单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1261	2024-08-05	Integrative analysis reveals chemokines CCL2 and CXCL5 mediated shear stress-induced aortic dissection formation 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23312 PMID:38163105	研究论文	本研究通过定量生物信息学分析探讨了与剪切应力相关的主动脉夹层形成中的关键分子	通过整合分析确定了与剪切应力相关的核心AD差异基因及其潜在治疗剂	本研究未能完全阐明剪切应力对主动脉夹层的所有影响机制	探讨剪切应力诱导的主动脉夹层形成过程中关键分子的作用	主要研究与剪切应力诱导的主动脉夹层相关的化学因子和基因	心血管疾病	主动脉夹层	RNA测序	无具体模型类型提及	基因表达数据	分析三个数据集的临床样本及公共RNA测序数据库，共计367个基因
1262	2024-08-05	Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods 2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:38160299	研究论文	本文章提出了一种新方法，通过整合空间转录组学和组织病理图像数据，以捕捉患者数据中的生物学意义模式	整合空间转录组学与组织病理图像数据的新方法，强调了图像感知深度学习在肿瘤分析中的应用	没有提到具体的局限性	研究如何使用深度学习技术更好地分析空间转录组学数据	针对高度侵袭性的癌症类型，如胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌	数字病理学	胶质母细胞瘤，三阴性乳腺癌	深度学习	ResNet	图像，基因表达数据	未提及样本量
1263	2024-08-07	Diverse contribution of amniogenic somatopleural cells to cardiovascular development: With special reference to thyroid vasculature 2024-Jan, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.532 PMID:36038963	研究论文	本文通过鹌鹑-鸡嵌合体分析，展示了胚胎内ASC细胞分化为多种细胞类型，包括心肌细胞、平滑肌细胞、心脏间质细胞和血管内皮细胞，并特别关注了其在甲状腺血管形成中的作用。	本研究揭示了ASC细胞在心脏和甲状腺发育中的新角色，特别是其在甲状腺内血管形成中的作用。	文中提到的胚胎内ASC细胞的分化过程和最终分布的详细情况仍大部分未知。	研究ASC细胞在心血管发育中的作用，特别是其在甲状腺血管形成中的作用。	研究对象包括ASC细胞的分化过程及其在胚胎内的分布，特别是其在心脏和甲状腺发育中的作用。	心血管疾病	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	鹌鹑-鸡嵌合体
1264	2024-08-07	Isolation and functional identification of immune cells in hemolymph of blood clams Tegillarca granosa 2024-Jan, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2023.109320 PMID:38122950	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，对血蛤Tegillarca granosa的血液细胞进行了分子层面的分类和功能鉴定	首次报道了血蛤Tegillarca granosa免疫细胞的分离和鉴定，为理解其免疫防御机制提供了新视角	NA	旨在深入研究红血软体动物的先天免疫系统	血蛤Tegillarca granosa的免疫细胞	NA	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
1265	2024-08-07	Immune cell profiling of preeclamptic pregnant and postpartum women by single-cell RNA sequencing 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2022.2144291 PMID:36369864	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了早发型先兆子痫孕妇和产后妇女的外周血单个核细胞（PBMCs）的免疫细胞组成和异质性	首次在单细胞水平上揭示了先兆子痫患者在孕期和产后阶段的免疫细胞组成和活性变化	样本量较小，仅包括三名早发型先兆子痫孕妇和两名健康对照	探究先兆子痫患者在孕期和产后阶段的免疫系统变化	早发型先兆子痫孕妇和产后妇女的PBMCs	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共获取了80,429个单细胞转录组数据，来自三名早发型先兆子痫孕妇和两名健康对照
1266	2024-08-07	Profiling joint tissues at single-cell resolution: advances and insights 2024-Jan, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-023-01052-x PMID:38057475	研究论文	本文探讨了在单细胞分辨率下对人类关节组织进行分析的进展及其对健康和疾病中这些组织的结构和功能的洞察	通过单细胞RNA测序和时间飞行流式细胞术等技术，识别了构成关节组织的不同亚群，并构建了关节组织的单细胞图谱	NA	旨在揭示关节组织在健康和疾病中的组织和功能，并探索潜在的治疗靶点	关节组织，包括软骨、骨和滑膜	数字病理学	骨关节炎，类风湿性关节炎	单细胞RNA测序，时间飞行流式细胞术	NA	单细胞数据	具体样本数量未提及
1267	2024-08-05	Translatome Profiling of Tissue-Resident Macrophages Using the RiboTag Approach 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_17 PMID:37639128	研究论文	本文讨论了一种新的方法RiboTag，用于从粗糙的组织提取物中获取组织驻留巨噬细胞的转录组。	提出了RiboTag方法，可以避免传统细胞分离中的偏差和伪影	只集中于脑巨噬细胞的研究，没有涉及其他类型的组织巨噬细胞	探索RiboTag方法在组织驻留巨噬细胞研究中的应用	脑巨噬细胞，包括小胶质细胞和边界相关细胞	数字病理学	NA	RiboTag	NA	转录组	NA
