单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2025-01-24	YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulation in murine bone development 2024-Jan-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.11.029 PMID:38141609	研究论文	本文研究了YAP和TAZ在小鼠骨骼发育过程中如何协调成骨前体细胞的动员与血管生成及机械调节	揭示了YAP和TAZ在胚胎骨骼发育中协调成骨前体细胞动员与血管生成及机械调节的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨YAP和TAZ在骨骼发育中的作用机制	小鼠胚胎骨骼发育中的成骨前体细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎骨骼样本
122	2025-01-24	The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1497312 PMID:39839650	研究论文	本研究探讨了溶酶体相关基因（LAGs）在肺腺癌（LUAD）中的预后和肿瘤微环境影响	构建了一个包含七个关键LAGs的风险特征，用于预测LUAD患者的预后状态，并通过单细胞测序和体外实验验证了CTSH在LUAD中的功能	研究主要依赖于公开的RNA-seq数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的预后和肿瘤微环境影响	肺腺癌（LUAD）患者	生物信息学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归分析	RNA-seq数据	来自TCGA和GEO的肺腺癌RNA-seq数据
123	2025-01-24	Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1469955 PMID:39839668	研究论文	本文介绍了一种用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的醋酸-甲醇高盐解离方法（ACME HS），并与其他方法进行了比较	首次将醋酸-甲醇解离方法优化应用于人类内分泌组织样本，并引入高盐洗涤缓冲液以稳定RNA并防止RNase再激活	NA	开发一种适用于冷冻人体组织单细胞转录组学研究的解离方法，以保留细胞形态和RNA完整性	冷冻人体组织样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA转录组数据	41个组织样本
124	2025-01-24	Single-cell RNA sequencing and immune microenvironment analysis reveal PLOD2-driven malignant transformation in cervical cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522655 PMID:39840054	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫微环境分析，揭示了PLOD2驱动的宫颈癌恶性转化	首次定义了宫颈癌恶性上皮细胞的五个亚群，并开发了NNMT CAEPCs风险评分（NCRS）模型，揭示了PLOD2作为预后基因的治疗潜力	研究主要依赖于公共数据库的RNA-seq数据，可能缺乏特定临床样本的验证	探讨宫颈癌肿瘤微环境，识别潜在治疗靶点	宫颈癌恶性上皮细胞（EPCs）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序，RNA-seq	NCRS模型	RNA测序数据	NA
125	2025-01-24	Targeting immune cellular populations and transcription factors: unraveling the therapeutic potential of JQF for NAFLD 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1445924 PMID:39840059	研究论文	本研究探讨了江糖清热方（JQF）对非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的治疗潜力及其作用机制	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了JQF对NAFLD小鼠肝脏中免疫细胞亚群和转录因子的调节作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索JQF对NAFLD的治疗机制及其对免疫细胞和转录因子的影响	高脂饮食诱导的NAFLD小鼠模型	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	NAFLD小鼠模型
126	2025-01-24	Single-cell transcriptomics reveals the heterogeneity and function of mast cells in human ccRCC 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1494025 PMID:39840068	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了人类透明细胞肾癌（ccRCC）中肥大细胞（MCs）的异质性和功能	首次在ccRCC中进行了全面的单细胞研究，揭示了MCs的异质性和功能，并发现了MCs在ccRCC中的抗肿瘤作用和促血管生成作用	样本量较小，仅包括四名ccRCC患者，且未进行大规模临床验证	研究ccRCC中MCs的异质性和功能	透明细胞肾癌（ccRCC）患者中的肥大细胞（MCs）	单细胞转录组学	肾癌	单细胞测序、空间转录组学、多重免疫组化（mIHC）	NA	单细胞转录组数据、批量组织测序数据	四名ccRCC患者
127	2025-01-24	Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050 PMID:39840076	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，探索了三种自身免疫性疾病（多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎）之间的共享基因特征和机制	结合单细胞RNA测序技术，识别了三种自身免疫性疾病之间的共享基因，并提出了潜在的早期诊断生物标志物	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究三种自身免疫性疾病之间的共享基因特征，寻找早期诊断的生物标志物	多发性硬化症（MS）、系统性红斑狼疮（SLE）和类风湿性关节炎（RA）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的MS、SLE和RA患者数据，以及小鼠模型和临床样本
128	2025-01-23	Metabolic reprogramming and macrophage expansion define ACPA-negative rheumatoid arthritis: insights from single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1512483 PMID:39830504	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了ACPA阴性类风湿性关节炎（RA）的代谢重编程和巨噬细胞扩增特征，并构建了一个神经网络模型用于区分ACPA- RA患者与健康对照	首次通过单细胞RNA测序技术系统地分析了ACPA- RA患者的免疫细胞和代谢特征，并构建了一个神经网络模型用于疾病诊断	研究样本量有限，且未对模型进行外部验证	阐明ACPA阴性类风湿性关节炎的细胞和代谢特征，以寻找更精准的诊断标志物和治疗靶点	ACPA阴性和阳性类风湿性关节炎患者及健康对照的外周血单核细胞（PBMCs）和滑膜组织	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	神经网络模型	RNA测序数据	ACPA阴性和阳性类风湿性关节炎患者及健康对照的外周血单核细胞和滑膜组织样本
