单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1241	2024-08-05	Cross-talk of pyroptosis-based subtypes, the development of a risk classifier and immune responses in cervical cancer 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3566 PMID:37469224	研究论文	该文章探讨了基于炎性坏死的亚型、风险分类器的开发以及宫颈癌中的免疫响应	提出了一个基于52个与炎性坏死相关基因的风险分类器，并发现CDH3在宫颈癌中的作用	未提及具体限制，可能包括样本量或特定基因的局限性	评估宫颈癌的预后和免疫代谢状态	宫颈癌患者的不同亚型和相关基因	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序分析	风险分类模型	基因表达数据	结合了两个独立的宫颈癌队列，样本规模为501（259和242）
1242	2024-08-07	COL3A1-positive endothelial cells influence LUAD prognosis and regulate LUAD carcinogenesis by NCL-PI3K-AKT axis 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3573 PMID:37547956	研究论文	本文研究了COL3A1阳性内皮细胞对肺腺癌（LUAD）预后和致癌过程的影响，并探讨了NCL-PI3K-AKT轴的作用。	首次揭示了COL3A1阳性内皮细胞在LUAD发展中的重要作用，并识别了关键目标基因NCL及其通过PI3K-AKT途径影响细胞凋亡和增殖的机制。	NA	探讨COL3A1阳性内皮细胞对LUAD预后和致癌过程的影响，并研究NCL-PI3K-AKT轴的作用。	肺腺癌（LUAD）中的内皮细胞和恶性细胞。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	16个LUAD样本
1243	2024-08-07	Cytotoxic T-lymphocytes in acute myeloid leukemia: Monitoring prognosis and guiding treatment choice 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3587 PMID:37697474	研究论文	本研究强调了细胞毒性T淋巴细胞（CTL）在急性髓系白血病（AML）中的作用，并探讨了CTL的细胞遗传学标记在监测AML预后和临床治疗反应中的作用。	本研究建立了基于CTL细胞遗传学标记的随机森林回归模型，有助于AML的预后分层，并可能指导AML患者的治疗选择。	NA	研究CTL在急性髓系白血病中的作用及其在监测预后和指导治疗选择中的应用。	急性髓系白血病（AML）患者的细胞毒性T淋巴细胞（CTL）及其细胞遗传学标记。	NA	白血病	单细胞RNA测序	随机森林模型	单细胞RNA测序数据	GSE116256数据集中包含的AML细胞类型
1244	2024-08-07	Machine learning reveals PANoptosis as a potential reporter and prognostic revealer of tumour microenvironment in lung adenocarcinoma 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3599 PMID:37800684	研究论文	本研究通过整合多种细胞死亡模式构建PANoptosis基因集，并利用单细胞RNA测序数据分析其在肺腺癌中的作用	首次将PANoptosis作为肿瘤微环境的潜在报告和预后标志物进行研究	研究样本量较小，需要进一步在大规模样本中验证	探索PANoptosis在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境和免疫调控的关系	肺腺癌及其相关的PANoptosis基因集	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	11个肺腺癌样本
1245	2024-08-07	Immune infiltration and clinical significance analyses of the cancer-associated fibroblast-related signature in skin cutaneous melanoma 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3614 PMID:37847069	研究论文	本研究旨在建立与皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，以提供新的视角来指示SKCM患者的预后和指导治疗方案	构建了一个包含10个基因的CAF相关模型，该模型能够预测患者的生存预后、肿瘤免疫景观及对化疗/免疫治疗的反应	NA	建立CAF相关特征以指示SKCM患者的预后和指导治疗方案	皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的CAF相关基因和治疗反应	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组分析	基因共表达分析	基因表达数据	TCGA-SKCM队列中的SKCM样本
1246	2024-08-07	Macrophage heterogeneity in atherosclerosis: A matter of context 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350464 PMID:37943053	综述	本文综述了在动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性和功能特化，探讨了其在疾病发展中的多样性来源和作用	强调了巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化，以及局部微环境对其表型和功能的影响	主要集中在综述现有研究，未涉及具体实验数据或新发现	探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化，以及局部微环境对其的影响	巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1247	2024-08-07	Exploring the mechanism underlying the therapeutic effects of butein in colorectal cancer using network pharmacology and single-cell RNA sequencing data 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3628 PMID:37963584	研究论文	本研究通过网络药理学和单细胞RNA测序数据探索了白藜芦醇在结直肠癌中的治疗机制，并识别了潜在的生物标志物。	本研究结合网络药理学和单细胞分析，揭示了白藜芦醇在结直肠癌中的作用机制，并发现UBE2C作为一个有前景的生物标志物。	NA	揭示白藜芦醇在结直肠癌中的精确作用机制，并识别潜在的生物标志物。	白藜芦醇在结直肠癌中的作用机制及潜在生物标志物。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	232个白藜芦醇的目标基因，520个疾病相关基因，727个疾病-药物-基因网络中的目标，56个关键基因。
1248	2024-08-07	Prognosis and therapy in thyroid cancer by gene signatures related to natural killer cells 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3657 PMID:38282150	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了与自然杀伤细胞相关的基因风险特征，用于预测甲状腺癌的预后和治疗	首次利用自然杀伤细胞相关的基因KLF2、OSTF1和TAPBP构建了甲状腺癌的新型预后风险特征	NA	开发与自然杀伤细胞相关的基因风险特征，用于预测甲状腺癌的预后	甲状腺癌患者	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox分析	RNA测序数据	7个甲状腺癌样本和502名甲状腺癌患者
1249	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the underlying mechanism of folliculotropism in folliculotropic mycosis fungoides 2024-Jan, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14992 PMID:38284188	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1250	2024-08-07	The activator protein-1 complex governs a vascular degenerative transcriptional programme in smooth muscle cells to trigger aortic dissection and rupture 2024-Jan-27, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehad534 PMID:37992083	研究论文	本文研究了激活蛋白-1复合体在平滑肌细胞中调控血管退行性转录程序，从而触发主动脉夹层和破裂的机制	首次揭示了激活蛋白-1复合体在主动脉夹层发展中的动态作用，并提出了通过调节肿瘤坏死因子-氧化磷酸化-激活蛋白-1轴来干预主动脉重塑的新策略	研究主要基于单细胞RNA测序和动物模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨激活蛋白-1复合体在主动脉夹层中的作用机制，并寻找潜在的治疗干预策略	主动脉夹层患者和心脏移植患者的升主动脉组织，以及平滑肌细胞	心血管疾病	主动脉夹层	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组	9名升主动脉置换患者和5名心脏移植患者的升主动脉组织，以及93,397个细胞
1251	2024-08-05	Glomerular spatial transcriptomics of IgA nephropathy according to the presence of mesangial proliferation 2024-01-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52581-8 PMID:38278877	研究论文	本研究探讨了根据系膜增生的存在，IgA肾病（IgAN）肾小球的基因表达谱	使用空间特异性转录组分析，揭示了M1-IgAN与对照之间基因表达的显著差异	研究仅涵盖了12个病例，且各病例仅分析了三个肾小球	研究IgAN中系膜增生对肾小球基因表达的影响	IgAN患者及供体控制样本的肾小球组织	数字病理学	肾病	GeoMx数字空间分析	NA	基因表达数据	12个病例，分析每个病例的3个肾小球
1252	2024-08-07	Multi-omics reveals the role of ENO1 in bladder cancer and constructs an epithelial-related prognostic model to predict prognosis and efficacy 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52573-8 PMID:38273010	研究论文	研究探讨ENO1在膀胱癌中的作用，并通过多组学分析构建了一个与上皮细胞相关的预测模型，用于预测膀胱癌的预后和治疗反应	通过多组学分析揭示了ENO1在膀胱癌中的高表达及其与不良预后、CD8+ T细胞耗竭和上皮异质性的关联，并构建了一个新的预测模型	NA	探索ENO1在膀胱癌中的作用，并构建一个预测膀胱癌预后和治疗反应的模型	ENO1在膀胱癌中的表达及其对预后和治疗反应的影响	数字病理学	膀胱癌	IHC, RNA-seq, scRNA-seq	LASSO分析	组织样本, 细胞样本	249个关键基因
1253	2024-08-07	Identification of gene signatures and molecular mechanisms underlying the mutual exclusion between psoriasis and leprosy 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52783-0 PMID:38273053	研究论文	本研究旨在揭示牛皮癣和麻风病相互排斥的分子机制，通过分析差异表达基因和富集分析，识别出关键的相互排斥基因并探讨其与免疫细胞浸润的关系。	本研究首次识别出APOE, CYP27A1, 和SOAT1作为牛皮癣和麻风病相互排斥的关键基因，并通过胆固醇代谢途径解释了两者之间的负相关机制。	本研究主要基于数据库中的数据进行分析，未来需要更多的实验验证和临床数据支持。	揭示牛皮癣和麻风病相互排斥的分子机制	牛皮癣和麻风病的差异表达基因及相互排斥机制	NA	牛皮癣, 麻风病	DEseq2, 单样本基因集富集分析 (ssGSEA)	蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络	基因表达数据	1098个差异表达基因在麻风病数据集中，3839个差异表达基因在牛皮癣数据集中
