单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2025-05-01	Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts 2024-01-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44427-0 PMID:38172108	研究论文	通过血管生成芯片与单细胞RNA测序结合，揭示了血管生成芽中自噬的空间差异性激活	首次利用血管生成芯片重建具有清晰端点的3D血管芽，并通过单细胞RNA测序揭示了自噬在血管芽中的空间差异性激活	研究模型可能无法完全模拟体内复杂的血管生成环境	探究自噬在血管生成芽中内皮细胞的功能异质性	血管生成芽中的内皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序	血管生成芯片	RNA测序数据	NA
142	2025-04-18	Multiomic spatial landscape of innate immune cells at human central nervous system borders 2024-Jan, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02673-1 PMID:38123840	研究论文	通过多组学空间分析，揭示了人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的多样性和分布特征	整合单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术和单细胞空间转录组学，首次全面表征了人类CNS界面的免疫系统	样本量相对有限（102名个体），且主要关注髓系细胞	探索人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的时空分布特征	人类中枢神经系统边界的先天免疫细胞（如小胶质细胞和CNS相关巨噬细胞）	免疫学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、单细胞空间转录组学、命运图谱、高级免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	102名个体的356,000个转录组，15名接受外周血干细胞移植的个体
143	2025-04-17	Preparation of a Single-Cell Suspension from Mouse Carotid Arteries for Single-Cell Sequencing 2024-01-19, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65863 PMID:38314826	研究论文	本文提出了一种用于从小鼠颈动脉制备单细胞悬浮液的方案，以进行单细胞测序	设计了一种两步消化方法，结合胶原酶/DNase和胰蛋白酶的消化过程，以减少细胞损伤	该方案可能需要针对其他组织的血管进行适当修改	开发一种适用于单细胞测序的小鼠颈动脉单细胞悬浮液制备方案	小鼠颈动脉	单细胞测序	颈动脉粥样硬化	单细胞测序，AO/PI双荧光计数	NA	单细胞转录组数据	小鼠颈动脉细胞
144	2025-04-15	Spatial transcriptomics reveals that metabolic characteristics define the tumor immunosuppression microenvironment via iCAF transformation in oral squamous cell carcinoma 2024-01-30, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-023-00267-8 PMID:38287007	研究论文	通过空间转录组学揭示了口腔鳞状细胞癌中代谢特征通过iCAF转化定义肿瘤免疫抑制微环境的机制	利用单细胞和空间转录组学测序技术，揭示了高代谢区域中成纤维细胞通过乳酸转化为iCAFs，进而招募Tregs形成免疫抑制微环境的机制	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	阐明口腔鳞状细胞癌中不同代谢区域与肿瘤免疫微环境的关系	口腔鳞状细胞癌组织	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序(SC), 空间转录组学(ST), TCGA批量数据	k-means聚类, SPOTlight反卷积, CellPhoneDB, NicheNet	转录组数据	未明确说明样本数量
145	2025-04-04	Macrophages protect against sensory axon degeneration in diabetic neuropathy 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.577801 PMID:38352324	研究论文	本文研究了巨噬细胞在糖尿病神经病变中对感觉轴突退化的保护作用	揭示了巨噬细胞在糖尿病神经病变中的新型神经保护作用，延迟了轴突退化的发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨炎症在糖尿病周围神经病变(DPN)发病机制中的作用	糖尿病小鼠模型中的巨噬细胞和感觉轴突	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠高脂高果糖饮食(HFHFD)模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用糖尿病小鼠模型
146	2025-04-03	Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics 2024-01-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03174-1 PMID:38273415	研究论文	本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于在靶向空间转录组学中选择基因面板	gpsFISH通过建模和调整平台效应，优化已知细胞类型的检测，优于现有方法，并能整合细胞类型层次结构和自定义基因偏好	现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术间的平台效应	开发一种计算方法来优化靶向空间转录组学中的基因面板选择	复杂组织中的细胞类型和过程	生物信息学	NA	靶向空间转录组学	gpsFISH	转录组数据	NA
147	2025-04-03	A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS 2024-01-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011 PMID:38151022	研究论文	该研究开发了一个高通量药物筛选平台，利用同基因小鼠胰腺类器官筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂	首次报道了利用同基因胰腺类器官平台筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂perhexiline maleate，并揭示了其通过调控胆固醇合成通路发挥作用的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证	开发针对KRAS突变胰腺癌的特异性治疗方法	胰腺导管腺癌(PDAC)及其相关KRAS突变	癌症研究	胰腺癌	高通量药物筛选、scRNA-seq	胰腺类器官模型	基因表达数据	超过6000种化合物筛选，使用同基因小鼠胰腺类器官和原代人PDAC类器官
