体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2026-05-28 |
A potential defensive role of TIM-3 on T lymphocytes in the inflammatory involvement of diabetic kidney disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1365226
PMID:38812511
|
研究论文 | 探讨T淋巴细胞上TIM-3分子在糖尿病肾病炎症发展中的潜在保护作用 | 首次发现外周血CD3+TIM-3+ T细胞比例与糖尿病肾病严重间质单核细胞浸润呈显著负相关,提示TIM-3可能具有保护性免疫调节功能 | 未明确TIM-3保护作用的具体分子机制,且研究仅基于糖尿病患者和动物模型数据,缺乏干预实验验证 | 阐明TIM-3在T淋巴细胞上对糖尿病肾病炎症进展的调控作用及其作为生物标志物的潜力 | 糖尿病肾病患者及糖尿病肾病小鼠模型 | 免疫学 | 糖尿病肾病 | 流式细胞术、免疫荧光染色、单细胞测序 | NA | 外周血样本、肾组织样本、单细胞测序数据 | 360例成人糖尿病肾病患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2026-05-28 |
Single-cell RNA-seq reveals T cell exhaustion and immune response landscape in osteosarcoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1362970
PMID:38629071
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤中T细胞耗竭和免疫反应景观 | 首次系统性地利用单细胞RNA-seq数据分析骨肉瘤微环境中CD8+ T细胞的耗竭情况,并基于三个耗竭相关基因(RAD23A, SAC3D1, PSIP1)构建预后模型,该模型在多个数据集中验证了其预测骨肉瘤预后的能力 | 研究主要依赖公共数据库数据,可能受限于数据质量和样本代表性,且T细胞耗竭模型需在更大规模前瞻性队列中进一步验证 | 探究骨肉瘤中T细胞耗竭与免疫抑制及肿瘤进展的关系,并构建预后模型 | 骨肉瘤患者肿瘤微环境中的CD8+ T细胞及其耗竭相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GEO数据库中的骨肉瘤单细胞RNA-seq数据,以及TARGETs和Meta队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 来自GEO数据库的单细胞RNA-seq数据 |
| 168 | 2026-05-28 |
Cell-Specific Targeting of the Endothelium in the Cardiorenal Syndrome
2024, Cardiorenal medicine
IF:2.4Q2
DOI:10.1159/000537764
PMID:38342088
|
综述 | 本文探讨了心肾综合征中血管内皮的细胞特异性靶向策略,包括基于基因、细胞和纳米技术的新型疗法,以及空间转录组学等技术在靶向治疗中的应用 | 提出通过细胞特异性内皮靶向的病毒载体进行基因治疗,可避免脱靶效应并改善治疗耐药性 | 未提及具体实验数据或临床验证,缺乏对靶向技术实际应用中的安全性及长期效果的深入讨论 | 阐述心肾综合征中内皮细胞作为治疗靶点的潜力,并介绍新兴的靶向治疗方法 | 血管内皮细胞及心肾疾病模型 | 机器学习 | 心血管疾病, 肾脏疾病 | 测序, 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 169 | 2026-05-28 |
Coupled scRNA-seq and Bulk-seq reveal the role of HMMR in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363834
PMID:38633247
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序揭示HMMR在肝细胞癌中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序全面分析HMMR在肝细胞癌中的诊断、预后和治疗价值 | 未提及在动物模型或临床样本中验证HMMR的功能 | 探究HMMR在肝细胞癌中的作用及其作为分子标志物的潜力 | 肝细胞癌患者组织样本及细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 多个队列研究及组织微阵列中的肝细胞癌样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 170 | 2026-05-27 |
Targeting Monocyte Derived CCL17 Attenuates Murine Crescentic Glomerulonephritis by Affecting Renal CCR4+ Regulatory T-Cell Recruitment
2024, American journal of nephrology
IF:4.3Q1
DOI:10.1159/000534151
PMID:37742620
|
research paper | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞来源的CCL17在肾小球肾炎中影响CCR4+调节性T细胞的招募,靶向CCL17可减轻小鼠新月体性肾小球肾炎 | 首次揭示了CCL17-CCR4轴在免疫介导的新月体性肾小球肾炎中对肾内调节性T细胞招募的功能重要性,并验证了靶向CCL17的治疗潜力 | 研究仅基于小鼠模型,结果向人类疾病转化需要进一步验证 | 探索CCR4及其配体CCL17和CCL22在免疫介导的新月体性肾小球肾炎中白细胞招募的功能意义 | 人类和小鼠肾小球肾炎肾脏中的白细胞,特别是CD4+ T细胞亚群和调节性T细胞 | machine learning | 肾小球肾炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类和鼠源性肾炎肾脏分离的白细胞样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 171 | 2026-05-24 |
