单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1392 篇文献，本页显示第 1221 - 1240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1221 | 2024-08-05 |
DiSignAtlas: an atlas of human and mouse disease signatures based on bulk and single-cell transcriptomics
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad961
PMID:37930831
|
研究论文 | DiSignAtlas是一个基于转录组学的人类和小鼠疾病特征图谱 | 本研究提供了一个综合性的疾病特征库，涵盖了广泛的疾病类型和转录组特征 | 没有提到具体的局限性 | 建立全面的疾病特征数据库 | 涵盖1836种非冗余疾病类型的人类和小鼠转录组数据 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 181434个转录组特征，包含10306个比较数据集 |
| 1222 | 2024-08-05 |
SCAN: Spatiotemporal Cloud Atlas for Neural cells
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad895
PMID:37930842
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研究论文 | 本文提出了一种新的数据库SCAN，旨在系统性地解析神经系统的细胞异质性和空间位置 | 创新点在于整合了大量的单细胞RNA测序和空间转录组学数据，提供了新的交互式数据探索平台 | 数据整合和分析的效率仍然是一个挑战 | 研究目标是解密神经系统的细胞异质性并促进神经疾病的诊断策略发展 | 研究对象包括10679684个神经系统细胞以及900多种生物的多组学数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病，帕金森病，唐氏综合症等神经疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 细胞数据，组学数据 | 10679684个细胞 |
| 1223 | 2024-08-05 |
TFAP2 paralogs regulate midfacial development in part through a conserved ALX genetic pathway
2024-Jan-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202095
PMID:38063857
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研究论文 | 这篇文章展示了TFAP2家族成员在脊椎动物中调控中面部发育的作用 | 研究首次揭示了TFAP2家族成员通过激活ALX转录因子基因表达来参与中面部发育的调控 | 在晚期迁移阶段进行的实验可能未能捕捉到更早期基因调控网络的变化 | 探究TFAP2家族成员如何影响中面部发育的机制 | 小鼠和斑马鱼的神经嵴细胞 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 包括小鼠和斑马鱼的多样本 |
| 1224 | 2024-08-05 |
Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160301
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研究论文 | 本研究探讨了通过常规染色的组织切片推断空间转录组学信息，以增强对皮肤光老化的大规模分子评估 | 创新点在于利用常规H&E染色切片推断空间转录组学信息，克服了当前方法的局限性 | 当前方法依赖于10x Genomics空间转录组学实验的高成本和患者间的变异性，限制了大规模分子流行病学研究的范围 | 研究皮肤光老化的空间转录组学特征，以改进评估和疗法发展 | 研究对象为来自261个皮肤样本的四名患者的组织切片 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 四名患者的261个皮肤样本 |
| 1225 | 2024-08-07 |
Identification of Cancer Stem Cell-related Gene by Single-cell and Machine Learning Predicts Immune Status, Chemotherapy Drug, and Prognosis in Lung Adenocarcinoma
2024, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
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研究论文 | 本研究旨在基于癌症干细胞相关基因识别肺腺癌的分子类型和预后模型 | 本研究首次构建了一个基于8个基因的预后模型，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | NA | 识别肺腺癌的分子类型和预后模型 | 肺腺癌的分子类型和预后模型 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA-seq | LASSO Cox回归分析 | 单细胞RNA测序数据 | 使用了来自TCGA数据库的肺腺癌临床信息和RNA-seq数据，以及来自GEO数据库的scRNA数据集GSE131907和5个GSE数据集 |
| 1226 | 2024-08-07 |
Identification of Stem Cell-related Gene Markers by Comprehensive Transcriptome Analysis to Predict the Prognosis and Immunotherapy of Lung Adenocarcinoma
2024, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
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研究论文 | 本研究通过综合转录组分析识别与肺腺癌预后和免疫治疗相关的干细胞相关基因标记 | 开发了一种新的癌症干细胞评估指标和一个4基因标记，用于评估肺腺癌对免疫检查点阻断疗法或抗肿瘤治疗的反应 | NA | 评估肺腺癌细胞的干细胞特性及其对预后和免疫治疗的影响 | 肺腺癌中的癌症干细胞及其相关基因标记 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | 4个样本，共3455个恶性细胞 |
| 1227 | 2024-08-07 |
Biallelic COQ4 Variants in Hereditary Spastic Paraplegia: Clinical and Molecular Characterization
2024-Jan, Movement disorders : official journal of the Movement Disorder Society
IF:7.4Q1
DOI:10.1002/mds.29664
PMID:38014483
