单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2024-08-05	CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad782 PMID:37791883	研究文章	本文介绍了CROST，一个综合的空间转录组数据库	建立了一个包括182个空间转录组数据集的数据库，并提供在线工具供用户分析数据	当前数据库的可用性有限，可能无法涵盖所有相关数据	旨在提供一个全面的平台来访问和分析空间转录组数据	涉及来自不同物种、器官和疾病的高质量空间转录组样本	数字病理学	肿瘤	空间转录组测序	NA	转录组数据	包含182个空间转录组数据集和1033个子数据集
1202	2024-08-07	scPlantDB: a comprehensive database for exploring cell types and markers of plant cell atlases 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad706 PMID:37638765	research paper	本文介绍了一个名为scPlantDB的植物单细胞数据库的构建方法	scPlantDB整合了来自17种植物的67个高质量数据集，约250万个细胞的单细胞转录组数据，提供了单细胞水平的基因表达交互可视化	NA	构建一个全面的植物单细胞数据库，以探索植物细胞图谱中的细胞类型和标记	植物细胞类型和标记	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	约250万个细胞
1203	2024-08-05	Single-Cell Sequencing Combined with Transcriptome Sequencing Constructs a Predictive Model of Key Genes in Multiple Sclerosis and Explores Molecular Mechanisms Related to Cellular Communication 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S442684 PMID:38226354	研究论文	本研究结合单细胞测序和转录组测序构建了多发性硬化症中关键基因的预测模型，并探索了与细胞通信相关的分子机制	创新点在于通过单细胞分析与转录组数据相结合，发现新的关键基因并构建了有效的预测模型	本研究的样本数量和数据来源可能限制了结果的普遍性	研究旨在为多发性硬化症的早期诊断和治疗提供新的生物标志物和机制理解	研究对象是多发性硬化症患者的基因表达和免疫细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞测序和转录组测序	LASSO回归	基因表达数据	从基因表达综合数据库中获取的多发性硬化症患者基因表达谱
1204	2024-08-05	Exploring the efficacious constituents and underlying mechanisms of sini decoction for sepsis treatment through network pharmacology and multi-omics 2024-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2023.155212 PMID:38029626	研究论文	本研究通过网络药理学分析探讨了传统中药处方四逆汤在治疗脓毒症的治疗机制	研究首次识别CX3CR1作为影响脓毒症预后的关键分子，并揭示了四逆汤活性成分通过相关途径调节血红素代谢、减少炎症和改善免疫功能的机制	研究可能存在个体差异对四逆汤效果的影响，且未完全阐明所有机制	探讨四逆汤在治疗脓毒症中的治疗机制	以脓毒症患者为研究对象，分析其基因表达和免疫细胞相互作用	数字病理学	脓毒症	网络药理学，单细胞测序	无监督聚类分析	基因表达数据，药物成分数据	脓毒症患者的多个基因模块和免疫细胞群体
1205	2024-08-07	T proliferating cells derived autophagy signature associated with prognosis and immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108701 PMID:38222108	研究论文	本研究通过手动整理自噬基因集，并在TCGA队列中比较恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌自噬特征，该特征源自T增殖细胞，并通过多个单细胞RNA测序数据集进行验证	首次揭示了泛癌自噬特征与免疫治疗抵抗和预后之间的关系，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞间相互作用	NA	探讨自噬特征在泛癌中的免疫治疗预测作用及其机制调控	泛癌自噬特征及其与免疫治疗抵抗和预后的关联	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	涉及转移性肾细胞癌、非小细胞肺癌、膀胱癌和黑色素瘤等多个队列
1206	2024-08-07	Expression of PD-1 mitigates phagocytic activities TAM in osteosarcoma 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23498 PMID:38223729	研究论文	本研究探讨了程序性死亡1（PD-1）在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的表达及其对骨肉瘤（OS）转移的影响	首次揭示了PD-1在TAMs中的表达抑制其吞噬能力，从而促进骨肉瘤转移的机制	NA	研究PD-1在TAMs中的表达对骨肉瘤转移的影响及其机制	骨肉瘤肺转移中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	15500个来自人骨肉瘤肺转移病变的单个细胞
1207	2024-08-05	What role does GPR65 play in the progression of osteosarcoma? Its mechanism and clinical significance 2024-Jan-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03216-5 PMID:38218960	研究论文	本研究旨在探讨GPR65在骨肉瘤的微环境、增殖及迁移中的作用	首次阐明GPR65在骨肉瘤发展中的作用及其机制，强调其作为预后生物标志物的潜力	研究样本均为术后标本，可能影响结果的普适性	探索GPR65在骨肉瘤进展中的机制及其临床意义	97名骨肉瘤患者的转录组数据及六个术后标本的单细胞测序数据	数字病理学	骨肉瘤	RNA-seq, 单细胞测序	NA	生物样本数据	97名骨肉瘤患者和六个手术标本
