单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1261	2024-08-05	Immuno-genomic analysis reveals eosinophilic feature and favorable prognosis of female non-smoking esophageal squamous cell carcinomas 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216499 PMID:38013050	研究论文	本研究分析了非吸烟女性食管鳞状细胞癌的免疫基因组特征及其预后。	首次揭示了非吸烟女性食管鳞状细胞癌的年龄相关突变特征和特定的肿瘤免疫微环境。	对仅有20个非吸烟女性病例的分析样本量较小，可能影响结果的普遍适用性。	明确非吸烟女性食管鳞状细胞癌的基因组和免疫特征。	分析了94例食管鳞状细胞癌患者的全基因组或转录组测序数据。	数字病理学	食管癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	94例食管鳞状细胞癌样本，其中包括20例非吸烟女性病例
1262	2024-08-05	Deciphering the tumor-suppressive role of PSMB9 in melanoma through multi-omics and single-cell transcriptome analyses 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216466 PMID:37944578	研究论文	通过多组学和单细胞转录组分析揭示PSMB9在黑色素瘤中的肿瘤抑制作用	确定了PSMB9作为潜在的黑色素瘤抑制因子，并建立了一个基于机器学习的IFN-g敏感性特征	仅关注了PSMB9的作用，未探讨其他可能影响肿瘤异质性的因素	揭示PSMB9在黑色素瘤免疫治疗中的作用和潜在的预后价值	黑色素瘤患者的组织样本以及两种SKCM细胞系	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA-seq，RNA-seq，机器学习	NA	组织样本，细胞系	10个探针特征的甲基化和表达队列，以及两个SKCM细胞系
1263	2024-08-05	Targeting TAM-secreted S100A9 effectively enhances the tumor-suppressive effect of metformin in treating lung adenocarcinoma 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216497 PMID:38008395	研究论文	本研究探讨了TAM分泌的S100A9在增强MET抑制肺腺癌中的作用	研究首次揭示了TAM在米非司酮作用中的关键作用和S100A9的影响机制	研究可能受到样本量和模型选择的限制	阐明米非司酮在肺腺癌中的作用机制	主要研究TAM和S100A9在肺腺癌中的作用	数字病理学	肺癌	10X Genomics单细胞测序，转录组测序，ChIP-Seq	细胞衍生异种移植模型（CDX），患者衍生异种移植模型（PDX）	基因组数据	涉及小鼠和患者样本
1264	2024-08-07	The spatial and single-cell analysis reveals remodeled immune microenvironment induced by synthetic oncolytic adenovirus treatment 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216485 PMID:38008394	研究论文	本研究通过空间转录组测序和单细胞RNA测序，揭示了合成溶瘤腺病毒治疗后肿瘤微环境的重组特征	首次通过合成溶瘤腺病毒治疗，观察到肿瘤微环境的重组，包括免疫细胞和间质细胞的状态转变，以及细胞间通讯的增强	研究主要集中在小鼠肝细胞癌模型和I期临床试验，需要进一步在更广泛的模型和临床试验中验证	探讨合成溶瘤腺病毒治疗后肿瘤微环境的细胞和分子特征	肝细胞癌及其微环境	数字病理学	肝癌	空间转录组测序和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型和I期临床试验中的肝细胞癌患者
1265	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the role of mitochondrial dysfunction in the cardiogenic toxicity of perfluorooctane sulfonate in human embryonic stem cells 2024-Jan-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.115945 PMID:38183750	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了全氟辛烷磺酸（PFOS）对人类胚胎干细胞心肌分化的影响，并检测了细胞凋亡、线粒体膜电位和ATP水平。	首次通过单细胞RNA测序揭示了PFOS通过干扰线粒体功能影响心肌分化的具体机制。	研究仅限于体外实验，未来需进一步验证在体内的效果和机制。	探讨PFOS对人类胚胎干细胞心肌分化的毒性作用及其机制。	人类胚胎干细胞的心肌分化过程。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
1266	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analysis to evaluate antimony exposure effects on cell-lineage communications within the Drosophila testicular niche 2024-Jan-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.115948 PMID:38184976	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了锑暴露对果蝇睾丸微环境中细胞系通讯的影响	首次揭示了锑暴露通过表皮生长因子受体（EGFR）和WNT信号通路影响果蝇睾丸微环境中的细胞间通讯	NA	探究锑暴露对果蝇睾丸微环境中细胞系通讯的影响机制	果蝇睾丸中的细胞系通讯	数字病理学	生殖健康	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1267	2024-08-07	SUV39H1 Ablation Enhances Long-term CAR T Function in Solid Tumors 2024-01-12, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1350 PMID:37934001	研究论文	本文研究了通过表观遗传学调控组蛋白3赖氨酸9三甲基化（H3K9me3）途径，增强基于41BB（BBz）的嵌合抗原受体（CAR）T细胞在实体瘤中的长期功能	通过失活H3K9三甲基转移酶SUV39H1，增强了BBz-CAR T细胞的长期持久性，保护小鼠免受肿瘤复发和再挑战	NA	优化BBz-CAR T细胞的长期功能持久性，减少肿瘤复发	BBz-CAR T细胞在实体瘤中的长期功能	数字病理学	实体瘤	单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质分析	NA	单细胞转录组数据，染色质开放数据	涉及小鼠模型中的肿瘤浸润CAR T细胞
