本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1241 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis of epithelial, immune, and stromal signatures and interactions in human ovarian cancer
2024-01-26, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05826-1
PMID:38278958
|
研究论文 | 本文通过分析来自84名卵巢癌患者的超过50万个单细胞转录组数据,研究了卵巢癌中的上皮细胞、免疫细胞和基质细胞及其相互作用 | 发现了具有功能变异的上皮细胞临床亚型特征,以及在IC2阶段显著增加的特定T细胞亚型和具有肿瘤进展相关功能的癌症相关成纤维细胞 | NA | 深入理解卵巢癌进展,并为更好的诊断和治疗开发提供依据 | 卵巢癌中的上皮细胞、免疫细胞和基质细胞及其相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 84名卵巢癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 1242 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of conventional central chondrosarcoma reveals the role of endoplasmic reticulum stress in malignant transformation
2024-01-24, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05790-w
PMID:38267611
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了11个原发性软骨肿瘤及对照组,构建了传统中央型软骨肉瘤的单细胞图谱,揭示了内质网应激在恶性转化中的作用 | 首次通过单细胞图谱揭示了内质网应激在传统中央型软骨肉瘤恶性转化中的作用,并发现NF-κB通路减轻了内质网应激诱导的凋亡 | 研究样本量较小,且仅限于传统中央型软骨肉瘤,可能限制了结果的普遍性 | 探讨软骨肉瘤恶性转化的机制,寻找潜在的诊断标志物和治疗策略 | 传统中央型软骨肉瘤及其恶性转化过程 | 数字病理学 | 软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11个原发性软骨肿瘤及对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 1243 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of the microenvironment in human bone metastatic renal cell carcinoma
2024-01-12, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05772-y
PMID:38216635
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,分析了人类骨转移性肾细胞癌的微环境,包括6个原发性肾细胞癌和9个骨转移性肾细胞癌的细胞转录组,以及早期和晚期肾细胞癌、正常肾脏和健康骨髓样本的数据,以探索骨转移性肾细胞癌的治疗靶点。 | 本研究首次系统地描述了骨转移性肾细胞癌微环境中主要细胞系的分子特性和动态变化,揭示了免疫抑制T细胞的主导作用及其在治疗后的部分恢复,以及骨转移性肿瘤中免疫抑制CD47 T细胞的浸润现象。 | NA | 探索骨转移性肾细胞癌的治疗靶点和微环境特性。 | 骨转移性肾细胞癌的微环境和细胞转录组。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 6个原发性肾细胞癌和9个骨转移性肾细胞癌样本,以及早期和晚期肾细胞癌、正常肾脏和健康骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1244 | 2024-08-05 |
C/EBPβ-induced lymphoid-to-myeloid transdifferentiation emulates granulocyte-monocyte progenitor biology
2024-01-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.11.011
PMID:38157851
|
研究论文 | C/EBPβ诱导小鼠B细胞转分化为粒单核细胞前体样细胞 | 提出了一种新型的粒单核细胞前体培养系统,用于研究GMP生物学和谱系承诺 | 研究中对IRF8和C/EBPβ的缺失效果分析可能受到特定条件的限制 | 探索C/EBPβ在调控B细胞转分化过程中的作用 | 主要研究转分化的鼠源B细胞及其生成的前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞样本 | 使用了初级v-Abl不朽化小鼠B细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1245 | 2024-08-07 |
The emergence of human gastrulation upon in vitro attachment
2024-01-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.11.005
PMID:38101401
|
研究论文 | 本文研究了体外培养的人类胚胎如何通过自我组织形成原始条纹和间充质衍生物,并揭示了人类原肠胚形成的过程 | 首次展示了人类胚胎在体外培养条件下通过自我组织进行原肠胚形成的能力,并使用单细胞RNA测序技术验证了其转录组特征 | 研究受限于伦理考虑和胎儿生物材料的稀缺性 | 探讨人类原肠胚形成的过程及其在体外培养条件下的表现 | 人类胚胎及干细胞衍生的胚胎模型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 1246 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic analyses of tumor microenvironment and molecular reprograming landscape of metastatic laryngeal squamous cell carcinoma
2024-01-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05765-x
PMID:38191598
|
研究论文 | 本研究分析了喉鳞状细胞癌的肿瘤微环境及其分子重编程特征 | 本研究首次提供了喉鳞状细胞癌独特的肿瘤微环境的全面图谱 | 样本数量和特征可能影响结果的普遍适用性 | 旨在深入了解喉鳞状细胞癌的肿瘤微环境 | 收集的喉鳞状细胞癌患者样本,包括有和没有淋巴转移的样本 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 化验样本 | 收集的样本来自喉鳞状细胞癌患者,具体数量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 1247 | 2024-08-05 |
STEM enables mapping of single-cell and spatial transcriptomics data with transfer learning
2024-01-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05640-1
PMID:38184694