1268	2024-08-07	Hemocyte Nuclei Isolation from Adult Drosophila melanogaster for snRNA-seq 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_4 PMID:37639115	研究论文	本文提供了一种从成年果蝇中分离血细胞核用于单核RNA测序（snRNA-seq）的详细方案	首次提供了从成年果蝇血细胞中分离核用于snRNA-seq的具体方法	NA	研究果蝇血细胞在不同实验条件下的功能和特性	成年果蝇的血细胞核	NA	NA	snRNA-seq	NA	RNA	具体样本数量未提及
1269	2024-08-05	Computational immunogenomic approaches to predict response to cancer immunotherapies 2024-Jan, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-023-00830-6 PMID:37907723	综述	本文综述了用于分析癌症免疫治疗反应的计算免疫基因组方法	提出了新颖的计算方法和机器学习算法，以从基因组和转录组测序数据中提取临床有用的信息	未能充分探讨计算方法和测序技术在改善癌症患者管理中的真实潜力和局限性	研究计算免疫基因组方法在癌症免疫疗法中的应用与影响	主要研究肿瘤、基质及免疫细胞的基因组和转录组数据	计算生物学	癌症	单细胞转录组测序和多组学方法	机器学习算法	基因组和转录组数据	涉及多种癌症类型的大规模基因组数据
1270	2024-08-07	Single-Cell Profiling Indicates a Proinflammatory Role of Meningeal Ectopic Lymphoid Tissue in Experimental Autoimmune Encephalomyelitis 2024-Jan, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200185 PMID:38100739	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，比较了脑膜异位淋巴组织（mELT）与次级淋巴器官（SLOs）在自发性慢性实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的基因表达谱，揭示了mELT在多发性硬化症进展中的关键作用	首次揭示了脑膜异位淋巴组织（mELT）在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的促炎作用，并提出了mELT可能是中枢神经系统炎症的关键驱动因素	研究仅限于动物模型，尚未在人类多发性硬化症患者中验证	探究多发性硬化症进展的机制及如何预防	脑膜异位淋巴组织（mELT）与次级淋巴器官（SLOs）中的免疫细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1271	2024-08-07	SARS-CoV-2 receptor ACE2 is upregulated by fatty acids in human MASH 2024-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100936 PMID:38074511	研究论文	本文研究了代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中SARS-CoV-2受体ACE2的表达及其细胞来源	首次揭示了脂肪酸在人类MASLD中上调ACE2表达的现象	NA	探讨MASLD患者中SARS-CoV-2受体ACE2的表达水平及其细胞来源	人类MASLD患者的肝脏组织	NA	脂肪性肝病	转录组学, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据, 图像	243个MASLD样本, 161个纤维炎症性肝病样本, 9个脂肪肝样本, 7个对照样本, 5个肝硬化样本, 14个正常肝脏样本, 745个初级细胞样本
1272	2024-08-05	TTC22 as a potential prognostic marker and therapeutic target in pancreatic cancer: Insights into immune infiltration and epithelial‑mesenchymal transition 2024-Jan, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2023.14143 PMID:38034483	研究论文	本文探讨了TTC22在胰腺癌中的潜在预后标志物和治疗靶点的作用	首次揭示了TTC22在胰腺癌中的表达与临床参数及免疫浸润的负相关性	尚需进一步研究以明确TTC22在胰腺癌中的确切作用	研究TTC22在胰腺癌中的作用及其作为预后标志物的潜力	主要研究胰腺癌及其相关细胞系中的TTC22表达	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	临床数据和细胞系数据	NA
1273	2024-08-05	Single-cell sequencing reveals SATB2/NOTCH1 signaling promotes the progression of malignancy of epithelial cells from papillary thyroid cancer 2024-Jan, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23631 PMID:37877736	研究论文	这篇文章揭示了SATB2/NOTCH1信号通路促进乳头状甲状腺癌上皮细胞恶性进展的机制	首次通过单细胞RNA测序揭示了SATB2与NOTCH1信号通路在乳头状甲状腺癌中的作用及其与恶性转变的关系	样本量仅限于五名患者，可能影响结果的普遍性	探讨SATB2和NOTCH1信号通路在乳头状甲状腺癌进展中的作用	四名乳头状甲状腺癌患者和一名良性甲状腺肿瘤患者的样本	数字病理学	乳头状甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞基因表达数据	五名患者（包括两名乳头状甲状腺微癌患者、两名侵袭性Advanced PTC患者和一名良性甲状腺肿瘤患者）
1274	2024-08-07	Heterogeneity and synaptic plasticity analysis of hippocampus based on db-/- mice induced diabetic encephalopathy 2024-Jan, Psychoneuroendocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.psyneuen.2023.106412 PMID:37898037	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了糖尿病诱导认知障碍模型中海马细胞的异质性和突触可塑性变化	首次详细分析了长期高血糖状态下海马细胞群的异质性，并揭示了特定细胞亚群及其基因表达特征	研究仅限于db糖尿病小鼠模型，结果的普遍性和临床应用需进一步验证	探讨糖尿病诱导认知障碍中海马细胞的异质性和突触可塑性变化	db糖尿病小鼠的海马细胞	神经科学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	认知障碍组21,379个细胞，对照组20,045个细胞