1268	2024-08-07	An inappropriate decline in ribosome levels drives a diverse set of neurodevelopmental disorders 2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.09.574708 PMID:38260472	研究论文	本文探讨了核糖体水平下降如何导致多种神经发育障碍，并发现了一种新的机制，即核糖体水平的改变与早期大脑发育中细胞命运指定的时间有关。	发现了核糖体水平变化与早期大脑发育中细胞命运指定时间之间的未被重视的机制，并提出了通过增强mTOR活性来改善与智力障碍相关的发育缺陷的治疗方法。	NA	揭示蛋白质合成缺陷相关的人类大脑发育障碍的细胞和分子起源。	核糖体生物发生因子的新等位变异及其在神经发育障碍中的作用。	神经科学	神经发育障碍	蛋白质组学分析，单细胞转录组分析，单个类器官的翻译组分析	NA	蛋白质组，转录组	多个发育阶段的人类大脑类器官
1269	2024-08-05	SORBET: Automated cell-neighborhood analysis of spatial transcriptomics or proteomics for interpretable sample classification via GNN 2024-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.30.573739 PMID:38260586	研究论文	提出了一种名为SORBET的深度学习框架，用于分析空间转录组学或蛋白质组学数据以分类样本	利用图神经网络的最新进展，开发了一种新的自动化细胞邻域分析方法	在技术上仍然面临与空间信息、复合标记和观察到的表型相关的分析挑战	研究空间转录组学和蛋白质组学数据在生物表型分类中的应用	聚焦于不同疾病过程和技术下的组织表型预测，如对免疫治疗的反应	计算机视觉	NA	深度学习	图神经网络 (GNN)	空间转录组学和蛋白质组学数据	NA
1270	2024-08-07	[Future Perspectives of Single-Cell RNA Sequencing in Cancer Research] 2024-Jan, Gan to kagaku ryoho. Cancer & chemotherapy PMID:38247085	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在癌症研究中的进展和应用	scRNA-seq技术使得能够在单细胞水平上分析动态基因表达特性，从而在癌症研究中取得了显著进展	NA	探讨scRNA-seq技术在理解癌症病理生物学中的应用	癌症及其相关的基因表达变化	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
1271	2024-08-07	G-protein signaling of oxytocin receptor as a potential target for cabazitaxel-resistant prostate cancer 2024-Jan, PNAS nexus IF:2.2Q1 DOI:10.1093/pnasnexus/pgae002 PMID:38250514	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了卡巴他赛耐药前列腺癌患者的循环肿瘤细胞，发现催产素受体信号通路的激活，并验证了氯哌斯汀作为克服卡巴他赛耐药性的候选药物。	首次揭示了卡巴他赛耐药前列腺癌中催产素受体信号通路的激活，并发现氯哌斯汀可能通过抑制该通路来克服耐药性。	研究仅限于少数病例，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性。	旨在识别卡巴他赛耐药前列腺癌的潜在机制和治疗靶点。	卡巴他赛耐药前列腺癌患者的循环肿瘤细胞。	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自卡巴他赛耐药前列腺癌患者的循环肿瘤细胞
1272	2024-08-07	Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages 2024-Jan-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi5791 PMID:38241368	研究论文	本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的分子特征及其在表皮中的作用	首次揭示了TD角质形成细胞具有多种表皮细胞系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞	尚未完全阐明TD角质形成细胞在稳态下的维持机制	研究TD角质形成细胞的分子特征及其在表皮中的作用	触觉圆顶角质形成细胞及其在表皮中的作用	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
1273	2024-08-05	Exploring the mechanism of Celastrol in the treatment of rheumatoid arthritis based on systems pharmacology and multi-omics 2024-01-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-48248-5 PMID:38238321	研究论文	本研究探索了Celastrol在类风湿关节炎治疗中的分子网络机制	提出了一种新的策略，将系统药理学、蛋白质组学、转录组学和单细胞转录组学相结合	NA	揭示Celastrol在类风湿关节炎治疗中的作用机制	类风湿关节炎相关基因和Celastrol的潜在靶标	系统药理学	类风湿关节炎	系统药理学、转录组学、蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	195个靶标、2068个差异基因、294个差异蛋白
