单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1390 篇文献，本页显示第 1301 - 1320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1301 | 2024-08-07 |
The phosphatase DUSP22 inhibits UBR2-mediated K63-ubiquitination and activation of Lck downstream of TCR signalling
2024-Jan-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44843-w
PMID:38225265
|
研究论文 | 本文研究了磷酸酶DUSP22通过抑制UBR2介导的K63泛素化和Lck激酶的激活来抑制T细胞活化的机制 | 首次揭示了DUSP22通过去磷酸化UBR2并导致其泛素化降解，从而抑制Lck的激活，进而调控T细胞活化和炎症反应 | NA | 探讨DUSP22在T细胞活化和炎症调控中的作用机制 | DUSP22、UBR2和Lck在T细胞活化中的相互作用 | 生物学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1302 | 2024-08-05 |
SORC: an integrated spatial omics resource in cancer
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad820
PMID:37811897
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研究论文 | 本文开发了一个集成的癌症空间组学资源（SORC），用于交互式可视化和分析癌症中的空间转录组数据 | SORC整合了17种癌症的空间转录组数据，并提供了多种分析模块以满足空间转录组学分析的关键需求 | 目前的空间转录组数据主要集中在17种癌症，可能不代表所有癌症类型 | 研究肿瘤细胞与微环境之间的相互作用，以揭示癌症的复杂动态 | 手动整理的空间转录组数据和引用的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 722899个点和269个切片的数据，涉及334379个细胞和46种不同的细胞类型 |
| 1303 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomic Sequencing Reveals Tissue Architecture and Deciphers Pathological Reprogramming During Retinal Ischemia in Macaca fascicularis
2024-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.1.27
PMID:38214685
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了猕猴视网膜缺血过程中的组织结构变化和病理重编程 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究急性视网膜动脉缺血疾病的分子复杂性 | NA | 旨在理解急性视网膜动脉缺血疾病的分子机制 | 猕猴视网膜在缺血条件下的细胞和分子变化 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 两例猕猴的视网膜样本 |
| 1304 | 2024-08-05 |
Alzheimer's Disease and Aging Association: Identification and Validation of Related Genes
2024, The journal of prevention of Alzheimer's disease
DOI:10.14283/jpad.2023.101
PMID:38230733
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研究论文 | 本研究旨在通过生物信息学分析识别与阿尔茨海默病相关的潜在衰老基因 | 本文创新性地结合了衰老相关基因和差异表达基因，以识别新的生物标志物和潜在药物 | 使用的数据集可能存在偏倚，结果的泛化能力需在更大样本中验证 | 研究衰老与阿尔茨海默病之间的关系，识别相关基因 | 选取与阿尔茨海默病相关的衰老基因 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 共计582个样本来自GSE36980和GSE5281数据集 |
| 1305 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-Seq Elucidates the Crosstalk Between Cancer Stem Cells and the Tumor Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.92185
PMID:38230205
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序阐明了肝细胞癌中癌症干细胞与肿瘤微环境之间的相互作用 | 本文创新性地揭示了癌症干细胞和肿瘤微环境中基质细胞或免疫细胞之间的相互作用机制，并建立了一种预后风险模型 | 缺乏对CSC与TME中特定细胞类型间更细致的交互作用的研究 | 探讨肝细胞癌中癌症干细胞与肿瘤微环境的相互作用及其影响机制 | 研究对象为16例肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 机器学习算法 | 基因组数据 | 16名肝细胞癌患者的样本 |
| 1306 | 2024-08-05 |
Single-Cell Sequencing Data Analysis Unveiled HDAC1 as the Therapeutic Target for Chronic Pancreatitis
2024-Jan, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-023-00718-x
PMID:37022596
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研究论文 | 本研究揭示了HDAC1作为慢性胰腺炎的治疗靶点 | 通过单细胞测序数据发现HDAC1的过表达，并验证其在小鼠模型中的功能 | 缺乏临床试验数据来支持HDAC1作为靶点的有效性 | 探索慢性胰腺炎的治疗生物标志物 | 主要研究特发性慢性胰腺炎患者的基因表达变化 | 数字病理学 | 胰腺炎 | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 208个特发性慢性胰腺炎患者的基因 |
| 1307 | 2024-08-07 |
Whole-embryo scRNA-seq of mouse development
2024-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01633-2
PMID:38110717
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1308 | 2024-08-07 |
Exploring the resistance mechanism of triple-negative breast cancer to paclitaxel through the scRNA-seq analysis