148	2025-04-02	Combining Cre-LoxP and single-cell sequencing technologies: insights into the extracellular vesicle cargo transfer 2024, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids DOI:10.20517/evcna.2024.58 PMID:39811732	research paper	该研究首次结合Cre-LoxP重组系统和单细胞测序技术，监测胰腺导管腺癌小鼠模型中肿瘤来源的细胞外囊泡（EV）的摄取及其在非恶性受体细胞中的功能	首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术结合，用于监测EV的摄取和功能	NA	研究肿瘤来源的EV在非恶性受体细胞中的摄取和功能	胰腺导管腺癌小鼠模型中的EV、巨噬细胞、中性粒细胞和肥大细胞	单细胞测序	胰腺导管腺癌	Cre-LoxP重组系统、单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
149	2025-04-02	Neurodegeneration: 2024 update 2024-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2024-5848 PMID:39823116	review	本文回顾了过去一年中神经退行性神经病理学领域的高影响力研究	涵盖了从临床病理解剖相关研究到单细胞RNA测序、人工智能和患者来源的人类诱导多能干细胞模型等多种方法	所选研究可能受作者主观选择的影响，未能全面覆盖所有相关研究	总结神经退行性疾病领域的最新研究进展	人类组织样本及神经退行性疾病相关研究	神经病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、人工智能、人类诱导多能干细胞模型	NA	组织样本数据、临床数据	NA
150	2025-03-25	Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748 PMID:39493754	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，揭示了IgA肾病早期模型中肾内免疫细胞的动态变化及其与肾实质细胞的相互作用	首次在IgA肾病模型中结合scRNAseq和scATACseq技术，发现具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期效应T细胞亚群(CX3CR1-transTeff)	研究仅基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证	阐明IgA肾病急性损伤期肾内免疫细胞的动态变化特征	IgA肾病小鼠模型中的CD45+免疫细胞和肾实质细胞	单细胞组学	IgA肾病	scRNAseq, scATACseq	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据	4-5只小鼠/组，共分析72304个单细胞转录组
151	2025-03-23	Increased Chemokine Production is a Hallmark of Rhesus Macaque Natural Killer Cells Mediating Robust Anti-HIV Envelope-Specific Antibody-Dependent Cell-Mediated Cytotoxicity 2024, Pathogens & immunity DOI:10.20411/pai.v10i1.734 PMID:39911143	研究论文	本文研究了恒河猴自然杀伤细胞（RMNK）在介导抗HIV包膜特异性抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）反应中的异质性及其功能子集	通过单细胞RNA测序分析，发现CD107a+ RMNK细胞亚群产生更多的趋化因子，表明这些细胞不仅清除感染细胞，还提供免疫调节信号并可能抑制HIV-1复制	研究中使用的抗CD16抗体与ADCC抗体的结合效果存在显著差异，导致脱颗粒和趋化因子产生的幅度减少了6至30倍	探讨恒河猴自然杀伤细胞在抗HIV ADCC反应中的功能异质性及其对HIV-1复制的潜在抑制作用	恒河猴自然杀伤细胞（RMNK）	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
152	2025-03-22	A single-cell atlas of IL-23 inhibition in cutaneous psoriasis distinguishes clinical response 2024-01-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adi2848 PMID:38277466	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，研究了IL-23信号阻断治疗在皮肤银屑病中的临床反应机制	揭示了IL-23阻断治疗在临床反应良好和反应不佳患者中的不同机制，并发现了一种不可逆的免疫状态	研究样本量有限，且未涉及长期治疗效果的观察	探讨IL-23信号阻断治疗在皮肤银屑病中的临床反应机制	银屑病患者的皮肤免疫细胞	单细胞转录组学	银屑病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	银屑病患者的皮肤免疫细胞样本
153	2025-03-22	Tuft cells and fibroblasts promote thymus regeneration through ILC2-mediated type 2 immune response 2024-01-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq6930 PMID:38215193	研究论文	本文研究了胸腺再生机制，特别是通过ILC2介导的2型免疫反应中胸腺绒毛细胞和成纤维细胞的作用	揭示了胸腺绒毛细胞和成纤维细胞通过激活2型免疫反应在胸腺再生中的新角色	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探讨胸腺再生的机制，特别是非T细胞的胸腺造血细胞的作用	小鼠胸腺细胞，特别是ILC2、胸腺绒毛细胞和成纤维细胞	免疫学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	使用地塞米松诱导的急性胸腺萎缩小鼠模型