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STEM的方法,用于将单细胞RNA测序和空间转录组数据整合。 | STEM使用深度迁移学习将ST和SC数据编码到统一的空间感知嵌入空间,揭示了单细胞水平的转录组特征。 | 目前的方法依赖于现有的高通量技术,尚未在单细胞分辨率上完全实现。 | 研究如何结合空间转录组和单细胞RNA测序数据,以揭示组织的转录组景观。 | 人类鳞状细胞癌和肝小叶数据集中的细胞类型及其基因表达变化。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 深度学习 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1248 | 2024-08-07 |
Characterizing immune variation and diagnostic indicators of preeclampsia by single-cell RNA sequencing and machine learning
2024-01-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05669-2
PMID:38182876
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术,分析了先兆子痫中循环免疫细胞的变化及其在诊断中的潜在价值 | 首次揭示了先兆子痫中淋巴细胞亚群的免疫反应下调,如自然杀伤细胞和细胞毒性基因表达的减少,以及调节性T细胞的扩增 | NA | 探讨先兆子痫中循环免疫细胞的转录组变化及其在病理生理中的作用 | 先兆子痫中的循环免疫细胞 | 数字病理学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1249 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics enable the characterization of local extension in retinoblastoma
2024-01-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05732-y
PMID:38172218
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学的方法表征了视网膜母细胞瘤的局部扩展情况 | 首次使用单细胞RNA测序对视网膜母细胞瘤局部扩展进行表征,揭示了细胞异质性和潜在的治疗靶点 | 本研究尚未进行临床试验以验证发现的治疗靶点 | 提高对视网膜母细胞瘤局部扩展的理解并寻找潜在的治疗靶点 | 四个视网膜母细胞瘤样本,分别来自两名眼内和两名眼外患者 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 四个视网膜母细胞瘤样本和公开数据集中的多种正常及其他样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1250 | 2024-08-07 |
Genome-wide analyses reveal the contribution of somatic variants to the immune landscape of multiple cancer types
2024-Jan, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011134
PMID:38241355
|
研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析探索了22种TCGA癌症类型中癌细胞基因变异与74种免疫特征之间的关联 | 发现KEAP1突变在肺腺癌中对多个免疫特征的变异贡献超过10%,并证实KEAP1突变激活NRF2通路,影响肿瘤微环境 | NA | 理解癌细胞中的遗传变异如何影响免疫调控,以改进免疫治疗患者分层和识别新的免疫肿瘤学靶点 | 22种TCGA癌症类型中的癌细胞基因变异与免疫特征的关联 | 数字病理学 | 肺腺癌 | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 涉及22种TCGA癌症类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1251 | 2024-08-05 |
Decoding leukemia at the single-cell level: clonal architecture, classification, microenvironment, and drug resistance
2024-Jan-30, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00479-6
PMID:38291542
|
review | 本文综述了单细胞测序技术在白血病研究中的应用 | 通过单细胞测序技术揭示了白血病的克隆结构、亚型分类、肿瘤微环境及耐药机制 | 传统的批量测序技术无法有效揭示个体肿瘤细胞之间的异质性 | 探讨白血病的发生机制和耐药性 | 白血病相关的单细胞研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1252 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq mapping of chicken peripheral blood leukocytes
2024-Jan-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10044-4
PMID:38287279
|
研究论文 | 本研究评估了单细胞RNA-seq作为识别鸡外周血白细胞的工具 | 首次识别出具有高SOX5表达的鸡外周B细胞亚群,并提供了TCRγ/δ + T细胞亚群的新见解 | 该方法在一定程度上受限于鸡基因组的不完全注释,且某些细胞类型的解读较为复杂 | 研究单细胞转录组学在鸡外周血白细胞中的应用 | 来自4只临床健康母鸡的纯化脱 thrombocyte 的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞3' RNA-seq | NA | 转录组数据 | 4只母鸡的白细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1253 | 2024-08-07 |
Characterization of CD90/Thy-1 as a crucial molecular signature for myogenic differentiation in human urine-derived cells through single-cell RNA sequencing
2024-01-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52530-5
PMID:38282008
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了CD90/Thy-1在人尿源细胞中作为肌源性分化的关键分子标志的作用 | 首次发现CD90/Thy-1在人尿源细胞中高度表达,并与高肌源性潜能的亚群细胞相关,对肌源性分化有重要影响 | CD90的过表达并未增强非CD90阳性细胞的肌源性分化,表明其作用可能有限 | 探究CD90/Thy-1在人尿源细胞肌源性分化中的作用及其机制 | 人尿源细胞(UDCs)及其肌源性分化能力 | NA | Duchenne肌营养不良(DMD) | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 有限亚群的人尿源细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1254 | 2024-08-05 |
Analysis of the potential biological value of pyruvate dehydrogenase E1 subunit β in human cancer
2024-Jan-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v16.i1.144
PMID:38292838