129	2025-01-23	Myeloid dendritic cells and periodontal disease association: integrated study of single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522281 PMID:39830509	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨了髓样树突状细胞与牙周病之间的关联	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，揭示了LIMA1基因在牙周病进展中的关键作用	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	探讨牙周病的发病机制，寻找精准医疗的治疗策略	牙周病患者	生物信息学	牙周病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），孟德尔随机化分析（MR）	NA	单细胞RNA测序数据，GWAS数据	GSE152042数据集中的样本
130	2025-01-23	scRNA-seq reveals elevated interferon responses and TNF-α signaling via NFkB in monocytes in children with uncomplicated malaria 2024, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2024.10233 PMID:39830896	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了儿童无并发症疟疾患者中单核细胞的干扰素反应和TNF-α信号通路的激活情况	首次在儿童无并发症疟疾患者中，通过单细胞RNA测序技术全面比较了有症状患者和无症状对照组的免疫表型差异，并发现了单核细胞中干扰素反应和TNF-α信号通路的显著上调	样本量相对较小，仅包括224名个体中的11名进行单细胞RNA测序，可能限制了结果的普遍性	研究宿主-寄生虫因素与疟疾症状表现之间的关系，以指导改进疟疾疫苗和新治疗干预措施的开发	224名个体，包括134名有症状疟疾患者和90名无症状疟疾阳性对照	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	224名个体，其中11名进行单细胞RNA测序
131	2025-01-23	Unveiling and validating biomarkers related to the IL-10 family in chronic sinusitis with nasal polyps: insights from transcriptomics and single-cell RNA sequencing analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1513951 PMID:39830981	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序分析，揭示并验证了与IL-10家族相关的慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）生物标志物	首次系统地探索了IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别了新的生物标志物和潜在治疗靶点	研究依赖于公开的基因表达数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用，并识别相关生物标志物和潜在治疗靶点	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者	生物信息学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	转录组学分析，单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE, Boruta算法	基因表达数据	多个公开的基因表达数据集（GSE136825, GSE179265, GSE196169）
132	2025-01-23	Identification and validation of five ferroptosis-related molecular signatures in keloids based on multiple transcriptome data analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1490745 PMID:39834787	研究论文	本研究通过多转录组数据分析，识别并验证了与瘢痕疙瘩形成相关的五个铁死亡相关分子标志物	首次系统地研究了铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的作用，并识别了五个关键基因	样本量相对较小，仅包括24个瘢痕疙瘩和17个正常皮肤样本	探讨铁死亡在瘢痕疙瘩形成中的分子机制	瘢痕疙瘩和正常皮肤组织	生物信息学	皮肤疾病	转录组数据分析、qRT-PCR、Western blot	LASSO回归	转录组数据、单细胞数据	24个瘢痕疙瘩样本和17个正常皮肤样本
133	2025-01-23	Single-cell mitophagy patterns within the tumor microenvironment modulate intercellular communication, impacting the progression and prognosis of hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1448878 PMID:39835122	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的线粒体自噬模式，探讨其对细胞间通讯、肿瘤进展和患者预后的影响	首次在HCC肿瘤微环境中识别出与线粒体自噬相关的特定细胞亚型，并揭示其与细胞间通讯和患者预后的关联	线粒体自噬似乎不影响免疫治疗的效果，且研究样本量相对有限	探讨HCC肿瘤微环境中线粒体自噬模式对细胞间通讯、肿瘤进展和患者预后的影响	肝细胞癌（HCC）患者的肿瘤微环境细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）聚类	单细胞RNA测序数据	25,189个细胞，来自HCC患者的两个单细胞RNA测序数据集
134	2025-01-23	Single-cell sequencing analysis reveals cancer-associated pericyte subgroup in esophageal squamous cell carcinoma to predict prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474673 PMID:39835116	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术揭示了食管鳞状细胞癌中癌症相关周细胞的亚群特征及其与预后的关系	首次在食管鳞状细胞癌中识别出六种周细胞亚型，并发现其中两种亚型与预后显著相关，为预测患者预后提供了新的生物标志物	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步实验验证这些亚型的功能及其在肿瘤微环境中的具体作用	探索食管鳞状细胞癌中癌症相关周细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	食管鳞状细胞癌中的癌症相关周细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	大样本单细胞转录组数据
