单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1284 篇文献，本页显示第 1241 - 1260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1241 | 2024-08-07 |
Author Correction: Longitudinal scRNA-seq analysis in mouse and human informs optimization of rapid mouse astrocyte differentiation protocols
2024-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01531-0
PMID:37996532
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1242 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics analysis of zebrafish brain reveals adverse effects of manganese on neurogenesis
2024-Jan-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2023.122908
PMID:37952916
|
研究论文 | 本文探讨了锰对斑马鱼大脑神经发生的影响及其机制 | 本研究首次揭示了不同浓度锰暴露对斑马鱼大脑神经发生的促进与抑制作用 | 本研究仅在斑马鱼模型中进行，是否适用于其他物种尚未确定 | 研究锰暴露对神经发生影响的具体机制 | 斑马鱼大脑的神经细胞 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 正常组和锰暴露组的斑马鱼大脑样本 |
| 1243 | 2024-08-05 |
STOmicsDB: a comprehensive database for spatial transcriptomics data sharing, analysis and visualization
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad933
PMID:37953328
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研究论文 | 这篇文章介绍了STOmicsDB，一个提供空间转录组数据共享、分析和可视化的综合数据库 | STOmicsDB集成了218个手动筛选的数据集，并提供了可定制的子数据库功能，以增强数据的可重用性和互操作性 | 尚未提及具体的限制 | 旨在促进空间转录组数据的共享和分析 | 规则和分析空间转录组数据集，以揭示细胞类型和空间区域 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 数据集 | 包含218个数据集，代表17种物种 |
| 1244 | 2024-08-07 |
Author Correction: Spatial transcriptomics uncover sucrose post-phloem transport during maize kernel development
2024-Jan-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44536-w
PMID:38177159
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1245 | 2024-08-05 |
ITGB4 upregulation is associated with progression of lower grade glioma
2024-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-49801-y
PMID:38172503
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研究论文 | 研究表明ITGB4在低级别神经胶质瘤中上调，并且能准确预测其预后 | ITGB4被发现是一个良好预测低级别神经胶质瘤预后的风险因素，并且与免疫相关基因密切相关 | 该研究未详细探讨ITGB4在神经胶质瘤中的具体机制 | 揭示ITGB4在低级别神经胶质瘤中的作用和其与预后的关系 | 研究对象为低级别神经胶质瘤患者及其肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 免疫组化分析、单细胞测序分析、非负矩阵分解聚类分析 | Cox回归模型 | 肿瘤组织样本 | 研究中涉及的样本数量未明确说明 |
| 1246 | 2024-08-07 |
Predicting cell types with supervised contrastive learning on cells and their types
2024-01-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-50185-2
PMID:38172501
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研究论文 | 本文提出了一种基于监督对比学习的细胞类型注释新模型SCLSC，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型预测 | SCLSC模型采用实例-类型对的对比学习方法，不同于以往实例-实例对的对比学习，提高了细胞类型预测的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督对比学习 | 基因表达数据 | 大量细胞 |
| 1247 | 2024-08-05 |
Upregulated PPP1R14B is connected to cancer progression and immune infiltration in kidney renal clear cell carcinoma
2024-Jan, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-023-03228-z
PMID:37261660
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研究论文 | 本研究探讨了PPP1R14B在肾透明细胞癌中的预后和发展作用 | 发现PPP1R14B在KIRC中上调并作为独立风险因素，与肿瘤浸润免疫细胞相关 | 研究仅基于TCGA和ICGC队列，未包括不同患者群体的样本 | 确定PPP1R14B是否可以作为KIRC的预后生物标志物 | 肾透明细胞癌(KIRC)患者的样本 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA-seq | NA | 生物样本 | 使用了TCGA和ICGC队列中的患者样本及我们的临床样本 |
| 1248 | 2024-08-07 |
Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts
2024-Jan-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44427-0
PMID:38172108