1275	2024-08-05	Rotenone impairs brain glial energetics and locomotor behavior in bumblebees 2024-Jan-10, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2023.167870 PMID:37865240	研究论文	该文章研究了罗腾农对大黄蜂脑胶质细胞能量代谢和运动行为的影响	首次揭示了环境现实暴露水平的罗腾农如何影响大黄蜂的胶质细胞能量代谢和运动能力	尚未明确罗腾农对大黄蜂神经元的具体损害机制	探讨罗腾农对大黄蜂的脑胶质细胞和运动行为的影响	大黄蜂的胶质细胞和神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1276	2024-08-07	Combination of CRISPR-Cas9-RNP and Single-Cell RNAseq to Identify Cell State-Specific FOXJ1 Functions in the Human Airway Epithelium 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3507-0_1 PMID:37856015	研究论文	本研究结合CRISPR-Cas9-RNP技术和单细胞RNA测序，探讨了FOXJ1在人呼吸道上皮细胞中的细胞状态特异性功能	采用CRISPR-Cas9-RNP技术直接转染核糖核蛋白复合物，无需选择步骤，效率超过95%	该方法生成的细胞群体包含异质性缺失，使得无效化效率评估困难	研究FOXJ1在人呼吸道上皮细胞中的功能及其对多纤毛细胞最终分化步骤的影响	人呼吸道上皮细胞中的FOXJ1基因	数字病理	NA	CRISPR-Cas9-RNP, 单细胞RNA测序, Flongle测序(Nanopore)	NA	RNA	来自鼻甲的基底细胞培养物
1277	2024-08-07	Worst-Case Discriminative Feature Learning via Max-Min Ratio Analysis 2024-Jan, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence IF:20.8Q1 DOI:10.1109/TPAMI.2023.3323453 PMID:37815977	research paper	本文提出了一种通过最大最小比率分析（MMRA）进行判别特征学习的新方法，专门解决长期存在的“最坏情况类别分离”问题	提出了一种新的判别特征学习标准，即最大最小比率分析（MMRA），专注于最大化类间散布与类内散布的最小比率值，以极端扩大重叠类别对的可分性	解决非平滑非凸的最大最小比率问题具有挑战性	开发新的判别特征学习模型，用于降维和度量学习，并解决相关的优化问题	判别特征学习方法及其在模式分类和图像检索中的应用	machine learning	NA	NA	NA	NA	涉及多个人工数据集和真实世界的ScRNA-seq数据集
1278	2024-08-07	Genome-Scale Analysis of the Structure and Function of RNA Pathways and Networks in Pseudomonas aeruginosa 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3473-8_13 PMID:37819523	研究论文	本文通过RNA测序（RNA-seq）方法，全面分析了Pseudomonas aeruginosa中RNA途径和网络的结构与功能	本文介绍了基于RNA-seq的不同类型方法，这些方法有助于未来更好地理解P. aeruginosa中RNA生物学的动态	目前仅考虑了少数周围条件，研究仍处于初级阶段	旨在通过RNA-seq方法深入理解Pseudomonas aeruginosa中RNA生物学的动态	Pseudomonas aeruginosa中的RNA途径和网络	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	NA
1279	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing atlas of peripheral blood mononuclear cells from subjects with coronary artery disease 2024-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2023.119593 PMID:37730128	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了冠状动脉疾病患者和对照组的外周血单个核细胞，揭示了细胞类型和基因表达的差异	首次在单细胞水平上详细描述了冠状动脉疾病患者外周血单个核细胞的转录组特征	样本量较小，仅包括3名冠状动脉疾病患者和3名对照组	探索冠状动脉疾病发生发展过程中外周循环免疫细胞亚群的单细胞水平特征	冠状动脉疾病患者和对照组的外周血单个核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	6名受试者（3名冠状动脉疾病患者和3名对照组）
1280	2024-08-05	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to unravel the molecular mechanisms underlying the immune microenvironment in the development of intestinal-type gastric cancer 2024-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2023.166849 PMID:37591405	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨肠型胃癌发展过程中免疫微环境的分子机制	发现了IGC（肠型胃癌）的新型生物标志物，并阐明了免疫细胞之间的相互作用和肿瘤生长的机制	本研究依赖于已有数据库的数据，可能存在样本选择偏差	研究肠型胃癌发展的分子机制，特别是免疫微环境的作用	使用了来自GEO和TCGA数据库的肠型胃癌相关样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，整体RNA测序	Cox比例风险回归模型	转录组数据	使用了GEO和TCGA数据库中的IGC样本