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研究论文 | 本研究旨在确认双等位COQ4突变在遗传性痉挛性截瘫（HSP）中的致病作用，并阐明COQ4相关HSP的临床、遗传和功能分子特征 | 首次确认了双等位COQ4突变在HSP中的致病作用，并揭示了这些突变与线粒体功能障碍和疾病表型严重性之间的关系 | NA | 确认双等位COQ4突变在HSP中的致病作用，并阐明COQ4相关HSP的临床、遗传和功能分子特征 | 310名原因不明的HSP患者及其临床数据，以及COQ4突变的功能分子特征 | NA | 遗传性痉挛性截瘫 | 全外显子测序、单细胞RNA测序、生物化学细胞系分析、诱导多能干细胞衍生的锥体神经元和斑马鱼模型 | NA | 基因序列、临床数据、细胞和动物模型 | 310名HSP患者，6个无关家族中的7名患者，以及多种细胞和动物模型 |
| 1228 | 2024-08-07 |
Single cell RNA sequencing reveals endothelial cell killing and resolution pathways in experimental malaria-associated acute respiratory distress syndrome
2024-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011929
PMID:38236930
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了实验性疟疾相关急性呼吸窘迫综合征（MA-ARDS）中内皮细胞杀伤和解决途径 | 本研究首次通过单细胞RNA测序分析了MA-ARDS中内皮细胞的杀伤和解决途径，并利用MultiNicheNet交互组分析确定了疾病解决过程中配体-受体交互的重要变化 | 本研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究疟疾相关急性呼吸窘迫综合征的解决机制，以促进内皮细胞增殖和限制炎症 | 疟原虫感染的小鼠模型及其肺部内皮细胞 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | P. berghei NK65感染的C57BL/6小鼠 |
| 1229 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the epithelial cell, fibroblast, and key gene alterations in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2024-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52341-8
PMID:38280891
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中上皮细胞、成纤维细胞及关键基因的改变 | 首次在单细胞水平上揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中上皮细胞和成纤维细胞的动态变化及关键基因WFDC2和CCL26的作用 | NA | 探究慢性鼻窦炎伴鼻息肉发展过程中上皮细胞和成纤维细胞的变化及其关键基因 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的上皮细胞、成纤维细胞及关键基因 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1230 | 2024-08-07 |
A resource of single-cell gene expression profiles in a planarian Dugesia japonica
2024-Jan, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12893
PMID:37779230
|
研究论文 | 本文收集了Dugesia japonica细胞并进行了单细胞RNA测序分析，通过一种新颖的自动迭代细胞聚类策略，生成了包含3,404个细胞的数据集，这些细胞可根据基因表达谱分为63种细胞类型 | 引入了一种新颖的自动迭代细胞聚类策略，生成了包含3,404个细胞的数据集，并展示了该数据集在功能相关基因表达分析中的应用 | NA | 研究Dugesia japonica中的干细胞和再生机制 | Dugesia japonica的单细胞基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 3,404个细胞 |
| 1231 | 2024-08-07 |
Intratumor APOL3 delineates a distinctive immunogenic ferroptosis subset with prognosis prediction in colorectal cancer
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16009
PMID:37986654
|
研究论文 | 本研究探讨了APOL3在结直肠癌中的表达及其对预后和生物学预测价值的影响 | APOL3被发现促进免疫活性微环境，通过促进铁死亡、下调巨噬细胞和上调CD8+ T细胞浸润，作为独立预后因子和预测标志物 | NA | 研究APOL3在结直肠癌中的表达及其对预后和生物学预测价值的影响 | APOL3在结直肠癌中的表达及其生物学功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录数据, 蛋白质表达 | 911个肿瘤微阵列样本, 412个转录数据样本, 30个单细胞RNA测序样本 |
| 1232 | 2024-08-07 |
Identification of target cells of human papillomavirus 18 using squamocolumnar junction organoids
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15988
PMID:37996972
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研究论文 | 本研究通过建立HPV18LCR-GFP载体并将其转导至患者来源的鳞状柱状交界处类器官，以识别HPV18感染的细胞并阐明其复制机制 | 本研究建立了一种新的实验模型，用于识别HPV18早期启动子活性的相关基因，这些分子可能作为HPV18感染宫颈病变的治疗靶点 | NA | 识别HPV18感染的细胞并阐明其复制机制 | HPV18感染的细胞及其复制机制 | NA | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | GFP阳性细胞和GFP阴性细胞 |
| 1233 | 2024-08-07 |
A novel iTreg-related signature for prognostic prediction in lung adenocarcinoma
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16015
PMID:38015097
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研究论文 | 本研究探讨了诱导性调节T细胞（iTregs）相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后价值和治疗效果 | 构建了一个基于七个iTreg相关基因的预后风险特征，用于预测肺腺癌患者的预后和化疗敏感性 | NA | 识别肺腺癌的新型预后生物标志物 | 肺腺癌患者及其iTreg相关基因 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | Cox回归分析 | RNA测序数据 | 数据来自The Cancer Genome Atlas、Gene Expression Omnibus和Tumor Immune Single-cell Hub 2数据库的LUAD患者 |
| 1234 | 2024-08-05 |