Immunological characterization and comparison of children with COVID-19 from their adult counterparts at single-cell resolution
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1358725
PMID:39148728
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较儿童与成人COVID-19患者的免疫特征 | 首次在单细胞分辨率下系统比较儿童和成人COVID-19患者的免疫细胞差异,揭示儿童更强的NK细胞毒性和较少的炎症反应 | 初步研究,样本量较小(15名儿童和18名成人) | 阐明儿童COVID-19患者免于重症的免疫保护机制 | COVID-19儿童和成人患者的外周血免疫细胞 | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 15名儿童(8名患者)和18名成人(13名患者) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 172 | 2026-05-24 |
Altered immune cell in human severe acute pancreatitis revealed by single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1354926
PMID:39372399
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示重症急性胰腺炎患者中免疫细胞的变化 | 首次构建了重症急性胰腺炎患者外周血单核细胞的单细胞转录组图谱,并发现了一种高表达PPBP和PF4的新型单核细胞亚群 | 样本量较小,仅7名未经治疗的重症急性胰腺炎患者,且健康对照数据来自公共数据库 | 了解重症急性胰腺炎中特定免疫细胞亚型的变化及其作用机制,并识别预测急性胰腺炎严重程度的潜在生物标志物 | 重症急性胰腺炎患者的外周血单核细胞 | 单细胞转录组学 | 重症急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 7名未治疗的重症急性胰腺炎患者,6名健康对照(来自GEO数据库) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 173 | 2026-05-23 |
Exploring myometrial microenvironment changes at the single-cell level from nonpregnant to term pregnant states
2024-01-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序和空间转录组学构建非孕期和足月孕期女性子宫肌层的单细胞转录组图谱,揭示细胞微环境变化 | 首次在单细胞水平上揭示非孕期与足月孕期子宫肌层的微环境变化,特别是平滑肌细胞亚群比例改变和M2巨噬细胞增加 | 未提及具体局限性信息 | 探索人类子宫肌层从非孕期到足月孕期在单细胞水平上的微环境变化 | 非孕期和足月孕期女性的子宫肌层组织 | 单细胞转录组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 12个人类子宫肌层组织样本,87,845个高质量单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒,10x Visium空间转录组学平台 |
| 174 | 2026-05-23 |
The functional role of L-fucose on dendritic cell function and polarization
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1353570
PMID:38646527
|
研究论文 | 揭示L-岩藻糖对树突状细胞功能和极化的促进作用,及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用 | 首次发现膳食糖L-岩藻糖能增强树突状细胞的免疫刺激活性,促进其抗原摄取和加工,并调节T细胞活化 | 尚未明确L-岩藻糖增强DC功能的具体分子机制和信号通路 | 探索L-岩藻糖增强树突状细胞功能以提升抗肿瘤免疫应答的潜力 | 小鼠树突状细胞及黑色素瘤和乳腺癌模型中的瘤内树突状细胞 | 机器学习 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 单细胞转录组数据 | 黑色素瘤和乳腺癌荷瘤小鼠模型的样本 | 未提及 | 单细胞RNA测序 | 未提及 | 未提及 |
| 175 | 2026-05-23 |
Single-cell transcriptomic analysis of pea shoot development and cell-type-specific responses to boron deficiency
2024-01, The Plant journal : for cell and molecular biology
DOI:10.1111/tpj.16487
PMID:37794835
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析硼缺乏条件下豌豆芽发育及细胞类型特异性响应 | 首次在单细胞水平揭示豌豆茎尖不同细胞类型对硼缺乏的差异化响应机制,并构建茎尖分生组织发育轨迹及其转录因子互作网络 | 本研究仅关注硼缺乏单一胁迫条件,未涉及其他营养胁迫或联合胁迫效应 | 探究营养胁迫(硼缺乏)如何影响植物生长发育的分子机制 | 豌豆(Pisum sativum)茎尖分生组织细胞 | 数字病理学 | 植物营养胁迫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 15个细胞簇,来源为硼缺乏条件下生长的豌豆茎尖 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 176 | 2026-05-22 |
Pain sensitivity genes as therapeutic targets in knee osteoarthritis: A comprehensive analysis
2024 Jan-Dec, Molecular pain
IF:2.8Q2
DOI:10.1177/17448069241289961
