单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1390 篇文献，本页显示第 1201 - 1220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1201 | 2024-08-05 |
C/EBPβ-induced lymphoid-to-myeloid transdifferentiation emulates granulocyte-monocyte progenitor biology
2024-01-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.11.011
PMID:38157851
|
研究论文 | C/EBPβ诱导小鼠B细胞转分化为粒单核细胞前体样细胞 | 提出了一种新型的粒单核细胞前体培养系统，用于研究GMP生物学和谱系承诺 | 研究中对IRF8和C/EBPβ的缺失效果分析可能受到特定条件的限制 | 探索C/EBPβ在调控B细胞转分化过程中的作用 | 主要研究转分化的鼠源B细胞及其生成的前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 细胞样本 | 使用了初级v-Abl不朽化小鼠B细胞 |
| 1202 | 2024-08-07 |
The emergence of human gastrulation upon in vitro attachment
2024-01-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2023.11.005
PMID:38101401
|
研究论文 | 本文研究了体外培养的人类胚胎如何通过自我组织形成原始条纹和间充质衍生物，并揭示了人类原肠胚形成的过程 | 首次展示了人类胚胎在体外培养条件下通过自我组织进行原肠胚形成的能力，并使用单细胞RNA测序技术验证了其转录组特征 | 研究受限于伦理考虑和胎儿生物材料的稀缺性 | 探讨人类原肠胚形成的过程及其在体外培养条件下的表现 | 人类胚胎及干细胞衍生的胚胎模型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 1203 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic analyses of tumor microenvironment and molecular reprograming landscape of metastatic laryngeal squamous cell carcinoma
2024-01-08, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-05765-x
PMID:38191598
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研究论文 | 本研究分析了喉鳞状细胞癌的肿瘤微环境及其分子重编程特征 | 本研究首次提供了喉鳞状细胞癌独特的肿瘤微环境的全面图谱 | 样本数量和特征可能影响结果的普遍适用性 | 旨在深入了解喉鳞状细胞癌的肿瘤微环境 | 收集的喉鳞状细胞癌患者样本，包括有和没有淋巴转移的样本 | 数字病理学 | 喉癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 化验样本 | 收集的样本来自喉鳞状细胞癌患者，具体数量未说明 |
| 1204 | 2024-08-05 |
STEM enables mapping of single-cell and spatial transcriptomics data with transfer learning
2024-01-06, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05640-1
PMID:38184694
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研究论文 | 本文提出了一种名为STEM的方法，用于将单细胞RNA测序和空间转录组数据整合。 | STEM使用深度迁移学习将ST和SC数据编码到统一的空间感知嵌入空间，揭示了单细胞水平的转录组特征。 | 目前的方法依赖于现有的高通量技术，尚未在单细胞分辨率上完全实现。 | 研究如何结合空间转录组和单细胞RNA测序数据，以揭示组织的转录组景观。 | 人类鳞状细胞癌和肝小叶数据集中的细胞类型及其基因表达变化。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 深度学习 | 转录组数据 | NA |
| 1205 | 2024-08-07 |
Characterizing immune variation and diagnostic indicators of preeclampsia by single-cell RNA sequencing and machine learning
2024-01-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05669-2
PMID:38182876
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术，分析了先兆子痫中循环免疫细胞的变化及其在诊断中的潜在价值 | 首次揭示了先兆子痫中淋巴细胞亚群的免疫反应下调，如自然杀伤细胞和细胞毒性基因表达的减少，以及调节性T细胞的扩增 | NA | 探讨先兆子痫中循环免疫细胞的转录组变化及其在病理生理中的作用 | 先兆子痫中的循环免疫细胞 | 数字病理学 | 妊娠并发症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | NA |
| 1206 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics enable the characterization of local extension in retinoblastoma
2024-01-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05732-y
PMID:38172218
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学的方法表征了视网膜母细胞瘤的局部扩展情况 | 首次使用单细胞RNA测序对视网膜母细胞瘤局部扩展进行表征，揭示了细胞异质性和潜在的治疗靶点 | 本研究尚未进行临床试验以验证发现的治疗靶点 | 提高对视网膜母细胞瘤局部扩展的理解并寻找潜在的治疗靶点 | 四个视网膜母细胞瘤样本，分别来自两名眼内和两名眼外患者 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 四个视网膜母细胞瘤样本和公开数据集中的多种正常及其他样本 |
| 1207 | 2024-08-07 |
Genome-wide analyses reveal the contribution of somatic variants to the immune landscape of multiple cancer types
2024-Jan, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011134
PMID:38241355