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0297260
PMID:38227591
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析探索三阴性乳腺癌对紫杉醇的耐药机制。 | 识别了与紫杉醇耐药相关的三个关键转录因子和它们的抑制剂，为临床治疗提供了新的分子基础和指导。 | 研究仅基于从GEO数据库下载的数据，可能需要进一步的实验验证。 | 揭示三阴性乳腺癌对紫杉醇的耐药机制，寻找新的治疗靶点。 | 三阴性乳腺癌细胞对紫杉醇的耐药性。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 2798个细胞 |
| 1309 | 2024-08-07 |
Characterization of the Immune Microenvironment and Identification of Biomarkers in Chronic Rhinosinusitis with Nasal Polyps Using Single-Cell RNA Sequencing and Transcriptome Analysis
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S440409
PMID:38229690
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和转录组分析技术，研究慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）的免疫微环境，并鉴定相关的生物标志物 | 本研究首次整合单细胞RNA测序和全转录组测序技术，筛选并鉴定了与CRSwNP进展相关的树突状细胞（DC）相关生物标志物 | NA | 阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉的病理机制，并探索相关的生物标志物 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的鼻黏膜免疫防御机制 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 1310 | 2024-08-05 |
SORCS2 activity in pancreatic α-cells safeguards insulin granule formation and release from glucose-stressed β-cells
2024-Jan-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108725
PMID:38226160
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研究论文 | 研究了SORTS2在胰腺α细胞中的作用，保护胰腺β细胞在葡萄糖压力下的胰岛素颗粒形成和释放 | 首次揭示SORTS2在胰腺中的作用及其对胰腺β细胞的保护机制 | 研究仅限于SORCS2缺失小鼠，可能无法完全代表人类胰腺功能 | 探讨SORTS2在胰腺尤其是胰岛α细胞中的生理功能 | SORCS2缺失小鼠及其胰腺组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 胰腺组织 | SORCS2缺失小鼠的胰腺组织 |
| 1311 | 2024-08-05 |
Bisphenol A Analogues Induce Neuroendocrine Disruption via Gut-Brain Regulation in Zebrafish
2024-Jan-16, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.3c05282
PMID:38165294
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研究论文 | 本研究探讨了双酚A及其类似物通过肠脑调节导致神经内分泌干扰的机制 | 揭示了双酚G和双酚AF对神经内分泌系统的不同影响机制 | 尚未充分了解这些物质在更复杂生物系统中的长期影响 | 揭示双酚化合物对神经内分泌功能的影响机制 | 斑马鱼胚胎和转基因斑马鱼 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物学数据 | 斑马鱼胚胎和幼鱼，具体数量未说明 |
| 1312 | 2024-08-07 |
Single-cell insights into development of the bovine placenta†
2024-Jan-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad123
PMID:37707543
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析（scRNA-seq）探索了牛胎盘发育的细胞和分子机制 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了牛胎盘发育过程中的细胞类型及其发育轨迹，并识别了调控胎盘发育的关键转录因子 | 研究仅限于特定发育阶段的样本，可能无法全面反映整个胎盘发育过程 | 揭示牛胎盘发育的细胞和分子机制 | 牛胎盘的细胞类型及其发育轨迹 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 17天、24天、30天和50天的牛胚胎样本，每组3-4个样本 |
| 1313 | 2024-08-05 |
CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad782
PMID:37791883
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研究文章 | 本文介绍了CROST，一个综合的空间转录组数据库 | 建立了一个包括182个空间转录组数据集的数据库，并提供在线工具供用户分析数据 | 当前数据库的可用性有限，可能无法涵盖所有相关数据 | 旨在提供一个全面的平台来访问和分析空间转录组数据 | 涉及来自不同物种、器官和疾病的高质量空间转录组样本 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包含182个空间转录组数据集和1033个子数据集 |
| 1314 | 2024-08-07 |
scPlantDB: a comprehensive database for exploring cell types and markers of plant cell atlases
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad706
PMID:37638765
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research paper | 本文介绍了一个名为scPlantDB的植物单细胞数据库的构建方法 | scPlantDB整合了来自17种植物的67个高质量数据集，约250万个细胞的单细胞转录组数据，提供了单细胞水平的基因表达交互可视化 | NA | 构建一个全面的植物单细胞数据库，以探索植物细胞图谱中的细胞类型和标记 | 植物细胞类型和标记 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 约250万个细胞 |