1254	2024-08-07	Exploring Immune Cell Diversity in the Lacrimal Glands of Healthy Mice: A Single-Cell RNA-Sequencing Atlas 2024-Jan-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25021208 PMID:38279208	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和生物信息学分析，探索了正常小鼠泪腺中的免疫细胞多样性及其分子特征	首次详细描述了泪腺中18种不同细胞簇和26种免疫细胞亚群的多样性及其细胞间相互作用	NA	深入了解泪腺中的免疫系统及其与相关疾病的关系	小鼠泪腺中的免疫细胞及其分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	Seurat聚类	细胞	34,891个细胞
1255	2024-08-05	Application of Single-Cell Sequencing Technology in Research on Colorectal Cancer 2024-Jan-18, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm14010108 PMID:38248808	综述	本文概述了单细胞测序技术在结直肠癌研究中的应用	文章聚焦于单细胞测序在揭示肿瘤异质性和新药靶点方面的创新应用	NA	加强对结直肠癌发展和肿瘤微环境的理解	结直肠癌的肿瘤异质性、循环肿瘤细胞及新药靶点	数字病理	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组和表观遗传数据	NA
1256	2024-08-05	Integrating TCGA and Single-Cell Sequencing Data for Hepatocellular Carcinoma: A Novel Glycosylation (GLY)/Tumor Microenvironment (TME) Classifier to Predict Prognosis and Immunotherapy Response 2024-Jan-13, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14010051 PMID:38248854	研究论文	该研究开发了一种基于糖基化相关基因和肿瘤微环境评分的分类器，用于改善肝细胞癌的预后预测和免疫治疗反应	提出了一个新的糖基化/肿瘤微环境分类器，能够更好地预测临床结果	对驱动肿瘤微环境中免疫细胞变异的分子途径了解不足	旨在通过开发GLY/TME分类器来改善肝细胞癌的预后预测	研究肝细胞癌中的糖基化相关基因与肿瘤微环境的关系	数字病理学	肝癌	单细胞测序	分类器	基因表达数据	NA
1257	2024-08-05	Single-cell data revealed CD14-type and FCGR3A-type macrophages and relevant prognostic factors for predicting immunotherapy and prognosis in stomach adenocarcinoma 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16776 PMID:38274323	研究论文	该研究通过单细胞测序技术识别了胃腺癌中的关键细胞类型和相关预后因子	研究首次构建了用于预测胃腺癌患者免疫疗法反应和预后的单细胞图谱及风险评分模型	研究结果基于单细胞数据和公共数据库，可能存在样本偏倚和外部验证不足	探讨胃腺癌中的细胞异质性及其与免疫疗法和预后的相关性	胃腺癌患者的单细胞数据及免疫微环境中的巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO COX模型	基因表达数据	涉及的样本数量在700个以上的巨噬细胞亚群和其他细胞类型
1258	2024-08-07	A multidimensional atlas of human glioblastoma-like organoids reveals highly coordinated molecular networks and effective drugs 2024-Jan-26, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00500-5 PMID:38273014	研究论文	本研究利用先进的人类胶质母细胞瘤样类器官模型，通过单细胞转录组、DNA甲基化组、代谢组、脂质组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析，全面表征了这些模型，并发现了遗传异质性对功能异质性的影响，以及NF1突变驱动的间质特征。	首次全面表征了人类胶质母细胞瘤样类器官模型，并发现了甘油脂质重编程是胶质母细胞瘤的标志，同时基于这些模型提供了基因型基础的药物参考图谱。	NA	旨在提供新的人类胶质母细胞瘤模型，并为有效的胶质母细胞瘤治疗提供研究路径。	人类胶质母细胞瘤样类器官模型及其分子网络和有效药物。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组、DNA甲基化组、代谢组、脂质组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析	NA	多组学数据	NA
1259	2024-08-07	Single cell multi-omics of fibrotic kidney reveal epigenetic regulation of antioxidation and apoptosis within proximal tubule 2024-Jan-25, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05118-1 PMID:38270638	研究论文	本研究利用单细胞多组学技术探讨了纤维化肾脏中近端小管的表观遗传调控机制	首次揭示了在纤维化过程中，近端小管中Sod1和Sod2 mRNA表达减少的表观遗传调控机制，并验证了Nfix转录因子促进Ifi27表达与细胞凋亡的关系	研究主要基于单细胞测序数据和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索纤维化肾脏中近端小管的转录动态和表观遗传调控机制	纤维化肾脏中的近端小管细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据	使用来自GEO数据库的数据和人类活检样本
1260	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Cellular Landscape of Longissimus Dorsi in a Newborn Suhuai Pig 2024-Jan-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25021204 PMID:38256277	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，构建了新生苏淮猪背最长肌的细胞图谱，并分析了细胞间的相互作用及其在肌肉发育中的作用	首次在单细胞水平上揭示了新生苏淮猪背最长肌的细胞组成和细胞间相互作用，并探讨了成纤维脂肪前体细胞的异质性及其在肌肉发育中的潜在作用	NA	研究新生苏淮猪背最长肌的细胞组成和细胞间相互作用，以及这些细胞在肌肉发育和肉质控制中的分子特征	新生苏淮猪背最长肌的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	16,018个细胞