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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 121 | 2025-10-06 |
Exploring the Immune-related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis
2024, Current molecular pharmacology
IF:2.4Q3
|
研究论文 | 通过整合数据分析探索颞叶癫痫与重度抑郁症共病的免疫相关分子机制 | 首次系统识别TLE和MDD共病的共享基因模块,结合机器学习模型筛选诊断标志物,并通过单细胞测序验证基因的细胞类型表达 | 基于公共数据库的回顾性分析,样本来源有限,需要进一步实验验证 | 阐明TLE与MDD共病的分子病理机制并探索诊断治疗应用 | 颞叶癫痫和重度抑郁症患者的脑组织基因表达数据 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 基因表达分析,单细胞测序 | LASSO,随机森林 | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 122 | 2025-10-06 |
Inflammatory Alterations to Renal Lymphatic Endothelial Cell Gene Expression in Mouse Models of Hypertension
2024, Kidney & blood pressure research
IF:2.3Q2
DOI:10.1159/000539721
PMID:38972305
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析高血压小鼠模型中肾淋巴管内皮细胞的基因表达变化 | 首次在高血压模型中系统揭示肾淋巴管内皮细胞的转录组多样性增加和炎症反应特征 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 评估高血压条件下肾淋巴管内皮细胞的具体变化 | 小鼠肾组织中的CD31+和podoplanin+细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种高血压小鼠模型(血管紧张素II诱导型和盐敏感型) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 123 | 2025-10-06 |
Uncover spatially informed variations for single-cell spatial transcriptomics with STew
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae064
PMID:38827413
|
研究论文 | 提出一种名为STew的空间转录组多视图表示学习方法,用于联合分析空间信息和基因表达 | 开发了首个空间转录组多视图表示学习方法,能够有效利用空间信息揭示与基因表达共享的变异 | NA | 解决空间转录组数据分析中有效利用空间信息的挑战 | 人类背外侧前额叶皮层、小鼠主嗅球和银屑病皮肤组织 | 空间转录组学 | 银屑病 | 空间转录组学 | 多视图表示学习 | 空间转录组数据 | 多个数据集,包含数千个空间位置 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium, Slide-seqV2 | 10x Visium空间转录组技术、Slide-seqV2技术、10x Xenium单细胞空间转录组技术 |
| 124 | 2025-10-06 |
Genetic and Functional Analyses of Cutibacterium Acnes Isolates Reveal the Association of a Linear Plasmid with Skin Inflammation
2024-01, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2023.05.029
PMID:37478901
|
研究论文 | 本研究通过遗传和功能分析揭示痤疮丙酸杆菌携带线性质粒与皮肤炎症的关联 | 发现线性质粒的存在与痤疮丙酸杆菌的促炎能力相关,表明菌株类型不足以预测炎症反应 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型,需要进一步人体验证 | 探究不同痤疮丙酸杆菌菌株类型与皮肤炎症的关系 | 痤疮丙酸杆菌分离株 | 微生物学 | 痤疮 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 从健康受试者和痤疮患者皮肤拭子分离的痤疮丙酸杆菌菌株 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 125 | 2025-10-06 |
Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4
2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdae148
PMID:39380691
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研究论文 | 本研究揭示侵袭性高级别NF2突变脑膜瘤通过上调VGLL4和FAT3/4下调致癌YAP信号通路 | 首次发现侵袭性NF2突变脑膜瘤中YAP1靶基因表达降低与VGLL4和FAT3/4表达升高相关 | 研究主要基于体外细胞系实验,需要更多体内实验验证 | 探究不同级别NF2突变脑膜瘤对YAP活性的依赖性差异 | 人类脑膜瘤组织和细胞系 | 肿瘤生物学 | 脑膜瘤 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大型人类脑膜瘤队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 126 | 2025-10-06 |
Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263
PMID:39703500
|
研究论文 | 评估整合单细胞数据与遗传学数据以理解炎症疾病复杂性的方法 | 首次对三种整合GWAS和scRNA-seq的算法进行系统性基准测试,并评估非编码SNP整合方法 | 依赖现有单细胞技术,缺乏疾病特异性图谱时结果可能产生误导 | 开发评估整合遗传学和单细胞数据方法的框架,以识别炎症疾病中遗传相关的细胞状态和基因 | 类风湿性关节炎和溃疡性结肠炎患者 | 生物信息学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | scGWAS, scDRS, scPagwas, MAGMA | 单细胞RNA测序数据, GWAS数据 | 单细胞数据:183,742和228,211个细胞;GWAS数据:97,173和45,975个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 127 | 2025-10-06 |
Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice
2024-01-31, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895
PMID:38295187
|
研究论文 | 本研究通过基因敲除技术揭示了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中调控IL-17A信号通路的作用机制 | 首次发现C9orf72通过调控CD80分子运输抑制IL-17A信号通路,为ALS/FTD相关神经炎症提供了新治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究C9orf72基因在免疫细胞中对IL-17A信号通路的调控作用及其在神经炎症中的机制 | 基因敲除小鼠的造血祖细胞、脊髓、大脑皮层和脾脏组织 | 分子免疫学 | 肌萎缩侧索硬化症、额颞叶痴呆 | 条件性基因突变、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞表型数据 | 多组织来源的鼠类和人类样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 128 | 2025-10-06 |
Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing
2024-01-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44137-7
PMID:38167262
|
研究论文 | 开发了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析流程,用于整合基因分型癌症和免疫表型 | 开发了灵活的长读长测序方法,可从单细胞cDNA文库中检测细胞谱系定义特征,克服了短读长测序的限制 | 需要进一步验证其在其他癌症类型中的应用效果 | 改进单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪方法 | 急性髓系白血病(AML)亚克隆和骨髓浸润免疫细胞 | 单细胞测序 | 急性髓系白血病 | 长读长测序,单细胞转录组学 | NA | 单细胞cDNA测序数据 | 数千个骨髓浸润免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,长读长测序 | NA | nanoranger工作流程 |
| 129 | 2025-10-06 |
Regulation of Bacteroides acidifaciens by the aryl hydrocarbon receptor in IL-22-producing immune cells has sex-dependent consequential impact on colitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1444045
PMID:39229279
|
研究论文 | 本研究揭示了芳香烃受体在IL-22产生免疫细胞中通过调控拟杆菌属影响结肠炎的性别特异性机制 | 首次发现AhR在Rorc表达细胞中的缺失会导致性别依赖性的拟杆菌属调控失调,并证明Bacteroides acidifaciens仅在雌性小鼠中加剧结肠炎 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类中验证;性别差异的具体分子机制尚未完全阐明 | 阐明芳香烃受体通过IL-22信号通路调控肠道微生物影响结肠炎的细胞和性别特异性机制 | 野生型、AhR ΔRorc和同窝对照小鼠的结肠细胞和肠道微生物 | 免疫学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, 16S rRNA微生物组分析 | NA | 基因表达数据, 微生物组数据 | 多组基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 微生物组分析 | NA | NA |
| 130 | 2025-10-06 |
Approaches for Benchmarking Single-Cell Gene Regulatory Network Methods
2024, Bioinformatics and biology insights
IF:2.3Q3
DOI:10.1177/11779322241287120
PMID:39502448
|
综述 | 本文系统探讨了单细胞基因调控网络方法的基准测试框架 | 首次全面讨论单细胞基因调控网络方法的基准测试方法,提出替代性基准数据集和性能评估指标 | 未开发新的计算方法,主要聚焦于基准测试框架的讨论 | 建立单细胞基因调控网络方法的基准测试标准 | 单细胞基因调控网络计算方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 131 | 2025-10-06 |
Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530
PMID:39697344
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析头颈鳞状细胞癌患者中TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的免疫机制 | 首次在人类头颈鳞状细胞癌中利用同一病灶纵向采样揭示TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的协同作用机制 | 样本量较小(仅三个患者),需要更大规模研究验证 | 解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈鳞状细胞癌中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 单细胞测序分析 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织染色图像 | 头颈鳞状细胞癌患者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 132 | 2025-10-06 |
A Self-Renewing Biomimetic Skeletal Muscle Construct Engineered using Induced Myogenic Progenitor Cells
2024-Jan, Advanced functional materials
IF:18.5Q1
DOI:10.1002/adfm.202300571
PMID:40677964
|
研究论文 | 本研究开发了一种使用诱导肌源性祖细胞构建的具有自我更新能力的仿生骨骼肌结构 | 首次利用诱导肌源性祖细胞构建包含自更新干细胞和排列整齐肌管的仿生肌肉结构,能够模拟体内骨骼肌修复过程 | NA | 开发能够模拟骨骼肌再生和对齐的体外系统,用于基础研究和再生医学 | 诱导肌源性祖细胞和人类成肌细胞 | 组织工程 | 肌肉疾病 | 静电纺丝、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 133 | 2025-10-06 |
Retinal microglia express more MHC class I and promote greater T-cell-driven inflammation than brain microglia
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1399989
PMID:38799448
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了视网膜和脑部小胶质细胞的转录组差异 | 首次发现视网膜小胶质细胞比脑部小胶质细胞表达更多MHC I类分子,并具有更强的促进T细胞驱动炎症的能力 | 研究仅使用小鼠模型,样本量有限(20只眼和3个脑组织) | 探究视网膜和脑部小胶质细胞因微环境差异导致的转录组和功能差异 | 2-4月龄野生型小鼠的视网膜和脑部小胶质细胞 | 单细胞生物学 | 病毒感染和自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序,多参数流式细胞术,淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染模型 | NA | 单细胞基因表达数据,流式细胞数据 | 20只眼睛和3个脑组织来自2-4月龄野生型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 134 | 2025-10-06 |
Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1410353
PMID:39678375