154	2025-03-22	Clusterin knockdown has effects on intracellular and secreted von Willebrand factor in human umbilical vein endothelial cells 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0298133 PMID:38363768	研究论文	本研究探讨了clusterin (CLU)在调控von Willebrand因子(VWF)中的作用，特别是在von Willebrand病(VWD)中的影响	首次通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析识别CLU作为VWF的潜在调控因子，并使用siRNA和CRISPR-Cas9技术在人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)中进行验证	研究未发现CLU敲低对Weibel-Palade小体(WPBs)的数量或大小有显著影响，且未探讨CLU在其他类型细胞中的作用	研究CLU在VWF调控中的作用，特别是在VWD中的机制	人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)	分子生物学	von Willebrand病	siRNA, CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据, 蛋白质水平数据	人类脐静脉内皮细胞(HUVECs)
155	2025-03-20	The BCL-2 inhibitor APG-2575 resets tumor-associated macrophages toward the M1 phenotype, promoting a favorable response to anti-PD-1 therapy via NLRP3 activation 2024-01, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01112-y PMID:38062129	研究论文	本文研究了BCL-2抑制剂APG-2575如何通过激活NLRP3信号通路，将肿瘤相关巨噬细胞从M2型转化为M1型，从而增强抗PD-1疗法的效果	首次发现APG-2575通过直接结合NF-κB p65激活NLRP3信号通路，介导巨噬细胞重极化，从而改善肿瘤免疫微环境	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索APG-2575如何通过改变肿瘤微环境增强抗PD-1疗法的效果	小鼠模型和人类肿瘤样本	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠模型	RNA测序数据，免疫组化数据	小鼠模型和人类肿瘤样本
156	2025-03-18	Altered ontogeny and transcriptomic signatures of tissue-resident pulmonary interstitial macrophages ameliorate allergic airway hyperresponsiveness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1371764 PMID:38983858	研究论文	本研究探讨了环境暴露和实验操作如何改变组织驻留巨噬细胞的个体发育组成，并评估这些改变对过敏性气道反应的影响	揭示了反复LPS诱导的肺损伤后，肺泡和间质巨噬细胞的个体发育变化及其对HDM诱导的过敏性气道反应的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明环境暴露导致的巨噬细胞个体发育变化对过敏性气道反应的影响	小鼠模型中的组织驻留肺巨噬细胞	免疫学	过敏性气道疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、图像数据	NA
157	2025-03-15	Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384 PMID:38827745	研究论文	本文研究了TLR9信号在细菌性腹膜炎期间对CD55lo纤维网状细胞（FRCs）免疫调节功能的影响	首次发现TLR9信号在CD55lo FRCs中的主导表达及其对细胞增殖、细胞因子产生和视黄醇代谢的抑制作用	研究主要集中于小鼠模型，人类样本的研究较少	探讨TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在腹膜炎治疗中的潜在应用	小鼠和人类脂肪组织来源的纤维网状细胞（FRCs）	免疫学	腹膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类脂肪组织样本
158	2025-03-13	From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Jan-29, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae001 PMID:38465983	研究论文	本文探讨了一种先进的网络估计技术，用于在单细胞水平上表征基因关系，称为细胞特异性基因网络	提出了平均局部密度差距（aLDG）这一新的单变量依赖度量，能够累积局部依赖并检测任何非线性、非单调关系	未明确提及具体限制	研究基因关系的局部依赖性，并提出新的统计方法来更好地估计这些关系	单细胞RNA测序数据中的基因关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
159	2025-03-13	Aryl hydrocarbon receptor and IL-13 signaling crosstalk in human keratinocytes and atopic dermatitis 2024, Frontiers in allergy IF:3.3Q2 DOI:10.3389/falgy.2024.1323405 PMID:38344408	研究论文	本文研究了芳烃受体（AHR）和IL-13信号在人类角质形成细胞和特应性皮炎（AD）中的相互作用	揭示了AHR通过基因组范围内的转录调控效应调节IL-13下游信号的新机制	研究主要基于体外HaCaT细胞模型，尚未在体内模型中验证	探讨AHR在AD中的作用机制及其与IL-13信号的相互作用	人类角质形成细胞和特应性皮炎患者皮肤样本	生物医学	特应性皮炎	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot、ELISA、qRT-PCR	NA	基因表达数据	人类活检样本和HaCaT细胞模型
160	2025-03-12	Multi-omics analyses reveal bacteria and catalase associated with keloid disease 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104904 PMID:38061241	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了细菌和过氧化氢酶（CAT）与瘢痕疙瘩病的关联	首次结合微生物组、代谢组、单细胞转录组和细胞来源异种移植（CDX）小鼠模型，全面探讨了细菌在瘢痕疙瘩病中的作用	研究主要基于实验室模型和小鼠实验，尚未在人体中进行大规模验证	探讨细菌和过氧化氢酶在瘢痕疙瘩病中的角色	瘢痕疙瘩和健康皮肤	生物医学	瘢痕疙瘩病	多组学分析（微生物组、代谢组、单细胞转录组）、16S rRNA测序、蛋白质质谱、细胞来源异种移植（CDX）模型	CDX小鼠模型	微生物组数据、蛋白质质谱数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩和健康皮肤样本，BALB/c雌性裸鼠