PMID:39313491
|
研究论文 | 对膝骨关节炎中疼痛敏感基因作为治疗靶点进行了全面分析 | 系统分析了疼痛敏感相关基因在膝骨关节炎中的作用,并通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞亚群中的异质性表达 | NA | 分析膝骨关节炎中疼痛敏感基因的角色及其作为治疗靶点的潜力 | 膝骨关节炎中的疼痛敏感相关基因 | 机器学习 | 膝骨关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO, SVM, 随机森林 | 基因表达数据 | 使用GSE114007和GSE169077数据集进行差异表达分析,以及GSE152805、GSE133449和GSE104782数据集进行单细胞RNA测序分析 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2026-05-22 |
Upregulation of interferon-γ response genes in monocytes and T cells identified by single-cell transcriptomics in patients with anti-citrullinated peptide antibody-positive early rheumatoid arthritis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1439082
PMID:39877346
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析,揭示抗瓜氨酸化蛋白抗体阳性早期类风湿关节炎患者单核细胞和T细胞中干扰素-γ应答基因的上调 | 首次在单细胞水平上系统比较ACPA阳性与阴性早期RA患者的外周免疫细胞差异,发现IFN-γ应答基因在单核细胞和T细胞中特异性上调 | NA | 探究ACPA阳性与阴性早期RA患者免疫系统的差异 | 抗瓜氨酸化蛋白抗体阳性与阴性的早期类风湿关节炎患者 | 单细胞转录组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,多重细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,血清细胞因子数据 | 37,318个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 178 | 2026-05-22 |
Immunometabolic alterations in type 2 diabetes mellitus revealed by single-cell RNA sequencing: insights into subtypes and therapeutic targets
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1537909
PMID:39877357
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示2型糖尿病的免疫代谢改变,并识别出亚型和潜在治疗靶点 | 首次通过单细胞转录组学分析将2型糖尿病患者分为三种免疫代谢亚型,并利用机器学习模型基于代谢特征进行分类,结合转录因子和药物富集分析发现潜在治疗靶点 | 样本量相对较小(37例患者和11例健康对照),且研究仅基于外周血单个核细胞,未涉及组织驻留免疫细胞或代谢器官的微环境 | 阐明2型糖尿病中免疫细胞在单细胞水平的代谢异质性及其与疾病亚型的关联,并探索潜在治疗靶点 | 2型糖尿病患者和健康对照的外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 37例T2DM患者和11例健康对照的PBMCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 179 | 2026-05-21 |
Comprehensive bioinformatics analysis identifies metabolic and immune-related diagnostic biomarkers shared between diabetes and COPD using multi-omics and machine learning
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1475958
PMID:39845878
|
研究论文 | 通过多组学和机器学习综合分析,鉴定糖尿病与慢性阻塞性肺疾病共有的代谢和免疫相关诊断生物标志物 | 首次通过多组学数据结合多种机器学习算法,系统鉴定出糖尿病与COPD共有的4个诊断生物标志物(CADPS、EDNRB、THBS4、TMEM27),并利用单细胞测序、临床样本和动物模型进行验证 | 未说明具体局限性 | 揭示糖尿病与慢性阻塞性肺疾病之间的分子机制联系,寻找共有诊断生物标志物 | 糖尿病和慢性阻塞性肺疾病患者 | 机器学习 | 糖尿病, 慢性阻塞性肺疾病 | RNA-seq, 单细胞测序 | WGCNA, 机器学习算法 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 多中心患者队列,具体样本量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2026-05-21 |
Exploring the role of metabolic pathways in TNBC immunotherapy: insights from single-cell and spatial transcriptomics
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1528248
PMID:39850483
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在三阴性乳腺癌(TNBC)代谢通路与免疫功能相互作用中的研究进展 | 结合单细胞和空间转录组学技术,系统阐述TNBC代谢重编程对免疫细胞功能调节的影响,并探讨代谢干预联合免疫检查点抑制剂治疗的潜力 | 主要基于现有文献总结,未提供新的实验数据或机制验证 | 探讨TNBC中代谢通路与免疫功能相互作用,为免疫治疗策略提供新见解 | 三阴性乳腺癌及其肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |