单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1221	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Sequence Profiling on the Morphogenesis of Secondary Hair Follicles in Ordos Fine-Wool Sheep 2024-Jan-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25010584 PMID:38203755	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生过程中的分子机制	首次揭示了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生的分子机制，并通过伪时间分析构建了真皮系细胞和表皮系细胞的分化轨迹	NA	旨在分析Ordos细毛羊毛囊形成过程中的分子机制，以改善其纤维直径和羊毛产量	Ordos细毛羊的次级毛囊形态发生	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
1222	2024-08-05	Integrated Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data Constructs and Validates a Prognostic Model for Non-small Cell Lung Cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90768 PMID:38213729	研究论文	本研究整合了传统的肿瘤大块RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了非小细胞肺癌的预后模型	该研究创新性地将单细胞RNA-seq数据与大块RNA-seq数据相结合，并纳入临床特征来构建预后模型	研究未提及样本的长期随访数据与模型的外部验证	研究旨在为非小细胞肺癌患者开发精确的预后模型	研究对象为非小细胞肺癌患者的数据，包括基因表达和临床特征	数字病理学	肺癌	RNA-seq	LASSO和Cox回归模型	基因表达数据	参与研究的样本数量未明确提及
1223	2024-08-05	Batch correction of single-cell sequencing data via an autoencoder architecture 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad186 PMID:38213820	研究论文	本文开发了一种基于自编码器的批次校正方法，用于整合单细胞测序数据集	提出了一种半监督深度学习架构，能有效去除批次效应并保持生物信号	未提及特定的限制	解决单细胞测序数据集中批次效应的问题	多个来自不同来源的单细胞测序数据集	数字病理学	NA	深度学习	自编码器	基因表达数据	四个单细胞测序数据集
1224	2024-08-05	Multi-omics identification of GPCR gene features in lung adenocarcinoma based on multiple machine learning combinations 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90990 PMID:38213730	研究论文	本研究通过多组学分析识别肺腺癌中的GPCR基因特征	构建了包含10种机器学习算法及其多重组合的新机器学习框架，以建立共识GPCR相关特征	未在不同类型的肺腺癌样本中进行广泛验证	旨在识别与肺腺癌预后相关的GPCR基因特征	肺腺癌中的GPCR相关基因	机器学习	肺癌	单细胞转录组学, 大规模转录组学, RT-qPCR	多重机器学习组合	基因组数据, 转录组数据	单细胞和大规模转录组数据涉及的样本数量未具体说明
1225	2024-08-07	PRMT1 Integrates Immune Microenvironment and Fatty Acid Metabolism Response in Progression of Hepatocellular Carcinoma 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S443130 PMID:38213310	研究论文	本研究探讨了蛋白精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	首次详细研究了PRMT1在HCC中的表达与免疫细胞浸润及脂肪酸代谢的关系，并探讨了其潜在的生物学机制	研究主要基于单细胞RNA测序和临床病理数据，未来研究需要更多的实验验证和临床试验	探究PRMT1在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	肝细胞癌（HCC）及其免疫微环境和脂肪酸代谢	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
1226	2024-08-07	Biomarkers of UVB radiation-related senescent fibroblasts 2024-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-51058-4 PMID:38195709	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了UVB辐射下和正常对照小鼠皮肤细胞的差异表达基因，鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物。	首次在单细胞水平上鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物，并探讨了其与细胞免疫炎症的关系及潜在药物靶点。	研究仅限于小鼠皮肤细胞，未来需在人类皮肤样本中进一步验证。	旨在理解光老化过程中皮肤细胞的生物功能特性及分子改变，为开发抗光老化干预措施提供新思路。	UVB辐射下和正常对照的小鼠皮肤细胞。	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	Seurat	RNA测序数据	GSE173385数据集中的UVB辐射和正常对照小鼠皮肤样本
1227	2024-08-07	IL-4-secreting CD40L+ MAIT cells support antibody production in the peripheral blood of Heonch-Schönlein purpura patients 2024-Jan, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-023-01816-x PMID:38147125	研究论文	本研究探讨了Henoch-Schönlein紫癜（HSP）患者外周血中MAIT细胞的表型和功能	发现HSP患者中的MAIT细胞表现出更激活的表型，并具有Th2样特征，能够产生更多的IL-4和IL-5，且IL-4与HSP患者血清中的IgA水平相关	NA	探索HSP患者外周血中MAIT细胞的表型和功能	HSP患者和健康供者（HDs）的外周血样本中的MAIT细胞	免疫学	Henoch-Schönlein紫癜	流式细胞术，单细胞RNA测序，细胞因子结合阵列（CBA）	NA	血液样本	HSP患者和健康供者的血液样本