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研究论文 | 本文利用血管生成芯片与单细胞RNA测序技术，揭示了血管生成芽中自噬在空间上的差异激活 | 首次使用血管生成芯片重建三维芽结构，并通过单细胞RNA测序揭示了自噬在不同内皮细胞群体中的高激活状态及其相关基因的互表达模式 | NA | 探索血管生成过程中自噬功能的空间异质性 | 内皮细胞在血管生成芽中的自噬活动 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个内皮细胞样本 |
| 1249 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq analysis decodes the kidney microenvironment induced by polystyrene microplastics in mice receiving a high-fat diet
2024-Jan-03, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-023-02266-7
PMID:38167034
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研究论文 | 本研究揭示了聚苯乙烯微塑料和高脂饮食诱导的小鼠肾脏微环境单细胞转录组特征 | 首次系统性揭示了聚苯乙烯微塑料和高脂饮食对小鼠肾脏细胞和免疫细胞的分子变化 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况 | 研究聚苯乙烯微塑料和高脂饮食对小鼠肾脏发展的影响 | 聚苯乙烯微塑料和高脂饮食对小鼠肾脏微环境的影响 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 35天的高脂饮食和继续暴露于聚苯乙烯微塑料的小鼠模型 |
| 1250 | 2024-08-07 |
HSV1 microRNAs in glioblastoma development: an in silico study
2024-01-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-45249-2
PMID:38167429
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研究论文 | 本研究通过计算方法探讨HSV1编码的microRNAs在胶质母细胞瘤发展中的作用 | 首次研究HSV1编码的microRNAs在胶质母细胞瘤发展中的作用，并揭示其在肿瘤抑制基因和致癌基因表达调控中的潜在影响 | 仅通过计算方法进行研究，未进行实验验证 | 探讨HSV1编码的microRNAs在胶质母细胞瘤发展中的作用及其对肿瘤抑制基因和致癌基因表达的影响 | HSV1编码的microRNAs及其在胶质母细胞瘤发展中的作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE158284、GSE153679和GSE182109数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 1251 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals that the immunosuppression landscape induced by chronic stress promotes colorectal cancer metastasis
2024-Jan-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23552
PMID:38169984
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研究论文 | 本研究通过建立慢性不可预测轻度应激（CUMS）和原位结直肠癌的复合小鼠模型，利用10✕Genomics单细胞转录组测序技术，揭示了慢性应激状态下肿瘤免疫细胞趋向于更抑制和耗竭的状态，并描述了整体炎症环境与免疫抑制景观之间的相互作用。 | 首次揭示了慢性应激诱导的免疫抑制环境促进结直肠癌转移的机制，并提供了针对伴有抑郁症的结直肠癌患者的免疫治疗新策略。 | NA | 研究慢性应激对结直肠癌免疫微环境的影响及其对肿瘤进展的作用。 | 慢性应激状态下的小鼠结直肠肿瘤样本。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 8只小鼠的肿瘤样本，近30,000个细胞 |
| 1252 | 2024-08-05 |
Exploring the relationship between immune heterogeneity characteristic genes of rheumatoid arthritis and acute myeloid leukemia
2024-Jan-02, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00852-7
PMID:38165493
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研究论文 | 本研究探讨了类风湿关节炎的免疫异质性特征基因与急性髓系白血病之间的关系 | 该文章揭示了类风湿关节炎特征基因与急性髓系白血病的关联，提供了肉芽肿标记物的新见解 | 研究可能受限于获取的数据样本和数据库的限制 | 旨在通过RA研究发现AML的骨髓生物标志物 | 研究对象包括类风湿关节炎患者的滑膜转录组数据和急性髓系白血病患者的骨髓测序数据 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 急性髓系白血病 | 单细胞测序, 转录组测序 | 随机森林分类器 | 基因组数据 | NA |
| 1253 | 2024-08-05 |
Single-cell Transcriptomic Analysis Reveals an Immunosuppressive Network Between POSTN CAFs and ACKR1 ECs in TKI-resistant Lung Cancer
2024 Jan-Feb, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20430
PMID:38151287
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了TKI耐药性肺癌中POSTN CAFs与ACKR1 ECs之间的免疫抑制网络 | 首次探讨了TKI治疗中血管内皮细胞与癌相关成纤维细胞亚群的关系 | 未能详细探讨不同CAF和EC亚群在其他癌症中的作用 | 探讨非小细胞肺癌中TKI治疗耐药的机制 | 47个不同阶段的非小细胞肺癌组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq | NA | RNA数据 | 49个晚期非小细胞肺癌样本 |
| 1254 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment of small cell lung cancer-associated malignant pleural effusion
2024-Jan, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15145
PMID:38010064
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研究论文 | 本文利用10×基因组单细胞转录组测序技术揭示了小细胞肺癌（SCLC）恶性胸腔积液（MPE）患者的肿瘤免疫微环境特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了SCLC相关恶性胸腔积液中的免疫细胞组成和基因表达特征 | NA | 揭示小细胞肺癌恶性胸腔积液的免疫微环境特征 | 小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液中的免疫细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 共获得8008个高质量细胞进行后续生物信息学分析 |