1208	2024-08-05	BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data 2024-Jan-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44560-w PMID:38218939	研究论文	本研究提出了一种名为BIDCell的自监督深度学习框架，用于亚细胞空间转录组数据的分割	BIDCell引入了生物学启发的损失函数，通过学习空间分布的基因表达与细胞形态之间的关系，克服了传统方法在细胞分割中的挑战	未提及具体的局限性	提高单细胞空间表达分析的精确度	使用来自公共库的单细胞转录组数据和细胞形态信息进行细胞分割	数字病理学	NA	自监督深度学习	NA	空间转录组数据	NA
1209	2024-08-05	Zhilong Huoxue Tongyu capsule alleviates myocardial fibrosis by improving endothelial cell dysfunction 2024-Jan, Journal of traditional and complementary medicine IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.jtcme.2023.07.001 PMID:38223805	研究论文	该论文研究了智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的影响	首次提供了智龙活血通瘀胶囊通过调节内皮-间质转化和MHC-II表达来改善心肌纤维化的证据	缺乏对长期疗效和作用机制的深入探讨	研究智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的治疗效果	心肌纤维化过程中受到影响的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	免疫荧光染色、组织染色	小鼠模型	生物标志物、心脏超声波和组织学数据	使用异丙肾上腺素注射建立的小鼠模型
1210	2024-08-07	Single-cell transcriptomes of kidneys in a 6-month-old boy with Denys-Drash syndrome reveal stromal cell heterogeneity in the tumor microenvironment 2024-Jan, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfad277 PMID:38223339	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索了Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞异质性	发现了一个新的WT1基因突变，并通过单细胞RNA测序揭示了Wilms肿瘤和肾脏组织中的细胞成分异质性	NA	探索Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞成分和相互作用	Denys-Drash综合征患者的肾脏组织	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	31,135个细胞
1211	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Technology Landscape in 2023 2024-Jan-13, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad077 PMID:37934608	综述	本文概述了2023年单细胞RNA测序技术的发展与应用	提出了多种单细胞RNA测序技术的比较及其在干细胞研究中的重要性	未具体讨论各技术在不同实验场景下的优缺点	提供单细胞RNA测序技术的全景视图及其在细胞生物学和疾病机制研究中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术	数字病理学	NA	RNA测序	NA	NA	NA
1212	2024-08-07	Tuft cells and fibroblasts promote thymus regeneration through ILC2-mediated type 2 immune response 2024-Jan-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq6930 PMID:38215193	研究论文	研究使用地塞米松诱导的急性胸腺退化小鼠模型，探讨胸腺造血细胞（不包括T细胞）如何促进胸腺再生	揭示了胸腺杯状细胞和成纤维细胞通过激活2型免疫反应在胸腺再生中的新作用	NA	研究胸腺再生的机制	胸腺杯状细胞、成纤维细胞和先天淋巴细胞2型（ILC2）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
1213	2024-08-05	Update on Biomarkers in Renal Cell Carcinoma 2024-Jan, American Society of Clinical Oncology educational book. American Society of Clinical Oncology. Annual Meeting DOI:10.1200/EDBK_430734 PMID:38207251	研究论文	该文章更新了肾细胞癌生物标志物的相关进展	本文创新性地探索了宿主因素及其对免疫系统的深入特征化，并提出了新技术以克服现有技术面临的挑战	尽管对肿瘤内在特征进行了广泛研究，但尚未提供明确和可靠的预测生物标志物	本文旨在识别能够预测治疗反应和耐药性的生物标志物	研究对象主要是肾细胞癌及其相关的生物标志物	肿瘤病理学	肾癌	NA	NA	NA	NA
1214	2024-08-07	A proteome-wide screen identifies the calcium binding proteins, S100A8/S100A9, as clinically relevant therapeutic targets in aortic dissection 2024-Jan, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.107029 PMID:38056513	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析，发现钙结合蛋白S100A8/S100A9在主动脉夹层中作为新的治疗靶点	首次确定S100A8/S100A9作为主动脉夹层的治疗靶点，并通过药物ABR-25757验证其安全性和有效性	NA	发现主动脉夹层的新治疗靶点	主动脉夹层患者和对照组的升主动脉样本	心血管疾病	主动脉夹层	蛋白质组学分析	NA	蛋白质数据	NA