1274	2024-08-05	PROST: quantitative identification of spatially variable genes and domain detection in spatial transcriptomics 2024-Jan-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-44835-w PMID:38238417	研究论文	本文提出了一个框架（PROST），用于定量识别空间转录组中的空间变异基因和组织域	提出了PROST Index，可以有效定量表征基因表达的空间变异，并通过自注意力机制进行空间域的无监督聚类	现有方法在均匀量化空间变异基因方面存在不足，且大部分方法在技术上将空间变异基因和空间域的描绘割裂开	研究空间转录组数据的定量识别和分析	针对空间表达模式的基因和组织域进行定量识别	数字病理学	NA	空间转录组测序	自注意力机制	基因表达数据	不同空间分辨率的样本，包括多细胞和细胞级别的数据
1275	2024-08-05	Anoikis related genes may be novel markers associated with prognosis for ovarian cancer 2024-01-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52117-0 PMID:38238592	研究论文	本研究旨在确定与凋亡相关基因在卵巢癌中的预后意义，并基于ARG表达开发预后标志。	本研究首次提出ARG可能在卵巢癌预后中发挥新颖作用，并建立了基于ARG表达的预后签名。	需要进一步研究来验证结果并探索潜在机制。	探讨凋亡相关基因在卵巢癌预后中的作用。	卵巢癌患者的临床数据和单细胞测序数据的分析。	数字病理学	卵巢癌	单样本基因集富集分析（ssGSEA），非负矩阵分解（NMF），LASSO	NA	基因表达数据，单细胞测序数据	NA
1276	2024-08-07	Immune characteristics of kidney transplant recipients with acute respiratory distress syndrome induced by COVID-19 at single-cell resolution 2024-Jan-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02682-9 PMID:38238762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，构建了肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞免疫图谱，以探讨COVID-19诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在KTRs中的免疫微环境异质性	本研究首次在单细胞分辨率下探讨了COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征，揭示了KTRs在病毒感染和免疫抑制双重影响下的免疫微环境异质性	研究样本量较小，仅包括八名COVID-19诱导的ARDS患者和五名KTRs，可能影响结果的普遍性	旨在深入理解COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征	肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	八名COVID-19诱导的ARDS患者，五名KTRs，五名健康个体
1277	2024-08-05	Multipotent progenitors instruct ontogeny of the superior colliculus 2024-Jan-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.009 PMID:38096816	研究论文	这篇文章探讨了哺乳动物上丘的多能前体细胞如何指导细胞类型的多样性生成	首次建立了单细胞水平上哺乳动物上丘发育的新框架	目前尚不清楚其他因素如何进一步影响上丘细胞的多样性	研究上丘细胞类型多样性的生成原理	主要研究了上丘的放射胶质前体细胞的多能性	数字病理学	NA	基因马赛克分析和单细胞测序	NA	细胞谱系数据	使用了多个标记的遗传马赛克小鼠
1278	2024-08-05	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574209 PMID:38249519	研究论文	本文应用空间转录组学和蛋白质组学选择胰腺癌表面受体靶点进行分子成像和治疗诊断。	创新点在于提议了紧密连接蛋白claudin-4作为胰腺癌的新治疗诊断靶点，且其在癌组织中的表达量明显增加。	本研究的局限性在于尚未进行临床验证和长期效果评估。	研究旨在通过数据驱动的方法选择用于胰腺癌的分子靶点。	研究对象为胰腺癌的表面受体标记和相关免疫细胞或成纤维细胞标记。	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学	NA	RNA和蛋白质数据	NA
1279	2024-08-05	Towards high-throughput parallel imaging and single-cell transcriptomics of microbial eukaryotic plankton 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0296672 PMID:38241213	研究论文	该文章探讨了微生物真核浮游生物的单细胞转录组学，应用了一种新技术用于高通量成像。	首次将微阵列单细胞测序技术应用于微生物真核生物，并展示了其在不同细胞结构的微生物群体中的应用潜力。	在研究较小的硅藻细胞时，无法有效分离单细胞转录组与背景噪音，信噪比尚需提高。	探索微生物真核生物的转录组特征并揭示其对生态系统的影响。	研究三种重要浮游生物：纤毛虫Tetrahymena thermophila、硅藻Phaeodactylum tricornutum和甲藻Heterocapsa sp。	数字病理学	NA	微阵列单细胞测序技术 (MASC-seq)	NA	图像和转录组数据	三种浮游生物物种的多个单细胞样本
1280	2024-08-05	Cross-species single-cell landscape of vertebrate pineal gland 2024-Jan, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.12927 PMID:38018267	研究论文	本研究详细分析了从鱼类到哺乳动物的松果体进化过程	揭示了松果体细胞在不同物种间的独特转录变化和配体-受体相互作用	研究样本主要局限于斑马鱼、老鼠和猴子，结果的普遍性需进一步验证	探讨松果体从鱼类到哺乳动物的进化及其功能多样性	斑马鱼、老鼠和猴子的松果体单细胞转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共计22,431个细胞