| 1315 | 2024-08-05 |
Single-Cell Sequencing Combined with Transcriptome Sequencing Constructs a Predictive Model of Key Genes in Multiple Sclerosis and Explores Molecular Mechanisms Related to Cellular Communication
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S442684
PMID:38226354
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序和转录组测序构建了多发性硬化症中关键基因的预测模型，并探索了与细胞通信相关的分子机制 | 创新点在于通过单细胞分析与转录组数据相结合，发现新的关键基因并构建了有效的预测模型 | 本研究的样本数量和数据来源可能限制了结果的普遍性 | 研究旨在为多发性硬化症的早期诊断和治疗提供新的生物标志物和机制理解 | 研究对象是多发性硬化症患者的基因表达和免疫细胞 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞测序和转录组测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 从基因表达综合数据库中获取的多发性硬化症患者基因表达谱 |
| 1316 | 2024-08-05 |
Exploring the efficacious constituents and underlying mechanisms of sini decoction for sepsis treatment through network pharmacology and multi-omics
2024-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2023.155212
PMID:38029626
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研究论文 | 本研究通过网络药理学分析探讨了传统中药处方四逆汤在治疗脓毒症的治疗机制 | 研究首次识别CX3CR1作为影响脓毒症预后的关键分子，并揭示了四逆汤活性成分通过相关途径调节血红素代谢、减少炎症和改善免疫功能的机制 | 研究可能存在个体差异对四逆汤效果的影响，且未完全阐明所有机制 | 探讨四逆汤在治疗脓毒症中的治疗机制 | 以脓毒症患者为研究对象，分析其基因表达和免疫细胞相互作用 | 数字病理学 | 脓毒症 | 网络药理学，单细胞测序 | 无监督聚类分析 | 基因表达数据，药物成分数据 | 脓毒症患者的多个基因模块和免疫细胞群体 |
| 1317 | 2024-08-07 |
T proliferating cells derived autophagy signature associated with prognosis and immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis
2024-Jan-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108701
PMID:38222108
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研究论文 | 本研究通过手动整理自噬基因集，并在TCGA队列中比较恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌自噬特征，该特征源自T增殖细胞，并通过多个单细胞RNA测序数据集进行验证 | 首次揭示了泛癌自噬特征与免疫治疗抵抗和预后之间的关系，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞间相互作用 | NA | 探讨自噬特征在泛癌中的免疫治疗预测作用及其机制调控 | 泛癌自噬特征及其与免疫治疗抵抗和预后的关联 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 涉及转移性肾细胞癌、非小细胞肺癌、膀胱癌和黑色素瘤等多个队列 |
| 1318 | 2024-08-07 |
Expression of PD-1 mitigates phagocytic activities TAM in osteosarcoma
2024-Jan-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23498
PMID:38223729
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研究论文 | 本研究探讨了程序性死亡1（PD-1）在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的表达及其对骨肉瘤（OS）转移的影响 | 首次揭示了PD-1在TAMs中的表达抑制其吞噬能力，从而促进骨肉瘤转移的机制 | NA | 研究PD-1在TAMs中的表达对骨肉瘤转移的影响及其机制 | 骨肉瘤肺转移中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs） | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 15500个来自人骨肉瘤肺转移病变的单个细胞 |
| 1319 | 2024-08-05 |
What role does GPR65 play in the progression of osteosarcoma? Its mechanism and clinical significance
2024-Jan-13, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03216-5
PMID:38218960
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研究论文 | 本研究旨在探讨GPR65在骨肉瘤的微环境、增殖及迁移中的作用 | 首次阐明GPR65在骨肉瘤发展中的作用及其机制，强调其作为预后生物标志物的潜力 | 研究样本均为术后标本，可能影响结果的普适性 | 探索GPR65在骨肉瘤进展中的机制及其临床意义 | 97名骨肉瘤患者的转录组数据及六个术后标本的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 生物样本数据 | 97名骨肉瘤患者和六个手术标本 |
| 1320 | 2024-08-05 |
BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data
2024-Jan-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44560-w
PMID:38218939
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研究论文 | 本研究提出了一种名为BIDCell的自监督深度学习框架，用于亚细胞空间转录组数据的分割 | BIDCell引入了生物学启发的损失函数，通过学习空间分布的基因表达与细胞形态之间的关系，克服了传统方法在细胞分割中的挑战 | 未提及具体的局限性 | 提高单细胞空间表达分析的精确度 | 使用来自公共库的单细胞转录组数据和细胞形态信息进行细胞分割 | 数字病理学 | NA | 自监督深度学习 | NA | 空间转录组数据 | NA |