135	2025-01-22	An exhausted-like microglial population accumulates in aged and APOE4 genotype Alzheimer's brains 2024-01-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.12.001 PMID:38159571	研究论文	本文研究了晚期阿尔茨海默病（AD）的主要风险因素——高龄和APOE4基因变异如何改变神经免疫功能，并识别出一种在AD环境中可能代表炎症小胶质细胞耗竭状态的终末炎症小胶质细胞（TIM）群体	通过整合纵向单细胞图谱和转录组及染色质可及性分析，识别出与年龄和APOE4负担增加相关的终末炎症小胶质细胞（TIM）群体，并在人类AD患者大脑中检测到类似群体	研究主要基于AD模型小鼠，人类样本的验证仍需进一步扩展	探讨高龄和APOE4基因变异如何影响神经免疫功能，并识别与AD相关的特定小胶质细胞群体	AD模型小鼠和人类AD患者的大脑免疫细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组分析、染色质可及性分析、多重空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	AD模型小鼠和人类AD患者的大脑样本
136	2025-01-22	Dendritic cell effector mechanisms and tumor immune microenvironment infiltration define TLR8 modulation and PD-1 blockade 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440530 PMID:39697344	研究论文	本研究探讨了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	通过单细胞RNA测序和定制多重染色技术，利用同一病灶的纵向采样优势，揭示了TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗的免疫效应机制	研究样本量较小，仅涉及三名患者	解析TLR8激动剂与PD-1阻断联合治疗在头颈部鳞状细胞癌患者中的作用机制	头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，定制多重染色	NA	RNA测序数据，染色数据	三名头颈部鳞状细胞癌患者
137	2025-01-20	The bone marrow is the primary site of thrombopoiesis 2024-01-18, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020895 PMID:37879046	研究论文	本文研究了成年小鼠骨髓、脾脏和肺中巨核细胞的相对丰度及其对血小板生成的贡献	通过多种成像技术和单细胞RNA测序数据分析，揭示了骨髓是血小板生成的主要场所，而非脾脏或肺	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接适用性尚需进一步验证	探讨不同器官中巨核细胞的丰度及其对血小板生成的贡献	成年小鼠的骨髓、脾脏和肺	生物医学	NA	全组织光片成像、定量组织学成像、流式细胞术、活体成像、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像、RNA测序数据	成年小鼠的骨髓、脾脏和肺样本
138	2025-01-16	Optimization of Tissue Digestion Methods for Characterization of Photoaged Skin by Single Cell RNA Sequencing Reveals Preferential Enrichment of T Cell Subsets 2024-01-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13030266 PMID:38334658	研究论文	本文比较了三种人类皮肤组织的消化方法，评估了每种协议的细胞产量和存活率，并发现使用多步酶消化顺序解离方法能产生最高的细胞存活率	本文首次比较了三种不同的皮肤组织消化方法，并通过单细胞测序技术揭示了顺序消化方法在提高非抗原呈递肥大细胞和CD8 T细胞比例方面的优势	研究仅针对新鲜处理的人类皮肤样本，未涉及其他类型或状态的皮肤样本	优化皮肤组织的消化方法，以提高单细胞RNA测序中的细胞产量和存活率	人类皮肤组织	单细胞测序	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提到使用人类皮肤组织
139	2025-01-16	Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice 2024-Jan-31, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895 PMID:38295187	研究论文	本文研究了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中对IL-17A信号传导的调控作用，并探讨了其在肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶痴呆（FTD）中的作用	首次揭示了C9orf72在髓系和淋巴系细胞中通过调控CD80表达和IL-17A信号传导来影响神经炎症的机制，并提出了IL-17A作为ALS或FTD相关神经炎症治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨C9orf72在ALS和FTD相关神经炎症中的调控机制	小鼠的髓系和淋巴系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症, 额颞叶痴呆	条件性突变, 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 细胞表型数据	小鼠的七个造血祖细胞区室, 人类ALS患者和非ALS对照的脊髓小胶质细胞
140	2025-01-07	Spatial transcriptomics in breast cancer: providing insight into tumor heterogeneity and promoting individualized therapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1499301 PMID:39749323	研究论文	本文综述了空间转录组学的关键技术方法、最新进展及其在乳腺癌中的应用，并讨论了当前空间转录组学方法的局限性和未来发展前景	空间转录组学解决了单细胞RNA测序缺乏空间信息的问题，能够定位和区分特定组织区域内功能基因的活跃表达，有助于识别新的乳腺癌亚型和空间区分特征，促进个体化精准治疗	当前空间转录组学方法仍存在局限性，未来需要进一步发展和改进	推进乳腺癌研究，全面理解肿瘤异质性、肿瘤微环境和耐药机制	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	RNA-seq数据	NA