| 1255 | 2024-08-07 |
Identification of basement membrane-related signatures for estimating prognosis, immune infiltration landscape and drug candidates in pancreatic adenocarcinoma
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.89665
PMID:38169540
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研究论文 | 本研究通过分析TCGA数据库中的数据，构建了与基底膜（BM）相关的基因风险评分系统，用于评估胰腺腺癌（PAAD）患者的预后、免疫浸润景观和潜在药物候选物 | 本研究首次开发了一种与基底膜相关的基因签名，为PAAD的诊断、预后评估、候选药物和治疗管理提供了新的见解和靶点 | NA | 探索基底膜相关基因在评估胰腺腺癌患者预后、微环境和治疗反应中的作用 | 胰腺腺癌（PAAD）患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单变量和LASSO Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 使用TCGA数据库中的数据 |
| 1256 | 2024-08-07 |
Identification of a PANoptosis-related Gene Signature for Predicting the Prognosis, Tumor Microenvironment and Therapy Response in Breast Cancer
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.90113
PMID:38169571
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研究论文 | 本研究通过Cox回归分析、随机森林算法和LASSO算法识别了与PANoptosis相关的基因特征，用于预测乳腺癌的预后、肿瘤微环境和治疗反应 | 首次构建了基于PANoptosis相关评分的精确预测模型，并揭示了PANoptosis相关基因特征在调节乳腺癌肿瘤微环境和药物敏感性的重要性 | NA | 探索PANoptosis在乳腺癌中的作用，并开发预测乳腺癌预后和治疗反应的生物标志物 | 乳腺癌患者的PANoptosis相关基因特征及其对预后、肿瘤微环境和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 随机森林算法、LASSO算法、RNA测序 | LASSO | RNA测序数据 | 涉及大量RNA和单细胞RNA测序数据 |
| 1257 | 2024-08-05 |
Integrating Single-cell and Bulk RNA-seq to Construct a Metastasis-related Model for Evaluating Immunotherapy and Chemotherapy in Uveal Melanoma
2024-Jan-03, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本文探讨了原发性和转移性葡萄膜黑色素瘤的异质性，并构建了一个与转移相关的模型。 | 通过整合单细胞和大规模RNA测序数据，发现了调控UM转移的潜在分子并建立了预后模型。 | 未提及该研究的具体限制。 | 改进转移性葡萄膜黑色素瘤患者的精准治疗。 | 焦点是原发性和转移性葡萄膜黑色素瘤及其细胞类型。 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | RNA-seq | LASSO和Cox回归分析 | 基因表达数据 | 包含157个转录差异基因 |
| 1258 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Role of Cancer-associated Fibroblasts in Skin Melanoma
2024-Jan-03, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据揭示了皮肤黑色素瘤中癌症相关成纤维细胞的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了癌症相关成纤维细胞在皮肤黑色素瘤中的分子机制 | 研究仅基于三个病例的单细胞RNA测序数据，可能存在样本量不足的问题 | 揭示癌症相关成纤维细胞在皮肤黑色素瘤中的作用及其分子机制 | 皮肤黑色素瘤中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三个皮肤黑色素瘤病例 |
| 1259 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics and chromatin accessibility profiling elucidate the kidney-protective mechanism of mineralocorticoid receptor antagonists
2024-Jan-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI157165
PMID:37906287
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研究论文 | 本文使用单细胞转录组学和染色质可及性分析来阐明矿物皮质激素受体拮抗剂的肾脏保护机制 | 研究揭示了矿物皮质激素的靶基因和细胞类型，以及不同拮抗剂在高血压和心肾损伤模型中的保护作用 | 主要在大鼠模型中进行研究，可能在临床应用上存在局限性 | 探讨矿物皮质激素受体拮抗剂对高血压相关肾病的保护机制 | 矿物皮质激素拮抗剂及其在大鼠模型中的应用 | 数字病理学 | 高血压相关肾病 | 单细胞表达分析和染色质可及性分析 | 大鼠模型 | 基因表达数据，细胞类型数据 | 大鼠模型，样本数量未具体说明 |
| 1260 | 2024-08-07 |
Establishment and characterization of a recurrent malignant peripheral nerve sheath tumor cell line: RsNF
2024-Jan, Human cell
IF:3.4Q3
DOI:10.1007/s13577-023-01000-7
PMID:37938540
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研究论文 | 本文建立并描述了一种复发性恶性周围神经鞘瘤细胞系RsNF，该细胞系源自NF1患者，并通过全外显子测序检测到NF1和SUZ12体细胞突变。 | 通过肿瘤分子标记物靶向测序和单细胞转录组测序，发现该细胞系中染色体7的拷贝数变异增加，并过度表达ZNF804B和EGFR等基因。 | NA | 研究恶性周围神经鞘瘤的肿瘤异质性并开发多样化的治疗选择。 | 复发性恶性周围神经鞘瘤细胞系RsNF。 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 全外显子测序 | NA | 基因组数据 | 单个细胞系 |