1215	2024-08-07	Self-organized BMP signaling dynamics underlie the development and evolution of digit segmentation patterns in birds and mammals 2024-Jan-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2304470121 PMID:38175868	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间基因表达分析，结合数学模型，研究了鸟类和哺乳动物趾部分节模式的发育和进化机制	首次揭示了BMP信号通路中的自组织Turing系统如何形成周期性的关节模式，并能重现体内观察到的时空基因表达动态	NA	探讨BMP信号通路在鸟类和哺乳动物趾部分节模式发育中的作用	鸟类和哺乳动物的趾部分节模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	NA
1216	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling of Pancreatic Islets From Early Diabetic Mice Identifies Anxa10 for Ca2+ Allostasis Toward β-Cell Failure 2024-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0212 PMID:37871012	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了早期糖尿病小鼠胰腺胰岛的转录组，发现Anxa10基因在钙离子异稳态中的作用及其与β细胞功能障碍的关系	发现了糖尿病特异性的内分泌和非内分泌细胞类型的转录组景观，并识别了一个新的前糖尿病基因Anxa10，该基因在代谢应激下诱导并调节钙离子流入	NA	揭示2型糖尿病中β细胞功能障碍的全面机制	早期糖尿病小鼠的胰腺胰岛	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	糖尿病db/db小鼠的胰腺胰岛
1217	2024-08-07	HAMSAB diet ameliorates dysfunctional signaling in pancreatic islets in autoimmune diabetes 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108694 PMID:38213620	研究论文	本文研究了HAMSAB饮食对自身免疫性糖尿病中胰腺胰岛功能障碍信号的影响	首次通过单细胞RNA测序分析了HAMSAB饮食对胰腺胰岛细胞基因表达的影响	研究主要在NOD小鼠模型中进行，需要进一步在人类患者中验证	探讨HAMSAB饮食对改善1型糖尿病血糖控制的作用机制	胰腺胰岛细胞及其中免疫细胞的基因表达	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NOD小鼠
1218	2024-08-05	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data revealed T cell marker genes based molecular sub-types and a prognostic signature in lung adenocarcinoma 2024-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50787-w PMID:38200058	研究论文	本研究揭示了基于T细胞标记基因的肺腺癌分子亚型和预后特征	提出了一种基于T细胞标记基因的预后签名，具有预测肺腺癌患者免疫治疗结果的潜力	该研究的特定T细胞贡献尚未得到充分探讨	旨在基于T细胞标记基因 delineate 分子亚型和预后指标	研究肺腺癌（LUAD）中T细胞的作用及其相关基因	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Cox分析	单细胞数据和批量RNA测序数据	NA
1219	2024-08-07	Identification of CD8+ T-cell exhaustion signatures for prognosis in HBV-related hepatocellular carcinoma patients by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Jan-10, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11804-3 PMID:38200408	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别了与HBV相关肝细胞癌患者预后相关的CD8+ T细胞耗竭特征。	建立了新的CD8+ T细胞耗竭指数（TEI）模型，该模型有望预测HBV相关肝细胞癌患者的临床预后和潜在的免疫治疗效果。	NA	研究CD8+ T细胞耗竭特征在HBV相关肝细胞癌患者中的预后价值及免疫治疗反应。	HBV相关肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	NA
1220	2024-08-07	Identifying immune signatures of sepsis to increase diagnostic accuracy in very preterm babies 2024-Jan-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44387-5 PMID:38195661	研究论文	本研究通过多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和血浆分析，对极早产儿（<32周妊娠）在侵袭性细菌感染（败血症）期间的血液进行纵向分析，识别出败血症的动态变化的血液免疫特征。	本研究首次识别出即使在C反应蛋白未升高的情况下也能表征败血症的血液免疫特征，并通过单细胞RNA测序验证了败血症期间白细胞中amphiregulin的上调。	NA	研究早期生命败血症相关的免疫途径，并识别可能作为标准测试辅助诊断的免疫分析物。	极早产儿（<32周妊娠）在侵袭性细菌感染（败血症）期间的血液免疫特征。	数字病理学	新生儿疾病	多参数流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	血液样本	极早产儿（<32周妊娠）的血液样本