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研究论文 | 本研究通过全基因组关联分析探索了22种TCGA癌症类型中癌细胞基因变异与74种免疫特征之间的关联 | 发现KEAP1突变在肺腺癌中对多个免疫特征的变异贡献超过10%，并证实KEAP1突变激活NRF2通路，影响肿瘤微环境 | NA | 理解癌细胞中的遗传变异如何影响免疫调控，以改进免疫治疗患者分层和识别新的免疫肿瘤学靶点 | 22种TCGA癌症类型中的癌细胞基因变异与免疫特征的关联 | 数字病理学 | 肺腺癌 | scRNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 涉及22种TCGA癌症类型的样本 |
| 1208 | 2024-08-05 |
Decoding leukemia at the single-cell level: clonal architecture, classification, microenvironment, and drug resistance
2024-Jan-30, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00479-6
PMID:38291542
|
review | 本文综述了单细胞测序技术在白血病研究中的应用 | 通过单细胞测序技术揭示了白血病的克隆结构、亚型分类、肿瘤微环境及耐药机制 | 传统的批量测序技术无法有效揭示个体肿瘤细胞之间的异质性 | 探讨白血病的发生机制和耐药性 | 白血病相关的单细胞研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 1209 | 2024-08-05 |
Screening of Candidate Inflammatory Markers of Epithelial Cells in Hepatocellular Carcinoma Based on Integration Analysis of TCGA/ICGC Databases and Single-cell Sequencing
2024-Jan-30, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
|
研究论文 | 该研究旨在通过综合分析TCGA、ICGC和单细胞测序数据，筛选肝细胞癌中上皮细胞的炎症标记物 | 首次识别出在肝细胞癌中与炎症反应相关的12个差异表达基因，并揭示了它们对患者生存预后的影响 | 该研究的实验重复性和临床验证尚未充分阐明 | 研究肝细胞癌中上皮细胞在炎症刺激下的表达特征及其潜在治疗药物 | 主要研究对象为在肝细胞癌微环境下的上皮细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序, 转录组测序 | NA | 基因表达数据, 药物筛选数据 | 分析了来自TCGA和ICGC的HCC转录组数据及单细胞数据 |
| 1210 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq mapping of chicken peripheral blood leukocytes
2024-Jan-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10044-4
PMID:38287279
|
研究论文 | 本研究评估了单细胞RNA-seq作为识别鸡外周血白细胞的工具 | 首次识别出具有高SOX5表达的鸡外周B细胞亚群，并提供了TCRγ/δ + T细胞亚群的新见解 | 该方法在一定程度上受限于鸡基因组的不完全注释，且某些细胞类型的解读较为复杂 | 研究单细胞转录组学在鸡外周血白细胞中的应用 | 来自4只临床健康母鸡的纯化脱 thrombocyte 的白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞3' RNA-seq | NA | 转录组数据 | 4只母鸡的白细胞 |
| 1211 | 2024-08-05 |
Semi-supervised integration of single-cell transcriptomics data
2024-Jan-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45240-z
PMID:38287014
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STACAS的单细胞RNA-seq数据批量修正方法 | STACAS通过利用细胞类型的先验知识来保持生物变异性，表现优于现有的无监督和有监督方法 | 未提及具体的局限性 | 研究单细胞RNA-seq数据的批量效应修正 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 1212 | 2024-08-07 |
Characterization of CD90/Thy-1 as a crucial molecular signature for myogenic differentiation in human urine-derived cells through single-cell RNA sequencing
2024-01-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52530-5
PMID:38282008
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD90/Thy-1在人尿源细胞中作为肌源性分化的关键分子标志的作用 | 首次发现CD90/Thy-1在人尿源细胞中高度表达，并与高肌源性潜能的亚群细胞相关，对肌源性分化有重要影响 | CD90的过表达并未增强非CD90阳性细胞的肌源性分化，表明其作用可能有限 | 探究CD90/Thy-1在人尿源细胞肌源性分化中的作用及其机制 | 人尿源细胞（UDCs）及其肌源性分化能力 | NA | Duchenne肌营养不良（DMD） | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 有限亚群的人尿源细胞 |
| 1213 | 2024-08-07 |
Trajectory inference across multiple conditions with condiments
2024-Jan-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44823-0
PMID:38280860
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研究论文 | 本文介绍了一种名为condiments的方法，用于在多条件下推断和解释细胞轨迹 | condiments方法能够在多条件下整合数据集，并比较不同条件下的细胞轨迹、细胞群和基因表达水平 | NA | 研究如何在多生物组或条件下处理细胞轨迹推断和比较 | 单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1214 | 2024-08-05 |
Analysis of the potential biological value of pyruvate dehydrogenase E1 subunit β in human cancer
2024-Jan-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v16.i1.144