1228	2024-08-07	Single-cell transcriptional profiling reveals aberrant gene expression patterns and cell states in autoimmune diseases 2024-Jan, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2023.12.010 PMID:38159454	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮患者的细胞类型和状态	首次在单细胞水平上全面描绘了这些自身免疫性疾病的细胞类型和状态，揭示了异常的基因表达模式和细胞状态	研究样本仅包括17名未经治疗的患者和10名健康对照，样本量相对较小	旨在更好地理解自身免疫性疾病的发病机制和治疗方法	多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	17名未经治疗的患者和10名健康对照，共分析了153550个细胞
1229	2024-08-07	Integrative Analyses of Pyrimidine Salvage Pathway-Related Genes Revealing the Associations Between UPP1 and Tumor Microenvironment 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S440295 PMID:38204987	研究论文	本研究通过综合分析六种与嘧啶补救途径相关的基因（CDA, UCK1, UCK2, UCKL1, UPP1, UPP2），探讨了UPP1与肿瘤微环境的关系	首次全面分析了嘧啶补救途径相关基因在多种癌症中的作用，特别是UPP1与肿瘤微环境的关联	NA	旨在描绘嘧啶补救途径相关基因在不同癌症中的特征	嘧啶补救途径相关基因及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术, 组织微阵列	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据	使用了TCGA数据集, 单细胞RNA测序数据集及患者样本
1230	2024-08-05	ImmunoPET imaging of Trop2 expression in solid tumors with nanobody tracers 2024-Jan, European journal of nuclear medicine and molecular imaging IF:8.6Q1 DOI:10.1007/s00259-023-06454-3 PMID:37792026	研究论文	本文研究了使用纳米抗体探针在固体肿瘤中进行Trop2表达的免疫正电子发射成像（immunoPET）	构建了特异性针对Trop2的免疫PET探针，并评估了其在前临床胰腺癌和胃癌模型中的诊断能力	文中未提及样本量的具体大小及其对结果的影响	评估Trop2在胰腺癌和胃癌中的表达及其作为靶向治疗的潜力	胰腺癌细胞系及其相关患者来源的胃癌模型	数字病理学	胰腺癌，胃癌	免疫正电子发射成像（immunoPET）	NA	组织微阵列，单细胞测序	未明确提及具体样本量
1231	2024-08-07	Altered bile acid metabolism in skin tissues in response to ionizing radiation: deoxycholic acid (DCA) as a novel treatment for radiogenic skin injury 2024, International journal of radiation biology IF:2.1Q2 DOI:10.1080/09553002.2023.2245461 PMID:37540505	研究论文	研究放射性皮肤损伤（RSI）中胆汁酸（BAs）及其衍生物的代谢变化，并探讨去氧胆酸（DCA）作为治疗RSI的新疗法	发现放射性皮肤损伤中胆汁酸代谢的显著变化，并证实去氧胆酸（DCA）具有促进伤口愈合和减轻表皮增生的作用	NA	探究放射性皮肤损伤中胆汁酸及其衍生物的代谢变化	放射性皮肤损伤中的胆汁酸代谢	NA	NA	液相色谱-质谱联用（LC-MS），单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	大鼠皮肤组织，放射性皮肤损伤的人类和动物模型
1232	2024-08-07	Decreased CNNM2 expression in prefrontal cortex affects sensorimotor gating function, cognition, dendritic spine morphogenesis and risk of schizophrenia 2024-Jan, Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology IF:6.6Q1 DOI:10.1038/s41386-023-01732-y PMID:37715107	研究论文	本研究通过全基因组关联研究（GWAS）和数量性状位点（QTL）分析，发现CNNM2基因在额叶皮层中的表达降低影响感觉运动门控功能、认知、树突棘形态发生以及精神分裂症的风险	首次揭示CNNM2基因在精神分裂症发病机制中的重要作用，并通过小鼠模型和蛋白质组学分析验证了其与精神分裂症内表型的关联	NA	旨在识别与精神分裂症风险相关的基因，并探讨其分子机制	CNNM2基因在额叶皮层中的表达及其对感觉运动门控功能、认知和树突棘形态发生的影响	神经科学	精神分裂症	全基因组关联研究（GWAS）、数量性状位点（QTL）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	使用PsychENCODE、ROSMAP和Banner数据库中的额叶皮层表达QTL（eQTL）和蛋白质QTL（pQTL）数据集
1233	2024-08-07	Single-Cell Mapping of Brain Myeloid Cell Subsets Reveals Key Transcriptomic Changes Favoring Neuroplasticity after Ischemic Stroke 2024-Jan, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-023-01109-7 PMID:37755676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，描绘了脑缺血后梗死周边区域的免疫细胞组成和转录特征，揭示了微胶质细胞和单核细胞衍生巨噬细胞在促进神经再生中的作用	首次详细描述了脑缺血后梗死周边区域免疫细胞的单细胞转录组特征，特别是微胶质细胞和单核细胞衍生巨噬细胞在神经再生中的作用	NA	探究脑缺血后免疫细胞在促进神经可塑性和神经再生中的作用	脑缺血后梗死周边区域的免疫细胞	数字病理学	脑血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