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学方法综合分析了丙酮酸脱氢酶E1亚单位β(PDHB)在不同癌症中的潜在生物价值。 | 本研究首次系统性探讨了PDHB在各种癌症中的诊断、预后及免疫相关性,并发现其在肝癌细胞中的调节作用。 | 该研究大部分分析依赖于现有数据库,缺乏广泛的临床实验验证。 | 研究PDHB在癌症中的生物学作用及其作为肿瘤标志物的潜力。 | 本研究的对象主要为不同类型的癌症样本和肝癌细胞。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症的大量样本,具体数字未提供 | NA | NA | NA | NA |
| 1255 | 2024-08-07 |
Identification of Cancer Stem Cell-related Gene by Single-cell and Machine Learning Predicts Immune Status, Chemotherapy Drug, and Prognosis in Lung Adenocarcinoma
2024, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
|
研究论文 | 本研究旨在基于癌症干细胞相关基因识别肺腺癌的分子类型和预后模型 | 本研究首次构建了一个基于8个基因的预后模型,用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | NA | 识别肺腺癌的分子类型和预后模型 | 肺腺癌的分子类型和预后模型 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA-seq | LASSO Cox回归分析 | 单细胞RNA测序数据 | 使用了来自TCGA数据库的肺腺癌临床信息和RNA-seq数据,以及来自GEO数据库的scRNA数据集GSE131907和5个GSE数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1256 | 2024-08-07 |
Identification of Stem Cell-related Gene Markers by Comprehensive Transcriptome Analysis to Predict the Prognosis and Immunotherapy of Lung Adenocarcinoma
2024, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
|
研究论文 | 本研究通过综合转录组分析识别与肺腺癌预后和免疫治疗相关的干细胞相关基因标记 | 开发了一种新的癌症干细胞评估指标和一个4基因标记,用于评估肺腺癌对免疫检查点阻断疗法或抗肿瘤治疗的反应 | NA | 评估肺腺癌细胞的干细胞特性及其对预后和免疫治疗的影响 | 肺腺癌中的癌症干细胞及其相关基因标记 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | 4个样本,共3455个恶性细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1257 | 2024-08-07 |
Biallelic COQ4 Variants in Hereditary Spastic Paraplegia: Clinical and Molecular Characterization
2024-Jan, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society
IF:7.4Q1
DOI:10.1002/mds.29664
PMID:38014483
|
研究论文 | 本研究旨在确认双等位COQ4突变在遗传性痉挛性截瘫(HSP)中的致病作用,并阐明COQ4相关HSP的临床、遗传和功能分子特征 | 首次确认了双等位COQ4突变在HSP中的致病作用,并揭示了这些突变与线粒体功能障碍和疾病表型严重性之间的关系 | NA | 确认双等位COQ4突变在HSP中的致病作用,并阐明COQ4相关HSP的临床、遗传和功能分子特征 | 310名原因不明的HSP患者及其临床数据,以及COQ4突变的功能分子特征 | NA | 遗传性痉挛性截瘫 | 全外显子测序、单细胞RNA测序、生物化学细胞系分析、诱导多能干细胞衍生的锥体神经元和斑马鱼模型 | NA | 基因序列、临床数据、细胞和动物模型 | 310名HSP患者,6个无关家族中的7名患者,以及多种细胞和动物模型 | NA | NA | NA | NA |
| 1258 | 2024-08-07 |
Single cell RNA sequencing reveals endothelial cell killing and resolution pathways in experimental malaria-associated acute respiratory distress syndrome
2024-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011929
PMID:38236930
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了实验性疟疾相关急性呼吸窘迫综合征(MA-ARDS)中内皮细胞杀伤和解决途径 | 本研究首次通过单细胞RNA测序分析了MA-ARDS中内皮细胞的杀伤和解决途径,并利用MultiNicheNet交互组分析确定了疾病解决过程中配体-受体交互的重要变化 | 本研究主要基于小鼠模型,其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究疟疾相关急性呼吸窘迫综合征的解决机制,以促进内皮细胞增殖和限制炎症 | 疟原虫感染的小鼠模型及其肺部内皮细胞 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | P. berghei NK65感染的C57BL/6小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 1259 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the epithelial cell, fibroblast, and key gene alterations in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2024-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52341-8
PMID:38280891
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中上皮细胞、成纤维细胞及关键基因的改变 | 首次在单细胞水平上揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中上皮细胞和成纤维细胞的动态变化及关键基因WFDC2和CCL26的作用 | NA | 探究慢性鼻窦炎伴鼻息肉发展过程中上皮细胞和成纤维细胞的变化及其关键基因 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的上皮细胞、成纤维细胞及关键基因 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 1260 | 2024-08-07 |
A resource of single-cell gene expression profiles in a planarian Dugesia japonica
2024-Jan, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12893
PMID:37779230
|
研究论文 | 本文收集了Dugesia japonica细胞并进行了单细胞RNA测序分析,通过一种新颖的自动迭代细胞聚类策略,生成了包含3,404个细胞的数据集,这些细胞可根据基因表达谱分为63种细胞类型 | 引入了一种新颖的自动迭代细胞聚类策略,生成了包含3,404个细胞的数据集,并展示了该数据集在功能相关基因表达分析中的应用 | NA | 研究Dugesia japonica中的干细胞和再生机制 | Dugesia japonica的单细胞基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 3,404个细胞 | NA | NA | NA | NA |