Inference of differentiation trajectories by transfer learning across biological processes
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.002
PMID:38128536
|
研究论文 | 这篇文章研究了细胞分化轨迹的推断方法，使用迁移学习在不同生物过程中量化可预测性 | 提出了一种新的框架，通过迁移学习推断不同行为过程中的细胞分化，并展示了非线性方法的优越性 | 在成人造血过程中，预测结果与真实数据的一致性较低 | 量化和利用细胞分化轨迹的可预测性 | 早期胚胎发育和成人造血过程中的细胞分化 | 计算生物学 | NA | 迁移学习，自定义变分自编码器 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 1235 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing analysis within biologically relevant dimensions
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.005
PMID:38198894
|
研究论文 | 本文提出了一种基于生物相关维度的单细胞分析策略Seqtometry | Seqtometry跳过了无监督聚类和单个聚类的注释，结合了定性和定量的细胞类型识别 | NA | 探索和分析基因表达及可及性在不同器官系统中的变化 | 多种免疫细胞以及其他来自不同器官和疾病诱导状态的细胞，包括多发性骨髓瘤和阿尔茨海默病 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1236 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis the prognostic and immune characteristics of mitochondrial transport-related gene SFXN1 in lung adenocarcinoma
2024-Jan-17, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11646-z
PMID:38233752
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研究论文 | 本研究旨在探讨线粒体运输相关基因SFXN1在肺腺癌中的预后和免疫特性 | 首次评估SFXN1作为肺腺癌潜在预后生物标志物的可能性 | NA | 识别和评估SFXN1作为肺腺癌的潜在预后生物标志物 | SFXN1基因在肺腺癌中的表达及其对预后和免疫环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学 | NA | mRNA, 蛋白质 | 90例临床样本 |
| 1237 | 2024-08-05 |
Identification and exploration of aging-related subtypes and distinctive role of SERPINE1 in heart failure based on single-cell and bulk RNA sequencing data
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3631
PMID:38062883
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研究论文 | 本研究探讨了与衰老相关的基因在心力衰竭中的生物学意义。 | 通过识别与衰老相关的心力衰竭特异性基因和开发新的诊断模型，揭示了SERPINE1在心力衰竭中的关键作用。 | 仅使用了小样本量的血液样本进行验证，对结果的普遍适用性有所限制。 | 探索心力衰竭与衰老之间的关系，寻找新的诊断生物标志物和治疗策略。 | 心力衰竭患者和正常对照的样本。 | 数字病理学 | 心力衰竭 | 单细胞和整体RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 总共157个差异表达基因，10个正常对照和10个心力衰竭患者的血样本 |
| 1238 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-Jan, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 该研究探讨了乳头状甲状腺癌（PTC）转移机制，发现MIF信号通路通过抑制巨噬细胞而促进PTC的淋巴结转移 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了乳头状甲状腺癌抑制巨噬细胞的MIF信号通路 | 研究样本数量有限，仅分析了61个肿瘤样本 | 研究乳头状甲状腺癌的潜在转移机制 | 从一名年轻女性获得的甲状腺肿瘤、正常甲状腺和转移的淋巴结肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 61个肿瘤样本（31个有转移和30个无转移） |
| 1239 | 2024-08-05 |
Construction of multiplexed transcriptome NGS libraries of microdissected tissue samples based on combinational DNA barcode microbeads
2024-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202300294
PMID:37818700
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研究论文 | 本文提出了一种基于组合DNA条形码的中通量转录组分析方法 | 文章首次介绍了组合DNA条形码（CDB）测序的应用，结合了Smart-3SEQ和CDB磁微珠以提高转录组分析的通量 | 文中没有明确提及CDB-seq方法在其他类型组织样本中的适用性 | 研究旨在开发一种成本效益高的中通量转录组分析方法 | 研究对象为微切割的组织样本，包括小鼠脑组织样本 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | RNA提取物 | 数十个微切割样本 |
| 1240 | 2024-08-05 |
Peroxisome proliferator-activated receptors signature reveal the head and neck squamous cell carcinoma energy metabolism phenotype and clinical outcome
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3605
PMID:37932968
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研究论文 | 本研究揭示了过氧化物酶体增殖物激活受体在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其与能量代谢表型和临床结果的关系 | 研究发现PPAR相关基因在HNSC中的能量代谢和免疫功能的重要性，构建了高准确度的预后模型 | 研究可能受限于数据集的多样性以及样本量的大小 | 全面分析头颈部鳞状细胞癌中PPAR相关基因的功能和临床意义 | 研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其相关基因 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序 | LASSO和Cox回归模型 | 基因表达数据 | 多种数据集，包括TCGA-HNSC等多个研究的样本 |