1234	2024-08-05	Integrated analysis of necroptosis related gene signature to predict clinical outcomes, immune status and drug sensitivity in lower grade Glioma 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23947 PMID:38192784	研究论文	本研究开发了一种可靠的坏死性凋亡相关基因特征，以预测低级别胶质瘤患者的预后	首次建立了基于坏死性凋亡相关基因的风险评分模型，揭示了其在低级别胶质瘤中的作用	未详细探讨坏死性凋亡在所有低级别胶质瘤中的作用机制	研究坏死性凋亡相关基因在低级别胶质瘤中的预后和免疫状态的影响	低级别胶质瘤患者	数字病理学	低级别胶质瘤	基因表达分析、功能富集分析、共识聚类分析、单细胞测序	风险评分模型	基因表达数据	七个预后机械基因的样本
1235	2024-08-07	StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1063 PMID:37953308	研究论文	StemDriver是一个专注于血液干细胞命运决定中基因功能注释的综合知识库	利用单细胞RNA测序数据成功构建了从血液干细胞初始形成到成熟细胞的全面谱系图，并进行了广泛的基因表达特征探索和表征	NA	构建一个全面的知识库，用于血液干细胞命运决定中基因功能的注释	血液干细胞命运决定中的基因功能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涵盖42项研究，包括从胚胎期到成年的14种组织类型，评估了23,839个人类样本基因和29,533个鼠样本基因
1236	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals ferrimagnetic vortex iron oxide nanoring-mediated mild magnetic hyperthermia exerts antitumor effects by alleviating macrophage suppression in breast cancer 2024-Jan, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2023.115954 PMID:38039753	研究论文	该文章探讨了铁氧体旋涡铁氧化物纳米环介导的温和磁热疗法（FVIO-MHT）对乳腺癌肿瘤微环境的影响	本研究利用单细胞转录组测序揭示FVIO-MHT通过改善巨噬细胞的抑制作用来增强抗肿瘤效果	研究未明确揭示FVIO-MHT在其他类型肿瘤微环境中的影响	研究FVIO-MHT在乳腺癌治疗中的潜力及其对肿瘤微环境的影响	主要集中在乳腺癌的肿瘤微环境及巨噬细胞的变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	NA	NA
1237	2024-08-07	Patch-seq: Multimodal Profiling of Single-Cell Morphology, Electrophysiology, and Gene Expression 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3621-3_15 PMID:38194038	研究论文	本文介绍了Patch-seq技术，该技术结合了全细胞膜片钳记录、免疫组织化学和单细胞RNA测序，用于全面分析单细胞的形态学、电生理学和转录组学特征	Patch-seq技术首次实现了对单细胞多模态特征的综合分析，包括形态学、电生理学和基因表达模式	NA	探索细胞间丰富的多维表型变异，并在单细胞水平上直接关联基因表达与表型	单细胞的形态学、电生理学和基因表达模式	NA	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	形态学、电生理学和转录组数据	单个细胞
1238	2024-08-07	Resistance to PRMT5-targeted therapy in mantle cell lymphoma 2024-Jan-09, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023010554 PMID:38193716	研究论文	研究了蛋白精氨酸甲基转移酶5（PRMT5）靶向治疗在套细胞淋巴瘤（MCL）中的抗药性问题	发现mTOR信号通路的激活是PRMT5抑制剂抗药性的关键因素，并验证了mTORC1抑制剂temsirolimus在克服PRMT5抑制剂抗药性中的疗效	研究主要基于细胞系和患者来源的异种移植（PDX）模型，需要进一步的临床试验验证	探讨PRMT5靶向治疗在MCL中的抗药性机制及潜在的克服策略	套细胞淋巴瘤细胞系和患者来源的异种移植模型	NA	淋巴瘤	RNA测序	NA	RNA	敏感细胞系4个，初级抗性细胞系4个，抗性PDX模型若干
1239	2024-08-07	Adverse effects of gestational diabetes mellitus on fetal monocytes revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108637 PMID:38188508	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康母亲和妊娠糖尿病（GDM）母亲胎儿脐带血单核细胞的转录组数据，揭示了GDM对胎儿单核细胞的不良影响。	首次揭示了GDM母亲胎儿脐带血中单核细胞的特征性变化，包括炎症相关通路下调和增殖相关通路上调，以及CXCL8+IL1B+亚群的扩增和功能增强。	研究仅限于脐带血单核细胞的分析，未涉及其他组织或细胞类型，可能需要进一步研究以全面理解GDM对胎儿的影响。	探讨妊娠糖尿病对胎儿单核细胞的影响及其潜在机制。	健康母亲和GDM母亲胎儿的脐带血单核细胞。	数字病理学	妊娠糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括健康和GDM母亲胎儿的脐带血单核细胞，以及儿童和青少年外周血单核细胞和动脉粥样硬化斑块中的髓样细胞。
1240	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of pea shoot development and cell-type-specific responses to boron deficiency 2024-Jan, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.16487 PMID:37794835	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了豌豆芽发育及细胞类型特异性响应硼缺乏的情况	相较于传统的整体组织RNA测序分析，本研究能够捕捉到细胞类型特异性的响应，揭示了硼缺乏对植物生理响应的重要性	NA	旨在理解营养胁迫如何影响植物生长，并探索提高作物在营养限制条件下产量的方法	豌豆芽的发育及对硼缺乏的细胞类型特异性响应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	豌豆芽的顶端细胞