PMID:38292838
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法综合分析了丙酮酸脱氢酶E1亚单位β（PDHB）在不同癌症中的潜在生物价值。 | 本研究首次系统性探讨了PDHB在各种癌症中的诊断、预后及免疫相关性，并发现其在肝癌细胞中的调节作用。 | 该研究大部分分析依赖于现有数据库，缺乏广泛的临床实验验证。 | 研究PDHB在癌症中的生物学作用及其作为肿瘤标志物的潜力。 | 本研究的对象主要为不同类型的癌症样本和肝癌细胞。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症的大量样本，具体数字未提供 |
| 1215 | 2024-08-05 |
DiSignAtlas: an atlas of human and mouse disease signatures based on bulk and single-cell transcriptomics
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad961
PMID:37930831
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研究论文 | DiSignAtlas是一个基于转录组学的人类和小鼠疾病特征图谱 | 本研究提供了一个综合性的疾病特征库，涵盖了广泛的疾病类型和转录组特征 | 没有提到具体的局限性 | 建立全面的疾病特征数据库 | 涵盖1836种非冗余疾病类型的人类和小鼠转录组数据 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 转录组数据 | 181434个转录组特征，包含10306个比较数据集 |
| 1216 | 2024-08-05 |
SCAN: Spatiotemporal Cloud Atlas for Neural cells
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad895
PMID:37930842
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研究论文 | 本文提出了一种新的数据库SCAN，旨在系统性地解析神经系统的细胞异质性和空间位置 | 创新点在于整合了大量的单细胞RNA测序和空间转录组学数据，提供了新的交互式数据探索平台 | 数据整合和分析的效率仍然是一个挑战 | 研究目标是解密神经系统的细胞异质性并促进神经疾病的诊断策略发展 | 研究对象包括10679684个神经系统细胞以及900多种生物的多组学数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病，帕金森病，唐氏综合症等神经疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 细胞数据，组学数据 | 10679684个细胞 |
| 1217 | 2024-08-05 |
TFAP2 paralogs regulate midfacial development in part through a conserved ALX genetic pathway
2024-Jan-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202095
PMID:38063857
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研究论文 | 这篇文章展示了TFAP2家族成员在脊椎动物中调控中面部发育的作用 | 研究首次揭示了TFAP2家族成员通过激活ALX转录因子基因表达来参与中面部发育的调控 | 在晚期迁移阶段进行的实验可能未能捕捉到更早期基因调控网络的变化 | 探究TFAP2家族成员如何影响中面部发育的机制 | 小鼠和斑马鱼的神经嵴细胞 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 包括小鼠和斑马鱼的多样本 |
| 1218 | 2024-08-05 |
Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160301
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研究论文 | 本研究探讨了通过常规染色的组织切片推断空间转录组学信息，以增强对皮肤光老化的大规模分子评估 | 创新点在于利用常规H&E染色切片推断空间转录组学信息，克服了当前方法的局限性 | 当前方法依赖于10x Genomics空间转录组学实验的高成本和患者间的变异性，限制了大规模分子流行病学研究的范围 | 研究皮肤光老化的空间转录组学特征，以改进评估和疗法发展 | 研究对象为来自261个皮肤样本的四名患者的组织切片 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 四名患者的261个皮肤样本 |
| 1219 | 2024-08-07 |
Identification of Cancer Stem Cell-related Gene by Single-cell and Machine Learning Predicts Immune Status, Chemotherapy Drug, and Prognosis in Lung Adenocarcinoma
2024, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
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研究论文 | 本研究旨在基于癌症干细胞相关基因识别肺腺癌的分子类型和预后模型 | 本研究首次构建了一个基于8个基因的预后模型，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | NA | 识别肺腺癌的分子类型和预后模型 | 肺腺癌的分子类型和预后模型 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA-seq | LASSO Cox回归分析 | 单细胞RNA测序数据 | 使用了来自TCGA数据库的肺腺癌临床信息和RNA-seq数据，以及来自GEO数据库的scRNA数据集GSE131907和5个GSE数据集 |
| 1220 | 2024-08-07 |
Identification of Stem Cell-related Gene Markers by Comprehensive Transcriptome Analysis to Predict the Prognosis and Immunotherapy of Lung Adenocarcinoma
2024, Current stem cell research & therapy
IF:2.1Q4
|
研究论文 | 本研究通过综合转录组分析识别与肺腺癌预后和免疫治疗相关的干细胞相关基因标记 | 开发了一种新的癌症干细胞评估指标和一个4基因标记，用于评估肺腺癌对免疫检查点阻断疗法或抗肿瘤治疗的反应 | NA | 评估肺腺癌细胞的干细胞特性及其对预后和免疫治疗的影响 | 肺腺癌中的癌症干细胞及其相关基因标记 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | LASSO和COX回归分析 | 基因表达数据 | 4个样本，共3455个恶性细胞 |