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研究论文 | 本研究通过梯度提升模型识别结肠癌中与胆固醇代谢相关的空间多样化基因特征 | 首次将XGBoost模型应用于胆固醇代谢基因分析,并发现关键基因ADCY5和SLC2A1在肿瘤微环境中的空间分布特征 | 研究样本仅限于TCGA数据库,缺乏外部验证队列 | 评估胆固醇代谢与结肠癌预后的关系并识别关键预后基因 | 结肠腺癌患者的肿瘤和癌旁正常组织样本 | 生物信息学 | 结肠癌 | 差异基因分析,KEGG通路分析,空间转录组学,免疫组织化学 | XGBoost,Cox比例风险模型,随机森林,Lasso回归 | 基因表达数据,空间转录组数据,蛋白质表达数据 | TCGA结肠腺癌项目的配对肿瘤和癌旁样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 135 | 2025-10-06 |
Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) deletion in myeloid cells augments cholestatic liver injury
2024-01-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52710-3
PMID:38273071
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研究论文 | 本研究探讨骨髓细胞中TRAIL缺失对胆汁淤积性肝损伤的影响 | 首次揭示骨髓细胞来源的TRAIL通过限制胆管反应细胞扩张来减轻胆汁淤积性肝损伤 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 阐明TRAIL在胆汁淤积性肝损伤中的保护机制 | 野生型、Trail缺失和骨髓特异性Trail缺失的C57BL/6小鼠 | 肝脏病理学 | 胆汁淤积性肝病 | 高维质谱流式细胞术、空间转录组学、原位杂交 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、组织学数据 | 多组基因工程小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 136 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals STAT1 Drives LHPP Downregulation in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression
2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/15330338241293485
PMID:39497541
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了STAT1通过下调LHPP表达在食管鳞状细胞癌进展中的核心调控作用 | 首次发现STAT1对LHPP的转录调控关系,揭示了ESCC中复杂的调控环路 | 样本量相对有限(21例患者),需要更大规模研究验证 | 探索食管鳞状细胞癌的分子机制和细胞动态,重点关注STAT1与LHPP的调控关系 | 食管鳞状细胞癌患者组织样本和细胞系 | 单细胞转录组学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 21例ESCC患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 137 | 2025-10-06 |
Applications of single-cell RNA sequencing in rheumatoid arthritis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1491318
PMID:39600707
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综述 | 探讨单细胞RNA测序技术在类风湿关节炎研究中的应用与前景 | 系统阐述单细胞RNA测序技术在解析类风湿关节炎细胞异质性和分子机制中的创新应用价值 | 成本较高、低丰度转录本检测灵敏度不足、数据分析流程相对复杂 | 探索单细胞RNA测序在自身免疫疾病研究中的应用潜力 | 类风湿关节炎 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 138 | 2025-10-06 |
Current state and future prospects of spatial biology in colorectal cancer
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1513821
PMID:39711954
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综述 | 本文综述了空间生物学技术在结直肠癌研究中的最新进展、应用挑战及未来发展方向 | 系统评估空间转录组学和空间蛋白质组学在解析结直肠癌肿瘤微空间结构中的创新应用价值 | 当前方法存在组织异质性挑战,缺乏有效管理复杂数据集的计算工具 | 探讨空间生物学技术在结直肠癌精准医疗策略中的应用前景 | 结直肠癌肿瘤微环境及其空间组织结构 | 空间生物学 | 结直肠癌 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 139 | 2025-10-06 |
Computational discovery of co-expressed antigens as dual targeting candidates for cancer therapy through bulk, single-cell, and spatial transcriptomics
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae096
PMID:39872360
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研究论文 | 开发计算流程发现共表达抗原对作为癌症治疗的双特异性抗体靶点 | 结合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学优势,克服单一方法的局限性 | 研究聚焦于肝细胞癌,在其他癌症类型中的适用性需进一步验证 | 开发计算流程识别癌症特异性共表达抗原对用于双特异性抗体治疗 | 肝细胞癌(HCC)肿瘤细胞和正常细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 计算流程 | 转录组数据 | bulk RNA-seq数据库OCTAD,单细胞RNA-seq包含39,361个健康细胞和18,000个HCC肿瘤细胞 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 140 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Technology Landscape in 2023
2024-01-13, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxad077
PMID:37934608
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综述 | 本文综述了2023年单细胞RNA测序技术发展现状及其在干细胞研究中的应用 | 系统梳理了单细胞RNA测序技术分类、比较优势及最新技术发展格局 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于技术现状描述 | 概述单细胞RNA测序技术发展现状与技术挑战 | 单细胞RNA测序技术方法 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基于液滴、平板、水凝胶和空间转录组学等多种技术平台 |